The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
222
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sequence length |
636
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structure length |
636
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Chain Sequence |
VTRKDFDHINLEYSGLEKVNKAVAAGNYDDAAKALLAYYREKSKAREPDFSNAEKPADIRQPIDKVTREMADKALVHQFQPHKGYGYFDYGKDINWQMWPVKDNEVRWQLHRVKWWQAMALVYHATGDEKYAREWVYQYSDWARKNPLGLSQDNDKFVWRPLEVSDRVQSLPPTFSLFVNSPAFTPAFLMEFLNSYHQQADYLSTHYAEQGNHRLFEAQRNLFAGVSFPEFKDSPRWRQTGISVLNTEIKKQVYADGMQFELSPIYHVAAIDIFLKAYGSAKRVNLEKEFPQSYVQTVENMIMALISISLPDYNTPMFGDSWITDKNFRMAQFASWARVFPANQAIKYFATDGKQGKAPNFLSKALSNAGFYTFRSGWDKNATVMVLKASPPGEFHAQPDNGTFELFIKGRNFTPDAGVFVYSGDEAIMKLRNWYRQTRIHSTLTLDNQNMVITKARQNKWETGNNLDVLTYTNPSYPNLDHQRSVLFINKKYFLVIDRAIGEATGNLGVHWQLKEDSNPVFDKTKNRVYTTYRDGNNLMIQSLNADRTSLNEEEGKVSYVYNKELKRPAFVFEKPKKNAGTQNFVSIVYPYDGQKAPEISIRENKGNDFEKGKLNLTLTINGKQQLVSVPLEHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal Structure of Pedobacter heparinus Heparin Lyase Hep III with the Active Site in a Deep Cleft
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Pedobacter heparinus
|
| molecule keywords |
Heparinase III protein
|
| total genus |
222
|
| structure length |
636
|
| sequence length |
636
|
| ec nomenclature |
ec
4.2.2.8: Heparin-sulfate lyase. |
| pdb deposition date | 2013-09-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07940 | Hepar_II_III | Heparinase II/III-like protein |
| A | PF16889 | Hepar_II_III_N | Heparinase II/III N-terminus |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Chondroitin AC/alginate lyase | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1N7R A; 2WCO A; 1I8Q A; 1HM2 A; 1HN0 A; 3AFL A; 3E7J A; 1C82 A; 2FUT A; 4OZW A; 2X03 A; 5JMD A; 1HV6 A; 1OJM A; 3A0O A; 2E24 A; 4E1Y A; 1X1I A; 1X1H A; 3NNB A; 4NEI A; 1RWH A; 1CB8 