The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
137
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sequence length |
333
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structure length |
330
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Chain Sequence |
LSSSLKTCYKYLNQTSAAVIQALDGEMRNAVCIFYLVLRALDTLEDDMTISVEKKVPLLHNFHSFLYQPDWRFMESKEKDRQVLEDFPTISLEFRNLAEKYQTVIADICRRMGIGMAEFLDKHVTSEQEWDKYCHYVAGLVGIGLSRLFSASEFEDPLVGEDTERANSMGLFLQKTNIIRDYLEDQQGGREFWPQEVWSRYVKKLGDFAKPENIDLAVQCLNELITNALHHIPDVITYLSRLRNQSVFNFCAIPQVMAIATLAACYNNQQVFKGAVKIRKGQAVTLMMDATNMPAVKAIIYQYMEEIYHRIPDSDPSSSKTRQIISTIRT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Discovery of a new 2-aminobenzhydrol template for highly potent squalene synthase inhibitors
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase/transferase inhibitor
|
| source organism |
Homo sapiens
|
| molecule keywords |
Squalene synthase
|
| total genus |
137
|
| structure length |
330
|
| sequence length |
333
|
| ec nomenclature |
ec
2.5.1.21: Squalene synthase. |
| pdb deposition date | 2010-12-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00494 | SQS_PSY | Squalene/phytoene synthase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1V4J A; 2ONH A; 5E8L A; 1WMW A; 4EA2 A; 5ILK A; 1YYS A; 3VJA A; 3ZL6 A; 1V4E A; 1YYR A; 3LMD A; 1ZW5 A; 2DH4 A; 2Z4V A; 4NFJ F; 3V1V A; 3IBA A; 3Q2Q A; 1UBW A; 2E90 A; 5B0M A; 1HM7 A; 3P8R A; 5AYP A; 3CC9 A; 5B01 A; 5E8K A; 5ERM A; 2ONG A; 5KSX F; 3PYB A; 4OMH A; 3CP6 A; 3P41 A; 5JV1 F; 1V4K A; 4LZ3 A; 4KVY A; 4N1Z F; 4KPJ A; 4KPD A; 3M02 A; 1HXG A; 3WEK A; 3WJO A; 2PS4 A; 1UBV A; 2J5C A; 2E91 A; 1N21 A; 1RQJ A; 3KRP B; 1YV5 A; 3OAC B; 2ZCS A; 3ACW A; 2H8O A; 2Z4X A; 3KRC B; 3PH7 A; 4KWD A; 5ER8 A; 2Z7H A; 3N0F A; 3S4J A; 2O1O A; 3OAC A; 2Q9Y A; 3WCE A; 3M9U A; 3SAE A; 3WEH A; 3ICM A; 5CG6 A; 2Z4Y A; 5E8H A; 4RNQ A; 5IL3 A; 3LDW A; 2ZEU A; 1N24 A; 4MC0 A; 4KKM A; 5ILZ A; 3OAB B; 4RXA A; 1YHM A; 5DW7 A; 4PVY F; 4MC3 A; 3WC9 A; 1N22 A; 3OAB A; 5B0I A; 4EA1 A; 1RTR A; 5A0K A; 4JZB A; 1UBY A; 2ZY1 A; 1WY0 A; 3EZ3 A; 3N3L