The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
110
|
structure length |
110
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Chain Sequence |
PSAGSHHNDKLHFKKGDTVIVLSGKHKGQTGKVLLALPRDQKVVVEGVNVITKNVKPSMTNPQGGQEQRELALHASKVALVDPETGKATRVRKQIVDGKKVRVAVASGKT
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
50S ribosomal protein L1
|
| publication title |
Crystallographic characterization of the ribosomal binding site and molecular mechanism of action of Hygromycin A.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
11
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| structure length |
110
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| sequence length |
110
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-09-08 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| R | PF00467 | KOW | KOW motif |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3ER0 A; 1VQ6 A; 1Q7Y C; 5HY6 A; 1QVG A; 4CRI A; 1KD1 U; 1QVF S; 3CCV T; 1VQO A; 1VQ5 T; 3G6E T; 1YJN A; 3CCJ T; 3CMA T; 1QVF A; 2E70 A; 1NZ9 A; 3CXC S; 3I55 A; 2QEX T; 3CXC A; 2EIF A; 2MWP A; 2LVM A; 2JUF A; 3KBG A; 2OTJ T; 5FLX E; 1YIJ T; 1VQ7 T; 5DM7 R; 1YIT T; 3P8B B; 5J3B A; 3OW2 A; 1VQ9 T; 3CCE T; 1VQP T; 3CC7 T; 3PIO A; 3JAM E; 3CD6 T; 1VQ4 A; 1BKB A; 3CPF A; 1K73 U; 1JJ2 S; 1K9M C; 3CC4 A; 1Q82 U; 1VQ8 T; 1S72 A; 3J7A F; 5IAY A; 3G4S A; 3CCL T; 1NPP A; 3CCM T; 4QQD A; 1JJ2 A; 1M1K U; 1VQL A; 1VQM A; 1YJW A; 1VQN A; 4X34 A; 1UEB A; 3TRE A; 1NPR A; 1VQ5 A; 3G6E A; 3DLL A; 1Q86 U; 3OYY A; 2KDS A; 3CCS T; 1XNI A; 1Q81 U; 1SSF A; 3CCQ T; 3I56 A; 1XTD A; 1M1K C; 1KD1 C; 3CC2 T; 3CCR T; 3G71 A; 1YIJ A; 1VQ7 A; 2JNG A; 2KVQ G; 3CME T; 1YIT A; 1M90 U; 2OTL A; 2L3R A; 1M1G A; 1YJ9 T; 1VQK A; 1YJN T; 5J26 A; 1YHQ T; 1YI2 A; 3J80 E; 2G3R A; 3CCU A; 2QA4 T; 3DB4 A; 5IT9 E; 3I55 T; 1KQS S; 1N8R U; 1M90 C; 3CCV A; 1K8A U; 2CKK A; 2JOY A; 3CCJ A; 1KQS A; 4ZN1 A; 3CMA A; 1K73 C; 1KC8 U; 1Q82 C; 1YBY A; 2E6Z A; 5A2Q E; 3LGF A; 2QEX A; 1X6O A; 1VQ4 T; 3CC4 T; 2OTJ A; 3CC2 A; 1S72 T; 1IZ6 A; 