The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
130
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sequence length |
404
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structure length |
404
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Chain Sequence |
FSVDAVRADFPVLSREVNGLPLAYLDSAASAQKPSQVIDAEAEFYRHGYAAVHAGAHTLSAQATEKMENVRKRASLFINARSAEELVFVRGTTEGINLVANSWGNSNVRAGDNIIISQMEHHANIVPWQMLCARVGAELRVIPLNPDGTLQLETLPTLFDAATRLLAITHVSNVLGTENPLAEMITLAHQHGAKVLVDGAQAVMHHPVDVQALDCDFYVFSGHKLYGPTGIGILYVKEALLQEMPPWEGGGSMIATVSLSEGTTWTKAPWRFEAGTPNTGGIIGLGAALEYVSALGLNNIAEYEQNLMHYALSQLESVPDLTLYGPQARLGVIAFNLGAHHAYDVGSFLDNYGIAVRTGHHCAMPLMAYYNVPAMCRASLAMYNTHEEVDRLVTGLQRIHRLLG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of a NifS homologue: X-ray structure analysis of CsdB, an Escherichia coli counterpart of mammalian selenocysteine lyase
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
PROTEIN (CSDB PROTEIN)
|
| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
130
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| structure length |
404
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| sequence length |
404
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| ec nomenclature |
ec
2.8.1.7: Cysteine desulfurase. |
| pdb deposition date | 1999-07-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00266 | Aminotran_5 | Aminotransferase class-V |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3JW9 A; 2D61 A; 4E3Q A; 1AMA A; 1V2F A; 5G2P A; 4ADE A; 2R0T A; 1AMQ A; 3RCH B; 1I41 A; 3FZ8 A; 4P3M A; 4W8I A; 4TMR A; 3F9T A; 3DOD A; 2D64 A; 1AIA A; 1MDX A; 2VMS A; 3EI6 A; 3GJU A; 2ZY5 A; 3RUY A; 3AEL A; 2OKK A; 8AAT A; 3RCH A; 1PMM A; 2JJG A; 2PB0 A; 4XJM A; 3WCN A; 1OXO A; 2VGZ A; 1OHV A; 3PDX A; 1ORD A; 3PJ0 A; 1GC2 A; 2Z67 A; 4IW7 A; 4O6Z A; 3HVY A; 2W7I A; 4W5K A; 3M5U A; 3DC1 A; 1PMO A; 3TFT A; 1BW0 A; 4GE4 A; 3H7F A; 3D6K A; 4ZM4 A; 1WKG A; 1AHE A; 2VLF A; 2W7F A; 3NRA A; 3PD6 B; 3FQ8 A; 1N8P A; 2BI3 A; 3A2B A; 1MDZ A; 1TAS A; 2OQX A; 2YKV A; 1EG5 A; 2CB1 A; 2O0R A; 3HL2 A; 5F8V A; 2HOZ A; 1CS1 A; 4ZDP A; 2O7C A; 4AOA A; 3MAF B; 1SZK A; 3JZL A; 