The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
280
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sequence length |
756
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structure length |
756
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Chain Sequence |
MKLSEREWLIEQDKLEASGKFETCFALTNGYIGIRGINEEVFCEETPGTYIAGVFDKSTAQVTELVNLPNPIGLRIYINREFLNPLKCEILEFKRVLDLKQGILYRKLRLKDVKGRITTIEGFRFVSMNNKNLIVQKYDVVCENYSAVLNVESFIDATTVNSKDVPNDRVKHYEIDKKKDFADGIYLGITTKDKKYKVGIASSTKVLLNNQRCYFNRFTKDLGYIITENFEVEAKQGERYEIEKLTVLVSSREKNVGDVFETCTNKLKEFETKSAEKLLFEHIEEYKRLWDVANIDIVGDEVANKSVKFNIFHLISMANPEDEHVSLGAKGLHGEGYKGHVFWDTEIFMLPFYIYTNPAAAKAMLMYRYNLLDAARENARKNGYKGAQFPWESADTGEEETPKWGYDYLGNPVRIWTGDIEYHISADIAYAVMNYVRATDDIDFLLNYGSEIIIETARFWASICKYNKEKGRYEINDVIGPDEFHEHCNNNAYTNYLAKWNLLKASELCNLLLEKYPKYFEKLSKKINLSDEEPFVWQEIASKIYIPYHPDKKLIEQFEGYFNLKDFVIKEYDQNNMPVWPEGVELDKLNNYQLIKQADVVMLLYLLGEEFDDQTKKINYDYYEKRTMHKSSLSPSIYALMGVRVGETNRAYINFMRTALTDLEDNQGNTHLGIHAASLGGTWQALVFGFGGISIEKDDVLSVNPWLPEKWESLKFSIWWKGNLLDFKITKDNVEVKKRVEKGNVKLKIKGQEAII
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structural and mutational analysis of substrate recognition in kojibiose phosphorylase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Kojibiose phosphorylase
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| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Caldicellulosiruptor saccharolyticus
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| total genus |
280
|
| structure length |
756
|
| sequence length |
756
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature |
ec
2.4.1.230: Kojibiose phosphorylase. |
| pdb deposition date | 2013-09-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03632 | Glyco_hydro_65m | Glycosyl hydrolase family 65 central catalytic domain |
| A | PF03633 | Glyco_hydro_65C | Glycosyl hydrolase family 65, C-terminal domain |
| A | PF03636 | Glyco_hydro_65N | Glycosyl hydrolase family 65, N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Maltose phosphorylase, domain 3 | Maltose phosphorylase, domain 3 | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3RSY A; 3S4C A; 2GH4 A; 3ACS A; 3QT9 A; 1V5D A; 1GAI A; 1FO3 A; 1G87 A; 2D5J A; 1UG9 A; 3W7U A; 1CEM A; 3W5M A; 2CQS A; 3QRY A; 1WZZ A; 4CJ0 A; 2GZ6 A; 1VD5 A; 