The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
133
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sequence length |
342
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structure length |
337
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Chain Sequence |
VYAQEKQDFVQHFSQIVRVLTEPEIGDAIARLKEVLEYNAIGGKYNRGLTVVVAFRELVEPRKQDADSLQRAWTVGWCVELLQAFFLVADDIMDSSLTRRGQICWYQKPGVGLDAINDANLLEACIYRLLKLYCREQPYYLNLIELFLQSSYQTEIGQTLDLLTAPQGNVDLVRFTEKRYKSIVKYKTAFYSFYLPIAAAMYMAGIDGEKEHANAKKILLEMGEFFQIQDDYLDLFGDPSVTGKIGTDIQDNKCSWLVVQCLQRATPEQYQILKENYGQKEAEKVARVKALYEELDLPAVFLQYEEDSYSHIMALIEQYAAPLPPAVFLGLARKIYK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule keywords |
Farnesyl pyrophosphate synthase
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| publication title |
New lower bone affinity bisphosphonate drug design for effective use in diseases characterized by abnormal bone resorption
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| molecule tags |
Transferase
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| total genus |
133
|
| structure length |
337
|
| sequence length |
342
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| ec nomenclature |
ec
2.5.1.1: Dimethylallyltranstransferase. |
| pdb deposition date | 2014-06-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00348 | polyprenyl_synt | Polyprenyl synthetase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5HN7 A; 4LFV F; 3WEJ A; 3OYR A; 3CC9 A; 3W7F A; 1N21 A; 3IPI A; 2AEL A; 5IL3 A; 4P0W A; 2F8Z F; 1UBX A; 3IBA A; 2OPN A; 4F6X A; 4KVD A; 4LFE A; 5AHU B; 5IN8 A; 2F94 F; 5IMI A; 4DI5 A; 5CG6 A; 1HXG A; 4N9U A; 5JV2 F; 2RAH A; 5EAS A; 3WCA A; 3V66 A; 3VJD A; 2AEK A; 5H9D A; 3KRP A; 3AE0 A; 4LFG A; 5DJP F; 3WCM A; 4DEM F; 2E92 A; 3KRO B; 3AQC B; 1YYT A; 4KQU A; 3WJK A; 4NFI F; 3KRF A; 3WSB A; 2E8V A; 1FPS A; 1N20 A; 3Q30 A; 4N1Z F; 5IL8 A; 3WSA A; 4OKM A; 5E8H A; 5B0I A; 4OGU A; 2OPM A; 1YHM A; 2AET A; 1HXC A; 3OAC B; 2Z50 A; 5DW7 A; 5HN8 A; 4KFA A; 4DWB A; 5DJR F; 3PH7 A; 3P5R A; 3LOM A; 1YV5 A; 5ILI A; 5EAT A; 4H5C F; 3KRC B; 1YHL A; 3PKO A; 4JVJ F; 5DJV F; 4KQS A; 4Q23 