The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
235
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sequence length |
705
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structure length |
705
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Chain Sequence |
HPNLIVTEQDVANIAASWESYDAYAEQLNADKTNLDAFMAEGVVVPMPKDAGGGYTHEQHKRNYKAIRNAGFLYQVTGDEKYLTFAKDLLLAYAKMYPSLGEHPNRKEQSPGRLFWQSLNEAVWLVYSIQGYDAIIDGLAAEEKQEIESGVFLPMAKFLSVESPETFNKIHNHGTWAVAAVGMTGYVLGNDELVEISLMGLDKTGKAGFMKQLDKLFSPDGYYTEGPYYQRYALMPFIWFAKAIETNEPERKIFEYRNNILLKAVYTTIDLSYAGYFFPINDALKDKGIDTVELVHALAIVYSITGDNTLLDIAQEQGRISLTGDGLKVAKAVGEGLTQPYNYRSILLGDGADGDQGALSIHRLGEGHNHMALVAKNTSQGMGHGHFDKLNWLLYDNGNEIVTDYGAARYLNVEAKYGGHYLAENNTWAKQTIAHNTLVVNEQSHFYGDVTTADLHHPEVLSFYSGEDYQLSSAKEANAYDGVEFVRSMLLVNVPSLEHPIVVDVLNVSADKASTFDLPLYFNGQIIDFSFKVKDNKNVMKMLGKRNGYQHLWLRNTAPVGDASERATWILDDRFYSYAFVTSTPSKKQNVLIAELGANDPNYNLRQQQVLIRRVEKAKQASFVSVLEPHGKYDGSLETTSGAYSNVKSVKHVSENGKDVVVVDLKDGSNVVVALSYNANSEQVHKVNAGEEAIEWKGFSSVVVR
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a PL17 Family Alginate Lyase Demonstrates Functional Similarities among Exotype Depolymerases.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
alginate lyase
|
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Saccharophagus degradans
|
| total genus |
235
|
| structure length |
705
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| sequence length |
705
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
4.2.2.26: Oligo-alginate lyase. |
| pdb deposition date | 2013-10-29 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF05426 | Alginate_lyase | Alginate lyase |
| A | PF07940 | Hepar_II_III | Heparinase II/III-like protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Chondroitin AC/alginate lyase | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3VSN A; 1C82 A; 1HM3 A; 1X1J A; 2FUT A; 4NEI A; 1HV6 A; 1HN0 A; 1LOH A; 4MMI A; 4F13 A; 2WCO A; 2X03 A; 2BRP A; 1OJO A; 1QAZ A; 1OJP A; 4OZV A; 1RWF A; 1RWC A; 1HMW A; 1RWG A; 1X1I A; 2BRV X; 4FNV A; 5JMF A; 3NFV A; 4OJZ A; 2BRW