The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
286
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sequence length |
811
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structure length |
811
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Chain Sequence |
MKFGFFDDANKEYVITVPRTPYPWINYLGTENFFSLISNTAGGYCFYRDARLRRITRYRYNNVPIDMGGRYFYIYDNGDFWSPGWSPVKRELESYECRHGLGYTKIAGKRNGIKAEVTFFVPLNYNGEVQKLILKNEGQDKKKITLFSFIEFCLWNAYDDMTNFQRNFSTGEVEIEGSVIYHKTEYRERRNHYAFYSVNAKISGFDSDRDSFIGLYNGFDAPQAVVNGKSNNSVADGWAPIASHSIEIELNPGEQKEYVFIIGYVENKDEEKWESKGVINKKKAYEMIEQFNTVEKVDKAFEELKSYWNALLSKYFLESHDEKLNRMVNIWNQYQCMVTFNMSRSASYFESGIGRGMGFRDSNQDLLGFVHQIPERARERLLDLAATQLEDGSAYHQYQPLTKKGNNEIGSNFNDDPLWLILATAAYIKETGDYSILKEQVPFNNDPSKADTMFEHLTRSFYHVVNNLGPHGLPLIGRADWNDCLNLNCFSTVPDESFQTTTSKDGKVAESVMIAGMFVFIGKDYVKLCEYMGLEEEARKAQQHIDAMKEAILKYGYDGEWFLRAYDDFGRKVGSKENEEGKIFIESQGFCVMAEIGLEDGKALKALDSVKKYLDTPYGLVLQNPAFTRYYIEYGEISTYPPGYKENAGIFCHNNAWIICAETVVGRGDMAFDYYRKIAPAYIEDVSDIHKLEPYVYAQMVAGKDAKRHGEAKNSWLTGTAAWNFVAISQWILGVKPDYDGLKIDPCIPKAWDGYKVTRYFRGSTYEITVKNPNHVSKGVAKITVDGNEISGNILPVFNDGKTHKVEVIMG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| publication title |
Structure of cellobiose phosphorylase from Clostridium thermocellum in complex with phosphate.
pubmed doi rcsb |
| molecule keywords |
Cellobiose phosphorylase
|
| molecule tags |
Transferase
|
| source organism |
Clostridium thermocellum
|
| total genus |
286
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| structure length |
811
|
| sequence length |
811
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.4.1.20: Cellobiose phosphorylase. |
| pdb deposition date | 2011-01-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF06165 | Glyco_transf_36 | Glycosyltransferase family 36 |
| A | PF17167 | Glyco_hydro_36 | Glycosyl hydrolase 36 superfamily, catalytic domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Alpha | Up-down Bundle | cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A | mpn423 like domain | ||
| Mainly Alpha | Alpha/alpha barrel | Glycosyltransferase | Glycosyltransferase | ||
| Mainly Beta | Sandwich | Maltose phosphorylase, domain 3 | Maltose phosphorylase, domain 3 | ||
