The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
177
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sequence length |
456
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structure length |
456
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Chain Sequence |
MNYPAEPFRIKSVETVSMIPRDERLKKMQEAGYNTFLLNSKDIYIDLLTDSGTNAMSDKQWAGMMMGDEAYAGSENFYHLERTVQELFGFKHIVPTHQGRGAENLLSQLAIKPGQYVAGNMYFTTTRYHQEKNGAVFVDIVRDEAHDAGLNIAFKGDIDLKKLQKLIDEKGAENIAYICLAVTVNLAGGQPVSMANMRAVRELTEAHGIKVFYDATRCVENAYFIKEQEQGFENKSIAEIVHEMFSYADGCTMSGKKDCLVNIGGFLCMNDDEMFSSAKELVVVYEGMPSYGGLAGRDMEAMAIGLREAMQYEYIEHRVKQVRYLGDKLKAAGVPIVEPVGGHAVFLDARRFCEHLTQDEFPAQSLAASIYVETGVRSMERGIISAGRNNVTGEHHRPKLETVRLTIPRRVYTYAHMDVVADGIIKLYQHKEDIRGLKFIYEPKQLRFFTARFDYI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structures of apo- and holo-tyrosine phenol-lyase reveal a catalytically critical closed conformation and suggest a mechanism for activation by K+ ions
pubmed doi rcsb |
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Citrobacter freundii
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| molecule keywords |
Tyrosine phenol-lyase
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| total genus |
177
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| structure length |
456
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| sequence length |
456
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature |
ec
4.1.99.2: Tyrosine phenol-lyase. |
| pdb deposition date | 2005-11-10 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01212 | Beta_elim_lyase | Beta-eliminating lyase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2HUI A; 1ECX A; 3E2Z A; 4AH3 A; 2EH6 A; 4M2J A; 3AEO A; 2W7L A; 1BJN A; 4MKJ A; 3LVL B; 3JW9 A; 1AKB A; 4WYG A; 1X2A A; 1KKP A; 4KYO A; 3N75 A; 5TF5 A; 3LVM A; 1M0P A; 3RBF A; 1MDX A; 4ZWV A; 9AAT A; 5E4Z A; 2C81 A; 3RI6 A; 4KXK A; 3ACZ A; 2VMR A; 1UU0 A; 3PPL A; 3AEJ A; 2W7E A; 3ELP A; 1CQ8 A; 4LC3 A; 3NTJ A; 2D63 A; 2CH1 A; 4FL0 A; 1PG8 A; 2FYF A; 2D65 A; 2E7I A; 2W8J A; 3JWB A; 4TV7 A; 3OKS A; 1ARS A; 4GRX A; 1ARH A; 1W7L A; 3K40 A; 2VMZ A; 2JJG A; 5F8V A; 4JEW A; 1RV3 A; 1I48 A; 2VI9 A; 1TOG A; 2JJF A; 