The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
128
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Knots found |
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sequence length |
396
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structure length |
385
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Chain Sequence |
SDRTYGFNTQIVHAGQQPDPSTGALSTPIFQTSTFVFDSAEQGAARFYTRLGNPTTDALEKKLAVLERGEAGLATASGISAITTTLLTLCQQGDHIVSASAIYGATHAFLSHSMPKFGINVSFVDAAKPEEIRAAMRPETKVVYIETPANPTLSLVDIETVAGIAHQQGALLVVDNTFMSPYCQQPLQLGADIVVHSVTYINGHGDVIGGIIVGKQEFIDQARFVGLKDITGGMSPFNAWLTLRGVKTLGIRMERHCENALKIARFLEGHPSITRVYYPGLSSHPQYELGQRQMSLPGGIISFEIAGGLEAGRRMINSVELCLLAVSLGDTETLIQHPASMTHSPVAPEERLKAGITDGLIRLSVGLEDPEDIINDLEHAIRKAT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Lyase
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| source organism |
Citrobacter freundii
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| publication title |
Alliin is a suicide substrate of Citrobacter freundii methionine gamma-lyase: structural bases of inactivation of the enzyme.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Methionine gamma-lyase
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| total genus |
128
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| structure length |
385
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| sequence length |
396
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| other databases |
 KnotProt 2.0: K
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| ec nomenclature |
ec
4.4.1.11: Methionine gamma-lyase. |
| pdb deposition date | 2013-09-05 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01053 | Cys_Met_Meta_PP | Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 3-Layer(aba) Sandwich | Aspartate Aminotransferase; domain 2 | Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Aspartate Aminotransferase, domain 1 | Aspartate Aminotransferase, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3LVL B; 2CH2 A; 2D65 A; 4ZSY A; 3TQX A; 1B9H A; 2E54 A; 1ECX A; 3QHX A; 1OXP A; 4A6R A; 2VIB A; 2AY1 A; 1QGN A; 4A0F A; 1LS3 A; 5K8B A; 3HL2 A; 2NMP A; 4E77 A; 4P7Y A; 3FQ7 A; 4ZDL A; 4KYO A; 3JTX A; 1Y4I A; 4RKD A; 4KXK A; 3WZF A; 2HOX A; 4OYT A; 1FG7 