The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
200
|
sequence length |
633
|
structure length |
633
|
Chain Sequence |
NIQELQNFERWFKNNLSYSFSQKAEKVVNPNRNWNDNTVFDNLSPWTSVPDFGTVCHTLIGYCVRYNNTSDTLYQNPELAYNLINGLRIICSKLPDPPPHQQAPWGPVADWYHFTITMPEVFMNITIVLNETQHYDEAASLTRYWLGLYLPTAVNSMGWHRTAGNSMRMGVPYTYSQMLRGYSLAQIRQEQGIQEILNTIAFPYVTQGNGLHVDSIYIDHIDVRAYGYLINSYFTFAYYTYYFGDEVINTVGLTRAIENVGSPEGVVVPGVMSRNGTLYSNVIGNFITYPLAVHSADYSKVLTKLSKTYYGSVVGVTNRLAYYESDPTNNIQAPLWTMARRIWNRRGRIINYNANTVSFESGIILQSLNGIMRIPSGTTSTQSFRPTIGQTAIAKTDTAGAILVYAKFAEMNNLQFKSCTLFYDHGMFQLYYNIGVEPNSLNNTNGRVIVLSRDTSVNTNDLSFEAQRINNNNSSEGTTFNGVVCHRVPITNINVPSLTVRSPNSSVELVEQIISFQTMYTATASACYKLNVEGHSDSLRAFRVNSDENIYVNVGNGVKALFNYPWVMVKENNKVSFMSANEDTTIPFSVIMNSFTSIGEPALQYSPSNCFVYGNGFKLNNSTFDLQFIFEIV
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The crystal structure of novel chondroition lyase ODV-E66, baculovirus envelope protein
rcsb |
| molecule keywords |
Occlusion-derived virus envelope protein E66
|
| molecule tags |
Lyase activator
|
| source organism |
Autographa californica nucleopolyhedrovirus
|
| total genus |
200
|
| structure length |
633
|
| sequence length |
633
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-04-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04850 | Baculo_E66 | Baculovirus E66 occlusion-derived virus envelope protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Chondroitin AC/alginate lyase | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | ||
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Streptococcus thermophilus LMG 18311 protein like | Streptococcus thermophilus LMG 18311 protein like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3NFV A; 2WCO A; 4OJZ A; 2WDA A; 3AFL A; 1HMU A; 1HV6 A; 1J0N A; 3VSM A; 2FUT A; 2Q1F A; 3VSN A; 1RWC A; 1QAZ A; 4FNV A; 1X1J A; 1RWG A; 1OJO A; 2FUQ A; 1HN0 A; 