The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
18
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal rna
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| publication title |
Structural Insights into the Roles of Water and the 2' Hydroxyl of the P Site tRNA in the Peptidyl Transferase Reaction.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
18
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-12-16 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| Q | PF01157 | Ribosomal_L21e | Ribosomal protein L21e |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1KC8 R; 1VQO Q; 1YJW Q; 1M1K R; 1W2B P; 1YIJ Q; 1VQP Q; 3CCE Q; 1VQ7 Q; 1QVF P; 3G4S Q; 1VQ9 Q; 3CMA Q; 1YIT Q; 3CC2 Q; 1VQN Q; 3CXC P; 1NJI R; 1KQS P; 1S72 Q; 1Q86 R; 2QA4 Q; 3I56 Q; 3CCQ Q; 1VQL Q; 3CC7 Q; 2QEX Q; 3CC4 Q; 1K8A R; 1K9M R; 3CCR Q; 2OTJ Q; 3CD6 Q; 1VQ6 Q; 1M90 R; 3I55 Q; 3CCJ Q; 1VQ8 Q; 3OW2 P; 3CPW P; 3G6E Q; 2OTL Q; 1YHQ Q; 1YI2 Q; 1Q81 R; 3CCU Q; 1K73 R; 1YJ9 Q; 1VQM Q; 1VQ5 Q; 1JJ2 P; 1Q7Y R; 1KD1 R; 3CME Q; 1Q82 R; 1VQK Q; 3CCL Q; 3G71 Q; 3CCS Q; 1QVG P; 1VQ4 Q; 1YJN Q; 3CCV Q; 1N8R R; 3CCM Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EFO B; 1UEC A; 1JBM A; 1RLQ C; 1FMK A; 4LE9 A; 2DXB A; 2HSP A; 4Y92 A; 4M78 F; 4J9I A; 4PFO A; 4Z88 A; 1JQQ A; 2LCL A; 1Q86 C; 1VOM A; 1QKW A; 4HT8 A; 2BZX A; 5GJV B; 2YRD A; 1IGQ A; 1W2B A; 2PU9 B; 1T0H A; 1RAA B; 4XU3 A; 5D6Y A; 4C92 C; 4LNP A; 4DBF A; 2DZC A; 2CP7 A; 4ESR A; 2F2V A; 2EYW A; 1RAD B; 4JLI A; 3VS7 A; 5GAM d; 2ESW A; 2WSC E; 2KVQ G; 5KH6 A; 2YUO A; 2ZPI B; 3I5S A; 2HMA A; 2B8A A; 1VYT A; 1MHN A; 2A08 A; 4JS4 A; 3HP9 A; 1YCS B; 2L5Q A; 1VQ5 A; 3ASK A; 4OVA A; 3CCE T; 2DET A; 2DYB A; 2ABL A; 4A54 A; 1VQL T; 2CSQ A; 3M4Y A; 2FL7 A; 2A37 A; 4WTO B; 1AEY A; 3CCJ T; 2QI2 A; 2OTL T; 3OYL A; 3URG A; 4Z89 A; 2K9G A; 5KE3 A; 3OMC A; 3AT1 B; 3CCV T; 1OU8 A; 1XQH A; 2DBK A; 3JCM c; 1P92 A; 2D0Q B; 3DKM A; 3JB9 G; 1WJQ A; 1WHM A; 2V8I A; 4PJN A; 1NE8 