The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
6
|
sequence length |
90
|
structure length |
90
|
Chain Sequence |
GSSGSSGKPPTYQVLEYGEAVAQYTFKGDLEVELSFRKGEHICLIRKVNENWYEGRITGTGRQGIFPASYVQVSREPRLRLCDDSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Cell adhesion
|
| molecule keywords |
Vinexin
|
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human Vinexin
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
6
|
| structure length |
90
|
| sequence length |
90
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-04-06 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1BBZ A; 1UFF A; 1Z9Z A; 1YWO A; 2RQU A; 4JJD A; 4LE9 A; 1GFD A; 2GNC A; 2J05 A; 1BB9 A; 2D0N A; 2ENM A; 2MCN A; 1AWW A; 4IIM A; 1WFW A; 2DVJ A; 4RUG A; 2DYB A; 3ZL7 C; 4F14 A; 4EIK A; 3EG0 A; 2J6F A; 1VA7 A; 4JZ3 A; 3EGU A; 1KFZ A; 1XOV A; 1ABQ A; 4RTU A; 2GTO A; 3THK A; 4F16 A; 1RUW A; 4CC3 A; 1W1F A; 2EBP A; 4J9C A; 2RN8 A; 1NLP C; 3I5R A; 2FG0 A; 1K0X A; 1WA7 A; 1SSH A; 2L2P A; 1QKW A; 3H0H A; 1AVZ C; 2DF6 A; 3RNJ A; 1UUE A; 2O88 A; 1HJD A; 2O2O A; 2DL4 A; 2JS0 A; 2X3W D; 2KRO A; 2JM8 A; 4GBQ A; 2ECZ A; 2CSI A; 3M0U A; 1VYV A; 3TSZ A; 1T3S A; 1ZUY A; 4HXJ A; 1AEY A; 1GRI A; 1AOJ A; 2EGE A; 1U06 A; 2OAW A; 2DL8 A; 5FWC A; 5GJV B; 2X3X D; 1K0S A; 1GCQ C; 3R6N A; 2QDL A; 1X2K A; 2MIO A; 1PKS A; 2BZ8 A; 5I22 A; 2EYY A; 1OV3 A; 3VS6 A; 1A0N B; 2KYB A; 3SEM A; 1JQQ A; 1NEB A; 1VYT A; 1BU1 A; 2A36 A; 2AKK A; 1LCK A; 2EGC A; 4J9H A; 1Y57 A; 3PE0 A; 3FJ5 A; 2KXC A; 1X6B A; 2DM1 A; 2LJ3 A; 3NHN A; 4RTX A; 2KR3 A; 1GL5 A; 1PKT A; 2DL5 A; 2KE9 A; 4X1V A; 2KGT A; 2CT3 A; 4J9D A; 4RTZ A; 2MOX A; 4D8D A; 2GQI A; 1ZBJ A; 1JU5 C; 2ABL A; 2J06 A; 1MUZ A; 2AZS A; 2DJQ A; 5FW9 A; 3VS2 A; 2ROL A; 4IIO A; 2LQW A; 1RLQ C; 1KIK A; 1K1Z A; 2J6O A; 1X69 A; 1I1J A; 5IXB A; 4A63 B; 2M0Y A; 1WIE A; 1PNJ A; 2K9G A; 1YP5 A; 3O5Z A; 1TG0 A; 1ZUK A; 2K79 A; 4AG1 C; 2AKL A; 4JPB W; 3CQT A; 4JZ4 A; 2YUP A; 1QLY A; 2KNB B; 3JV3 A; 2OI3 A; 1W70 