1CQT | Genus

Total Genus 36

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	36
sequence length	159
structure length	134
Chain Sequence	EPSDLEELEQFAKTFKQRRIKLGFTQGDVGLAMGKLYGNDFSQTTISRFEALNLSFKNMCKLKPLLEKWLNDAERKKRTSIETNIRVALEKSFLENQKPTSEEITMIADQLNMEKEVIRVWFCNRRQKEKRINP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of an OCA-B peptide bound to an Oct-1 POU domain/octamer DNA complex: specific recognition of a protein-DNA interface. pubmed doi rcsb
molecule keywords	DNA (5'-D(TPGPTPAPTPGPCPAPAPAPTPAPAPGP*G)-3')
molecule tags	Gene regulation/dna
source organism	Homo sapiens
total genus	36
structure length	134
sequence length	159
chains with identical sequence	B
ec nomenclature
pdb deposition date	1999-08-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00046	Homeodomain	Homeodomain
A	PF00157	Pou	Pou domain - N-terminal to homeobox domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
1.10.10.60	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	Arc Repressor Mutant, subunit A	Homeodomain-like	1cqtA02
1.10.260.40	Mainly Alpha	Orthogonal Bundle	434 Repressor (Amino-terminal Domain)	lambda repressor-like DNA-binding domains	1cqtA01

1ZVVA 3R1FA 2LK2A 4AC0A 1ETVA 1ZZ6A 2BJCA 2MW8A 1ZZ8A 1WPKA 1PRVA 4IVZA 4YARA 9ANTA 5F08A 1H8AC 2ID3A 2WIUB 3SCHA 2LP0A 1JKRC 4I6RA 1JGGA 4D7NA 2DMPA 3S2DJ 3S2HJ 4A3JJ 3S8QA 2R5ZB 2JA6J 1E3OC 1FTZA 4X4GA 1W0TA 1IDZA 1ENHA 1MBGA 2EF8A 2E1OA 2GRMA 1T33A 4IWRA 2LYSA 5IOZA 5IYBJ 3OSFA 4S0HB 1LE8A 1PUFB 1JT0A 1HDDC 1NTCA 2R5YA 2NS7A 3H5TA 5K7ZA 1H89C 4A69C 1U8BA 4D5FA 5M3MJ 3BD1A 3DCFA 2DMTA 4M3GA 2HSGA 1WI3A 3A03A 4B3AA 4BKXA 4DW6A 1O4XA 3C2BA 2XI8A 1LLIA 3BQYA 4M6VA 3L1PA 1OCPA 1L1MA 1OCTC 2CSFA 1X57A 3S17J 2PUCA 4Y42A 1QVTA 4Y52J 3RZZA 1QP4A 3SDGA 5EEAA 1UXDA 4QSHA 2I10A 2QF7A 4W97A 1JJ6C 1EFAA 2DA1A 2HI3A 1F43A 1RESA 1GDTA 3HOVJ 4Z5DA 3G7DA 3JXCL 3FMYA 2JJ7A 1BDHA 2XB0X 2RAEA 1AKHB 1ITYA 2FQ4A 2LR8A 2XCJA 2EZLA 1QVUA 5EYRA 1MBJA 5GPAA 3A01A 3BTLA 1B72B 1Y1WJ 3QWGA 1MBFA 3QQ6A 4XICA 