The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
271
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sequence length |
811
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structure length |
788
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Chain Sequence |
AEFMEEYQKFTNESLLWAPYRSNCYFGMRPRYVHESPLIMGIMWFNSLSQDGLHSLRHFATPQDKLQKYGWEVYDPRIGGKEVFIDEKNNLNLTVYFVKSKNGENWSVRVQGEPLDPKRPSTASVVLYFSQNGGEIDGKSSLAMIGHDGPNDMKFFGYSKELGEYHLTVKDNFGHYFKNPEYETMEVAPGSDCSKTSHLSLQIPDKEVWKARDVFQSLVSDSIRDILERPADLIPSVLTIRNLYNFNPGNFHYIQKTFDLTKKDGFQFDITYNKLGTTQSISTREQVTELITWSLNEINARFDKQFSFGEGPDSIESVEVKRRFALETLSNLLGGIGYFYGNQLIDRETEFDESQFTEIKLLNAKEEGPFELFTSVPSRGFFPRGFYWDEGFHLLQIMEYDFDLAFEILASWFEMIEDDSGWIAREIILGNEARSKVPQEFQVQNPNIANPPTLLLAFSEMLSRAIENIGDFMTNNLEANPGLLTEYAKKIYPKLLKHYNWFRKSQTGLIDEYEEILEDEGIWDKIHKNEVYRWVGRTFTHCLPSGMDDYPRAQPPDVAELNVDALAWVGVMTRSMKQIAHVLKLTQDEQRYAQIEQEVVENLDLLHWSENDNCYCDISIDPEDDEIREFVCHEGYVSVLPFALKLIPKNSPKLEKVVALMSDPEKIFSDYGLLSLSRQDDYFGKDENYWRGPIWMNINYLCLDAMRYYYPEVILDVAGEASNAKKLYQSLKINLSNNIYKVWEEQGYCYENYSPIDGHGTGAEHFTGWTALVVNILGRFRSHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Specificity of processing alpha-glucosidase I is guided by the substrate conformation: crystallographic and in silico studies.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
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| source organism |
Saccharomyces cerevisiae
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| molecule keywords |
Mannosyl-oligosaccharide glucosidase
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| total genus |
271
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| structure length |
788
|
| sequence length |
811
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| ec nomenclature |
ec
3.2.1.106: Mannosyl-oligosaccharide glucosidase. |
| pdb deposition date | 2013-02-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03200 | Glyco_hydro_63 | Glycosyl hydrolase family 63 C-terminal domain |