4JEZ A; 1G7W A; 4CBR A; 2OGE A; 3BWN C; 1W23 A; 3GWP A; 4RM1 A; 1RVU A; 4Y0I A; 4LNM A; 1AHE A; 3DR4 A; 4ATP A; 2CY8 A; 4Q75 A; 2QBT A; 1AY8 A; 2DGL A; 4IYO A; 1WYU B; 2BYL A; 1GD9 A; 4DQ6 A; 2BYJ A; 1CS1 A; 1FC4 A; 4U1T A; 1WKH A; 3QN6 A; 3HMU A; 1U08 A; 3VK4 A; 2AY2 A; 4J5U A; 1ART A; 1IAX A; 1ASE A; 3E77 A; 5BJ4 A; 4F5I A; 2VMY A; 3AOW A; 2XBN A; 3QM2 A; 2BWP A; 1O62 A; 1OHV A; 2CFB A; 3H14 A; 3NYS A; 1DGE A; 3L8A A; 3FFH A; 3ZZK A; 3EI8 A; 4WYC A; 3EZS A; 3BB8 A; 2AY5 A; 3FQA A; 3FZ7 A; 3IHJ A; 2QB2 A; 4PFN A; 4LW2 A; 1QJ3 A; 3NNK A; 5FT5 A; 1WST A; 4B9B A; 4K2B A; 4JEY A; 1ARG A; 1AJR A; 2GQN A; 3BV0 A; 5M46 A; 2VMQ A; 1JF9 A; 4GE9 A; 4WYA A; 1N2T A; 3I16 A; 4CBS A; 4AZK A; 2VMV A; 2XH1 A; 3CQ5 A; 4W8I A; 3AEJ C; 4EU1 A; 2W7G A; 1TOI A; 2CH2 A; 4ZDP A; 1CQ7 A; 1QGN A; 2HOR A; 1GEW A; 4OCA A; 3TCM A; 3EI5 A; 4ZM4 A; 2VMP A; 1AKC A; 2VMO A; 4XK1 A; 5EIG A; 3AEN B; 2OKK A; 3JU7 A; 3MC6 C; 4A6U A; 3ASB A; 2BI9 A; 2W7I A; 4EFF A; 1ELQ A; 1KKJ A; 1IVR A; 2YCN A; 4GE7 A; 2DKJ A; 1KL1 A; 3EI9 A; 3N5M A; 4IW7 A; 2AY8 A; 3GSB A; 3FFR A; 4DGT A; 2Z9V A; 4LNJ A; 1AHX A; 3AEP A; 3UWC A; 2DGK A; 2W7J A; 2AY6 A; 2HP2 A; 4ZDO A; 3AEM A; 3FSL A; 2GSA A; 1ZC9 A; 5EUN A; 4ZM3 A; 3PD6 B; 1KMK A; 1P3W A; 2CST A; 4OT8 A; 5DJ1 A; 1RV4 A; 3UE8 A; 3II0 A; 1C9C A; 2CJH A; 1DJ9 A; 4AOA A; 3P1T A; 2HUU A; 5HXX A; 1TOE A; 4U2H A; 3A9Z A; 4OBV A; 3KKI A; 3VK3 A; 4F5L A; 1SF2 A; 4WD2 A; 1J04 A; 1IUG A; 3MAU A; 4CXR A; 2VGT A; 3DXW A; 2WK8 A; 3E2Z B; 3FCR A; 1JS6 A; 3I5T A; 2W7H A; 1EJI A; 1EG5 A; 2OQX A; 1S09 A; 1WYT A; 1UKJ A; 3Q8N A; 3PDX A; 1M7Y A; 4UHN A; 2BWO A; 2HZP A; 2Z9U A; 3BN1 A; 3EIB A; 1ASD A; 1M0N A; 3ZZJ A; 5LHA A; 5G4J A; 1AIC A; 2PB2 A; 2RFV A; 4P7Y A; 2YHK A; 2AY1 A; 3NX3 A; 2Z1Z A; 3QI6 A; 4LNL A; 2OAT A; 3KGW A; 2BI2 A; 1B9I A; 1JG8 A; 1YAA A; 2E7U A; 1SFF A; 4RIT A; 2E54 A; 5G4I A; 5HHY A; 5F9S A; 3NU7 A; 1Z7D A; 3NUB A; 1M4N A; 4E77 A; 2Z9X A; 5K8B A; 3ELE A; 2EZ1 A; 4MGR A; 4A00 A; 1SZU A; 2VMN A; 2Z9W A; 1AX4 A; 1JS3 A; 2O7C A; 2OGA A; 4PVF A; 5EAV A; 3WCN A; 1H0C A; 3QPG A; 1RVY A; 3GJU A; 3AEM C; 2JGT A; 1LK9 A; 1AY4 A; 2BI5 A; 2JIS A; 3B8X A; 1DFO A; 1ASA A; 2R5C A; 3FQ7 A; 4IX8 A; 1CL2 A; 4IYO B; 2W8U A; 1XEY A; 4W91 A; 