The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
158
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sequence length |
416
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structure length |
416
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Chain Sequence |
LKREMNIADYDAELWQAMEQEKVRQEEHIELIASENYTSPRVMQAQGSQLTNKYAEGYPGKRYYGGCEYVDIVEQLAIDRAKELFGADYANVQPHSGSQANFAVYTALLEPGDTVLGMNLAHGGHLTHGSPVNFSGKLYNIVPYGIDATGHIDYADLEKQAKEHKPKMIIGGFSAYSGVVDWAKMREIADSIGAYLFVDMAHVAGLVAAGVYPNPVPHAHVVTTTTHKTLAGPRGGLILAKGGSEELYKKLNSAVFPGGQGGPLMHVIAGKAVALKEAMEPEFKTYQQQVAKNAKAMVEVFLERGYKVVSGGTDNHLFLVDLVDKNLTGKEADAALGRANITVNKNSVPNDPKSPFVTSGIRVGTPAITRRGFKEAEAKELAGWMCDVLDSINDEAVIERIKGKVLDICARYPVYA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure at 2.4 A resolution of E. coli serine hydroxymethyltransferase in complex with glycine substrate and 5-formyl tetrahydrofolate.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
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| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
158
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| structure length |
416
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| sequence length |
416
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| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature |
ec
2.1.2.1: Glycine hydroxymethyltransferase. |
| pdb deposition date | 1999-11-20 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00464 | SHMT | Serine hydroxymethyltransferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1IAY A; 2AEV A; 4M2M A; 1AHX A; 5EIG B; 3CQ6 A; 1DJE A; 3NYT A; 2YKX A; 4A6T A; 1VEF A; 4RAE A; 4IX8 A; 9AAT A; 3EIB A; 5EUE A; 2EO5 A; 5FT8 A; 4IXZ A; 3BWO A; 2VGU A; 3M5U A; 1QIR A; 5I92 A; 4WB0 B; 3R9A A; 3VK4 A; 2ZY5 A; 1VP4 A; 3B8X A; 3AEO A; 3VP6 A; 3ZRQ A; 3WY7 A; 4MGR A; 3JW9 A; 2Q7W A; 3LVK A; 4RKD A; 4Y0I A; 1V2F A; 5M4D A; 3E77 A; 4RLG A; 2QB2 A; 3GSB A; 3EIA A; 1MLZ A; 2JJF A; 3AEJ A; 3E2Z A; 1ORD A; 3NU8 A; 2JGT A; 1QGN A; 3BCA A; 2CJD A; 2D7Z A; 3FZ6 A; 1AY4 A; 5G4J A; 2OGE A; 4EB5 A; 1JS6 A; 5BJ3 A; 2AY5 A; 1D7S A; 3E2Z B; 3PGY A; 4ADE A; 2V1P A; 1M32 A; 1TOK A; 2FQ6 