2LYRA 5EGOB 4A3DJ 3VK0A 2EZKA 2M34A 3Q0VA 2LYKA 1IUFA 4BBSJ 2ID6A 1H88C 4V2GA 1DWKA 2GRLA 2R92J 2IAIA 2K9SA 3G1MA 3JRDA 4MCTA 5IYCJ 2XJ3A 1NEQA 1SANA 4RDUA 3HOWJ 2ELKA 3IH2A 2JA5J 1AHDP 3LSJA 1QPIA 4IHXA 1I6HJ 3DNVB 2O7OA 2KZ8A 2VPRA 1PERL 5K7HA 2HQ5A 5IPAA 1ZZBA 2YS9A 4NDWA 5F27A 2AXZA 1JUSA 3MVPA 2L9RA 3ZOBA 2YU9J 5EG0B 3HGYA 2JCGA 3HB9A 3EUSA 4X4IA 3BR5A 2Y9YA 1T56A 4M3FA 5DTDA 5EDNA 5C4JJ 3LSRA 4PU3C 2HXIA 2L7ZA 3D1NI 5FKOA 1XS9A 2PIJA 3PO2J 1FTTA 3G1LA 2ME6A 2AHQA 2HXOA 2EH3A 4A3EJ 5F1JA 2B63J 4XK4A 2MEZA 4BBRJ 1R9TJ 4X4BA 4UUSB 2AW6A 2XPUA 4JX5A 1ZUGA 3OQOA 4FE7A 4XRSG 2CQXA 3MKLA 3ZHMA 5K98B 3ZQCA 4MCXA 2HOSA 1Y1VJ 3O8HA 2PUDA 4IHWA 2KT0A 1ZKGA 2LYQA 3IV5A 4DYCA 1JKOC 1IJWC 3JRCA 1TWHJ 2ME0A 4M3DA 3TW6A 2EQRA 2H8RA 1WGXA 2AO9A 2CU7A 1JH9A 1FIPA 3GBFA 2KEJA 2TRTA 3GTLJ 1VNDA 3GBGA 4DYRA 2ECCA 3SCGA 1LE8B 1GV2A 5M3FJ 2M8GX 3Q0UA 1HDPA 1G2HA 3JRGA 5JLXA 3H3VK 3QQAA 2H1KA 3TP3A 4YG4A 4C2MJ 3LFPA 1U9NA 4YG7B 1TWGJ 4JX4A 1VI0A 5F0CA 3GTKJ 1SQ8A 1XG1A 2M0CA 2LYLA 1JFSA 2O8KA 1P7JA 3S16J 2G0EA 1GT0C 1YRNA 2HINA 2LD5A 4J1XA 4QTRA 4A3BJ 4Z5CA 2P81A 2ZB9A 3JR9A 2CRGA 3GTQJ 1XWRA 1ETQA 4ABZA 1SFOJ 2Y9ZA 5EZGA 3LSPA 4J1WA 1UG2A 5J3LA 3OSGA 3NARA 4G12A 3HOXJ 2XGEA 5FLVA 4IA8A 2LCVA 2NVQJ 1LFBA 3OIOA 2CROA 3PM1A 1K83J 2ECBA 2X48A 3QPLA 2L7FP 2YUSA 1APLC 4X6AJ 2KEKA 4YG1A 2DA4A 2XPWA 3B6AA 2GLOA 2PUGA 4JYKA 2JVLA 5A7LA 2XSDC 4YBAA 5FKKA 3VPRA 1FJLA 3QPSA 3WHCA 3HDDA 1X2LA 3FK7A 2BNOA 2HYJA 3I4NJ 3W6VA 4D7MA 1WETA 4MFEA 4V2FA 1RETA 5FKLA 1WIZA 1MBKA 2EWTA 1P7IA 4M3BA 1LMB3 3HZIB 1GV5A 5J1RA 2L49A 2A6CA 1PNRA 3FIWA 1ZZ9A 4MLOA 1OFCX 2XB5A 3BR1A 3MN2A 2JA8J 1Z77A 3JRAA 2MGQA 4XRSA 2JK3A 2PUAA 3LSGA 5IP9J 2IBDA 1NK2P 1YSEA 4UUTA 4JCYA 4O8BA 1VFCA 3E7LA 3OOUA 2JN6A 3K7AJ 4A3FJ 1TWCJ 3HBLA 2HOAA 2AWIA 3TP0A 1QQBA 1VPWA 1BA5A 2JA7J 1ETYA 2XRLA 5F0FA 3S15J 4MO7A 4C3JJ 3O9XA 1DU0A 3SJMA 4I6UA 3TRBA 4Z5HA 1TWFJ 3GN5A 2DMUA 3Q3SA 3JREA 4I6ZA 2EBYA 1MNMC 3KJXA 4FISA 4I76A 4A3CJ 4D5CA 1UTXA 3CECA 2IU7A 2VKEA 3BDNA 3FISA 2LLKA 3H0GJ 3UKGA 3JXBC 3NAUA 