The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
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| molecule keywords |
23S RRNA
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| publication title |
The structures of four macrolide antibiotics bound to the large ribosomal subunit.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
17
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2001-10-29 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CMA Q; 3CCQ Q; 3CC2 Q; 3CCR Q; 1YJN Q; 3G71 Q; 1Q7Y R; 3CPW P; 3CCJ Q; 1K9M R; 1QVF P; 3I56 Q; 1M1K R; 2QA4 Q; 1QVG P; 3CCS Q; 1YHQ Q; 3CCM Q; 3CD6 Q; 3CC7 Q; 2OTJ Q; 1VQ8 Q; 1YI2 Q; 1VQK Q; 1VQ9 Q; 1YJ9 Q; 3CCU Q; 2QEX Q; 3CC4 Q; 1Q82 R; 1S72 Q; 1W2B P; 1VQ4 Q; 1KQS P; 1VQO Q; 1VQL Q; 1YIJ Q; 1KD1 R; 3CCL Q; 1YIT Q; 3CCV Q; 1JJ2 P; 3CME Q; 1KC8 R; 1VQ5 Q; 3G6E Q; 3I55 Q; 1Q81 R; 1VQM Q; 1VQ7 Q; 3CCE Q; 1VQN Q; 1YJW Q; 1VQP Q; 1K8A R; 3OW2 P; 2OTL Q; 1Q86 R; 1N8R R; 3CXC P; 1K73 R; 3G4S Q; 1VQ6 Q; 1NJI R; 1M90 R; #chains in the Genus database with same CATH topology 1Q81 C; 3M0U A; 3P8B B; 4EMK C; 1NJI U; 2Y4Y A; 4FYV B; 2V1Q A; 3RBB B; 3SHW A; 3HTR A; 2FHD A; 1SSF A; 1C6V X; 5HY6 A; 1G83 A; 3JB9 G; 4JZ3 A; 1Z9Z A; 1BIA A; 4QKU A; 1OEB A; 1UGP B; 2LT4 A; 5IXF A; 1YIT Q; 1NPR A; 3MHX A; 1LPL A; 2YSQ A; 2DTO A; 4E7K A; 1RAI B; 4HT9 A; 2OAU A; 3G4S T; 5LJ3 d; 2AT1 B; 1UEB A; 1M1K R; 3CD6 Q; 4M7A D; 3UDC A; 1V29 B; 4J9C A; 2NUP B; 4JDS A; 2QTX A; 2J7I A; 4BE1 A; 1VQ4 Q; 2VGM A; 2WSF E; 2E6N A; 2RD1 A; 1YCY A; 1R0C B; 2O9S A; 3JB9 H; 5FWB A; 3I9Q A; 3A8L B; 3QWY A; 2RA2 A; 1U8R A; 3R6N A; 1IB8 A; 4RKU E; 5GMK m; 3CC2 A; 3M57 A; 2QQA A; 2YUP A; 2ZPG B; 3PTA A; 3MP1 A; 1QWF A; 2ENM A; 1VQ8 Q; 4BDY A; 1YHQ T; 2LP5 A; 3KXT A; 5CKD A; 1FMW A; 4IKF A; 1LVK A; 1M30 A; 5C0M A; 4M77 E; 2L3Q A; 2P4R A; 4QQD A; 1I0C A; 1IXD A; 3I55 T; 1E6G A; 4C0F A; 2CRE A; 2MWO A; 2RHU A; 4A53 A; 1JU5 C; 3UF4 A; 1X75 C; 3OBW A; 2DL8 A; 2DBK