| A | PF16923 | Glyco_hydro_63N | Glycosyl hydrolase family 63 N-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5DGQ A; 3W5N A; 2EAD A; 3E6U A; 1WZZ A; 3S4A A; 2GH4 A; 4AYQ A; 2AHG A; 5DGR A; 1UT9 A; 1JS4 A; 1DL2 A; 2GZ6 A; 4DOE A; 3REN A; 1FO2 A; 2EAB A; 1KKT A; 1LF6 A; 1KS8 A; 2P0V A; 1IA6 A; 5KKB A; 1HCU A; 3S4B A; 3VXD A; 2F6D A; 3ANJ A; 5MEH A; 1H14 A; 3W7X A; 1WU6 A; 3TF4 A; 3ANI A; 3E73 A; 4CE7 A; 3WKI A; 3WC3 A; 5CA3 A; 4ZH5 A; 4Z4L A; 2EAE A; 1NXC A; 3QFZ A; 3WUX A; 1KRF A; 1ULV A; 3WIQ A; 3EZ8 A; 3W7U A; 1K72 A; 1FCE A; 4WVC A; 1WU4 A; 1V7W A; 3WIW A; 4AYP A; 1FBW A; 4WU0 A; 3GLY A; 2QNO A; 3QFY A; 1FMI A; 1H13 A; 2ZBL A; 3WKF A; 4AYR A; 3ACS A; 4Z4J A; 3T33 A; 1G6I A; 3GT5 A; 3RRS A; 1XWQ A; 1KWF A; 4FUS A; 3W7W A; 3QG0 A; 1L1Y A; 1FBO A; 3QT3 A; 5GY3 A; 4JJJ A; 2FV0 A; 2AFA A; 2D8L A; 1CEM A; 3H3K A; 5CD2 A; 1V5C A; 1CLC A; 1UG9 A; 1XWT A; 2OKX A; 4KTR A; 1IS9 A; 1H54 A; 3AFJ A; 4KTP A; 4AYO A; 4WVB A; 4DOD A; 1G87 A; 1AYX A; 1G9J A; 2XFG A; 3WKH A; 1KSC A; 4TXT A; 2NVP A; 5M7I A; 1FO3 A; 3W7T A; 1AGM A; 3RSY A; 2DRS A; 1GA2 A; 3QSP A; 3RX5 A; 2RGK A; 5E2J A; 3P2C A; 3GZK A; 3W5M A; 4TF4 A; 2FBA A; 2RI8 A; 2DRR A; 3QT9 A; 1GAH A; 3ACT A; 3RX7 A; 2CQS A; 1KFG A; 3H2W A; 4CJ0 A; 3QDE A; 2AHF A; 2DRQ A; 3QPF A; 2ZZR A; 3RX8 A; 3ANK A; 3CIH A; 2JG0 A; 3ON6 A; 3QRY A; 1LF9 A; 4ZG8 A; 3S4C A; 5M7Y A; 1L2A A; 2FUZ A; 2RI9 A; 3X17 A; 2JJB A; 1KSD A; 5GW7 A; 1X9D A; 4J5T A; 1RQ5 A; 3PMM A; 4Q2B A; 3QWT A; 1TF4 A; 2VN4 A; 2A8Z A; 1FP3 A; 1GAI A; 4L0G A; 1F9D A; 1H12 A; 3D3I A; 2EAC A; 4CJ1 A; 1KRE A; 4WVA A; 3QXF A; 1DOG A; 4XUV A; 2WYN A; 4EL8 A; 3QXQ A; 1VD5 A; 3VW5 A; 2JF4 A; 2B4F A; 1G9G A; 2FV1 A; 2Z07 A; 4Q88 A; 2YIK A; 3A3V A; 1FAE A; 3H7L A; 4L6X A; 1IA7 A; 2CQT A; 3WIR A; 5CZL A; 1F9O A; 2DRO A; 1GLM A; 1V7X A; 2D5J A; 2VN7 A; 3K11 A; 3WKG A; 1V5D A; 3S4D A; 3W7S A; 3EQA A; 1WU5 A; 1XW2 A; 1NC5 A; 1V7V A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1DCE B; 3E6U A; 1O6Q A; 1DYU A; 2G02 A; 5IK0 A; 2WYH A; 1N7P A; 1UT9 A; 1S63 B; 2X03 A; 2CIS A; 3BS6 A; 4D4C A; 1DL2 A; 1JYN A; 5DHK A; 4DOE A; 5JMF A; 2EAB A; 2BB5 A; 1W7C A; 4FNU A; 2P0V A; 4D4D A; 3N0F A; 3Q78 B; 1JZ4 A; 3CZJ A; 2WVX A; 3CV5 A; 3X3X A; 3VXD A; 1MMZ A; 1O1T B; 3M02 A; 2I07 B; 1J0N A; 1K1X A; 3VD7 A; 3HXD B; 2B39 A; 2ZXQ A; 5IK9 A; 1QBQ B; 3CZN A; 3Q7F B; 5CA3 A; 4ZH5 A; 2D73 A; 3DDF A; 1NXC A; 3K25 A; 1TN8 B; 4GTS B; 3W7U A; 5ILZ A; 4GTP B; 4MBG B; 1H35 A; 3WIW A; 1IU7 A; 3Q7A B; 3DPY B; 1NI1 B; 4WU0 A; 2NOJ A; 4DUW A; 2V8K A; 3GLY A; 3M7C A; 3QFY A; 1AVL A; 1QSJ A; 2ZBL A; 4Z4J A; 2F7P A; 3GT5 A; 3MUY 1; 2BRW A; 2WW0 A; 1SA4 B; 1D8D B; 3DYO