The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
112
|
sequence length |
319
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structure length |
306
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Chain Sequence |
MNLEKINELTAQDMAGVNAAILEQLNSDVQLINQLGYYIVSGGGKRIRPMIAVLAARAVGYEGNAHVTIAALIEFIHTATLLHDDVVDESDMRRGKATANAAFGNAASVLVGDFIYTRAFQMMTSLGSLKVLEVMSEAVNVIAEGEVLQLMITEENYMRVIYSKTARLFEAAAQCSGILAGCTPEEEKGLQDYGRYLGTAFQLIDDLLDYNANVGDDLNEGKPTLPLLHAMHHGTPEQAQMIRTAIEQGNGRHLLEPVLEAMNACGSLEWTRQRAEEEADKAIAALQVLPDTPWREALIGLAHIAV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structures of ligand-bound octaprenyl pyrophosphate synthase from escherichia coli reveal the catalytic and chain-length determining mechanisms
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
|
| molecule keywords |
Octaprenyl diphosphate synthase
|
| total genus |
112
|
| structure length |
306
|
| sequence length |
319
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.5.1.-: |
| pdb deposition date | 2013-10-12 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VJB A; 4XQS F; 3KRP A; 4LTZ A; 4MC0 A; 5IMP A; 3ACY A; 3WCF A; 5B03 A; 3IPI A; 4NFI F; 5DW7 A; 4F6X A; 3V1X A; 3LSN A; 2ZEV A; 4JZX A; 3SDU A; 4EA0 A; 3WEJ A; 3WCE A; 3WC9 A; 5IN8 A; 1WY0 A; 5ERO A; 4H5D F; 4NFJ F; 2J1P A; 3PYB A; 3WSA A; 3VJ8 A; 2PS4 A; 3LOM A; 5AHU B; 5CG5 A; 2Z52 A; 4OGU A; 5H9D A; 2E91 A; 3Q2Q A; 3TFV A; 4F62 A; 1HXA A; 2ZCO A; 3ICN A; 2E8U A; 5IVG A; 5HN9 A; 4NG6 A; 4GA3 A; 1YYU A; 3P41 A; 4LTV A; 2F8Z F; 2EWG A; 3LZ9 A; 3LJI A; 2AZL A; 3PH7 A; 3KRO B; 2OA6 A; 4H5C F; 5DJR F; 4EA2 A; 1YHM A; 5B01 A; 1VG6 A; 4KPD A; 2J1O A; 3ICZ A; 3WCA A; 3N0F A; 3NPR A; 3AQB B; 3TC1 A; 2E95 A; 1YJ4 A; 4LUU A; 4JVJ F; 3RYE A; 1DI1 A; 3PDE A; 4DEM F; 1UBV A; 5ER8 A; 4DZW A; 4DHD A; 1UBX A; 5JV0 F; 3WCI A; 1V4K A; 3ZOU A; 4JZB A; 4JYX A; 3N5J F; 2AET A; 2Q9Z A; 5KSX F; 2OGD A; 5E8H A; 5ILY A; 2DH4 A; 2FTZ A; 2Z4V A; 4LFV F; 3N46 F; 3N3D A; 2AEL A; 3SDV A; 5A0I A; 2Z7H A; 3APZ A; 3UCA A; 3ZMC A; 3KRC A; 2E8W A; 3WEF A; 4LFE A; 4K10 