A; 1V4K A; 4XQS F; 3ZMB A; 5ILD A; 3WC9 A; 5E8L A; 2ZCS A; 4GP1 A; 1EZF A; 1WMW A; 4JZX A; 1N1Z A; 2ZEU A; 3SDQ A; 3QKC A; 3KB9 A; 5DGM F; 1VG2 A; 4LZ0 A; 3ZOU A; 3LG5 A; 5AFX A; 5IMN A; 3LSN A; 5KSX F; 5IM1 A; 4OMG A; 2Z78 A; 3P5P A; 4DZW A; 4NG6 A; 4XQT F; 3P41 A; 1ZW5 A; 1WL0 A; 3WCB A; 2AZJ A; 4JZB A; 3WCD A; 5CG5 A; 3M0G A; 2I19 A; 3PYB A; 4PVY F; 2Z7I A; 1HX9 A; 5B03 A; 5B0M A; 1V4I A; 4NUA A; 5DHK A; 3N1W F; 4LXW A; 5B02 A; 5HN9 A; 4K10 A; 5ER8 A; 2F92 F; 5AYP A; 4GA3 A; 2E90 A; 2Z4Z A; 2ONH A; 2FOR A; 3ICZ A; 4KWD A; 4LTZ A; 4LZ3 A; 5B01 A; 3WEH A; 3RYE A; 3SAE A; 2E4O A; 4QXS F; 1VG4 A; 3LMD A; 3ACX A; 3WCL A; 3WEG A; 4RXC A; 5ILH A; 3KRA A; 4F6V A; 5DGN F; 3V1X A; 5IKH A; 2P1C A; 3UCA A; 3N0F A; 4KKM A; 4MC3 A; 1YYU A; 1N22 A; 1VG3 A; 3N3L F; 4KVY A; 3OAB A; 3N5J F; 4FJQ A; 3TC1 A; 3RMG A; 3M00 A; 4JYX A; 4DXJ A; 5ILJ A; 2H8O A; 5IK9 A; 3LEE A; 3N0G A; 5JA0 F; 3VJA A; 2Q9Y A; 4EA1 A; 3KRP B; 1WY0 A; 3B7L A; 5ERO A; 5I1U A; 2J5C A; 3SDV A; 4E9U A; 5C05 A; 2ZY1 A; 3N5H F; 4LTV A; 3TS7 A; 3VJC A; 3ID0 A; 5DIQ F; 5HNA A; 1V4H A; 3KRF B; 1YQ7 A; 5A0I A; 3RYW A; 3SDR A; 1WKZ A; 2F7M F; 4NKE A; 3OAC A; 1UBY A; 3S4J A; 3DYG A; 3TFN A; 1KIY A; 4KVI A; 3N49 F; 3BNY A; 5IKA A; 4KUX A; 2QIS A; 3TFP A; 4EA2 A; 2OGD A; 3KRC A; 2DH4 A; 3SDT A; 3DYH A; 2EWG A; 5B0J A; 5ERM A; 1JFG A; 4JXY A; 2Z4W A; 3WJN A; 1N1B A; 3ASX A; 5IVG A; 1HM7 A; 5ILY A; 4LZC A; 2ONG A; 3WJO A; 3DYF A; 3LGZ B; 3WEK A; 3MZV A; 3S9V A; 3Q1O A; 5AEL A; 2ZCR A; 3LLW A; 1YYQ A; 3LGK A; 3QQV A; 4NFK F; 4DHD A; 5EAU A; 1RQJ A; 3LVS A; 3ICM A; 3P8L A; 1YHK A; 1WL1 A; 1PS1 A; 1VG7 A; 4WK5 A; 5IK0 A; 3RBM A; 4KPD A; 1YYR A; 3WCE A; 4KQ5 A; 4L2X F; 3VJE A; 4LLS A; 3Q2Q A; 3AQB B; 3N45 F; 4GAX A; 4KPJ A; 4HD1 A; 4RYP A; 4MC0 A; 4LUU A; 4H5D F; 2F89 F; 4KVW A; 3SDU A; 3CP6 A; 4GP2 A; 1WL2 A; 2O1O A; 2E91 A; 3M02 A; 4DWG A; 5ILZ A; 3NPK A; 4RXD A; 2FTZ A; 2PS4 A; 3N3D A; 3EFQ A; 3KBK A; 2E8T A; 3AQ0 A; 3G4F A; 4LPG F; 4UMJ A; 5B00 A; 3VJ8 A; 4F62 A; 2Q9Z A; 5JUZ F; 3NRI A; 3ZMC A; 1UBV A; 3KRA B; 3VJB A; 4E9Z A; 2F9K F; 2Z4X A; 1N23 A; 1YYS A; 3ADZ A; 4RNQ A; 3BNX A; 2ZCQ A; 5A0K A; 4LIX A; 3Q2Z A; 5ERN A; 3MAV A; 