The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
30
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sequence length |
82
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structure length |
82
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Chain Sequence |
KTVGEALKGRRERLGMTLTELEQRTGIKREMLVHIENNEFDQLPNKNYSEGFIRKYASVVNIEPNQLIQAHQDEIPSNQAEW
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
The 1A structure of YmfM, a putative DNA-binding membrane protein from Staphylococcus aureus
rcsb |
| molecule keywords |
Putative uncharacterized protein
|
| molecule tags |
Dna binding protein
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| source organism |
Staphylococcus aureus subsp. aureus mu50
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| total genus |
30
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| structure length |
82
|
| sequence length |
82
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-01-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF13413 | HTH_25 | Helix-turn-helix domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Orthogonal Bundle | 434 Repressor (Amino-terminal Domain) | lambda repressor-like DNA-binding domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ICP A; 1Y7Y A; 3H5T A; 2BNM A; 2PUA A; 1ZZ6 A; 2R63 A; 2AWI A; 2BNN A; 3VK0 A; 1R69 A; 2EBY A; 4IVZ A; 1CQT A; 1RPE L; 4I8T A; 3OMT A; 2IU7 A; 1JWL A; 1LLI A; 2CRO A; 1JH9 A; 4YBA A; 4X4F A; 2PIJ A; 3JXC L; 4X4E A; 3CLC A; 2WUS R; 3TRB A; 1QQA A; 2EF8 A; 2IVB A; 2KZ8 A; 3G5G A; 4X4B A; 4GHJ A; 1O4X A; 4IA8 A; 1SQ8 A; 3EUS A; 3GN5 A; 2XSD C; 1ZAY A; 3JXB C; 1RZS A; 2AXZ A; 1X2L A; 1LQC A; 2ICT A; 2L49 A; 4X4H A; 4JQD A; 2GZU A; 4OB4 A; 3SCG A; 2PUG A; 1B0N A; 2AUW A; 2PPX A; 3F52 A; 3MLF A; 1R63 A; 4I6U A; 4JCY A; 1POU A; 3HZI B; 3OQM A; 2OR1 L; 1ZPQ A; 1ZZ7 A; 1IC8 A; 3CEC A; 3BDN A; 4JCX A; 2LYP A; 4YG1 A; 2GRL A; 3GN5 B; 2AXV A; 4I6R A; 4X4D A; 2XIU A; 4X4C A; 2LCV A; 3S8Q A; 1BDH A; 2LYR A; 1HF0 A; 4Z5H A; 2CSF A; 3UFD A; 3BS3 A; 4Z5D A; 3OP9 A; 1PER L; 3F51 A; 1PNR A; 4J1X A; 2XJ3 A; 3KXA A; 2PE5 A; 2KEK A; 2XCJ A; 