1ZS4A 3CROL 1I3QJ 1Y9QA 2FJRA 3ZHIA 1BW5A 1RPEL 2IEKA 3IH4A 2PUBA 2PPXA 1MH4A 1PUFA 1UHSA 2COBA 1CQTA 2PUFA 3BTCA 2OFYA 3M3YJ 1JTYA 2X6OA 4X4CA 1TWAJ 2L0KA 1CJGA 1ZTRA 2DA6A 2IVGA 4IHVA 5E3MA 1DW9A 5BNGA 1R69A 2GBYA 1LCDA 2DMNA 3GTMJ 1Q1VA 4Z59A 4X4HA 4I6TA 1RZSA 3F52A 2D5VA 2CJJA 2TCTA 4IEJA 2MG4A 1ETWA 1BDIA 4DZPA 3SFIA 3HOYJ 2KEIA 1MH3A 4GQMA 5GPCA 4A3IJ 1JKPC 2Y2ZA 2PE5A 1LCCA 3K2AA 3BQZA 2K9NA 3OQMA 3JRFA 3KZ3A 3OMTA 4PU4C 4C3HJ 1YRNB 1S7EA 4J19A 4X1EA 1GVDA 1RKTA 1W0UA 3ZQHA 5IP7J 2L8NA 5DS9A 3LOCA 1B72A 2M2EA 3S1RJ 4F8DA 1ZZ7A 4A3KJ 2LVSA 3HOZJ 2XGDA 1RZRD 1PRUA 2DA2A 3PO3J 2DN0A 1QQAA 3I4MJ 2R0QC 2DA5A 4CYCA 1R63A 1QP7A 2R5YB 5IOYA 1B8IA 2LKXA 1AU7A 1HOMA 3SCFA 1RKWA 2DJNA 3GTJJ 1A5JA 2LYJA 4HNVA 1FIAA 3BR2A 2VI6A 5J1YA 2AUWA 3RZDJ 3LISA 2LTPA 3GTGJ 1JWLA 3F51A 4FTHA 4LOCA 5E3OA 1OSLA 5EF6A 4EEFG 2O49A 1ZPQA 1ETOA 2MSYA 2X9DA 3HOUJ 1WH6A 3FYAA 3ZQGA 2HOTA 2BNMA 2OPTA 4FE4A 2M9HA 1NK3P 3B6CA 2JWTA 4BXXJ 3WHBA 3DEWA 2KDZA 1IRZA 2K40A 5GP9A 3IVPA 2AXUA 4GFBA 1EF4A 3LNQA 3BTIA 1ETKA 1WH5A 2N8GA 2ICPA 2MQKA 4I8TA 4X4DA 2Y0SN 3ZQIA 3CCYA 2O9LA 4JCXA 1BW6A 1ETXA 1NERA 2KPJA 3FYMA 3O8GA 2R63A 3A01B 1RIOA 2WUSR 5C3EJ 2OR1L 1PRAA 3S1NJ 4DYQA 5HODA 2E2HJ 4IHYA 3MLFA 5M5XJ 4MIMA 3FKIJ 4QIWN 4FCYA 3GN5B 3HM5A 1JFTA 3HEFA 1JT6A 1WH7A 1U78A 2LFBA 1MSFC 4DZJA 5FKNA 2Y30A 3BG9A 3CDLA 4JX6A 1IG7A 4M3EA 1UXCA 1POUA 1FEXA 2CUFA 2WAQN 4GHJA 5C44J 1MBEA 1MSEC 3TEDA 3G1OA 3QYXA 2PUEA 2E19A 1GUUA 4A93J 1X2MA 4BY7J 2EZHA 1I50J 3BTJA 1QP0A 2ICTA 4Z58A 4B4CA 5FLMJ 2R7ZJ 3B7HA 1Z0XA 1HF0A 1B0NA 4JP0A 2NS8A 1TC3C 2IVBA 2GM4A 2E2IJ 2R5ZA 1ZK8A 2QCOA 3S1MJ 2LYPA 2DMQA 4BY1J 1ZGWA 5JLWA 3JRHA 1ZAYA 2JMWA 1IGNA 5C4XJ 1Y7YA 1HLVA 3F6WA 5IP6A 3IH3A 1QPZA 1WH8A 2NVXJ 2DTZA 2DA7A 4W1UA 1LFUP 2XPVA 5E3NA 2XGCA 2AXVA 3BR0A 3ZQFA 3TW7A 4FN3A 2EBIA 3JRBA 2E2JJ 2K9QA 4RBOA 3OQNA 2XIUA 1JKQC 4CYCB 5EZHA 1B8IB 1ZR4A 1WCMJ 3S14J 1UMQA 1BL0A 4OB4A 4PU7A 2B5AA 2LY9A 1JTXA 1POGA 4B1RA 5FJ8J 3GTOJ 3RKQA 4C3IJ 3ZKCA 1IDYA 1DU6A 1VF9A 3U3WA 2CQQA 3KXAA 4Y7NJ 2FD5A 5M5YJ 