4JRQA

Crystal structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-da13 oligonucleotide
Total Genus 143
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
143
sequence length
468
structure length
460
Chain Sequence
QSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEATPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5cy-dA13
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 143
structure length 460
sequence length 468
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrqA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrqA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrqA01
3ALYA 3NAEA 1J9AA 3O3HA 4OPKA 4E1MA 1BISA 1WNSA 2XO7A 1X9WA 4W5TA 4FJ8A 5FRMA 4AHUA 1WSHA 2OPQA 4KPYA 4B08A 1RDBA 4KHQA 3A2FA 2ZE2A 3JYTA 3RMDA 3ZSWA 4ZTJA 2F8TA 3DRRA 3NDKA 2F96A 3BGRA 4CEOA 2Z1IA 3TAPA 3V1RA 4E89A 4K8XA 4JS4A 3ZSQA 2D0CA 1X9SA 4N41A 3NBPA 4N47A 3QEPA 1DLOA 4DFKA 1KFSA 4CGJA 1RBRA 3OS0A 5EU7A 4RG8A 3K5MA 2DFFA 3AV9A 4KKOA 1RTIA 3QERA 4E1NA 3TAFA 3RMCA 4F2RA 5D3GA 2KFZA 2X6SA 3VQ9A 3IG1A 4CJSA 4IKFA 4IG3A 2YNHA 3QIPA 1SKWA 3AVAA 5HRPA 4N56A 3QLHA 5K14A 4DTMA 3CFOA 4B9TA 1GOAA 1EXQA 1SL0A 1U49A 4CJ3A 3RR8A 4AH9A 3PY8A 3AA2A 3IRXA 4E7KA 4FJLA 1QSSA 3VQDA 1XHXA 3DLBA 1T03A 3RRGA 3KD1E 3OYNA 2WONA 3L3VA 1CXQA 3JSMA 5HP1A 1DTQA 3AVCA 3C6UA 3VQ5A 3SQ2A 2VG6A 1XI1A 1U45A 3NE6A 3BDPA 4J2AA 4J2EA 1B92A 1RBUA 1RT5A 3KLGA 1UOCA 3PV8A 4B8AB 3MXIA 1HYZA 1JLEA 4DTJA 4OVLA 4CEEA 1C0TA 4QCLA 3OYEA 4CFAA 3SQ0A 4B3OA 1QHTA 4E19A 4H4OA 3ZSRA 1S6QA 2XRIA 4FVMA 2OA8A 2OZMA 1Q8IA 4RW6A 3O3GA 1R0AA 3HJFA 3OYHA 4DF4A 1Y97A 2D0AA 3E01A 4B8CA 1T8EA 2DFEA 1KSPA 4CGGA 3ULDA 4QOZB 4DQPA 4RW8A 2HW3A 3AVIA 4EZ6A 1RT4A 4CFCA 5J1EA 1ZBFA 3EYZA 3F73A 1QSLA 3VQPA 2PY5A 1WSGA 1YTAA 1NOYA 2HHQA 2YV0X 4IFVA 4ID5A 4BDZA 4IFYA 3K58A 3LPUA 3CM5A 4FYDA 4CHPA 3QETA 4CF9A 2QXFA 4GW6A 4CE9A 1L3TA 4CJFA 4TSXA 1RILA 3RR7A 3MXMA 3V6DA 2RPIA 2Z1JA 4Q5VA 