A; 2BI3 A; 2FNI A; 1C7N A; 1CZC A; 1AHG A; 3F0H A; 3VK2 A; 1J32 A; 2VGS A; 1CS1 A; 1RV3 A; 5BJ3 A; 1LC8 A; 1AY5 A; 1W7N A; 2DGK A; 3DYD A; 1ASN A; 3NX3 A; 2CAN A; 1RVY A; 4WYD A; 4TN4 A; 3ZRR A; 2DGL A; 2Z9X A; 3OKS A; 3WGB A; 1VEF A; 1GC4 A; 2WK7 A; 4EU1 A; 2G6W A; 2OGA A; 3FDD A; 2CJD A; 1KL1 A; 3FD0 A; 1BJW A; 1SZK A; 4AH3 A; 4WP0 A; 4XJP A; 3PA9 A; 1WYV A; 2YCN A; 5IWQ A; 4GEB A; 3HDO A; 1YNU A; 3FDB A; 3ECD A; 2CB1 A; 5EUD A; 5M4B A; 3MC6 A; 3B46 A; 2VMN A; 2HOR A; 3WLX A; 5G4J A; 4L0O A; 4UOY A; 3DC1 A; 1KMK A; 3ISL A; 2AEV A; 1GC0 A; 1W23 A; 5FT6 A; 4W5K A; 2HP1 A; 3A8U X; 4WD2 A; 1CQ6 A; 3N75 A; 3WGC A; 1V2F A; 3IF2 A; 1AMS A; 2JJG A; 3FKD A; 2W7K A; 1LC7 A; 2W7J A; 1ZC9 A; 3FFH A; 4WLH A; 2D63 A; 5G2Q A; 3AV7 A; 4PFN A; 2JJE A; 1AHF A; 4WBT A; 3RQ1 A; 2Z9V A; 4W1X A; 1AIC A; 1KL2 A; 4LNJ A; 4OC9 A; 3FSL A; 3JZL A; 2DKB A; 5FT4 A; 3AEJ C; 4FFC A; 3BC8 A; 5E4Z A; 2BWP A; 3NYS A; 4Y0D A; 5HDM A; 3AEL A; 4LW2 A; 4J5U A; 1H0C A; 1W3U A; 1V2D A; 2EGY A; 2HZP A; 3MAF B; 1GEX A; 1M0N A; 1S08 A; 5G0A A; 2W7M A; 1X29 A; 4JEY A; 2ZSM A; 1M4N A; 1WKG A; 4P3M A; 3VP6 A; 3KKI A; 1SF2 A; 1DGD A; 1WKH A; 2YKV A; 4RLG A; 4Q75 A; 3QI6 A; 3AEM A; 3FQ8 A; 3E2F A; 4RIZ A; 3BWN A; 4ITG A; 3ASA A; 1AHY A; 1D2F A; 1C9C A; 3L44 A; 4GRX A; 2EH6 A; 1GC2 A; 1ELQ A; 4WYE A; 1P3W A; 3GWP A; 4W1V A; 3W1J A; 1LK9 A; 2XBN A; 2YOB A; 3E2Z A; 1Z7D A; 2WK8 A; 3QM2 A; 5J8Q A; 4CVQ A; 4K2B A; 2YHK A; 1S0A A; 4W1W A; 1ELU A; 4BMK A; 4WB0 A; 3GR9 A; 2VMX A; 1IX6 A; 1YJS A; 2W7F A; 4ATQ A; 3MAU A; 1MAQ A; 2EO5 A; 2X5F A; 4MSO A; 2BI5 A; 2FM1 A; 4IY7 A; 4E3R A; 4Q31 A; 1I43 A; 3R9A A; 3EIB A; 4MKJ A; 1C7G A; 1SVV A; 4OT8 A; 2DGM A; 4LNM A; 3CQ5 A; 1ARH A; 1H1C A; 1TOG A; 3LWS A; 2ZP7 A; 3FQA A; 1BQA A; 1I48 A; 2BWO A; 3E2Y A; 4JF0 A; 5EIG A; 1TPL A; 5EFS A; 1T3I A; 3ZRP A; 1X0M A; 4F5H A; 4XQ2 A; 3GET A; 1MDX A; 5EAA A; 5EUN A; 3EIA A; 2W7L A; 5EQC A; 2VMT A; 1VJO A; 4M2J A; 2W8W A; 4RIT A; 3BN1 A; 1UU1 A; 4JE5 D; 1WYU A; 2VIA A; 2C7T A; 3AEP A; 4LC3 A; 1ASC A; 2V1P A; 4OBV A; 1LC5 A; 4BHD A; 4U1T A; 1AIB A; 4EMY A; 4K2I A; 1ASM A; 3LVK A; 5G2P A; 1IAX A; 1EJI A; 3BCA A; 1AHX A; 1BKG A; 4ZLV A; 1JS3 A; 1YJY A; 5G4I A; 4RJY A; 5I92 A; 2VMZ A; 5G09 A; 2X8U A; 2OGE A; 2Z67 A; 4PFF A; 1UKJ A; 2C44 A; 1I41 A; 2F8J A; 2CIN A; 3P6K A; 4MQP A; 3E9K