The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
41
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sequence length |
156
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structure length |
156
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Chain Sequence |
MIQSQINRNIRLDLADAILLSKAKKDLSFAEIADGTGLAEAFVTAALLGQQALPADAARLVGAKLDLDEDSILLLQMIPLRGCIDDRIPTDPTMYRFYEMLQVYGTTLKALVHEKFGDGIISAINFKLDVKKVADPEGGERAVITLDGKYGPTKPF
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
A Twin Set of Low Pka Arginines Ensures the Concerted Acid Base Catalytic Mechanism of Cyanase
rcsb |
| molecule keywords |
CYANATE LYASE
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| molecule tags |
Lyase
|
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
41
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| structure length |
156
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| sequence length |
156
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F, G, H, I, J
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| ec nomenclature |
ec
4.2.1.104: Cyanase. |
| pdb deposition date | 2006-06-13 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF02560 | Cyanate_lyase | Cyanate lyase C-terminal domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains | ||
| Alpha Beta | 2-Layer Sandwich | Cyanate Lyase; Chain: A, domain 2 | Cyanate lyase, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1DW9 A; 5A7L A; 3GN5 A; 1ZZ7 A; 3BD1 A; 2AWI A; 1X2L A; 1ZVV A; 2LCV A; 3F6W A; 2WIU B; 2GZU A; 3OQM A; 4Y42 A; 3LIS A; 1ZS4 A; 1BDH A; 3R1F A; 3QF3 A; 1RIO A; 1PNR A; 2PPX A; 3SCH A; 4J1W A; 2LYP A; 4Z5D A; 1S7E A; 4JQD A; 1LMB 3; 3FYM A; 2AW6 A; 3UFD A; 4X4G A; 2WUS R; 4F8D A; 1QP0 A; 2JCG A; 2AUW A; 3OQO A; 2PUB A; 1X57 A; 2OFY A; 2AXV A; 4I6T A; 4YG4 A; 1QPZ A; 4OB4 A; 2EF8 A; 4JCX A; 1ADR A; 1OSL A; 2BNN A; 3VK0 A; 2GRL A; 1Y9Q A; 1O4X A; 1E3O C; 4YG7 B; 4PU3 C; 3HZI B; 3FYA A; 2PUA A; 1RPE L; 1JH9 A; 1PRV A; 3OMT A; 4I6U A; 3CLC A; 1Y7Y A; 1AU7 A; 1ZZB A; 4X4E A; 2PUE A; 2EBY A; 2LYS A; 3ZHI A; 1R63 A; 4GHJ A; 1SQ8 A; 1YSE A; 4FBI A; 1PER L; 2JVL A; 3GN5 B; 4IA8 A; 1JFT A; 3DNV B; 3QYX