A; 5JMF A; 1X1J A; 1J0N A; 1N7Q A; 1J0M A; 1N7O A; 1RWG A; 1QAZ A; 1HMU A; 1F1S A; 3VSN A; 4F13 A; 1LOH A; 4FNV A; 3VSM A; 2FUQ A; 4MMH A; 2BRW A; 1RWC A; 1RWA A; 2BRV X; 1N7N A; 4OK2 A; 2E22 A; 4OZV A; 1HM3 A; 1LXM A; 2Q1F A; 1F9G A; 4OK4 A; 1W3Y A; 4OJZ A; 3NFV A; 4MMI A; 1HMW A; 1OJO A; 1RW9 A; 3E80 A; 1LXK A; 1OJP A; 1OJN A; 1RWF A; 1EGU A; 4F10 A; 1N7P A; 2WDA A; 2BRP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3M74 A; 1FP3 A; 2FBA A; 3QXF A; 1TNB B; 3DSS B; 1DL2 A; 2E24 A; 2YX9 A; 3BLC A; 5ILY A; 2F18 A; 3AMO A; 1TN8 B; 4V1S A; 1O7D D; 2EAC A; 2H6I B; 2ZL8 A; 1X1J A; 1N7Q A; 3QSP A; 4BOJ A; 1WZZ A; 1QWU A; 2D73 A; 2XQW A; 3DPY B; 3EU8 A; 4BTX A; 4GTS B; 1LOH A; 3NJX A; 3DX1 A; 3PYA A; 1AVL A; 3HII A; 4BZE A; 3S4A A; 3AMO B; 3MV0 1; 2ONG A; 4D4D A; 3P2C A; 1V5D A; 1H35 A; 2ZZR A; 4EL8 A; 1H39 A; 1NS4 A; 1YQ2 A; 3GZK A; 3E33 B; 2EAD A; 3A3V A; 3PZ3 B; 1QX1 A; 4FXG B; 4EHM B; 4OK4 A; 1MN0 A; 1GXO A; 4MBG B; 5IKH A; 1DYU A; 3D4Z A; 1JS4 A; 4BTW A; 3VD4 A; 3E37 B; 1OJM A; 2VN7 A; 3M72 A; 2XN0 A; 3H7L A; 4NEI A; 4UFC A; 2ZQ0 A; 1AGM A; 5IK6 A; 4Z4J A; 2R2L B; 4RNQ A; 1SNZ A; 3P5R A; 1GHQ A; 3VSN A; 3S4D A; 2F0Y B; 3VSM A; 4D94 A; 1DOG A; 2XHN A; 3K25 A; 2XN1 A; 1HX9 A; 4OJZ A; 4CE7 A; 1D8E B; 1HMW A; 1H37 A; 5AGD A; 1RJO A; 3HXC B; 4L9P B; 1VD5 A; 2PNC A; 2WYH A; 1S64 B; 3E34 B; 1W6J A; 1TNU B; 2CIR A; 1SII A; 3D51 A; 3ON6 A; 1KKT A; 3DEC A; 3EJT A; 1O1R B; 1R33 A; 3E1F 1; 2PN5 A; 5DHK A; 2BED B; 2J5C A; 3M7C A; 4ZH1 A; 2V8I A; 1HXA A; 1Z45 A; 1N7N A; 3IAQ A; 1SPU A; 1QAK A; 2CQT A; 1HXK A; 2HTB A; 1WU6 A; 3BVW A; 3M71 A; 4MMI A; 1GA2 A; 3GT5 A; 2WW2 A; 1RWF A; 3PZ2 B; 1TXK A; 4ONT A; 3DDG A; 3N0F A; 4BTY A; 1EKM A; 2Y74 A; 1FT1 B; 2A8Z A; 2QNO A; 3D3I A; 3Q79 B; 3RJ3 A; 3BVT A; 3DCD A; 2WVY A; 4D4B A; 4FNT A; 1O6Q A; 3PZ4 B; 3DX2 A; 4BZG A; 1NSM A; 1O6H A; 2WY7 A; 4ZRP A; 3VDB A; 1J0N A; 2I07 B; 