A; 4OZW A; 1F1S A; 1N7N A; 1N7P A; 3NNB A; 1N7Q A; 3VSM A; 1RW9 A; 3AFL A; 2E24 A; 2Q1F A; 1HM2 A; 1OJM A; 2WDA A; 3E7J A; 1J0M A; 1F9G A; 4MMH A; 1HMU A; 1EGU A; 5JMD A; 4OK4 A; 1LXK A; 1I8Q A; 1W3Y A; 3A0O A; 2FUQ A; 3E80 A; 1X1H A; 1LXM A; 1OJN A; 1RWH A; 4OK2 A; 4E1Y A; 1N7O A; 1N7R A; 4F10 A; 2E22 A; 1RWA A; 1CB8 A; 1J0N A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1JYV A; 1GAH A; 1AVL A; 3T2P A; 3EJQ A; 2AFA A; 3VW5 A; 4LIX A; 1JS4 A; 2XN0 A; 3DCD A; 3SFY B; 1MMY A; 2XQW A; 1NSS A; 2B39 A; 2YFN A; 1KRE A; 2BRV X; 1LVN A; 3E73 A; 4BOJ A; 2E2U A; 1HXA A; 4FNT A; 4KTP A; 4FXG B; 3QPF A; 2AHG A; 1AVK A; 2Q1F A; 2J5C A; 1IVW A; 1SIH A; 4DUW A; 4L6X A; 2E2T A; 3ANK A; 3KN4 A; 1TQS A; 1JYX A; 2JKA A; 2BB5 A; 3C72 B; 3EJP A; 3S9V A; 3GZK A; 2C10 A; 3OB8 A; 1J0N A; 1H12 A; 1TNB B; 1C82 A; 4K3A A; 3D51 A; 3HXC B; 1NS2 A; 1JCS B; 3RX5 A; 3SDU A; 2WY8 A; 1MMU A; 3NBJ A; 5M7Y A; 3BVW A; 2GOX A; 4KFE A; 3DSW B; 5ILK A; 1O79 A; 3QXF A; 1W7C A; 2BRW A; 3ANJ A; 1FBO A; 2SQC A; 4GTO B; 2HTB A; 2WVY A; 1UI7 A; 1H3A A; 2WZS A; 3Q73 B; 3I3D A; 1KS8 A; 1NC5 A; 1F9G A; 2CFG A; 4MMH A; 1G6I A; 1EGU A; 3W7X A; 4QT9 A; 1LXM A; 4OK2 A; 3SX1 A; 2CFD A; 1D6Z A; 4Z4J A; 1SPU A; 1D8E B; 1N24 A; 3M00 A; 2F7O A; 1HV6 A; 3T2O A; 1GA2 A; 1QWU A; 1V7V A; 1OJO A; 5FO8 B; 5A1A A; 4BZE A; 3RX8 A; 3K11 A; 3DYO A; 3E37 B; 1KZO B; 2GZ6 A; 2E2V A; 3BUD A; 3J7H A; 1W6G A; 1XW2 A; 4FNS A; 1NS4 A; 3Q1N A; 1A2V A; 3WA2 X; 3OBA A; 1N23 A; 1WMP A; 3KII A; 3BVX A; 3ACT A; 3D3I A; 1WU6 A; 2PN5 A; 4GTQ B; 1HMU A; 3ALA A; 5JMD A; 3BVV A; 3VDC A; 5GW7 A; 1Z45 A; 2FUQ A; 4D94 A; 2CFL A; 5DHK A; 4E1Y A; 2JKP A; 1GHQ A; 4GTR B; 2E22 A; 5EAU A; 1D6Y A; 3CZS A; 1O1T B; 1US1 A; 2Z07 A; 3P2C A; 3LVT A; 4EL8 A; 2ONH A; 4ZH1 A; 5IK9 A; 2WVX B; 4D4C A; 1N22 A; 3W5M A; 1YGA A; 3MUY 1; 2XN1 A; 3DSX B; 1NKG A; 2CWT A; 3X42 A; 3M77 A; 5JPM B; 1R33 A; 1RWC A; 1JZ5 A; 3EU8 A; 1F4H A; 1FO2 A; 4KFD A; 1N1Z A; 1TQV A; 3BS6 A; 3G4D A; 1TNZ B; 1AV4 A; 1N7P A; 3SXX A; 1TNO B; 1TN8 B; 3T33 A; 3M75 A; 3Q78 B; 3QG0 A; 4D4A A; 2WW0 A; 2WY7 A; 3G4F A; 2WYN A; 3M01 A; 3M73 A; 3KLS