4HCCA

The zinc ion bound form of crystal structure of e.coli exoi-ssdna complex
Total Genus 165
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
165
sequence length
470
structure length
465
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENLPSFRLEHLTKANGIEHSNAHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEPFTPSDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYADEIVH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords Exodeoxyribonuclease I
publication title The structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with the single strand DNA
rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 165
structure length 465
sequence length 470
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2012-09-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4hccA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4hccA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4hccA01
1JXEA 3V1OA 4W5OA 3KKSA 5CY4A 1L3SA 3C94A 3KK3A 3KLEA 3PX0A 4O0IA 3RMDA 4KHUA 1IKYA 4DQRA 4DSKA 1LW0A 2G8VA 4CHNA 5FROA 4J2DA 2YV0X 4KAZA 1RILA 2KFZA 3HVTA 2EHGA 4CJ3A 3SI6A 1U49A 4FJ5A 3AVAA 3MXMA 1B9DA 3KTQA 4B9LA 3NF7A 3QETA 4CEDA 4B9VA 4B9NA 4XIUA 3DLHA 4M3UA 2HHXA 5K14A 3SZ2A 3OS0A 3U3YA 2HHQA 5CZ1A 3O3FA 4CECA 3OYBA 3P5JA 3QEVA 1RCHA 1SV5A 4E1MA 3OYFA 4CF9A 3SV3A 5HRNA 2OZMA 3B6PA 4FLXA 1BQMA 2F8TA 1Z26A 4CERA 4EP5A 4BDYA 4UQGA 1UA1A 4PUOA 3LAKA 3TR8A 1JL2A 4IG3A 2Y1JA 4IKFA 1C0MA 1C0UA 4KKOA 4JRPA 3LDSA 3ULDA 3SUQA 1S9EA 1TK5A 2O4IA 3OYNA 4ZTJA 1RT3A 2BGGA 4OKKA 4FVMA 1NKCA 1LWEA 1JXBA 4HCCA 3ZSQA 3RMBA 1KLNA 4HVJA 4F2SA 4CIGA 4ELVA 1KFSA 5HLFA 1U45A 2QKKA 2HVHA 2Z1JA 3WNEA 1XC9A 4E7LA 3MEGA 4M3WA 4CEAA 3V6DA 4K8XA 4DFKA 3DOKA 4CGHA 4CHOA 2XY6A 4Q0BA 3E01A 4RW4A 4CIEA 3OYHA 3V9SA 3AO2A 3QLHA 4OJRA 4DS4A 2DTUA 3HJFA 4CF2A 1Z25A 1LWCA 5HBMA 5SWMA 1X9WA 3ZSVA 1RT1A 1L3VA 4B08A 