2BRP A; 4MMI A; 1C82 A; 3NNB A; 3E7J A; 1N7R A; 1F9G A; 1RWF A; 3A0O A; 1RWH A; 4OK2 A; 5JMD A; 1J0M A; 1I8Q A; 5JMF A; 1N7N A; 1LOH A; 4OZW A; 3E80 A; 1LXK A; 1X1I A; 1W3Y A; 1HM3 A; 1X1H A; 1N7O A; 2E22 A; 1OJP A; 4OZV A; 1HMW A; 4NEI A; 4F13 A; 1CB8 A; 1OJN A; 1OJM A; 4MMH A; 4OK4 A; 1N7Q A; 1N7P A; 1RW9 A; 2BRV X; 2E24 A; 2X03 A; 2BRW A; 1RWA A; 4E1Y A; 1F1S A; 1HM2 A; 4F10 A; 1EGU A; 1LXM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1N95 B; 2WDA A; 2WYI A; 3D50 A; 3IMH A; 3VSM A; 3BUD A; 2H6G B; 1NSU A; 1NKG A; 4GL3 A; 2XN0 A; 1HX9 A; 2WW3 A; 1HN0 A; 3X3Z A; 4BTX A; 3VDB A; 3BVU A; 3M73 A; 2WY7 A; 1N22 A; 3EUV B; 3REN A; 3SAE A; 4EHM B; 4MBG B; 1N7N A; 3QT9 A; 4OZW A; 4D4A A; 1D8D B; 3QSP A; 3DX4 A; 1QQF A; 2D73 A; 1OAC A; 3BVT A; 3X3Y A; 4L9P B; 2WW2 A; 3SEP A; 5FOB B; 2EAB A; 3KII A; 2WO0 A; 1TN7 B; 2B4F A; 4F13 A; 1NS0 A; 1QAL A; 2CFL A; 4FNQ A; 4OK4 A; 5EAU A; 3T0B A; 3ACS A; 4GTT B; 3QPF A; 1MMY A; 2ALW A; 1TQU A; 5IM1 A; 1V5D A; 3BS6 A; 4CJ1 A; 3PZ2 B; 3QG0 A; 2DRQ A; 4J5T A; 5KKB A; 2AHG A; 2V3P A; 3CU7 A; 1N23 A; 3M7B A; 1IVX A; 1N1Z A; 1O79 A; 1V5C A; 3NNB A; 5JMD A; 4D94 A; 2GZ6 A; 1HXA A; 2BB6 A; 1XWQ A; 4FXK B; 1N4S B; 1K1X A; 3A3V A; 4GTR B; 4GTM B; 3BVV A; 3ACT A; 3BGA A; 1HMW A; 2E2V A; 1AYX A; 3GZK A; 3HXC B; 4YDE B; 2ONH A; 3SDV A; 2CFK A; 3BUP A; 1NSV A; 1SII A; 1H36 A; 4DOD A; 5IK6 A; 1JYW A; 2BRW A; 3N0F A; 2CG1 A; 4D4C A; 1KS8 A; 1HXC A; 2CFW A; 2CIQ A; 2JG0 A; 1LUR A; 2ZL8 A; 1N4P B; 1MZC B; 3WKI A; 1JS4 A; 3T09 A; 2BRP A; 1SA5 B; 5M7Y A; 3OB8 A; 5JPM B; 3MV1 1; 1QX1 A; 3A0O A; 3WIW A; 3DRA B; 2GH4 A; 4DUW A; 3M00 A; 2JKA A; 1UG9 A; 4ZH1 A; 2WIN B; 1KRF A; 3M7C A; 2A8Z A; 5MEH A; 2P0V A; 3MI6 A; 3CZN A; 2WGQ A; 1SNZ A; 3DX3 A; 3M76 A; 3Q73 B; 4AQ0 A; 2E24 A; 1H3A A; 3SDU A; 3VW5 A; 2ZIR B; 4F10 A; 1N24 A; 1TQT A; 5GY3 A; 2PNC A; 3IAP A; 3PZ3 B; 3K5T A; 2JJB A; 3VD3 A; 1KWF A; 3BUQ A; 3QFY A; 3PMM A; 3SQC A; 1MMZ A; 1TNB B; 1GA2 A; 2V8I A; 3D5S A; 1KFG A; 3AFJ A; 4WU0 A; 1IU7 A; 1L1Y A; 1C82 A; 1O1R B; 3PZ4 B; 1R34 A; 2V8K A; 1KSC A; 5M7I A; 3A24 A; 2RI9 A; 3BLB A; 4BOJ A; 5KBP A; 1I8Q A; 3DEC A; 1N9A B; 1FP3 A; 4Q2B A; 2C10 A; 3N0G A; 1O6R A; 1AGM A; 3P2C A; 1AVK A; 5C05 A; 5CA3 A; 2EAD A; 3VD9 A; 2G0D A; 3G4D A; 2DRR A; 3TF4 A; 5IL8 A; 1DYU A; 4K3A A; 5ILH A; 3D4Z A; 3Q78 B; 1O1S B; 4ZH5 A; 4Z4L A; 1LD7 B; 1O7D D; 1W4N A; 2WVZ A; 3DSU B; 3EQA A; 1HV6 A; 5ILD A; 3E73 A; 3BVX A; 3T33 A; 3WIQ A; 1JZ6 A; 1RQ5 A; 1W2Z A; 1RWG A; 1FCE A; 1NSM A; 5DHK A; 3CZS A; 3LOY A; 1KSD A; 2J5C A; 1JCS B; 3M71 A; 4BOK A; 1J0M A; 2YIK A; 2DRS A; 1YQ2 A; 3ANJ A; 5EAS A; 1KSI A; 1JCQ B; 2VN4 A; 1WU6 A; 4MU9 A; 5GZK A; 4OZV A; 2OKX A; 3E37 B; 1LF6 A; 3MV0 1; 1HCU A; 3EJP A; 1N7Q A; 3I3E A; 1QAF A; 4DUX A; 1PU4 A; 1JRQ A; 1JCR B; 1V7W A; 3RX5 A; 5GW7 A; 3E6U A; 3HXF B; 3SDR A; 4AYR A; 4DUV A; 2WW1 A; 4LNG B; 1L7J A; 3QRY A; 1LF9 A; 4BZE A; 1TN8 B; 1F9D A; 1H3C A; 1GXM A; 2PMV A; 3PGB A; 1AV4 A; 1SO0 A; 3DX2 A; 5CD2 A; 1IQX A; 2ZBL A; 1W5Z A; 3E80 A; 5EAT A; 4KKI A; 3RRS A; 3EJR A; 1FAE A; 4LNB B; 3G4F A; 2E22 A; 5FO8 B; 3HXD B; 4AYO A; 3W7U A; 1WMP A; 3J7H A; 2WVX A; 2OOV A; 2CFG A; 1JYX A; 4Z4J A; 4QT9 A; 1JOV A; 2Y73 A; 1JZ3 A; 1D8E B; 1F1S A; 1HM2 A; 2F6D A; 1G6I A; 4OJZ A; 3BUB A; 1TU5 A; 3AFL A; 3X3X A; 4RNQ A; 3S4D A; 2V8J A; 2ZIS B; 4LIX A; 1NSX A; 1FO2 A; 1A2V A; 2OOV C; 2F0Y B; 4MMI A; 2RDY A; 3DX1 A; 1X9D A; 2CWT A; 3DCD A; 3MUZ 1; 4FNR A; 2D1W A; 2DRO A; 1HWW A; 4YDO B; 3T2Q A; 3PYA A; 3SFY B; 1SPU A; 1O1T B; 4GTQ B; 3BLC A; 4D4B A; 2XWB B; 1IQY A; 3X42 A; 3DSX B; 3WKG A; 3X40 A; 1OJM A; 4KKJ A; 3WIR A; 1RW9 A; 3BUI A; 4E1Y A; 4BTY A; 3GT5 A; 1UT9 A; 3P5R A; 2XHN A; 3H3K A; 4DOE A; 3N9H A; 2QZI A; 3LVT A; 3PYB A; 2FUT A; 2CFD A; 3VSN A; 2HTA A; 2FV0 A; 4KFE A; 3EJS A; 2WYN A; 4GAX A; 3M7L A; 2F7Q A; 2B39 