3NH1A 4FK2A 2BE2A 1RDCA 1VSIA 1B9DA 3VQQA 2IC3A 4I7FA 1QE1A 3ZSYA 3PX6A 4OLAA 4FJGA 4ELTA 1XC9A 1K6YA 3WNEA 4AILC 3TARA 4FLYA 3LWMA 3P83D 1LWFA 4C8NA 1CZ9A 4E0DA 4ZTFA 1HMVA 3HP9A 2IOCA 4R5PA 3HK2A 1S6PA 1RT2A 1S1TA 1NK6A 3T19A 1VSMA 4LH5A 3KD5E 4CF0A 3F9KA 4KI4A 3EY1A 4HTUA 1TK8A 1IKYA 4CESA 4ICLA 5HLFA 3UIQA 2G8VA 4FK4A 1ZBHA 3DOLA 1W9HA 1IO2A 2B5JA 1VSKA 4LD0A 4I9QA 3VQEA 4J2DA 1QQCA 3SZ2A 2X74A 4BE2A 2HNYA 3SJJA 3L8BA 3OYAA 2XHBA 1CXUA 4Y1DA 2Z1GA 4F4KA 1RCHA 2D0BA 2FBVA 4DTUA 1KCFA 5JS2A 3K5LA 3VQ7A 4CFDA 1A5XA 3TAQA 1YT3A 4BDPA 4F8RA 4KHUA 2HVIA 4DTSA 1JLQA 3M8QA 2ETJA 2HHWA 3V9XA 1F21A 1MU2A 2W42A 3V9WA 1JLBA 3SYZA 3SUPA 3B6PA 3NCIA 3TI0A 4MFBA 1WAFA 4IBNA 2ATQA 2R7YA 1TAUA 3LP0A 1S1UA 3CG7A 3DOKA 4DWIA 2G8KA 3O3FA 4BACA 1JL2A 3V9SA 4M3RA 4CHYA 3HT3A 1ZBLA 5J2PA 4JRQA 4NCGA 4B9LA 4OKJA 3ZT2A 4DQSA 4CFBA 4HUEA 1SUQA 2YNIA 3LALA 4H8KA 4DSEA 2YHAA 5DK5A 1XWLA 4HVJA 1U48A 1N6QA 5CYMA 4Z4GA 4DTXA 1EP4A 1Q9YA 3AO5A 4KV8A 1U04A 2HNZA 3OYKA 2O4IA 5KTQA 4LSNA 4FM1A 1BL3A 3AVKA 2X6NA 3LZIA 4DTNA 4CECA 3WNFA 4O0JA 3V81A 2VWJA 4N76A 1L3SA 1TKDA 1YTUA 2KZMA 3V9ZA 2HHXA 3HO1A 3NF6A 4K8ZA 4KTZA 4AHRA 4DTOA 3VQ4A 5T7BA 1NK8A 3QINA 4FCYA 2GUIA 4BE1A 3G0ZA 4GMJB 2IDOA 3T3FA 3TAGA 3I0RA 3S3MA 1BIUA 1NKBA 4KB1A 1BCOA 4W5QA 2KQ2A 4QAGA 4CHZA 2KFNA 4F3OA 1JLCA 1IG9A 4CEDA 4JS5A 3C94A 1WSJA 2BDPA 1NJZA 3LP1A 1JXEA 3TWHA 1SL1A 5CZ1A 4XIUA 1RTHA 4HHTA 2G8IA 4DU3A 2E6LA 3K5NA 3U3YA 2ITGA 2X78A 3V1OA 2Y1JA 3NGIA 1HYVA 3AO1A 4CJRA 3NFAA 2WOMA 4CJLA 3SUOA 5JS1A 1W0HA 3DI6A 3L2WA 3MEDA 3P5JA 1JLFA 4DQQA 2RF2A 4FK0A 1C1AA 4C8KA 4CJVA 3DLKA 4NCBA 1RT6A 1BI4B 4FW1A 2ZQBA 1FK9A 2FBYA 4FLTA 2G8HA 3RMBA 3DLRA 1HPZA 2I5JA 3CYMA 1EX4A 1RBTA 3G10A 3KK1A 4B9SA 4MQ3A 2HVHA 4J2BA 1RTJA 4O55A 3DMJA 3DRPA 3VQ6A 4UQGA 3LANA 3OJUA 3L2UA 4DLGA 5E41A 2VG7A 5J2MA 4FZYA 3AO3A 4PA1A 4BWMA 4E7HA 1LW2A 1O1WA 2D5RA 3P1GA 1TVRA 1GOCA 4M45A 3D0PA 3SQ4A 1RT7A 3ZT1A 4Z4FA 1N5YA 2JLEA 