The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
151
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sequence length |
405
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structure length |
405
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Chain Sequence |
MKYLPQQDPQVFAAIEQERKRQHAKIELIASENFVSRAVMEAQGSVLTNKYAQGYPGRRYYGGCEYVDIVEELARERAKQLFGAEHANVQPHSGAQANMAVYFTVLEHGDTVLGMNLSHGGHLTHGSPVNFSGVQYNFVAYGVDPETHVIDYDDVREKARLHRPKLIVAAASAYPRIIDFAKFREIADEVGAYLMVDMAHIAGLVAAGLHPNPVPYAHFVTTTTHKTLRGPRGGMILCQEQFAKQIDKAIFPGIQGGPLMHVIAAKAVAFGEALQDDFKAYAKRVVDNAKRLASALQNEGFTLVSGGTDNHLLLVDLRPQQLTGKTAEKVLDEVGITVNKNTIPYDPESPFVTSGIRIGTAAVTTRGFGLEEMDEIAAIIGLVLKNVGSEQALEEARQRVAALTD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure Determination and Biochemical Studies on Bacillus Stearothermophilus E53Q Serine Hydroxymethyltransferase and its Complexes Provide Insights on Function and Enzyme Memory
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
SERINE HYDROXYMETHYLTRANSFERASE
|
| molecule tags |
Transferase
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| source organism |
Bacillus stearothermophilus
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| total genus |
151
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| structure length |
405
|
| sequence length |
405
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| ec nomenclature |
ec
2.1.2.1: Glycine hydroxymethyltransferase. |
| pdb deposition date | 2007-11-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00464 | SHMT | Serine hydroxymethyltransferase |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DJ9 A; 3R9A A; 1VEF A; 3DR4 A; 1KKP A; 2FYF A; 2JG2 A; 4JEX A; 2G6W A; 1OHV A; 3BCX A; 3FQ7 A; 2EZ2 A; 3QI6 A; 4O6Z A; 1QGN A; 2JIS A; 4QGR A; 2Z9U A; 1P3W A; 3FQA A; 2AAT A; 4WYC A; 1W7N A; 4A00 A; 1W7L A; 1MAQ A; 1SZK A; 3ZZK A; 3F9T A; 3E77 A; 3IF2 A; 1YJS A; 1H1C A; 1IAX A; 3PDB A; 4WP0 A; 2DOU A; 1YJZ A; 1UU2 A; 4OT8 A; 4ADD A; 3MAD A; 3BV0 A; 2W8J A; 3GZD A; 2ZY2 A; 1KL2 A; 1DJE A; 2AY4 A; 3I4J A; 1EJI A; 3USF A; 1GEX A; 1AHE A; 4RJY A; 1BJW A; 1CS1 A; 1BT4 A; 1OXO A; 1LC5 A; 3QHX A; 2VMY A; 3TAT A; 2VMR A; 5IWQ A; 4DGT A; 