The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
154
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sequence length |
405
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structure length |
405
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Chain Sequence |
MKYLPQQDPQVFAAIEQERKRQHAKIELIASENFVSRAVMEAQGSVLTNKYAEGYPGRRYYGGCEYVDIVEELARERAKQLFGAEHANVQPHSGAQANMAVYFTVLEHGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVAYGVDPETHVIDYDDVREKARLHRPKLIVAAASAYPRIIDFAKFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCQEQFAKQIDKAIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGEALQDDFKAYAKRVVDNAKRLASALQNEGFTLVSGGTDNHLLLVDLRPQQLTGKTAEKVLDEVGITVNKNTIPYDPESPFVTSGIRIGTAAVTTRGFGLEEMDEIAAIIGLVLKNVGSEQALEEARQRVAALTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of binary and ternary complexes of serine hydroxymethyltransferase from Bacillus stearothermophilus: insights into the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Geobacillus stearothermophilus
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| molecule keywords |
Serine Hydroxymethyltransferase
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| total genus |
154
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| structure length |
405
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| sequence length |
405
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| ec nomenclature |
ec
2.1.2.1: Glycine hydroxymethyltransferase. |
| pdb deposition date | 2001-12-11 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00464 | SHMT | Serine hydroxymethyltransferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1I41 A; 1O61 A; 3II0 A; 2W7L A; 4OBV A; 1BJW A; 2O1B A; 4PFN A; 4RAE A; 1LKC A; 4GEB A; 1W7N A; 2CH1 A; 3QM2 A; 1KL2 A; 3MC6 C; 3VK3 A; 3EZS A; 2BHX A; 3DZZ A; 1P3W A; 4IXS A; 1VEF A; 5DJ1 A; 3AEN B; 1W7M A; 3JZL A; 2W8V A; 3EI5 A; 4RIZ A; 3HDO A; 3EI6 A; 4RM1 A; 3AEJ C; 1UU0 A; 1I48 A; 2QA3 A; 2C7T A; 3LWS A; 4HF8 A; 4AZK A; 3BC8 A; 1DJ9 A; 1M6S A; 4K2I A; 5F9S A; 3R9A A; 4ZDP A; 4JEX A; 4AO9 A; 1AMA A; 1WYT B; 3JWA A; 4W1X A; 2EZ2 A; 2QMA A; 1DGE A; 4F5L A; 3VK2 A; 3G8M A; 2GQN A; 2VGW A; 4AO4 A; 4ADB A; 4HVK A; 