3OJSA 3L2RA 1C0MA 5J2QA 2IS3A 3LPTA 3DLEA 3VQAA 4FM0A 4B9UA 3VN5A 4DFMA 1TKZA 5FDLA 1RT1A 2P5OA 1RBVA 5I42A 4ID1A 5CY4A 3LZJA 4E7LA 3OYLA 4OGEA 4BWJA 3WNHA 1D9FA 2PYJA 5FROA 3V9UA 4CEAA 2AJQA 1VSLA 3AO2A 3OYBA 3TANA 1XHZA 2QKKA 1LWCA 4KHWA 2XY8A 3DM2A 4KI6A 2IAJA 3KKRA 4CF2A 3RRHA 1X9MA 4CGFA 4Z4HA 4CGIA 4CHNA 4KFBA 3M8RA 2XY6A 2P5GA 1NK9A 2GV9A 2NUBA 3V4IA 4FLUA 3KTQA 4YFUA 4OLBA 1NK0A 1QTMA 1HNIA 1HYSA 1LW0A 3SCXA 4CK2A 4I2QA 5DMRA 3QNOA 1SKRA 3NF8A 3O4QA 4ZHRA 4CIFA 1HJRA 3ZT0A 2YNFA 3LAKA 4RW4A 1C0UA 3LAMA 3VQCA 2FC0A 3HYFA 1BGXT 3NGZA 3HXMA 2Y1IA 5I3UA 3RWUA 3KIOA 4JRPA 4FXDA 5KGWA 5KRSA 4DG1A 1TK5A 4OJRA 3OYIA 4M3XA 1TL3A 1WSEA 3ISNC 3K59A 1TKTA 3AA5X 4LH4A 4FM2A 1VK0A 3DRSA 4FJHA 1UWBA 4W5NA 1KTQA 4CF8A 3CQ8A 3DLHA 2B4JA 3V1QA 1S1XA 3ZT4A 1Z25A 3KLIA 4I2PA 1NKEA 2G8FA 3AVLA 1VSDA 4KTWA 3LWLA 1CLQA 3QEWA 1HQEA 1NJYA 3OS1A 4O0IA 3QNNA 1ASVA 3AA4A 3HL8A 4CJKA 3C95A 4N5SA 3SPZA 1D5AA 3B6OA 2VG5A 2HHVA 4DFPA 3IS9A 3SQ1A 1VSFA 3U3GA 1S5JA 2ZD1A 1KFDA 3H08A 1SL2A 2PZSA 4GVMA 4PUOA 3DLGA 4HUGA 4KHNA 4EZ9A 4FLXA 1B9FA 3LP3A 2YNGA 1TAQA 3AA3A 3ZSZA 4CEFA 3ZCMA 3SNNA 4E7IA 4IDKA 4ELUA 5HRNA 1I39A 4CK3A 4DU4A 4CERA 1EETA 5SZTA 2FBXA 1IKVA 1KVBA 1A5VA 2E4LA 3SUQA 1SKSA 4KHSA 4M41A 3OYFA 1ASWA 1VRUA 1WN7A 3OS2A 4M3YA 4I9LA 4FW2A 4NCAA 1BQMA 1FKPA 1KVAA 4CEBA 3VA0A 1NJXA 1JKHA 1S1WA 3ZSOA 4FLZA 3M8SA 4LSLA 4ELVA 3AVGA 1C1BA 4KO0A 1JLGA 2KW4A 4OKEA 3NHGA 3MXJA 1NJWA 4CJWA 5CZ2A 1JLAA 1RDDA 4PY5A 5HROA 1LV5A 1Z26A 4CIGA 3KK2A 4CGHA 3OY9A 1T7PA 2OPSA 3KKSA 4AHCA 2OPRA 4DTRA 1UA1A 2O4GA 4C8LA 4EP4A 2PYLA 3I8DA 1C1CA 1DTTA 1LAVA 4CEQA 4M3WA 3U6FA 1D8YA 3OVNA 3QEVA 1RT3A 4B9NA 4O5BA 3S3NA 3KJVA 3VA3A 3QO9A 4PQUA 3QESA 1NK4A 1QSYA 1WSIA 1WLJA 2YHBA 2OZSA 1J5OA 4FJKA 4CIEA 2P51A 1BIZA 1YVUA 4KHYA 5C42A 1BI4A 3MAQA 3SV4A 3MEEA 4DU1A 2BGGA 3D45A 4O4GA 3CFPA 1IKXA 2HNDA 1NK5A 1Q9XA 1TKXA 1WSFA 4FLVA 3PO4A 2HHTA 3NGYA 2G8WA 4CCHA 4FZXC 3NF9A 4CHQA 