The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
11
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sequence length |
60
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structure length |
60
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Chain Sequence |
NSQLVVRAKFNFQQTNEDELSFSKGDVIHVTRVEEGGWWEGTHNGRTGWFPSNYVREIKP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
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| molecule keywords |
Rho guanine nucleotide exchange factor 7
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| publication title |
Cbl promotes clustering of endocytic adaptor proteins.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Rattus norvegicus
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| total genus |
11
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
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| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-08-03 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1AEY A; 1X2K A; 3THK A; 3VRY A; 2RNA A; 1S1N A; 2LMJ A; 2DVJ A; 2KYM A; 3REB B; 3VS1 A; 5FWC A; 2C0T A; 1AVZ C; 2HEQ A; 4JZ4 A; 2DL5 A; 1NEB A; 2LJ1 A; 2RPN A; 2JW4 A; 3M0R A; 3M0T A; 1K0S A; 2JXB A; 2FPF A; 1JQQ A; 1M3B A; 2NUZ A; 1SEM A; 2CT4 A; 2DRK A; 2HBW A; 1SRL A; 1AWJ A; 1M8M A; 1I1J A; 2KGT A; 2YUP A; 4LE9 A; 1JU5 C; 2KRO A; 2DL3 A; 1UE9 A; 2CUB A; 2HDA A; 3VS3 A; 2NWM A; 2YSQ A; 2DMO A; 1QKX A; 2FO0 A; 2LNH B; 4J9H A; 1UFF A; 2L3Q A; 1VYU A; 4Y92 A; 2KE9 A; 1W70 A; 2VVK A; 1UG1 A; 2A36 A; 1AZE A; 3EG2 A; 1UHC A; 3UF4 A; 1BBZ A; 2BZ8 A; 3NHN A; 5GJW B; 1ZX6 A; 1GCQ C; 2ESW A; 2QDL A; 1GL5 A; 2AKL A; 2JMC A; 2FRW A; 2DYB A; 5IXB A; 1CKA A; 3H41 A; 1PWT A; 1MV3 A; 3UA6 A; 1UTI A; 1AWW A; 2AKK A; 2I0N A; 1KJW A; 1SHG A; 2C0O A; 3VS7 A; 1KIK A; 2DL4 A; 4J9I A; 5IHI A; 4AFU C; 1SRM A; 4CC3 A; 1OV3 A; 4RTT A; 1PKT A; 2FG0 A; 3LH5 A; 1JO8 A; 1WI7 A; 3UA7 A; 2LQW A; 2SRC A; 4OMO A; 1NLP C; 2O9V A; 1WDX A; 1KFZ A; 4HVU A; 3VS5 A; 1HSQ A; 1E6H A; 1NYG A; 2O31 A; 4F14 A; 1X6G A; 1X43 A; 2F2V A; 