2PUD A; 1OSL A; 2PUF A; 3F6W A; 2LYJ A; 4PU8 A; 1UXD A; 2B5A A; 4Z58 A; 1ZZ8 A; 2H8R A; 2EWT A; 4PU4 C; 4YAR A; 1GT0 C; 2MEZ A; 5K98 B; 4Z59 A; 2LYL A; 1ADR A; 3KJX A; 1E3O C; 3PXP A; 2O4A A; 3ZKC A; 1WH6 A; 3L1P A; 3O9X A; 3KZ3 A; 2D5V A; 4PU7 A; 1NEQ A; 2PUE A; 1QPZ A; 4NDW A; 3D1N I; 4PU3 C; 2BJC A; 1ZZC A; 4MCX A; 3RZZ A; 2XI8 A; 2IVQ A; 1PRA A; 1ZUG A; 1L1M A; 4F8D A; 1WIZ A; 2WIU B; 1EFA A; 1NER A; 1PRU A; 2IVG A; 4J1W A; 4X4G A; 1QP0 A; 1QP7 A; 1Y9Q A; 3OQN A; 1ZZ9 A; 2R1J L; 2HIN A; 1AU7 A; 1ZVV A; 2KEI A; 3SCF A; 2MQK A; 1YSE A; 3FYM A; 3QQ6 A; 1BDI A; 2LYS A; 1UTX A; 2HSG A; 3IVP A; 4Z5C A; 1S7E A; 4GQM A; 2PUB A; 2KEJ A; 4Y42 A; 2O38 A; 3U3W A; 2A6C A; 1LCC A; 1DWK A; 1OCT C; 2KPJ A; 2GRM A; 1PRV A; 3QWG A; 1XWR A; 2L8N A; 4MCT A; 1LCD A; 2PUC A; 2AXU A; 3ZHI A; 1QQB A; 1QP4 A; 2OFY A; 4FN3 A; 1RIO A; 3BD1 A; 3CRO L; 1CJG A; 2FJR A; 4YG7 B; 2IV1 A; 1JFS A; 1DW9 A; 4X4I A; 2O49 A; 3FMY A; 3R1F A; 1WET A; 2AW6 A; 3QYX A; 3LIS A; 3JXD L; 2JVL A; 1JFT A; 3LFP A; 3FYA A; 4I6T A; 1RZR D; 1VPW A; 4O8B A; 2LYQ A; 1RZR A; 4FBI A; 1ZZB A; 3QF3 A; 1ZS4 A; 4IWR A; 2LYK A; 4YG4 A; 2JCG A; 2IUO A; 5A7L A; 2BNO A; 3G7D A; 3DNV B; 3GBF A; 3B7H A; 3SCH A; 1X57 A; 1WH8 A; 1UXC A; 1LMB 3; 3ZHM A; 3OQO A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3SR4 A; 1ZZ6 A; 2R63 A; 2AWI A; 1R69 A; 1CQT A; 4I8T A; 4YBA A; 3JXC L; 3TRB A; 2IVB A; 4X4B A; 1O4X A; 4Q2J A; 2XSD C; 3JXB C; 2ICT A; 2GZU A; 1B0N A; 1R63 A; 4JCY A; 3HZI B; 4EKG A; 1ZZ7 A; 1IC8 A; 3BDN A; 2LYP A; 3KL4 A; 4X4C A; 2LCV A; 2LYR A; 4Z5H A; 2CSF A; 3UFD A; 1PER L; 1PNR A; 4J1X A; 2KEK A; 2XCJ A; 2FFH A; 2MXD A; 1UXD A; 2B5A A; 1ZZ8 A; 4ER0 A; 2J7W A; 4PU4 C; 3TEL A; 1ADR A; 3O9X A; 3A9Y A; 2PUE A; 4NDW A; 2BJC A; 1ZZC A; 4MCX A; 3DM5 A; 1Y9Q A; 2R1J L; 1ZZ9 A; 1YSE A; 2LYS A; 2L1P A; 2PXD A; 3OWQ A; 2KPJ A; 4ER7 A; 1XWR A; 3PE5 A; 1QQB A; 1U2Z A; 3VWS A; 3QYX A; 3FYA A; 4I6T A; 1RZR D; 3NZL A; 2HCN A; 2JCG A; 4EKI A; 2IUO A; 3DNV B; 5JUW A; 2ICP A; 1Y7Y A; 2BNN A; 5DTQ A; 4EZI A; 1JH9 A; 3OKZ A; 2PIJ A; 2LLW A; 2WUS R; 2LNM A; 1SQ8 A; 1ZAY A; 3GN5 A; 4EQZ A; 1RZS A; 4JQD A; 2AUW A; 3F52 A; 