4CJPA 5C25A 4IG0A 1T05A 3RTVA 3AO4A 1C6VA 3QEIA 4FJXA 4O44A 5KI6A 1FXXA 3AVNA 4Q0BA 2GBZA 5HRRA 4YNQA 2HHUA 3KLHA 4FZZA 1ASUA 1TK0A 1JL1A 4Z4IA 4F3TA 4DSFA 1A5WA 1NOZA 1TGOA 2RKIA 4C8MA 3WNGA 1VSHA 2XY7A 1KLNA 4B9VA 4M42A 4KREA 1HQUA 5HBMA 4CJ4A 3LP2A 4BE0A 4KTQA 2Q3SA 2EX3A 2A1RA 3AVJA 1IKWA 4CJEA 4OPJA 2QKBA 1ZYQA 2VWKA 4W5RA 4NYFA 1UA0A 1NKCA 4AHSA 2HHSA 3TR8A 3AVBA 4RW7A 5FRNA 4M3ZA 3FFIA 3T1AA 1UAXA 3ASMA 4CJ5A 5KRTA 3K57A 1REVA 1KRPA 3ZSVA 1ZBUA 1LAWA 2LSNA 4OGCA 3VQBA 3PX4A 4Z4CA 3L3UA 2FBTA 4JLHA 1S1VA 4Y1CA 3TAMA 1RTDA 3C6TA 2XY5A 1I3AA 2OYQA 4KAZA 3NF7A 4HCBA 3M8PA 1NK7A 1ITGA 4Z0UA 1GOBA 1RNHA 2E6MA 2HB5A 3CM6A 4H4MA 1QS4A 3SPYA 3THVA 1D9DA 4AHTA 3IAYA 1EKEA 3S3OA 4DQIA 4DSIA 5C24A 1WAJA 2JGUA 3SI6A 4HCCA 3PO5A 3OYCA 1RDAA 3AVFA 4CJQA 4M3UA 4FJ5A 1L3UA 4Z4EA 1BHLA 2F8SA 3O4NA 3LDSA 3I0SA 4FJMA 3K2PA 3AVMA 2YKNA 3CFRA 4FJNA 4FJJA 4FJ7A 2B6AA 1X1PA 1S9EA 3DYAA 5SWMA 3EZ5A 3SV3A 4HUFA 2HMIA 4PWDA 1KLMA 1SV5A 1VSJA 1L5UA 4DS5A 5J2NA 2Z1HA 1TL1A 4F2SA 1ZBIA 4EP5A 1TV6A 2P1JA 2DY4A 1J54A 1S9GA 3NH2A 3OYDA 2QK9A 2EHGA 4CJUA 3ITHA 3HVRA 4L8RB 5KGXA 3VQ8A 3KK3A 2KZZA 4DFJA 4DSKA 3PUFA 2G8UA 3NH0A 1JXBA 3MEGA 3QIOA 4G1QA 3PX0A 3RMAA 4C8OA 3HPOA 3L2QA 2OPPA 1LWEA 4M3TA 4CF1A 1CZBA 3MECA 3HPGA 4FJ9A 2DFHA 1L3VA 4CHOA 1HRHA 4W5OA 4CK1A 3KLEA 4OKKA 3S9HA 1U4BA 5CYQA 5HRSA 4BDYA 4E3SA 4B9MA 3HPHA 1FKOA 3OYGA 1IH7A 2IGIA 4KRFA 3OYMA 1BQNA 3HM9A 1KVCA 4DQRA 4FJIA 4AHVA 2DTUA 3ZSXA 4E7JA 1BCMA 4DS4A 1HNVA 3K5OA 3KLFA 1G15A 4DTPA 3TAEA 3HP6A 2BANA 4WE1A 1RBSA 3ZT3A 1J53A 1U47A 3QEXA 3HVTA 4KB0A 3L2VA 4CJTA 3AVHA 2RN2A 1VSEA 4CEZA 4FLWA 4DF8A 1VRTA 4LY7A 4DLEA 2KTQA 3SUNA 4DMNA 4DSLA 4NYNA 4RW9A 2A1SA 3TABA 4DSJA 3OYJA 2YKMA 4CGDA 3HSTB
