The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
125
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structure length |
125
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Chain Sequence |
MNRQQFIDYAQKKYDTKPDHPWEKFPDYAVFRHSDNDKWYALLMDIPAEKIGINGDKRVDVIDLKVQPELVGSLRKKPGIYPAYHMNKEHWITVLLNGPLGAKEIHSLIEDSFQLTRLEHHHHHH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Solution NMR and X-ray crystal structures of Pseudomonas syringae Pspto_3016 from protein domain family PF04237 (DUF419) adopt a "double wing" DNA binding motif.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PSPTO_3016 protein
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| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
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| source organism |
Pseudomonas syringae
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| total genus |
18
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| structure length |
125
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| sequence length |
125
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-24 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF04237 | YjbR | YjbR |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2FKI A; 2A1V A; 3H9X A; 2KFP A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2E7J A; 3QBO A; 1LK9 A; 2GSA A; 4A0G A; 2DOU A; 4LC3 A; 4ZAH A; 2EO5 A; 3ELE A; 3R9A A; 4PIW A; 3FQ7 A; 4BA5 A; 2C44 A; 2CFB A; 1KMJ A; 1AHY A; 3AEN A; 4CVQ A; 3OP7 A; 1IAX A; 1I41 A; 4ZWV A; 2CJG A; 2YKU A; 1SZS A; 3N0L A; 3ZZJ A; 2AY6 A; 3LVJ A; 3A2B A; 4NOG A; 3KKI A; 4RJ0 A; 5F8V A; 2ZYJ A; 3NUB A; 1WYV B; 2BIA A; 4RKC A; 3P1T A; 1ELU A; 2BI1 A; 2ZC0 A; 3PGY A; 4HF8 A; 3FDD A; 1AMS A; 1V2D A; 4J5U A; 4ADB A; 2JGT A; 2O0R A; 1GD9 A; 1LS3 A; 1SVV A; 2PB2 A; 5EUN A; 5C6U A; 2ZY4 A; 2YCT A; 4ZSY A; 2W8T A; 3BC8 A; 1Z3Z A; 3E2F A; 4IXO A; 1TOE A; 4RKD A; 4B98 A; 1YJZ A; 5E4Z A; 3VK3 A; 4WYD A; 1XEY A; 3T32 A; 2CH2 A; 2AEU A; 3AEO A; 1I43 A; 4ZDL A; 1QIR A; 2VMR A; 2XH1 A; 1G4X A; 3F9T A; 2BHX A; 4WB0 B; 2BI2 A; 3FVX A; 2EH6 A; 2X8U A; 