3PD6 A; 1AAW A; 4BMK A; 3DR7 A; 3RBL A; 2AY6 A; 4F5J A; 1M6S A; 2YKU A; 4E1O A; 3FDB A; 1SVV A; 3MAF A; 1YIZ A; 2YKY A; 1YNU A; 2QLR A; 4F5L A; 2E7J A; 4ZWV A; 1LKC A; 1M0Q A; 1J04 A; 1V72 A; 2E7U A; 2HZP A; 2CTZ A; 4ZSW A; 2CST A; 4EU1 A; 1G7X A; 4LNL A; 3WCO A; 3QPG A; 1W7N A; 4ADD A; 1BQD A; 1ASG A; 4IXS A; 5FT4 A; 1AIB A; 2AAT A; 1GEW A; 2HP2 A; 3DU4 A; 4BQ0 A; 2VMX A; 4MKJ A; 2JIS A; 2EGY A; 4JE5 D; 2W7E A; 1D7R A; 3GWP A; 3KGX A; 3CQ5 A; 2YCT A; 4GE9 A; 3BS8 A; 1E5F A; 3PDB B; 4IYO B; 5F9S A; 2ZUK A; 3B8X A; 4DQ6 A; 2GB3 A; 2V1P A; 1CQ7 A; 1MLZ A; 3NYU A; 3P6K A; 4IXO A; 3G0T A; 2CAN A; 3CQ4 A; 4Q31 A; 1C9C A; 5FT8 A; 3COG A; 1J32 A; 3BB8 A; 3QM2 A; 3PDB A; 4IYO A; 1TOJ A; 2JJH A; 5HHY A; 2GQN A; 3MKJ A; 4K2B A; 4ZDL A; 1AY5 A; 2YRR A; 1W7M A; 3ZRR A; 3VK2 A; 3I5T A; 3LV2 A; 3MAU A; 3F0H A; 4JEV A; 4MQP A; 4A6R A; 1DJE A; 5C6U A; 3EUC A; 2C7T A; 4MY5 A; 1GDE A; 5EAV A; 3ZRP A; 1BS0 A; 4F4E A; 2D66 A; 2QBT A; 2X8U A; 1FC4 A; 2FQ6 A; 3PPL A; 3N0L A; 4WP0 A; 1AJS B; 3MC6 C; 1KKP A; 2X3L A; 2ZC0 A; 2ZP7 A; 2BYJ A; 3CBF A; 1G4X A; 1ASC A; 2W8W A; 3EI9 A; 4WYC A; 1CL1 A; 1G4V A; 4MSO A; 1ASN A; 2EZ2 A; 3NU8 A; 3VAX A; 1AHX A; 2OGE A; 1UU0 A; 3UE8 A; 4CXR A; 1WYV B; 4A0F A; 4UOY A; 3NYT A; 3DZZ A; 2VGU A; 5EAA A; 2FN6 A; 3R9A A; 2OAT A; 1FG7 A; 4ZWM A; 4RJ0 A; 2D7Z A; 3HMU A; 2R2N A; 4XJP A; 4M2M A; 1OAT A; 1WYV A; 5HDM A; 2DR1 A; 2ZJG A; 3E2Z A; 2VIB A; 1PG8 A; 4LNJ A; 5EFS A; 2QMA A; 1TOG A; 2W7K A; 3H14 A; 1ARI A; 3WGB A; 2BIE A; 1ELU A; 2VLH A; 3JTX A; 4Q75 A; 4BA4 A; 1OXP A; 1BQA A; 1TPL A; 1VJO A; 4BA5 A; 3BCX A; 1IX7 A; 1VP4 A; 2W8U A; 1GC4 A; 1MAQ A; 4WB0 B; 2BHX A; 2BI2 A; 1DGE A; 1QIR A; 4I8A A; 3ZZK A; 3UAK A; 1LC7 A; 1YIY A; 4M2K A; 4OMA A; 4WYE A; 4CXQ A; 3PAA A; 4FL0 A; 1GC0 A; 4OBU A; 4WB0 A; 5G4I A; 3WLX A; 3MEB A; 5HXX A; 7AAT A; 4E77 A; 3WY7 A; 3AEO A; 4F5M A; 1DKA A; 2WK7 A; 3BV0 A; 1ARG A; 1X2A A; 4A0G A; 2Z9U A; 2VMV A; 5IWQ A; 1ASM A; 3AAT A; 3NNK A; 3E77 A; 4EFF A; 4J5U A; 4WXB A; 1GC3 A; 2VGS A; 4XQ2 A; 3AEM A; 3DRD A; 1I48 A; 2YRI A; 2AY3 A; 5DB5 A; 4R5Z A; 5FT5 A; 1ZOD A; 1FG3 A; 2AY5 A; 4RJY A; 1YAA A; 1T3I A; 4OCA A; 2DGK A; 3HBX A; 3JWB A; 3NUB