3OAB B; 1UBW A; 2E95 A; 2Q80 A; 2PS7 A; 2F8C F; 3V1V A; 1HM4 A; 2AZK A; 3NPR A; 3KRO A; 5B0L A; 1RQI A; 4ZQ8 A; 3G4D A; 3APZ A; 3WCI A; 2J1P A; 2VF6 A; 1V4E A; 2ZCO A; 5B0K A; 2E94 A; 3LDW A; 4KK2 A; 4LA6 A; 3ZL6 A; 3WCC A; 1HXA A; 4P0V A; 4EA0 A; 3N6K F; 3WCG A; 5E8K A; 3ICN A; 1DI1 A; 2E8U A; 1YJ4 A; 2E8X A; 4OKZ A; 3CKE A; 3WE9 A; 4FP4 A; 2PS6 A; 5JV0 F; 3WEI A; 2Q58 A; 1JFA A; 1N24 A; 3EGT A; 3PDE A; 4JXN A; 3PYA A; 5A0J A; 3LZ9 A; 4LPH F; 5DHI A; 4E1E A; 4MC8 A; 4PVX F; 2J1O A; 3ZCD A; 1V4J A; 3M01 A; 3WEF A; 3WCJ A; 3N1V F; 4XQR F; 3ACW A; 3ICK A; 3M9U A; 3P8R A; 3ACY A; 2Z4Y A; 3VJ9 A; 5IMP A; 4RXE A; 2PS5 A; 5JV1 F; 3LJI A; 2E93 A; 4OMH A; 3TFV A; 1VG6 A; 1RTR A; 2Z52 A; 3LK5 A; 4H5E F; 3NF2 A; 4LOB A; 4NKF A; 3N46 F; 5DZ2 A; 1WL3 A; 5DGS F; 4RXA A; 3EZ3 A; 5IK6 A; 3WCH A; 2Z7H A; 2OA6 A; 1KIZ A; 1DGP A; 2AZL A; 4NFJ F; 5ILK A; 4LLT A; 3WCF A; 4P0X A; 4QPF A; 4LA5 A; 2ZEV A; 2PS8 A; 2Z4V A; 2E8W A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5HN7 A; 4LFV F; 3WEJ A; 3OYR A; 3CC9 A; 3W7F A; 1N21 A; 3IPI A; 2AEL A; 5IL3 A; 4P0W A; 2F8Z F; 1UBX A; 3IBA A; 2OPN A; 4F6X A; 4KVD A; 4LFE A; 5AHU B; 5IN8 A; 2F94 F; 5IMI A; 4DI5 A; 5CG6 A; 1HXG A; 4N9U A; 5JV2 F; 2RAH A; 5EAS A; 3WCA A; 3V66 A; 3VJD A; 2AEK A; 5H9D A; 3KRP A; 3AE0 A; 4LFG A; 5DJP F; 3WCM A; 4DEM F; 2E92 A; 3KRO B; 3AQC B; 1YYT A; 4KQU A; 3WJK A; 4NFI F; 3KRF A; 3WSB A; 2E8V A; 1FPS A; 1N20 A; 3Q30 A; 4N1Z F; 5IL8 A; 3WSA A; 4OKM A; 5E8H A; 5B0I A; 4OGU A; 2OPM A; 1YHM A; 2AET A; 1HXC A; 3OAC B; 2Z50 A; 5DW7 A; 5HN8 A; 4KFA A; 4DWB A; 5DJR F; 3PH7 A; 3P5R A; 3LOM A; 1YV5 A; 5ILI A; 5EAT A; 4H5C F; 3KRC B; 1YHL A; 3PKO A; 4JVJ F; 5DJV F; 4KQS A; 4Q23 A; 1V4K A; 4XQS F; 3ZMB A; 5ILD A; 3WC9 A; 5E8L A; 2ZCS A; 4GP1 A; 1EZF A; 1WMW A; 4JZX A; 1N1Z A; 2ZEU A; 3SDQ A; 3QKC A; 3KB9 A; 5DGM F; 1VG2 A; 4LZ0 A; 3ZOU A; 3LG5 A; 5AFX A; 5IMN A; 3LSN A; 5KSX F; 5IM1 A; 4OMG A; 2Z78 A; 3P5P A; 4DZW A; 4NG6 A; 4XQT F; 3P41 A; 1ZW5 A; 1WL0 A; 3WCB A; 2AZJ A; 4JZB A; 3WCD A; 5CG5 A; 3M0G A; 2I19 A; 3PYB A; 4PVY F; 2Z7I A; 1HX9 A; 5B03 A; 5B0M A; 1V4I A; 4NUA A; 5DHK A; 3N1W F; 4LXW A; 5B02 A; 5HN9 A; 4K10 A; 5ER8 A; 