The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
133
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sequence length |
310
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structure length |
300
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Chain Sequence |
MSDDTSLELPFTHRRNPHQTEAADRHLEWLQRHRELAAVVSGSTYTGWDITELASLVYPESSAEDLALAADLMGFYFLFDDQFDSPLGRRPEQVALICERLSAIAHGTLTAVTSPSERAFADLWRRITLGMTDRWRARAACNWEYYFACHPAEAAGRPPDREGYLTLRRGTAAMESIFDMIERLGHFEVPQHVMHHPLFRQLRQLAADIPSFTNDVRSFAQEANLVMIVRRDRCCSTAEACAVVWDEAQRMADRFCDLRDQLPDACRSMSLDPAQRLAAERYADGMALWLAGYLHWESHT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
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| molecule keywords |
Germacradien-4-ol synthase
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| publication title |
Mechanism of Germacradien-4-ol Synthase-Controlled Water Capture.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Streptomyces citricolor
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| total genus |
133
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| structure length |
300
|
| sequence length |
310
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2016-02-06 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | Farnesyl Diphosphate Synthase | Farnesyl Diphosphate Synthase |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1FPS A; 3WCJ A; 4WK5 A; 3WEH A; 3KRC A; 3KRF A; 1ZW5 A; 2Q9Z A; 2Z7H A; 5JV1 F; 4H5D F; 3RBM A; 3ASX A; 3TFN A; 4Q23 A; 4OMH A; 4EA1 A; 2F94 F; 3LK5 A; 3TFV A; 4LZ0 A; 3Q2Q A; 2J1P A; 2OPN A; 4RXD A; 3AQC B; 3LSN A; 4N1Z F; 5IK9 A; 2AZJ A; 3NF2 A; 5DGS F; 3CKE A; 3ACX A; 5B02 A; 4LTV A; 5JUZ F; 3N3D A; 5ILD A; 4NG6 A; 3WCF A; 5C05 A; 2P1C A; 4KVY A; 1V4K A; 4NFK F; 3SDR A; 3AE0 A; 2ZCR A; 3EGT A; 1HM7 A; 4LLS A; 3WC9 A; 5ILY A; 5IK0 A; 3KRO B; 5EAS A; 3B7L A; 5ILH A; 4QXS F; 5HN9 A; 3ZL6 A; 5IL8 A; 2Q9Y A; 3KB9 A; 3NPR A; 1N24 A; 2E8U A; 4P0V A; 2PS8 A; 1YYT A; 5IM1 A; 2ZCQ A; 4KVW A; 4NUA A; 2E4O A; 3KRC B; 5ILI A; 3KRF B; 1DGP A; 3LZ9 A; 3G4D A; 5KSX F; 3LOM A; 5B00 A; 3N49 F; 1YHM A; 2FOR A; 