A; 4L9P B; 3MV0 1; 1F4A A; 2D8L A; 1JOV A; 4C1S A; 3RJ3 A; 4BTX A; 3DX3 A; 2FV0 A; 1CB8 A; 4KKJ A; 3D4Y A; 1JZ7 A; 1WMO A; 3X3Y A; 4WVA A; 3DPY B; 3IAQ A; 2NOJ A; 1NSX A; 4NEI A; 1FBW A; 1LOH A; 3WFA A; 2FBA A; 3KQ4 A; 3IMH A; 5IK0 A; 5M7I A; 1DYU A; 5E2J A; 3VD4 A; 2EAB A; 3DX4 A; 1EKM A; 3MPH A; 1DOG A; 1TQT A; 1NSU A; 1HXK A; 3EJU A; 3SFX B; 3D4Z A; 1HZF A; 1LF9 A; 3BUP A; 1QAL A; 1W6C A; 3K7X A; 2VN7 A; 4YDE B; 1HM2 A; 1UG9 A; 3D52 A; 1NS0 A; 1W2Z A; 4EHM B; 5DGR A; 4OK4 A; 5KKB A; 1R34 A; 2FYV A; 2D5J A; 1FPP B; 1S63 B; 1X1H A; 2G0D A; 3CIH A; 3S4A A; 1SNZ A; 3EUV B; 5ILY A; 2JKE A; 3DDF A; 1KKT A; 4DUV A; 1KZP B; 4CJ1 A; 2H6I B; 3PZ2 B; 3EJR A; 1G87 A; 3M7B A; 2CIS A; 2VN4 A; 4AQ0 A; 1H54 A; 4BTY A; 2A73 B; 5CA3 A; 3E34 B; 2A8Z A; 1GAI A; 1SII A; 1KSC A; 2X03 A; 1GXN A; 1SQC A; 3A3V A; 3VD7 A; 3QDE A; 2JJB A; 4RNQ A; 2PMV A; 4FXK B; 4TTG A; 3PMM A; 5FO7 B; 3RRS A; 3VDA A; 1KSI A; 4ZRQ A; 5AGD A; 3VSM A; 3WKF A; 2D1W A; 1MZC B; 3W7U A; 3QT3 A; 2WDA A; 3EJS A; 3HIG A; 1QSJ A; 2FV1 A; 4GTT B; 5DHI A; 3HII A; 2W0Q A; 3I3B A; 5IL3 A; 4Z4L A; 3BVT A; 3A0O A; 4ONT A; 5CZL A; 1HXG A; 2ZBL A; 4YDO B; 3SDT A; 1JZ8 A; 2WII B; 1NI1 B; 2OOV A; 5FO9 B; 3TY1 A; 3VXD A; 1S64 B; 2OQE A; 3X41 A; 1RKY A; 3CZN A; 1HM3 A; 3DST B; 1K1Y A; 1LUR A; 3M74 A; 1FMI A; 2F7P A; 2CIQ A; 4LNG B; 4OZV A; 1L1Y A; 1QQF A; 1TF4 A; 2F7R A; 1MMZ A; 3DSV B; 2Y73 A; 1N4S B; 2Y74 A; 1H3B A; 1O6Q A; 2WW2 A; 1F1S A; 3DX2 A; 2CG1 A; 1NSR A; 1HXC A; 4V1R A; 3D5R A; 2ZIS B; 3T0U A; 1W5Z A; 3DYP A; 3WKG A; 3QRY A; 1HN1 A; 3BLC A; 4KKI A; 3SAE A; 3DDG A; 1O6R A; 1W4N A; 2CFK A; 3WIQ A; 1IQY A; 1IU7 A; 1NSV A; 4FNR A; 1H13 A; 1V5D A; 1OAC A; 3MI6 A; 4F13 A; 3BVU A; 1OJP A; 3Q75 B; 4BOK A; 2V8I A; 2CFW A; 4K35 A; 3EZ8 A; 3QWT A; 2BT3 A; 1AYX A; 4CJ0 A; 3T2Q A; 1FO3 A; 1NSM A; 3VDB A; 5IM1 A; 1MN0 A; 1JZ6 A; 2CWU A; 1F9D A; 3QSP A; 3K25 A; 1TQW A; 3SEP A; 5KBP A; 3HXD B; 1GXM A; 1CLC A; 1IA7 A; 3W7W A; 3M7C A; 3H7L A; 2EAD A; 1O1S B; 4KFF A; 3N0F A; 1LD8 B; 4WVB A; 2BRP A; 5C05 A; 1RWG A; 3BLB A; 3E33 B; 3EQA A; 3Q7F B; 1UMP A; 4AYQ A; 3DYM A; 3AFJ A; 2V3N A; 