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1VQ8T 2FL7A 3QICA 3MN6A 1UGSB 3CCLQ 3V8KA 3IKMA 1U5SA 2E41A 3UDCA 4AKGA 4EHTA 1NEGA 1YJWQ 2O4XB 3CCET 3I35A 3JCMd 4ZTJA 3MX2A 3Q7CA 4RNGA 1XMHE 4L6V5 2F96A 3SAGA 1FPOA 1QKWA 1Q82C 2JTMA 2HBPA 1K8AR 1R0BG 3CCRN 3H46O 1OOTA 1WXBA 2LNHB 1BO5O 3C12A 2I2LA 1ZXOA 1TG0A 4CGJA 3GNFB 1RBRA 2JMAA 2VASA 3I8BA 4RG8A 3WXLA 2EYZA 3HGKE 3AV9A 3QERA 4E1NA 3RMCA 5AZJB 3HSBA 4CJSA 4AG1C 4EDUA 3QIPA 1HR0K 2LF6A 5HRPA 1FZ9E 1AT1B 5KCHA 1M90C 5AQJA 3L1NA 4QQGA 5LJ3h 2XD0A 2WC9A 1MMGA 5IHKA 3N4QA 1SL0A 4J7IA 2LCSA 1VQLQ 4AH9A 4ICGC 1YITN 2F2VA 1G99A 1JJ2S 3O9RA 4EZ9A 1OZ2A 3OYNA 1KQSP 4N0AA 2WONA 2MOXA 1QVFP 5AQPA 2BZXA 3VQ5A 3BY7A 1U45A 1UHCA 3TSPA 4IOCL 4J2AA 1RBUA 1UE9A 3AARA 2RPNA 3MXIA 3N5BB 1HYZA 4DTJA 3I55N 3I56A 1C0TA 3HBTA 3JCMb 3UA6A 3CCSA 4EIAA 1QHTA 2OZMA 3E1SA 1S6QA 1Q8IA 3EZWA 1VQMT 4A2BA 1HUXA 1Y97A 1W70A 3AGKA 4KULA 2DRKA 4RW8A 2D6FA 3AVIA 4ELZC 3V7CA 4M7AC 5IWAK 4AMCA 4EZ6A 5J1EA 5FPEA 1KQSM 4IXCA 1XVFE 1QVFM 2FPEA 2LCCA 3TPQA 3VQPA 3L2ZA 5AT1B 2PY5A 1FYZE 1YTAA 2BUDA 4JKDA 4ID5A 1I07A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2KZZ A;  4DFJ A;  4DSK A;  3PUF A;  2G8U A;  3NH0 A;  1JXB A;  3MEG A;  3QIO A;  4G1Q A;  3PX0 A;  3RMA A;  4C8O A;  3HPO A;  3L2Q A;  2OPP A;  1LWE A;  4M3T A;  4CF1 A;  1CZB A;  3MEC A;  3HPG A;  4FJ9 A;  2DFH A;  1L3V A;  4CHO A;  1HRH A;  4W5O A;  4CK1 A;  3KLE A;  4OKK A;  3S9H A;  1U4B A;  5CYQ A;  5HRS A;  4BDY A;  4E3S A;  4B9M A;  3HPH A;  1FKO A;  3OYG A;  1IH7 A;  2IGI A;  4KRF A;  3OYM A;  1BQN A;  3HM9 A;  1KVC A;  4DQR A;  4FJI A;  4AHV A;  2DTU A;  3ZSX A;  4E7J A;  1BCM A;  4DS4 A;  1HNV A;  3K5O A;  3KLF A;  1G15 A;  4DTP A;  3TAE A;  3HP6 A;  2BAN A;  4WE1 A;  1RBS A;  3ZT3 A;  1J53 A;  1U47 A;  3QEX A;  3HVT A;  4KB0 A;  3L2V A;  4CJT A;  3AVH A;  2RN2 A;  1VSE A;  4CEZ A;  4FLW A;  4DF8 A;  1VRT A;  4LY7 A;  4DLE A;  2KTQ A;  3SUN A;  4DMN A;  4DSL A;  4NYN A;  4RW9 A;  2A1S A;  3TAB A;  4DSJ A;  3OYJ A;  2YKM A;  4CGD A;  3HST B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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