A; 1DJU A; 3CBF A; 1EG5 A; 1PMM A; 2BKW A; 3PAA A; 4K2M A; 4OTL A; 3ASB A; 3NUB A; 3OP7 A; 2BIG A; 2ZC0 A; 2D61 A; 3A9Z A; 1DTY A; 3AEJ A; 3LVJ A; 3NYT A; 1ART A; 2X3L A; 4IW7 A; 3RUY A; 3AOW A; 1WYT B; 1ARS A; 1B4X A; 1OHY A; 1SZS A; 1OHV A; 2DOU A; 4ATP A; 4F5I A; 3ATH A; 5AX8 A; 1AAM A; 2O1B A; 4CBR A; 2HP2 A; 4AZK A; 2VGZ A; 2HUI A; 2Z20 A; 3FVS A; 3E2Z B; 2R5C A; 4WXF A; 4DQ6 A; 1G4V A; 3A9X A; 1CQ8 A; 5F9S A; 3NDN A; 4R8D A; 5M4D A; 2BIE A; 1TOE A; 1ZOB A; 2CH1 A; 1XEY A; 2ZJG A; 3FTB A; 4ADD A; 4CBS A; 3I4J A; 1B9I A; 1SZU A; 2PB2 A; 2XH1 A; 3E77 A; 8AAT A; 3P1T A; 1IAY A; 4IYO A; 5M46 A; 2YCP A; 1AMR A; 3WCN A; 4DGT A; 4WXB A; 1GEY A; 1MAP A; 4F5J A; 3EZS A; 2X5D A; 4UHO A; 2W7G A; 3ZZJ A; 7AAT A; 2ZSL A; 5HHY A; 4QGR A; 1CL2 A; 1UU0 A; 3KGW A; 4IX8 A; 4WYF A; 3BS8 A; 2CTZ A; 1S09 A; 1DKA A; 4GE4 A; 2JG2 A; 2R2N A; 1MLY A; 3PIU A; 1LW4 A; 1W7L A; 2FN6 A; 1JG8 A; 2AY2 A; 3FRK A; 2ZUK A; 5FT8 A; 4EFF A; 1ZOD A; 1B5P A; 2VGT A; 3VK4 A; 2CY8 A; 4A0R A; 1J04 A; 1RVU A; 2DKJ A; 3USF A; 4GE7 A; 4M2M A; 4LW4 A; 1AJS A; 3NU7 A; 1V72 A; 4HF8 A; 2D66 A; 3COG A; 1GD9 A; 5D95 A; 1CQ7 A; 1OAT A; 2BI2 A; 3AEN B; 3EI8 A; 4R5F A; 2ORD A; 5DX5 A; 1ASB A; 3WCO A; 5D5S A; 4A00 A; 2OKK A; 1BS0 A; 3G0T A; 3Q8N A; 4R2N A; 4MGR A; 1C7O A; 3NUI A; 2YRI A; 1QJ3 A; 1M0O A; 2VMS A; 3MEB A; 1N8P A; 2Z9W A; 1BJO B; 3B8X A; 3ELP A; 2GSA A; 3GZD A; 1YIZ A; 2VGW A; 1QJ5 A; 4U2H A; 4R5Z A; 1JS6 A; 1GCK A; 1O61 A; 2WKA A; 1KKP A; 2Z1Y A; 4JEX A; 4ZWM A; 4O6Z A; 4XJL A; 3MKJ A; 2W8V A; 3UAK A; 5JAY A; 4ZDO A; 1M0P A; 5DJ9 A; 2AY9 A; 2VMV A; 1CZE A; 4IXO A; 4UHM A; 3GJU A; 5E3K A; 3RCH A; 3K40 A; 3BCX A; 3EI7 A; 5LHA A; 4UQV A; 1ASE A; 1AMQ A; 1MGV A; 1TOJ A; 2EPJ A; 2BHX A; 3PGY A; 1ARG A; 4GSA A; 3AOV A; 1DGE A; 1O62 A; 2VI8 A; 3FZ6 A; 4M2K A; 3B1C A; 1E5E A; 2YKY A; 1IUG A; 2QB2 A; 4F5G A; 3RI6 A; 1TAR A; 3QGU A; 1PG8 A; 3WKR A; 4GE9 A; 1ORD A; 4RKC A; 1CJ0 A; 1M7Y A; 1N2T A; 2JGT A; 1LKC A; 3HQT A; 4F5K A; 2W8U A; 1X28 A; 3CQ6 A; 4JEV A; 2AY4 A; 1B8G A; 2DR1 A; 2GB3 A; 1AX4 A; 1D7U A; 1WYV B; 3NRA A; 1AAW A; 4RM1 A; 4ZAH A; 2VMP A; 3D6K A; 4E3Q A; 4XJM A; 1ASA A; 3ZRQ A; 4BA4 A; 1IX8 A; 1FG3 A; 2D5Y A; 4WYG A; 4ADC A; 2R5E A; 1YJZ A; 3W1I A; 2PO3 A; 1YIY A; 3IHJ A; 3H7F A; 3M5U A; 2YRR A; 3LY1 A; 2CFB A; 1BJ4 A; 4PIW A; 4N0W A; 5F8V