2WYH A; 1DP0 A; 2BB6 A; 3WUX A; 5GZK A; 2F6D A; 3VD3 A; 2H6G B; 4ZH5 A; 1HWW A; 1H37 A; 3G6J B; 1CEM A; 1LXK A; 1N20 A; 4GL3 A; 1N9A B; 1FCE A; 1PS3 A; 1N7R A; 1RWA A; 1IVX A; 3A24 A; 3DSS B; 4FNQ A; 2F1A A; 4AYO A; 3M76 A; 2P0V A; 3ON6 A; 3SDV A; 1NS8 A; 1IS9 A; 2DRS A; 4KTR A; 1MMX A; 3WVF A; 2I07 B; 4XUV A; 1QWN A; 1X1I A; 2QNO A; 2CWV A; 5DGQ A; 5ILH A; 3M7E A; 1NL4 B; 1X9D A; 3D5S A; 2G02 A; 2R2L B; 2WW1 A; 1N7N A; 3CV5 A; 1PX4 A; 2CIR A; 1YQ2 A; 2E24 A; 3S4C A; 2WGQ A; 1VD5 A; 2ZIR B; 4WVC A; 3M7L A; 1O7D D; 1F9O A; 3WA3 A; 3GLY A; 3WIR A; 3S4D A; 3LZ9 A; 1H36 A; 1H14 A; 1SA5 B; 1DL2 A; 2H6H B; 1V7W A; 1OJN A; 1H39 A; 1N7O A; 3QXQ A; 3KSL B; 3OXU A; 1D8D B; 1K72 A; 2F1B A; 2XWJ B; 3HXB B; 3LOY A; 2XSG A; 2H6F B; 4LNV A; 3BUI A; 1SA4 B; 2XHN A; 3PYB A; 3CZJ A; 3HXE B; 4EV2 A; 3SDR A; 4FUS A; 2HTA A; 1H35 A; 3ANI A; 3P5P A; 2NVP A; 1RJO A; 1TN7 B; 1PX3 A; 2OW7 A; 2WO0 A; 3AMO B; 2WVX A; 2YX9 A; 1TQU A; 5EAT A; 4L0G A; 1IVU A; 2OW6 A; 3E7J A; 3SQC A; 1HCU A; 3NJX A; 1SO0 A; 3H2W A; 3SDQ A; 1UI8 A; 3E80 A; 3W7S A; 2PNC A; 1RWH A; 5IK6 A; 3OED A; 2ZXQ A; 1GLM A; 2CQT A; 1JCR B; 2YIK A; 3EJT A; 1N4R B; 4D4B A; 4WU0 A; 2JG0 A; 1X1J A; 1JRQ A; 3M72 A; 1IVV A; 1TXK A; 2IEJ B; 3BUB A; 3D50 A; 1JZ4 A; 1KFG A; 1QAZ A; 3P5R A; 1RWF A; 2XFG A; 1N21 A; 2V8K A; 3WIW A; 2F0Y B; 4AYR A; 1TNY B; 2V3P A; 2B4F A; 1JYW A; 2C11 A; 2WYI A; 2RDY A; 2RI9 A; 3QT9 A; 3HI7 A; 3BGA A; 1IQX A; 2WIN B; 2ONG A; 2V8J A; 4FJQ A; 1WMN A; 5MEH A; 2CQS A; 2ZL8 A; 1FAE A; 3W7T A; 4UFC A; 3E1F 1; 1RW9 A; 3TF4 A; 3M78 A; 3I3E A; 3Q7A B; 1WU4 A; 4Q2B A; 3E30 B; 1NSZ A; 2YFO A; 3CU7 A; 3M71 A; 1IA6 A; 4TXT A; 5JPN B; 1L2A A; 1QX1 A; 3DEC A; 3T0D A; 1W6J A; 1HMW A; 2ZQ0 A; 5JMF A; 1LF6 A; 4OJZ A; 3RSY A; 4MBG B; 4GAX A; 4DUX A; 1JZ3 A; 3W5N A; 1JCQ B; 4JJJ A; 3AFL A; 4D4D A; 1JYN A; 1WU5 A; 4BZG A; 4RNL A; 3WC3 A; 1WZZ A; 1K1X A; 2D73 A; 1NXC A; 1XWQ A; 2RI8 A; 1FP3 A; 5IKH A; 3DX0 A; 5E1Q A; 2WVZ A; 4EV5 A; 1PU4 A; 5ILJ A; 3ACS A; 3M02 A; 3DX1 A; 3AMO A; 4AYP A; 3N9H A; 3DSU B; 4ZRP A; 5CD2 A; 1R76 A; 3BUQ A; 3VSN A; 4J5T A; 3PZ4 B; 4YCR A; 3PGB A; 