A; 1UJY A; 2YUN A; 5HCK A; 2CUB A; 1IO6 A; 3M0T A; 1UG1 A; 2C0T A; 3VS1 A; 2JTE A; 1PRM C; 1FYN A; 1CSK A; 3REB B; 1JEG A; 2BZY A; 2F2W A; 1Z9Q A; 3M0R A; 1TUC A; 1M30 A; 1NLO C; 2C0O A; 4LUE A; 4J9I A; 1I0C A; 2HDA A; 1NG2 A; 1VYU A; 2EYW A; 2O9V A; 1M3B A; 2F2V A; 1U3O A; 2NUZ A; 1X6G A; 3RBB B; 3REA B; 2DIL A; 2FPF A; 1N5Z A; 1OOT A; 3QWY A; 2L3Q A; 3I5S A; 2CDT A; 2KEA A; 1BK2 A; 2YUO A; 1I07 A; 2B86 A; 1SEM A; 1PWT A; 1GCP A; 3PVL A; 2V1Q A; 1KSW A; 1PHT A; 2CUD A; 2BTT A; 4Z88 A; 4Z89 A; 3C0C A; 4M4Z A; 2BZX A; 3UA7 A; 3NMZ C; 1WLP B; 4Y92 A; 4LN2 A; 2EYX A; 1U5S A; 1ZX6 A; 3UF4 A; 1ZUU A; 2JMC A; 1GBR A; 2EGA A; 2FPE A; 3EHQ A; 4J9E A; 3A98 A; 2O31 A; 2O9S A; 4QT7 A; 1MV0 B; 2EW3 A; 1W6X A; 4R0K A; 1QWF A; 1NYG A; 2E5K A; 2KYM A; 1E6G A; 2PZ1 A; 2LMJ A; 1T0J A; 1JXO A; 3VS4 A; 2EKH A; 2RPN A; 2KRS A; 1UDL A; 1QKX A; 2P4R A; 2RMO A; 3M0P A; 1YWP A; 1J3T A; 2W10 A; 3NPF A; 4HCK A; 4Z8A A; 1RI9 A; 1KJW A; 3I35 A; 5IH2 A; 1ZLM A; 1NYF A; 2CRE A; 1GFC A; 1V1C A; 1UHF A; 1X2Q A; 2RNA A; 2JS2 A; 1YNZ A; 1WXU A; 2JW4 A; 1AD5 A; 1B07 A; 3SHW A; 1E6H A; 1UEC A; 2KBT A; 2KXD A; 4F17 A; 2A28 A; 2LZ6 B; 3GBQ A; 2RQT A; 1QWE A; 2V1R A; 1EFN A; 4AFU C; 2IIM A; 2DNU A; 1WXB A; 2SEM A; 2EVR A; 1UHC A; 4ZNX A; 2LX7 A; 2H8H A; 1SPK A; 4JJC A; 4OMO A; 1Y0M A; 2PNI A; 2G6F X; 1SHF A; 2FEI A; 5GJW B; 2DE0 X; 3TSW A; 1CKA A; 2CSQ A; 2NWM A; 3KFV A; 4HVW A; 2GTJ A; 2OJ2 A; 4J9G A; 3U23 A; 1CKB A; 2LQN A; 2YT6 A; 1G83 A; 2F2X A; 2L0A A; 1YCS B; 2PTK A; 2HEQ A; 2W0Z A; 4KRT A; 4AFZ C; 1SRL A; 2J6K A; 1SRM A; 1UTI A; 1ZSG A; 2D8H A; 1GBQ A; 1X27 A; 2HCK A; 5IHK A; 2CT4 A; 2DRM A; 1FMK A; 2DRK A; 2EYZ A; 4CC4 B; 1RLP C; 3QWX X; 2K6D A; 2CH4 A; 2AZV A; 1OPL A; 2ED0 A; 1GCQ A; 4RTT A; 2SRC A; 2RQR A; 2KT1 A; 1T0H A; 1M3A A; 4ESR A; 5EC7 A; 1ABO A; 2YUQ A; 3M0S A; 5FWB A; 4AFS C; 1E7O A; 3IQL A; 3UA6 A; 3ULR B; 4OMM A; 1H92 A; 1AWJ A; 2DBM A; 2YDL A; 3VS3 A; 3VS0 A; 3VRY A; 1ARK A; 1NEG A; 2A08 A; 2J7I A; 5I11 A; 1UGV