The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
33
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sequence length |
108
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structure length |
108
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Chain Sequence |
MEITSDMEEDKDLMLKLLDKNGFVLKKVEIYRSNYLAILEKRTNGIRNFEINNNGNMRIFGYKMMEHHIQKFTDIGMSCKIAKNGNVYLDIKRSAENIEAVITVASEL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The MotA transcription factor from bacteriophage T4 contains a novel DNA-binding domain: the 'double wing' motif.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Transcription regulatory protein MOTA
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Enterobacteria phage t4
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| total genus |
33
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| structure length |
108
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| sequence length |
108
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-11-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF09158 | MotCF | Bacteriophage T4 MotA, C-terminal |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Transcription regulator MotA, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KAF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1S07 A; 2VMO A; 3FQ8 A; 1I48 A; 1FG3 A; 1MLY A; 5DB5 A; 3P1T A; 3FFR A; 4K05 A; 4K2M A; 2GMS A; 5K8B A; 1YIY A; 1WKH A; 5FT6 A; 1AJS B; 1BQD A; 2D61 A; 3VOM A; 3BV0 A; 3FTB A; 2HOY A; 2QB3 A; 1GC4 A; 3TQX A; 3WCN A; 4F5G A; 2VIB A; 2JG2 A; 5E5I A; 1RVY A; 3ACZ A; 3AOW A; 1AJR A; 1LS3 A; 2C44 A; 3BCX A; 3Q8N A; 2AY9 A; 1TAR A; 3WZF A; 4ADE A; 3K7Y A; 2E7U A; 2W8T A; 2XBN A; 5AX8 A; 4R5Z A; 3RI6 A; 4ZM4 A; 3I16 A; 4XK1 A; 4P3M A; 5FT4 A; 4GRX A; 1QJ3 A; 3B1D A; 5M46 A; 5C6U A; 3R9A A; 1WKG A; 2HUF A; 2HP2 A; 4A72 A; 1AJS A; 1CJ0 A; 2VMN A; 5FT8 A; 1VP4 A; 2EYQ A; 1D7U A; 1C7N A; 1DTY A; 1FG7 A; 1W7N A; 2D7Y A; 2YKY A; 3WGB A; 5KTB A; 1EQB A; 1ASC A; 1T3I A; 4OC9 A; 1CZE A; 2YRI A; 2O7C A; 3GZD A; 4U1T A; 1ELU A; 1GBN A; 3AOV A; 4KXK A; 4AOA A; 1P3W A; 1G4X A; 1PFF A; 2AY6 A; 3A8U X; 1AHY A; 2DKJ A; 3DXV A; 3G8M A; 5HXX A; 3ZZJ A; 2BWO A; 1BJN A; 3KKI A; 2BI5 A; 2EO5 A; 1YOO A; 5G2P A; 1SZU A; 5FT5 A; 4IXO A; 3VK2 A; 1VEF A; 2OGE A; 3GZD C; 4Q31 A; 4B98 A; 3RUY A; 1AKC A; 2AY7 A; 2BWP A; 2CAN A; 4CBS A; 4M2K A; 1ARG A; 3HMU A; 4B9B