A; 4F16 A; 5LL6 S; 2HKQ B; 4MZT A; 2M0O A; 1X6O A; 1VQK A; 3HKS A; 3OYL A; 3OYJ A; 2EKO A; 2DE0 X; 4E7J A; 1WZO A; 3EAE A; 4M4Z A; 3G6E A; 3EG1 A; 3OMC A; 5D7U A; 1KC8 C; 1WJS A; 4QVZ A; 4QW2 A; 4J9I A; 3JCM d; 1OU8 A; 2DLP A; 1HSQ A; 5HK0 A; 2HNI A; 2ZAE A; 2DEU A; 1WHJ A; 1UHF A; 2LT1 A; 4D8D A; 1YIJ Q; 3VRY A; 4F7U E; 1UB4 A; 4IUP A; 2QK0 A; 1UGQ B; 2RJC A; 1VIF A; 5GAN 4; 1W2B A; 4M78 B; 1VQN T; 1Q81 U; 2IVW A; 1HYO A; 2DBM A; 4E6R A; 4A4E A; 1Q95 G; 5GAM g; 1XTD A; 2KT1 A; 2ATC B; 4XTZ A; 1WDX A; 1TSF A; 4J9H A; 1BB9 A; 2NUP A; 3WXM B; 2E41 A; 3NTI A; 2P0K A; 1EZZ B; 3JCM c; 1GRI A; 1KD1 R; 1KHI A; 2ZZD A; 2J06 A; 2DVE A; 2RHI A; 1TWB A; 3LLR A; 2M0Y A; 3OYK A; 2GCX A; 5I11 A; 3CXC P; 2OTL A; 4KUD K; 3C94 A; 3VS7 A; 1PWT A; 3LWH A; 1EX4 A; 4MZM A; 3G1J A; 4PLI A; 2F5K A; 3OS2 A; 2DPP B; 2C06 A; 2ZPF B; 3VYG A; 1MUZ A; 3I56 A; 4BD3 A; 3EGU A; 1QWE A; 2OTJ T; 2VXF A; 1ZX6 A; 3CCU A; 4M77 F; 3JB9 J; 1VQL Q; 4BI3 A; 4ATO A; 3VS4 A; 3EHQ A; 5LJ5 j; 3HSB A; 3FJP A; 4OB2 B; 4Q5W A; 4IIM A; 1X2Q A; 1K8A C; 3VUZ A; 3G71 A; 1JBM A; 1QVG S; 1WPY A; 1BIB A; 5LJ5 d; 3JCM X; 1RUW A; 1YFN A; 1BI3 A; 2RI5 A; 3TRE A; 4J83 A; 4C8Q E; 1WIE A; 1W1F A; 1PSE A; 4PL6 A; 4AG1 C; 1P92 A; 1AWW A; 1UJY A; 2JJ9 A; 3MET A; 1MV0 B; 4C5E A; 4ORZ A; 2ESW A; 2DZC A; 4AT1 B; 2HBP A; 4ESR A; 4ZGJ B; 4PFO A; 1SSH A; 2ROT A; 3KFV A; 4FW2 A; 4F7U F; 1KQ2 A; 4Z02 A; 4O6J A; 3M9Q A; 5KE3 A; 2MIO A; 2KI7 A; 4NL3 A; 2GNC A; 4M78 A; 1KC8 U; 1KQS A; 1I07 A; 3EFO B; 3CC2 T; 5GAO p; 1UJ0 A; 4Z8A A; 4FW1 A; 5C6S A; 5GAN f; 3I35 A; 3MP6 A; 4IIO A; 4LDY A; 1OX8 A; 4IUV A; 1YNZ A; 1OX9 A; 1ZUY A; 5GMK i; 1QQJ A; 2NLU A; 1K1Z A; 3REB B; 2F69 A; 5FW9 A; 3E1S A; 3PNW C; 3CCQ T; 5GMK e; 2JVV A; 3GLX A; 3S3M A; 2V8I A; 2K3B A; 1QVF S; 5KE2 A; 2KRS A; 3OS1 A; 2O4X B; 2CP0 A; 1NLO C; 3SFM A; 2V26 A; 3H0I A; 1QKW A; 4C92 B; 4J6X A; 1VQO T; 3CME Q; 3J7A F; 4LN2 A; 4J9F A; 2YLC A; 2L2P A; 4OGE A; 4DOV A; 5DLO A; 4A4F A; 1D1C