1T0H A; 1QKW A; 1UHF A; 2W10 A; 5HCK A; 2DJQ A; 2LQN A; 1K9A A; 5I11 A; 1GBR A; 2P4R A; 2K3B A; 1MUZ A; 1GCQ A; 1X2Q A; 4AFS C; 1ABQ A; 4CC7 A; 2DIL A; 2EGE A; 4RTX A; 4JZ3 A; 1B07 A; 1LCK A; 4JJD A; 1J3T A; 2A37 A; 4Z88 A; 1K1Z A; 1HD3 A; 1RUW A; 2LJ0 A; 3RNJ A; 3EG1 A; 3C0C A; 1QWE A; 1SPK A; 4A63 B; 1B3Q A; 4AFZ C; 1K76 A; 1V1C A; 1ZUU A; 2AZV A; 2BZX A; 2K6D A; 2HCK A; 4EIK A; 3JV3 A; 1WX6 A; 2A08 A; 3SEM A; 1PKS A; 1GCP A; 1GBQ A; 1ZUK A; 2KYB A; 2DE0 X; 1VYT A; 3I35 A; 4J9G A; 3R6N A; 1NM7 A; 1Y0M A; 1FYN A; 1UJY A; 2O2O A; 2ENM A; 2JT4 A; 1RI9 A; 2CT3 A; 1WLP B; 1E6G A; 1GFC A; 2JTE A; 1YWP A; 2FEI A; 2JS0 A; 1M3C A; 5I22 A; 1WFW A; 2KRN A; 4J9E A; 2DBK A; 2F2W A; 1BK2 A; 1WA7 A; 1T3L A; 2GNC A; 2YUQ A; 4QT7 A; 1G83 A; 1X69 A; 3I9Q A; 3H0I A; 4AFQ C; 2EVR A; 3CQT A; 1Z9Z A; 1Z9Q A; 5IHN A; 1IO6 A; 2X3W D; 1UEC A; 2MOX A; 3NMZ C; 1N5Z A; 3RBB B; 2GBQ A; 2GTO A; 4D8K A; 1QCF A; 2FRY A; 2IIM A; 5IXF A; 4LN2 A; 4HVW A; 2RQV A; 1YCS B; 2FPE A; 1WXB A; 4LUD A; 2V1R A; 2DNU A; 4ORZ A; 1A0N B; 2OI3 A; 2EPD A; 4IIO A; 2F2X A; 2SEM A; 2JM8 A; 4LNP A; 2CDT A; 2KBT A; 3NGP A; 2EYZ A; 4RTW A; 1EFN A; 4OMM A; 2J6O A; 4CC4 B; 2K7A A; 2L0A A; 2GQI A; 1VYV A; 1T0J A; 4IIM A; 2E5K A; 2LCS A; 2KT8 A; 4RTZ A; 2J7I A; 2CSQ A; 3EG0 A; 3TSZ A; 1NLO C; 3TVT A; 1WXT A; 2CUD A; 4RTY A; 1G2B A; 1WXU A; 2J06 A; 3QWY A; 4KRT A; 2YUO A; 2FPD A; 2EGA A; 1XOV A; 1SHF A; 4R0K A; 2YDL A; 2LX7 A; 2EW3 A; 1NYF A; 1PRM C; 2VKN A; 1AOJ A; 1H92 A; 3TSW A; 2EYW A; 2KXD A; 1UUE A; 3PVL A; 4J9D A; 2YT6 A; 4M4Z A; 1MV0 B; 1E7O A; 2CH4 W; 1OEB A; 1QLY A; 1U5S A; 4AG2 C; 2DLP A; 1T3S A; 3M0P A; 2ABL A; 3M0S A; 4GBQ A; 4X1V A; 3EHQ A; 3QWX X; 1M30 A; 1HJD A; 3O5Z A; 2D1X A; 2W0Z A; 4DEY A; 1JXO A; 2PTK A; 3I5S A; 2M0Y A; 4JPB W; 4ESR A; 2RQT A; 2M51 A; 2RF0 A; 3NPF A; 1ARK A; 3GBQ A; 2K79 A; 2EYX A; 2RQR A; 4K11 A; 1YP5 A; 4JJB A; 4RUG A; 1UDL A; 1GRI A; 4FSS A; 2MCN A; 2PZ1 A; 1U3O A; 2KRM A; 1M3A A; 2GTJ A; 5IH2 A; 1AWO A; 2C0I A; 1PHT A; 2ROL A; 2DX1 A; 2DBM A; 1OOT A; 1CKB A; 2K9G A; 4D8D A; 2YUN A; 1YWO A; 2L3S