A; 2YFN A; 4DI5 A; 4FJQ A; 1DOG A; 5CZL A; 1D6Y A; 3I3D A; 5IL3 A; 2AFA A; 1US1 A; 2JF4 A; 3M78 A; 5DHI A; 1GHQ A; 3QXQ A; 5AGD A; 3NBJ A; 1FPP B; 1IVU A; 3WVF A; 1IA7 A; 2FUZ A; 3DSW B; 1UI7 A; 4KFF A; 1JZ2 A; 1OJN A; 4FUS A; 3MUY 1; 3ANI A; 1NS8 A; 2X03 A; 3T0D A; 1IVV A; 2XN2 A; 1JZ8 A; 1XWT A; 2GOX A; 4BZG A; 2WYH A; 4KTP A; 2HTB A; 3ON6 A; 1JYV A; 1J0N A; 4UFC A; 1S63 B; 1W6G A; 3Q1N A; 3VD5 A; 1SQC A; 1JYN A; 2A73 B; 4TTG A; 4D4D A; 1N7R A; 3Q75 B; 2CQT A; 3VDC A; 1MMX A; 1O6H A; 3AMO A; 4ONT A; 3VXD A; 2FV1 A; 2RGK A; 1Z45 A; 1X1H A; 1HM3 A; 3S9V A; 1X81 B; 5IK0 A; 3KN4 A; 1WMN A; 1WU4 A; 2OQE A; 3X41 A; 3X17 A; 2YX9 A; 3VDA A; 3RSY A; 1YGA A; 3NJX A; 3EJU A; 1H37 A; 3WUX A; 2ONG A; 1N21 A; 1N1B A; 1TNO B; 1TNZ B; 2I07 B; 5DGQ A; 3VD7 A; 1G9G A; 3CZJ A; 2H6H B; 1WZZ A; 1FBW A; 1LTX B; 3CIH A; 3M01 A; 1NXC A; 3DST B; 3WA3 A; 1KZO B; 1WU5 A; 3W7X A; 1QAK A; 1H13 A; 1QWN A; 3NJV A; 2XQW A; 3G6J B; 1L7K A; 2F7R A; 1KZP B; 2JKP A; 3T2P A; 1W6K A; 3MPH A; 2F18 A; 4L6X A; 2WW0 A; 2R2L B; 3D51 A; 5JMF A; 4ZRQ A; 1LOH A; 3KLS A; 1K1W A; 5ILJ A; 4LNV A; 2CWV A; 3ECQ A; 1NC5 A; 3SXX A; 1N7O A; 4AYP A; 2WOF A; 2F7O A; 1OJP A; 1GSZ A; 4CJ0 A; 3IAQ A; 4FNU A; 2WY8 A; 3S4C A; 3Q7A B; 3MWX A; 1EGU A; 1FO3 A; 3NFV A; 3M75 A; 1DCE B; 1N9E A; 2Q1F A; 1GXO A; 5FO9 B; 1TQS A; 4FNV A; 3W7T A; 1LD8 B; 1TNU B; 1O5M B; 1X1J A; 1XW2 A; 3HXB B; 4L0G A; 4YCR A; 5ILY A; 1PX4 A; 2XN1 A; 1C3D A; 1TF4 A; 1FT1 B; 2Y74 A; 3K25 A; 2E2T A; 4FXG B; 3M72 A; 1RWH A; 1W6J A; 3DSS B; 1IVW A; 2WZS A; 3P5P A; 2Z07 A; 2XFG A; 2D5J A; 2SQC A; 3WKH A; 3C72 B; 3WFA A; 2H6F B; 3K7X A; 5FO7 B; 1AVL A; 3KQ4 A; 2WVY A; 1QSJ A; 1KRE A; 1NI1 B; 1N7P A; 1JZ5 A; 1RWA A; 4WVB A; 3RX8 A; 2BT3 A; 3T2O A; 3D52 A; 3M74 A; 4V1S A; 3WKF A; 2F7P A; 2EAE A; 2ZQ0 A; 3HI7 A; 3OXU A; 1DL2 A; 3QFZ A; 5E2J A; 1GAI A; 1QAZ A; 1SA4 B; 4Q88 A; 4K35 A; 1H12 A; 3M02 A; 1TXK A; 1RJO