A; 3L2R A; 3G6E T; 4DBH A; 1ZHI A; 1X43 A; 5GAM j; 1ZQ1 A; 1YJN A; 4KH1 B; 4O5V A; 4C0Z A; 4WCI A; 2RO0 A; 3CCS T; 1IGQ A; 1M8V A; 4JJB A; 1OV3 A; 3AHU A; 4NOY A; 5GAM d; 1BU1 A; 3OYH A; 1FWZ A; 1U1S A; 4OB0 B; 2ZPH B; 4FYX B; 4C8Q F; 1X6B A; 2EPD A; 1VQP Q; 3CCE A; 1G3S A; 5HKC A; 1K8A U; 1WJR A; 3VRZ A; 4EMG A; 4OMP A; 2BIV A; 3OYM A; 2V8J A; 1ZSZ B; 1KJW A; 1ACM B; 3PIP A; 3QZ5 B; 1PG5 B; 1MNE A; 3NMZ C; 1AZE A; 2DIG A; 3A98 A; 1E7O A; 2HQE A; 1SF9 A; 5CKE A; 2W0Z A; 1T0J A; 4E2F B; 1O75 A; 2EVR A; 3FLG A; 4EMK B; 2DO3 A; 3OS5 A; 1M90 R; 3C12 A; 3EFO A; 1QKX A; 4OMQ A; 4M78 C; 3QO3 A; 2MOX A; 2VWF A; 3I56 T; 4R55 A; 3BFM A; 1YI2 Q; 1AVZ C; 3NFC A; 2EJG A; 1QP3 A; 2QG9 B; 4XTU A; 2CSQ A; 5FRM A; 3QUI A; 2BE9 B; 1KIK A; 1VQ7 T; 1CKA A; 2QI2 A; 5A0L A; 3GNG A; 1N8R C; 1Y71 A; 2D8H A; 3UAT A; 2M1H A; 5CO7 A; 1RAG B; 3FB9 A; 3QII A; 1M1G A; 4QVD A; 2O4X A; 3WVE B; 4B9X A; 4LDV A; 4C92 A; 1YJ9 A; 5CIU A; 1BI1 A; 3HRT A; 2CKK A; 1KQ1 A; 3GP8 A; 4HVV A; 1VQL A; 2E1H A; 3PFS A; 2XI9 A; 4QQ6 A; 3QDF A; 1VQ5 A; 4BAC A; 1FMK A; 2E5K A; 2LJ1 A; 2A7Y A; 1QVG P; 3KUF A; 2KY9 A; 1V1C A; 2KQW A; 3CC7 A; 3EG9 B; 4Y91 A; 3LW5 E; 1ARK A; 5DM7 R; 2L0A A; 2XID A; 2PUK B; 1IRX A; 4Y28 E; 1YIT T; 1VYU A; 4HKE A; 4PJO E; 2XMF A; 4RTY A; 2OAW A; 4AFZ C; 2LCS A; 5A2Q E; 3J81 E; 1WXB A; 2JM9 A; 1ZSZ A; 2F1L A; 2VAS A; 1MMG A; 3RDV A; 2RHX A; 3JCM e; 2CSI A; 2D0Q B; 3MJX A; 4J6Y A; 1VQK Q; 3CD6 T; 1ZSG A; 1UGV A; 3A8G B; 2CGH A; 4XTX A; 1KQS S; 2GTO A; 2J05 A; 4M78 D; 2ED1 A; 1VQ4 T; 3EH2 A; 3FIF A; 5FLX E; 2DRM A; 1JJ2 S; 2DET A; 2DIL A; 4EMK A; 2E3H A; 5AYF A; 5FU6 B; 4J7F A; 4ME7 A; 2KSS A; 1RI0 A; 4OMM A; 5ECA A; 1M4Z A; 1TTH B; 4JJD A; 2YRV A; 3CPW S; 3CCJ A; 8ATC B; 1AWO A; 1WFW A; 2E5Q A; 2FG0 A; 4C5G A; 1VQ8 T; 4M77 B; 1ABO A; 1NLP C; 1QP2 A; 3CBO A; 1R77 A; 4FM4 B; 3UA7 A; 4M7A E; 5DLQ E; 3JB9 D; 1I1J A; 1HK9 A; 1YP5 A; 3C4S A; 2RJE A; 2EBP A; 2KRM A; 2X51 A; 3V7C A; 1T3L A; 2QAS A; 3UA6 A; 