A; 2D8J A; 1X27 A; 2LJ3 A; 4HCK A; 1K0X A; 3PE0 A; 2LZ6 B; 3VS6 A; 1TUD A; 1NG2 A; 5GJV B; 4OMQ A; 3VS4 A; 2BZY A; 1QWF A; 2KNB B; 1OPL A; 1BU1 A; 1TUC A; 2XMF A; 2OJ2 A; 2RMO A; 3H0F A; 2BTT A; 4HXJ A; 2DRM A; 1ZSG A; 2O88 A; 3PVQ A; 2A28 A; 5FWB A; 1U06 A; 1VA7 A; 4E6R A; 3H0H A; 2AZS A; 1K4U S; 3IQL A; 3M0Q A; 1RLP C; 2OAW A; 3SHW A; 1JXM A; 4OML A; 2DM1 A; 2DL8 A; 1I0C A; 1SSH A; 4Z89 A; 3A98 A; 2H8H A; 1X6B A; 2ROT A; 4CC2 A; 2J6F A; 2EQI A; 1AD5 A; 1W6X A; 2J6K A; 2RQW A; 2CRE A; 3EHR A; 2EKH A; 4AG1 C; 3UAT A; 2DF6 A; 5FW9 A; 4RTV A; 2KRS A; 1H3H A; 1YN8 A; 5EC7 A; 2J05 A; 4DEX A; 3M0U A; 3U23 A; 1H8K A; 2RN8 A; 4WCI A; 1M27 C; 1PNJ A; 2GGR A; 2JMA A; 2RQU A; 1YNZ A; 2VWF A; 4JJC A; 1PRL C; 2MIO A; 2DA9 A; 1FMK A; 1BB9 A; 1W1F A; 1ABO A; 3FJ5 A; 1ZBJ A; 2X3X D; 5IHK A; 1WIE A; 1TG0 A; 4F16 A; 3EG3 A; 1AZG B; 3KFV A; 2D0N A; 4F17 A; 1UJ0 A; 2EYY A; 1OPK A; 4J9B A; 4RTU A; 3ZL7 C; 2ED0 A; 2D8H A; 2CSI A; 1NEG A; 2L3P A; 1WYX A; 1ZUY A; 2JM9 A; 2PNI A; 1Y57 A; 1KSW A; 4LUE A; 3ULR B; 4OMN A; 2KT1 A; 2O9S A; 2KXC A; 2B86 A; 4HVV A; 1UGV A; 2LP5 A; 3I5R A; 2G6F X; 4J9F A; 2EBP A; 2KR3 A; 4ZNX A; 3VRZ A; 1JEG A; 1ZLM A; 1GFD A; 3EGU A; 3VS2 A; 2HSP A; 1RLQ C; 3REA B; 5L23 A; 2K2M A; 2EGC A; 4OMP A; 2ECZ A; 2ED1 A; 4GLM A; 1CSK A; 2L2P A; 3VS0 A; 1AWX A; 2AK5 A; 5ECA A; 4Z8A A; 2CH4 A; 2JS2 A; 1I07 A; 2V1Q A; 2KEA A; 4J9C A; 2DL7 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4PL6 A; 3QKJ A; 2H3E B; 4OB1 B; 3VRY A; 1HYO A; 1U1S A; 3J81 E; 3MO8 A; 3NTK A; 1ZHI A; 1NEB A; 2JW4 A; 3M0R A; 4PJN A; 3OQ5 A; 1QP2 A; 1K0S A; 2JXB A; 2LCL A; 2FPF A; 4KUD K; 2CZ6 B; 2HKQ B; 2F69 A; 1M8M A; 2YHT A; 1I1J A; 5GAN f; 1C0M A; 2KGT A; 3OSS C; 1ZSZ C; 3EH2 A; 4LE9 A; 4OF1 A; 1JU5 C; 4A4F A; 3VS3 A; 1B34 A; 4KH1 B; 4XTY A; 1YCY A; 2YSQ A; 3SWN A; 3TEE A; 3OYA A; 2LNH B; 4J9H A; 2PUO B; 1I4K 1; 1UFF A; 1W70 A; 1UG1 A; 3WVD B; 5GAM g; 2DZC A; 1UHC A; 1M90 R; 3NHN A; 4C92 A; 2QDL A; 4IUV A; 1CKA A; 5KYY A; 1AWW A; 2C0O A; 2EIF A; 5IHI A; 3VUB A; 2VXF A; 4AFU C; 1Y96 B; 1O9S A; 1K8A C; 5GMK