A; 1UMP A; 2CIR A; 1QWU A; 1CLC A; 3SFX B; 1LXK A; 1W3Y A; 1H14 A; 2BED B; 2BBC A; 1WMO A; 2WII B; 3QDE A; 4EV5 A; 4ZG8 A; 3DX0 A; 1CB8 A; 3T0U A; 4MMH A; 5IKH A; 1F9O A; 3H7L A; 1GLM A; 3ANK A; 1O6Q A; 1W7C A; 5JPN B; 1N94 B; 1H3B A; 1OJO A; 2FYV A; 1L2A A; 3WA2 X; 1UI8 A; 2PN5 A; 1JZ4 A; 2D8L A; 4GTO B; 1W6C A; 4GTP B; 1TQW A; 1H54 A; 3QXF A; 3EZ8 A; 3SDT A; 5ILZ A; 1NS2 A; 3H2W A; 4RNL A; 3E34 B; 3ALA A; 3E32 B; 4OK2 A; 3KSL B; 3W7W A; 3DYP A; 3CV5 A; 3EJT A; 4M76 A; 4AYQ A; 2YFO A; 1IS9 A; 4EV2 A; 2H6I B; 1PS3 A; 3AMO B; 4EL8 A; 4C1S A; 1DP0 A; 3QT3 A; 3Q79 B; 2F1B A; 1NS4 A; 3KSQ B; 1HZF A; 1LXM A; 2CG0 A; 2WCO A; 3DDG A; 4WVA A; 1IA6 A; 4TF4 A; 1NSR A; 4ZRP A; 2W0Q A; 1CEM A; 3S4A A; 1FMI A; 4XUV A; 1RWC A; 3SDQ A; 2ZXQ A; 1TQV A; 1MMU A; 1JZ7 A; 1NSS A; 1RWF A; 5E1Q A; 2OW6 A; 1G87 A; 1HN1 A; 1S64 B; 1SIH A; 1V7X A; 2G02 A; 1X1I A; 4GTV B; 3OBA A; 3LZ9 A; 3HIG A; 2CWU A; 1GXN A; 3RX7 A; 1PX3 A; 2EAC A; 3DSV B; 3W5M A; 3TY1 A; 5A1A A; 1N4R B; 4NEI A; 4FNT A; 3BVW A; 1G9J A; 1D6Z A; 1NS7 A; 1NSZ A; 1HXK A; 1HXG A; 2C11 A; 2V3N A; 1TNY B; 2QNO A; 1MN0 A; 2NVP A; 3EJQ A; 3K11 A; 2OQE C; 1HMU A; 3QWT A; 3D3I A; 2FUQ A; 1VD5 A; 4TXT A; 1FBO A; 1GAH A; 3RJ3 A; 2NOJ A; 1F9G A; 2XWJ B; 4BZF A; 3D5R A; 1ULV A; 1N4Q B; 3PZ1 B; 4JJJ A; 3EU5 B; 2XSG A; 5ILI A; 1KKT A; 3E30 B; 3S4B A; 4WVC A; 2VN7 A; 3M7E A; 3NBB A; 2RI8 A; 4BTW A; 3OED A; 3NRE A; 5IKA A; 2ZZR A; 4FNP A; 1V7V A; 4BZH A; 4GTS B; 1LVN A; 1R76 A; 4CE7 A; 3W7S A; 3E1F 1; 4FNS A; 1H39 A; 4KFD A; 2WVX B; 3HXE B; 3VD4 A; 1N20 A; 3HII A; 1F4A A; 1D6U A; 3DPY B; 1NL4 B; 1EKM A; 3DDF A; 1QBQ B; 2CIS A; 3DYO A; 5ILK A; 2CQS A; 3E7J A; 2BB5 A; 1F4H A; 1FT2 B; 3T08 A; 3WC3 A; 3D4Y A; 3T0A A; 1R33 A; 2JKE A; 2FBA A; 3OS7 A; 5IK9 A; 2OW7 A; 3DYM A; 3EU8 A; 1RKY A; 2AHF A; 3E33 B; 4KTR A; 1K1Y A; 3M77 A; 4V1R A; 1H35 A; 1TN6 B; 5DGR A; 3W5N A; 2E2U A; 3I3B A; 2F1A A; 2BRV