A; 2E7I A; 3RBL A; 3GZD C; 1DJ9 A; 3MAD A; 1ASL A; 3N0L A; 3E6G A; 1AY4 A; 2VYC A; 3UWC A; 2GMS A; 4IXS A; 1AKA A; 1G7X A; 2VI9 A; 3JW9 A; 1TOI A; 3BWO A; 1TOK A; 2EZ1 A; 3DXW A; 4J8L A; 1C0N A; 4OCA A; 3DOD A; 3PDB A; 1BT4 A; 2GMU A; 3A9Y A; 3GZC A; 1GC3 A; 4ISY A; 2FNU A; 4B9B A; 4ZM4 A; 2HOY A; 1DJE A; 4A6T A; 2QB3 A; 1CL1 A; 3K28 A; 4WXG A; 3WY7 A; 3DR4 A; 4Y0H A; 1ASF A; 2AY8 A; 3FZ8 A; 3G8M A; 1C4K A; 3H14 A; 3RBF A; 4EB5 A; 2CJH A; 2BWN A; 3BB8 A; 1MDZ A; 2QBT A; 2OAT A; 3MAF A; 1D7S A; 1SFF A; 1IJI A; 3RCH B; 4OBU A; 3B1D A; 3II0 A; 1YAA A; 3AEO A; 3WX9 A; 2Q7W A; 2O0R A; 2RFV A; 3DRD A; 3QN6 A; 2QLR A; 1MLZ A; 1B5O A; 2CST A; 3DU4 A; 4WB0 B; 2E7U A; 1TAT A; 5M49 A; 3TCM A; 2W8T A; 3FFR A; 1BQD A; 1QIT A; 3TFU A; 3TFT A; 4WYC A; 1OHW A; 1E5F A; 4HVK A; 1KMJ A; 1IBJ A; 2D64 A; 1ARI A; 1QIR A; 3F9T A; 3LV2 A; 4GDY A; 2C0R A; 2W7I A; 1AKC A; 2VLH A; 1UU2 A; 1Z3Z A; 1O69 A; 3LVM A; 2O7C A; 1AKB A; 2BIA A; 1AJR A; 3JU7 A; 4A0H A; 4EB7 A; 2YKU A; 1BJN A; 5BJ4 A; 1AHE A; 1TAS A; 1XI9 A; 2QMA A; 3KE3 A; 3NNK A; 2W8J A; 4W8I A; 5EIG B; 2HUF A; 3EUC A; 3ELE A; 3B1E A; 4JF1 A; 4RAE A; 1ASD A; 1X2A A; 3GBX A; 3PD6 A; 3WKS A; 2VMQ A; 3BCB A; 2Z61 A; 4B98 A; 1FC4 A; 3NTJ A; 2VGU A; 1GEW A; 1LW5 A; 1WST A; 2E7J A; 2VMU A; 1WYU B; 3UE8 A; 2JJH A; 2OKJ A; 4E1O A; 4FL0 A; 1S06 A; 2ZY5 A; 4XJO A; 3PJ0 A; 3CAI A; 3T32 A; 3I5T A; 1W7M A; 2JJF A; 4XEW A; 1AMA A; 5C6U A; 2JIS A; 2W7D A; 3QBO A; 4MY5 A; 3L8A A; 1BW0 A; 5FT5 A; 3LG0 A; 1IVR A; 4OMA A; 3VOM A; 5EUE A; 4UHN A; 4WYA A; 4JEZ A; 2VMY A; 3K7Y A; 4ZSW A; 1O4S A; 3GSB A; 2QA3 A; 3PDB B; 4W91 A; 4H51 A; 4A6U A; 5DJ1 A; 3EI5 A; 3JWA A; 3R4T A; 4XK1 A; 2HOZ A; 4ZDP A; 3CQ4 A; 3I16 A; 9AAT A; 1GBN A; 3VAX A; 3AAT A; 1SPA A; 2BYL A; 1ASG A; 1G4X A; 1YOO A; 2D7Y A; 2EZ2 A; 2W7H A; 2ZYJ A; 3A2B A; 3VK3 A; 2V0Y A; 3DR7 A; 4Y0I A; 4KAM A; 2AY5 A; 2R5C B; 2WK9 A; 4RJ0 A; 3EI9 A; 4Q6R A; 2Z9U A; 3G7Q A; 4CXQ A; 3HT4 A; 4I8A A; 4BQ0 A; 4F5M A; 3BV0 A; 1WYT A; 4XAU A; 2GQN A; 1VP4 A; 4TV7 A; 3FZ7 A; 3ACZ A; 4ZWV A; 3DXV A; 2HUU A; 3W1H A; 4IYO B; 4BA5 A; 3PPL A; 2YKX A; 2W7E A; 5LH9 A; 1I29 A; 2AY7 A; 1DFO A; 4A72 A; 4ITX A; 1QZ9 A; 3HBX A; 4F5L A; 4DBC A; 1U08 A; 3DZZ A; 5HXX A; 2AY6 A; 4F4E A; 4N0B A; 1QIS A; 3EZ1 A; 2OQX A; 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