1QIT A; 1AIA A; 4WLJ A; 3E2Y A; 1PMO A; 3FSL A; 1IX6 A; 3UAK A; 4BMK A; 1AY4 A; 2C44 A; 2YKY A; 2HOX A; 2W7E A; 2RFV A; 3E2F A; 1C9C A; 4A0G A; 1GEY A; 2E54 A; 1ARI A; 3HBX A; 2WK9 A; 4M2J A; 4A6T A; 1W23 A; 5J8Q A; 3WX9 A; 1SPA A; 4J5U A; 3NU8 A; 3BCA A; 2FQ6 A; 3GZC A; 4Y0H A; 1TAS A; 2WK7 A; 1AIB A; 1OHW A; 4WB0 B; 4XJL A; 3EI7 A; 3CBF A; 4XK1 A; 2O0R A; 4HVK A; 2JJF A; 3CQ4 A; 3GJU A; 1AHY A; 4TV7 A; 2OGE A; 1BQD A; 3AEJ C; 1LK9 A; 3JZL A; 4ZDL A; 3PDX A; 4OC9 A; 1IJI A; 1LC7 A; 1S08 A; 2D61 A; 2YKX A; 1J04 A; 2BI3 A; 2D64 A; 1AJS A; 1M0N A; 2GB3 A; 4OBV A; 5FT4 A; 3P6K A; 2Z9W A; 4PIW A; 5DJ1 A; 4RIZ A; 2ZC0 A; 3MAF B; 1CQ8 A; 1O62 A; 3MAU A; 2VMS A; 1BJO A; 2D63 A; 3FVX A; 4A0R A; 1H0C A; 2YOB A; 5LHA A; 3NDN A; 3ZRQ A; 2E7U A; 3ZZJ A; 8AAT A; 1XEY A; 5EUN A; 1BS0 A; 4N0B A; 2JJE A; 3B1C A; 5EUE A; 4GSA A; 4ZWM A; 4R5Z A; 5K8B A; 2V0Y A; 1S0A A; 2VMV A; 3BC8 A; 2HP1 A; 5D95 A; 5FT8 A; 4MY5 A; 2W7H A; 4F5M A; 5M46 A; 1MDO A; 3FVU A; 1S09 A; 2BYL A; 4IX8 A; 2CFB A; 4ZSY A; 4RAE A; 2PO3 A; 3NYU A; 3JWB A; 4J8L A; 1CQ6 A; 3HQT A; 2R5C B; 1AMS A; 1YAA A; 2Z9V A; 4MQP A; 3TFU A; 4WBT A; 2VGU A; 4ZWV A; 1EG5 A; 4JE5 A; 3DU4 A; 4CVQ A; 2VI9 A; 2AY1 A; 5G0A A; 5M49 A; 1OAT A; 1IUG A; 2ZY4 A; 3AAT A; 4ISY A; 4RJ0 A; 2VYC A; 4F5K A; 4EB5 A; 3WKS A; 2GSA A; 1ELU A; 3FZ8 A; 1X2A A; 2D5Y A; 1I48 A; 4WYA A; 4XEW A; 1AMQ A; 1ELQ A; 1ZOB A; 2D66 A; 3L44 A; 4E3Q A; 2CJG A; 3G7Q A; 3RQ1 A; 3BCB A; 4A0H A; 3NX3 A; 2GMS A; 4R5F A; 2E7J A; 4XQ2 A; 2W8U A; 4OBU A; 3FKD A; 1OHY A; 2DKJ A; 3E2Z B; 4M2M A; 2Z67 A; 4CXR A; 2NMP A; 2VGW A; 1GD9 A; 3T32 A; 1ASB A; 3ELP A; 1G4V A; 3R4T A; 2VLF A; 3UWC A; 4AOA A; 1ASF A; 2W8T A; 4JF0 A; 4Y0D A; 3WCN A; 1CL2 A; 1WST A; 1FG3 A; 1ZC9 A; 3NUI A; 5EAA A; 5EUD A; 3RBF A; 2W7G A; 1GC2 A; 3EI6 A; 4WD2 A; 4WB0 A; 3GZD C; 5E4Z A; 1W3U A; 3DRD A; 2HOY A; 1FC4 A; 1JS3 A; 3DXV A; 1KMJ A; 3HT4 A; 1B9H A; 5BJ3 A; 4RM1 A; 4JE5 D; 3DR7 A; 1C0N A; 1RV3 A; 1YJY A; 5M4D A; 4AZK A; 1GDE A; 5G09 A; 5HXX A; 3L8A A; 4HF8 A; 2X5D A; 1Z3Z A; 2YKU A; 3HL2 A; 5F8V A; 3COG A; 4CBS A; 3GSB A; 1X0M A; 2W7I A; 4F5I A; 3TCM A; 4IYO B; 2VIA A; 4ZDP A; 4WXB A; 1E5E A; 1V2D A; 4AO9 A; 3MAF A; 2EZ1 A; 4K2M A; 4MKK A; 4OCA A; 