X; 2IEJ B; 3GLY A; 1HTY A; 3Q7F B; 3SX1 A; 2WOH A; 1K72 A; #chains in the Genus database with same CATH homology 2WDA A; 2WVZ A; 4BZG A; 3IMH A; 2HTB A; 1HV6 A; 1JYV A; 1J0N A; 3VSM A; 1JZ4 A; 3Q1N A; 1NSU A; 3VD5 A; 1NKG A; 1JZ6 A; 1JYN A; 1RWG A; 1NSM A; 2WW3 A; 1HN0 A; 4TTG A; 3VDB A; 1NS2 A; 1N7R A; 4RNL A; 3VDC A; 4OK2 A; 1MMX A; 1J0M A; 3DYP A; 1N7N A; 4OZW A; 1YQ2 A; 1Z45 A; 1X1H A; 1HM3 A; 2D73 A; 2WW2 A; 3SEP A; 4OZV A; 3VDA A; 1YGA A; 3NJX A; 4F13 A; 1NS0 A; 1LF6 A; 3MV0 1; 3T0B A; 4OK4 A; 1DP0 A; 1N7Q A; 3VD7 A; 3CZJ A; 3I3E A; 1NS4 A; 4DUX A; 1LXM A; 1MMY A; 2WCO A; 1NSR A; 3BS6 A; 4J5T A; 2WW1 A; 1RWC A; 1L7J A; 2ZXQ A; 3NJV A; 1LF9 A; 1L7K A; 1MMU A; 4BZE A; 3NNB A; 1JZ7 A; 2JKP A; 3T2P A; 1NSS A; 1RWF A; 5E1Q A; 5JMD A; 1HN1 A; 1SO0 A; 2WW0 A; 5JMF A; 1LOH A; 3E80 A; 1X1I A; 1K1W A; 1K1X A; 3OBA A; 3ECQ A; 1N7O A; 2E22 A; 1OJP A; 1PX3 A; 3IAQ A; 3J7H A; 3TY1 A; 3BGA A; 1HMW A; 5A1A A; 4NEI A; 1NS7 A; 2WVX A; 1NSZ A; 1JYX A; 1NSV A; 1JOV A; 3MWX A; 1JZ3 A; 1JYW A; 2BRW A; 1F1S A; 1HM2 A; 1EGU A; 1MN0 A; 3NFV A; 4OJZ A; 3AFL A; 1HMU A; 2CIQ A; 1NSX A; 2Q1F A; 1LUR A; 4FNV A; 1X1J A; 2FUQ A; 4MMI A; 1PX4 A; 3T09 A; 2BRP A; 3K25 A; 3OB8 A; 4DUV A; 3MV1 1; 1F9G A; 3DCD A; 3A0O A; 1RWH A; 2WZS A; 3MUZ 1; 4BZF A; 1ULV A; 4DUW A; 2XSG A; 2JKA A; 3T2Q A; 1UG9 A; 3BLC A; 3WFA A; 1SNZ A; 1OJM A; 2WVY A; 3NRE A; 4AQ0 A; 4BZH A; 1RW9 A; 1N7P A; 2E24 A; 1JZ5 A; 4E1Y A; 1RWA A; 4F10 A; 2XHN A; 3T2O A; 3E1F 1; 3IAP A; 2QZI A; 2ZQ0 A; 3VD3 A; 3VD4 A; 2WVX B; 1MMZ A; 2FUT A; 3VSN A; 1F4A A; 2HTA A; 1QAZ A; 2CIS A; 3DYO A; 1C82 A; 1TXK A; 3E7J A; 3A24 A; 1F4H A; 2CIR A; 3T08 A; 1I8Q A; 3T0A A; 3DEC A; 3I3D A; 1LXK A; 2JKE A; 1W3Y A; 3OS7 A; 3DYM A; 1K1Y A; 3WVF A; 1JZ2 A; 1CB8 A; 1OJN A; 4MMH A; 3VD9 A; 3I3B A; 3MUY 1; 1NS8 A; 2X03 A; 2BRV X; 3T0D A; 1JZ8 A; 1OJO A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