A; 3BUI A; 3Q79 B; 4M76 A; 1H3B A; 3A24 A; 4F13 A; 3D50 A; 1FBO A; 5GY3 A; 1N4P B; 1D6Z A; 1O1R B; 1V5C A; 3E80 A; 3PZ4 B; 1F4H A; 2CFD A; 3EJT A; 5DHI A; 4KTP A; 3RJ3 A; 3BUB A; 4FNS A; 1N94 B; 3WKH A; 5IKH A; 2CG1 A; 3E30 B; 3D5R A; 1FO3 A; 3N9H A; 3SEP A; 1AGM A; 3RSY A; 1O7D D; 3AMO A; 2H6F B; 2DRS A; 1MMY A; 1GXM A; 4V1S A; 3QSP A; 4K3A A; 3RX5 A; 5E2J A; 4OK4 A; 2Y73 A; 3EJP A; 5FO9 B; 2SQC A; 1GAH A; 3M75 A; 4BZF A; 4GTQ B; 1KFG A; 1PS3 A; 3AMO B; 1TQV A; 3HXC B; 3SDU A; 3KLS A; 1R34 A; 5ILH A; 3LZ9 A; 1AV4 A; 5M7Y A; 1RWA A; 4LNV A; 3X17 A; 2XWB B; 2V8I A; 3WFA A; 1RQ5 A; 1TNZ B; 4Q2B A; 1TF4 A; 2VN4 A; 2PMV A; 1GAI A; 4L0G A; 2H6G B; 1F9D A; 5JMD A; 3T2P A; 2ZQ0 A; 1TQT A; 4BZE A; 3SFX B; 3QXF A; 2CIR A; 1GHQ A; 1SII A; 2ALW A; 1H3C A; 1LD8 B; 3ECQ A; 1OAC A; 1PU4 A; 1IVW A; 1N95 B; 4Q88 A; 1N9E A; 1R76 A; 4FNQ A; 3M72 A; 2BB6 A; 4OJZ A; 3DYP A; 2Q1F A; 3T0A A; 3BVU A; 1GLM A; 2D5J A; 2VN7 A; 3WKG A; 2CFG A; 3K7X A; 1SNZ A; 3EQA A; 1WU5 A; 1JRQ A; 2OW6 A; 3ACS A; 1XW2 A; 3EJS A; 1LXM A; 2H6I B; 4OZV A; 5AGD A; 5DGQ A; 2BRV X; 1N23 A; 2BRP A; 3S4A A; 2E2T A; 1FT2 B; 1HM3 A; 3M78 A; 3Q75 B; 1JZ2 A; 3E32 B; 2AHG A; 5DGR A; 1OJM A; 1O1S B; 2XN2 A; 1C82 A; 4GTO B; 3I3D A; 5KBP A; 3MV0 1; 2CFW A; 1NSR A; 3REN A; 2F1A A; 1LF6 A; 1SPU A; 4K35 A; 4DI5 A; 3DX3 A; 4F10 A; 3DX4 A; 1HCU A; 1RWH A; 3NRE A; 1OJO A; 2WCO A; 2BT3 A; 2CWT A; 3M76 A; 4MMH A; 2YFN A; 5MEH A; 2CG0 A; 4FNV A; 1WU6 A; 1W4N A; 3AFL A; 4Z4L A; 3DYM A; 3DSW B; 1QAK A; 3EJU A; 4BTY A; 2WYI A; 3E7J A; 1K72 A; 4WVC A; 1N7Q A; 1V7W A; 1TXK A; 1UI8 A; 1NSU A; 2WVZ A; 4KFF A; 2CWU A; 1NSS A; 3OED A; 2QNO A; 1JCR B; 3G4F A; 1W2Z A; 4GTV B; 3LVT A; 1HWW A; 3SAE A; 2XHN A; 1H3A A; 3WKF A; 3X40 A; 3T33 A; 2Y74 A; 3OB8 A; 1UI7 A; 3T2Q A; 4D4B A; 2WW2 A; 1IQX A; 3M71 A; 4FUS A; 3MPH A; 3QG0 A; 1N7N A; 3HIG A; 3LOY A; 4JJJ A; 2AFA A; 5CD2 A; 1A2V A; 2WW3 A; 2OW7 A; 1HMW A; 1FT1 B; 1W5Z A; 1XWT A; 3M00 A; 2PNC A; 3AFJ A; 4DOD A; 1W6G A; 1G9J A; 2XFG A; 1QAL A; 3K5T A; 1TU5 A; 2WVX B; 4TXT A; 2NVP A; 3KII A; 3NJX A; 5C05 A; 4LNB B; 4KFE A; 1NS8 A; 1WMO A; 4LNG B; 1IQY A; 2F7R A; 4FXG B; 4KKJ A; 2A73 B; 3HXE B; 3W5M A; 4EHM B; 3EJQ A; 5JPN B; 3QT9 A; 4DUV A; 1LUR A; 2CQS A; 3HI7 A; 1RW9 A; 3ANK A; 3SX1 A; 1YQ2 A; 1N4Q B; 1O6H A; 3HII A; 3ON6 A; 3PZ2 B; 2ONH A; 5IKA A; 3QRY A; 1LF9 