1WMW A; 2ZEU A; 5A0J A; 4KPJ A; 3EFQ A; 4RNQ A; 3KRA B; 5ILK A; 3ADZ A; 3Q2Z A; 3WJK A; 2E94 A; 4MC0 A; 4KUX A; 4LZ3 A; 1N22 A; 5A0K A; 1UBW A; 2Z4X A; 3IBA A; 2E8X A; 3OAB A; 3VJ9 A; 4LFV F; 3ZCD A; 2AEK A; 5CG6 A; 3OAC B; 2E90 A; 3WCL A; 5B03 A; 4KKM A; 5ERO A; 3WCE A; 4NFI F; 3W7F A; 2Z52 A; 4JYX A; 3S4J A; 2H8O A; 3SAE A; 4FJQ A; 5B0L A; 3CC9 A; 1RQI A; 2E8T A; 1VG2 A; 5AFX A; 5DJV F; 2ZCS A; 1WL1 A; 5HNA A; 5IL3 A; 2PS6 A; 4LA5 A; 3P5R A; 4EA0 A; 1V4H A; 1JFG A; 3VJC A; 2Z50 A; 3AQB B; 1UBX A; 3BNY A; 1YYQ A; 4F62 A; 4GA3 A; 1KIY A; 3N45 F; 5AEL A; 3IPI A; 4KQS A; 3LJI A; 5DHI A; 2F8Z F; 3WCA A; 5DGM F; 3ZOU A; 3OAB B; 3P5P A; 3P41 A; 2VF6 A; 4QPF A; 5HN7 A; 5B0M A; 2ZEV A; 2AET A; 5ILZ A; 3LDW A; 3WCG A; 4RYP A; 3AQ0 A; 4RXC A; 3VJD A; 2J1O A; 2F89 F; 3WEI A; 3ZMB A; 3WCC A; 4DEM F; 4N9U A; 2ONH A; 1V4I A; 2F9K F; 3RMG A; 1N1B A; 5DJP F; 3WCD A; 3ZMC A; 2Z78 A; 1VG4 A; 2E93 A; 3CP6 A; 5JV2 F; 2E91 A; 3PH7 A; 3BNX A; 5IKA A; 5DZ2 A; 3TS7 A; 2E95 A; 3WJO A; 4PVX F; 4FP4 A; 3SDV A; 3LMD A; 3KRP A; 5HN8 A; 4K10 A; 5ER8 A; 2ZCO A; 3QQV A; 4JZX A; 4KK2 A; 5DIQ F; 3M00 A; 1N1Z A; 3N6K F; 4JVJ F; 1YYU A; 2F7M F; 3MZV A; 5E8K A; 3NPK A; 4E9Z A; 4PVY F; 4ZQ8 A; 2Q58 A; 1EZF A; 1N20 A; 3WJN A; 4DWG A; 1YHL A; 4H5C F; 2Z4V A; 3LGK A; 4HD1 A; 1WL0 A; 2PS7 A; 3P8L A; 4GAX A; 5IVG A; 1YQ7 A; 3KBK A; 4KQ5 A; 4DHD A; 4H5E F; 3RYW A; 3S9V A; 4EA2 A; 3LG5 A; 5DHK A; 3DYG A; 3QKC A; 4LPG F; 3ICZ A; 2E8V A; 4OKM A; 4XQT F; 4KVD A; 3WCH A; 3N5H F; 2F8C F; 4JXY A; 3M01 A; 3SDT A; 3WSA A; 3ACW A; 1YHK A; 3VJB A; 2Z7I A; 2I19 A; 4XQS F; 4KWD A; 2O1O A; 1DI1 A; 4OMG A; 3V1X A; 5AHU B; 5IMP A; 1VG6 A; 1YYR A; 4KVI A; 3KRO A; 5E8L A; 3ICK A; 2Q80 A; 3WEF A; 3WCI A; 3DYF A; 2Z4W A; 3N3L F; 4GP1 A; 2E8W A; 5EAT A; 1VG3 A; 3G4F A; 1HX9 A; 2F92 F; 4UMJ A; 3N0F A; 3WEJ A; 5JA0 F; 4OGU A; 3PDE A; 4LPH F; 1KIZ A; 4LZC A; 1WL2 A; 4NKF A; 1WL3 A; 4KQU A; 3V66 A; 1N23 A; 1HXA A; 3Q30 A; 4KPD A; 3LGZ B; 1WY0 A; 3ICN A; 5JV0 F; 1WKZ A; 2J5C A; 4JZB A; 5DGN F; 3UCA A; 3LLW A; 3ID0 A; 3KRA A; 3WSB A; 2ONG A; 5AYP A; 3LEE A; 2EWG A; 5B0I A; 1HM4 A; 2AZL A; 3Q1O A; 2AEL A; 5EAU