2X3L A; 3MKJ A; 3N0L A; 1O61 A; 1S07 A; 2Q7W A; 1ZOB A; 1ZOD A; 1LS3 A; 2VMU A; 4MQR A; 1DGD A; 3LG0 A; 1YNU A; 1ORD A; 4OYT A; 1C4K A; 3B1D A; 4MQQ A; 2CB1 A; 2X5D A; 4JEV A; 1OHY A; 3A9X A; 1BJO A; 1J32 A; 3B46 A; 3AAT A; 1WKG A; 3PJ0 A; 4TN4 A; 2VLF A; 4PFF A; 1V2D A; 1KL2 A; 5FT6 A; 3JTX A; 1ASG A; 2VYC A; 1GEY A; 3DYD A; 3L44 A; 1AAW A; 4A0H A; 2D5Y A; 1OXO A; 2EPJ A; 4UHO A; 4XJM A; 2D7Y A; 4MY5 A; 2YKX A; 2ZY3 A; 3AV7 A; 4A6R A; 2ZY4 A; 3M5U A; 1TOJ A; 1FG7 A; 2AEU A; 2ZC0 A; 3ATH A; 1AMR A; 3FVX A; 3HT4 A; 4N0W A; 4ADE A; 3COG A; 4BHD A; 2FM1 A; 1YJZ A; 1V2E A; 2G6W A; 1BQD A; 3LY1 A; 2JG2 A; 5G0A A; 2AY7 A; 4IY7 A; 5DX5 A; 1LW5 A; 1AIB A; 4WP0 A; 1LC7 A; 1YJS A; 3G7Q A; 4GDY A; 5EIG B; 1WYV A; 4E3R A; 5HDM A; 3RCH B; 2ZSL A; 4F5J A; 1DTY A; 2VGU A; 4ADB A; 1BS0 A; 1YOO A; 3BCB A; 1X29 A; 1CL1 A; 2WK7 A; 1D2F A; 3OP7 A; 4LW4 A; 4ZAH A; 1IJI A; 4ADD A; 2D7Z A; 3GR9 A; 1GBN A; 4OBU A; 3USF A; 1MAP A; 2QA3 A; 4MSO A; 4W5K A; 3UAK A; 1X0M A; 1YIY A; 4MQP A; 3R4T A; 4EB7 A; 1OXP A; 3K28 A; 1AJS A; 4NOG A; 4WYE A; 1H1C A; 3GZD A; 3PGY A; 4QGR A; 5D95 A; 2VIB A; 1N31 A; 3E6G A; 3RCH A; 3WY7 A; 2ZJG A; 2BWN A; 1M6S A; 2PO3 A; 3EIA A; 4A0F A; 4ATQ A; 3E2Y A; 2YOB A; 4WYD A; 1ASC A; 1AKA A; 3BCX A; 3K7Y A; 1C0N A; 4F5K A; 1FG3 A; 4PIW A; 1IBJ A; 4WLJ A; 2W8W A; 1EQB A; 2DKB A; 3KE3 A; 3W1J A; 5E5I A; 4RAE A; 4Y0D A; 4OMA A; 1AY5 A; 1B5P A; 3DOD A; 3MAF A; 4MKK A; 4RJY A; 3LV2 A; 3NDN A; 4FFC A; 2OKJ A; 2W7F A; 1Z3Z A; 2V1P A; 4ITG A; 2W8T A; 1DJU A; 4XJL A; 3HBX A; 1OAT A; 1WYT B; 4B98 A; 4JE5 A; 3RUY A; 4R5F A; 2VMT A; 1AMS A; 3CAI A; 5J8Q A; 1BT4 A; 3CQ6 A; 4BA4 A; 4W1X A; 2CAN A; 2W8V A; 5D5S A; 4ZWM A; 2VLH A; 3VP6 A; 1AIA A; 1BJW A; 5EUD A; 3NYU A; 1MLZ A; 3CBF A; 5EUE A; 2VGS A; 2Z20 A; 2EZ2 A; 4M2M A; 3HLM A; 1D7R A; 5E3K A; 1GEX A; 4M2K A; 4RIZ A; 4WXG A; 3QHX A; 1S06 A; 5FT8 A; 4EMY A; 1M0O A; 1SZS A; 2YCP A; 3ECD A; 2BI3 A; 1UU1 A; 3ASA A; 1ELU A; 4HVK A; 1IX8 A; 1ASB A; 2TPL A; 2ZUK A; 4L0O A; 1GDE A; 1CZC A; 2HOY A; 3JWA A; 2EO5 A; 3F6T A; 2W7K A; 1O4S A; 5G09 A; 4GSA A; 1CJ0 A; 1PMO A; 2CIN A; 1AMQ A; 1W7M A; 5AX8 A; 1LKC A; 1GC2 A; 1S08 A; 2QMA A; 1IX7 A; 2YKV A; 4JF0 A; 4ISY A; 5C6U A; 2R5C B; 3GZD C; 4H51 A; 4JE5 