| Mainly Beta | Distorted Sandwich | Beta-galactosidase; Chain A, domain 5 | Glycoside hydrolase, family 65, N-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2OKX A; 4WVA A; 1FMI A; 1GLM A; 1KS8 A; 1FCE A; 3W7W A; 1KSD A; 3QWT A; 2VN7 A; 3T33 A; 4J5T A; 4WVC A; 4WU0 A; 3D3I A; 2CQT A; 2RI9 A; 4L0G A; 2VN4 A; 1XW2 A; 3W7X A; 1AGM A; 1FAE A; 4Q2B A; 1KWF A; 1FBO A; 1WU4 A; 4DOD A; 2P0V A; 3GZK A; 3WIR A; 3PMM A; 2FV0 A; 3ANI A; 5MEH A; 1K72 A; 1FO2 A; 1V7W A; 1V7V A; 3S4C A; 1KFG A; 3ANK A; 3ON6 A; 1KKT A; 3WIQ A; 3P2C A; 4TF4 A; 3WIW A; 2GH4 A; 4KTP A; 3QT3 A; 2DRR A; 1XWQ A; 2I15 A; 1WZZ A; 2YIK A; 3H2W A; 3W7S A; 1H12 A; 2AHF A; 4KTR A; 3E73 A; 3RX7 A; 4FUS A; 1KRF A; 2B4F A; 3QSP A; 4Z4L A; 3E6U A; 1VD5 A; 2QNO A; 2ZZR A; 4CJ0 A; 1IA6 A; 3GT5 A; 2ZBL A; 2RI8 A; 1NC5 A; 3GLY A; 1LF9 A; 3EQA A; 2EAD A; 4DOE A; 3QDE A; 4ZH5 A; 3REN A; 1JS4 A; 4Q88 A; 3W7T A; 2WYN A; 2FUZ A; 1H14 A; 2GZ6 A; 5GY3 A; 4JJJ A; 3QXF A; 1IA7 A; 1G9G A; 2FBA A; 4WVB A; 2F6D A; 5DGR A; 3S4A A; 5M7Y A; 2NVP A; 1CEM A; 1IS9 A; 3QG0 A; 1AYX A; 3TF4 A; 2Z07 A; 3X17 A; 2D8L A; 1XWT A; 1ULV A; 3A3V A; 4AYO A; 3S4D A; 1KRE A; 1DOG A; 3H7L A; 1GAH A; 2DRQ A; 3QRY A; 5GW7 A; 5E2J A; 2RGK A; 2EAE A; 3S4B A; 1G6I A; 3W7U A; 3QFY A; 5KKB A; 1WU5 A; 4CE7 A; 3AFJ A; 4L6X A; 1RQ5 A; 5DGQ A; 2CQS A; 3QT9 A; 2AHG A; 3K11 A; 1V5C A; 4CJ1 A; 2DRO A; 3WKI A; 1L2A A; 1V5D A; 1UG9 A; 2JF4 A; 3QXQ A; 3RX5 A; 3WKF A; 3QPF A; 3WKH A; 2JJB A; 4EL8 A; 4Z4J A; 4AYR A; 1NXC A; 3ACT A; 3RX8 A; 1FP3 A; 2EAC A; 4AYP A; 5CD2 A; 5M7I A; 3CIH A; 3WKG A; 1LF6 A; 3RSY A; 5CA3 A; 2EAB A; 1G87 A; 1L1Y A; 2AFA A; 3RRS A; 1GAI A; 1GA2 A; 3ANJ A; 1G9J A; 3H3K A; 3WC3 A; 4ZG8 A; 1FBW A; 3QFZ A; 5CZL A; 3WUX A; 1CLC A; 4XUV A; 3W5M A; 2FV1 A; 3W5N A; 2JG0 A; 1TF4 A; 1H54 A; 4AYQ A; 1F9D A; 1KSC A; 4TXT A; 1FO3 A; 1DL2 A; 1HCU A; 2XFG A; 1UT9 A; 2A8Z A; 2D5J A; 3EZ8 A; 1WU6 A; 3ACS A; 3VXD A; 3VW5 A; 1F9O A; 2DRS A; 1X9D A; 1H13 A; 1V7X A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4WVA A; 2H6I B; 1LD8 B; 1R2A A; 1IVV A; 1H37 A; 1GLM A; 4FNP A; 1KSD A; 3DRA B; 5IL3 A; 2D73 A; 2OOV C; 3N9H A; 1GXN A; 2OOV A; 1NKG A; 5ILI A; 2R2L B; 1H3A A; 2XWJ B; 3D3I A; 2KNG A; 5IL8 A; 3HI7 A; 2RI9 A; 1HM3 A; 3DX3 A; 4LNB B; 5A1A A; 3W7X A; 1AGM A; 1FAE A; 1TQW A; 1L7J A; 5E1Q A; 5HVZ A; 3E34 B; 1N7O A; 3GWH A; 2P0V A; 3KSQ B; 3WIR A; 1Z45 A; 3T0B A; 1N24 A; 5IKA A; 1TQT A; 1V7W A; 3M02 A; 1KFG A; 3DSS B; 5ILY A; 3WA2 X; 1CB8 A; 1W5Z A; 3P2C A; 3RJ3 A; 4KTP A; 2DRR A; 3E33 B; 2I15 A; 2E22 A; 1C3D A; 2BBC A; 2CG0 A; 