F; 4LFV F; 4RXD A; 4KUX A; 2VF6 A; 4NKE A; 5IK0 A; 3LGZ B; 4LFE A; 5AEL A; 4JVJ F; 3LVS A; 5IKA A; 4PVX F; 2AEL A; 3WCH A; 3VJE A; 2FTZ A; 2F8C F; 4DI5 A; 3NPR A; 4KQ5 A; 4JZX A; 3WJK A; 4RYP A; 1VG6 A; 1WL0 A; 3VJC A; 4OMG A; 3WCA A; 3RYE A; 2EWG A; 3SDQ A; 3EFQ A; 3UCA A; 3N3D A; 3PDE A; 5DIQ F; 5B00 A; 1YHL A; 4K10 A; 5IK9 A; 3AQ0 A; 2E92 A; 3WCI A; 1UBX A; 4GAX A; 4LZ0 A; 3TFV A; 2F94 F; 2AZK A; 4NFI F; 4JXN A; 3WSA A; 2OPM A; 5IM1 A; 3VJD A; 5ERO A; 4XQS F; 1HXA A; 3KBK A; 2J1O A; 4GP2 A; 3LG5 A; 2Z4Z A; 2E8W A; 3N49 F; 4XQT F; 4KVI A; 3WE9 A; 2Z50 A; 5ILD A; 3WEG A; 4KK2 A; 3WCD A; 5JV0 F; 4LPH F; 2F89 F; 5AHU B; 3LK5 A; 2OA6 A; 4P0W A; 3QQV A; 3WCL A; 1N20 A; 2Q9Z A; 3MAV A; 3SDR A; 3ICZ A; 3P5P A; 4JXY A; 3N6K F; 4LFG A; 3SDT A; 3P5R A; 1EZF A; 4KQU A; 2Q80 A; 2J1P A; 4QXS F; 3ASX A; 1VG7 A; 3WJN A; 1HM4 A; 3AQC B; 2E4O A; 3WEJ A; 1DGP A; 2Z78 A; 4F6V A; 1YYQ A; 3N0G A; 1VG3 A; 5B0L A; 5IK6 A; 1V4H A; 5JV2 F; 5DJP F; 4OKZ A; 1YQ7 A; 2E95 A; 4JYX A; 5DZ2 A; 1VG4 A; 3ID0 A; 2OGD A; 3LEE A; 1N1B A; 3ICN A; 4KQS A; 3ZCD A; 4DWB A; 4NKF A; 4FP4 A; 5DGS F; 2E93 A; 5AFX A; 1WL2 A; 4E9Z A; 3PYA A; 5C05 A; 4F62 A; 3BNY A; 2ZCO A; 5ERN A; 5IL8 A; 2AET A; 3S9V A; 1WL1 A; 4DWG A; 4LUU A; 2F9K F; 3Q1O A; 4HD1 A; 4FJQ A; 3ADZ A; 1FPS A; 4KVD A; 3TC1 A; 5DGM F; 4QPF A; 3P8L A; 3AE0 A; 3ICK A; 4LXW A; 1YJ4 A; 3Q30 A; 3M00 A; 4H5C F; 1RQI A; 3RMG A; 2AZL A; 3N46 F; 3LOM A; 3RBM A; 5HN9 A; 2OPN A; 2ZEV A; 3LGK A; 3PKO A; 2PS8 A; 1YHK A; 3KRO B; 1KIZ A; 4LA5 A; 1JFG A; 2QIS A; 3DYF A; 3KRO A; 4LA6 A; 3M0G A; 5ILH A; 4WK5 A; 3WCM A; 2E8U A; 4NFK F; 3TFN A; 1WKZ A; 4L2X F; 3DYH A; 4DHD A; 2FOR A; 3NF2 A; 4ZQ8 A; 5DJR F; 4DZW A; 5JA0 F; 5ILY A; 2E8X A; 2ZCR A; 3NPK A; 5ILI A; 2Q58 A; 1N1Z A; 3WCJ A; 2AEK A; 5IMN A; 4OKM A; 4Q23 A; 4LIX A; 3LZ9 A; 5I1U A; 1PS1 A; 3KRF A; 4P0X A; 2PS7 A; 3TFP A; 3QKC A; 5B03 A; 3VJ9 A; 2F7M F; 3W7F A; 3MZV A; 4H5D F; 4LTV A; 3EGT A; 5EAS A; 3ZOU A; 2RAH A; 4NUA A; 5IMP A; 2E8V A; 4RXE A; 1YYT A; 2ZCQ A; 4LLS A; 5H9D A; 3V1X A; 3WCC A; 5IKH A; 3ACX A; 3WSB A; 3WEF A; 3G4F A; 3APZ A; 4KFA A; 2Z4W A; 1JFA