D; 1MDO A; 1D7V A; 2JJH A; 2QLR A; 1YJY A; 4ZSY A; 1UU2 A; 3WGB A; 3EZ1 A; 2HOX A; 3PA9 A; 1GC0 A; 4JEX A; 3GZC A; 5LH9 A; 3GET A; 3ZRQ A; 4ADC A; 4IXZ A; 1MDZ A; 1QJ5 A; 2Z1Y A; 4F4E A; 3PDB A; 4XEW A; 1W3U A; 4IXS A; 1BJO B; 2YCT A; 3BS8 A; 3ISL A; 4XQ2 A; 1PMM A; 1B5O A; 1D7S A; 3DU4 A; 3F0H A; 2HP1 A; 2VIA A; 1SPA A; 1QZ9 A; 2VGW A; 4JF1 A; 2W7M A; 3WGC A; 2YKY A; 4F5F A; 2DR1 A; 3AEL A; 1G7X A; 4N0B A; 1QIR A; 1VEF A; 1ASN A; 2BIA A; 3F9T A; 3CQ4 A; 1GCK A; 4IXO A; 4WB0 B; 2O1B A; 1GC3 A; 4RLG A; 2QB3 A; 3MBB A; 2HOZ A; 2GMS A; 2EGY A; 2VMX A; 3FDB A; 3RQ1 A; 3DR7 A; 7AAT A; 3R9A A; 2WKA A; 1TAR A; 3EI7 A; 2VGZ A; 1G4V A; 2D61 A; 3DZZ A; 1B4X A; 2FQ6 A; 4UQV A; 4WLH A; 3JZL A; 2R5E A; 3TAT A; 2AY9 A; 3EI6 A; 1BJ4 A; 3PAA A; 1WYV B; 2DOU A; 2ZY2 A; 3LWS A; 4F5M A; 2JJE A; 3P6K A; 3GBX A; 2C7T A; 4HF8 A; 5I92 A; 2AY3 A; 2R0T A; 4WB0 A; 4WXB A; 1ASL A; 3LVK A; 4OC9 A; 3TQX A; 4I8A A; 3WX9 A; 4Q31 A; 3HQT A; 3MEB A; 3RBL A; 4BQ0 A; 4XJO A; 4BMK A; 3MC6 A; 4J8L A; 2D64 A; 2VMW A; 4CVQ A; 3HVY A; 3BC8 A; 1TAT A; 3NRA A; 3DRD A; 4UOY A; 3W1H A; 5IWQ A; 3A8U X; 3FVS A; 3HDO A; 4DBC A; 1GC4 A; 1AJS B; 1C7N A; 1B8G A; 2PB0 A; 1OHW A; 2FNI A; 3QBO A; 4UHM A; 5JAY A; 3QGU A; 4R8D A; 2YRI A; 1LW4 A; 2X8U A; 4AZJ A; 2BHX A; 3FRK A; 4TMR A; 3FZ6 A; 2WK9 A; 3PIU A; 3A2B A; 3W1I A; 2BIG A; 4RKC A; 2CJD A; 2VGV A; 3G0T A; 1VJO A; 1YIZ A; 2BKW A; 3FVU A; 4E1O A; 2YRR A; 3B1C A; 5M4B A; 2ZSM A; 3TFT A; 1C7O A; 4ZLV A; 2F8J A; 2C44 A; 3WKS A; 2CTZ A; 2AAT A; 3MAF B; 2AY4 A; 3I4J A; 3NUI A; 3ZRP A; 5M49 A; 1B9H A; 3B1E A; 1T3I A; 1QIT A; 1V72 A; 1QIS A; 3D6K A; 3TFU A; 4RKD A; 4A0R A; 1G4X A; 2ZYJ A; 3WLX A; 3FDD A; 4RJ0 A; 1CQ6 A; 1M0Q A; 1CZE A; 1S0A A; 3G8M A; 2HUF A; 2GB3 A; 1WYU A; 1AHY A; 3ZRR A; 1ARI A; 1MGV A; 1I43 A; 2V0Y A; 3A9Y A; 4ZAS A; 3KGX A; 5G2Q A; 5FT4 A; 3FTB A; 4WXF A; 4BA5 A; 5EFS A; 1PFF A; 4ZDL A; 1TOK A; 2BI1 A; 5EQC A; 1N8P A; 4A0G A; 1AMA A; 2YKU A; 1TPL A; 3WZF A; 5DJ9 A; 4ZSW A; 1W7N A; 3BCA A; 4WBT A; 4Q76 A; 4F5H A; 1E5E A; 1LC8 A; 4P3M A; 4Y0H A; 4O6Z A; 8AAT A; 3NYT A; 4K2M A; 1SVV A; 2BIE A; 1TAS A; 2DGM A; 2Z61 A; 1BKG A; 1M32 A; 1X28 A; 1KMJ A; 3FD0 A; 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