4I6U A; 3OQM A; 1ZPQ A; 4JCX A; 3CEC A; 4YG1 A; 3GUU A; 3GN5 B; 1BDH A; 4X4D A; 2XIU A; 3BS3 A; 3OP9 A; 2XJ3 A; 2PE5 A; 1OSL A; 5DT2 A; 3KJX A; 2PXT A; 3D1N I; 4PU3 C; 3GZD C; 1ZUG A; 1QB2 A; 4F8D A; 1WIZ A; 2PXB A; 1EFA A; 1QP7 A; 4X4G A; 1ZVV A; 3LQX A; 1AU7 A; 3R09 A; 3FYM A; 2HSG A; 3A9Z A; 3IVP A; 4Y42 A; 1DWK A; 1OCT C; 4MCT A; 2OFY A; 3CRO L; 1MFQ C; 5DRT A; 3R1F A; 1WET A; 2AW6 A; 3LIS A; 3JXD L; 3TFL A; 1VPW A; 1RZR A; 4FBI A; 4IWR A; 2BNO A; 3A9X A; 3G7D A; 3GBF A; 1X57 A; 1UXC A; 3ZHM A; 2PUD A; 2J7U A; 3H5T A; 2PUA A; 3VK0 A; 4IVZ A; 3OMT A; 2IU7 A; 1LLI A; 4X4F A; 2V3C C; 4X4E A; 2HCS A; 3CLC A; 2EF8 A; 2KZ8 A; 3G5G A; 4DE8 A; 2AXZ A; 4DE9 A; 2PPX A; 3MLF A; 1POU A; 2PXU A; 2ODR D; 4I6R A; 5DSX A; 1HF0 A; 3F51 A; 4EK9 A; 1HQ1 A; 2VEO A; 2PUF A; 3F6W A; 2LYJ A; 4PU8 A; 5GAH i; 4Z58 A; 2H8R A; 1GT0 C; 2MEZ A; 5K98 B; 4Z59 A; 3PXP A; 2O4A A; 3L1P A; 4PU7 A; 1PRA A; 3GZD A; 2XXA A; 2WIU B; 1NER A; 1PRU A; 4J1W A; 2HIN A; 3SCF A; 4ER5 A; 2MQK A; 3NXH A; 4Z5C A; 4GQM A; 2LLV A; 2PUB A; 3U3W A; 1LCC A; 3QFI A; 2GRM A; 1PRV A; 3QWG A; 2L8N A; 3SX0 A; 2AXU A; 3ZHI A; 3BD1 A; 2FJR A; 4OBM A; 2PXQ A; 3LFP A; 4O8B A; 3QF3 A; 5GAG i; 2LYK A; 4YG4 A; 4WVL A; 2XXP A; 3OQO A; 2PXK A; 2BNM A; 4ER3 A; 3MEJ A; 2EBY A; 1RPE L; 5DRY A; 2PXL A; 1JWL A; 2CRO A; 1NW3 A; 3M9L A; 1QQA A; 4GHJ A; 4IA8 A; 3EUS A; 1X2L A; 1LQC A; 2L49 A; 4X4H A; 4OB4 A; 3SCG A; 2PUG A; 2OR1 L; 5DTR A; 2GRL A; 3QOX A; 4HRA A; 2AXV A; 3S8Q A; 4Z5D A; 3KXA A; 3TEP A; 2YBD A; 3NRO A; 4ER6 A; 2EWT A; 1QZX A; 4YAR A; 2JQE A; 3G0T A; 2LYL A; 1E3O C; 2HFZ A; 3ZKC A; 1WH6 A; 2D5V A; 3KZ3 A; 1NEQ A; 2PXF A; 1QPZ A; 2XXQ A; 3RZZ A; 2XI8 A; 2IVQ A; 1DUL A; 2PXE A; 1L1M A; 2IVG A; 1QP0 A; 3OQN A; 2KEI A; 3UWP A; 3QQ6 A; 1BDI A; 1UTX A; 1S7E A; 3GZC A; 3ME5 A; 2M4H A; 2O38 A; 2KEJ A; 2A6C A; 5DTM A; 1LCD A; 2PUC A; 1QP4 A; 4FN3 A; 1RIO A; 1CJG A; 4YG7 B; 2IV1 A; 1JFS A; 1DW9 A; 4X4I A; 3NDB B; 2O49 A; 3FMY A; 3QOW A; 2JVL A; 1JFT A; 2PXP A; 2LYQ A; 1ZS4 A; 1ZZB A; 5A7L A; 3ZPX A; 3B7H A; 2PXV A; 3SCH A; 1WH8 A; 1LMB 3; #chains in the Genus database with same CATH homology 2ICP A; 1Y7Y A; 3H5T