The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
101
|
sequence length |
315
|
structure length |
315
|
Chain Sequence |
SSPRDNFEALWRIMDENYCFFAFKDVDWDDVYDRYNLLVKDTMNQYELFDILGKMLAEVKDGHTNLISSFDMSRYWAWYEDYPANFYKEIQDNYLGTDYKIAGGMKYKRLADDQIGYVYYGSFSSGVGENNLDYMFAHFKECKGLIFDVRDNGGGSMLYSDRIASRFLEERILTGYTQYKKGNGHNDFTQPNPVYLSPSDRTRWLRPVIVLTNRHSYSATNDFVNVMRLLPQVTVMGDRTGGGSGLPFSSELPNGWSVRFSACPVLDVNKQHTEFGIDPDTAVAITGEDIMKGRDTIIEAAIGLLLAKGDSAISY
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Crystal structure of a putative peptidase (PARMER_02772) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 2.26 A resolution
rcsb |
| molecule tags |
Hydrolase
|
| source organism |
Parabacteroides merdae
|
| molecule keywords |
putative peptidase
|
| total genus |
101
|
| structure length |
315
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| sequence length |
315
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2013-06-17 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF03572 | Peptidase_S41 | Peptidase family S41 |
| A | PF14684 | Tricorn_C1 | Tricorn protease C1 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Transcription Regulator spoIIAA | Transcription Regulator spoIIAA | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 | 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1K39 A; 4KWB A; 4FNB A; 3TDC A; 4QIJ A; 2J5I I; 1UYV A; 2ZL3 A; 4KD6 A; 3T3W A; 2Q2X A; 2A7S A; 3WG5 A; 2UZF A; 3TVU A; 5ING A; 4OMR A; 3BEZ A; 4RYF H; 5FUS A; 3U9R B; 3KQF A; 3TLF A; 2F9I B; 4L6W A; 3GF3 A; 2VSU A; 3Q1T A; 4JYJ A; 3HLN 1; 1EF8 A; 1Q51 A; 1HZD A; 4JCT A; 2WTB A; 3QYR A; 3H0U A; 4MOU A; 4Z0M A; 3PEA A; 2C8T A; 3V5E A; 1UYR A; 4EMM A; 5JBX A; 2QQ3 A; 2ZQQ A; 3TZ3 A; 4U0H A; 1FC9 A; 3HIN A; 1TG6 A; 3H02 A; 4I52 A; 2VRE A; 4I42 A; 2A81 A; 3QXZ A; 3ISA A; 4LK5 A; 3TRR A; 3QK8 A; 1XNY A; 2VSS A; 3PGQ A; 5MGB A; 4GM2 A; 3G64 A; 2ZL0 A; 4RYF A; 3P2L A; 1O8U A; 4FB8 A; 4JJT A; 3OC7 A; 1DCI A; 3IAV A; 4KNP A; 3T88 A; 4JYL A; 3R9T A; 4RCN A; 3LAO A; 3H0S A; 3DOR A; 3JU1 A; 1FC7 A; 2F9Y A; 4U18 A; 4JCQ A; 3GKB A; 3P5M A; 1Q52 A; 1UIY A; 2FZS A; 4FZW A; 3KTH A; 3T8A A; 2DUB A; 3MOY