A; 4OP0 A; 3L2Z A; 1KHC A; 2C06 A; 4BY6 B; 1X6O A; 2DNU A; 2DJQ A; 4C92 E; 5GAN h; 3QJY A; 5LJ5 e; 2EJF A; 5I2M A; 1IGU A; 5LJ5 d; 5GMK m; 2JT4 A; 2VV5 A; 1AD5 A; 1GCQ A; 1O9S A; 3QYG B; 3JB9 H; 4J9E A; 2LX9 A; 3VS6 A; 1W2B S; 1N9S A; 1N6A A; 3JCM X; 2J6O A; 5KYY B; 1VQK Q; 1YN8 A; 1TWB A; 1BI2 A; 2F5K A; 3M5A A; 2A36 A; 3V8J A; 4XU0 A; 3OYA A; 1J3T A; 5CR2 A; 3HSB A; 1VQO T; 2P4T A; 1M5Q 1; 1SRL A; 1OYX A; 2KR3 A; 3CC2 T; 2BE9 B; 3CQT A; 3EGX B; 4OF1 A; 1WHG A; 1UGP B; 5KE2 A; 5GAN 7; 1ARK A; 4M7D B; 2EBP A; 1R0C B; 1PCX A; 4E7L A; 2GTJ A; 5GAO q; 2DM1 A; 4QT7 A; 3MHX A; 2EQI A; 1WQ7 A; 1MNE A; 4KT0 E; 4JJC A; 4BD3 A; 5IN1 A; 3CXC P; 3VKI A; 3C12 A; 2XK0 A; 1SHF A; 4BAC A; 3NPF A; 3CC7 Q; 2YUN A; 1Y7X A; 2QYZ A; 3OY9 A; 2EGC A; 2H8H A; 2KXC A; 1V76 A; 3HRS A; 2KYM A; 5GAN 3; 1R77 A; 1VQM Q; 2JUF A; 1N27 A; 2DEU A; 4JDS A; 3TU4 K; 2X9H A; 1Q82 C; 1AHJ B; 2NUP A; 4M7D F; 4OML A; 5LJ5 g; 2DVJ A; 1LNX A; 2COY A; 2OTJ Q; 1GRI A; 2QEX T; 1Q95 G; 7AT1 B; 2NUT A; 3M59 A; 2GTO A; 4MZM A; 4GBQ A; 2PNI A; 3GF5 A; 3RMQ A; 2MCN A; 1NLO C; 4DOV A; 2LP5 A; 3DB3 A; 3V7R A; 4QVC A; 1KD1 C; 2R57 A; 4FW1 A; 1WQW A; 2E70 A; 4KUI A; 1YJW T; 1YWP A; 4FYX B; 3G4S T; 1YIJ T; 4M75 B; 1Y71 A; 2ZAE A; 4FYV B; 2ROT A; 4J9H A; 5CKF A; 2K57 A; 3E9G A; 3H9N A; 2CKK A; 2RJC A; 2C0I A; 1OV3 A; 4C8Q B; 4X1V A; 1Q81 C; 1QWF A; 5KYU A; 4M78 G; 5J39 A; 2EGA A; 4F16 A; 1NEB A; 2CP2 A; 3H6Z A; 2QQ9 A; 5I2S A; 1IHV A; 2K4Y A; 2ZZD A; 4PJO B; 5GAO l; 3MEV A; 2DO3 A; 5IHN A; 1CSK A; 1RAG B; 3OYI A; 1JJ2 P; 1X01 A; 2LT1 A; 1JO8 A; 2LVM A; 1UUE A; 2B86 A; 4M75 F; 3SWN B; 4A4E A; 4MDW A; 1UGQ B; 4D8D A; 3L2Q A; 3CME A; 1NZ9 A; 1B34 B; 3OYE A; 3V8L A; 2LMJ A; 2RB6 A; 3QII A; 3TSZ A; 2EGE A; 4MZP A; 1YIT A; 4C8Q F; 3EGD A; 4PJJ A; 2ECZ A; 1EX4 A; 1WHJ A; 2RK2 A; 1RAC B; 3CC4 A; 1YI2 T; 1NJI R; 4M78 A; 2BZY A; 1H8K A; 5CKE A; 4PJO F; 4ORZ A; 3M0S A; 3H0I A; 5HY6 A; 2F69 A; 1VQ9 T; 2QAS A; 4QVZ A; 3LGL A; 3J7A F; 4F7U B; 2QA4 A; 4PFP A; 5I22 A; 