4FNP A; 1HN0 A; 4V1S A; 4DOE A; 1TNU B; 1QBQ B; 4BZF A; 1X81 B; 2GH4 A; 2XWB B; 4LNB B; 1L7K A; 1LD7 B; 3IAP A; 1HTY A; 3PYA A; 1N1B A; 2DRO A; 5ILD A; 2WW3 A; 1HX9 A; 3NBB A; 1V5C A; 4MU9 A; 1AGM A; 1KWF A; 3E32 B; 1QAK A; 1TU5 A; 1O6H A; 2WOH A; 3MWX A; 3VD5 A; 4GTM B; 1OJM A; 1O5M B; 3NJV A; 1H3C A; 1G9J A; 4DI5 A; 3RX7 A; 1TN6 B; 1JZ2 A; 1N94 B; 3N0G A; 2FUT A; 2JF4 A; 3S4B A; 2BED B; 2OKX A; 3OS7 A; 1KRF A; 2CG0 A; 1N4Q B; 3E6U A; 1UT9 A; 1K1W A; 2WOF A; 1G9G A; 3NNB A; 4CE7 A; 1KSD A; 2XN2 A; 2BBC A; 3WKH A; 3DRA B; 1N9E A; 4TF4 A; 2ZZR A; 1J0M A; 2EAC A; 1QAF A; 2RGK A; 3T08 A; 3T09 A; 1FT1 B; 1XWT A; 3X40 A; 4Q88 A; 1I8Q A; 4M76 A; 3GT5 A; 1N95 B; 3PZ1 B; 5EAS A; 2DRR A; 1ULV A; 4GTV B; 4GTP B; 3T0B A; 5FOB B; 3X17 A; 5IL8 A; 1FT2 B; 1D6U A; 3HXF B; 1L7J A; 3NRE A; 4MMI A; 1LTX B; 3REN A; 4DOD A; 4ZG8 A; 2F18 A; 1V7X A; 2WCO A; 2AHF A; 2F7Q A; 3WKI A; 1NS7 A; 3X3X A; 3MV1 1; 5ILZ A; 4GTS B; 3QFZ A; 4FNU A; 1O1R B; 5ILI A; 3ECQ A; 1GXO A; 3NFV A; 1W6K A; 1N4P B; 4OZW A; 1C3D A; 2FUZ A; 1RQ5 A; 3PZ3 B; 1N7Q A; 2DRQ A; 3QFY A; 5IKA A; 3EU5 B; 4BZH A; 3K5T A; 3T0A A; 3X3Z A; 2ALW A; 2EAE A; 3H3K A; 4BTW A; 3VD9 A; 3KSQ B; 3Q79 B; 2OOV C; 1W3Y A; 2OQE C; 3MUZ 1; 4F10 A; 5GY3 A; 1DCE B; 4FNV A; 1GSZ A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1JYV A; 1JZ7 A; 3T2P A; 3IAQ A; 1NSX A; 4NEI A; 1NSZ A; 1LOH A; 3WFA A; 3DEC A; 3IMH A; 3VD4 A; 3DCD A; 3T0D A; 2BRP A; 1MMY A; 1NSS A; 1HMW A; 1RWG A; 2ZQ0 A; 2BRV X; 5JMF A; 1NSU A; 1LF6 A; 4OJZ A; 1LF9 A; 3DYM A; 4DUX A; 1JZ3 A; 1DP0 A; 3AFL A; 1JYN A; 4BZG A; 2Q1F A; 1HM2 A; 1UG9 A; 4RNL A; 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1L7J A; 2WVX B; 1YGA A; 1TXK A; 4MMI A; 3MUY 1; 4F13 A; 1NKG A; 2WCO A; 1JZ4 A; 1QAZ A; 1OJP A; 1NS7 A; 1RWF A; 1RWC A; 3MV1 1; 1JZ5 A; 1F4H A; 3ECQ A; 3BS6 A; 3NFV A; 4OZW A; 1JYW A; 1N7P A; 3T2Q A; 4BZH A; 1N7Q A; 1NSM A; 3VDB A; 1MN0 A; 3T0A A; 3BGA A; 1JZ6 A; 2WW0 A; 3VD9 A; 3MV0 1; 1F4A A; 3K25 A; 3SEP A; 1W3Y A; 1JOV A; 3MUZ 1; 3E1F 1; 4F10 A; 1RW9 A; 3I3E A; 4FNV A;
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