1ASA A; 4M2K A; 1ART A; 3N7N A; 1J04 A; 1ELQ A; 4JEX A; 5FT5 A; 3EI9 A; 3BWN A; 3LWS A; 2HOZ A; 2HUF A; 1OXP A; 4K2I A; 3UAK A; 1Z7D A; 2QB2 A; 2CIN A; 4WYC A; 1GC4 A; 1X29 A; 1E5F A; 1LC5 A; 2X3L A; 3FVS A; 2OGE A; 1TOJ A; 1BS0 A; 2O7C A; 4ZM4 A; 2VGW A; 1V2F A; 5HDM A; 1WKH A; 2E7I A; 1JG8 A; 5KTB A; 4ZLV A; 2C0R A; 1YOO A; 2Z61 A; 4M2J A; 4XAU A; 1W7N A; 2JJF A; 2BYL A; 1OHW A; 1M0P A; 5BJ3 A; 5G2Q A; 2VGS A; 2Z1Z A; 4WXG A; 3DYD A; 1IX6 A; 2TPL A; 4F5F A; 3GZD A; 2VMX A; 1GEW A; 1N8P A; 1TAS A; 3AEJ C; 2JJG A; 4WP0 A; 1G4V A; 2VGU A; 3EUC A; 1ASM A; 1BJW A; 1ASD A; 1M4N A; 2EZ1 A; 2D63 A; 4R8D A; 3W1J A; 4WYF A; 1OAT A; 1FG3 A; 1CS1 A; 2QSR A; 4IXS A; 3FZ8 A; 4Y0H A; 3ZRR A; 1O4S A; 1VEF A; 1AX4 A; 1TOG A; 4ADC A; 2BWO A; 2YCN A; 1DJ9 A; 2VMV A; 1B9I A; 2Z9X A; 1W7M A; 2FYF A; 3WX9 A; 4CBR A; 3QM2 A; 3N5M A; 3G7Q A; 4MQP A; 3WKS A; 3WLX A; 3OKS A; 4N0W A; 3PD6 B; 1ZOD A; 3AEJ A; 1AAM A; 4K2B A; 1C7N A; 1C7O A; 3NNK A; 4XK1 A; 2W7M A; 5M46 A; 2ORD A; 8AAT A; 1LW4 A; 1ARH A; 1TAR A; 4AZJ A; 4MQR A; 3FD0 A; 1KL2 A; 3W1I A; 4JEV A; 4MKK A; 4OT8 A; 4A0H A; 1QJ5 A; 2PO3 A; 4ATP A; 2AAT A; 5EAV A; 4BMK A; 2DGL A; 4R2N A; 1MAP A; 4IXZ A; 3EZS A; 2D7Z A; 1DKA A; 3FZ7 A; 4BHD A; 3ELP A; 2C7T A; 1ASC A; 3A9Z A; 2W7J A; 4OMA A; 1EG5 A; 3CQ6 A; 4ZAS A; 2VGT A; 2WB6 A; 1MDX A; 1B8G A; 4JEY A; 1GBN A; 1GC3 A; 3GJU A; 4IY7 A; 3HBX A; 3FSL A; 4GE9 A; 1SZU A; 4GEB A; 2W8U A; 3AAT A; 1MLZ A; 3GWP A; 4KXK A; 5J8Q A; 5IWQ A; 3R4T A; 5EIG B; 1RVU A; 2BI5 A; 4RLG A; 4A6R A; 1DJU A; 1DTY A; 1AKB A; 1BKG A; 3FZ6 A; 1G7W A; 1SPA A; 1AIC A; 2VIA A; 1MGV A; 3AEM A; 3N4X A; 3WY7 A; 1CQ7 A; 4KAM A; 1LC7 A; 2FNI A; 4AZK A; 1FC4 A; 1W23 A; 2QMA A; 3NX3 A; 4AH3 A; 5HXX A; 3TFT A; 3DXW A; 5TF5 A; 4CXQ A; 2R0T A; 2WK7 A; 2Z9W A; 4IYO A; 3GZC A; 4OBU A; 3HDO A; 4FL0 A; 2EYQ A; 4PFN A; 4TN4 A; 3WGB A; 3P6K A; 4WYG A; 1LC8 A; 4ADE A; 3AEP A; 5EUD A; 4GDY A; 1AJS A; 1WKG A; 2W7I A; 5G2P A; 2C81 A; 5FT6 A; 2F8J A; 2W8V A; 1PMO A; 2WKA A; 2W8J A; 4HVK A; 1CL2 A; 4JEZ A; 4KYO A; 3TAT A; 2VMQ A; 3TQX A; 1CZE A; 2DGK A; 1WYT A; 4H51 A; 1D7R A; 3B46 A; 3HMU A; 