A; 1TAR A; 4IXZ A; 1B5O A; 4ADB A; 4OC9 A; 4A6T A; 2VGT A; 3JU7 A; 1V2E A; 4ZSY A; 1N31 A; 1JS6 A; 2E54 A; 2VMN A; 3PIU A; 4JEW A; 3EI8 A; 4MKK A; 2HOY A; 4PVF A; 1IBJ A; 1CJ0 A; 3BWN C; 4Q6R A; 1QIS A; 2BWO A; 3ELE A; 5EIG B; 2W7H A; 4A00 A; 2R5C B; 4JE5 A; 5E5I A; 5G09 A; 2BIA A; 3FKD A; 2AY7 A; 2VMT A; 4M2J A; 2W7J A; 3FFR A; 4WYA A; 2CFB A; 2FNI A; 3OKS A; 4WYF A; 5EIG A; 4K2M A; 2R5C A; 3WKR A; 4CBS A; 4W91 A; 3VK4 A; 1U08 A; 2W7M A; 3E2Y A; 5DX5 A; 3ACZ A; 1CL2 A; 3FZ6 A; 2BIG A; 3LY1 A; 3L44 A; 3KKI A; 2EPJ A; 2JJE A; 3LVL B; 1TAT A; 2VMU A; 4XJO A; 1BJW A; 3ATH A; 3G8M A; 2ORD A; 4GSA A; 2HOR A; 4R8D A; 1RVY A; 3TCM A; 4ATQ A; 2VMP A; 4OTL A; 3W1H A; 3ZZJ A; 3FTB A; 3MC6 A; 4ITX A; 3N75 A; 2ZY2 A; 1ASB A; 2HUI A; 1TOI A; 3HT4 A; 4UHO A; 1BJN A; 2G6W A; 2VMR A; 2CY8 A; 4B9B A; 1KL1 A; 1LS3 A; 2C0R A; 3HDO A; 3N5M A; 2BWN A; 2YHK A; 1LC8 A; 3RBF A; 2PO3 A; 1B9I A; 1MGV A; 3ELP A; 1M0P A; 1S07 A; 3TAT A; 3FCR A; 3I4J A; 4ATP A; 2W7D A; 2VMO A; 3QN6 A; 4HF8 A; 3GSB A; 4XJL A; 2VGW A; 1EQB A; 1ART A; 3AEJ A; 2VMQ A; 5BJ3 A; 5LHA A; 3NX3 A; 1BKG A; 3VP6 A; 3K40 A; 3DXV A; 2AEU A; 5LH9 A; 3QBO A; 2DGL A; 2OKJ A; 4LC3 A; 2AY9 A; 2VMW A; 1V2D A; 3IF2 A; 1GEY A; 4MQR A; 1JS3 A; 4WYG A; 4Y0I A; 4KYO A; 4F5G A; 1ZOB A; 1D7V A; 3BCB A; 3LWS A; 4XK1 A; 4ISY A; 2Q7W A; 5D95 A; 2ZSM A; 3BWO A; 1Z3Z A; 1AMR A; 2WKA A; 1AKB A; 1LK9 A; 3OP7 A; 4N0B A; 4BHD A; 3L8A A; 4ZAS A; 2C81 A; 1AX4 A; 5G2Q A; 4RAE A; 9AAT A; 1B9H A; 1AJS A; 3ZRQ A; 1M32 A; 1VEF A; 5DJ1 A; 3T32 A; 4F5K A; 3B1E A; 4K2I A; 3GZC A; 4ZAH A; 4F5H A; 4ADC A; 3MAD A; 4PFF A; 1Z7D A; 2YOB A; 2X5F A; 2CH2 A; 1C4K A; 2QA3 A; 1Y4I A; 1B5P A; 1WST A; 4OYT A; 1ARH A; 4R2N A; 1KKJ A; 2W8V A; 4WLH A; 1AY4 A; 1QGN A; 4MGR A; 2PB2 A; 1OHW A; 1SFF A; 5EUE A; 3NUI A; 4H51 A; 2V0Y A; 2YKX A; 5M4D A; 2EO5 A; 2DKB A; 1O62 A; 1I43 A; 1TOE A; 4KXK A; 4ZM3 A; 1RV3 A; 1B4X A; 3UWC A; 2W7L A; 4HVK A; 2VI9 A; 3FQ7 A; 1CZE A; 3PA9 A; 4LW2 A; 5M49 A; 1WKH A; 3BCA A; 1C7G A; 4UHM A; 3EI7 A; 1B8G A; 2OGA A; 2Z9W A; 1YJZ A; 1AKA A; 2Z20 A; 3P1T A; 4AO9 A; 2AY2 A; 2BI1 A; 2CH1 A; 4RM1 A; 3RQ1 A; 1JG8 A; 2W8T A; 1D7S A; 2ZY3 A; 1DJ9 A; 1JF9 A; 1QJ3 