A; 3TVT A; 1G2B A; 3UAT A; 2D8J A; 3PVQ A; 4FSS A; 4DEY A; 2RF0 A; 1PRL C; 4K11 A; 1H8K A; 4CC7 A; 2EPD A; 2JM9 A; 3EG3 A; 2LP5 A; 3I9Q A; 2LNH B; 4HVU A; 2LJ1 A; 1JO8 A; 2M51 A; 4ORZ A; 5IHN A; 2JT4 A; 1UJ0 A; 4D8K A; 2CH4 W; 1M3C A; 2FRY A; 2C0I A; 5ECA A; 1QCF A; 2DX1 A; 2LJ0 A; 3H0I A; 4RTW A; 2D1X A; 2K2M A; 2YSQ A; 1K9A A; 2A37 A; 2JXB A; 3H41 A; 2I0N A; 3NGP A; 4OMN A; 1NM7 A; 2KT8 A; 1K76 A; 4CC2 A; 1OPK A; 1T3L A; 4J9F A; 2KRM A; 3H0F A; 3EHR A; 1AZE A; 2GGR A; 1WI7 A; 3EG2 A; 5IHI A; 4E6R A; 4LNP A; 1WDX A; 3VS5 A; 1UE9 A; 4OML A; 2K7A A; 3EG1 A; 5L23 A; 4OMP A; 1TUD A; 2FRW A; 4AFQ C; 4HVV A; 2L3P A; 1H3H A; 1M8M A; 1WXT A; 1MV3 A; 2HBW A; 2JMA A; 2RQW A; 4GLM A; 4WCI A; 4DEX A; 4RTY A; 1SHG A; 1M27 C; 2DMO A; 4J9B A; 2DA9 A; 4OMQ A; 2ROT A; 2DBK A; 1AWX A; 2EQI A; 2VWF A; 2DL7 A; 2DL3 A; 1AZG B; 2ED1 A; 1S1N A; 1WX6 A; 3M0Q A; 2LCS A; 2VKN A; 2VVK A; 4RTV A; 2HSP A; 1X43 A; 1JXM A; 2FO0 A; 5IXF A; 1AWO A; 2ESW A; 4LUD A; 1B3Q A; 2K3B A; 2GBQ A; 1K4U S; 1OEB A; 1YN8 A; 2XMF A; 3VS7 A; 4AG2 C; 3VRZ A; 2L3S A; 1WYX A; 2KRN A; 2RQV A; 4JJB A; 2AK5 A; 2FPD A; 1HSQ A; 2DLP A; 1HD3 A; 3LH5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4J6X A; 3JB9 D; 1Z9Z A; 5I21 A; 3CPW S; 2RQU A; 4BE2 A; 1VQ6 T; 1GFD A; 3CC4 A; 2VGM A; 3CMA A; 3SDZ A; 2J05 A; 4FYW B; 1VQK Q; 1AWW A; 5GAM d; 3QBY A; 4IIM A; 1WFW A; 4PJO D; 1D0X A; 1DJ7 B; 2DVJ A; 2DIQ A; 4RUG A; 2DYB A; 1WJR A; 1OI1 A; 3ZL7 C; 2R5M A; 4EIK A; 1HXD A; 1TUG B; 3EG0 A; 3H8Z A; 4KH0 B; 1VA7 A; 5KE3 A; 2FHD A; 4QVZ A; 1ABQ A; 1D1C A; 2GFA A; 5HK3 A; 2DFU A; 2O4X B; 4CC3 A; 1G3Y A; 1W1F A; 2K5L A; 4FYY B; 2IVW A; 4ATO A; 3AT1 B; 3ME9 A; 2DK3 A; 2K2V A; 3I5R A; 4R56 A; 3CCS A; 1VQ7 A; 2DF6 A; 2CZ7 B; 3JCM c; 4RMO A; 2JS0 A; 4BY6 B; 2X3W D; 2KRO A; 3L2Z A; 4GBQ A; 3QDF A; 2CSI A; 3TSZ A; 7AT1 B; 4XTX A; 4DBR A; 1YI2 A; 1VQP Q; 2OAW A; 4B9X A; 2HSE B; 2HQE A; 1R0B G; 1VOM A; 1M90 U; 3I55 A; 5CKF A; 4MZM A; 5I22 A; 1SSF A; 4J7I A; 4C8Q A; 2AIR