1AKC A; 2VMZ A; 3DU4 A; 4A6T A; 1ASB A; 2D5Y A; 3B1D A; 2W7E A; 2GMS A; 1Y4I A; 1IX7 A; 3PDB B; 3VAX A; 2D61 A; 1X28 A; 1QIT A; 3ZZK A; 2VLH A; 2VYC A; 1C4K A; 4AOA A; 1M0N A; 1YNU A; 3FCR A; 2YKX A; 1O61 A; 1WYU B; 1BJO B; 5BJ4 A; 3NU8 A; 3WKR A; 3G0T A; 1RVY A; 1XI9 A; 1DJE A; 4A6U A; 2VMP A; 2W8W A; 5D95 A; 2WK9 A; 3VOM A; 3K28 A; 2Z9U A; 4R5F A; 4XQ2 A; 4A72 A; 3G8M A; 2G6W A; 3CQ4 A; 4E77 A; 1WST A; 4FFC A; 3B8X A; 1IX8 A; 2HUI A; 2BI9 A; 2ZY5 A; 2VGV A; 3F0H A; 4F4E A; 3AEN B; 1AMR A; 1AJS B; 4K2M A; 3FVU A; 4RAE A; 3COG A; 2VMW A; 2CH1 A; 2CY8 A; 2DGM A; 2JJH A; 3K7Y A; 3L8A A; 3DOD A; 3EI7 A; 1LKC A; 5D5S A; 4EB5 A; 2XBN A; 5EAA A; 4W91 A; 3AV7 A; 4PFF A; 3HL2 A; 2DR1 A; 1GDE A; 4Q31 A; 2V1P A; 1G7X A; 3MAF A; 1BT4 A; 2YKV A; 2ZY3 A; 4E3Q A; 2VMN A; 1CL1 A; 7AAT A; 1M32 A; 5M49 A; 2X5F A; 3E2Z A; 1KL1 A; 1O62 A; 3HT4 A; 3LV2 A; 4O6Z A; 5E3K A; 3JZL A; 2D66 A; 1UU2 A; 5EUE A; 4DGT A; 2QLR A; 2JJE A; 2Z9V A; 1S09 A; 4ITX A; 1D7S A; 2BIE A; 1IJI A; 1M7Y A; 2BKW A; 3QN6 A; 2W7K A; 2QBT A; 2HZP A; 1ASN A; 1IVR A; 2OKK A; 3DR7 A; 4AO4 A; 3PIU A; 2VI8 A; 1TOI A; 1IUG A; 2ZUK A; 3USF A; 1ARG A; 2WK8 A; 3WCN A; 4RM1 A; 2W7L A; 3VK2 A; 3ISL A; 2JIS A; 3F6T A; 1CZC A; 3E6G A; 5I92 A; 1MLY A; 4WLJ A; 3RBL A; 3NRA A; 2V0Y A; 4L0O A; 2D7Y A; 1ASE A; 2AY8 A; 1UU1 A; 5HHY A; 3JTX A; 4AO9 A; 2ZJG A; 3MKJ A; 4MSO A; 2JG2 A; 3PA9 A; 3NUI A; 3NU7 A; 1OHY A; 3QI6 A; 4OBV A; 1X0M A; 1X2A A; 4LW2 A; 4OTL A; 1ORD A; 1PFF A; 3KGX A; 1MDO A; 3MAD A; 3W1H A; 4XJL A; 1JF9 A; 2D65 A; 3D6K A; 1QIS A; 1DGE A; 3LVM A; 3BCX A; 4IW7 A; 2CST A; 1AIA A; 2OQX A; 2VMU A; 1DGD A; 4DQ6 A; 2KFP A; 1AKA A; 2HOY A; 4ISY A; 1ASL A; 5G4I A; 3VK4 A; 1ECX A; 3ZRP A; 3WGC A; 2BYJ A; 3N4R A; 2EPJ A; 4JF1 A; 4OCA A; 4WD2 A; 2DKB A; 2CJH A; 3EZ1 A; 3MEB A; 3ACZ A; 3E2Y A; 2AY5 A; 2CB1 A; 3KE3 A; 2PB0 A; 3PJ0 A; 1V72 A; 2FNU A; 4F5M A; 3BN1 A; 1YIZ A; 3ASB A; 4GE7 A; 4F5G A; 1N31 A; 2VMY A; 3GBX A; 3UWC A; 1EJI A; 4JEW A; 3DRD A; 1YJY A; 1MDZ A; 3AOV A; 2HP2 A; 3FFR A; 3RBF A; 1WYV A; 2G7J A; 2VGZ A; 1B5O A; 3CAI A; 1VJO A; 2VIB A; 4LNL A; 1N2T A; 1AY5 A; 4GRX A; 3ZRQ A; 4IX8 A; 4W1W A; 1IBJ A; 4DBC A; 3LG0 A; 4MY5 A; 4Q6R A; 1KKP A; 4Q76 A; 4GSA A; 1UU0 A; 2AY1 A; 3TFU A; 1AAW A; 4ZDP A; 3H9X A; 3EI5 A; 4BA4 A; 1W3U A; 1I29 A; 4J8L A; 1DFO A; 1GEY A; 5DJ9 A; 4F5I A; 3WZF A; 1E5E A; 3AEL A; 4H63 Q; 4W8I A; 1H1C A; 3E77 A; 1ARS A; 5FT8 A; 3EIA A; 1O69 A; 4WB0 A; 4F5J A; 3A8U X; 2BIG A; 1SZK A; 2AY7 A; 3VP6 A; 2GQN A; 1C7G A; 2FQ6 A; 3PDX A; 2OGA A; 1D7U A; 1QGN A; 3DZZ A; 3BCA A; 1AMA A; 5DJ1 A; 2R2N A; 2Z1Y A; 2AY2 A; 2ZP7 A; 4WXF A; 4W1V A; 3RI6 A; 2HUU A; 1QJ3 A; 2EGY A; 3GSB A; 1RV3 A; 3NYT A; 4Y0I A; 2YHK A; 3I16 A; 2VMS A; 4W1X A; 2YCP A; 3QPG A; 2OAT A; 1C0N A; 2YKY A; 1S08 A; 3BCB A; 3FRK A; 4U2H A; 4F5K A; 3NYS A; 1BJN A; 5EQC A; 1ARI A; 5JAY A; 1CJ0 A; 4M2M A; 1S06 A; 3GR9 A; 3I4J A; 1AHE A; 1B4X A; 2AEV A; 1EQB A; 4GE4 A; 2HOX A; 4LNM A; 4F5H A; 1AMQ A; 4IYO B; 3EI6 A; 3NDN A; 1M0Q A; 4OC9 A; 3NYU A; 1GCK A; 4R5Z A; 3ECD A; 4XJP A; 4WXB A; 1ZC9 A; 3RCH A; 1AHG A; 4Q75 A; 1AIB A; 1OHV A; 3Q8N A; 5E5I A; 3BWN C; 1GC2 A; 1M0O A; 4WYA A; 1H0C A; 2QB3 A; 2YRI A; 5G0A A; 4EMY A; 9AAT A; 2CAN A; 2NMP A; 2D64 A; 3PAA A; 3FQ8 A; 1WYT B; 4UHO A; 1AHF A; 1OXO A; 4LW4 A; 3NTJ A; 2R5C A; 3ATH A; 4LNJ A; 4WLH A; 3N75 A; 4A0R A; 4ZDO A; 2HOR A; 4P3M A; 5M4D A; 2X5D A; 4UHM A; 1V2E A; 4BQ0 A; 1IAY A; 3PD6 A; 5DB5 A; 3AOW A; 1CQ6 A; 4RJY A; 1I48 A; 4P7Y A; 1J32 A; 2VMO A; 1AY4 A; 4K05 A; 1TPL A; 4RIZ A; 4F5L A; 2CTZ A; 2FKI A; 3GET A; 2GMU A; 3GZD C; 3MC6 C; 4EFF A; 5G4J A; 4CXR A; 1KAF A; 4U1T A; 3PPL A; 3CQ5 A; 1TOK A; 4ADD A; 4I8A A; 1S0A A; 1VP4 A; 1S07 A; 3KGW A; 1AJR A; 1KKJ A; 3JWB A; 1FG7 A; 2ZY2 A; 3LY1 A; 4UOY A; 3EI8 A; 5AX8 A; 1ASG A; 3CBF A; 5EFS A; 3DC1 A; 2AY4 A; 4ZSW A; 1LW5 A; 3DXV A; 4W5K A; 1W7L A; 2BWP A; 3RCH B; 1D7V A; 1U08 A; 3LVL B; 3II0 A; 3DR4 A; 3FTB A; 2DKJ A; 4Y0D A; 2ZSM A; 3HLM A; 4OYT A; 4EU1 A; 3BV0 A; 1BJ4 A; 4E1O A; 3FFH A; 3MC6 A; 3ASA A; 1ASF A; 4TMR A; 1ZOB A; 4ITG A; 3JWA A; 1T3I A; 1TAT A; 3B1C A; 1D2F A; 1AY8 A; 4CBS A; 1P3W A; 2R5C B; 3MAF B; 4UQV A; 3BB8 A; 3FDB A; 1BW0 A; 3HVY A; 1PG8 A; 5DX5 A; 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