A; 4HVK A; 1JG8 A; 3HVY A; 3JZL A; 4F5J A; 1D2F A; 5G4I A; 4RM1 A; 1DGE A; 1X0M A; 3UE8 A; 1WYT B; 1TAT A; 1GEY A; 1AKB A; 9AAT A; 3PA9 A; 1E5E A; 3AV7 A; 2CB1 A; 2R5E A; 3GSB A; 1BJO A; 2WK9 A; 3DZZ A; 2YCN A; 3FVX A; 2CY8 A; 4Q6R A; 2CH1 A; 3T32 A; 4W5K A; 2D64 A; 4LNJ A; 2VMR A; 1CS1 A; 2BI3 A; 5EAA A; 4UHN A; 2W7J A; 3FZ7 A; 2VGT A; 2D66 A; 4EB7 A; 3LVM A; 3VAX A; 3QI6 A; 3HDO A; 3AEN B; 1GD9 A; 3DR4 A; 3KGX A; 5G0A A; 4CXR A; 4UOY A; 1MDO A; 1B9I A; 1B8G A; 3DU4 A; 2FQ6 A; 1EJI A; 1PMM A; 3H9X A; 4GEB A; 1WYT A; 2ZJG A; 2HUU A; 1AAW A; 4HF8 A; 4ADD A; 1M4N A; 1YJZ A; 5HDM A; 2KFP A; 3RBF A; 1LC7 A; 5EUD A; 5J8Q A; 2HP1 A; 1GC3 A; 3LVL B; 2Z9W A; 1M32 A; 1Z3Z A; 1BJW A; 3MAF A; 1LW5 A; 1UU0 A; 4RKD A; 5DX5 A; 5EAV A; 3WLX A; 2D7Z A; 1CL1 A; 1OHY A; 4RJY A; 3AEN A; 1G7X A; 1ASL A; 2HOZ A; 1QJ5 A; 3F0H A; 2BI9 A; 3K40 A; 4DBC A; 3NNK A; 2E7I A; 3HL2 A; 3VK3 A; 4ZDO A; 1XEY A; 2RFV A; 1YJY A; 2D5Y A; 4WXB A; 1IBJ A; 5BJ4 A; 2EGY A; 2Z9U A; 1OXO A; 3I4J A; 3HQT A; 2ZSM A; 2AY3 A; 1ASN A; 3FD0 A; 4ZDL A; 4ZWV A; 2DGK A; 1KKP A; 2QBT A; 1RV4 A; 4J8L A; 3DC1 A; 3PIU A; 2Z1Y A; 2Z61 A; 2X5D A; 4UQV A; 1DJE A; 1RVU A; 2PB2 A; 3ZRR A; 2ZY4 A; 4ATQ A; 1ASF A; 4KAM A; 3FRK A; 4UHO A; 5I92 A; 1SFF A; 4TMR A; 2VMQ A; 2AEV A; 8AAT A; 4IW7 A; 4QGR A; 4O6Z A; 3CBF A; 2VMX A; 4E77 A; 2ZP7 A; 1ECX A; 2O1B A; 4WXG A; 1EG5 A; 3QN6 A; 4U2H A; 1CL2 A; 2OAT A; 2GMU A; 3WKR A; 1B5O A; 4BHD A; 3PGY A; 3BCB A; 1D7R A; 3N4S A; 1S0A A; 2VLF A; 3F9T A; 3MC6 A; 2O0R A; 2VMY A; 1YAA A; 3E2Z B; 4MKK A; 4XJL A; 1CQ7 A; 5EUE A; 2PO3 A; 1W3U A; 3I5T A; 2EH6 A; 1IJI A; 1AMQ A; 3GR9 A; 3PD6 B; 5M4D A; 4R8D A; 1C0N A; 1X29 A; 3PAA A; 4MSO A; 4N0W A; 1MAQ A; 1YNU A; 2C81 A; 3FDB A; 4IX8 A; 3NX3 A; 1CQ6 A; 4A00 A; 5D5S A; 1AMS A; 3E2F A; 1KAF A; 2BKW A; 2CJH A; 4ITG A; 4M2J A; 3FZ6 A; 3QHX A; 2FN6 A; 1ZOD A; 4MQP A; 4R2N A; 1SZS A; 1I41 A; 4A6U A; 1WYU B; 3B8X A; 1BS0 A; 4PFN A; 3E2Z A; 1ARI A; 2G6W A; 4ZDP A; 2VLH A; 1D7V A; 2VI9 A; 1ART A; 3AEJ A; 4Y0I A; 4I8A A; 5IWQ A; 3PD6 A; 1TOJ A; 4EMY A; 2QSR A; 4JF1 A; 4MKJ A; 2Z1Z A; 3NDN A; 3EZS A; 4GSA A; 3MAD A; 2GB3 A; 4M2M A; 1XI9 A; 2FYF A; 4ZM3 A; 1PG8 A; 4EFF A; 2X3L A; 3DOD A; 3NUI A; 2JGT A; 1B9H A; 2YKU A; 1DKA A; 1OHW A; 1I43 A; 4JF0 A; 3JWB A; 3ZRQ A; 5BJ3 A; 3PJ0 A; 1WYU A; 2CST A; 5DJ9 A; 4F5L A; 1H0C A; 4BQ0 A; 1BJO B; 4RAE A; 4WYF A; 1TOI A; 3UWC A; 3GBX A; 1AHG A; 3MAU A; 2JJF A; 