3G4S T; 4RG2 A; 1Q86 C; 3CCE A; 1VQ9 A; 1VQL T; 3CC7 A; 1VQM T; 1VQP A; 1VQ6 T; 4YTL A; 5LL6 S; 3CD6 A; 1VQN T; 3PIP A; 3LH0 A; 1VQO T; 1Q81 C; 1YJ9 A; 1VQ8 A; 1EIF A; 1YHQ A; 3CCM A; 2DO3 A; 2LQ8 A; 3HKS A; 3CCL A; 4TVR A; 1W2B S; 2QA4 A; 2LCL A; 3CPW S; 1K9M U; 1NJI U; 3I56 T; 1KHI A; 1W2B A; 1RL2 A; 2MWO A; 3CPW A; 3OW2 S; 4ZN3 A; 3G71 T; 3DB3 A; 3CCS A; 1Q7Y U; 3J81 E; 3A5Z B; 3LGL A; 2OTL T; 2JVV A; 3CCQ A; 5DLQ E; 1N8R C; 2MI6 A; 3CCR A; 1NJI C; 1K8A C; 1VQK T; 1YI2 T; 2IG0 A; 1QVG S; 3CME A; 1KC8 C; 2XHC A; 3CCU T; 1YJW T; #chains in the Genus database with same CATH topology 2DIQ A; 1M2V B; 4J9D A; 4F7U A; 4C5I A; 1C0M A; 1M3B A; 1BK2 A; 1QVF P; 1QVF A; 3EGX B; 1WPY A; 2LMJ A; 1MHN A; 2DXB A; 4LUE A; 5GAN g; 4M75 G; 4C0D B; 2K2M A; 1RAD B; 4ELZ C; 4D8D A; 3TVT A; 4BB7 A; 1R77 A; 1NYF A; 1K0X A; 4ZTJ A; 1YJW A; 3BE3 A; 4RG8 A; 1UEB A; 3VRZ A; 1VQ5 A; 3U23 A; 4M7D D; 2PU9 B; 2LJ3 A; 1WZO A; 3JSC A; 4JRI A; 2GGR A; 3M0S A; 4F7U G; 5LJ5 f; 1QP2 A; 3JCM V; 2NYS A; 2M02 A; 5FRM A; 2JJ9 A; 1PSF A; 1EZZ B; 1IRE B; 3RMQ A; 1VYV A; 2DET A; 1W6X A; 1M1G A; 1VYT A; 1SHF A; 1YI2 A; 4C92 D; 2LX9 A; 4OB0 B; 1S1N A; 2KAF A; 5J39 A; 1ZUY A; 1KQS P; 1KQS A; 1WHH A; 3VJP A; 1LVK A; 1KC8 U; 2DL3 A; 2DJZ A; 3VUB A; 4M77 B; 3QHS A; 4PKC C; 2M0O A; 4MML A; 1VQM T; 5KYU A; 1TU0 B; 3EG2 A; 2R5M A; 4OMM A; 3GNF B; 2VVK A; 2V8K A; 1VQK Q; 1M30 A; 3VS4 A; 4JPB W; 2LCS A; 2DMO A; 5I21 A; 1JXM A; 1W4S A; 3CPW S; 4M75 B; 1KSW A; 2YWW A; 2QQ9 A; 2FO0 A; 2XD0 A; 5CQX A; 1AEY A; 2L8D A; 2QTV A; 1KJW A; 1ARK A; 2C06 A; 1YCY A; 3MJX A; 1VQ6 A; 1T3L A; 2FVU A; 3QUI A; 3QDR B; 1VQ8 Q; 1NLP C; 4P5N A; 3OSV A; 3H9N A; 4BI4 A; 1G3T A; 2QEX T; 4XQ3 A; 3VYH B; 1WYX A; 1RLQ C; 2HCK A; 2E3H A; 3P8B B; 3X25 B; 1OPL A; 2V8I A; 1VQ9 T; 1IRX A; 3OYC A; 2CYZ B; 1JJ2 S; 2LQN A; 1ZX6 A; 2QK0 A; 5HCK A; 3G4S A; 2PVG B; 4IUQ A; 2CSI A; 1AT1 B; 1K1Z A; 2O4X A; 1VQM Q; 3FJ5 A; 3M4G A; 2VAS A; 2GCX A; 4ZGJ B; 1RAB B; 3VRY A; 2JXB A; 3T9N A; 3X20 B; 3OYB A; 3CXC P; 4J8O A; 3JCM e; 3L42 A; 3I56 A; 3V7C A; 