A; 4ASI A; 5DTW A; 2VSU C; 3RST A; 3OME A; 4HNK A; 3NJB A; 4EML A; 2HW5 A; 2W3P A; 5DU6 A; 3PE8 A; 3T89 A; 4FJW D; 3M6N A; 1OD4 A; 4IZB A; 4ZDF A; 4F47 A; 2VSS F; 5INI A; 3TVW A; 3MYB A; 3K50 A; 2EJ5 A; 3MT6 A; 4MXI A; 4K3W A; 4JCS A; 1PIX A; 3GF7 A; 1XNW A; 1UYS A; 4B3J A; 4ZDE A; 2VX2 A; 3HE2 A; 2IEX A; 5KDR B; 4OLQ A; 2F9Y B; 4QFE A; 1J7X A; 5G1Q A; 1TYF A; 2NP9 A; 3R6H A; 5DL1 A; 3H0J A; 2J5I A; 3TV5 A; 5G1R A; 1NZY A; 5DZK H; 3QXI A; 1MJ3 A; 3DJA A; 4ZDD A; 2ZQR A; 1WDL A; 3ZWB A; 3R0O A; 4FN8 A; 2CBY A; 1N6D A; 5INF A; 1JXZ A; 3QWD A; 4FZW C; 5DU4 A; 3N6R B; 3HP0 A; 4GHN A; 1N6F A; 5DUC A; 5KJP A; 3FF6 A; 2FBM A; 3Q0J A; 1SZO A; 5DU8 A; 5FIF A; 2Q35 A; 2VSU F; 4Q0G A; 3IB9 A; 3KTG A; 3OT6 A; 4IZC A; 3I47 A; 5CTC A; 4JOT A; 1YG8 A; 3HRX A; 2J5I B; 3BPP A; 4HC8 A; 5CTB A; 1FCF A; 3QMJ A; 3ZWA A; 3RRV A; 4B3I A; 2A7K A; 4I4Z A; 4U0G H; 3R9S A; 5E0S H; 3R9Q A; 5DZK A; 4ELW A; 1Y7O A; 4Q1I A; 4B3H A; 3KTJ A; 4ZDC A; 4FN7 A; 4MI2 A; 3Q0G A; 3H0Q A; 1XX4 A; 3Q7H A; 4OG1 A; 1UYT A; 3ZW9 A; 5DKP A; 2FW2 A; 4EMP A; 3PZK A; 3QRE A; 4NNQ A; 3V5I A; 2PBP A; 2DEO A; 4JVT A; 1K32 A; 2Q34 A; 3SLL A; 1PJH A; 1WDK A; 1OD2 A; 1RJN A; 1FC6 A; 3ZW8 A; 5C90 A; 2J5G D; 4K2N A; 3L3S A; 1N6E A; 1VRG A; 2D3T A; 4WYO B; 4JWV A; 3BF0 A; 3M6M A; 2ZL4 A; 4QII A; 3SWX A; 1ON9 A; 2J5G A; 4FND A; 4KPK A; 4K29 A; 4U0G A; 2PG8 A; 5E0S A; 3VIV A; 3KTI A; 4YLH A; 1XO6 A; 3GMA A; 4ELX A; 4WZ8 B; 2CE3 A; 5JBW A; 4DI1 A; 4JFC A; 2F6I A; 1EY3 A; 2GTR A; 1W2X A; 3LKE A; 1EF9 A; 3U9T B; 3H81 A; 3ZWC A; 4JCR A; 1YG6 A; 5C9G A; 1HNO A; 4WCZ A; 1SG4 A; 4JSB A; 2VSU E; 2ZL2 A; 4U19 A; 5DTP A; 5E0N X; 5DUF A; 5IKL B; 2F6Q A; 4IZD A; 4U1A A; 1HNU A; 2X58 A; 1XNV A; 3U9S B; 4ZU2 A; 4ELS A; 4NEK A; 3GLM A; 3K8X A; 3KTK A; 3ST9 A; 2F9I A; 1NZY B; 4L8K A; 3MFM A; 3RSI A; 4G2R A; 5KDR A; 3NJD A; 3IBB A; 2BZR A; 5G1S A; 4ZDB A; 2X24 A; 3T8B A; 1DUB A; 3TT6 A; 1X0U A; 2J5S A; 2VSS E; 3QKA A; 2PPY A; 1WZ8 A; 3TT7 A; 3P85 A; 1WDM A; 1ON3 A; 3FDU A; 3STA A; 1RJM A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1K39 A; 4KWB A; 4FNB A; 3TDC A; 4QIJ A; 5EUW A; 3MGL A; 1WXX A; 2J5I I; 1UYV A; 2ZL3 A; 4KD6 A; 3T3W A; 2Q2X A; 2A7S