A; 2BNM A; 2PUA A; 1ZZ6 A; 2R63 A; 2AWI A; 2BNN A; 3VK0 A; 1R69 A; 2EBY A; 4IVZ A; 1CQT A; 1RPE L; 4I8T A; 3OMT A; 2IU7 A; 1JWL A; 1LLI A; 2CRO A; 1JH9 A; 4YBA A; 4X4F A; 2PIJ A; 3JXC L; 4X4E A; 3CLC A; 2WUS R; 3TRB A; 1QQA A; 2EF8 A; 2IVB A; 2KZ8 A; 3G5G A; 4X4B A; 4GHJ A; 1O4X A; 4IA8 A; 1SQ8 A; 3EUS A; 3GN5 A; 2XSD C; 1ZAY A; 3JXB C; 1RZS A; 2AXZ A; 1X2L A; 1LQC A; 2ICT A; 2L49 A; 4X4H A; 4JQD A; 2GZU A; 4OB4 A; 3SCG A; 2PUG A; 1B0N A; 2AUW A; 2PPX A; 3F52 A; 3MLF A; 1R63 A; 4I6U A; 4JCY A; 1POU A; 3HZI B; 3OQM A; 2OR1 L; 1ZPQ A; 1ZZ7 A; 1IC8 A; 3CEC A; 3BDN A; 4JCX A; 2LYP A; 4YG1 A; 2GRL A; 3GN5 B; 2AXV A; 4I6R A; 4X4D A; 2XIU A; 4X4C A; 2LCV A; 3S8Q A; 1BDH A; 2LYR A; 1HF0 A; 4Z5H A; 2CSF A; 3UFD A; 3BS3 A; 4Z5D A; 3OP9 A; 1PER L; 3F51 A; 1PNR A; 4J1X A; 2XJ3 A; 3KXA A; 2PE5 A; 2KEK A; 2XCJ A; 2PUD A; 1OSL A; 2PUF A; 3F6W A; 2LYJ A; 4PU8 A; 1UXD A; 2B5A A; 4Z58 A; 1ZZ8 A; 2H8R A; 2EWT A; 4PU4 C; 4YAR A; 1GT0 C; 2MEZ A; 5K98 B; 4Z59 A; 2LYL A; 1ADR A; 3KJX A; 1E3O C; 3PXP A; 2O4A A; 3ZKC A; 1WH6 A; 3L1P A; 3O9X A; 3KZ3 A; 2D5V A; 4PU7 A; 1NEQ A; 2PUE A; 1QPZ A; 4NDW A; 3D1N I; 4PU3 C; 2BJC A; 1ZZC A; 4MCX A; 3RZZ A; 2XI8 A; 2IVQ A; 1PRA A; 1ZUG A; 1L1M A; 4F8D A; 1WIZ A; 2WIU B; 1EFA A; 1NER A; 1PRU A; 2IVG A; 4J1W A; 4X4G A; 1QP0 A; 1QP7 A; 1Y9Q A; 3OQN A; 1ZZ9 A; 2R1J L; 2HIN A; 1AU7 A; 1ZVV A; 2KEI A; 3SCF A; 2MQK A; 1YSE A; 3FYM A; 3QQ6 A; 1BDI A; 2LYS A; 1UTX A; 2HSG A; 3IVP A; 4Z5C A; 1S7E A; 4GQM A; 2PUB A; 2KEJ A; 4Y42 A; 2O38 A; 3U3W A; 2A6C A; 1LCC A; 1DWK A; 1OCT C; 2KPJ A; 2GRM A; 1PRV A; 3QWG A; 1XWR A; 2L8N A; 4MCT A; 1LCD A; 2PUC A; 2AXU A; 3ZHI A; 1QQB A; 1QP4 A; 2OFY A; 4FN3 A; 1RIO A; 3BD1 A; 3CRO L; 1CJG A; 2FJR A; 4YG7 B; 2IV1 A; 1JFS A; 1DW9 A; 4X4I A; 2O49 A; 3FMY A; 3R1F A; 1WET A; 2AW6 A; 3QYX A; 3LIS A; 3JXD L; 2JVL A; 1JFT A; 3LFP A; 3FYA A; 4I6T A; 1RZR D; 1VPW A; 4O8B A; 2LYQ A; 1RZR A; 4FBI A; 1ZZB A; 3QF3 A; 1ZS4 A; 4IWR A; 2LYK A; 4YG4 A; 2JCG A; 2IUO A; 5A7L A; 2BNO A; 3G7D A; 3DNV B; 3GBF A; 3B7H A; 3SCH A; 1X57 A; 1WH8 A; 1UXC A; 1LMB 3; 3ZHM A; 3OQO A;
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