2X4W A; 4F7U F; 4M7D C; 3AT1 B; 1UHC A; 1TUD A; 1M90 U; 2E1H A; 2Y4X A; 1M2O A; 4E7H A; 1SRM A; 3RES A; 2RQW A; 3J80 E; 2VGM A; 4EMK C; 3GOX A; 3OYH A; 1VQL Q; 1JEG A; 1M90 C; 1FXX A; 4RTX A; 7AT1 B; 3OYD A; 4E7J A; 3TSZ A; 5LJ5 j; 3EHR A; 2O9S A; 2P84 A; 3CC4 T; 2OTJ A; 1RUW A; 2RHX A; 2CZ0 B; 1WJR A; 2LC4 A; 4JS5 A; 3REA B; 2RD1 A; 2YUO A; 4QQG A; 3A8M B; 4BD3 A; 2RB6 A; 2JTE A; 3CCL A; 4M7D A; 1NJI U; 1WHK A; 1RL2 A; 3RER A; 4RTY A; 1ACM B; 3A8O B; 3J81 E; 4PFO A; 2HQE A; 2YRD A; 5DLQ E; 4EMK A; 1U5S A; 3I5R A; 1NJI C; 2KMT A; 2Z0W A; 4ZGD B; 9ATC B; 4C92 A; 3QZ5 B; 2D1X A; 3L2V A; 4HCZ A; 2FHD A; 3CCV T; 3S3O A; 4J83 A; 5KYX A; 4OMN A; 3X28 B; 2XDD A; 1Y0M A; 5GAM d; 4LN2 A; 3KBG A; 1YN8 A; 1LPL A; 2F5K A; 3GNG A; 4F17 A; 3CD6 T; 2EYZ A; 1K9M C; 1U8R A; 1S72 A; 4OML A; 1M90 R; 4N4H A; 4NOY A; 3NMZ C; 4A53 A; 5IHI A; 2JMC A; 3BY7 A; 2E5Q A; 1Q86 U; 3CCS T; 2KY9 A; 1UGR B; 2CH4 A; 2O4X B; 3I55 Q; 3MO8 A; 1XTD A; 1HK9 A; 3RUX A; 1VA7 A; 2FPE A; 1SSH A; 4DA4 A; 2L3Q A; 1VQ4 Q; 1GXI E; 2MOX A; 2QA4 T; 2VB6 A; 1ZLM A; 3GPL A; 4ATO A; 3HTR A; 1G3W A; 3WVE B; 3MEV A; 1X2K A; 3UF4 A; 4HVV A; 2E5K A; 4BY6 C; 1UGV A; 1NYG A; 1NJI R; 1M8M A; 1AOJ A; 2P0K A; 1YWP A; 1BI1 A; 2P4T A; 1IGQ A; 4C0G A; 3LYI A; 3V7S A; 3INZ A; 3LLR A; 5LL6 S; 2F2X A; 4OVA A; 2YDL A; 4XAX B; 4XTV A; 4A4F A; 2C0O A; 3AHU A; 2JN0 A; 1WXU A; 2H8H A; 2DRK A; 1KHI A; 3M56 A; 1MV3 A; 1UJY A; 3PT9 A; 3CMA Q; 4FSX A; 5D6Y A; 4CC7 A; 2JVV A; 2DX1 A; 3O8V A; 2ZPI B; 4CI0 C; 5IH2 A; 1YJW T; 3CCE Q; 1VOM A; 1VQ5 T; 1WIE A; 2K9G A; 3CXC S; 1ZA1 B; 1QMC A; 4FYV B; 2KYM A; 2QA4 Q; 2LVM A; 5A0L A; 2JUF A; 5KYX B; 1OPK A; 1Q86 R; 2J6K A; 2OJ2 A; 3C94 A; 3CC7 T; 4M7D F; 1RAI B; 4OMO A; 1BKB A; 1QWF A; 1FX7 A; 2A7Y A; 2ZPG B; 3J7A F; 2A28 A; 3OS5 A; 4QVC A; 4FYW B; 5KCH A; 1VQM A; 1I5O B; 4AFZ C; 3HFN A; 1GBR A; 4DOW A; 2DNU A; 2EYW A; 4J6W A; 4C8Q C; 3HRT A; 2EKH A; 5GMK h; 1LJO A; 3UA7 A; 1SSF A; 4BI8 B; 3H0H A; 3RKW A; 2EPD A; 1R0C B; 1TG0 A; 2JNG A; 2VXE A; 1YIT A; 2L3R A; 4M7A C; 2RH2 A; 1XJW B; 2RJF