A; 2KEK A; 1QQB A; 2D5V A; 2KEJ A; 2LYJ A; 1WIZ A; 1R69 A; 2IVG A; 2B5A A; 1LCC A; 1PRU A; 4JCY A; 1ZPQ A; 3ZHM A; 2XI8 A; 3IVP A; 3ZKC A; 1UXC A; 1WH8 A; 1JWL A; 2LYQ A; 3RZZ A; 2BNO A; 1LCD A; 1DWK A; 1ZZ6 A; 2MEZ A; 4PU4 C; 2R63 A; 1BDI A; 4MCX A; 1UTX A; 1ZUG A; 2BNM A; 4Z59 A; 4Z5C A; 2CSF A; 4PU7 A; 4X4C A; 3GBF A; 3PXP A; 3S8Q A; 3CEC A; 1OCT C; 1RZS A; 1ZZC A; 4YBA A; 1NEQ A; 2IU7 A; 4I8T A; 4Z58 A; 1WET A; 2PUC A; 1L1M A; 4NDW A; 1NER A; 1WH6 A; 1RZR D; 2LYK A; 3KJX A; 2L49 A; 4GQM A; 3F52 A; 1HF0 A; 2LYL A; 4X4I A; 3D1N I; 2KPJ A; 2XCJ A; 4I6R A; 2XIU A; 4PU8 A; 5K98 B; 4X4F A; 3SCF A; 1RZR A; 1IC8 A; 1CQT A; 4MCT A; 2PUD A; 2PIJ A; 4X4D A; 2BJC A; 1JFS A; 2GRM A; 2CRO A; 2PE5 A; 1LLI A; 3QQ6 A; 1QP7 A; 3QWG A; 3TRB A; 2L8N A; 4YG1 A; 2EWT A; 3SCG A; 2KEI A; 1B0N A; 3BDN A; 2HSG A; 2AXU A; 1XWR A; 3G5G A; 3OP9 A; 1PRA A; 2ICT A; 3O9X A; 2MQK A; 1VPW A; 1ZAY A; 2PUF A; 2IVB A; 3G7D A; 4X4H A; 2XJ3 A; 3JXC L; 3JXB C; 2AXZ A; 3EUS A; 1QP4 A; 2O4A A; 1QQA A; 2R1J L; 1EFA A; 1ZZ8 A; 3OQN A; 1ZZ9 A; 4O8B A; 2IV1 A; 2H8R A; 1GT0 C; 3KZ3 A; 3L1P A; 3BS3 A; 3JXD L; 1LQC A; 2LYR A; 2XSD C; 4YAR A; 3MLF A; 3KXA A; 4IVZ A; 2O38 A; 2KZ8 A; 2HIN A; 2IUO A; 3LFP A; 4X4B A; 4Z5H A; 4IWR A; 3U3W A; 2OR1 L; 1UXD A; 3H5T A; 3CRO L; 2O49 A; 2PUG A; 2A6C A; 2FJR A; 3FMY A; 2ICP A; 3F51 A; 4FN3 A; 3B7H A; 2IVQ A; 1CJG A; 1POU A; 4J1X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5A7L A; 1U2Z A; 1MFQ C; 2WIU B; 1BDH A; 3R1F A; 1RIO A; 2PXT A; 5JUW A; 3LQX A; 1S7E A; 2PXQ A; 1QP0 A; 2JCG A; 2PUB A; 3MEJ A; 1QPZ A; 3M9L A; 3HZI B; 2PUA A; 3GZD C; 1JH9 A; 3TEP A; 4I6U A; 1Y7Y A; 2PUE A; 2EBY A; 2LYS A; 3QYX A; 1LCC A; 1PRU A; 3A9Z A; 3ZKC A; 1UXC A; 1HQ1 A; 2BNO A; 2MEZ A; 1BDI A; 4MCX A; 1QZX A; 4Z59 A; 2CSF A; 3GBF A; 1NW3 A; 3S8Q A; 4ER6 A; 4YBA A; 4WVL A; 4I8T A; 4GQM A; 1HF0 A; 2M4H A; 4ER0 A; 4I6R A; 1RZR A; 4X4F A; 3SCF A; 1JFS A; 2GRM A; 2CRO A; 1QP7 A; 2HSG A; 1XWR A; 3OP9 A; 5DTQ A; 2IVB A; 1QP4 A; 2O4A A; 3QOW A; 2MXD A; 3EUS A; 4EKG A; 2H8R A; 1GT0 C; 3BS3 A; 3G0T A; 2LYR A; 4YAR A; 2O38 A; 2HIN A; 3H5T A; 3F51 A; 3B7H A; 1DW9 A; 2V3C C; 1ZZ7 A; 3BD1 A; 2AWI A; 3TEL A; 3OQM A; 3F6W A; 