3L8A A; 4CXR A; 1QGN A; 4A6R A; 3FCR A; 1YOO A; 5IWQ A; 2Z20 A; 1IX6 A; 1EG5 A; 1CQ7 A; 1WYU B; 1CL1 A; 3FZ8 A; 3WGC A; 2Z9U A; 3FTB A; 2OKJ A; 4WB0 B; 4WD2 A; 2FN6 A; 3W1J A; 1E5E A; 3BCB A; 2BWN A; 3NDN A; 3QI6 A; 2EGY A; 2YKU A; 1AHX A; 1WYV B; 3FZ7 A; 3B46 A; 4RKC A; 1BJN A; 4R2N A; 3NTJ A; 1ZOD A; 2CB1 A; 4H51 A; 2YKX A; 3MEB A; 1AAM A; 2FYF A; 3A8U X; 3QBO A; 2AY4 A; 1AHY A; 5EIG A; 3ZZJ A; 2DKJ A; 2YOB A; 1AHG A; 2HUF A; 3PPL A; 1QIR A; 2Z1Y A; 2YRI A; 1BQA A; 1WKG A; 2CY8 A; 4GSA A; 3JW9 A; 2AY9 A; 2ZY4 A; 1ASN A; 3K28 A; 1YJZ A; 4GE4 A; 4F4E A; 3MAF A; 1MGV A; 2VLF A; 2VMW A; 4R8D A; 9AAT A; 2HOR A; 3KGW A; 5K8B A; 4WYG A; 3A9Z A; 4MQQ A; 4Y0I A; 2W7G A; 4R5Z A; 1YIZ A; 3FRK A; 3K7Y A; 1LW4 A; 3VP6 A; 3GWP A; 4O6Z A; 4WYC A; 5M46 A; 3R4T A; 1AMS A; 2VMP A; 1SZS A; 3QHX A; 4LW2 A; 4RKD A; 1AMR A; 2BI9 A; 1ASC A; 4IW7 A; 1D2F A; 4OTL A; 3PAA A; 3B1C A; 2O7C A; 3NYS A; 2W7H A; 4K2B A; 1IAY A; 3M5U A; 3FQ8 A; 2ZYJ A; 3FVX A; 2VMU A; 1CL2 A; 2BI2 A; 1I29 A; 4XJO A; 4FFC A; 2CAN A; 1ARI A; 2TPL A; 1PMO A; 3BV0 A; 4GE9 A; 1LW5 A; 3QN6 A; 4J5U A; 1N31 A; 2BI1 A; 5J8Q A; 3VAX A; 2BYL A; 1KMJ A; 3JWB A; 3DC1 A; 4ADC A; 1LC8 A; 2JJG A; 1H1C A; 1S09 A; 4AH3 A; 1PMM A; 1M32 A; 1H0C A; 4XK1 A; 2VMZ A; 3VOM A; 3AEM A; 1ASM A; 1RV4 A; 2AY3 A; 1ARG A; 2C0R A; 1G7W A; 2ZSM A; 2CJD A; 2OGA A; 1KKP A; 1MDZ A; 3ECD A; 2DGL A; 3AOV A; 3B8X A; 2ZSL A; 1AY8 A; 3EUC A; 1FG3 A; 2VGT A; 4L0O A; 3VK4 A; 1S06 A; 2Z61 A; 5D5S A; 3T32 A; 1TAS A; 3CQ4 A; 3TCM A; 1BS0 A; 4IYO A; 1B9H A; 2AY6 A; 3USF A; 3WCO A; 4Q6R A; 1VJO A; 1B5O A; 1ASA A; 3PDB B; 1DGD A; 4LNM A; 4WYA A; 3EIA A; 4I8A A; 1ASF A; 3E9K A; 3PA9 A; 3RCH A; 5M49 A; 4DQ6 A; 3NUB A; 5AX8 A; 5EFS A; 1GEY A; 3RQ1 A; 4F5H A; 2VMT A; 1V2D A; 4PIW A; 4UHO A; 5FT5 A; 2PB2 A; 1SZK A; 2GMU A; 4ADE A; 2GSA A; 3N0L A; 4IX8 A; 3HLM A; 1N2T A; 4LNL A; 4RJY A; 3FZ6 A; 1W7L A; 3GET A; 3ATH A; 5HDM A; 2VGS A; 3PJ0 A; 3IHJ A; 4GDY A; 3FQ7 A; 4QGR A; 3QPG A; 3NYU A; 2HOX A; 2W7I A; 1CQ6 A; 1AY4 A; 2E7J A; 1RV3 A; 1ZOB A; 2BI5 A; 2ZUK A; 3JTX A; 5G2P A; 5HHY A; 3TAT A; 1AJS A; 3B1D A; 3LV2 A; 2QB3 A; 2VMS A; 1AIA A; 2X8U A; 3BCX A; 3OKS A; 3EI7 A; 4GE7 A; 4JEZ A; 1AKC A; 1TAR A; 1YJY A; 2VMV A; 3UWC A; 