A; 3B7L A; 3M01 A; 4LTZ A; 5IVG A; 3KRA B; 2Z7I A; 1N23 A; 5HNA A; 2PS6 A; 4DEM F; 4LZC A; 3VJ8 A; 5A0I A; 4GP1 A; 3RYW A; 3WCG A; 3KRA A; 5CG5 A; 4P0V A; 4N9U A; 1KIY A; 4LPG F; 4LLT A; 3CKE A; 3BNX A; 3N5H F; 4MC8 A; 5A0J A; 5IMI A; 5DJV F; 1YYU A; 3KRP A; 3SDU A; 4KVW A; 3ZMB A; 3TS7 A; 3KRC A; 1HXC A; 3ZMC A; 1WL3 A; 3OYR A; 4E9U A; 2E94 A; 1V4I A; 3IPI A; 5DHK A; 3N5J F; 5DGN F; 3N1V F; 3WCF A; 1HX9 A; 4EA0 A; 5B02 A; 5B0K A; 3WEI A; 4RXC A; 3VJB A; 1DI1 A; 3LSN A; 3Q2Z A; 4XQR F; 3SDV A; 5HN7 A; 5JUZ F; 2PS5 A; 5EAT A; 3WCB A; 2E8T A; 3AQB B; 4NG6 A; 4OGU A; 5HN8 A; 3N1W F; 4F6X A; 5DHI A; 2F92 F; 5ILJ A; 2I19 A; 4GA3 A; 3G4D A; 5IN8 A; 3V66 A; 4LOB A; 5EAU A; 3KB9 A; 3LLW A; 2F8Z F; 5B0J A; 2P1C A; 2AZJ A; 4E1E A; 1VG2 A; 4H5E F; 4UMJ A; 4DXJ A; 3N45 F; 3NRI A; 3ACY A; 3DYG A; 2Z52 A; 3KRF B; 3LJI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1V4J A; 2ONH A; 5E8L A; 1WMW A; 4EA2 A; 5ILK A; 1YYS A; 3VJA A; 3ZL6 A; 1V4E A; 1YYR A; 3LMD A; 1ZW5 A; 2DH4 A; 2Z4V A; 4NFJ F; 3V1V A; 3IBA A; 3Q2Q A; 1UBW A; 2E90 A; 5B0M A; 1HM7 A; 3P8R A; 5AYP A; 3CC9 A; 5B01 A; 5E8K A; 5ERM A; 2ONG A; 5KSX F; 3PYB A; 4OMH A; 3CP6 A; 3P41 A; 5JV1 F; 1V4K A; 4LZ3 A; 4KVY A; 4N1Z F; 4KPJ A; 4KPD A; 3M02 A; 1HXG A; 3WEK A; 3WJO A; 2PS4 A; 1UBV A; 2J5C A; 2E91 A; 1N21 A; 1RQJ A; 3KRP B; 1YV5 A; 3OAC B; 2ZCS A; 3ACW A; 2H8O A; 2Z4X A; 3KRC B; 3PH7 A; 4KWD A; 5ER8 A; 2Z7H A; 3N0F A; 3S4J A; 2O1O A; 3OAC A; 2Q9Y A; 3WCE A; 3M9U A; 3SAE A; 3WEH A; 3ICM A; 5CG6 A; 2Z4Y A; 5E8H A; 4RNQ A; 5IL3 A; 3LDW A; 2ZEU A; 1N24 A; 4MC0 A; 4KKM A; 5ILZ A; 3OAB B; 4RXA A; 1YHM A; 5DW7 A; 4PVY F; 4MC3 A; 3WC9 A; 1N22 A; 3OAB A; 5B0I A; 4EA1 A; 1RTR A; 5A0K A; 4JZB A; 1UBY A; 2ZY1 A; 1WY0 A; 3EZ3 A; 3N3L F; 4LFV F; 4RXD A; 4KUX A; 2VF6 A; 4NKE A; 5IK0 A; 3LGZ B; 4LFE A; 5AEL A; 4JVJ F; 3LVS A; 5IKA A; 4PVX F; 2AEL A; 3WCH A; 3VJE A; 2FTZ A; 2F8C F; 4DI5 A; 3NPR A; 4KQ5 A; 4JZX A; 3WJK A; 4RYP A; 1VG6 A; 1WL0 A; 3VJC A; 4OMG A; 3WCA A; 3RYE A; 2EWG A; 3SDQ A; 3EFQ A; 3UCA A; 3N3D A; 3PDE A; 5DIQ F; 5B00 A; 1YHL A; 4K10 A; 5IK9 A; 3AQ0 A; 2E92 A; 3WCI A; 1UBX