A; 1HXG A; 4RXE A; 1YJ4 A; 3SDU A; 3PYB A; 5IK6 A; 4RXA A; 4LFE A; 5IKH A; 3APZ A; 2PS4 A; 3OAC A; 4XQR F; 3TFP A; 4DWB A; 4P0W A; 3DYH A; 4LIX A; 5B0J A; 5E8H A; 1YV5 A; 4F6V A; 4MC3 A; 3WE9 A; 2Z4Y A; 2E92 A; 5ILJ A; 4DI5 A; 3N5J F; 1V4J A; 4MC8 A; 4E1E A; 3N1V F; 3VJA A; 4JXN A; 2QIS A; 3RYE A; 2AZK A; 4F6X A; 2FTZ A; 4P0X A; 2Z4Z A; 5ERN A; 5CG5 A; 4DZW A; 3SDQ A; 3VJE A; 1UBY A; 1VG7 A; 4GP2 A; 3WCB A; 3ICM A; 4DXJ A; 2OPM A; 1JFA A; 3NRI A; 4LLT A; 2OGD A; 2RAH A; 3M9U A; 1V4E A; 5B01 A; 4NKE A; 2OA6 A; 3PKO A; 1RQJ A; 1UBV A; 1YYS A; 2ZY1 A; 3MAV A; 3M0G A; 3WEG A; 5I1U A; 5B0K A; 5IMN A; 4KFA A; 3PYA A; 4NFJ F; 3LVS A; 3ACY A; 4LA6 A; 3V1V A; 1RTR A; 4LTZ A; 4LOB A; 5IMI A; 5ERM A; 5IN8 A; 2DH4 A; 3N46 F; 3N1W F; 3VJ8 A; 3WCM A; 3WEK A; 3KRP B; 3N0G A; 5H9D A; 1HXC A; 4L2X F; 4OKZ A; 4LFG A; 1PS1 A; 5DJR F; 3TC1 A; 5DW7 A; 3P8R A; 4LXW A; 3OYR A; 1N21 A; 4LUU A; 3M02 A; 3EZ3 A; 5A0I A; 4E9U A; 2PS5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1FPS A; 3WCJ A; 4WK5 A; 3WEH A; 3KRC A; 3KRF A; 1ZW5 A; 2Q9Z A; 2Z7H A; 5JV1 F; 4H5D F; 3RBM A; 3ASX A; 3TFN A; 4Q23 A; 4OMH A; 4EA1 A; 2F94 F; 3LK5 A; 3TFV A; 4LZ0 A; 3Q2Q A; 2J1P A; 2OPN A; 4RXD A; 3AQC B; 3LSN A; 4N1Z F; 5IK9 A; 2AZJ A; 3NF2 A; 5DGS F; 3CKE A; 3ACX A; 5B02 A; 4LTV A; 5JUZ F; 3N3D A; 5ILD A; 4NG6 A; 3WCF A; 5C05 A; 2P1C A; 4KVY A; 1V4K A; 4NFK F; 3SDR A; 3AE0 A; 2ZCR A; 3EGT A; 1HM7 A; 4LLS A; 3WC9 A; 5ILY A; 5IK0 A; 3KRO B; 5EAS A; 3B7L A; 5ILH A; 4QXS F; 5HN9 A; 3ZL6 A; 5IL8 A; 2Q9Y A; 3KB9 A; 3NPR A; 1N24 A; 2E8U A; 4P0V A; 2PS8 A; 1YYT A; 5IM1 A; 2ZCQ A; 4KVW A; 4NUA A; 2E4O A; 3KRC B; 5ILI A; 3KRF B; 1DGP A; 3LZ9 A; 3G4D A; 5KSX F; 3LOM A; 5B00 A; 3N49 F; 1YHM A; 2FOR A; 1WMW A; 2ZEU A; 5A0J A; 4KPJ A; 3EFQ A; 4RNQ A; 3KRA B; 5ILK A; 3ADZ A; 3Q2Z A; 3WJK A; 2E94 A; 4MC0 A; 4KUX A; 4LZ3 A; 1N22 A; 5A0K A; 1UBW A; 2Z4X A; 3IBA A; 2E8X A; 3OAB A; 3VJ9 A; 4LFV F; 3ZCD A; 2AEK A; 5CG6 A; 3OAC B; 2E90 A; 3WCL A; 5B03 A; 4KKM A; 5ERO A; 3WCE A; 4NFI F; 3W7F A; 2Z52 A; 4JYX A; 3S4J A; 2H8O A; 3SAE A; 4FJQ A; 5B0L A; 3CC9 A; 1RQI A; 2E8T A; 1VG2 A; 5AFX A; 5DJV F; 2ZCS