2P0Q A; 3ZBD A; 5GAO r; 4M7D C; 3T9N A; 2LCC A; 3I5R A; 1FMV A; 1NG2 A; 5GAN g; 2WSE E; 4FSS A; 2A08 A; 2A36 A; 1B34 B; 4P5N A; 2CUB A; 1MND A; 2CDT A; 4LE9 A; 4C92 C; 3VKI A; 2YRC A; 2OTL Q; 5CCA A; 3OS0 A; 5GMK l; 3OYA A; 2DJZ A; 3RER A; 4M75 E; 1N8R U; 2AK5 A; 3QG1 A; 3OW2 A; 1TUG B; 4J8O A; 3DKM A; 2JN0 A; 3EG9 A; 4F7U B; 1K76 A; 2CYZ B; 3CCU Q; 1UGS B; 5LJ5 e; 3MPU B; 4PJO F; 1YIJ T; 4II1 A; 2FPF A; 3FRN A; 2DK3 A; 4FL6 A; 2F2V A; 2HEQ A; 4FT4 A; 3G71 Q; 4KUL A; 4MZP A; 4OML A; 4M7D F; 3A1P A; 4DBF A; 1QCF A; 4KGV B; 1Y7X A; 3RKW A; 3RMS A; 5LJ3 h; 4M78 G; 1ZUU A; 1ZSZ C; 5GAO l; 3TSZ A; 3GOX A; 2O2O A; 2JNG A; 3BDL A; 4JZ4 A; 2GBQ A; 2JS0 A; 1WHK A; 1H3Z A; 3HRS A; 5I2M A; 1X2K A; 4OGC A; 1K9M R; 8AT1 B; 2K3X A; 4M77 A; 1YI2 A; 4M7A F; 3RES A; 3MEW A; 3FC3 A; 1D0X A; 4VUB A; 1VQL T; 4MML A; 1TUC A; 2QDY B; 3JB9 I; 2O01 E; 2KYB A; 2JW4 A; 3QSU A; 3MCA B; 5GAN h; 1B7T A; 1W6X A; 2DTH A; 1Y0M A; 1PD0 A; 4PNO A; 2X3X D; 1H92 A; 2HL5 C; 4C92 D; 2FPE A; 2DIQ A; 1Q7Y C; 2KR3 A; 1B34 A; 1X27 A; 4A63 B; 1N5Z A; 4AFS C; 4C8Q B; 4RG8 A; 3O8V A; 4B6M A; 2NYS A; 2HBW A; 2QXF A; 4M75 F; 1LJO A; 1NEB A; 3F70 A; 2XDD A; 5GAO n; 4AMC A; 2GFU A; 2FVU A; 2DF6 A; 1U3O A; 2JUF A; 3VS0 A; 4F7U A; 5A0G A; 1N27 A; 3H41 A; 3X26 B; 4OB3 B; 4CC3 A; 2ZGW A; 4LUD A; 2VC8 A; 4BDZ A; 2K4Y A; 2D1X A; 2DXT A; 5GAM e; 3EG2 A; 4J9D A; 3LX7 A; 4JRP A; 1YWO A; 1GCP A; 5KH6 A; 1YJN Q; 2RM4 A; 4RTV A; 5GAN j; 1TUD A; 1U06 A; 4F17 A; 4LXC A; 2QTV A; 4ZTJ A; 2A37 A; 5M9O A; 2QA4 A; 4DBR A; 2QQB A; 5IN1 A; 1KQS P; 3V8K A; 2AKL A; 2Z0W A; 3S6W A; 4X9D A; 1JJ2 P; 2RQR A; 3CCE Q; 1SRL A; 4PJL A; 3LGF A; 2D9T A; 2DM1 A; 2GF7 A; 2QQR A; 1M8M A; 1UHC A; 1X69 A; 2H8H A; 2MWP A; 2R5A A; 2COZ A; 3TU4 K; 3CPW P; 5FU6 C; 2DXB A; 1VA7 A; 4QT7 A; 4E7L A; 4QQG A; 3QWX X; 2G6F X; 3OYB A; 1Q82 R; 4M7D G; 3FEO A; 1G3Y A; 1NPP A; 5CKF A; 1JB0 E; 2K3Y A; 2O88 A; 4M77 C; 2O9V A; 2DD4 A; 4N4H A; 1YJW Q; 3CME T; 2PU9 B; 1GBQ A; 