B; 1JQQ A; 2QQS A; 1UB4 A; 4M7A C; 2AKK A; 1LCK A; 4DBF A; 4J9H A; 2CZ6 B; 2DIG A; 3FJ5 A; 3CCM Q; 2YLC A; 1TH7 A; 5FLX E; 1K9M C; 4M77 D; 4E2F B; 4LDY A; 1KQ1 A; 4IUU A; 2DL5 A; 3DB4 A; 2WSE E; 3DLM A; 2HKN A; 2KGT A; 4PK4 A; 4ZN1 A; 4JUV A; 3EH2 A; 4J9D A; 2MOX A; 1OX8 A; 1VQ8 Q; 1JU5 C; 3EGD A; 5CKE A; 2AZS A; 3CC7 Q; 4J7F A; 3GF5 A; 5FW9 A; 1SF9 A; 2Y90 A; 3TCJ A; 3A5Z B; 1RLQ C; 2CZ1 B; 1YIJ Q; 1PNJ A; 3O5Z A; 2XID A; 3MEW A; 3FLG A; 3CCR A; 2K3X A; 2RJE A; 3JV3 A; 3V8J A; 1M2O A; 1UJY A; 3G71 A; 2YUN A; 4PLL A; 1K8A R; 2E5Q A; 1UG1 A; 2BE7 D; 1KD1 R; 1NPP A; 3FB9 A; 1YJN A; 2JTE A; 4M7A E; 1PRM C; 1FYN A; 4M7D A; 5CO7 A; 4GLK A; 1Z9Q A; 5CR2 A; 2E6N A; 5GAN 7; 1QVF S; 1I0C A; 2CP6 A; 3HRT A; 1KQS P; 4M75 D; 4JJN K; 2OTJ T; 2F2V A; 1YJ9 Q; 5KYW B; 3REA B; 2P0P A; 5HK0 A; 2FPF A; 1M1K R; 1OOT A; 1YFN A; 3I56 T; 3WVD B; 4ZN3 A; 3QYG B; 2CDT A; 2KEA A; 1BK2 A; 4AMC A; 4PJN A; 1NE8 A; 2DPP B; 1KQS S; 2X4J A; 3CCL T; 2LCC A; 4Z88 A; 3SD4 A; 1D1A A; 4M4Z A; 1QW1 A; 2BZX A; 8ATC B; 4X34 A; 2LTO A; 4F7U E; 2QA4 Q; 1U5S A; 3JB9 I; 2NUP B; 3TQ7 P; 1ZUU A; 1GBR A; 1VQ9 A; 1FXX A; 3EHQ A; 1U1T A; 4M7A G; 1Q7Y C; 3X28 B; 1R77 A; 1BKB A; 1M9S A; 1VQ4 T; 1QP3 A; 3A8G B; 1FMV A; 1NYG A; 2KYM A; 2V8K A; 3CCU T; 2JUF A; 2ZPB B; 2A3L A; 4PJL A; 2PZ1 A; 3CC4 Q; 4PJO C; 2P4T A; 1JXO A; 2EKO A; 3VS4 A; 4O5V A; 1UDL A; 1X6O A; 3QJ6 A; 4LDU A; 2P4R A; 5KYY A; 1J3T A; 2A0F B; 4ZGD B; 4HCK A; 3ASK A; 3I56 A; 2QQA A; 2CKK A; 4HCB A; 3L1A A; 3M5A A; 1ZLM A; 4QKU A; 3PFS A; 2CRE A; 1GFC A; 1V1C A; 2RI2 A; 3RR6 A; 1X2Q A; 3KXT A; 2JS2 A; 3OS5 A; 1YNZ A; 3FRN A; 2RI3 A; 3CCL A; 2G3R A; 1VQ7 Q; 5A0G A; 2K4Y A; 3V7R A; 3X26 B; 4F17 A; 3G6E Q; 3E19 A; 1O75 A; 2RQT A; 3E9F A; 1EFN A; 2DNU A; 1WXB A; 4JRI A; 2EVR A; 1JBM A; 1LJO A; 3D7S B; 1YI2 Q; 1SPK A; 4OMO A; 2KDS A; 3OYF A; 1IRX A; 1R8O B; 2DE0 X; 3CCU A; 1BI3 A; 3TSW A; 1OQK A; 3KFV A; 4HVW A; 4ELY C; 1XTD A; 4WTO B; 2HMA A; 3U23 A; 1CKB A; 2LQN A; 2YT6 A; 1G83 A; 1O9S A; 