A; 4GAX A; 4LZ0 A; 3TFV A; 2F94 F; 2AZK A; 4NFI F; 4JXN A; 3WSA A; 2OPM A; 5IM1 A; 3VJD A; 5ERO A; 4XQS F; 1HXA A; 3KBK A; 2J1O A; 4GP2 A; 3LG5 A; 2Z4Z A; 2E8W A; 3N49 F; 4XQT F; 4KVI A; 3WE9 A; 2Z50 A; 5ILD A; 3WEG A; 4KK2 A; 3WCD A; 5JV0 F; 4LPH F; 2F89 F; 5AHU B; 3LK5 A; 2OA6 A; 4P0W A; 3QQV A; 3WCL A; 1N20 A; 2Q9Z A; 3MAV A; 3SDR A; 3ICZ A; 3P5P A; 4JXY A; 3N6K F; 4LFG A; 3SDT A; 3P5R A; 1EZF A; 4KQU A; 2Q80 A; 2J1P A; 4QXS F; 3ASX A; 1VG7 A; 3WJN A; 1HM4 A; 3AQC B; 2E4O A; 3WEJ A; 1DGP A; 2Z78 A; 4F6V A; 1YYQ A; 3N0G A; 1VG3 A; 5B0L A; 5IK6 A; 1V4H A; 5JV2 F; 5DJP F; 4OKZ A; 1YQ7 A; 2E95 A; 4JYX A; 5DZ2 A; 1VG4 A; 3ID0 A; 2OGD A; 3LEE A; 1N1B A; 3ICN A; 4KQS A; 3ZCD A; 4DWB A; 4NKF A; 4FP4 A; 5DGS F; 2E93 A; 5AFX A; 1WL2 A; 4E9Z A; 3PYA A; 5C05 A; 4F62 A; 3BNY A; 2ZCO A; 5ERN A; 5IL8 A; 2AET A; 3S9V A; 1WL1 A; 4DWG A; 4LUU A; 2F9K F; 3Q1O A; 4HD1 A; 4FJQ A; 3ADZ A; 1FPS A; 4KVD A; 3TC1 A; 5DGM F; 4QPF A; 3P8L A; 3AE0 A; 3ICK A; 4LXW A; 1YJ4 A; 3Q30 A; 3M00 A; 4H5C F; 1RQI A; 3RMG A; 2AZL A; 3N46 F; 3LOM A; 3RBM A; 5HN9 A; 2OPN A; 2ZEV A; 3LGK A; 3PKO A; 2PS8 A; 1YHK A; 3KRO B; 1KIZ A; 4LA5 A; 1JFG A; 2QIS A; 3DYF A; 3KRO A; 4LA6 A; 3M0G A; 5ILH A; 4WK5 A; 3WCM A; 2E8U A; 4NFK F; 3TFN A; 1WKZ A; 4L2X F; 3DYH A; 4DHD A; 2FOR A; 3NF2 A; 4ZQ8 A; 5DJR F; 4DZW A; 5JA0 F; 5ILY A; 2E8X A; 2ZCR A; 3NPK A; 5ILI A; 2Q58 A; 1N1Z A; 3WCJ A; 2AEK A; 5IMN A; 4OKM A; 4Q23 A; 4LIX A; 3LZ9 A; 5I1U A; 1PS1 A; 3KRF A; 4P0X A; 2PS7 A; 3TFP A; 3QKC A; 5B03 A; 3VJ9 A; 2F7M F; 3W7F A; 3MZV A; 4H5D F; 4LTV A; 3EGT A; 5EAS A; 3ZOU A; 2RAH A; 4NUA A; 5IMP A; 2E8V A; 4RXE A; 1YYT A; 2ZCQ A; 4LLS A; 5H9D A; 3V1X A; 3WCC A; 5IKH A; 3ACX A; 3WSB A; 3WEF A; 3G4F A; 3APZ A; 4KFA A; 2Z4W A; 1JFA A; 3B7L A; 3M01 A; 4LTZ A; 5IVG A; 3KRA B; 2Z7I A; 1N23 A; 5HNA A; 2PS6 A; 4DEM F; 4LZC A; 3VJ8 A; 5A0I A; 4GP1 A; 3RYW A; 3WCG A; 3KRA A; 5CG5 A; 4P0V A; 4N9U A; 1KIY A; 4LPG F; 4LLT A; 3CKE A; 3BNX A; 3N5H F; 4MC8 A; 5A0J A; 5IMI A; 5DJV F; 1YYU A; 3KRP A; 3SDU A; 4KVW A; 3ZMB A; 3TS7 A; 3KRC A; 1HXC A; 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