A; 1YGA A; 4ZG8 A; 2XN0 A; 3X41 A; 4EV5 A; 3DEC A; 3G6J B; 1L2A A; 2WIN B; 1DP0 A; 1JZ5 A; 2JJB A; 1KSD A; 5FO7 B; 1X9D A; 3VD3 A; 1HTY A; 1IVV A; 4ZRQ A; 3D52 A; 4YDE B; 1TQW A; 1EGU A; 3Q1N A; 1FP3 A; 3IAQ A; 1SQC A; 3M77 A; 3SDQ A; 2C10 A; 3T2O A; 4NEI A; 2R2L B; 5EAS A; 2EAC A; 3D4Y A; 4ZRP A; 1DOG A; 4GTM B; 4XUV A; 4EL8 A; 1CB8 A; 1PX4 A; 2HTB A; 1TQU A; 1HV6 A; 2JF4 A; 4GL3 A; 3DX0 A; 1K1W A; 3MUZ 1; 2FV1 A; 1W6C A; 1GXN A; 3H7L A; 1FAE A; 3EUV B; 1J0M A; 1NSZ A; 3BVW A; 3M74 A; 2BED B; 3KSL B; 5FO8 B; 2XN1 A; 1LOH A; 1N4R B; 3BLC A; 3OS7 A; 4GAX A; 1LVN A; 1QWN A; 3NFV A; 3D4Z A; 2V8J A; 3EJR A; 2WGQ A; 3T08 A; 3WA2 X; 4L6X A; 1MMU A; 2F7Q A; 3SDR A; 5IM1 A; 3W5N A; 1GSZ A; 2EAD A; 3DSU B; 3CZS A; 1N21 A; 3OXU A; 1NKG A; 1I8Q A; 3DX1 A; 4AYQ A; 4KKI A; 2J5C A; 1Z45 A; 1NL4 B; 4TTG A; 1D6U A; 3T0U A; 1RWC A; 1F1S A; 3EU5 B; 1FO2 A; 1S64 B; 3E34 B; 3NNB A; 3PYA A; 3M7B A; 1AVK A; 2RDY A; 3E33 B; 2ONG A; 5ILK A; 1QQF A; 3S4B A; 3PYB A; 2F6D A; 4MMI A; 3J7H A; 2CWV A; 2C11 A; 1IVX A; 3X3Z A; 1H14 A; 3M7E A; 3W7X A; 1O79 A; 3TF4 A; 4FNP A; 1RWG A; 4CE7 A; 3WC3 A; 2EAE A; 3PZ1 B; 4BTW A; 3WUX A; 1JCS B; 3QFZ A; 1ULV A; 3BVV A; 4MU9 A; 2JKP A; 3DDG A; 3EZ8 A; 5ILD A; 4KFD A; 1OJP A; 5ILY A; 4AYP A; 4BOK A; 1FPP B; 1FBW A; 2PN5 A; 1SIH A; 2E2V A; 2XWJ B; 3MV1 1; 1FMI A; 5ILJ A; 4AYR A; 3SXX A; 3RRS A; 1JZ3 A; 1XWQ A; 2JKE A; 3T0D A; 3W7W A; 1L1Y A; 2ZL8 A; 2FV0 A; 2D8L A; 1CEM A; 3MI6 A; 1O5M B; 3DSS B; 5EAT A; 1UG9 A; 3C72 B; 4D94 A; 4KTR A; 1IS9 A; 1H54 A; 1LD7 B; 1PX3 A; 1O6R A; 4WVB A; 1G87 A; 1AYX A; 5A1A A; 3VSN A; 1R33 A; 1KSC A; 5M7I A; 3W7T A; 1N7O A; 2F7O A; 4EV2 A; 2V3P A; 3IMH A; 5ILI A; 3BUQ A; 1HXA A; 1GA2 A; 4UFC A; 2WOH A; 3P2C A; 1NS4 A; 5FOB B; 2BBC A; 2FBA A; 2RI8 A; 2DRR A; 3RX7 A; 3T0B A; 4ONT A; 1NS0 A; 2WY8 A; 2WZS A; 1H39 A; 3QDE A; 2AHF A; 4CJ0 A; 2DRQ A; 3QPF A; 1N7R A; 3CIH A; 2E2U A; 1JZ7 A; 4RNL A; 1W6K A; 1TNU B; 4BOJ A; 1NSV A; 4L9P B; 4E1Y A; 3OBA A; 1JZ8 A; 4BTX A; 2FUZ A; 3SQC A; 5JPM B; 3PMM A; 2WOF A; 3BVX A; 4D4A A; 2YFO A; 2FYV A; 2A8Z A; 1TN7 B; 2OQE C; 2CIQ A; 1JYX A; 3TY1 A; 1H12 A; 3DCD A; 4LIX A; 1QX1 A; 1N4S B; 2WW1 A; 4CJ1 A; 1HZF A; 1QWU A; 3KN4 A; 4FNR A; 1JCQ B; 1VD5 A; 3VW5 A; 2Z07 A; 1K1Y A; 2YIK A; 3A3V A; 1LTX B; 2H6H B; 2CQT A; 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