3T09 A; 3BUQ A; 4GTP B; 4CJ0 A; 2YFN A; 3EJP A; 3WKG A; 4KFF A; 2FUQ A; 3SFY B; 4KKJ A; 1NS7 A; 2CFG A; 4RNL A; 1O1T B; 1NS8 A; 2XSG A; 1JCR B; 3DYO A; 3T0A A; 3WIQ A; 3HI7 A; 1NC5 A; 1G6I A; 3CZJ A; 3VD5 A; 1LXK A; 2F7O A; 3RX7 A; 2ONH A; 1XWQ A; 2XWB B; 1C82 A; 4BZH A; 1O1S B; 3ANJ A; 4E1Y A; 2JG0 A; 1FMI A; 2BB5 A; 1QSJ A; 3Q78 B; 5JPM B; 1KS8 A; 4L0G A; 1J0M A; 3D52 A; 3Q1N A; 1SQC A; 2WVX A; 3TF4 A; 1KZP B; 3E32 B; 3QT3 A; 3QFZ A; 4LIX A; 3IMH A; 5ILD A; 2BRW A; 5FO7 B; 1LF6 A; 4C1S A; 1KWF A; 1UI8 A; 3KLS A; 2C11 A; 3SDV A; 1IVV A; 1HTY A; 1TNO B; 3ACT A; 4K35 A; 2WVX B; 4L6X A; 3K11 A; 3MI6 A; 2IEJ B; 1FCE A; 4TF4 A; 1OJN A; 3D5R A; 1FO3 A; 4FUS A; 2WDA A; 1X9D A; 2FUZ A; 3QDE A; 3T2Q A; 3VD7 A; 2A73 B; 4DUW A; 2X03 A; 1N1Z A; 2FUT A; 4OZW A; 5JMD A; 2W0Q A; 1W6G A; 1MZC B; 2CFL A; 4KTP A; 2Z07 A; 1H3B A; 1X81 B; 1R34 A; 1W2Z A; 3ECQ A; 2V8J A; 2HTA A; 3MUZ 1; 1L7J A; 3T0D A; 2DRS A; 2YFO A; 1HN1 A; 3DDF A; 1QQF A; 3PMM A; 3W7U A; 4GTR B; 2WVZ A; 3KII A; 3RX8 A; 3BVU A; 3KQ4 A; 1FBW A; 2E22 A; 1L7K A; 3SDU A; 1MMZ A; 5MEH A; 2G02 A; 2NVP A; 1JOV A; 2C10 A; 2RI9 A; 2CFD A; 2NOJ A; 3DSX B; 3SDT A; 5ILZ A; 3I3B A; 2DRO A; 1H36 A; 2CFK A; 3H3K A; 2BRP A; 4KKI A; 4F10 A; 1N95 B; 3VW5 A; 1O79 A; 2WII B; 1H3A A; 3LZ9 A; 2GZ6 A; 1N4S B; 3CV5 A; 4FXK B; 3WC3 A; 1DP0 A; 2FV1 A; 4BZF A; 5CD2 A; 3VD9 A; 3T0U A; 1WU4 A; 1SA4 B; 1GSZ A; 4BOK A; 1HMU A; 4GAX A; 3OS7 A; 3HXB B; 2CIS A; 4FJQ A; 5A1A A; 2WW0 A; 1QAL A; 1JYV A; 2BRV X; 1HZF A; 4FNR A; 5GY3 A; 2Q1F A; 1K1W A; 1F9G A; 2F7P A; 5ILI A; 1QAF A; 5IM1 A; 1PU4 A; 1F9O A; 1MMX A; 2Y73 A; 1N23 A; 1KRE A; 1N9E A; 1TQV A; 3E80 A; 4DI5 A; 3LOY A; 3QFY A; 2BBC A; 1N7R A; 2XN2 A; 3E6U A; 3WKI A; 4LNG B; 3WUX A; 3BVV A; 2DRQ A; 4WVB A; 3G4F A; 3AFJ A; 2F1B A; 4LNV A; 1HXC A; 1NSR A; 1DCE B; 3PZ1 B; 1PX3 A; 1SO0 A; 3HXE B; 2EAB A; 1JZ7 A; 2B39 A; 2H6F B; 4GTM B; 3ANK A; 