1QAF A; 1SQC A; 1R76 A; 2AHF A; 2Y74 A; 1HN0 A; 4DUW A; 5JPM B; 1EKM A; 2HTB A; 3Q78 B; 1LUR A; 2JKE A; 2JKA A; 3EJP A; 3EU8 A; 1HTY A; 4GTQ B; 2QNO A; 2F7P A; 3BUB A; 4CJ0 A; 3VSM A; 4AQ0 A; 3GT5 A; 1N9E A; 3MWX A; 2E24 A; 1PS3 A; 1LF9 A; 2YX9 A; 3BVW A; 3EQA A; 1TXK A; 3G36 A; 1TN6 B; 2H9R A; 2E2V A; 1IQX A; 3DDF A; 3WVF A; 1O1R B; 1W7C A; 4FNR A; 2Y73 A; 4D4C A; 2D1W A; 3CZJ A; 1DYU A; 3CZN A; 4NEI A; 2FBA A; 4WVB A; 4EV5 A; 1O1S B; 1OJN A; 1RWA A; 5EAS A; 5ILJ A; 3IAP A; 1HV6 A; 4KKJ A; 4KKI A; 3T0A A; 1HXC A; 5IK0 A; 3T09 A; 1JYW A; 1HWW A; 2C11 A; 5FOB B; 3A3V A; 1HMU A; 1N22 A; 3C72 B; 4OK4 A; 3AFL A; 3BVT A; 2RGK A; 2WOH A; 3M78 A; 3SDV A; 1NSX A; 2HTA A; 1QQF A; 1HXG A; 1WU5 A; 1K1W A; 1H39 A; 1NSS A; 2JKP A; 3VD5 A; 2IZY A; 1HX9 A; 1J0M A; 3T0D A; 2CQS A; 2BT3 A; 1AVK A; 1V5C A; 3PZ4 B; 4EV2 A; 3D5R A; 3DYM A; 1DP0 A; 3PZ3 B; 2WVX A; 1O6Q A; 3RX5 A; 2ZXQ A; 1NSM A; 4Z4J A; 3IAQ A; 1QAZ A; 2YFN A; 3TY1 A; 1SA4 B; 4MMI A; 1FP3 A; 4ZP3 A; 1OJO A; 3PZ2 B; 3D50 A; 2BRV X; 3VD3 A; 3HXB B; 3SQC A; 1NL4 B; 2CWV A; 2V3N A; 2V8K A; 1G87 A; 1L1Y A; 4MBG B; 3ANJ A; 4D4B A; 2CIS A; 3WC3 A; 3K25 A; 1FBW A; 4GL3 A; 3G4D A; 5CZL A; 2CFW A; 2X03 A; 1JOV A; 2WW3 A; 1OJP A; 2V8J A; 2CFK A; 1QBQ B; 2WOF A; 3KSL B; 1TNB B; 1H54 A; 2FUT A; 3A0O A; 1F9D A; 1WMN A; 4TXT A; 2XFG A; 4OJZ A; 3OB8 A; 2WVX B; 2WCO A; 2F7O A; 1V7X A; 1NSV A; 1AVL A; 1KS8 A; 1FCE A; 3W7W A; 3QWT A; 4D4A A; 1N7R A; 3M73 A; 5ILZ A; 1SIH A; 1JYX A; 1TNU B; 1D6Z A; 4L0G A; 3DYP A; 1XW2 A; 3EU5 B; 1N23 A; 3VD7 A; 1KWF A; 2NOJ A; 4UFC A; 3GZK A; 3BGA A; 2FV0 A; 3SFY B; 3DPY B; 3M77 A; 3M7B A; 1FT1 B; 1LVN A; 1D8E B; 3SDU A; 1V7V A; 2OW7 A; 3G6J B; 5FO9 B; 3M74 A; 3K5T A; 1TU5 A; 2I07 B; 2G02 A; 4TF4 A; 2GH4 A; 3CZS A; 3QT3 A; 3K7X A; 4F9K A; 1WZZ A; 4V1R A; 3SAE A; 3W7S A; 2XQW A; 2YFO A; 3DX4 A; 3NJV A; 4KTR A; 1JYN A; 4RTA A; 3E73 A; 3VDC A; 3PYA A; 2PN5 A; 3E6U A; 2CB9 A; 3M7L A; 2BB5 A; 3DX1 A; 3HXC B; 2ZBL A; 3D4Y A; 1NC5 A; 1TN8 B; 3BUQ A; 5JPN B; 3MUY 1; 5FO8 B; 1QAL A; 1MMY A; 4RNL A; 3Q7A B; 4DOE A; 1W2Z A; 3BS6 A; 1X1J A; 3QDE A; 4BTY A; 1W6J A; 1JS4 A; 4Q88 A; 3W7T A; 3I3E A; 2GZ6 A; 5JMD A; 1K1Y A; 1H36 A; 2WDA A; 1UI8 A; 5GY3 A; 4JJJ A; 3QXF A; 4OZW A; 4FNQ A; 1F1S A; 4RT4 A; 4TTG A; 1JZ3 A; 3S4A A; 3CV5 A; 2NVP A; 3LZ9 A; 1SO0 A; 2CFL A; 2WIN B; 2BRP A; 4LIX A; 4L9P B; 2RDY A; 2Z07 A; 1TQU A; 3X17 A; 1ULV A; 4AYO A; 3AMO A; 