4M3ZA 4E19A 1SKSA 3MXIA 1BIZA 5KRTA 3SCXA 4AILC 4E0DA 4CFDA 3CFPA 1Q9XA 1BI4B 5J1EA 3M8RA 4J2AA 1HJRA 4CK1A 2P51A 2E6LA 4OPJA 5C24A 3KD5E 1TKDA 4DTOA 1YVUA 3IRXA 3VQ9A 3AA4A 1CXQA 3VQDA 4Z4EA 3S9HA 4KTWA 3SYZA 3OVNA 4C8MA 4B9TA 3I0SA 2OPRA 3NDKA 4CHZA 4B9UA 2KQ2A 1DTTA 3AO4A 3DM2A 4Y1DA 1HQUA 1CXUA 4FW1A 2W42A 2AJQA 3TAFA 4LSLA 3DRPA 3L3VA 3NE6A 4E7KA 4DF8A 2G8KA 4DSJA 3CFRA 4F3TA 3TI0A 2PY5A 1C1AA 1VK0A 4O44A 4CK3A 3SUOA 3S3NA 4AHCA 3P1GA 3V9ZA 1KSPA 2HHSA 4QAGA 1I39A 2RKIA 1QS4A 1UA0A 4I7FA 3F73A 4ELUA 4FJLA 3L3UA 4CIFA 3FFIA 4W5TA 1WSGA 1RTJA 1WNSA 3SV4A 2JGUA 1WN7A 1QQCA 1WSHA 3B6OA 3PUFA 5J2PA 1QHTA 5C42A 3CYMA 4M45A 3ZSRA 2YHAA 2D0AA 3TABA 1U4BA 2PYJA 4JLHA 4M3YA 3MXJA 3HO1A 4IFYA 1VSLA 4NCAA 4M3XA 1SUQA 4KHYA 1S1VA 3MECA 3K2PA 2I5JA 4DF4A 2G8WA 2FBYA 1RTDA 4DTSA 2XY8A 1L5UA 4C8NA 3K5MA 2F96A 4NCBA 2VWJA 3PX4A 2X6SA 3AVLA 3QNNA 3ZT4A 2G8UA 4DU1A 3QIPA 1EETA 3NGIA 3NBPA 3K59A 3SPYA 1QSSA 3IG1A 2P5OA 5KRSA 3VQCA 1XWLA 4CHPA 1JL1A 4TSXA 1TV6A 1CZ9A 4FZXC 3L2UA 3SNNA 4KHSA 4FXDA 2OYQA 2YNHA 3H08A 4ELTA 4KI6A 1RDBA 4BDPA 4M3RA 3VN5A 4CEOA 3QIOA 5J2MA 4CEQA 4BE1A 3PO5A 1IH7A 2Z1IA 4DSLA 1TAUA 4KI4A 1UAXA 1C1BA 3AO1A 3TAEA 1WSIA 3C95A 4CJVA 3OJSA 1BI4A 1YT3A 1U48A 3M8QA 4CK2A 3OS1A 2B4JA 1WSFA 4FLUA 5DMRA 4LY7A 5CYQA 1JLEA 2BANA 3AVHA 5J2QA 1ZBHA 4KHNA 4AHSA 1KTQA 4DQIA 3AVMA 3C6UA 3DRRA 1KVCA 1TK0A 4HUFA 4GMJB 2A1RA 2KFNA 3SQ4A 1FXXA 4KTZA 3VQEA 4CJPA 1XHXA 3SQ0A 1HQEA 2YKNA 4R5PA 3K5NA 1VSFA 4CJFA 4FJ9A 4CJKA 3S3MA 4OGEA 3BGRA 4DWIA 4W5QA 2Q3SA 4CEEA 1IO2A 3OYJA 3HPOA 4FJIA 5HROA 2HMIA 1EKEA 1RT7A 1KLMA 4CEBA 4CJEA 3ITHA 3V81A 5KGXA 3LANA 1FKOA 3P83D 4GVMA 2FC0A 4DLGA 2GUIA 1N6QA 1QE1A 4CJ5A 4KRFA 3K57A 1A5WA 1REVA 1B9FA 3CG7A 4DU4A 4J2BA 2DY4A 2G8HA 5T7BA 3LP0A 4DU3A 2QKBA 4ZTFA 4ID1A 4CF8A 4BE2A 5FRNA 2G8FA 2PZSA 3AVNA 1KFDA 4DFMA 1VSHA 1HPZA 4Q5VA 3OYGA 1BIUA 3ZT0A 3QO9A 1NKBA 5CYMA 