A; 1OZ3 A; 3DLM A; 1WQW A; 3MEA A; 3UDC A; 3M59 A; 5FU6 C; 4XTX A; 1YJW Q; 2X3X D; 4E47 A; 3A1P A; 1WFW A; 1Z9Z A; 1I81 A; 1VQ5 Q; 1D3B A; 1WNL A; 2QEX A; 3PTA A; 4F7U E; 2KRN A; 2KK4 A; 5L8R E; 2HBP A; 2A08 A; 4HCC A; 3GF5 A; 1VQ9 A; 1VQ6 T; 3ME9 A; 1TSF A; 4GLM A; 1Q81 C; 2KXC A; 4E6R A; 2DEU A; 5KE3 A; 1MMN A; 3V8K A; 1CSK A; 1YI2 Q; 1GRI A; 1KFZ A; 2EVR A; 1X01 A; 1W2B A; 5GMK e; 3WXM B; 1Q7Y U; 1H64 1; 3NTK A; 2GF7 A; 3H0F A; 2DLP A; 2X9H A; 4HVU A; 3PFS A; 3CCU T; 2JS0 A; 3QKJ A; 1Q7Y C; 3UPU A; 4ZGE B; 4B9X A; 1VQO A; 5GAO q; 3EG3 A; 2KEA A; 3PMT A; 1RAH B; 4C8Q G; 1E6G A; 4BY6 B; 2LT1 A; 3N5B B; 4BUG A; 4BAC A; 4RTZ A; 1WQ7 A; 5J3B A; 3RIR A; 3OW2 P; 2L5Q A; 3OW2 A; 2YSQ A; 3CPF A; 3I35 A; 3CC4 A; 4M7A G; 2GFU A; 3GBQ A; 4EPC A; 5KE2 A; 1NPP A; 1M1K U; 5GAN 4; 1ZA2 B; 4PNO A; 4X9D A; 1VQ6 Q; 1RAC B; 3DLL A; 1BU1 A; 4NL2 A; 2HZY A; 4RTU A; 5CIU A; 2DTH A; 1BCO A; 2X3W D; 4C0F A; 1M1K C; 3FIF A; 4MDW A; 1FMK A; 4R0K A; 3VYG A; 3CME T; 1AD5 A; 5GAO p; 2YRC A; 2DK3 A; 1N5Z A; 2CH4 W; 1PC0 A; 1OOT A; 2MMP A; 1YJN T; 1RLP C; 1TS9 A; 1K0S A; 3I5S A; 1FMV A; 3G4S Q; 1X2Q A; 3CCV A; 2LJ0 A; 1UDL A; 1PM3 A; 3EG1 A; 5GAM g; 2QTX A; 3RMS A; 3CBM A; 3QXE B; 2OAW A; 4V2S A; 3S3N A; 3JB9 I; 4LDV A; 2ENM A; 1O9S A; 1PKT A; 1Q7Y R; 1MUZ A; 1KIK A; 3CD6 A; 1IO6 A; 2F69 A; 4C5E A; 2QAS A; 1JU5 C; 3VS6 A; 4C8Q B; 1MMD A; 1NE8 A; 5GAM e; 3DKM A; 4XU1 A; 4OB3 B; 4J7F A; 3CCS A; 1NBE B; 2RK2 A; 2FB7 A; 1H92 A; 2CZ7 B; 2DAQ A; 1DJ7 B; 4M7A B; 1N8R C; 4FIB A; 4OGE A; 4J9B A; 2HEQ A; 3EGD A; 4PLL A; 1UB4 A; 2XHC A; 3SWN A; 2K57 A; 3ER0 A; 3CME Q; 2X51 A; 5FU6 B; 2PUK B; 3CCJ T; 1KQ1 A; 2A0F B; 1YJN Q; 2DRM A; 4HCK A; 4AFQ C; 5CAI A; 1M1K R; 2BKD N; 3CCL Q; 4F04 B; 2P0P A; 2IIM A; 4IKF A; 4E7L A; 2MWP A; 3VKI A; 4C8Q F; 2KT8 A; 5GJW B; 1NEB A; 3RDV A; 5DM7 R; 4LDX A; 2X4Y A; 4J9E A; 1PKS A; 1VQP T; 1NG2 A; 1G3Y A; 2RJC A; 5HK3 A; 4M7A F; 3CCM T; 2XID A; 4QQD A; 2DTO A; 3QJ6 A; 4A4H A; 4IUU A; 2E6N A; 2EGC A; 3SB2 A; 1WJS A; 4Z8A A; 3EG0 A; 2O2O A; 4ME7 A; 4LNP A; 1YCS B; 1NLO