2F92 F; 5AYP A; 4GA3 A; 2E90 A; 2Z4Z A; 2ONH A; 2FOR A; 3ICZ A; 4KWD A; 4LTZ A; 4LZ3 A; 5B01 A; 3WEH A; 3RYE A; 3SAE A; 2E4O A; 4QXS F; 1VG4 A; 3LMD A; 3ACX A; 3WCL A; 3WEG A; 4RXC A; 5ILH A; 3KRA A; 4F6V A; 5DGN F; 3V1X A; 5IKH A; 2P1C A; 3UCA A; 3N0F A; 4KKM A; 4MC3 A; 1YYU A; 1N22 A; 1VG3 A; 3N3L F; 4KVY A; 3OAB A; 3N5J F; 4FJQ A; 3TC1 A; 3RMG A; 3M00 A; 4JYX A; 4DXJ A; 5ILJ A; 2H8O A; 5IK9 A; 3LEE A; 3N0G A; 5JA0 F; 3VJA A; 2Q9Y A; 4EA1 A; 3KRP B; 1WY0 A; 3B7L A; 5ERO A; 5I1U A; 2J5C A; 3SDV A; 4E9U A; 5C05 A; 2ZY1 A; 3N5H F; 4LTV A; 3TS7 A; 3VJC A; 3ID0 A; 5DIQ F; 5HNA A; 1V4H A; 3KRF B; 1YQ7 A; 5A0I A; 3RYW A; 3SDR A; 1WKZ A; 2F7M F; 4NKE A; 3OAC A; 1UBY A; 3S4J A; 3DYG A; 3TFN A; 1KIY A; 4KVI A; 3N49 F; 3BNY A; 5IKA A; 4KUX A; 2QIS A; 3TFP A; 4EA2 A; 2OGD A; 3KRC A; 2DH4 A; 3SDT A; 3DYH A; 2EWG A; 5B0J A; 5ERM A; 1JFG A; 4JXY A; 2Z4W A; 3WJN A; 1N1B A; 3ASX A; 5IVG A; 1HM7 A; 5ILY A; 4LZC A; 2ONG A; 3WJO A; 3DYF A; 3LGZ B; 3WEK A; 3MZV A; 3S9V A; 3Q1O A; 5AEL A; 2ZCR A; 3LLW A; 1YYQ A; 3LGK A; 3QQV A; 4NFK F; 4DHD A; 5EAU A; 1RQJ A; 3LVS A; 3ICM A; 3P8L A; 1YHK A; 1WL1 A; 1PS1 A; 1VG7 A; 4WK5 A; 5IK0 A; 3RBM A; 4KPD A; 1YYR A; 3WCE A; 4KQ5 A; 4L2X F; 3VJE A; 4LLS A; 3Q2Q A; 3AQB B; 3N45 F; 4GAX A; 4KPJ A; 4HD1 A; 4RYP A; 4MC0 A; 4LUU A; 4H5D F; 2F89 F; 4KVW A; 3SDU A; 3CP6 A; 4GP2 A; 1WL2 A; 2O1O A; 2E91 A; 3M02 A; 4DWG A; 5ILZ A; 3NPK A; 4RXD A; 2FTZ A; 2PS4 A; 3N3D A; 3EFQ A; 3KBK A; 2E8T A; 3AQ0 A; 3G4F A; 4LPG F; 4UMJ A; 5B00 A; 3VJ8 A; 4F62 A; 2Q9Z A; 5JUZ F; 3NRI A; 3ZMC A; 1UBV A; 3KRA B; 3VJB A; 4E9Z A; 2F9K F; 2Z4X A; 1N23 A; 1YYS A; 3ADZ A; 4RNQ A; 3BNX A; 2ZCQ A; 5A0K A; 4LIX A; 3Q2Z A; 5ERN A; 3MAV A; 3OAB B; 1UBW A; 2E95 A; 2Q80 A; 2PS7 A; 2F8C F; 3V1V A; 1HM4 A; 2AZK A; 3NPR A; 3KRO A; 5B0L A; 1RQI A; 4ZQ8 A; 3G4D A; 3APZ A; 3WCI A; 2J1P A; 2VF6 A; 1V4E A; 2ZCO A; 5B0K A; 2E94 A; 3LDW A; 4KK2 A; 4LA6 A; 3ZL6 A; 3WCC A; 1HXA A; 4P0V A; 4EA0 A; 3N6K F; 3WCG A; 5E8K A; 3ICN A; 1DI1 A; 2E8U A; 1YJ4 A; 2E8X A; 4OKZ A; 3CKE A; 3WE9 A; 4FP4 A; 2PS6 A; 5JV0 F; 3WEI A; 2Q58 A; 1JFA A; 1N24 A; 3EGT A; 3PDE A; 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