2NVTJ 3QF3A 5IYDJ 3FK6A 1JJ8C 1U9OA 1F36A 3CMYA 2VKVA 1BJZA 3BG3A 3RZOJ 3OP9A 2NOGA 5J1UA 3JRIA 3G5GA 1JUPA 1AKHA 2GZUA 2PMZN 1RPWA 2IVQA 4L5EA 1ORKA 2EZIA 2Y31A 3F0CA 5F04A 3UFDA 4JQDA 4NDLA 3GTPJ 2L7MP 1OJLA 3BR3A 1HCRA 5EGOA 3HGGA 3HKZN 1ZR2A 2FX0A 1K61A 1QRYA 5F0HA 2OF7A 1ZQ3P 5M5WJ 4A3LJ 1XC5A 4X4EA 1ZZCA 2FJ1A 1X58A 4A3MJ 1RZRA 1IC8A 1D5YA 3M4OJ 3JXDL 3A02A 2WV1A 2R93J 1JUMA 2NVYJ 1IV6A 4AYBN 1LQCA 5K7FA 2CUEA 2W48A 3S1QJ 3PXPA 4MFDA 1A6IA 4XRMA 2DA3A 3RQIA 3BR6A 1RR7A 1X2NA 2HDDA 2R1JL 4FBIA 2O4AA 2IV1A 5E3LA 5FKMA 4XIDA 2WB1N 4A3GJ 5EG0A 1ADRA 4PU8A 3ZQLA 3BT9A 3BG5A 4AUXA 1MBHA 2BNNA 4X4FA 3CQZJ 3BS3A 2IUOA 2O38A 3Q0WA 3CLCA 2VUMJ 4UUSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily

1ZVVA 4AC0A 1XGOA 3H36A 3I54A 1WJ5A 2MH2A 3QPHA 1ZZ8A 1A6QA 3KFWX 2ZMEA 1IF1A 1PRVA 4YARA 9ANTA 1HSTA 5F08A 1FP2A 2ZNZA 3ERMA 1T6SA 2JQ7A 3SCHA 4I6RA 3VOEA 3S2DJ 1DDNA 2GAUA 2W7NA 3O3KA 3KP5A 3E1SA 3DFGA 1QHGA 4DNCA 3CCMI 2E1OA 5HS7A 2P7CB 1T33A 2LYSA 2ISZA 3FXRA 2RNJA 3OWQA 3ABUA 3JAMK 3BWGA 2QYOA 2RREA 3IWZA 3PE5A 3OYHA 2NS7A 2X0LA 1IAWA 3H5TA 4TV7A 1MIJA 2CH0A 4A6EA 5EJCA 2WAQA 3GZCA 2DAOA 3DCFA 5LHHA 4YIRX 4OBMA 2VODA 3H3ZA 3DXJF 4U7DA 3P7NA 3MQ0A 3B02A 4N4NB 3L1PA 3BJ6A 3QYBA 2PXQA 3RZZA 2AXTC 2DW4A 3U1KA 2DOEA 4F55A 4IHSA 3AL0C 3H3UA 3CDHA 5ILVA 1I6XA 2COMA 5JHUA 2P5KA 4ESFA 3A9ZA 3OS2A 1RESA 2DOAA 5F64A 3HOVJ 4RLFA 4C2TA 3G7DA 2JJ7A 2JQEA 2VE8A 2LR8A 3FXQA 2XCJA 3WTSC 1B1BA 1QO0D 1QVUA 2QWWA 3AG3H 2P6TA 3GUUA 1WJFA 3BTLA 1Y1WJ 5K5QA 1S8NA 5LD2C 1MBFA 3DPUA 5LGUA 3T8RA 4A3DJ 3SYTA 2QBYB 2LYKA 2M34A 3Q0VA 1Z1DA 2V26A 1IN5A 2FUG2 2VBYA 1R4NB 2L9VA 2R92J 2IAIA 2QVOA 4MCTA 2CUJA 3JRDA 1G3SA 3FM5A 2XJ3A 1ON1A 1OCRH 2D1VA 2ELKA 4LFUA 4HAMA 1AHDP 1BOBA 1QPIA 1I6HJ 4RAYA 5D8LB 5B66C 3L7WA 4IRHA 1QU3A 2KPMA 3J80K 4KFCA 3SEZA 3SXYA 4CCKA 3ZOBA 2HOEA 2YU9J 3EUSA 3GFLA 1VQ5I 1ZLJA 2I5UA 5EDNA 1R1TA 3LSRA 4R1HA 3FF5A 2PXKA 1RZ4A 1UZCA 1X1DA 3D1NI 1KGSA 2IA1A 2JPCA 2EH3A 3FKJA 4MTEA 2QLZA 4BBRJ 1R9TJ 3A9YA 4UUSB 3I55I 3M8FA 2XGXA 4LMYA 4UVBA 