1DOG A; 3DX2 A; 2WYH A; 2CG1 A; 2ZL8 A; 3QRY A; 5GW7 A; 1JCQ B; 3VD4 A; 3M72 A; 4FNU A; 3D52 A; 2K9Q A; 3NBB A; 1D8D B; 2CIR A; 3QFY A; 5KKB A; 5KBP A; 3WA3 A; 1H35 A; 2BB6 A; 1QX1 A; 4L6X A; 3DSU B; 1KZP B; 2ZQ0 A; 3DCD A; 1NS8 A; 2AHG A; 2XWB B; 2CWU A; 4CJ1 A; 3X42 A; 3OBA A; 3WKI A; 1L2A A; 1V5D A; 2V8I A; 1GHQ A; 1UG9 A; 2JF4 A; 4FXK B; 2WO0 A; 2WW0 A; 4MU9 A; 3T2Q A; 1W6C A; 2WVY A; 3M76 A; 5JMF A; 4ZH1 A; 1QSJ A; 2EAC A; 1OAC A; 2F7Q A; 3SFX B; 2XN2 A; 1S64 B; 1RWH A; 1QWU A; 3AMO B; 5CA3 A; 1N21 A; 1O1T B; 3N0F A; 2AFA A; 3SDR A; 1RJO A; 3DX0 A; 1H3C A; 3WUX A; 1CLC A; 2PMV A; 3MI6 A; 1JZ8 A; 2WW1 A; 1NSR A; 5C05 A; 3DSX B; 1AV4 A; 2J5C A; 2B39 A; 1S63 B; 4AYQ A; 1KSI A; 2CFD A; 3KN4 A; 1N4S B; 1DL2 A; 3EZ8 A; 3VXD A; 1F9O A; 3QPF A; 3WKH A; 2WGQ A; 2F0Y B; 3DSV B; 1I8Q A; 3EJR A; 4QT9 A; 3WFA A; 2VN7 A; 3T33 A; 2PNC A; 3MV1 1; 1TNO B; 3CU7 A; 3Q73 B; 1O7D D; 4WVC A; 1NS4 A; 2E2U A; 3M75 A; 2ONG A; 3N0G A; 3OED A; 4Q2B A; 4BZE A; 1FBO A; 1GSZ A; 2KYG A; 4OK2 A; 1TNZ B; 2FUQ A; 4FJQ A; 5IK9 A; 3HXF B; 1QAK A; 2XHN A; 1IVX A; 4BTX A; 5MEH A; 1FO2 A; 4D4D A; 4K35 A; 1X1H A; 3ANK A; 3ON6 A; 1OJM A; 2OW6 A; 3BUI A; 1N7P A; 2H6H B; 3E80 A; 1HMW A; 1IU7 A; 2F18 A; 2YIK A; 4FNS A; 1H12 A; 5DHK A; 1W6G A; 1N7Q A; 4KFF A; 4YDO B; 5DHI A; 3RX7 A; 4FUS A; 3Q75 B; 1KRF A; 1JZ6 A; 4Z4L A; 4BZF A; 4ZRQ A; 4DI5 A; 1VD5 A; 1L7K A; 2ZZR A; 5AGD A; 1IA6 A; 3S9V A; 3ALA A; 2RI8 A; 3IMH A; 5IKH A; 1IVU A; 1RWG A; 1HXK A; 1JCR B; 2EAD A; 1RWF A; 1IVW A; 1TNY B; 3X3Z A; 3KLS A; 2FUZ A; 1H14 A; 1PU4 A; 1LXK A; 4GAX A; 1MMX A; 2WVZ A; 1X1I A; 3VDB A; 2F1A A; 3X41 A; 2F6D A; 5DGR A; 3BVV A; 3MPH A; 4C1S A; 4FXG B; 1CEM A; 2WZS A; 2BRW A; 2G0D A; 3QG0 A; 1O5M B; 1AYX A; 1F4A A; 1TQV A; 3VD9 A; 3NNB A; 4D94 A; 1N4R B; 1XWT A; 1N1Z A; 4BOK A; 1R33 A; 1KRE A; 3LVT A; 3X3Y A; 1GAH A; 4FNV A; 2DRQ A; 5E2J A; 3E1F 1; 2EAE A; 1MMU A; 2WII B; 1L6E A; 4E1Y A; 3SX1 A; 1G6I A; 3MUZ 1; 1PX4 A; 1RW9 A; 4DUV A; 3LOY A; 4CE7 A; 4LNV A; 1RKY A; 1HXA A; 3UFE A; 3IM4 A; 1O79 A; 1X81 B; 3EUV B; 3Q79 B; 3DDG A; 4BZH A; 5ILD A; 3PZ1 B; 3QXQ A; 4GTM B; 1N95 B; 1MMZ A; 1C82 A; 2JJB A; 3T2P A; 4AYR A; 3EJS A; 1MN0 A; 1NXC A; 3SXX A; 3ACT A; 5FO7 B; 3M71 A; 3X3X A; 1JRQ A; 3RX8 A; 3M01 A; 2ALW A; 2WY7 A; 1N4Q B; 4GTV B; 5CD2 A; 4LNG B; 5EAT A; 5M7I A; 1LD7 B; 3WKG A; 2C10 A; 3RSY A; 2EAB A; 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