A; 1WL1 A; 5HNA A; 5IL3 A; 2PS6 A; 4LA5 A; 3P5R A; 4EA0 A; 1V4H A; 1JFG A; 3VJC A; 2Z50 A; 3AQB B; 1UBX A; 3BNY A; 1YYQ A; 4F62 A; 4GA3 A; 1KIY A; 3N45 F; 5AEL A; 3IPI A; 4KQS A; 3LJI A; 5DHI A; 2F8Z F; 3WCA A; 5DGM F; 3ZOU A; 3OAB B; 3P5P A; 3P41 A; 2VF6 A; 4QPF A; 5HN7 A; 5B0M A; 2ZEV A; 2AET A; 5ILZ A; 3LDW A; 3WCG A; 4RYP A; 3AQ0 A; 4RXC A; 3VJD A; 2J1O A; 2F89 F; 3WEI A; 3ZMB A; 3WCC A; 4DEM F; 4N9U A; 2ONH A; 1V4I A; 2F9K F; 3RMG A; 1N1B A; 5DJP F; 3WCD A; 3ZMC A; 2Z78 A; 1VG4 A; 2E93 A; 3CP6 A; 5JV2 F; 2E91 A; 3PH7 A; 3BNX A; 5IKA A; 5DZ2 A; 3TS7 A; 2E95 A; 3WJO A; 4PVX F; 4FP4 A; 3SDV A; 3LMD A; 3KRP A; 5HN8 A; 4K10 A; 5ER8 A; 2ZCO A; 3QQV A; 4JZX A; 4KK2 A; 5DIQ F; 3M00 A; 1N1Z A; 3N6K F; 4JVJ F; 1YYU A; 2F7M F; 3MZV A; 5E8K A; 3NPK A; 4E9Z A; 4PVY F; 4ZQ8 A; 2Q58 A; 1EZF A; 1N20 A; 3WJN A; 4DWG A; 1YHL A; 4H5C F; 2Z4V A; 3LGK A; 4HD1 A; 1WL0 A; 2PS7 A; 3P8L A; 4GAX A; 5IVG A; 1YQ7 A; 3KBK A; 4KQ5 A; 4DHD A; 4H5E F; 3RYW A; 3S9V A; 4EA2 A; 3LG5 A; 5DHK A; 3DYG A; 3QKC A; 4LPG F; 3ICZ A; 2E8V A; 4OKM A; 4XQT F; 4KVD A; 3WCH A; 3N5H F; 2F8C F; 4JXY A; 3M01 A; 3SDT A; 3WSA A; 3ACW A; 1YHK A; 3VJB A; 2Z7I A; 2I19 A; 4XQS F; 4KWD A; 2O1O A; 1DI1 A; 4OMG A; 3V1X A; 5AHU B; 5IMP A; 1VG6 A; 1YYR A; 4KVI A; 3KRO A; 5E8L A; 3ICK A; 2Q80 A; 3WEF A; 3WCI A; 3DYF A; 2Z4W A; 3N3L F; 4GP1 A; 2E8W A; 5EAT A; 1VG3 A; 3G4F A; 1HX9 A; 2F92 F; 4UMJ A; 3N0F A; 3WEJ A; 5JA0 F; 4OGU A; 3PDE A; 4LPH F; 1KIZ A; 4LZC A; 1WL2 A; 4NKF A; 1WL3 A; 4KQU A; 3V66 A; 1N23 A; 1HXA A; 3Q30 A; 4KPD A; 3LGZ B; 1WY0 A; 3ICN A; 5JV0 F; 1WKZ A; 2J5C A; 4JZB A; 5DGN F; 3UCA A; 3LLW A; 3ID0 A; 3KRA A; 3WSB A; 2ONG A; 5AYP A; 3LEE A; 2EWG A; 5B0I A; 1HM4 A; 2AZL A; 3Q1O A; 2AEL A; 5EAU A; 1HXG A; 4RXE A; 1YJ4 A; 3SDU A; 3PYB A; 5IK6 A; 4RXA A; 4LFE A; 5IKH A; 3APZ A; 2PS4 A; 3OAC A; 4XQR F; 3TFP A; 4DWB A; 4P0W A; 3DYH A; 4LIX A; 5B0J A; 5E8H A; 1YV5 A; 4F6V A; 4MC3 A; 3WE9 A; 2Z4Y A; 2E92 A; 5ILJ A; 4DI5 A; 3N5J F; 1V4J A; 4MC8 A; 4E1E A; 3N1V F; 3VJA A; 4JXN A; 2QIS A; 3RYE A; 2AZK A; 4F6X A; 2FTZ A; 4P0X A; 2Z4Z A; 5ERN A; 5CG5 A; 4DZW A; 3SDQ A; 3VJE A; 1UBY A; 1VG7 