5ILJ A; 3WKH A; 3PGB A; 3HIG A; 3M73 A; 2FV0 A; 3MPH A; 1LVN A; 1RWA A; 1NSX A; 3EZ8 A; 4GTT B; 2P0V A; 4DUX A; 2SQC A; 1O5M B; 4J5T A; 3W7X A; 1V7W A; 3W7S A; 2AHG A; 5FO9 B; 3T33 A; 3SX1 A; 1L1Y A; 4ZH5 A; 3N0G A; 3X3Z A; 3EJS A; 2WW1 A; 3BUP A; 2H6H B; 3AFL A; 3E7J A; 3DSV B; 4YDO B; 3C72 B; 3W5M A; 1JYN A; 5DHI A; 3NNB A; 5E1Q A; 4D4A A; 2WYI A; 3WA3 A; 3HXF B; 1L2A A; 4Q88 A; 4GL3 A; 1YGA A; 4V1R A; 3WKF A; 3SFX B; 2VN4 A; 1KSC A; 3DX0 A; 4OZV A; 2H6G B; 2GH4 A; 2WO0 A; 4JJJ A; 2F7Q A; 5EAU A; 3A24 A; 3REN A; 3M02 A; 1N4P B; 3WIR A; 2OW6 A; 1N1B A; 4D4C A; 3OBA A; 1NI1 B; 3X17 A; 4F13 A; 1N7P A; 3QWT A; 4YDE B; 1W4N A; 2OQE C; 1XW2 A; 4AYR A; 1TF4 A; 2V3P A; 1TQU A; 3BS6 A; 1G9G A; 3E73 A; 3SEP A; 3T0B A; 3DSW B; 3K5T A; 1N24 A; 1RWH A; 1K1X A; 1R76 A; 1KRF A; 3CIH A; 3ALA A; 1WMO A; 3W5N A; 5JPN B; 4EV2 A; 5KKB A; 3EUV B; 4AYP A; 2JKE A; 2ZIS B; 4FNS A; 3G6J B; 1LD7 B; 1XWT A; 3RRS A; 1IQY A; 1LXM A; 3K7X A; 3T2O A; 3NBB A; 1HWW A; 4KFE A; 1H13 A; 2CWV A; 1D8D B; 1NS0 A; 3IAP A; 1NL4 B; 5ILH A; 4QT9 A; 5ILK A; 1N22 A; 5DGR A; 4AQ0 A; 1UT9 A; 3S9V A; 1WMP A; 1IS9 A; 2E2U A; 1D6Z A; 4AYO A; 1JZ8 A; 1HCU A; 2GOX A; 1UMP A; 1JZ4 A; 1RWG A; 1TQT A; 1WU5 A; 1UI7 A; 3NJV A; 2V8K A; 2CG0 A; 4Z4L A; 2OW7 A; 1S63 B; 1CEM A; 1AVK A; 1JZ5 A; 1AYX A; 4ZG8 A; 1IVX A; 1NKG A; 2DRR A; 1NSS A; 3X41 A; 5C05 A; 3NBJ A; 3M01 A; 2RDY A; 2OQE A; 1RW9 A; 3KSL B; 5GZK A; 1IVU A; 1JCQ B; 3WFA A; 1OJP A; 3EJU A; 4EV5 A; 1ULV A; 2WY8 A; 1W5Z A; 2ZXQ A; 2F6D A; 2D1W A; 3BUD A; 2OKX A; 2CWT A; 2AFA A; 2RGK A; 2WYN A; 1PS3 A; 1N9A B; 5IK0 A; 3MWX A; 5GW7 A; 3PYB A; 2XWJ B; 3EQA A; 3J7H A; 1GXN A; 3CU7 A; 1IU7 A; 1CLC A; 1D6Y A; 3QRY A; 3DYM A; 1FO2 A; 1NSV A; 3H2W A; 3T08 A; 1RKY A; 3DRA B; 4KTR A; 3M75 A; 1RQ5 A; 3SAE A; 2EAE A; 2V3N A; 2WGQ A; 1RWC A; 5IK9 A; 1N94 B; 3BVX A; 2XFG A; 3DSU B; 3OED A; 3TY1 A; 4LNB B; 2YIK A; 1W3Y A; 3S4C