2QK9A 2HHUA 2OPPA 3CM6A 3QNOA 3MEEA 4CJWA 1L3UA 4BE0A 1S1TA 1KVBA 1RBRA 1HNVA 4FJJA 3AVGA 1BCMA 3AVJA 4CJQA 2KZZA 4RW9A 3L2WA 1LAWA 4DSEA 4M3TA 3DLGA 4H4OA 4KTQA 1Q8IA 1EX4A 1O1WA 3NFAA 3DLEA 3MAQA 4N47A 2R7YA 5J2NA 2HHVA 3OYKA 3VA0A 1W9HA 2OA8A 3QEIA 4RW8A 2E6MA 1EP4A 3AVBA 1HMVA 4DTNA 1T03A 4DSIA 2OPQA 4CJRA 3KK1A 4DG1A 3D45A 4O0JA 1BQNA 1WSEA 1LWFA 2BE2A 4QCLA 3I0RA 1YTUA 3ZSZA 2RF2A 1NK6A 1UWBA 3NF6A 4N56A 2YNFA 4FM2A 1XI1A 1NOZA 1D5AA 3T19A 1TK8A 2X78A 3V9XA 3I8DA 1S9GA 3NH2A 2F8SA 2VG5A 1SL0A 1JLQA 4KV8A 3QEPA 3KK2A 3THVA 1RTIA 4KO0A 1T05A 3AO5A 1T7PA 2ZQBA 4DTRA 4LH5A 3OYEA 4KPYA 4FK4A 1JLCA 1NKEA 2RN2A 3OYIA 1NJYA 1DLOA 1VRUA 3QINA 4JS4A 3SPZA 3AA5X 3QESA 2ZE2A 1NOYA 3V1RA 1BCOA 1VSJA 4WE1A 3LPUA 2Y1IA 1J54A 1HRHA 4BWMA 3LWLA 1J5OA 1D8YA 1QSLA 4KFBA 5FDLA 3DI6A 4G1QA 1EXQA 4Y1CA 4RW6A 2ETJA 4FW2A 1R0AA 4FJHA 2D0CA 2NUBA 3V1QA 4FJ8A 3ZSOA 4FK2A 1LAVA 4E7JA 4I9LA 2P5GA 2DFEA 1IG9A 1QTMA 3AVIA 3PO4A 2FBVA 1C6VA 1VRTA 3AO3A 3A2FA 4B8AB 4JS5A 3OYMA 4K8ZA 3HPGA 3LWMA 3VQ5A 3UIQA 2HNYA 4CF1A 3KKRA 1WSJA 4IBNA 1RDAA 1Y97A 4IFVA 3M8PA 1RDDA 4CJSA 1NJXA 2OZSA 3KD1E 2ZD1A 2E4LA 3L2RA 1A5VA 3CFOA 4OKJA 3L2QA 3RWUA 4B8CA 2PYLA 1RDCA 4YFUA 3VQ7A 4Z0UA 1S1XA 3PX6A 3EYZA 1KRPA 4B9MA 4OLAA 4I2PA 1KCFA 1TGOA 1FK9A 3AVKA 4N5SA 4PA1A 2XY5A 3ZSXA 3TANA 1K6YA 1NJWA 3RR8A 4N76A 3DMJA 3ZT2A 4B9SA 1BISA 4CGGA 3OJUA 4KHWA 4E1NA 4DQPA 5JS2A 3KLGA 1S5JA 3NHGA 2YNIA 1QSYA 1D9FA 1ASWA 5DK5A 3LALA 1A5XA 3NCIA 5I3UA 4CFAA 1ZYQA 1D9DA 3KIOA 3QEXA 3ISNC 5EU7A 3LZJA 1I3AA 3OS2A 1BHLA 1RNHA 5E41A 3IAYA 1IKVA 4MQ3A 4FM0A 1SL1A 3O3HA 1RBSA 4H4MA 4FM1A 2HW3A 1RTHA 4DFPA 4DTMA 2RPIA 3VQAA 3NAEA 4FCYA 3HT3A 1TKZA 3KLIA 2HHTA 4FLYA 3ZSYA 4AHTA 3MEDA 4DTUA 1NK9A 4HCBA 4AHUA 4YNQA 3G10A 4F3OA 2IC3A 2LSNA 4IDKA 4JRQA 3HYFA 1TAQA 1VSDA 3KJVA 3RMAA 3CM5A 4CJLA 1HNIA 1TL1A 2ATQA 1ASVA 3DYAA 3L2VA 3G0ZA 2VG6A 3LAMA 4BWJA 