A; 4OYT A; 5JAY A; 4PIW A; 4R5F A; 2ZY4 A; 4ZSW A; 3FQ7 A; 3MC6 C; 1AHE A; 2C81 A; 2D64 A; 2ZY2 A; 4ISY A; 2G6W A; 4AZJ A; 1C7G A; 4J5U A; 4ZWV A; 2VIA A; 1TAT A; 2EGY A; 1AMA A; 1ELU A; 2D7Y A; 2BI5 A; 2BIG A; 4GE4 A; 2ZSM A; 5D95 A; 2OGA A; 2BI1 A; 1OHV A; 3GWP A; 3E6G A; 4BQ0 A; 4UQV A; 3BCB A; 2E54 A; 3ACZ A; 1AY5 A; 4WXF A; 4BA5 A; 4XJP A; 2W7K A; 4HF8 A; 5AX8 A; 2YRR A; 4TV7 A; 1GEW A; 1X28 A; 3A9Z A; 2W7F A; 3BCX A; 3FZ8 A; 2F8J A; 3GET A; 1YIY A; 5DJ9 A; 7AAT A; 3FDB A; 1GBN A; 3NUB A; 4M2J A; 1YIZ A; 4OC9 A; 3A9X A; 4ITX A; 1KMK A; 2E7I A; 3PPL A; 4Q31 A; 4XJM A; 4W8I A; 1LW5 A; 1P3W A; 1SZK A; 2TPL A; 3FFH A; 3W1I A; 2WK7 A; 1GDE A; 4UHO A; 4WYC A; 5LH9 A; 4WYF A; 1IBJ A; 1N31 A; 1X29 A; 3COG A; 2FN6 A; 3HT4 A; 4Y0D A; 3AV7 A; 4A0R A; 5F9S A; 4A6U A; 2YKV A; 2CH2 A; 2HZP A; 3LVL B; 2W7I A; 3D6K A; 1KKP A; 2CH1 A; 1DFO A; 3ZZJ A; 2R5C A; 1ASD A; 1GEY A; 4ITG A; 3LY1 A; 3TFU A; 3II0 A; 1CQ7 A; 3AEM C; 3GZD A; 4WXG A; 3DR7 A; 2CB1 A; 2R5C B; 1W7L A; 4P7Y A; 2BI3 A; 1TOJ A; 2W7D A; 4EFF A; 4WBT A; 3WX9 A; 4A6R A; 3F0H A; 3LVJ A; 3UE8 A; 1O61 A; 1BJN A; 1TOG A; 1N8P A; 4ZLV A; 3WKS A; 3RBL A; 3GBX A; 4TN4 A; 1Z7D A; 2VMT A; 4CXQ A; 3NTJ A; 2BKW A; 5FT4 A; 4F5H A; 3FFR A; 4H51 A; 2CY8 A; 2ZP7 A; 1UU0 A; 2ZYJ A; 4RJ0 A; 4R5Z A; 3JTX A; 3N0L A; 1GD9 A; 4IXO A; 5G2P A; 1TPL A; 1C4K A; 1OHW A; 3DR4 A; 3WGB A; 2Z61 A; 4PVF A; 4PFF A; 5FT6 A; 1AHY A; 1D2F A; 1ASM A; 1GC2 A; 1RV4 A; 1VJO A; 2VMP A; 2VMR A; 2WK8 A; 1OHY A; 1XEY A; 2BYJ A; 1W7N A; 1AHF A; 2DGM A; 1PMM A; 3HQT A; 4AO4 A; 1CL1 A; 1ART A; 4ZDO A; 5EIG A; 1ASB A; 2W7E A; 5G4I A; 2AY9 A; 1FG7 A; 3DXV A; 3VOM A; 4J8L A; 4WYD A; 3KKI A; 3AEP A; 2FNI A; 5EUN A; 4RM1 A; 1ZOB A; 2QLR A; 3KGX A; 4K2I A; 8AAT A; 3JWA A; 1ASC A; 4WB0 A; 1WYV A; 2CFB A; 3G7Q A; 3AEL A; 2VGS A; 4KXK A; 3AEN A; 1AY8 A; 3CQ4 A; 1TAR A; 2JJE A; 2RFV A; 2VLH A; 3B1E A; 3RCH A; 1WYT B; 2V0Y A; 3I16 A; 1ARI A; 2QB3 A; 1SVV A; 4DBC A; 4WLH A; 1WYV B; 1WKG A; 3AEN B; 3EI6 A; 4WXB A; 4AO9 A; 1ARS A; 1WYU A; 1X0M A; 3TCM A; 1B8G A; 3N75 A; 2O1B A; 2ZY3 A; 4K2B A; 1LK9 A; 1S0A A; 2VMW A; 1I43 A; 3GR9 A; 3RCH B; 4ZDL A; 2GMS A; 1YAA A; 3FVS A; 4K2M A; 4JEW A; 3HVY A; 1SF2 A; 4LNM A; 4UHM A; 1B9H A; 2HP1 A; 2R0T A; 3K28 A; 1J32 A; 1OAT A; 4AOA A; 1WYU B; 3OP7 A; 3ASB A; 1MDX A; 1UU2 A; 2DKJ A; 3CQ5 A; 2AY8 A; 3G0T A; 3BS8 A; 2FM1 A; 2VGZ A; 2VMO A; 3DRD A; 1EQB A; 3G8M A; 1W7M A; 1C7O A; 1M0P A; 1M6S A; 2YOB A; 3RQ1 A; 1PG8 A; 3MBB A; 3LWS A; 3FVX A; 1GCK A; 2R5E A; 3JU7 A; 1OXP A; 4N0B A; 2BWN A; 3L8A A; 4Q76 A; 2GQN A; 3MC6 A; 2XH1 A; 1B9I A; 1CQ6 A; 4JEX A; 3TAT A; 3UAK A; 5G2Q A; 2HOX A; 1MAP A; 2JJG A; 4UHN A; 4PFN A; 2JIS A; 3VAX A; 3ECD A; 1CL2 A; 1ASN A; 4U2H A; 1DGE A; 2E7U A; 1YOO A; 1AJR A; 1C7N A; 1I29 A; 2HOZ A; 3IHJ A; 3MAF A; 4F5M A; 5IWQ A; 1BJ4 A; 1ARG A; 2BWO A; 1AIB A; 1M7Y A; 2BWP A; 2C7T A; 2W8T A; 3AOV A; 1BKG A; 3DU4 A; 1G7X A; 3NYS A; 4ZM4 A; 1CZE A; 5LHA A; 3K40 A; 2DGK A; 1O4S A; 2DGL A; 4MQP A; 2W7G A; 4IW7 A; 3MAF B; 4I8A A; 3AAT A; 4WLJ A; 4XEW A; 3H14 A; 2EZ2 A; 1MAQ A; 4LNJ A; 5EQC A; 3L44 A; 3MEB A; 3HL2 A; 3F6T A; 4DQ6 A; 4E3R A; 1FC4 A; 3PIU A; 2QA3 A; 2NMP A; 5DJ1 A; 1SFF A; 1AX4 A; 1CZC A; 1E5F A; 4NOG A; 2D5Y A; 1QZ9 A; 3KGW A; 1M0Q A; 4XK1 A; 5J8Q A; 3OKS A; 4ZDP A; 3ZRR A; 2BIE A; 2ZJG A; 5C6U A; 1BJO A; 4GSA A; 4W1V A; 2D61 A; 3UWC A; 3NNK A; 1SZS A; 4E77 A; 1S09 A; 3R4T A; 4U1T A; 4WP0 A; 3I4J A; 3E9K A; 2W8V A; 5E5I A; 4WYG A; 3WCN A; 5DB5 A; 4QGR A; 2YCT A; 2ZC0 A; 4DGT A; 1J04 A; 2FNU A; 4JF1 A; 3HBX A; 3LG0 A; 1BJO B; 1IUG A; 4N0W A; 2JG2 A; 4ATP A; 3AEM A; 1YJS A; 4F4E A; 3KE3 A; 1ECX A; 3Q8N A; 3WZF A; 4EU1 A; 1AKB A; 1IX6 A; 2YKU A; 4IYO A; 1AKC A; 1G4V A; 4R8D A; 1OXO A; 3WKR A; 3EI7 A; 4OMA A; 1MGV A; 4IXS A; 2AY7 A; 3NDN A; 1T3I A; 1G4X A; 1UU1 A; 5HDM A; 3FDD A; 4F5J A; 3FTB A; 2R2N A; 2DOU A; 2VMZ A; 2HP2 A; 3K7Y A; 2GMU A; 1DJ9 A; 2VGW A; 4IYO B; 1D7R A; 1QIS A; 3W1H A; 4BHD A; 4CBS A; 4WYE A; 3DYD A; 3ATH A; 3GJU A; 4OCA A; 2HOR A; 2EPJ A; 4ZAS A; 2Z9W A; 4JEY A; 4JE5 D; 2GSA A; 2QMA A; 4KAM A; 4MSO A; 4CXR A; 1AMS A; 1EG5 A; 3A2B A; 1FG3 A; 4GRX A; 4LW4 A; 1I48 A; 5G09 A; 2VIB A; 2AY2 A; 3DC1 A; 3VK3 A; 1C9C A; 2FYF A; 1JS3 A; 1SPA A; 1WST A; 5E4Z A; 4AZK A; 4FL0 A; 2XBN A; 3A8U X; 3ZZK A; 3E2Y A; 2EH6 A; 3EI9 A; 1AMR A; 1YJZ A; 1C0N A; 1DKA A; 2VGT A; 2WKA A; 1WYT A; 3I5T A; 5FT5 A; 1MLY A; 1W3U A; 3B46 A; 4O6Z A; 2O0R