2GZU A; 1ZS4 A; 3QF3 A; 1PNR A; 4J1W A; 3GZC A; 2XXP A; 3UFD A; 2PXV A; 2AUW A; 3OQO A; 2OFY A; 5GAG i; 2AXV A; 1ADR A; 1Y9Q A; 4YG7 B; 1RPE L; 4ER7 A; 3CLC A; 4X4E A; 4GHJ A; 4FBI A; 2JVL A; 3GN5 B; 1JFT A; 2KEK A; 1JWL A; 3GZD A; 3RZZ A; 3R09 A; 4Q2J A; 3NDB B; 3OWQ A; 1ZUG A; 3PXP A; 2JQE A; 3SX0 A; 1RZS A; 1ZZC A; 4Z58 A; 1L1M A; 1RZR D; 3OKZ A; 4X4I A; 2KPJ A; 5K98 B; 4EZI A; 3QWG A; 2HFZ A; 3TRB A; 2KEI A; 3SCG A; 4ER5 A; 3O9X A; 3JXB C; 5DSX A; 3OQN A; 1ZZ9 A; 4DE9 A; 3PE5 A; 3KL4 A; 3JXD L; 2PXD A; 1LQC A; 2PXU A; 2KZ8 A; 4Z5H A; 3NRO A; 1UXD A; 2FJR A; 3FMY A; 3VWS A; 1X2L A; 1ZVV A; 1DUL A; 3LIS A; 3SCH A; 4JQD A; 4OBM A; 3A9X A; 3FYM A; 4X4G A; 2WUS R; 4F8D A; 2PXK A; 1X57 A; 4I6T A; 4OB4 A; 4JCX A; 2BNN A; 2GRL A; 1E3O C; 2J7W A; 3FYA A; 3DM5 A; 1PRV A; 1QB2 A; 1AU7 A; 1R63 A; 1SQ8 A; 1PER L; 4IA8 A; 1WIZ A; 1R69 A; 2B5A A; 3SR4 A; 3ZHM A; 2XI8 A; 1WH8 A; 5DTM A; 1DWK A; 4PU4 C; 2PXE A; 2R63 A; 2BNM A; 1OCT C; 2IU7 A; 1WET A; 5GAH i; 2LYK A; 3KJX A; 3F52 A; 2LYL A; 2LNM A; 3ZPX A; 2XCJ A; 1CQT A; 3TFL A; 2PIJ A; 2FFH A; 4X4D A; 2BJC A; 2PE5 A; 2PXP A; 3QQ6 A; 3BDN A; 4YG1 A; 2LLV A; 2AXU A; 2L1P A; 3G5G A; 2ICT A; 1ZAY A; 1VPW A; 2XJ3 A; 3JXC L; 1QQA A; 4ER3 A; 4O8B A; 2IV1 A; 3L1P A; 2YBD A; 2HCN A; 2PXB A; 3U3W A; 2ICP A; 4FN3 A; 3ME5 A; 2IVQ A; 1CJG A; 1POU A; 4J1X A; 3A9Y A; 5DT2 A; 3GN5 A; 2LCV A; 2HCS A; 4Y42 A; 4EKI A; 2PPX A; 2XXA A; 4Z5D A; 2LYP A; 4HRA A; 1LMB 3; 2AW6 A; 4YG4 A; 2EF8 A; 1OSL A; 3VK0 A; 5DRY A; 2PXF A; 1O4X A; 4PU3 C; 3OMT A; 5DRT A; 1ZZB A; 3ZHI A; 1YSE A; 4EQZ A; 4DE8 A; 3DNV B; 1QQB A; 2D5V A; 2KEJ A; 2LYJ A; 2IVG A; 4JCY A; 1ZPQ A; 3IVP A; 3NZL A; 2LYQ A; 1LCD A; 1ZZ6 A; 1UTX A; 3UWP A; 2PXL A; 4Z5C A; 4PU7 A; 4X4C A; 5DTR A; 3CEC A; 2XXQ A; 1NEQ A; 2ODR D; 2PUC A; 4NDW A; 1NER A; 1WH6 A; 2L49 A; 3D1N I; 2XIU A; 3QOX A; 4PU8 A; 1IC8 A; 4MCT A; 2PUD A; 1LLI A; 3GUU A; 2L8N A; 2EWT A; 1B0N A; 2VEO A; 1PRA A; 2MQK A; 2PUF A; 3G7D A; 4X4H A; 2AXZ A; 2R1J L; 1EFA A; 1ZZ8 A; 2PUG A; 3KZ3 A; 3QFI A; 2XSD C; 3MLF A; 3KXA A; 4IVZ A; 4X4B A; 2IUO A; 3LFP A; 2J7U A; 4IWR A; 2OR1 L; 3CRO L; 2LLW A; 2O49 A; 2A6C A; 4EK9 A; 3NXH A; #chains in the Genus database