4JF1 A; 2CH2 A; 2CIN A; 2VI8 A; 3HQT A; 4ATQ A; 1O62 A; 1S08 A; 1Z3Z A; 4EFF A; 2BIA A; 3DXV A; 4W1V A; 4CBS A; 2AY7 A; 2BIG A; 3F9T A; 4K2M A; 4OC9 A; 5DX5 A; 1DJE A; 3PD6 A; 3FDD A; 3G0T A; 4WLH A; 3NRA A; 1OHW A; 2Z9X A; 2WK9 A; 3EZ1 A; 3ZRQ A; 1IUG A; 3NUI A; 1TOI A; 4ZDL A; 1WKH A; 1TOK A; 4PFF A; 1T3I A; 5BJ3 A; 4CXQ A; 2VIA A; 3PGY A; 3FFH A; 3E2Z A; 3W1H A; 3GJU A; 1PFF A; 1B5P A; 4KYO A; 1DTY A; 2HUI A; 1X29 A; 3DOD A; 4B9B A; 2W8W A; 4F5K A; 4JE5 D; 4OBU A; 3KKI A; 5LHA A; 2VYC A; 3LVK A; 2YCP A; 2DGK A; 2JJH A; 1TOJ A; 3NNK A; 3IF2 A; 2ZP7 A; 1OXO A; 3GZD C; 1ELU A; 1W23 A; 2D66 A; 1DKA A; 4NOG A; 4ZSW A; 2D5Y A; 2HUU A; 4ITX A; 1EQB A; 3D6K A; 4N0B A; 4EU1 A; 3I16 A; 1GC0 A; 4Y0D A; 3RBF A; 1JS3 A; 1UU2 A; 4MQR A; 3WKS A; 4PVF A; 1B4X A; 3UE8 A; 4ZAH A; 2DGM A; 1GEX A; 1GC4 A; 1FG7 A; 4RIT A; 4RLG A; 1B8G A; 2E54 A; 1YNU A; 4P3M A; 2W8J A; 5E5I A; 1TPL A; 4A0H A; 1C0N A; 3CBF A; 2BIE A; 2HP2 A; 2R0T A; 2AEU A; 3AEO A; 3F0H A; 1ASL A; 3AEP A; 1DFO A; 1OHV A; 4MGR A; 5TF5 A; 3RBL A; 4UHM A; 4BA5 A; 1MAQ A; 3AEJ A; 4ZM4 A; 1AJR A; 1SPA A; 4OCA A; 5G09 A; 3L44 A; 1WST A; 4RJ0 A; 3ZRR A; 3LVM A; 1GD9 A; 4M2J A; 1C7O A; 1Y4I A; 4F5F A; 3ZZK A; 2D7Z A; 2VGV A; 3TFT A; 3FDB A; 4XQ2 A; 1ASB A; 1LC7 A; 2YKV A; 3CAI A; 4XAU A; 1E5F A; 4MKK A; 1BJO A; 1M0Q A; 1ZC9 A; 2R5C A; 2EO5 A; 4P7Y A; 2XBN A; 5EUD A; 2GMS A; 5EAV A; 2W8U A; 1C7G A; 3P1T A; 2DKB A; 4WYF A; 3RI6 A; 2JJE A; 4F5G A; 4BQ0 A; 4IXZ A; 2BYJ A; 1S07 A; 4M2M A; 3WLX A; 5G2Q A; 2FNI A; 3E2Y A; 4MSO A; 1IX8 A; 1MDX A; 1AX4 A; 1SFF A; 1AIC A; 2W7M A; 1GC2 A; 5E3K A; 2JJF A; 2YKY A; 4BMK A; 2WK8 A; 2VGU A; 2VMO A; 5M4D A; 2VMN A; 1AHF A; 4OYT A; 4GRX A; 3BWN C; 2AY5 A; 2JG2 A; 2ZY2 A; 2NMP A; 4JE5 A; 3CQ6 A; 4A72 A; 1OXP A; 1ASD A; 4F5M A; 5EIG B; 3FQA A; 4J8L A; 4W8I A; 3TFU A; 4A0F A; 2VMQ A; 3WX9 A; 2DOU A; 3GR9 A; 3ELP A; 2ZC0 A; 4EB5 A; 1V72 A; 2Q7W A; 2WK7 A; 4BHD A; 2D64 A; 3MAF B; 1GCK A; 1ECX A; 1ASE A; 3N5M A; 3E77 A; 3E2F A; 2W8T A; 4E77 A; 2VMX A; 3AEN A; 4ZDO A; 4WLJ A; 1V2F A; 2FQ6 A; 4ZLV A; 3HVY A; 1LK9 A; 5LH9 A; 3DU4 A; 3GBX A; 3A9X A; 3DXW A; 1XI9 A; 3N75 A; 1ORD A; 4A6T A; 1JF9 A; 4DBC A; 4XJM A; 2CFB A; 8AAT A; 1GDE A; 1U08 A; 1J04 A; 3BS8 