1B07 A; 2E12 A; 1VQ8 T; 3EG1 A; 3VRZ A; 3EHR A; 2PUO B; 2YWW A; 5IHK A; 3L2R A; 2NYS A; 3F70 A; 1YJ9 T; 3MEA A; 1FXX A; 4BUG A; 1HJD A; 2W0Z A; 2JTF A; 1YHQ A; 3CCU A; 4M77 D; 1TSF A; 5KYX A; 1AWO A; 3EFO A; 2EYY A; 4UC4 A; 1RUW A; 2BKD N; 1M1K C; 3A8O B; 2K2V A; 3PTA A; 4PJL A; 3CCR Q; 4OB0 B; 1Y07 A; 4FYW B; 1LCK A; 3OYM A; 2FG0 A; 3OS1 A; 4FIB A; 2RHI A; 2VVK A; 4IUV A; 3ZL7 C; 3VS5 A; 3UF4 A; 3RER A; 4PNO A; 4OMQ A; 3X20 B; 4F7U F; 4ELZ C; 1ACM B; 1TU0 B; 3EHQ A; 3GPL A; 1VQK A; 2CP5 A; 2JS2 A; 2K6D A; 1GBQ A; 4KBM B; 2HAX A; 2JW4 A; 4BI3 A; 4KRT A; 2OAW A; 1ZSZ B; 1BI0 A; 4RTX A; 4EPC A; 3I5R A; 4A4H A; 2KAF A; 1NM7 A; 3CCS T; 1QP2 A; 3QUI A; 1MGQ A; 1VQP T; 4BDZ A; 4CC3 A; 4BE0 A; 3S3N A; 1WPY A; 2MMP A; 4PK4 A; 2GQI A; 4Z02 A; 2CDT A; 2K3Y A; 4M77 C; 3JCM h; 1VQ5 Q; 1C1A A; 5LL6 S; 1XJW B; 1QQJ A; 2ZPG B; 3FDR A; 1PSE A; 1G3W A; 3L42 A; 2KNB B; 1M1F A; 1D0Z A; 5CCA A; 4J9B A; 1W6X A; 2PUK B; 3SDZ A; 1AWW A; 1XOV A; 4N4H A; 2FPF A; 4EMG A; 3O5Z A; 5HK0 A; 4VUB A; 4LXC A; 2LT4 A; 2FB7 A; 2L3P A; 2O4X B; 4CRI A; 3MEU A; 5FU7 C; 3LW5 E; 5CK9 A; 1SHG A; 4L59 A; 5EC7 A; 2QDL A; 2K5L A; 2KRO A; 4M7D G; 1DJ7 B; 4C0F A; 4N4I A; 8ATC B; 4EMK B; 1N9R A; 2V1Q A; 1M8V A; 5GAO n; 2G6F X; 3CMA T; 2FRW A; 3UDC A; 4J7F A; 1QWE A; 2VAS A; 3LH5 A; 2ED0 A; 4ZGD B; 5GAM j; 2COW A; 2K5F A; 3OS2 A; 1NG2 A; 2LJ0 A; 3FEO A; 5LJ3 e; 5GMK e; 2JVV A; 1CKB A; 5LJ3 d; 2YLC A; 3FLG A; 3DLL A; 5KYY A; 3G71 T; 4R55 A; 2BUD A; 1WZO A; 2CZ6 B; 2FPE A; 2P4R A; 3JV3 A; 1X69 A; 2DK3 A; 2Y90 A; 3QKJ A; 3UA7 A; 2XU8 A; 3SD4 A; 5A2Q E; 5A0D A; 3EGX A; 2BIV A; 4J6X A; 4P5N A; 5M9O A; 4ZGE B; 3CPF A; 1PHT A; 3MEW A; 3PMT A; 2YLB A; 3P8H A; 2K2M A; 4OMF B; 4M7A B; 4DEX A; 5IH2 A; 2XDP A; 3M56 A; 2HD0 A; 2JTE A; 3JCM W; 2OI3 A; 2XDB A; 4BE1 A; 3QHS A; 4MMK A; 5CIU A; 4JRI A; 4AFU C; 1D09 B; 3QWX X; 4QKU A; 4JRK A; 4ELY C; 4M75 G; 1GFD A; 2NUZ A; 3C4S A; 2JNG A; 1YJN T; 2GFA A; 1G3Y A; 4E7K A; 4L5G A; 3MP6 A; 4LDV A; 3JCM P; 5CKD A; 