The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
123
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sequence length |
439
|
structure length |
410
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Chain Sequence |
MDSQAYKKELIEQIMIAQTECSLALDMTSLLLSKFKENSIETISPFLKSTVPPSSLQFSRSQPPESKESDATLAKCWKEKSLTSSCKFLFEAKERLTSVVETEHEYYTELVKVKEASWPLFNSQGSNHLSVQYSCLGGISLGLGLIRMKPESKSFEVQSSLLYSQAALKISILNKDRDEIGSSTWSWPSQNCNSVLLKDIYKLQEILFEMDIWNSLLQEAQSCGNQGVNFTGDEILVPISDDHVVRITLETSSTNFVTIKQEKELLKCLCDTLNAIAHILFLKHCRKSDRRSQQDANAPLILRPLIFYYNLNQESLEFQRWLKQRDISFKFMPNYPWEKAKDFLELENSLSINRLSISWRIMVSNFEPAIFIQHTPTLHGVWRCKDQYSSNQFSSLKNVCQYIEHHINSL
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of the Mediator head module.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6
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| molecule tags |
Transcription
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| source organism |
Schizosaccharomyces pombe
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| total genus |
123
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| structure length |
410
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| sequence length |
439
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-09-19 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4H63 Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 5G09 A; 3MAU A; 8AAT A; 1QGN A; 1ASL A; 4J5U A; 2BI5 A; 4OBV A; 4GE7 A; 4F4E A; 1C7O A; 1BJO A; 1KL2 A; 1T3I A; 2ZY3 A; 4ZLV A; 2W7L A; 1V2E A; 1AHE A; 2DKJ A; 2OQX A; 1X0M A; 3H9X A; 3HBX A; 4W1W A; 1TOE A; 1CQ6 A; 2BI3 A; 2EGY A; 3FDB A; 4EB5 A; 2D65 A; 2EYQ A; 3AEL A; 4RJ0 A; 4XEW A; 1ASG A; 3WGC A; 2VYC A; 1VP4 A; 2VGT A; 2VI8 A; 2KFP A; 5DJ9 A; 2D66 A; 3LG0 A; 4A6R A; 1S06 A; 2AY2 A; 3VK3 A; 1YJY A; 2VGS A; 1YIY A; 4GE9 A; 4UHM A; 1TAS A; 1AY5 A; 1B9H A; 2DGM A; 3MEB A; 1BQA A; 2W7F A; 4J8L A; 4LNJ A; 1AY4 A; 3UAK A; 1D2F A; 1KL1 A; 3GWP A; 5IWQ A; 2VMZ A; 3JW9 A; 1AY8 A; 5D5S A; 4AO9 A; 1OHW A; 4PFF A; 2WK8 A; 2GQN A; 3EZ1 A; 5D95 A; 3BCA A; 4FFC A; 2QLR A; 4WB0 A; 5FT5 A; 1LK9 A; 2FQ6 A; 4OT8 A; 