A; 2OQX A; 2AY1 A; 2Z9V A; 4MQP A; 4E3Q A; 1D7R A; 2GB3 A; 1AY5 A; 4LC3 A; 4BA4 A; 1AKA A; 4TV7 A; 3HBX A; 3WGB A; 1LC5 A; 3A2B A; 3MBB A; 7AAT A; 1WYT A; 2D61 A; 4Q31 A; 1QIT A; 5FT4 A; 4UQV A; 5DB5 A; 3BCA A; 2VI9 A; 1BJ4 A; 1VP4 A; 1MLZ A; 2OAT A; 1CQ8 A; 3ASA A; 4LW4 A; 3UAK A; 3DR4 A; 2D7Y A; 4UOY A; 1WYU A; 2DR1 A; 3MAD A; 1YAA A; 4OMA A; 3I5T A; 4WB0 A; 3AV7 A; 3NYT A; 2RFV A; 1ASG A; 1OHY A; 3MKJ A; 2ORD A; 3BB8 A; 3ISL A; 2FM1 A; 4WXG A; 1AAW A; 1B9I A; 2WKA A; 1WYV A; 2QBT A; 1C7N A; 1YIY A; 1QZ9 A; 4Q75 A; 5G0A A; 2W7D A; 3E6G A; 5FT6 A; 1OAT A; 4R5F A; 4WP0 A; 2Z67 A; 2CST A; 1EJI A; 1M0O A; 3LG0 A; 4IYO B; 1GBN A; 2EH6 A; 4ADD A; 2VLH A; 1I43 A; 3ACZ A; 2F8J A; 5D95 A; 1IX7 A; 1CZE A; 2AY8 A; 3RCH B; 2ZJG A; 5EUE A; 1TOE A; 2QLR A; 2VMR A; 4JEV A; 3WZF A; 1Z7D A; 1MLY A; 2X3L A; 4A0R A; 2X5D A; 1JS6 A; 3BWO A; 4ITG A; 1G7X A; 3ASB A; 5JAY A; 1KL1 A; 2EPJ A; 3NU8 A; 1AKB A; 3AEL A; 3G7Q A; 3Q8N A; 2ZY3 A; 3FFR A; 5I92 A; 1TOG A; 3QGU A; 4ZM3 A; 4W91 A; 2XH1 A; 3B1E A; 4XJL A; 3JU7 A; 4CVQ A; 2YCN A; 2V1P A; 3PIU A; 1AJS B; 2V0Y A; 5EUN A; 1ELQ A; 2OKK A; 3MC6 A; 2PB0 A; 4JEY A; 4F5I A; 2CJH A; 3FKD A; 2O0R A; 1G4V A; 5C6U A; 1N8P A; 4JEW A; 1M0N A; 1M7Y A; 5F8V A; 1O4S A; 3WY7 A; 3MAU A; 2R5E A; 2HZP A; 3AEM C; 3PDX A; 3BN1 A; 4W5K A; 3GZC A; 1TAT A; 1FC4 A; 2G6W A; 1KMK A; 4AZJ A; 1IBJ A; 3EIB A; 3LY1 A; 4A00 A; 1UU1 A; 1BT4 A; 2W7E A; 1X2A A; 3PD6 B; 1CZC A; 2HP1 A; 4M2K A; 1CS1 A; 4WXB A; 4EMY A; 1ARH A; 1QJ5 A; 3W1I A; 3K40 A; 1XEY A; 1JG8 A; 5G4J A; 3E2Z B; 3DYD A; 4E3R A; 3PDB A; 4ISY A; 2E7U A; 2W7K A; 4ZAS A; 1AIB A; 1J32 A; 2BKW A; 4WBT A; 2BI3 A; 3ELE A; 5FT8 A; 2YRR A; 1AHE A; 3AOW A; 2HOY A; 1W3U A; 2JGT A; 2YHK A; 3HT4 A; 1G4X A; 4JF0 A; 3GZD A; 3F6T A; 3TQX A; 3NU7 A; 4U2H A; 1LS3 A; 1S0A A; 4KXK A; 4ZSY A; 1QIS A; 1BQD A; 5EAA A; 1PG8 A; 3FVU A; 4ZWV A; 2AY2 A; 4DGT A; 1V2E A; 4A0G A; 4U1T A; 4LNJ A; 3H14 A; 1DJU A; 4EB7 A; 4Y0H A; 2W7F A; 3KGX A; 4MY5 A; 1C9C A; 1MDO A; 1SF2 A; 4WYD A; 1ARS A; 2ZY5 A; 4KAM A; 1CJ0 A; 4Q76 A; 3WCN A; 3A9Y A; 3ZRP A; 3NX3 A; 4E1O A; 3H7F A; 1KKJ A; 2FNU A; 2CJG A; 1BKG A; 1IVR A; 1D7S A; 4IY7 A; 4XJP A; 4OT8 A; 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