A; 4GP2 A; 3WCB A; 3ICM A; 4DXJ A; 2OPM A; 1JFA A; 3NRI A; 4LLT A; 2OGD A; 2RAH A; 3M9U A; 1V4E A; 5B01 A; 4NKE A; 2OA6 A; 3PKO A; 1RQJ A; 1UBV A; 1YYS A; 2ZY1 A; 3MAV A; 3M0G A; 3WEG A; 5I1U A; 5B0K A; 5IMN A; 4KFA A; 3PYA A; 4NFJ F; 3LVS A; 3ACY A; 4LA6 A; 3V1V A; 1RTR A; 4LTZ A; 4LOB A; 5IMI A; 5ERM A; 5IN8 A; 2DH4 A; 3N46 F; 3N1W F; 3VJ8 A; 3WCM A; 3WEK A; 3KRP B; 3N0G A; 5H9D A; 1HXC A; 4L2X F; 4OKZ A; 4LFG A; 1PS1 A; 5DJR F; 3TC1 A; 5DW7 A; 3P8R A; 4LXW A; 3OYR A; 1N21 A; 4LUU A; 3M02 A; 3EZ3 A; 5A0I A; 4E9U A; 2PS5 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1FPS A; 3WCJ A; 4WK5 A; 3WEH A; 3KRC A; 3KRF A; 1ZW5 A; 2Q9Z A; 2Z7H A; 5JV1 F; 4H5D F; 3RBM A; 3ASX A; 3TFN A; 4Q23 A; 4OMH A; 4EA1 A; 2F94 F; 3LK5 A; 3TFV A; 4LZ0 A; 3Q2Q A; 2J1P A; 2OPN A; 4RXD A; 3AQC B; 3LSN A; 4N1Z F; 5IK9 A; 2AZJ A; 3NF2 A; 5DGS F; 3CKE A; 3ACX A; 5B02 A; 4LTV A; 5JUZ F; 3N3D A; 5ILD A; 4NG6 A; 3WCF A; 5C05 A; 2P1C A; 4KVY A; 1V4K A; 4NFK F; 3SDR A; 3AE0 A; 2ZCR A; 3EGT A; 1HM7 A; 4LLS A; 3WC9 A; 5ILY A; 5IK0 A; 3KRO B; 5EAS A; 3B7L A; 5ILH A; 4QXS F; 5HN9 A; 3ZL6 A; 5IL8 A; 2Q9Y A; 3KB9 A; 3NPR A; 1N24 A; 2E8U A; 4P0V A; 2PS8 A; 1YYT A; 5IM1 A; 2ZCQ A; 4KVW A; 4NUA A; 2E4O A; 3KRC B; 5ILI A; 3KRF B; 1DGP A; 3LZ9 A; 3G4D A; 5KSX F; 3LOM A; 5B00 A; 3N49 F; 1YHM A; 2FOR A; 1WMW A; 2ZEU A; 5A0J A; 4KPJ A; 3EFQ A; 4RNQ A; 3KRA B; 5ILK A; 3ADZ A; 3Q2Z A; 3WJK A; 2E94 A; 4MC0 A; 4KUX A; 4LZ3 A; 1N22 A; 5A0K A; 1UBW A; 2Z4X A; 3IBA A; 2E8X A; 3OAB A; 3VJ9 A; 4LFV F; 3ZCD A; 2AEK A; 5CG6 A; 3OAC B; 2E90 A; 3WCL A; 5B03 A; 4KKM A; 5ERO A; 3WCE A; 4NFI F; 3W7F A; 2Z52 A; 4JYX A; 3S4J A; 2H8O A; 3SAE A; 4FJQ A; 5B0L A; 3CC9 A; 1RQI A; 2E8T A; 1VG2 A; 5AFX A; 5DJV F; 2ZCS A; 1WL1 A; 5HNA A; 5IL3 A; 2PS6 A; 4LA5 A; 3P5R A; 4EA0 A; 1V4H A; 1JFG A; 3VJC A; 2Z50 A; 3AQB B; 1UBX A; 3BNY A; 1YYQ A; 4F62 A; 4GA3 A; 1KIY A; 3N45 F; 5AEL A; 3IPI A; 4KQS A; 3LJI A; 5DHI A; 2F8Z F; 3WCA A; 5DGM F; 3ZOU A; 3OAB B; 3P5P A; 3P41 A; 2VF6 A; 4QPF A; 5HN7 A; 5B0M A; 2ZEV A; 2AET A; 5ILZ A; 3LDW A; 3WCG A; 4RYP A; 3AQ0 A; 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