3H7F A; 5I92 A; 4ZAH A; 4ISY A; 1UU0 A; 4W1V A; 4K2I A; 3W1J A; 3G7Q A; 4MSO A; 1SPA A; 4CXR A; 4XK1 A; 3CBF A; 1UKJ A; 1BJO B; 5HXX A; 3T32 A; 3P1T A; 4OTL A; 3CQ4 A; 1IVR A; 4AH3 A; 2Z9U A; 3AEN A; 3BS8 A; 3PDB B; 4OMA A; 1CZE A; 3RCH B; 2W7E A; 1WYV A; 1ZC9 A; 3N5M A; 2G7J A; 4W91 A; 1J32 A; 3E77 A; 2BI2 A; 3B46 A; 3ZRR A; 3AEM A; 3WCN A; 3QI6 A; 2EZ2 A; 1LS3 A; 3FQA A; 3LY1 A; 1YJZ A; 2OAT A; 2HOY A; 3GZC A; 3RI6 A; 1PMM A; 2W7H A; 1S09 A; 2Z20 A; 3KGX A; 4WYG A; 2BHX A; 3ZRP A; 2HUI A; 4W5K A; 1O4S A; 4UHO A; 3B1D A; 1AAM A; 3W1I A; 1Z3Z A; 3R9A A; 3LVK A; 4CXQ A; 3FTB A; 1S0A A; 2CB1 A; 4A6T A; 1MDZ A; 5FT6 A; 3VP6 A; 4U2H A; 1E5E A; 3EI7 A; 3KGW A; 4XAU A; 2BKW A; 4UQV A; 1ELQ A; 1C7N A; 2HP2 A; 2RFV A; 3DR7 A; 4WXG A; 3PA9 A; 4B9B A; 4Y0I A; 3PIU A; 3FDD A; 2AEV A; 2AY4 A; 3F9T A; 4BMK A; 4IY7 A; 3I5T A; 1V2D A; 2OKK A; 5M46 A; 2BYJ A; 2WB6 A; 1SVV A; 2E54 A; 4XQ2 A; 4A72 A; 1ASE A; 1B5P A; 2W7K A; 3EUC A; 4MKJ A; 1AMR A; 2W7M A; 4JEY A; 1QJ5 A; 2YKX A; 1WYT A; 1GC3 A; 4XJM A; 5FT8 A; 3COG A; 3E2Z B; 3LV2 A; 2CJD A; 1AKA A; 1CQ8 A; 1AHX A; 1N2T A; 3DXV A; 3PDX A; 4FL0 A; 5AX8 A; 1IAX A; 1O69 A; 4ZDP A; 4ZDO A; 3USF A; 2C0R A; 3R4T A; 3NU7 A; 2VMQ A; 1ASF A; 1C4K A; 1M6S A; 1WKH A; 4KXK A; 3FVU A; 4WLH A; 2VMY A; 4Q75 A; 4BA4 A; 1AIA A; 1RVY A; 3DRD A; 2OKJ A; 1MDO A; 4CVQ A; 4ZWV A; 2TPL A; 1QIR A; 3WKS A; 1YOO A; 2V1P A; 2ZY2 A; 4MY5 A; 5BJ3 A; 2ZJG A; 2VMS A; 3UWC A; 2WK7 A; 4ZM3 A; 5G2Q A; 3FCR A; 2PO3 A; 1AJS B; 2BIG A; 3II0 A; 3OKS A; 3ZRQ A; 2JJE A; 3RUY A; 1GD9 A; 2VIB A; 3A2B A; 1GC2 A; 4W1X A; 2HOX A; 1DKA A; 2JGT A; 2AEU A; 3HL2 A; 4OYT A; 4R5F A; 3BWO A; 2E7J A; 4PIW A; 4RKC A; 2X5F A; 2D5Y A; 4E1O A; 3PD6 B; 1V72 A; 1S07 A; 2D7Z A; 1KKJ A; 4L0O A; 1ECX A; 5G4I A; 3MAF B; 1PFF A; 2BIA A; 3ISL A; 3RQ1 A; 2CH1 A; 2DGK A; 4ZSW A; 2EZ1 A; 4LW2 A; 2QB2 A; 2ORD A; 4W8I A; 4GSA A; 1DJU A; 1DTY A; 3FFH A; 3FRK A; 1AX4 A; 1GEX A; 1YIZ A; 2BYL A; 3K28 A; 4WYC A; 5DJ1 A; 3BN1 A; 1W7L A; 1CJ0 A; 1DGE A; 4IW7 A; 2R0T A; 1TOK A; 4ZSY A; 4P7Y A; 1P3W A; 4JEV A; 7AAT A; 2VMV A; 2VMX A; 1AIC A; 1GEW A; 1B8G A; 1W23 A; 2WK9 A; 2YCT A; 2F8J