C; 3A8L B; 3R6N A; 4M7D E; 4OMP A; 1U1T A; 4C5H A; 2BTT A; 4HA8 A; 1V1C A; 3EFS A; 5LJ5 d; 2FRW A; 3M0R A; 1S72 Q; 3DB4 A; 2JS2 A; 2EBP A; 1K76 A; 4LXC A; 3FRN A; 3HSB A; 2CZ1 B; 1ZBX A; 1Y96 A; 2DJQ A; 1N8R R; 4JRQ A; 2DVJ A; 3BW1 A; 2JW4 A; 2JT4 A; 1QCO A; 1PWT A; 5GAN e; 4PJL A; 3KFV A; 1SF9 A; 3CC7 A; 2K3B A; 3LX7 A; 5D6X A; 3RKX A; 2KE9 A; 1UG1 A; 2EFI A; 2MPX C; 1BIB A; 4D6W A; 1UTI A; 4IIO A; 4IUT A; 1UJ0 A; 5C0M A; 2DD5 A; 4PJJ A; 1AVZ C; 2EJF A; 8AT1 B; 3OW2 S; 1QVP A; 2K7A A; 2PQW A; 2X4J A; 3G71 T; 2PZ1 A; 3OQ5 A; 3V7R A; 2V8J A; 4AFU C; 2R58 A; 3L2R A; 4GLK A; 2IG0 A; 2JM8 A; 2NUP B; 2JTF A; 3H8Z A; 1KC8 C; 1QVG P; 1OX9 A; 1QVG A; 2BZY A; 4CC4 B; 2LP5 A; 3G7Z A; 1KK7 A; 3VS5 A; 4JDS A; 1U3O A; 1WGS A; 3JCM h; 3OYJ A; 2F1L A; 1YIT T; 4A54 A; 2AHJ B; 1B07 A; 4J9G A; 4M78 D; 2J05 A; 1I1J A; 3LH5 A; 2YHT A; 3D7S B; 4MZM A; 4PJO C; 5AT1 B; 2QQA A; 2DFU A; 2DL7 A; 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3FDR A; 5IHN A; 2EQJ A; 1RAA B; 1VQO Q; 4R56 A; 1QCF A; 4QVD A; 1QKX A; 3HPW A; 3GP8 A; 4AMC A; 4C8Q E; 2LDM A; 3CCR T; 4DBF A; 2CP3 A; 4M7D G; 4B9W A; 1JO8 A; 2RHY A; 2J7I A; 2VWF A; 3QWX X; 3M5A A; 2XKO C; 4M7A E; 1IHW A; 3CC4 Q; 4ZTF A; 5FWC A; 2P4R A; 1MV0 B; 3OS2 A; 1YNZ A; 1ZBJ A; 1FWZ A; 1KQS S; 2L3P A; 3CCJ A; 3NHN A; 4C92 G; 2B8A A; 4FT4 A; 2EQM A; 4C0Z A; 3BDU A; 3CC2 A; 4M78 A; 3TCJ A; 4Q5W A; 2DTI A; 3KXT A; 1Q86 C; 3TQ7 P; 1VQP A; 3NTH A; 2V1R A; 4NL3 A; 4PJO B; 4RCB A; 3CCM A; 3EHQ A; 3LWI A; 2KSS A; 2KBT A; 3NGP A; 3OYI A; 3CCV Q; 3E2U A; 4XTU A; 2QQS A; 5FRN A; 2DIL A; 4A4E A; 3MET A; 4O6J A; 5LJ3 d; 5FU7 C; 4B6M A; 1ZSZ C; 5CO7 A; 5LJ5 g; 2AZV A; 3C4S A; 5HY6 A; 3L2W A; 1K73 R; 2M1H A; 3CD6 Q; 3MP8 A; 4PJO F; 1NZ9 A; 1SRL A; 2GQI A; 2E41 A; 5LJ3 f; 4FL6 A; 2RJE A; 2YUP A; 4HKE A; 3OS0 A; 2CRE A; 4M7D B; 3CCS Q; 1JXO A; 5C6S A; 1N9S A; 2EKO A; 2QG9 B; 2E64 A; 1Q82 U; 4DEY A; 3E19 A; 3VV0 A; 5LJ5 e; 2CDT A; 3THK A; 2V1Q A; 4EMK B; 4E7K A; 2C0T A; 3HHT B; 3M53 A; 2HMA A; 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