A; 1GLM A; 3VDA A; 3BUB A; 5IKA A; 1UG9 A; 2CQS A; 1EGU A; 1TQS A; 3I3D A; 2D8L A; 3QT9 A; 1I8Q A; 1D6U A; 4TTG A; 1HV6 A; 5FO8 B; 1O6R A; 2WIN B; 1JRQ A; 2F7R A; 3W7W A; 3CZN A; 1FBO A; 3EJQ A; 3M7B A; 5KBP A; 3SQC A; 1LUR A; 2CIQ A; 1A2V A; 4AYQ A; 2WOH A; 4DUV A; 3QG0 A; 1IQX A; 3Q73 B; 3CZS A; 1HM3 A; 2B4F A; 1FT2 B; 3VDC A; 3DST B; 3SDR A; 1W6C A; 3M78 A; 1OJO A; 5M7I A; 1H3C A; 1JZ2 A; 5JMF A; 3M7E A; 3MV1 1; 1HM2 A; 1HN0 A; 2JF4 A; 3P5P A; 2D5J A; 2G0D A; 3RSY A; 4ZRQ A; 2CFW A; 1HXG A; 1G87 A; 2OOV C; 1X1H A; 4DOE A; 2E2T A; 3DYP A; 1N20 A; 1JYW A; 1NSU A; 3KSQ B; 3D4Y A; 3DX3 A; 5FOB B; 3RX5 A; 1IA6 A; 1V5C A; 1H54 A; 1JZ6 A; 5EAS A; 1W7C A; 5M7Y A; 2JJB A; 1NS2 A; 1H12 A; 4K3A A; 2WOF A; 3ANI A; 2FYV A; 3N9H A; 1GAI A; 4CJ1 A; 2WZS A; 1H14 A; 1N4R B; 3T2P A; 2AHF A; 3D5S A; 2ALW A; 3VXD A; 4FNQ A; 1K1Y A; 4KFD A; 2JKP A; 4TXT A; 4FNP A; 1KFG A; 1PX4 A; 3BGA A; 3A0O A; 1F4H A; 1W6K A; 1TQW A; 3BUI A; 3X40 A; 5DGQ A; 2F1A A; 3LVT A; 1K72 A; 3SDQ A; 3KN4 A; 1CB8 A; 1US1 A; 1MMU A; 1N7O A; 3GLY A; 1TN7 B; 5E2J A; 3WA2 X; 1QWN A; 1IVW A; 1SA5 B; 4FNU A; 4FNV A; 1TNZ B; 2ZIR B; 4MU9 A; 4MMH A; 3M76 A; 1OAC A; 1LTX B; 3W7T A; 3ACS A; 1GXM A; 1G9J A; 1F9D A; 1KZO B; 2BT3 A; 2WW3 A; 1JYX A; 2ZBL A; 4DOD A; 5IL3 A; 3D50 A; 3OB8 A; 3SXX A; 3EJR A; 3G4D A; 4GTQ B; 2E2V A; 3EU5 B; 1NSZ A; 3X3X A; 1GAH A; 2JKA A; 1JZ3 A; 1LF9 A; 3Q7F B; 3X3Y A; 1MMY A; 4M76 A; 3WIW A; 4GTV B; 2WCO A; 2CG1 A; 5EAT A; 1TU5 A; 2OOV A; 3VD3 A; 1NXC A; 5IL8 A; 3QXQ A; 3DX4 A; 4YCR A; 1QBQ B; 1X1I A; 1WMN A; 4WU0 A; 1TN6 B; 4GTO B; 3Q75 B; 3OXU A; 4Q2B A; 1SIH A; 1FAE A; 1N4Q B; 3WVF A; 1FPP B; 1QAZ A; 2PMV A; 4WVA A; 1F1S A; 1JCS B; 1V7X A; 1V7V A; 1AV4 A; 3HXD B; 3MUY 1; 3M00 A; 1TNY B; 3I3E A; 3X42 A; 4OK2 A; 2BB6 A; 2CWU A; 3NRE A; 2RI8 A; 1LD8 B; 1F4A A; 5CZL A; 1N21 A; 3Q7A B; 3QPF A; 4WVC A; 1KSI A; 1C3D A; 3M77 A; 1IA7 A; 5CA3 