A; 3WG5 A; 4J2U A; 2UZF A; 3TVU A; 3EH7 A; 5ING A; 4OMR A; 3BEZ A; 4RYF H; 5FUS A; 3U9R B; 3KQF A; 3TLF A; 2F9I B; 4L6W A; 3GF3 A; 3GHF A; 2VSU A; 3Q1T A; 4JYJ A; 3MOG A; 4HDT A; 3HLN 1; 3ZTB A; 1EF8 A; 1Q51 A; 1WXW A; 1HF2 A; 1HZD A; 4JCT A; 2WTB A; 3QYR A; 3H0U A; 4MOU A; 4Z0M A; 3PEA A; 2C8T A; 3V5E A; 1SBO A; 1THN B; 1UYR A; 4EMM A; 5JBX A; 2QQ3 A; 2ZQQ A; 3TZ3 A; 4U0H A; 1FC9 A; 4HIZ A; 3HIN A; 1TG6 A; 3H02 A; 4I52 A; 2VRE A; 4I42 A; 3GK7 A; 2A81 A; 3QXZ A; 3ISA A; 4AE2 A; 4LK5 A; 3TRR A; 4HYL A; 3LLO A; 3QK8 A; 1XNY A; 2VSS A; 3PGQ A; 5MGB A; 4GM2 A; 3G64 A; 2ZL0 A; 2OAS A; 4RYF A; 3P2L A; 1O8U A; 4FB8 A; 4DGF A; 2DXL A; 4JJT A; 3OC7 A; 1DCI A; 3IAV A; 4KNP A; 3T88 A; 4JYL A; 3R9T A; 4RCN A; 3LAO A; 3H0S A; 3F43 A; 3DOR A; 3JU1 A; 1FC7 A; 2F9Y A; 4U18 A; 4JCQ A; 3GKB A; 3P5M A; 1Q52 A; 1UIY A; 2FZS A; 4FZW A; 3KTH A; 3T8A A; 2DUB A; 3MOY A; 4ASI A; 2B78 A; 5DTW A; 2VSU C; 3RST A; 3OME A; 4HNK A; 3NJB A; 4EML A; 2HW5 A; 4JC0 A; 3V97 A; 2W3P A; 5DU6 A; 3PE8 A; 3T89 A; 4FJW D; 3M6N A; 1OD4 A; 4IZB A; 4ZDF A; 3D3U A; 4F47 A; 1VC1 A; 1BUZ A; 2ZO9 B; 2VSS F; 5INI A; 3TVW A; 3MYB A; 2AS0 A; 3K50 A; 2EJ5 A; 3C0K A; 3MT6 A; 4MXI A; 4K3W A; 4JCS A; 1PIX A; 3GF7 A; 2VY9 A; 2KLN A; 1XNW A; 1BPL A; 1UYS A; 4B3J A; 3LDF A; 4XS5 A; 4ZDE A; 2VX2 A; 3HE2 A; 2IEX A; 3IHB A; 5KDR B; 4OLQ A; 1H4Z A; 2F9Y B; 4QFE A; 1J7X A; 5G1Q A; 1TYF A; 2NP9 A; 3R6H A; 5DL1 A; 3H0J A; 2J5I A; 2YJG A; 3TV5 A; 1TIL B; 5G1R A; 1NZY A; 5DZK H; 3T6O A; 3QXI A; 1MJ3 A; 3DJA A; 4ZDD A; 2ZQR A; 1WDL A; 3OIZ A; 3R0O A; 4DGH A; 3ZWB A; 4FN8 A; 2CBY A; 1N6D A; 5INF A; 1JXZ A; 3QWD A; 1H4X A; 4FZW C; 5DU4 A; 1TID B; 3N6R B; 3HP0 A; 4GHN A; 1N6F A; 5DUC A; 5KJP A; 3FF6 A; 2FBM A; 3Q0J A; 1SZO A; 5DU8 A; 5FIF A; 2Q35 A; 2VSU F; 4Q0G A; 2KA5 A; 3IB9 A; 3KTG A; 3OT6 A; 4IZC A; 3I47 A; 1TH8 B; 5EZB A; 5CTC A; 4JOT A; 3GMF A; 1YG8 A; 3HRX A; 1AUZ A; 2J5I B; 3BPP A; 4HC8 A; 5CTB A; 1FCF A; 3IH9 A; 3QMJ A; 3ZWA A; 1V0F A; 3RRV A; 4B3I A; 5EUX A; 2A7K A; 4I4Z A; 4U0G H; 3R9S A; 5E0S H; 3R9Q A; 5DZK A; 4ELW A; 1Y7O A; 4Q1I A; 4B3H A; 3KTJ A; 4ZDC A; 4FN7 A; 4MI2 A; 3Q0G A; 3H0Q A; 1XX4 A; 3Q7H A; 2ZOA A; 3IHA A; 4OG1 A; 1UYT A; 