4U1T A; 3WGB A; 2ZY5 A; 4I8A A; 1EQB A; 2CJD A; 2YCT A; 1N31 A; 3AEO A; 4MQQ A; 1AMA A; 1LKC A; 2BWO A; 4A6U A; 1KKJ A; 1C7O A; 1D7S A; 2CIN A; 2ZUK A; 5LH9 A; 2AY6 A; 1M0Q A; 3WZF A; 1YIZ A; 3LVJ A; 3HDO A; 3W1I A; 1DGE A; 1C4K A; 1GC3 A; 3G8M A; 4R2N A; 1GEW A; 1YOO A; 1BKG A; 5FT6 A; 5D5S A; 2BYJ A; 2HOZ A; 3ECD A; 3NTJ A; 4FL0 A; 1AAM A; 3EI9 A; 4E1O A; 1I43 A; 3P1T A; 2GMU A; 4MGR A; 1AY5 A; 2R5C A; 2ZSL A; 3FFR A; 1QZ9 A; 4IXZ A; 5AX8 A; 4F5H A; 3AEN B; 1PFF A; 5E5I A; 3AEP A; 1MDZ A; 2W7L A; 4UHM A; 1CZE A; 3FCR A; 1S07 A; 4LC3 A; 1V72 A; 1ORD A; 5G4J A; 1KMK A; 4RKC A; 4LNJ A; 4Q31 A; 5G4I A; 3WGC A; 3LV2 A; 1O4S A; 1WYT B; 4K2B A; 2W7D A; 2HZP A; 2QA3 A; 3VK3 A; 1Z7D A; 4P7Y A; 1IAY A; 1CQ7 A; 2X8U A; 2D7Z A; 2W7J A; 2E7I A; 1RVU A; 4GE7 A; 1N8P A; 2CST A; 1SZU A; 4UQV A; 4M2K A; 3AEM C; 3EIB A; 3KGW A; 3E2Z A; 5EAV A; 2YHK A; 4OTL A; 1GC4 A; 2VMT A; 2HOR A; 1JF9 A; 1M0O A; 1DTY A; 3NUB A; 2QMA A; 4EFF A; 3N0L A; 3LG0 A; 1BJN A; 1TPL A; 3A2B A; 4ATP A; 3KGX A; 3B1D A; 2EPJ A; 2PB2 A; 5EQC A; 4GDY A; 2Z9X A; 5C6U A; 3BB8 A; 2YKV A; 2O1B A; 3ACZ A; 2BIG A; 2DGL A; 4ITX A; 2FNI A; 4ITG A; 3AOV A; 4ZDO A; 2BIE A; 5TF5 A; 1IVR A; 1WYV B; 1X28 A; 3WKR A; 1TOJ A; 4LNL A; 1D7R A; 1BW0 A; 4R8D A; 2ZY3 A; 3LVK A; 2VGZ A; 4UHN A; 1DJU A; 4WYF A; 2D7Y A; 3GWP A; 3PGY A; 4IW7 A; 3AOW A; 3W1H A; 3BWN C; 4IYO A; 3AEM A; 3QM2 A; 3PIU A; 2ZYJ A; 3JTX A; 4F5J A; 3H7F A; 1YIY A; 1ASE A; 2Z1Y A; 4B9B A; 4Q6R A; 3WLX A; 3A9X A; 4BQ0 A; 3GBX A; 2X5F A; 1CZC A; 1M6S A; 2VMW A; 4WYG A; 1PMM A; 1V2F A; 1ASN A; 2DR1 A; 3Q8N A; 3B1E A; 2VMP A; 4N0W A; 4W91 A; 4WYD A; 1AKC A; 2F8J A; 3ZRP A; 4PVF A; 4RLG A; 3WCO A; 4GEB A; 2X3L A; 5F9S A; 3AEN A; 1M7Y A; 2DGM A; 5E3K A; 4MKJ A; 2VI8 A; 3RI6 A; 2Z61 A; 3ATH A; 3BWN A; 4IXS A; 1UU1 A; 3GR9 A; 2YCP A; 2W8V A; 2BI9 A; 3LVL B; 1B9I A; 3PPL A; 4F5F A; 4LW2 A; 1AHX A; 3EIA A; 1G7W A; 5DX5 A; 4B98 A; 2JJG A; 3A8U X; 4FFC A; 2HUU A; 2EO5 A; 2QB2 A; 2R0T A; 1DKA A; 1N2T A; 4DBC A; 1U08 A; 1BJ4 A; 3NU7 A; 1WYT A; 3E9K A; 4GRX A; 4Y0I A; 4KYO A; 2ZP7 A; 3EZS A; 5I92 A; 2GQN A; 3EI5 A; 2CH2 A; 3H14 A; 3LVM A; 1GBN A; 4ZSW A; 3JW9 A; 1QIR A; 4IXO A; 4ADB A; 3RCH B; 3JU7 A; 4OYT A; 3DYD A; 5EFS A; 1UU0 