A; 2FM1 A; 1CZC A; 1GEX A; 2JGT A; 1UU1 A; 1N2T A; 3QI6 A; 4AH3 A; 1AIC A; 3NTJ A; 1IX6 A; 5TF5 A; 4P7Y A; 1AAM A; 3EIA A; 3WZF A; 4GEB A; 1GBN A; 1C7N A; 3B46 A; 1DTY A; 3FRK A; 1ZC9 A; 2O1B A; 2R5E A; 5BJ4 A; 2GMU A; 5M4B A; 4NOG A; 1W7L A; 1DFO A; 4DGT A; 1DJU A; 3LVM A; 2BKW A; 2XH1 A; 4RIT A; 5G0A A; 1DGD A; 1D7U A; 3CQ6 A; 2VMY A; 1BT4 A; 1QJ5 A; 2CJH A; 3K28 A; 1OHY A; 4WXG A; 3GZD C; 3E9K A; 1S0A A; 2E7I A; 3ECD A; 4WD2 A; 1O61 A; 4GRX A; 1UU2 A; 1M7Y A; 1BJO B; 4A0R A; 2ZY4 A; 3RI6 A; 3AEP A; 1QIT A; 2Z9X A; 4RKD A; 1G7W A; 1LW4 A; 4XEW A; 3A8U X; 5K8B A; 4WBT A; 1YJS A; 4Y0H A; 1KL2 A; 5D5S A; 1BJO A; 3K7Y A; 3W1J A; 5FT6 A; 4F5F A; 1S06 A; 3A9X A; 4A0H A; 1ASF A; 2HOX A; 2W7G A; 2WK8 A; 4U1T A; 2DKJ A; 4N0W A; 2VYC A; 2W8J A; 1KMJ A; 2CIN A; 4JEY A; 2BWP A; 1E5E A; 3FSL A; 3A9Z A; 3NYS A; 2XBN A; 3LG0 A; 4LNM A; 4OT8 A; 4Q76 A; 1LC5 A; 1RV4 A; 2ZSL A; 5EQC A; 3WX9 A; 3HQT A; 1ASA A; 1SZU A; 3GR9 A; 5DJ9 A; 1H0C A; 1ECX A; 5JAY A; 1YOO A; 1ELQ A; 1UKJ A; 2FYF A; 3ISL A; 3EIB A; 4EB5 A; 4RKC A; 2HP1 A; 1O69 A; 4PFN A; 1AHF A; 2D65 A; 3WKS A; 1AJR A; 2AY1 A; 2DOU A; 1P3W A; 3Q8N A; 1WYU B; 4UHN A; 5AX8 A; 2VGV A; 3AEM C; 4W1X A; 4JF1 A; 3LVJ A; 1PFF A; 4Y0D A; 1SPA A; 2GMS A; 3ASA A; 1W3U A; 1WYT B; 2JJF A; 3NDN A; 4J8L A; 3FVX A; 3G7Q A; 3B1C A; 3I16 A; 1MLY A; 3AEN B; 1KMK A; 1WYU A; 4CVQ A; 3DXW A; 2VMZ A; 3FVU A; 4EB7 A; 4WYD A; 1AY8 A; 1CQ6 A; 1MAP A; 2Z61 A; 4ITG A; 1WYT A; 3CAI A; 3AOW A; 1IJI A; 3QGU A; 4AZK A; 4ZLV A; 3B1D A; 2AEV A; 3AEN A; 4RLG A; 2WK9 A; 5E3K A; 2GSA A; 1S08 A; 3E6G A; 4L0O A; 3BC8 A; 3GBX A; 4AZJ A; 4TN4 A; 4KAM A; 2F8J A; 3VOM A; 1SF2 A; 4F5I A; 2Z1Y A; 4A72 A; 3VK3 A; 3EZS A; 1AMS A; 1H1C A; 1EJI A; 2VIA A; 3FQA A; 3FD0 A; 3PGY A; 4FFC A; 4W1V A; 4WXF A; 4A6U A; 4CBR A; 1D2F A; 3TQX A; 2CJD A; 1IAY A; 1C7O A; 2CJG A; 3E2F A; 1M0N A; 3QHX A; 4OBV A; 4EMY A; 2FNU A; 4IX8 A; 1S09 A; 2D63 A; 1IAX A; 1YJY A; 3A9Y A; 1X0M A; 1BJ4 A; 2EH6 A; 2VI8 A; 2C44 A; 4XAU A; 4U2H A; 4QGR A; 1XEY A; 2D5Y A; 4JEZ A; 5J8Q A; 2YCP A; 2HUU A; 3TFU A; 2RFV A; 2X5D A; 1TOK A; 3R4T A; 3KE3 A; 3GET A; 1IVR A; 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