2EIJH 1ZUGA 2F4IA 1R5ID 2QQAA 4PJ0C 1F5TA 2CQXA 3MKLA 3GUDA 5K98B 4MCXA 3F21A 2PUDA 2KT0A 3DKWA 3HOSA 3PQKA 4IHTA 1ONVA 1ZKGA 2ZMEC 4ZZDA 2Z3YA 1W36C 1ZAOA 3H5AA 2HYFA 1LVAA 5IT3A 1I5ZA 3OYLA 4R79A 1HA8A 2FSWA 3ABMH 3MMYB 2EQRA 3TW6A 1YJ9I 4LK1F 2Q2EB 1FIPA 1T08B 4M9ZA 5BS6A 3J81Z 3GTLJ 3GBGA 1MMDA 3MCZA 1LE8B 5M3FJ 2M8GX 2ISYA 4KIGA 3L2QA 2ODRD 1HDPA 1QZYA 3QYEA 5TISC 5L3CA 1G2HA 3DEUA 1BOAA 2QSFX 1SAUA 2QQ8A 5JLXA 2H1KA 3TP3A 4EVIA 3ZQQA 2DYSH 1W5SA 3E5XA 4JX4A 5FROA 4YG7B 5F0CA 3ECHA 4X0GA 2LYLA 4H4KC 5HNFA 2O8KA 1P7JA 1SD5A 2EV0A 3CJRB 2M45A 2EWNA 1K6YA 4QTRA 1HKQA 3E97A 1E17A 2P81A 2ZB9A 2CRGA 1K4SA 2DFEA 2W00A 1XCBA 3IKVA 4FETA 2O03A 4G6TB 2XAGA 2CMPA 1G3WA 4IRGA 3TFLA 2XGEA 3F8CA 2D1HA 2IGMA 4R8HA 1I1SA 1X1AA 1BI2A 2X48A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1ZVV A;  3R1F A;  2LK2 A;  4AC0 A;  1ETV A;  1ZZ6 A;  2BJC A;  2MW8 A;  1ZZ8 A;  1WPK A;  1PRV A;  4IVZ A;  4YAR A;  9ANT A;  5F08 A;  1H8A C;  2ID3 A;  2WIU B;  3SCH A;  2LP0 A;  1JKR C;  4I6R A;  1JGG A;  4D7N A;  2DMP A;  3S2D J;  3S2H J;  4A3J J;  3S8Q A;  2R5Z B;  2JA6 J;  1E3O C;  1FTZ A;  4X4G A;  1W0T A;  1IDZ A;  1ENH A;  1MBG A;  2EF8 A;  2E1O A;  2GRM A;  1T33 A;  4IWR A;  2LYS A;  5IOZ A;  5IYB J;  3OSF A;  4S0H B;  1LE8 A;  1PUF B;  1JT0 A;  1HDD C;  1NTC A;  2R5Y A;  2NS7 A;  3H5T A;  5K7Z A;  1H89 C;  4A69 C;  1U8B A;  4D5F A;  5M3M J;  3BD1 A;  3DCF A;  2DMT A;  4M3G A;  2HSG A;  1WI3 A;  3A03 A;  4B3A A;  4BKX A;  4DW6 A;  1O4X A;  3C2B A;  2XI8 A;  1LLI A;  3BQY A;  4M6V A;  3L1P A;  1OCP A;  1L1M A;  1OCT C;  2CSF A;  1X57 A;  3S17 J;  2PUC A;  4Y42 A;  1QVT A;  4Y52 J;  3RZZ A;  1QP4 A;  3SDG A;  5EEA A;  1UXD A;  4QSH A;  2I10 A;  2QF7 A;  4W97 A;  1JJ6 C;  1EFA A;  2DA1 A;  2HI3 A;  1F43 A;  1RES A;  1GDT A;  3HOV J;  4Z5D A;  3G7D A;  3JXC L;  3FMY A;  2JJ7 A;  1BDH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1CQTA

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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