3QYH B; 4C8Q G; 1VQN T; 2D8H A; 4OB1 B; 3CCE A; 2GNC A; 4M7A F; 5HK3 A; 2VUB A; 3TRE A; 2E6Z A; 4QQD A; 3CCJ A; 4JJB A; 4PJO G; 3RKX A; 2DRM A; 2ZPF B; 3A8M B; 2OTL A; 2DXU A; 5LJ3 g; 4WCI A; 2KRS A; 1RLP C; 1OX8 A; 5LJ3 f; 4M4Z A; 2V1R A; 1ZA1 B; 2X4J A; 1X6B A; 2KYB A; 4E7J A; 3ZEH A; 3JB9 I; 1K9M R; 4F04 B; 5A0G A; 1NLP C; 4J9G A; 4M75 A; 1RAB B; 1H3Z A; 1IRE B; 2VB6 A; 3MKD A; 2E1H A; 2EYX A; 3QSU A; 3L1A A; 1NJI U; 3PGG A; 4XU2 A; 2DL5 A; 4QW2 A; 3CCL T; 3OYJ A; 1F1B B; 4E2F B; 1U3O A; 3I56 T; 2MOX A; 4Z8A A; 4M75 E; 1BCM A; 2ZPB B; 1Y0M A; 2XHC A; 2RQT A; 4OGE A; 2EIF A; 4PJO A; 2D9T A; 1UG1 A; 4F7U G; 3JB9 D; 1QCN A; 1QLY A; 2HL5 C; 2MYS A; 4ZN1 A; 1SSH A; 4OMN A; 1VQ4 A; 3SWN A; 3JRZ A; 1RI0 A; 1V29 B; 4DEY A; 1B34 A; 5KYN A; 3LH0 A; 2E6N A; 3OS5 A; 3PNW C; 4AFZ C; 3CC2 A; 4J6Y A; 3CME Q; 3MP8 A; 4HCC A; 2QG9 B; 2LNV A; 3O8V A; 3R6O A; 4XTX A; 2CT4 A; 1KJW A; 4AG1 C; 4CC2 A; 1PNJ A; 3M0T A; 1YIT Q; 2M1H A; 1M2V B; 2DIL A; 1X2Q A; 1TG0 A; 1VQ7 T; 2P0P A; 2LJ3 A; 1RAH B; 2C0T A; 3CC4 Q; 2CP3 A; 3NTK A; 3HRT A; 1U5S A; 5FWB A; 1GCQ C; 6AT1 B; 1K73 R; 4F7U A; 3G6E T; 3E9F A; 5GAN e; 1SPK A; 2JM8 A; 4KGX B; 2O88 A; 1WXT A; 3OMG A; 1UE9 A; 2QA4 Q; 2PZ1 A; 5FRO A; 4C0Z A; 3REB B; 1IHW A; 5GAM h; 1IB8 A; 3VU3 C; 4FL6 A; 4F7U E; 4MML A; 1YHQ Q; 3N5B B; 3CCU Q; 2A28 A; 1Q7Y U; 2LQK A; 5KCO A; 2D8J A; 2DE0 X; 4JRQ A; 2QTX A; 4Q5W A; 9ATC B; 1GL5 A; 2LJ1 A; 2QTV A; 1D3B B; 3VUB A; 1AT1 B; 1S72 Q; 1YJW A; 1YIJ A; 2R5A A; 3A8G B; 3IQL A; 3JCM b; 2DXC A; 2LRQ A; 3ZBD A; 5J26 A; 1I1J A; 5GAN 4; 4BB7 A; 2HNI A; 1R8O B; 2DRK A; 3OQ5 A; 1R0B G; 3E2U A; 1KQ1 A; 2JTM A; 3H41 A; 1ZSZ A; 1I07 A; 1E6G A; 4J83 A; 2M51 A; 1ZQ1 A; 2XI9 A; 2RPN A; 1X75 C; 3OBW A; 4PLI A; 2VKN A; 1M3B A; 3HHT B; 3CCM A; 3PE0 A; 1GCP A; 4J9C A; 4C0D C; 3NFC A; 4KH1 B; 4A53 A; 3VS2 A; 3BDL A; 1FX7 A; 5DM7 R; 1AZG B; 1NPP A; 5IT9 E; 1Z9Q A; 2EQM A; 2VWF A; 5GAN g; 5LJ5 h; 1UB4 A; 3EH2 A; 3QDF A; 3CXC A; 4E7H A; 5FRM A; 2E3H A; 3JCM V; 