with same CATH homology 1DW9 A; 5A7L A; 3GN5 A; 1ZZ7 A; 3BD1 A; 2AWI A; 1X2L A; 1ZVV A; 2LCV A; 3F6W A; 2WIU B; 2GZU A; 3OQM A; 4Y42 A; 3LIS A; 1ZS4 A; 1BDH A; 3R1F A; 3QF3 A; 1RIO A; 1PNR A; 2PPX A; 3SCH A; 4J1W A; 2LYP A; 4Z5D A; 1S7E A; 4JQD A; 1LMB 3; 3FYM A; 2AW6 A; 3UFD A; 4X4G A; 2WUS R; 4F8D A; 1QP0 A; 2JCG A; 2AUW A; 3OQO A; 2PUB A; 1X57 A; 2OFY A; 2AXV A; 4I6T A; 4YG4 A; 1QPZ A; 4OB4 A; 2EF8 A; 4JCX A; 1ADR A; 1OSL A; 2BNN A; 3VK0 A; 2GRL A; 1Y9Q A; 1O4X A; 1E3O C; 4YG7 B; 4PU3 C; 3HZI B; 3FYA A; 2PUA A; 1RPE L; 1JH9 A; 1PRV A; 3OMT A; 4I6U A; 3CLC A; 1Y7Y A; 1AU7 A; 1ZZB A; 4X4E A; 2PUE A; 2EBY A; 2LYS A; 3ZHI A; 1R63 A; 4GHJ A; 1SQ8 A; 1YSE A; 4FBI A; 1PER L; 2JVL A; 3GN5 B; 4IA8 A; 1JFT A; 3DNV B; 3QYX A; 2KEK A; 1QQB A; 2D5V A; 2KEJ A; 2LYJ A; 1WIZ A; 1R69 A; 2IVG A; 2B5A A; 1LCC A; 1PRU A; 4JCY A; 1ZPQ A; 3ZHM A; 2XI8 A; 3IVP A; 3ZKC A; 1UXC A; 1WH8 A; 1JWL A; 2LYQ A; 3RZZ A; 2BNO A; 1LCD A; 1DWK A; 1ZZ6 A; 2MEZ A; 4PU4 C; 2R63 A; 1BDI A; 4MCX A; 1UTX A; 1ZUG A; 2BNM A; 4Z59 A; 4Z5C A; 2CSF A; 4PU7 A; 4X4C A; 3GBF A; 3PXP A; 3S8Q A; 3CEC A; 1OCT C; 1RZS A; 1ZZC A; 4YBA A; 1NEQ A; 2IU7 A; 4I8T A; 4Z58 A; 1WET A; 2PUC A; 1L1M A; 4NDW A; 1NER A; 1WH6 A; 1RZR D; 2LYK A; 3KJX A; 2L49 A; 4GQM A; 3F52 A; 1HF0 A; 2LYL A; 4X4I A; 3D1N I; 2KPJ A; 2XCJ A; 4I6R A; 2XIU A; 4PU8 A; 5K98 B; 4X4F A; 3SCF A; 1RZR A; 1IC8 A; 1CQT A; 4MCT A; 2PUD A; 2PIJ A; 4X4D A; 2BJC A; 1JFS A; 2GRM A; 2CRO A; 2PE5 A; 1LLI A; 3QQ6 A; 1QP7 A; 3QWG A; 3TRB A; 2L8N A; 4YG1 A; 2EWT A; 3SCG A; 2KEI A; 1B0N A; 3BDN A; 2HSG A; 2AXU A; 1XWR A; 3G5G A; 3OP9 A; 1PRA A; 2ICT A; 3O9X A; 2MQK A; 1VPW A; 1ZAY A; 2PUF A; 2IVB A; 3G7D A; 4X4H A; 2XJ3 A; 3JXC L; 3JXB C; 2AXZ A; 3EUS A; 1QP4 A; 2O4A A; 1QQA A; 2R1J L; 1EFA A; 1ZZ8 A; 3OQN A; 1ZZ9 A; 4O8B A; 2IV1 A; 2H8R A; 1GT0 C; 3KZ3 A; 3L1P A; 3BS3 A; 3JXD L; 1LQC A; 2LYR A; 2XSD C; 4YAR A; 3MLF A; 3KXA A; 4IVZ A; 2O38 A; 2KZ8 A; 2HIN A; 2IUO A; 3LFP A; 4X4B A; 4Z5H A; 4IWR A; 3U3W A; 2OR1 L; 1UXD A; 3H5T A; 3CRO L; 2O49 A; 2PUG A; 2A6C A; 2FJR A; 3FMY A; 2ICP A; 3F51 A; 4FN3 A; 3B7H A; 2IVQ A; 1CJG A; 1POU A; 4J1X A;
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