4CE7 A; 1XWT A; 4XUV A; 1XWQ A; 3ACT A; 5M7Y A; 1X9D A; 1KSD A; 1TF4 A; 3AFJ A; 1FCE A; 1LF9 A; 1K72 A; 3QT3 A; 4TXT A; 3WIR A; 3GT5 A; 2NVP A; 1LF6 A; 3D3I A; 1H14 A; 1IA7 A; 3WKI A; 2RI9 A; 1GLM A; 2QNO A; 3W7T A; 4AYR A; 1GAH A; 2DRS A; 2DRO A; 2A8Z A; 2B4F A; 1NXC A; 4WVB A; 3T33 A; 3WIW A; 2FBA A; 1H13 A; 1WU6 A; 3QPF A; 1WU4 A; 4EL8 A; 2AFA A; 5KKB A; 2AHF A; 3ON6 A; 5GY3 A; 3VW5 A; 1H54 A; 1V5C A; 1G6I A; 2F6D A; 3ANJ A; 3W7X A; 3A3V A; 1V7V A; 3QXF A; 1KS8 A; 1V7W A; 1FMI A; 5E2J A; 4Q88 A; 5M7I A; 2OKX A; 5CA3 A; 1AGM A; 1G9G A; 3EQA A; 1KSC A; 2CQT A; 2EAC A; 4WVC A; 4WU0 A; 1NC5 A; 3H7L A; 3TF4 A; 3S4A A; 3X17 A; 2ZBL A; 2EAD A; 2VN4 A; 3GLY A; 3K11 A; 2DRR A; 2YIK A; 1L1Y A; 2ZZR A; 3QXQ A; 3QSP A; 4WVA A; 3REN A; 5MEH A; 1IA6 A; 3WKF A; 3WUX A; 4L0G A; 1GA2 A; 3QDE A; 1KKT A; 1DOG A; 4KTR A; 2WYN A; 4AYQ A; 3WC3 A; 3QFZ A; 2JF4 A; 2RI8 A; 2JJB A; 4DOD A; 5CD2 A; 2RGK A; 3S4B A; 3WKH A; 2FV0 A; 2JG0 A; 2DRQ A; 3QG0 A; 1AYX A; 2XFG A; 2Z07 A; 3QFY A; 4Z4J A; 2P0V A; 3WKG A; 4KTP A; 1XW2 A; 4ZG8 A; 2D8L A; 2FV1 A; 1ULV A; 3QWT A; 4L6X A; 3GZK A; 4FUS A; 1FAE A; 3P2C A; 3RRS A; 1CLC A; 3WIQ A; 2AHG A; 1KRE A; 3EZ8 A; 4ZH5 A; 3RX8 A; 3VXD A; 4AYO A; 3RX5 A; 4TF4 A; 3E6U A; 3E73 A; 3ANI A; 4J5T A; 5DGR A; 4JJJ A; 3CIH A; 1JS4 A; 1FBW A; 4CJ1 A; 1HCU A; 3H3K A; 1F9O A; 1FBO A; 1F9D A; 4Q2B A; 5CZL A; 1IS9 A; 1KWF A; 1FP3 A; 3W5N A; 1FO2 A; 1WU5 A; 1KRF A; 2VN7 A; 4Z4L A; 1V7X A; 3ANK A; 5GW7 A; 3S4D A; 4AYP A; 1L2A A; 3PMM A; 5DGQ A; 1RQ5 A; 1G9J A; 3RX7 A; 4DOE A; 2FUZ A; 3W7S A; 1H12 A; 3H2W A; 2EAE A; 1DL2 A; 1KFG A; 1UT9 A; 3W7W A; 2EAB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1SO0 A; 1L7K A; 3RSY A; 4BTY A; 2W0Q A; 1SQC A; 4ZH1 A; 4GTO B; 5IK6 A; 1LOH A; 5FO7 B; 1L7J A; 3KII A; 1W2Z A; 2WOF A; 1TU5 A; 3M7B A; 1G87 A; 2D5J A; 1UG9 A; 3E32 B; 1N7O A; 3W7U A; 2WW3 A; 3SDU A; 1S63 B; 5ILZ A; 4RNL A; 1XWT A; 4XUV A; 1W5Z A; 1N7N A; 1JYW A; 3SFY B; 5JMD A; 1H37 A; 2V8J A; 3ACT A; 2A73 B; 3G6J B; 1RWH A; 1O6H A; 5ILD A; 3CZS A; 4F10 A; 2OOV A; 4D4C A; 1MN0 A; 3I3D A; 3WKI A; 1GLM A; 3I3B A; 5IL3 A; 1SIH A; 2HTA A; 3MV0 1; 3VD9 A; 3M71 A; 3N9H A; 4NEI A; 4AYR A; 1GAH A; 3HIG A; 3MUZ 1; 4DUW A; 2B4F A; 3T33 A; 3EU5 B; 2CFG A; 2ZL8 A; 1QX1 A; 3DX2 A; 2H6G B; 5KBP A; 4KKJ A; 1TQS A; 1JCS B; 3QPF A; 1GXM A; 1LUR A; 1TQW A; 2JKA A; 