A; 1W7N A; 1YNU A; 2CAN A; 1OAT A; 1QZ9 A; 1SZS A; 4EMY A; 3FVS A; 4RKD A; 1SZU A; 1JF9 A; 1RV4 A; 3LVL B; 3AEJ C; 1AAW A; 4N0W A; 4AZK A; 1AJR A; 3EIB A; 1XI9 A; 5KTB A; 1YJS A; 1SFF A; 4A0H A; 2VGZ A; 1WYU A; 4R8D A; 3FZ6 A; 1BQD A; 1IAY A; 2BI1 A; 3BCB A; 2ZSL A; 1ART A; 4A00 A; 3EI9 A; 5J8Q A; 3EZS A; 3HDO A; 3TQX A; 1MLY A; 2BWO A; 1N31 A; 2PB0 A; 3NRA A; 4WXF A; 1XEY A; 2ZP7 A; 2A1V A; 3OP7 A; 3DOD A; 3JWB A; 4RIZ A; 4WYD A; 3FZ7 A; 4Q31 A; 5JAY A; 3K40 A; 5TF5 A; 3FSL A; 3Q8N A; 4WLJ A; 3QBO A; 1VJO A; 1KMK A; 3N0L A; 3ACZ A; 3BC8 A; 2VI9 A; 4IXS A; 2BI9 A; 4B98 A; 1PG8 A; 3QHX A; 1IUG A; 1OHV A; 2FM1 A; 2AY3 A; 4K2B A; 2CH2 A; 3CAI A; 3EIA A; 3N75 A; 4M2M A; 2D63 A; 4WD2 A; 5EQC A; 2R5E A; 3AOW A; 1PMO A; 2YRR A; 1M4N A; 1TOI A; 1KKP A; 3B8X A; 4KAM A; 3GBX A; 2VLF A; 2O1B A; 3B1C A; 2DKB A; 3L44 A; 1C9C A; 1G4X A; 2ZY4 A; 1MGV A; 2AY5 A; 2HUF A; 2W8U A; 4ATP A; 1I41 A; 1IBJ A; 3WZF A; 1RVU A; 3WLX A; 3DXW A; 4PFN A; 4E3Q A; 3A9Z A; 2ZSM A; 4ADC A; 2VMT A; 3BB8 A; 4TN4 A; 4WB0 B; 1ARS A; 2CJG A; 3PPL A; 4XJL A; 4GEB A; 3AOV A; 1KMJ A; 1X28 A; 1ASM A; 1LC7 A; 4R2N A; 1YAA A; 3M5U A; 2VGW A; 2BWP A; 2R5C A; 1C0N A; 2Z9V A; 3ECD A; 4RLG A; 4MKK A; 5G4J A; 3QM2 A; 1E5F A; 3LVJ A; 1AIB A; 4F5I A; 2EO5 A; 2Z61 A; 3AEN B; 1WYV B; 2CY8 A; 1ARH A; 2JJF A; 1GDE A; 3G8M A; 3GZD A; 2YKY A; 1DJ9 A; 4JEZ A; 4E3R A; 1G4V A; 2E7I A; 1AHG A; 2X8U A; 3AEJ A; 3RBL A; 3AV7 A; 4IXZ A; 1MDX A; 4ZDL A; 3GSB A; 2Z9W A; 1S08 A; 3N7N A; 3QN6 A; 4DGT A; 4Y0H A; 2YKV A; 5M4B A; 3PGY A; 4TMR A; 1MLZ A; 4LNM A; 4HVK A; 4U1T A; 3ZZJ A; 1N8P A; 3NYU A; 3P6K A; 4ADB A; 2AY6 A; 2W8V A; 1CL2 A; 2AY8 A; 1Y4I A; 3FQ8 A; 3ASA A; 2W7I A; 1AMA A; 3DZZ A; 3AAT A; 1B5O A; 4MQP A; 3MC6 C; 5FT4 A; 3I16 A; 3TAT A; 2HUU A; 2XH1 A; 3DR4 A; 3A8U X; 1GEY A; 3CQ5 A; 1M0Q A; 4GDY A; 4JEX A; 5EUN A; 3TFU A; 2HZP A; 3WX9 A; 4BHD A; 4WYF A; 1IX7 A; 4BA5 A; 5HDM A; 3AEP A; 1ORD A; 4MQQ A; 4O6Z A; 1BKG A; 1ASB A; 4JF1 A; 1FC4 A; 1ZOB A; 2D61 A; 1SF2 A; 3CQ6 A; 3DYD A; 3HT4 A; 2JJH A; 4EFF A; 3ASB A; 1ASN A; 4ADD A; 1KAF A; 4AZJ A; 2NMP A; 4RIT A; 3G0T A; 3GR9 A; 1WYT B; 1DGD A; 3NYT A; 