A; 3NFV A; 3BLB A; 3E30 B; 4XUV A; 1KSD A; 3M7L A; 3S4B A; #chains in the Genus database with same CATH homology 3I3D A; 1I8Q A; 3AFL A; 3E7J A; 1C82 A; 4BZH A; 1JYN A; 4TTG A; 1HV6 A; 4E1Y A; 2E24 A; 3NNB A; 3BLC A; 5E1Q A; 1X1J A; 1N7Q A; 1J0M A; 2D73 A; 3Q1N A; 1LUR A; 2CIQ A; 2WVX A; 1LOH A; 3NJX A; 4DUV A; 3IMH A; 1YGA A; 2BRW A; 4BZE A; 1UG9 A; 1LF6 A; 3MV0 1; 4OZV A; 1HM3 A; 3A24 A; 3VDC A; 1NS4 A; 2WVX B; 1YQ2 A; 1OJO A; 3OBA A; 1OJN A; 4F13 A; 1JZ2 A; 1N7P A; 5JMF A; 2WDA A; 4OK4 A; 3T2Q A; 3VD7 A; 4DUW A; 3MV1 1; 1HM2 A; 1HN0 A; 2X03 A; 1MN0 A; 2FUT A; 4OZW A; 5JMD A; 3VD4 A; 1OJM A; 3BS6 A; 1X1H A; 3SEP A; 4NEI A; 3ECQ A; 3T0B A; 2ZQ0 A; 3DYP A; 2HTA A; 3MUZ 1; 1RWH A; 1K1X A; 1L7J A; 3T0D A; 1HN1 A; 1SNZ A; 1JYW A; 1NSU A; 3VSN A; 3VSM A; 2WVZ A; 2JKE A; 1JZ6 A; 1NS2 A; 2XHN A; 2E22 A; 1L7K A; 1LXM A; 1MMZ A; 3K25 A; 1JOV A; 3T2O A; 2WZS A; 3I3B A; 4OJZ A; 1HMW A; 3T2P A; 1NS0 A; 3IAP A; 4F10 A; 2BRP A; 1K1Y A; 4AQ0 A; 2JKP A; 1PX4 A; 3BGA A; 3A0O A; 1F4H A; 2CIR A; 1DP0 A; 1JZ8 A; 1CB8 A; 3DEC A; 4BZF A; 1MMU A; 1N7O A; 1JZ4 A; 3VD9 A; 1RWG A; 3E1F 1; 1HMU A; 3OS7 A; 3NJV A; 4FNV A; 5A1A A; 2CIS A; 4MMH A; 2WW0 A; 1JYV A; 1JYX A; 2BRV X; 1N7N A; 1Z45 A; 2WW3 A; 3IAQ A; 3OB8 A; 2Q1F A; 1K1W A; 1JZ5 A; 1F9G A; 1NKG A; 1NSS A; 2HTB A; 1NSZ A; 4MMI A; 1MMX A; 1RW9 A; 2JKA A; 3WFA A; 1JZ3 A; 3E80 A; 1LF9 A; 1OJP A; 2WW2 A; 1RWF A; 1ULV A; 1MMY A; 2ZXQ A; 1TXK A; 1N7R A; 2WCO A; 3VD3 A; 3DCD A; 2WVY A; 1X1I A; 3MWX A; 4BZG A; 1NSM A; 1NSR A; 1PX3 A; 1SO0 A; 3VDB A; 3J7H A; 1J0N A; 3DYM A; 3T08 A; 3T09 A; 1JZ7 A; 1NSV A; 3WVF A; 1QAZ A; 1F1S A; 3MUY 1; 2FUQ A; 3I3E A; 1NS7 A; 1RWC A; 1RWA A; 1NSX A; 4RNL A; 4OK2 A; 1NS8 A; 4DUX A; 2XSG A; 3NRE A; 3DYO A; 3TY1 A; 4J5T A; 3T0A A; 1F4A A; 1W3Y A; 3CZJ A; 3NFV A; 3VDA A; 3VD5 A; 1LXK A; 1EGU A; 2WW1 A;
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