3V8V A; 3ZW9 A; 5DKP A; 3LKL A; 2FW2 A; 4EMP A; 3GVL A; 3PZK A; 3QRE A; 4NNQ A; 3BPT A; 3V5I A; 2PBP A; 2DEO A; 4JVT A; 1K32 A; 2Q34 A; 3SLL A; 1PJH A; 1WDK A; 3ZXN A; 1OD2 A; 1RJN A; 1FC6 A; 3ZW8 A; 5C90 A; 2J5G D; 4K2N A; 3L3S A; 1N6E A; 1VRG A; 2D3T A; 4WYO B; 4JWV A; 3D03 A; 3BF0 A; 2ZL4 A; 3M6M A; 4QII A; 3NY7 A; 3VSE A; 3GVK A; 3SWX A; 1ON9 A; 2J5G A; 4FND A; 4KPK A; 4NAR A; 4K29 A; 1H4Y A; 4U0G A; 5EUU A; 2PG8 A; 5E0S A; 3VIV A; 3KTI A; 4YLH A; 1T6R A; 1XO6 A; 3GMA A; 4ELX A; 4WZ8 B; 2RRL A; 2CE3 A; 5JBW A; 4DI1 A; 3GVJ A; 4JFC A; 2F6I A; 1EY3 A; 2GTR A; 1W2X A; 3LKE A; 1EF9 A; 3U9T B; 3H81 A; 3ZWC A; 4JCR A; 1YG6 A; 5C9G A; 5HUQ A; 1HNO A; 3JU4 A; 4AEJ A; 4WCZ A; 1SG4 A; 4JSB A; 2VSU E; 2ZL2 A; 4U19 A; 5DTP A; 5E0N X; 3QDQ A; 5DUF A; 5IKL B; 2F6Q A; 2CWW A; 4IZD A; 4U1A A; 1HNU A; 2X58 A; 1XNV A; 5EUS A; 3U9S B; 3IF5 A; 4ZU2 A; 4ELS A; 4NEK A; 3AGE A; 3GLM A; 4QTP A; 3OIR A; 3K8X A; 4L1C A; 3KTK A; 3ST9 A; 2F9I A; 1NZY B; 4L8K A; 3MFM A; 3RSI A; 4G2R A; 5KDR A; 3NJD A; 4DMG A; 3IBB A; 2BZR A; 5G1S A; 4ZDB A; 3DUP A; 2X24 A; 3T8B A; 3AGD A; 1DUB A; 3TT6 A; 1X0U A; 2J5S A; 2VSS E; 3QKA A; 3IH8 A; 2PPY A; 1V0E A; 1WZ8 A; 3TT7 A; 2DXN A; 5EUZ A; 3P85 A; 1WDM A; 1ON3 A; 3FDU A; 3STA A; 1RJM A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1K39 A; 4KWB A; 4FNB A; 3TDC A; 4QIJ A; 2J5I I; 1UYV A; 2ZL3 A; 4KD6 A; 3T3W A; 2Q2X A; 2A7S A; 3WG5 A; 4J2U A; 2UZF A; 3TVU A; 5ING A; 4OMR A; 3BEZ A; 4RYF H; 5FUS A; 3U9R B; 3KQF A; 3TLF A; 2F9I B; 4L6W A; 3GF3 A; 3GHF A; 2VSU A; 3Q1T A; 4JYJ A; 3MOG A; 4HDT A; 3HLN 1; 1EF8 A; 1Q51 A; 1HZD A; 4JCT A; 2WTB A; 3QYR A; 3H0U A; 4MOU A; 4Z0M A; 3PEA A; 2C8T A; 3V5E A; 1UYR A; 4EMM A; 5JBX A; 2QQ3 A; 2ZQQ A; 3TZ3 A; 4U0H A; 1FC9 A; 3HIN A; 1TG6 A; 3H02 A; 4I52 A; 2VRE A; 4I42 A; 2A81 A; 3QXZ A; 3ISA A; 4AE2 A; 4LK5 A; 3TRR A; 3QK8 A; 1XNY A; 2VSS A; 3PGQ A; 5MGB A; 4GM2 A; 3G64 A; 2ZL0 A; 4RYF A; 3P2L A; 1O8U A; 4FB8 A; 2DXL A; 4JJT A; 3OC7 A; 1DCI A; 3IAV A; 4KNP A; 3T88 A; 4JYL A; 3R9T A; 4RCN A; 3LAO A; 3H0S A; 3DOR A; 3JU1 A; 1FC7 A; 2F9Y A; 4U18 A; 4JCQ A; 3GKB A; 3P5M A; 1Q52 A; 1UIY A; 2FZS A; 4FZW A; 3KTH A; 3T8A A; 2DUB A; 3MOY A; 