5GAN f; 3UT1 A; 1MV3 A; 4IIO A; 4JZ3 A; 2CGH A; 3VV0 A; 1TS9 A; 4OMO A; 1AVZ C; 3VYH B; 2G3R A; 2RJE A; 4M78 D; 2X51 A; 1PRM C; 2YUQ A; 1W70 A; 4C5G A; 2GGR A; 2KGT A; 1V1C A; 2KMT A; 5CVI A; 2H3J A; 2VXE A; 3MO8 A; 2YRV A; 1OOT A; 2BZ8 A; 1YCY A; 2MWO A; 4V2S A; 2XDD A; 2IVW A; 1NPR A; 2M9U A; 1WHL A; 2RHZ A; 1YNZ A; 3MPU B; 4GLM A; 4EMK A; 3CCQ T; 3EG3 A; 4M7A G; 1VQ9 A; 3S3M A; 2JJ9 A; 5GJW B; 1IRX A; 3RKW A; 5GMK l; 3PFS A; 1KD1 R; 1OU9 A; 3G7Z A; 3LX7 A; 3UWN A; 2WSE E; 4N0A A; 2A0F B; 1KC8 R; 3EG2 A; 1YJ9 A; 3QJ6 A; 1ZX6 A; 2EW3 A; 1S1N A; 3E1S A; 3KFV A; 2CSI A; 4OGC A; 2RJD A; 3JB9 J; 3GP8 A; 1D1B A; 1HYO A; 5IXB A; 3A98 A; 3P8D A; 1Q81 R; 4IIM A; 1EZZ B; 2VYT A; 4HCZ A; 1VQ6 A; 3M58 A; 3VS4 A; 1WA7 A; 1C6V X; 1TOV A; 5ECA A; 2EYZ A; 3EGU A; 3RIR A; 1K9M U; 2DIQ A; 2DLP A; 1N8R C; 1X2K A; 4M7A A; 3QBY A; 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2LNH B; 3EFS A; 3BDU A; 3VJP A; 1GXI E; 1VQ4 Q; 5GAO r; 3L2W A; 3RMS A; 1VQO Q; 2IIM A; 4CC7 A; 1WHH A; 1ZUU A; 3CC2 Q; 1H64 1; 2KEA A; 2VC8 A; 4A4K A; 4BY6 C; 1AZE A; 3PT9 A; 3AHU A; 2L3S A; 1KSW A; 1IZ6 A; 4C92 F; 1M2V A; 3DB4 A; 1YWO A; 2KRN A; 2L3Q A; 3S3O A; 2AK5 A; 1UHF A; 2ZCF B; 3V7C A; 5DLO A; 2JMC A; 2YXY A; 3QDR B; 3EAE A; 2ENM A; 1PG5 B; 2KT8 A; 4GLK A; 3FJP A; 3V8K A; 4JRP A; 1EIF A; 1PD1 A; 4NS5 A; 2QXF A; 1YJN A; 1VIE A; 2FRY A; 2DER A; 3L2V A; 1OQK A; 3GLX A; 4DBH A; 1VQN A; 3M9Q A; 3FJ5 A; 1PKT A; 3QO3 A; 2DAQ A; 3SHW A; 1PWT A; 3OW2 S; 1E7O A; 3VUZ A; 2MF2 A; 1SEM A; 2DA9 A; 4RCB A; 2JS0 A; 1Q7Y C; 3C94 A; 1NEG A; 3UA6 A; 4JJN K; 2FHD A; 2VXF A; 4M75 D; 3M0Q A; 1PM3 A; 2QEX Q; 1D3B A; 2CT3 A; 1BI3 A; 3M0P A; 2E41 A; 4C8Q D; 1LJO A; 2JOY A; 4C0D B; 3NHN A; 4RKU E; 1PKS A; 1YJW Q; 1I5L A; 1YIJ Q; 3JCM f; 5L8R E; 4PL6 A; 1UGR B; 2J6F A; 3UPU A; 2QAZ A; 1OUL A; 3EH1 A; 4PJO D; 1X27 A; 8AT1 B; 2HBP A; 2RK1 A; 2R58 A; 3QWY A; 4FT4 A; 1M90 R; 4LDW A; 1KD1 U; 4JPB W; 3I56 A; 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