3BUP A; 5EAU A; 3T2Q A; 5KKB A; 3EJT A; 2AHF A; 3CU7 A; 2F6D A; 1SA5 B; 1KZO B; 3W7X A; 2OW6 A; 3A3V A; 1V7V A; 3DSS B; 1TNZ B; 3K7X A; 3NJV A; 1FMI A; 5E2J A; 3EJU A; 5CA3 A; 2GOX A; 2ONH A; 3G4D A; 3T2P A; 1TNU B; 3CZN A; 2EAC A; 3G4F A; 1N24 A; 5JPM B; 1NSZ A; 3X17 A; 1YGA A; 1LD7 B; 2EAD A; 2WW2 A; 1W6J A; 2WVZ A; 2DRR A; 1HN1 A; 3MWX A; 4EHM B; 3X42 A; 4GTQ B; 3VSM A; 2F0Y B; 1KKT A; 3PYB A; 1PX3 A; 1JRQ A; 2YFO A; 1DOG A; 2XQW A; 1RJO A; 1IU7 A; 2F7O A; 5AGD A; 2JF4 A; 2WZS A; 1N7Q A; 4DOD A; 2CG0 A; 3AMO B; 2RGK A; 2CFD A; 3T0U A; 4YCR A; 3DST B; 2CFK A; 2JG0 A; 1TXK A; 1LVN A; 1QQF A; 2I07 B; 5IKH A; 5ILJ A; 4Z4J A; 2P0V A; 1HZF A; 1XW2 A; 5DHK A; 3IMH A; 3M75 A; 2F1A A; 4TTG A; 2D8L A; 1TNB B; 1ULV A; 3GZK A; 1FAE A; 3P2C A; 3RRS A; 1CLC A; 3VSN A; 3EZ8 A; 1KRE A; 3VXD A; 3WIQ A; 2F1B A; 2WVY A; 2F7R A; 1N4P B; 1W3Y A; 3RX5 A; 4E1Y A; 1N20 A; 3OBA A; 4J5T A; 1AVK A; 1R33 A; 4JJJ A; 3CIH A; 1H35 A; 1JS4 A; 1FBW A; 3SDQ A; 1D6Y A; 3NNB A; 1N9A B; 3E30 B; 4FJQ A; 1N1Z A; 5CZL A; 5DHI A; 1W6G A; 3HXB B; 3KQ4 A; 4FNV A; 1LXM A; 4D4A A; 1N9E A; 4K3A A; 1JZ5 A; 1HM3 A; 4Z4L A; 3SXX A; 1V7X A; 1OAC A; 2E2U A; 2XWB B; 3E80 A; 3S4D A; 2D1W A; 3M73 A; 4BZG A; 5IM1 A; 3VD3 A; 1TN6 B; 3BVW A; 1AV4 A; 4DOE A; 2JKP A; 3DSU B; 1MMY A; 3RJ3 A; 5EAT A; 3H2W A; 1IVV A; 1N95 B; 3M76 A; 1WMN A; 5FO8 B; 2EAB A; 4GTR B; 1HN0 A; 4FNP A; 1HMU A; 1JZ4 A; 2OW7 A; 2WIN B; 4KFE A; 3NRE A; 5IK9 A; 3QT9 A; 4MBG B; 3M78 A; 1V5D A; 1FO3 A; 1I8Q A; 3N0F A; 3Q73 B; 2WYH A; 2CQS A; 3QRY A; 1H3B A; 1VD5 A; 2GZ6 A; 3NBJ A; 1DCE B; 1NSX A; 1SA4 B; 3EJP A; 3SQC A; 3DX1 A; 4FNU A; 4EV2 A; 3DX0 A; 5M7Y A; 5EAS A; 1UI8 A; 3AFJ A; 3T2O A; 1FCE A; 1K72 A; 3QT3 A; 4MU9 A; 3WIR A; 3DX3 A; 3T09 A; 1JZ6 A; 1LF6 A; 1IVW A; 3NBB A; 1EKM A; 2OQE A; 2RI9 A; 3E7J A; 2CG1 A; 3WFA A; 3OS7 A; 3HII A; 5FOB B; 1QAL A; 2Y74 A; 1IVU A; 1SPU A; 2YX9 A; 2DRO A; 1NXC A; 2XHN A; 2CIS A; 4KFD A; 1H13 A; 2ONG A; 1WU6 A; 1TQV A; 1FT1 B; 4EL8 A; 2XN2 A; 1TN7 B; 5GY3 A; 2SQC A; 3VW5 A; 3NFV A; 4FNT A; 3LVT A; 1K1Y A; 1N4S B; 4D94 A; 1TQT A; 1V7W A; 5M7I A; 1AGM A; 1MMX A; 5FO9 B; 4GTM B; 3M00 A; 2ZQ0 A; 4DUV A; 4DUX A; 3EQA A; 4WVC A; 3E34 B; 3E37 B; 4WU0 A; 3J7H A; 1IQX A; 1RW9 A; 1N23 A; 3H7L A; 1CB8 A; 1D8E B; 2ZBL A; 4BTX A; 3DYO A; 3QSP A; 4KKI A; 2E22 A; 3EU8 A; 3WUX A; 1AVL A; 1HMW A; 1GA2 