e; 2FVU A; 4F7U F; 3OW2 S; 2OTJ T; 3BY7 A; 2OTJ Q; 1WHL A; 1WI7 A; 4M7D D; 3CXC P; 3OW2 A; 2R57 A; 5GAM h; 1LPL A; 1KFZ A; 3VS5 A; 3HL8 A; 1QVG P; 3OBY A; 2RH2 A; 2O31 A; 1TOV A; 3NFC A; 2BE7 D; 2W10 A; 2E64 A; 2DJQ A; 1ZQ1 A; 1K9A A; 1SSF A; 4FM4 B; 3TCJ A; 1GCQ A; 2PUK B; 1ZSZ B; 2DIL A; 2EGE A; 3MCA B; 4RTX A; 1NJI C; 5D6W A; 1VQO T; 2HQX A; 4O6J A; 4QVZ A; 1VQO Q; 4O5V A; 1B07 A; 2O4X B; 1LCK A; 5FU7 C; 4Y28 E; 1VQK T; 3KXT A; 3L2U A; 3Q1J A; 4Z88 A; 1VQK Q; 1HD3 A; 1RUW A; 2LC4 A; 2LJ0 A; 1B7T A; 2HQH A; 4EPC A; 3ZFJ A; 1VQL T; 3ER0 A; 2L5Q A; 1N6A A; 1VQL Q; 4LXC A; 3OY9 A; 3RKW A; 1MHN A; 3PT9 A; 3TRE A; 2EAY A; 2GF7 A; 1JJ2 P; 1B3Q A; 2F5K A; 2FZC B; 2E6Z A; 4E7S A; 4HCC A; 2V8I A; 2M16 A; 4OB2 B; 3CCJ T; 1V1C A; 4KGZ B; 3CCJ Q; 4EIK A; 1HXD A; 4LDY A; 2E10 A; 2A08 A; 2M9U A; 4M78 C; 1PKS A; 1OQK A; 1ZUK A; 2DYI A; 3QZ9 B; 4PNO A; 2DKG A; 4J9G A; 3R6N A; 3EGX B; 2O2O A; 5KYW B; 4OMF B; 2ENM A; 5CCA A; 1RAE B; 2JT4 A; 2CT3 A; 1FX7 A; 4B9W A; 1YJN A; 1E6G A; 1YIT A; 1V29 B; 2FZG B; 4BI3 A; 5GAN 7; 2FEI A; 2HQE A; 4V2S A; 2COW A; 5I22 A; 1MMD A; 4DA4 A; 1WFW A; 1ZA1 B; 2KRN A; 4X9D A; 1WA7 A; 3G1J A; 2KMT A; 4E7K A; 1BCM A; 3BDL A; 2V8K A; 3SDZ A; 1IO6 A; 3P8D A; 1UEC A; 4PJO F; 1N5Z A; 1C6V X; 3TU4 K; 3M57 A; 4M78 F; 1NPP A; 5GAO p; 1N8R C; 4FT2 A; 4M7A G; 1LOJ A; 2JTF A; 1BI2 A; 2KQW A; 2LT1 A; 2PQW A; 5FU7 B; 2RQV A; 3BW1 A; 5LJ3 j; 1WXB A; 2LX9 A; 4MZP A; 1VQP T; 1VQP Q; 3QO3 A; 7AT1 B; 3OS2 A; 1QW1 A; 5LJ3 d; 2RA2 A; 3ZBD A; 1KD1 U; 5CKF A; 4CI0 C; 2AT1 B; 2KBT A; 2WSF E; 3NGP A; 4RTW A; 4OGC A; 3CME T; 3CCQ T; 4OMM A; 3CME Q; 3CCQ Q; 3C94 A; 3CMA T; 1M2V A; 3CMA Q; 1T0J A; 3L2Q A; 4M78 B; 4C92 D; 2PVG B; 1PM3 A; 1VQ5 T; 3OS1 A; 1VQ5 Q; 2CSQ A; 2QQB A; 3EG0 A; 4II1 A; 2P0P A; 4FYY B; 2RB6 A; 1KG1 A; 2J06 A; 2XG8 D; 3VKI A; 1RL2 A; 3JCM c; 2B8A A; 1BI1 A; 1SHF A; 2YDL A; 4N0A A; 1AOJ A; 4PLI A; 2KXD A; 5GAO l; 2K4Y A; 4BD3 A; 1UUE A; 4J9D A; 2YT6 A; 5KYW A; 1YHQ T; 4MMK A; 4BE1 A; 1YHQ Q; 1QLY A; 3GOX A; 2RJD A; 2KY9 A; 4GBQ A; 2ABL A; 1UGS B; 4FCY A; 3CCL A; 1I5O B; 