A; 4RXE A; 2ZEU A; 3BNY A; 4XQR F; 1RQI A; 3CKE A; 4DWG A; 3LGK A; 3P5R A; 4Q23 A; 5JV2 F; 1YYQ A; 3KRF A; 1WL3 A; 4DWB A; 1N22 A; 3TFN A; 3EZ3 A; 1ZW5 A; 2PS5 A; 2Q80 A; 5E8L A; 2AEK A; 4F6V A; 4N9U A; 4LA5 A; 4GP1 A; 2P1C A; 3LVS A; 1FPS A; 3P8R A; 3CC9 A; 3TFP A; 5JUZ F; 5B0L A; 3VJ9 A; 3QQV A; 4FP4 A; 4N1Z F; 5DJP F; 3WCL A; 1YYS A; 5ERM A; 3CP6 A; 3NRI A; 5EAU A; 4KVY A; 2E8T A; 3KBK A; 1WL2 A; 3LGZ B; 2F7M F; 3G4F A; 1N20 A; 3WJN A; 4P0X A; 1V4E A; 3AE0 A; 5JA0 F; 5IK9 A; 1YHK A; 4RXC A; 5DGN F; 5B0K A; 2Z78 A; 3SDR A; 3N1W F; 3LDW A; 5ILI A; 3QKC A; 2I19 A; 4LLS A; 4NUA A; 2E94 A; 3KRO A; 3N6K F; 1KIZ A; 5HNA A; 4OKM A; 1RTR A; 3WCG A; 2Z50 A; 5B0I A; 4P0V A; 5IKH A; 4LZ3 A; 3RYW A; 3ASX A; 2F8C F; 3BNX A; 5B00 A; 5IK0 A; 5ILZ A; 2OPN A; 4LPH F; 3WEI A; 4LPG F; 2Z4Y A; 4KVI A; 4KVW A; 3WEG A; 3Q30 A; 4LOB A; 3DYF A; 3AQC B; 4OKZ A; 4KWD A; 5AYP A; 2QIS A; 5CG6 A; 5I1U A; 5IMN A; 3OYR A; 4KFA A; 3WCM A; 4NKE A; 4KQ5 A; 3MAV A; 1VG2 A; 1UBW A; 4RYP A; 4LA6 A; 1PS1 A; 3G4D A; 3OAB B; 4LFG A; 5DHI A; 3V66 A; 1HM7 A; 3IBA A; 3DYG A; 1HXC A; 3RMG A; 3LK5 A; 1VG7 A; 4OMG A; 2ONG A; 5DGM F; 4E9U A; 5EAS A; 3M01 A; 1HM4 A; 4KUX A; 5DGS F; 3P5P A; 3Q1O A; 3Q2Z A; 5B02 A; 3ACW A; 2ONH A; 3KB9 A; 1JFA A; 3DYH A; 5JV1 F; 4EA1 A; 2E4O A; 3N0G A; 5IM1 A; 3ID0 A; 1RQJ A; 2PS6 A; 3KRA B; 3VJD A; 1V4J A; 1DGP A; 3ICK A; 3NPK A; 2F89 F; 3N3L F; 3M02 A; 3OAC B; 4L2X F; 4UMJ A; 2Z4W A; 3ICM A; 1YYT A; 4DI5 A; 4MC8 A; 4LZC A; 5ILK A; 3LG5 A; 2Q9Y A; 4RXD A; 1JFG A; 3LEE A; 5EAT A; 3WJK A; 5IL8 A; 3ZL6 A; 1VG3 A; 3KRP B; 3AQ0 A; 4DXJ A; 4XQT F; 3W7F A; 3VJE A; 4HD1 A; 3WCD A; 3MZV A; 4KVD A; 3WCH A; 1N1B A; 4RNQ A; 4NKF A; 5B0J A; 4MC3 A; 4QPF A; 1WL1 A; 1N1Z A; 3WJO A; 4NFK F; 2PS8 A; 4KK2 A; 5IK6 A; 2Z7I A; 1KIY A; 3M9U A; 3VJA A; 3RBM A; 2E90 A; 3WEH A; 1YYR A; 4KQS A; 3N45 F; 3WCB A; 3ACX A; 3TS7 A; 4ZQ8 A; 4PVY F; 5B0M A; 5AFX A; 4QXS F; 1V4H A; 2AZK A; 3ZCD A; 2FOR A; 4GP2 A; 5C05 A; 4E1E A; 4GAX A; 3SAE A; 5HN8 A; 1N21 A; 1WL0 A; 1N23 A; 1WMW A; 4LZ0 A; 4KKM A; 1WKZ A; 3P8L A; 5A0K A; 4KQU