A; 3QDE A; 1SII A; 3DDG A; 4MMH A; 2FUT A; 3QFZ A; 1IQY A; 2JJB A; 4YDE B; 3S4B A; 3BVV A; 3WKH A; 3VD4 A; 2WDA A; 1PS3 A; 1X1I A; 2DRQ A; 1NSR A; 3IAQ A; 2JKE A; 3D51 A; 2IEJ B; 4KTP A; 2BRW A; 2B39 A; 3HI7 A; 3T0B A; 3VD7 A; 2ALW A; 3QWT A; 3DSX B; 1O6R A; 1PX4 A; 3X3Z A; 1KZP B; 1N7R A; 4ONT A; 1NSS A; 3E6U A; 3E73 A; 1QWU A; 3M02 A; 4BTW A; 1JZ2 A; 4LIX A; 2WO0 A; 1FBO A; 1F9O A; 4Q2B A; 2C10 A; 3BVU A; 3D50 A; 1LTX B; 5GW7 A; 4AYP A; 3PZ3 B; 3E33 B; 3SDR A; 2FUQ A; 1N21 A; 4FXK B; 1RQ5 A; 1G9J A; 3KSL B; 1JCQ B; 4RNQ A; 4K35 A; 1FT2 B; 1R76 A; 1W6K A; 1H12 A; 1UMP A; 4FNR A; 3MUY 1; 3P5P A; 3IAP A; 2WY8 A; 3S4C A; 4EV5 A; 1RKY A; 1GHQ A; 5C05 A; 4GL3 A; 3MV1 1; 1F1S A; 3ACS A; 3BVX A; 2CWT A; 3HXF B; 4OK2 A; 5IL8 A; 1NSV A; 3X40 A; 3W5M A; 1N4Q B; 2OOV C; 2CIQ A; 2BRP A; 1QSJ A; 1NS8 A; 1YQ2 A; 2BB6 A; 3VDB A; 4FXG B; 1J0N A; 1TN8 B; 4FNS A; 2CIR A; 3DCD A; 3T08 A; 1KSD A; 1JOV A; 2X03 A; 1TF4 A; 1LF9 A; 4L9P B; 3PZ1 B; 3GT5 A; 2NVP A; 2V3N A; 1H14 A; 1O1T B; 3M74 A; 1IA7 A; 1O7D D; 1O79 A; 3D4Y A; 3WA3 A; 5ILY A; 1NSU A; 1NS4 A; 4QT9 A; 4BZF A; 5ILI A; 1F4H A; 3C72 B; 3W7T A; 2V8K A; 1NSM A; 2FBA A; 2WCO A; 3OXU A; 1HXC A; 1WU4 A; 2WVX A; 2G0D A; 3EJR A; 2AFA A; 2Y73 A; 2H6H B; 2HTB A; 4BZE A; 3QXF A; 1WMO A; 1MMU A; 1O1R B; 2OKX A; 1HWW A; 2WY7 A; 3K5T A; 3PZ2 B; 5JMF A; 1K1W A; 2CQT A; 5ILH A; 2RDY A; 1OJN A; 2BED B; 3S4A A; 3VD5 A; 2Q1F A; 3GLY A; 3K11 A; 1RWG A; 2ZZR A; 4BOJ A; 1L1Y A; 3QXQ A; 3REN A; 1R34 A; 3SAE A; 2WW0 A; 3AMO A; 4V1R A; 1HX9 A; 3TY1 A; 3WKF A; 4GTP B; 3M77 A; 2PNC A; 3BVT A; 2CFW A; 1HXA A; 1TNO B; 1A2V A; 3BLC A; 4AYQ A; 4ZRQ A; 1QAF A; 3HXD B; 1H36 A; 2RI8 A; 1GXN A; 5CD2 A; 1W4N A; 2WOH A; 3DYM A; 2FV0 A; 3EUV B; 3WVF A; 3KN4 A; 3BUD A; 2Z07 A; 2XFG A; 1UI7 A; 3PZ4 B; 3PYA A; 3WKG A; 1NS7 A; 1US1 A; 3DSV B; 3BGA A; 3I3E A; 1X81 B; 4OK4 A; 2AHG A; 4AYO A; 1JCR B; 4TF4 A; 1JZ8 A; 3ANI A; 5DGR A; 3M7L A; 2F18 A; 3NJX A; 3S9V A; 1JZ3 A; 3Q7A B; 2R2L B; 3H3K A; 3DRA B; 2XN0 A; 3T0A A; 1IS9 A; 3W5N A; 2H6F B; 2VN7 A; 3ANK A; 5JPN B; 1NS2 A; 1QWN A; 2BT3 A; 3Q75 B; 1QBQ B; 1NI1 B; 5DGQ A; 3BUQ A; 4BOK A; 1Z45 A; 1D6Z A; 1LXK A; 1N22 A; 4C1S A; 1KFG A; 3OED A; 1H3A A; 2CWV A; 3D5S A; 1IVX A; 2D73 A; 2GH4 A; 3ECQ A; 1H3C A; 2ZIR B; 3BUI A; 1NS0 A; 1HXK A; 1F9G A; 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