2EFI A; 2DIQ A; 2E4H A; 4M7D C; 1QP3 A; 1HJD A; 2D1X A; 2YRD A; 2KAF A; 2CP2 A; 4A4G A; 4FIB A; 1JXO A; 4XK8 E; 1IHV A; 4E7Z A; 4JPB W; 1ARK A; 2EYX A; 2RQR A; 4ZGE B; 4JJB A; 1WJS A; 2OAU A; 2XDB A; 1Q81 R; 2QTX A; 2PZ1 A; 3MKD A; 4J7I A; 5J26 A; 2QA4 T; 1K73 U; 4C8Q A; 2QA4 Q; 4XTZ A; 5GAN d; 1AWO A; 2ROL A; 2P0K A; 2DBM A; 1SKU B; 1D09 B; 2HL3 A; 1VQ4 A; 2EJG A; 1M8V A; 4FSX A; 2L3S A; 4QQD A; 4KUL A; 3PE0 A; 2LZ6 B; 3VS6 A; 1TUD A; 1OPL A; 4M7D F; 1BIA A; 2HBP A; 2RMO A; 4DOW A; 4OGE A; 2DRM A; 1ZSG A; 2HSE B; 2XI9 A; 5FWB A; 2X35 A; 3GNG A; 2VGN A; 4ZGJ B; 4J6Y A; 2CKK A; 4IUQ A; 1D0X A; 4BAC A; 4QVD A; 1SSH A; 4Z89 A; 5GAN 4; 4A4K A; 4JS5 A; 2CP0 A; 2J6F A; 4HCZ A; 1AD5 A; 4KBM B; 1X01 A; 5KCH A; 2OTL T; 2OTL Q; 3V7S A; 3MP8 A; 4DEX A; 3QYH B; 1NJI U; 3U23 A; 3QSU A; 2RN8 A; 2XKO C; 4JLI A; 2DTI A; 1YJW A; 1Q82 R; 1M5Q 1; 4LD9 K; 5FRM A; 3GLX A; 4RCB A; 4MDW A; 3EFR A; 1ABO A; 4DBQ A; 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2KVQ G; 4DBF A; 2GCX A; 4F7U G; 2FO0 A; 3JB9 H; 1VOM A; 3CCU T; 4C8Q D; 3CCU Q; 2M0O A; 4C92 F; 1K8A R; 2RM4 A; 1YIJ A; 3VUZ A; 1M4Z A; 4BE0 A; 4EMK A; 2M02 A; 1BBZ A; 1VQ9 T; 5GJW B; 1KHC A; 1GCQ C; 1VQ9 Q; 2ESW A; 2AKL A; 2JMC A; 2FRW A; 4L5G A; 3QUI A; 1UTI A; 4PKC C; 3OYY A; 1KJW A; 1I81 A; 1SHG A; 2DL4 A; 2CS7 A; 4CC3 A; 4M77 F; 2VAS A; 3P8H A; 5CIU A; 3A1P A; 3QDF A; 4LDX A; 3ASK A; 3UA7 A; 2NUT A; 2LQW A; 1M2O A; 2SRC A; 4KT0 E; 1WHH A; 1NLP C; 4TVR A; 1WDX A; 1OU8 A; 4HVU A; 1E6H A; 1HK9 A; 5KYY B; 2JVV A; 4ELZ C; 1BIB A; 3OSV A; 1X6G A; 5FU6 B; 1UGR B; 4F14 A; 1X43 A; 2F2V A; 2F5T X; 3E9F A; 3HRU A; 2LQN A; 3OYD A; 5GAN e; 2P4R A; 3OYM A; 1KD1 C; 3F70 A; 1MUZ A; 3PMI A; 2QQA A; 4C5E A; 3TQ7 P; 2A3L A; 4AFS C; 1ABQ A; 2ZAE A; 8AT1 B; 4JZ3 A; 3KBG A; 1NBE B; 2RI2 A; 5HK3 A; 3HFO A; 2QTV A; 2A37 A; 5M9O A; 4J7F A; 1MMG A; 4MML A; 5D6X A; 3EG1 A; 3GP8 A; 1Q7Y U; 3C0C A; 1QWE A; 1N9R A; 5CR2 A; 1W4S A; 3M58 A; 4A63 B; 2EJF A; 3OYG A; 2QEX T; 4WTO B; 2QEX Q; 1ZUU A; 3C95 A; 2HCK A; 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