4F5K A; 2W7J A; 1W3U A; 1BJN A; 2VMO A; 2W7G A; 1X29 A; 3JTX A; 5EFS A; 1WKG A; 2HOR A; 1QJ3 A; 3D6K A; 1VEF A; 4PVF A; 4UHN A; 3F0H A; 4ADE A; 1ELU A; 2HP1 A; 3A9X A; 3LWS A; 4ATQ A; 3IHJ A; 2YKU A; 1FG3 A; 4CBS A; 1BJ4 A; 4P3M A; 2PB2 A; 4DQ6 A; 1GC4 A; 2VGV A; 2WKA A; 4IYO A; 3DC1 A; 4F5L A; 4OBU A; 1D7U A; 4OC9 A; 2FNI A; 2FN6 A; 3AEO A; 2QSR A; 3N4X A; 1LW5 A; 2ZC0 A; 1RV3 A; 2X5D A; 1TAR A; 1IX8 A; 2VGU A; 1D7R A; 3BV0 A; 5HHY A; 2O7C A; 1H0C A; 2R2N A; 4ZAS A; 5E3K A; 2AAT A; 1DJE A; 1AHF A; 2C81 A; 5EUD A; 5F8V A; 3GZD C; 3HLM A; 2CFB A; 1JS6 A; 3NYS A; 3JZL A; 4IXO A; 2GSA A; 3WCO A; 2G6W A; 3BCX A; 1BW0 A; 2C7T A; 1AMQ A; 5M49 A; 3ATH A; 2W8W A; 3N4R A; 3PDB A; 1TAT A; 3RCH A; 2VMW A; 2O0R A; 3JWA A; 4Y0D A; 4E77 A; 4F5G A; 1C7G A; 3A9Y A; 1D7S A; 5EAA A; 1EG5 A; 3TCM A; 4F5H A; 1IX6 A; 2W8T A; 1BJW A; 2Z1Z A; 2Z1Y A; 1ASD A; 2AY7 A; 3HQT A; 2AY1 A; 2QMA A; 1JS3 A; 3NNK A; 1M0N A; 2BIE A; 2VMR A; 5E4Z A; 1GC0 A; 2HOZ A; 3GJU A; 1CZC A; 1ZOD A; 4M2K A; 4RM1 A; 1AMS A; 2FNU A; 4ITX A; 2DR1 A; 1DFO A; 5K8B A; 9AAT A; 3NDN A; 4IYO B; 3MC6 A; 4H63 Q; 2YCP A; 4WYA A; 3W1H A; 4A6U A; 3E9K A; 4WP0 A; 1TOJ A; 1I29 A; 1J04 A; 1M0O A; 3HMU A; 4OCA A; 3NUI A; 1I43 A; 4WYE A; 3B1E A; 2ZUK A; 1G7X A; 3ZZK A; 1OXP A; 2Z9X A; 2FKI A; 3E2Y A; 3E2F A; 4K2M A; 3UE8 A; 2VMP A; 3BWN C; 2OGA A; 1W7M A; 3KKI A; 4A0G A; 1UU2 A; 4CBR A; 1IJI A; 2W7D A; 3NX3 A; 5EIG A; 4I8A A; 2VLH A; 3FVX A; 4JF0 A; 4IX8 A; 1O61 A; 1GBN A; 1MAQ A; 3E2Z A; 3WY7 A; 1EJI A; 4DBC A; 4H51 A; 1AKB A; 4R5Z A; 1ASA A; 4GE4 A; 2YOB A; 3HVY A; 1WYU B; 3FKD A; 2VMU A; 2C44 A; 4XJO A; 1JG8 A; 4M2J A; 3ELP A; 1UU1 A; 4LW4 A; 2YRI A; 1OXO A; 2CTZ A; 1LC5 A; 2EH6 A; 1B9I A; 2V0Y A; 2VIA A; 1V2F A; 3WKR A; 1ARG A; 2XBN A; 3QPG A; 2QB3 A; 4WXB A; 1SZK A; 4Q6R A; 1CQ7 A; 1B4X A; 4EB7 A; 3MBB A; 3VAX A; 1G7W A; 2QA3 A; 2YCN A; 1U08 A; 3F6T A; 1AJS A; 1LKC A; 2EPJ A; 1BT4 A; 2DGL A; 3FZ8 A; 4WBT A; 3N4S A; 3RBF A; 4ZM4 A; 4Q76 A; 2DOU A; 4BQ0 A; 1OHY A; 1AKC A; 3EI8 A; 1AHY A; 2JIS A; 4NOG A; 1GCK A; 3LVM A; 5EAV A; 4EU1 A; 3VK2 A; 3EI5 A; 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