4ASI A; 5DTW A; 2VSU C; 3RST A; 3OME A; 4HNK A; 3NJB A; 4EML A; 2HW5 A; 4JC0 A; 2W3P A; 5DU6 A; 3PE8 A; 3T89 A; 4FJW D; 3M6N A; 1OD4 A; 4IZB A; 4ZDF A; 4F47 A; 2VSS F; 2ZO9 B; 5INI A; 3TVW A; 3MYB A; 3K50 A; 2EJ5 A; 3MT6 A; 4MXI A; 4K3W A; 4JCS A; 1PIX A; 3GF7 A; 1XNW A; 1BPL A; 1UYS A; 4B3J A; 4ZDE A; 2VX2 A; 3HE2 A; 2IEX A; 5KDR B; 4OLQ A; 2F9Y B; 4QFE A; 1J7X A; 5G1Q A; 1TYF A; 2NP9 A; 3R6H A; 5DL1 A; 3H0J A; 2J5I A; 2YJG A; 3TV5 A; 5G1R A; 1NZY A; 5DZK H; 3QXI A; 1MJ3 A; 3DJA A; 4ZDD A; 2ZQR A; 1WDL A; 3ZWB A; 3R0O A; 4FN8 A; 2CBY A; 1N6D A; 5INF A; 1JXZ A; 3QWD A; 4FZW C; 5DU4 A; 3N6R B; 3HP0 A; 4GHN A; 1N6F A; 5DUC A; 5KJP A; 3FF6 A; 2FBM A; 3Q0J A; 1SZO A; 5DU8 A; 5FIF A; 2Q35 A; 2VSU F; 4Q0G A; 3IB9 A; 3KTG A; 3OT6 A; 4IZC A; 3I47 A; 5CTC A; 4JOT A; 3GMF A; 1YG8 A; 3HRX A; 2J5I B; 3BPP A; 4HC8 A; 5CTB A; 1FCF A; 3QMJ A; 3ZWA A; 3RRV A; 4B3I A; 2A7K A; 4I4Z A; 4U0G H; 3R9S A; 5E0S H; 3R9Q A; 5DZK A; 4ELW A; 1Y7O A; 4Q1I A; 4B3H A; 3KTJ A; 4ZDC A; 4FN7 A; 4MI2 A; 3Q0G A; 3H0Q A; 1XX4 A; 3Q7H A; 2ZOA A; 4OG1 A; 1UYT A; 3ZW9 A; 5DKP A; 2FW2 A; 4EMP A; 3PZK A; 3QRE A; 4NNQ A; 3BPT A; 3V5I A; 2PBP A; 2DEO A; 4JVT A; 1K32 A; 2Q34 A; 3SLL A; 1PJH A; 1WDK A; 1OD2 A; 1RJN A; 1FC6 A; 3ZW8 A; 5C90 A; 2J5G D; 4K2N A; 3L3S A; 1N6E A; 1VRG A; 2D3T A; 4WYO B; 4JWV A; 3D03 A; 3BF0 A; 2ZL4 A; 3M6M A; 4QII A; 3SWX A; 1ON9 A; 2J5G A; 4FND A; 4KPK A; 4NAR A; 4K29 A; 4U0G A; 2PG8 A; 5E0S A; 3VIV A; 3KTI A; 4YLH A; 1XO6 A; 3GMA A; 4ELX A; 4WZ8 B; 2RRL A; 2CE3 A; 5JBW A; 4DI1 A; 4JFC A; 2F6I A; 1EY3 A; 2GTR A; 1W2X A; 3LKE A; 1EF9 A; 3U9T B; 3H81 A; 3ZWC A; 4JCR A; 1YG6 A; 5C9G A; 5HUQ A; 1HNO A; 4AEJ A; 4WCZ A; 1SG4 A; 4JSB A; 2VSU E; 2ZL2 A; 4U19 A; 5DTP A; 5E0N X; 5DUF A; 5IKL B; 2F6Q A; 4IZD A; 4U1A A; 1HNU A; 2X58 A; 1XNV A; 3U9S B; 4ZU2 A; 4ELS A; 4NEK A; 3GLM A; 3K8X A; 4L1C A; 3KTK A; 3ST9 A; 2F9I A; 1NZY B; 4L8K A; 3MFM A; 3RSI A; 4G2R A; 5KDR A; 3NJD A; 3IBB A; 2BZR A; 5G1S A; 4ZDB A; 3DUP A; 2X24 A; 3T8B A; 1DUB A; 3TT6 A; 1X0U A; 2J5S A; 2VSS E; 3QKA A; 2PPY A; 1WZ8 A; 3TT7 A; 2DXN A; 3P85 A; 1WDM A; 1ON3 A; 3FDU A; 3STA A; 1RJM A;
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