1NEG A; 1TH7 A; 2Y4X A; 2RNA A; 4C92 G; 4K11 A; 3H0H A; 2FZC B; 1SEM A; 4LUE A; 4JLI A; 5FRO A; 2CZ0 B; 4C8Q A; 3PMT A; 2RI2 A; 1Q81 R; 3PE0 A; 4BY6 C; 1LCK A; 4J7I A; 4DEX A; 3M58 A; 1VQP T; 2KAF A; 3QPH A; 2GQI A; 5GAN 6; 1AEY A; 4FYW B; 1U5S A; 1Q7Y U; 3QHS A; 3H0F A; 3P8D A; 5KYU B; 4N0A A; 1YJ9 Q; 2X35 A; 3RUX A; 1OU9 A; 3HL8 A; 4XTW A; 1VQ5 Q; 4C5I A; 2KT8 A; 4BE0 A; 2IPO B; 2E3I A; 4J9E A; 4HCK A; 3M55 A; 2RMO A; 4NS5 A; 4CI0 C; 2RB6 A; 3OY9 A; 1BYM A; 3CC7 Q; 3V7R A; 2HL3 A; 3WVD B; 4RTW A; 1YI2 T; 4ZTF A; 1AWJ A; 3EHR A; 3NTH A; 2CZ6 B; 3OYY A; 5IXB A; 2PUO B; 2YRD A; 4JJC A; 3CCL A; 5LJ3 f; 4RTX A; 3CCV A; 5CR2 A; 4A4H A; 3LWI A; 3M59 A; 4HVW A; 2L3R A; 2CZ7 B; 2KMT A; 4A4K A; 3A8H B; 2LNV A; 4M77 D; 2L8D A; 3OSV A; 4PFZ A; 3VUB A; 2V1R A; 1VQ9 A; 5EG2 A; 2KBT A; 3ULR B; 1C1A A; 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4X1V A; 3EG0 A; 3MKD A; 4L6V 5; 3GIB A; 1ZA1 B; 2K5I A; 1M3C A; 4C8Q D; 2AKK A; 5CK9 A; 2RQU A; 4ANJ A; 3CCU T; 2K57 A; 1JQQ A; 2XHC A; 1WQW A; 5GAN 2; 4B9W A; 1B07 A; 3OW2 P; 2DL3 A; 4F7U G; 1QCO A; 4M7D A; 3CEY A; 1XNI A; 2EGE A; 4KT0 E; 4L5G A; 5LJ5 f; 1K73 C; 2RF0 A; 1PM3 A; 2RHZ A; 2B8A A; 1F1B B; 3G71 T; 1D0Y A; 2H3E B; 2EW3 A; 2RJD A; 2DL5 A; 1ZBX A; 1M5Q 1; 2I2L A; 1KK7 A; 2ZCF B; 2DX1 A; 2ZPI B; 3VU3 C; 1J3T A; 3X24 B; 2DKG A; 2JTE A; 2RK2 A; 1VQM A; 2FB7 A; 2DL4 A; 2FPD A; 2E4H A; 3SDZ A; 3E9F A; 3X25 B; 1H64 1; 2COW A; 2EYZ A; 3HRU A; 4LDX A; 3H8Z A; 1NYF A; 2KXD A; 4XTV A; 1YWP A; 1B3Q A; 4RG2 A; 3LYI A; 1RAE B; 1BBZ A; 3S3N A; 2EYW A; 1Q86 R; 3G4S A; 4DA4 A; 4RUG A; 2LRQ A; 2EQU A; 5I2S A; 5CVI A; 2QA4 Q; 3PGG A; 2YUO A; 1ZLM A; 2DA9 A; 1G3T A; 2E12 A; 6AT1 B; 3TVT A; 5LJ3 g; 4HT8 A; 2KDS A; 2L5Q A; 5KYX A; 1I5L A; 2R58 A; 1PC0 A; 2J6F A; 3JB9 F; 4C8Q G; 1WXT A; 5IAY A; 4X9C A; 1A0N B; 2H3J A; 3OYE A; 4D8K A; 1ZBJ A; 2PZ1 A; 5GMK h; 2XU8 A; 2YUN A; 1M1K C; 2XIC A; 3DLM A; 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