4K2B A; 2ZYJ A; 2R2N A; 4ATP A; 3AEP A; 3FCR A; 1MLZ A; 5EUN A; 3G0T A; 2DGM A; 1GC0 A; 3LY1 A; 2WB6 A; 3E9K A; 2VMP A; 1W7L A; 1IVR A; 3BC8 A; 2E7J A; 3KE3 A; 4AZK A; 1ASA A; 1N8P A; 1WST A; 2ORD A; 2R0T A; 3NRA A; 3PDX A; 4LW4 A; 3EI9 A; 1KL2 A; 1IUG A; 4E3Q A; 2Z20 A; 2QLR A; 4XEW A; 4JEY A; 1TOE A; 5D95 A; 4W1X A; 1YIZ A; 5G4J A; 3A9X A; 4NOG A; 4WYD A; 4IYO B; 2ZY3 A; 1QIS A; 2JJH A; 4A0F A; 3MAF B; 4OCA A; 4DQ6 A; 1IAY A; 2ZC0 A; 2CJG A; 2HZP A; 2V0Y A; 1UU1 A; 3N0L A; 3E2Y A; 2R5C B; 4W1W A; 1J04 A; 3DXW A; 1BW0 A; 2VMT A; 2FKI A; 3NU8 A; 1M0N A; 2A1V A; 3WX9 A; 3L8A A; 2YKV A; 2W7D A; 2AAT A; 2VMZ A; 1QIR A; 1S08 A; 2NMP A; 4WLH A; 3LWS A; 1X2A A; 3ELE A; 4OBU A; 1OXP A; 1IX8 A; 3ZZK A; 1DJU A; 4A6T A; 2AEU A; 2VI8 A; 2YCP A; 3GJU A; 4PIW A; 1AIB A; 1MAP A; 3AEO A; 4IYO A; 1MDX A; 4DGT A; 3TCM A; 3DYD A; 1DJ9 A; 3IHJ A; 4AZJ A; 4E1O A; 4TN4 A; 4WYA A; 1IX6 A; 4Q76 A; 4ZAH A; 3AEM A; 3QM2 A; 2W7E A; 4XJO A; 2GQN A; 2DKB A; 2BIA A; 2WKA A; 2R5C A; 2VGV A; 4WD2 A; 2YOB A; 3N4X A; 1O61 A; 4CVQ A; 1M0Q A; 3NUB A; 2W7F A; 1KMK A; 3VP6 A; 3EI7 A; 3DR7 A; 1N31 A; 1OAT A; 3WY7 A; 4OYT A; 1DGD A; 3EI6 A; 4JEZ A; 1LK9 A; 3JTX A; 3NYT A; 3VK4 A; 2XH1 A; 2ZY2 A; 5M49 A; 1ASG A; 1YJS A; 2E54 A; 2V1P A; 1TOG A; 3BS8 A; 1IX7 A; 3BWN A; 4W1V A; 1AHX A; 1H1C A; 3ELP A; 5DJ1 A; 4WB0 B; 4XQ2 A; 2WK8 A; 5EFS A; 4OTL A; 3ASA A; 3ISL A; 1MDZ A; 2VIA A; 3LVJ A; 2BI2 A; 3GET A; 1B5P A; 3N5M A; 1Y4I A; 1AX4 A; 1G7W A; 3DRD A; 3LG0 A; 1AHF A; 3HBX A; 3RQ1 A; 3USF A; 5F9S A; 3WGC A; 4BA4 A; 5JAY A; 1BT4 A; 3EIA A; 1SVV A; 3KGW A; 2HOR A; 3BB8 A; 3W1H A; 2ZSL A; 3FVU A; 4GE4 A; 2VGZ A; 2VMV A; 4WYC A; 3TFT A; 4F5F A; 4WB0 A; 4WLJ A; 1GC2 A; 2D65 A; 4IXZ A; 4IY7 A; 2W7L A; 2QMA A; 4WXF A; 1D7S A; 3MC6 C; 4XJP A; 4GE7 A; 1GCK A; 2AY2 A; 2BIG A; 2Q7W A; 3WKS A; 1LW4 A; 1O69 A; 2BYJ A; 1AAM A; 3RBL A; 2YCT A; 1AKA A; 4WP0 A; 1ARH A; 4ISY A; 4ZWM A; 1DFO A; 3LVK A; 3E77 A; 3CQ5 A; 3FQ7 A; 1LKC A; 4P7Y A; 1QGN A; 4W91 A; 3TAT A; 3WCO A; 1N2T A; 4ZAS A; 3D6K A; 1ELQ A; 4E3R A; 2OGA A; 4J5U A; 4L0O A; 5G2Q A; 4EB5 A; 2EZ1 A; 1BJ4 A; 4FL0 A; 2YRR A; 7AAT A; 4K2I A; 4F4E A; 3HLM A; 1AY8 A; 2Z9X A; 1ZOB A; 2CH2 A; 2DGL A; 3CQ6 A; 1X28 A; 1AMR A; 4H51 A; 2G7J A; 3CAI A; 3AEJ C; 2BI1 A; 1KL1 A; 1SPA A; 3GWP A; 1VJO A; 3BCA A; 2BWN A; 2FNI A; 2WK7 A; 2CJD A; 4A0H A; 1B4X A; 3EZ1 A; 4R5F A; 3QBO A; 3QPG A; 4CBR A; 2YHK A; 3JWA A; 1CZC A; 3UAK A; 