A; 2VMQ A; 1TOI A; 3CQ5 A; 4WLH A; 1E5F A; 1WKH A; 4P3M A; 1ASD A; 2WK8 A; 1AJR A; 3DC1 A; 2W8W A; 2BIA A; 2R5E A; 2CAN A; 4EU1 A; 2BHX A; 1RV4 A; 3A9Z A; 2AY7 A; 2Z20 A; 2YCN A; 4KAM A; 2AY9 A; 4F4E A; 1VJO A; 2FM1 A; 1AX4 A; 3JWA A; 2W7K A; 2W7M A; 1M0P A; 1QJ5 A; 2BI1 A; 4ZLV A; 1I41 A; 4W8I A; 1QJ3 A; 2C81 A; 4TN4 A; 1AKB A; 2FN6 A; 1LW5 A; 4A0F A; 1TOE A; 1MDX A; 1WYV A; 2VLH A; 3TQX A; 1AHG A; 3FDB A; 3A9Y A; 3LWS A; 4W1V A; 3RBL A; 3EZ1 A; 2QLR A; 4WYE A; 3VK4 A; 1AY8 A; 3HVY A; 4CBR A; 4GE9 A; 1C7G A; 1ECX A; 2VMN A; 2YRI A; 2C7T A; 1S06 A; 5G2P A; 4ADE A; 3W1J A; 1V2E A; 3HLM A; 3FZ7 A; 3OP7 A; 2CY8 A; 4NOG A; 3UE8 A; 1ARH A; 1Y4I A; 1SZS A; 2ZSM A; 4MSO A; 3QBO A; 2HP2 A; 5DJ9 A; 2WKA A; 4L0O A; 1D7U A; 2Q7W A; 4A6R A; 2VGV A; 2AY5 A; 3VOM A; 2AEU A; 4ADC A; 1MAP A; 1QIS A; 2OKK A; 3KKI A; 2PB0 A; 3D6K A; 3MBB A; 3ZRR A; 2AY2 A; 3NNK A; 1CL1 A; 4AO4 A; 1KL1 A; 2QBT A; 1ASG A; 4XJM A; 1ART A; 4JF1 A; 1AIC A; 1M4N A; 4AH3 A; 1PG8 A; 1JS6 A; 2AY8 A; 1SF2 A; 2ORD A; 3FRK A; 3K7Y A; 3BS8 A; 1IX7 A; 2EH6 A; 1SVV A; 1WYU B; 3PD6 A; 3ELE A; 4RIT A; 3PAA A; 4IY7 A; 3FVS A; 1BQA A; 3QN6 A; 4W1W A; 1MLY A; 3TFT A; 4W1X A; 4F5L A; 1O69 A; 2OAT A; 3LY1 A; 4K2I A; 4JEW A; 2HUF A; 2VGT A; 2JJH A; 4UOY A; 5HHY A; 1GC0 A; 1D2F A; 2AEV A; 3F0H A; 5EIG B; 2VIB A; 2FNU A; 3MEB A; 3MC6 C; 1AHF A; 2DGK A; 4U2H A; 4E3R A; 4E77 A; 2VMZ A; 3IHJ A; 4KXK A; 5FT5 A; 4AZJ A; 1GCK A; 5BJ4 A; 1VP4 A; 7AAT A; 4EMY A; 3AEL A; 4XJO A; 2DKB A; 3M5U A; 1TAR A; 1O61 A; 3CQ6 A; 4MQR A; 1XI9 A; 2XH1 A; 3B46 A; 1RVY A; 3RCH A; 1ZOD A; 2BI5 A; 4A72 A; 4ZAH A; 2CB1 A; 4CXQ A; 1MGV A; 1DGD A; 2VGS A; 3GET A; 2VMU A; 2O7C A; 1YNU A; 4WXF A; 4ATQ A; 2OQX A; 3F6T A; 4EB7 A; 1T3I A; 3ISL A; 1ASL A; 4Q76 A; 5HDM A; 3PDB B; 4XAU A; 4LW4 A; 3OKS A; 1LS3 A; 1WKG A; 2W7F A; 1MLZ A; 1G7X A; 3AV7 A; 2VMO A; 3II0 A; 3G0T A; 3MC6 A; 4ZM3 A; 4Q75 A; 5DB5 A; 2HUI A; 1AMR A; 3VAX A; 1J32 A; 3N75 A; 1LC8 A; 4GE4 A; 3DXW A; 3AEJ A; 1C7N A; 2EGY A; 3FTB A; 2VMX A; 3VP6 A; 3EUC A; 3MKJ A; 2BI2 A; 1LW4 A; 1TOK A; 2Z1Z A; 3K40 A; 3NRA A; 2XBN A; 3FQ8 A; 3FDD A; 3I5T A; 3PD6 B; 1OXP A; 3NYS A; 3E6G A; 4JEV A; 5JAY A; 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