A; 5G0A A; 3FD0 A; 2OKJ A; 4GE7 A; 4W5K A; 2W7H A; 1AAM A; 4RIT A; 2HUF A; 3BC8 A; 4EB7 A; 3MKJ A; 1N2T A; 3GZC A; 1PFF A; 1G7W A; 2CTZ A; 4MKJ A; 4GE9 A; 3DZZ A; 2YKY A; 1ELQ A; 3T32 A; 4MQQ A; 4OTL A; 1WKH A; 4E3Q A; 1IAX A; 3VK2 A; 3BWN C; 2DR1 A; 4W1X A; 3B1C A; 3NX3 A; 4RJY A; 5M49 A; 2C0R A; 1TAS A; 1JG8 A; 2VMY A; 1PMO A; 5EAA A; 2AEU A; 4ZWM A; 2VLF A; 3A9Y A; 3TQX A; 2JJH A; 1ZOD A; 2X8U A; 3HMU A; 3PDX A; 4KYO A; 1QJ3 A; 4AH3 A; 1YJY A; 2CJG A; 2CIN A; 2X5F A; 1CQ8 A; 2VI8 A; 3WLX A; 1GC0 A; 5HXX A; 1RV3 A; 2Z20 A; 3EZ1 A; 5F8V A; 4F5L A; 1S08 A; 1O62 A; 1S07 A; 3PDB A; 4F5I A; 5M46 A; 4ZSY A; 1AAW A; 1M4N A; 4EMY A; 3QPG A; 5E3K A; 1KMJ A; 1ASE A; 1LW4 A; 4R2N A; 2C44 A; 2VMV A; 2VI9 A; 1DTY A; 1IX7 A; 1AJS A; 1SZU A; 1RVY A; 1X2A A; 3BV0 A; 5EAV A; 4OT8 A; 5EUD A; 3PDB B; 1ASA A; 3MAD A; 5HHY A; 5TF5 A; 4WD2 A; 3W1J A; 2X3L A; 1RVU A; 4RKC A; 3USF A; 4A0H A; 4W1W A; 4XJO A; 3WCO A; 1CS1 A; 1B5O A; 3AEJ C; 3RUY A; 1XI9 A; 1H0C A; 1AJS B; 1DJU A; 2Z1Z A; 3RBF A; 2AY6 A; 3FQ8 A; 1IJI A; 3PJ0 A; 3F9T A; 4B9B A; 3TFT A; 3BN1 A; 1U08 A; 1KL1 A; 1LC5 A; 2W8J A; 4LNL A; 4TMR A; 1DGD A; 1KL2 A; 1MDZ A; 1AKA A; 4UOY A; 2W8W A; 3NU7 A; 4P3M A; 2OAT A; 4ADC A; 4ZAH A; 4XQ2 A; 3CAI A; 1Z3Z A; 4ADB A; 3ASA A; 2ZUK A; 3EI8 A; 2W7L A; 3HDO A; 5K8B A; 3FZ7 A; 3P1T A; 3HLM A; 2W7M A; 3QI6 A; 1EJI A; 4JEV A; 1ZC9 A; 4BA4 A; 2AY4 A; 3QM2 A; 2HUI A; 4XAU A; 2VMU A; 1V2E A; 3IF2 A; 1S06 A; 2W7J A; 2Z67 A; 2BHX A; 1BQA A; 3QGU A; 2QBT A; 3JWB A; 1LC7 A; 2HUU A; 3NYU A; 3RI6 A; 2BIA A; 3WGC A; 3AOW A; 2X5D A; 3E2F A; 1ASF A; 4CVQ A; 1IX8 A; 2PO3 A; 4Q75 A; 1JF9 A; 2W8U A; 2D66 A; 2CST A; 4ZM3 A; 4A00 A; 1D7V A; 1LS3 A; 1MDO A; 3FVU A; 3MAU A; 3FQA A; 1ARH A; 2HOY A; 4A72 A; 1LKC A; 2YCN A; 3FRK A; 2BI9 A; 2OQX A; 3QBO A; 4WYA A; 2YRI A; 1B4X A; 3CBF A; 1V2D A; 3ELP A; 3H7F A; 3DXW A; 4MKK A; 2AY3 A; 4B98 A; 4OBU A; 1BQD A; 4M2K A; 4OBV A; 4Q6R A; 2GB3 A; 4MY5 A; 1W23 A; 2D63 A; 1GC3 A; 4ATQ A; 2ORD A; 3B1D A; 4JF0 A; 4ADD A; 4IY7 A; 1TOE A; 3QHX A; 2OKK A; 3DOD A; 4L0O A; 1BJW A; 1Y4I A; 5DX5 A; 2AAT A; 2VGV A; 2VMN A; 3FKD A; 4LW2 A; 2PB0 A; 2CJH A; 1O69 A; 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