A; 2Z4X A; 5ILD A; 4WK5 A; 5ERN A; 4LIX A; 4RXA A; 5IL3 A; 1YHL A; 3NF2 A; 1HXG A; 3SDQ A; 3N49 F; 5IMI A; 1YQ7 A; 3WE9 A; 2AZJ A; 4H5E F; 5IKA A; 5DJV F; 2Z4Z A; 2E8X A; 2F92 F; 4JXN A; 2ZCS A; 3WCC A; 2RAH A; 2E93 A; 4LXW A; 4E9Z A; 4FJQ A; 1YV5 A; 3OAB A; 4P0W A; 4KPJ A; 3VJC A; 4JXY A; 1UBY A; 5AEL A; 5ILJ A; 2F94 F; 4PVX F; 4LLT A; 3S4J A; 2OPM A; 5ILH A; 2VF6 A; 1N24 A; 3B7L A; 2F9K F; 2ZCR A; 2Q58 A; 5DIQ F; 3WSB A; 3M00 A; 5E8K A; 3V1V A; 5DHK A; 3WEK A; 2E8V A; 3N1V F; 2ZY1 A; 1VG4 A; 3WCJ A; 3LMD A; 3KRA A; 3S9V A; 4OMH A; 1EZF A; 2O1O A; 3N5H F; 3KRC B; 1V4I A; 2PS7 A; 3PYA A; 2ZCQ A; 1HX9 A; 3ADZ A; 2H8O A; 3PKO A; 3OAC A; 5DZ2 A; 3SDT A; 3KRF B; 5HN7 A; 2J5C A; 3ZMB A; 3LLW A; 3EFQ A; 5A0J A; 3EGT A; 2E92 A; 3M0G A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3VJB A; 4XQS F; 3KRP A; 4LTZ A; 4MC0 A; 5IMP A; 3ACY A; 3WCF A; 5B03 A; 3IPI A; 4NFI F; 5DW7 A; 4F6X A; 3V1X A; 3LSN A; 2ZEV A; 4JZX A; 3SDU A; 4EA0 A; 3WEJ A; 3WCE A; 3WC9 A; 5IN8 A; 1WY0 A; 5ERO A; 4H5D F; 4NFJ F; 2J1P A; 3PYB A; 3WSA A; 3VJ8 A; 2PS4 A; 3LOM A; 5AHU B; 5CG5 A; 2Z52 A; 4OGU A; 5H9D A; 2E91 A; 3Q2Q A; 3TFV A; 4F62 A; 1HXA A; 2ZCO A; 3ICN A; 2E8U A; 5IVG A; 5HN9 A; 4NG6 A; 4GA3 A; 1YYU A; 3P41 A; 4LTV A; 2F8Z F; 2EWG A; 3LZ9 A; 3LJI A; 2AZL A; 3PH7 A; 3KRO B; 2OA6 A; 4H5C F; 5DJR F; 4EA2 A; 1YHM A; 5B01 A; 1VG6 A; 4KPD A; 2J1O A; 3ICZ A; 3WCA A; 3N0F A; 3NPR A; 3AQB B; 3TC1 A; 2E95 A; 1YJ4 A; 4LUU A; 4JVJ F; 3RYE A; 1DI1 A; 3PDE A; 4DEM F; 1UBV A; 5ER8 A; 4DZW A; 4DHD A; 1UBX A; 5JV0 F; 3WCI A; 1V4K A; 3ZOU A; 4JZB A; 4JYX A; 3N5J F; 2AET A; 2Q9Z A; 5KSX F; 2OGD A; 5E8H A; 5ILY A; 2DH4 A; 2FTZ A; 2Z4V A; 4LFV F; 3N46 F; 3N3D A; 2AEL A; 3SDV A; 5A0I A; 2Z7H A; 3APZ A; 3UCA A; 3ZMC A; 3KRC A; 2E8W A; 3WEF A; 4LFE A; 4K10 A; 4RXE A; 2ZEU A; 3BNY A; 4XQR F; 1RQI A; 3CKE A; 4DWG A; 3LGK A; 3P5R A; 4Q23 A; 5JV2 F; 1YYQ A; 3KRF A; 1WL3 A; 4DWB A; 1N22 A; 3TFN A; 3EZ3 A; 1ZW5 A; 2PS5 A; 2Q80 A; 5E8L A; 2AEK A; 4F6V A; 4N9U A; 4LA5 A; 4GP1 A; 2P1C A; 3LVS A; 1FPS A; 3P8R A; 3CC9 A; 3TFP A; 5JUZ F; 5B0L