3N4R A; 2PB0 A; 3B1E A; 4Q75 A; 4ZSY A; 4PFF A; 4F5I A; 3EI5 A; 2W7K A; 2VMS A; 4PVF A; 4IXS A; 4JEV A; 2X8U A; 4XAU A; 4F5M A; 2VMW A; 1GDE A; 2F8J A; 2OQX A; 4A6R A; 3COG A; 1JS3 A; 5F8V A; 3N7N A; 1V2E A; 2JIS A; 3EUC A; 2EZ2 A; 1UU2 A; 2ZUK A; 1O62 A; 4F5H A; 3EI8 A; 1GEX A; 2AY5 A; 4ITX A; 3AAT A; 1QZ9 A; 3TFU A; 4F5K A; 2BYL A; 4A0R A; 4EU1 A; 1M0P A; 3MEB A; 3NTJ A; 4WYG A; 1FC4 A; 5EQC A; 1ASD A; 1AHE A; 2W8W A; 1O4S A; 1UKJ A; 3NYU A; 4RIZ A; 4FFC A; 1AY4 A; 4MY5 A; 2W7G A; 3BWO A; 3B46 A; 4CXQ A; 4UHM A; 3BN1 A; 3AEL A; 3RCH B; 3HT4 A; 1C9C A; 2DR1 A; 3N75 A; 1RV3 A; 1I29 A; 5EIG B; 3K28 A; 2W7H A; 2C0R A; 2FNU A; 3A2B A; 3P6K A; 2OKJ A; 1BQA A; 3OKS A; 2W7I A; 4GE9 A; 4LW2 A; 4BA5 A; 1G4V A; 1GEW A; 4XJM A; 1ASB A; 1TOK A; 3QGU A; 3R4T A; 1QIT A; 2X5F A; 4AO9 A; 3EIB A; 2AY4 A; 1E5F A; 1C7G A; 2YKX A; 1BKG A; 1C7O A; 3FVS A; 2HOX A; 4OT8 A; 2D63 A; 4ADC A; 3RCH A; 4RIT A; 1V72 A; 1C4K A; 5EIG A; 2EPJ A; 2JJG A; 2JJE A; 2GSA A; 3A9Y A; 3ATH A; 5TF5 A; 3AEM C; 1TPL A; 4A0G A; 2ZY5 A; 1V2D A; 3H7F A; 4OBV A; 4RJ0 A; 1S06 A; 1ZC9 A; 1M6S A; 2TPL A; 2OKK A; 2W8V A; 4LC3 A; 3CQ4 A; 1AY5 A; 1KMJ A; 3MKJ A; 1AMA A; 1Z7D A; 1OHV A; 3FZ8 A; 3L44 A; 3PDB B; 4GDY A; 4LNM A; 3W1J A; 1CQ8 A; 2AY1 A; 3F6T A; 3G7Q A; 1U08 A; 4Y0D A; 2W8U A; 5G09 A; 4Y0H A; 1AIA A; 3NYS A; 2VGS A; 1LC8 A; 3FKD A; 1PMO A; 3BWN C; 1JF9 A; 3FQA A; 4RLG A; 4MQR A; 2VMU A; 4AO4 A; 3ASB A; 4JEX A; 2AY8 A; 5E3K A; 2CTZ A; 4LNL A; 2CFB A; 1ARS A; 1W7M A; 5HHY A; 3MBB A; 3A9Z A; 4ADB A; 4WBT A; 3LV2 A; 5E4Z A; 2W7M A; 1WYV B; 2FM1 A; 1IAX A; 4JEW A; 4ZSW A; 3II0 A; 1JS6 A; 3PDB A; 1M0O A; 4KYO A; 3FFH A; 4RKC A; 1SZK A; 1W23 A; 4W8I A; 2C7T A; 2VGW A; 2W8J A; 2VYC A; 3M5U A; 2BHX A; 4AH3 A; 1V2F A; 1MGV A; 1J32 A; 1ORD A; 2VGU A; 3ECD A; 3ZRP A; 1M7Y A; 4MQQ A; 4OMA A; 1TAS A; 2Z9V A; 2QA3 A; 2QB2 A; 3PPL A; 1AIC A; 1S09 A; 4ZLV A; 3E6G A; 1LC5 A; 5M4B A; 4WYE A; 2BIE A; 3B1C A; 4BMK A; 3FDD A; 4H63 Q; 1SF2 A; 1WYV A; 3GZC A; 3OP7 A; 3JW9 A; 1ASE A; 1KKJ A; 3FSL A; 1ASM A; 3NU7 A; 2CIN A; 2DOU A; 3W1I A; 2HUI A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1KAF A;
#similar chains in the Genus database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait... #similar chains, but unknotted ...loading similar chains, please wait... #similar chains in the pdb database (?% sequence similarity) ...loading similar chains, please wait...