1ZA2 B; 2LT1 A; 4DA4 A; 1SRL A; 1W2B P; 4M77 C; 1UTI A; 1RAG B; 2D8H A; 2HCK A; 3OW2 A; 2CT4 A; 2DRM A; 2EYZ A; 2KI7 A; 4E7Z A; 2EQM A; 4EMG A; 2AZV A; 1OPL A; 4M78 B; 1C1A A; 1V29 B; 1H64 1; 5LJ3 e; 1BI2 A; 2SRC A; 2RQR A; 3VKI A; 3MEU A; 1HYO A; 2XDB A; 4A4G A; 1E7O A; 1LOJ A; 3L2R A; 3IQL A; 1H92 A; 1AWJ A; 4F04 B; 1W2B S; 2GF7 A; 2RK2 A; 2YDL A; 4MML A; 1D0Y A; 5HKC A; 5I11 A; 1TWB A; 3A8H B; 3MEV A; 1RAF B; 4XU0 A; 5GMK l; 3TVT A; 5KE2 A; 3PVQ A; 1Q81 U; 1EX4 A; 4FSS A; 4DEY A; 4HCC A; 4K11 A; 3URG A; 1U8R A; 4LD9 K; 3JB9 G; 3EG3 A; 4FYX B; 4R55 A; 4HKE A; 4PL6 A; 2FL7 A; 2LJ1 A; 5IHN A; 2LCL A; 1UJ0 A; 4BDZ A; 3CCR Q; 1VQP T; 2CH4 W; 2BUD A; 4PJO G; 4KT0 E; 4RTW A; 3H0I A; 2QQ9 A; 2ZPF B; 3G71 Q; 2JXB A; 5A0D A; 5DY9 A; 3J80 E; 1WHJ A; 1YJN Q; 2GGR A; 2LX9 A; 1QVF A; 3EG2 A; 4Y28 E; 4LNP A; 2HQX A; 4OML A; 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3QJY A; 3BFM A; 5LJ5 h; 2JTM A; 3ZFJ A; 1WHM A; 1K0S A; 1GCQ C; 3R6O A; 1X2K A; 1WNL A; 4TVR A; 2MIO A; 2YLB A; 3EFR A; 1WPY A; 2EYY A; 5GAN 8; 4OP0 A; 3VS6 A; 1A0N B; 3SEM A; 1NEB A; 2KSS A; 4XAX B; 1BU1 A; 2A36 A; 3RER A; 1VQO A; 3M4G A; 3M59 A; 3PE0 A; 5GAN 5; 3H9N A; 2DM1 A; 3NHN A; 4KUI A; 3OYY A; 5LJ3 j; 4C8Q G; 2KK4 A; 3CPF A; 2PU9 B; 3CEY A; 2KE9 A; 4X1V A; 3CD6 A; 2M1H A; 1OU8 A; 2CT3 A; 4RTZ A; 4QQG A; 2DTI A; 4D8D A; 2ABL A; 2QTV A; 5FU7 C; 4IUV A; 4E7K A; 1MNE A; 1K8A U; 4JRQ A; 4XTU A; 1Q7Y R; 1KD1 U; 4HCZ A; 2CP7 A; 3CPW P; 3HKS A; 5J39 A; 4FW2 A; 2LQW A; 2VAS A; 5GMK h; 1IHV A; 2PQW A; 1K1Z A; 1KIK A; 3G4S Q; 3NTH A; 1YP5 A; 1TG0 A; 1ZUK A; 3CCV Q; 2EAY A; 1Y96 A; 2XIC A; 3CQT A; 3G7Z A; 4L59 A; 2V8I A; 1B34 B; 2X9H A; 3DB3 A; 4JZ4 A; 1QLY A; 2KNB B; 3G6E T; 1M1K U; 2ZPH B; 1UEB A; 4JS4 A; 1YHQ Q; 1IO6 A; 3OYG A; 1IGQ A; 1N8R C; 2M02 A; 1MND A; 1CSK A; 1MMG A; 3REB B; 3M57 A; 1JEG A; 3JCM g; 5J3B A; 5GAN g; 2RH2 A; 3M0R A; 1TUC A; 1Q82 C; 4LD6 A; 1NLO C; 2C0O A; 4J9I A; 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