A; 3VJ9 A; 3QQV A; 4FP4 A; 4N1Z F; 5DJP F; 3WCL A; 1YYS A; 5ERM A; 3CP6 A; 3NRI A; 5EAU A; 4KVY A; 2E8T A; 3KBK A; 1WL2 A; 3LGZ B; 2F7M F; 3G4F A; 1N20 A; 3WJN A; 4P0X A; 1V4E A; 3AE0 A; 5JA0 F; 5IK9 A; 1YHK A; 4RXC A; 5DGN F; 5B0K A; 2Z78 A; 3SDR A; 3N1W F; 3LDW A; 5ILI A; 3QKC A; 2I19 A; 4LLS A; 4NUA A; 2E94 A; 3KRO A; 3N6K F; 1KIZ A; 5HNA A; 4OKM A; 1RTR A; 3WCG A; 2Z50 A; 5B0I A; 4P0V A; 5IKH A; 4LZ3 A; 3RYW A; 3ASX A; 2F8C F; 3BNX A; 5B00 A; 5IK0 A; 5ILZ A; 2OPN A; 4LPH F; 3WEI A; 4LPG F; 2Z4Y A; 4KVI A; 4KVW A; 3WEG A; 3Q30 A; 4LOB A; 3DYF A; 3AQC B; 4OKZ A; 4KWD A; 5AYP A; 2QIS A; 5CG6 A; 5I1U A; 5IMN A; 3OYR A; 4KFA A; 3WCM A; 4NKE A; 4KQ5 A; 3MAV A; 1VG2 A; 1UBW A; 4RYP A; 4LA6 A; 1PS1 A; 3G4D A; 3OAB B; 4LFG A; 5DHI A; 3V66 A; 1HM7 A; 3IBA A; 3DYG A; 1HXC A; 3RMG A; 3LK5 A; 1VG7 A; 4OMG A; 2ONG A; 5DGM F; 4E9U A; 5EAS A; 3M01 A; 1HM4 A; 4KUX A; 5DGS F; 3P5P A; 3Q1O A; 3Q2Z A; 5B02 A; 3ACW A; 2ONH A; 3KB9 A; 1JFA A; 3DYH A; 5JV1 F; 4EA1 A; 2E4O A; 3N0G A; 5IM1 A; 3ID0 A; 1RQJ A; 2PS6 A; 3KRA B; 3VJD A; 1V4J A; 1DGP A; 3ICK A; 3NPK A; 2F89 F; 3N3L F; 3M02 A; 3OAC B; 4L2X F; 4UMJ A; 2Z4W A; 3ICM A; 1YYT A; 4DI5 A; 4MC8 A; 4LZC A; 5ILK A; 3LG5 A; 2Q9Y A; 4RXD A; 1JFG A; 3LEE A; 5EAT A; 3WJK A; 5IL8 A; 3ZL6 A; 1VG3 A; 3KRP B; 3AQ0 A; 4DXJ A; 4XQT F; 3W7F A; 3VJE A; 4HD1 A; 3WCD A; 3MZV A; 4KVD A; 3WCH A; 1N1B A; 4RNQ A; 4NKF A; 5B0J A; 4MC3 A; 4QPF A; 1WL1 A; 1N1Z A; 3WJO A; 4NFK F; 2PS8 A; 4KK2 A; 5IK6 A; 2Z7I A; 1KIY A; 3M9U A; 3VJA A; 3RBM A; 2E90 A; 3WEH A; 1YYR A; 4KQS A; 3N45 F; 3WCB A; 3ACX A; 3TS7 A; 4ZQ8 A; 4PVY F; 5B0M A; 5AFX A; 4QXS F; 1V4H A; 2AZK A; 3ZCD A; 2FOR A; 4GP2 A; 5C05 A; 4E1E A; 4GAX A; 3SAE A; 5HN8 A; 1N21 A; 1WL0 A; 1N23 A; 1WMW A; 4LZ0 A; 4KKM A; 1WKZ A; 3P8L A; 5A0K A; 4KQU A; 2Z4X A; 5ILD A; 4WK5 A; 5ERN A; 4LIX A; 4RXA A; 5IL3 A; 1YHL A; 3NF2 A; 1HXG A; 3SDQ A; 3N49 F; 5IMI A; 1YQ7 A; 3WE9 A; 2AZJ A; 4H5E F; 5IKA A; 5DJV F; 2Z4Z A; 2E8X A; 2F92 F; 4JXN A; 2ZCS A; 3WCC A; 2RAH A; 2E93 A; 4LXW A; 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