1ZBUA 2YKMA 3AA3A 3U3GA 3VQ6A 3TAMA 3OYLA 4CGJA 1J53A 4W5NA 1VSKA 3HVRA 4DFJA 4C8OA 1KVAA 3PV8A 3ZT1A 1RT5A 2WONA 1X1PA 2Z1GA 4M41A 1G15A 2HVIA 4LD0A 3SUPA 4ID5A 4AH9A 4C8LA 2WOMA 2A1SA 4F4KA 1RBUA 5KI6A 3LPTA 3HM9A 2B6AA 2KTQA 1TL3A 1VSEA 4OPKA 4DSFA 4FJNA 2GBZA 5KGWA 4E7IA 3DLRA 1TVRA 1JLBA 4CGIA 3M8SA 3C6TA 1C1CA 3WNHA 3F9KA 3O4NA 3NGZA 1CZBA 4KB1A 2YNGA 4HTUA 3T3FA 4PY5A 2HHWA 1JLFA 4HUEA 3ALYA 4PWDA 2X6NA 3OYAA 4Z4FA 4O5BA 4ICLA 2O4GA 4CCHA 4L8RB 5JS1A 1JLAA 2D5RA 3JSMA 4DTPA 3HP9A 2HNDA 2Z1HA 3HPHA 1N5YA 3V9WA 5SZTA 2IS3A 1LV5A 3K5OA 2HNZA 3LP2A 3OYCA 3HP6A 4KHQA 4Z4GA 2JLEA 2OPSA 3NF9A 3ZSWA 4IG0A 3LZIA 4ZHRA 2HB5A 4DTJA 4F8RA 1DTQA 1NK5A 1JLGA 3WNFA 4FJ7A 3VQPA 4HHTA 2GV9A 3VQ8A 4O55A 3DOLA 4E7HA 1MU2A 2YHBA 4FJMA 4DQSA 2FBTA 4DMNA 2FBXA 3OYDA 4DS5A 4NYNA 1S6PA 4FLVA 1SKRA 4Z4IA 4QOZB 5FRMA 3ZT3A 4CFBA 2IDOA 1NK7A 4CF0A 3SJJA 3HL8A 1C0TA 5C25A 3NH1A 3BDPA 1JKHA 3RRGA 2VG7A 3DLBA 1SL2A 4MFBA 4CJ4A 1S6QA 4EZ9A 4RW7A 1BL3A 1T8EA 4W5RA 1YTAA 1Q9YA 3V9UA 2KW4A 4O4GA 4CEFA 4FLWA 3JYTA 1F21A 3O4QA 4CGFA 1VSMA 4BDZA 3RMCA 1U47A 4OKEA 4EP4A 3K5LA 3D0PA 1NJZA 4FJGA 3K58A 2VWKA 4CJTA 3TAGA 1XHZA 2XHBA 3V4IA 5D3GA 1TKXA 2G8IA 2BDPA 2X74A 1NK8A 3RTVA 2IAJA 1GOCA 1HYSA 1J9AA 3VQBA 5CZ2A 4CEZA 4DQQA 3HSTB 2XRIA 4FZZA 1HYZA 3IS9A 1RBTA 5HRPA 3KLFA 4BACA 4E3SA 3VQ4A 3U6FA 1U04A 4OVLA 2XO7A 1S1WA 1B92A 3QERA 4OLBA 4RG8A 4I2QA 3TAQA 1TKTA 1SKWA 4GW6A 3RRHA 1RT2A 4FJKA 4AHVA 2B5JA 1NK0A 4Z4HA 1ITGA 3CQ8A 1RT4A 4CESA 4E89A 4HUGA 4CE9A 3TAPA 1WAFA 1L3TA 3AVFA 4KB0A 1IKWA 2IOCA 3AV9A 4Z4CA 1WLJA 4CFCA 2QXFA 1IKXA 4H8KA 2P1JA 4I9QA 1VSIA 1LW2A 3LP1A 4N41A 1GOAA 4M42A 1CLQA 4DTXA 1ZBLA 5HP1A 4KREA 3EZ5A 4DLEA 3SQ1A 3QEWA 3SQ2A 3DRSA 5HRSA 1BGXT 3T1AA 3EY1A 2DFFA 3SUNA 3NGYA 3NH0A 5HRRA 4C8KA 2KZMA 1UOCA 3WNGA 3PY8A 3HXMA 4FLTA 3HK2A 4PQUA 4NCGA 2ITGA 4LH4A 4CHYA 4AHRA 4CGDA 3O3GA 3ASMA 3L8BA 3TWHA 3S3OA 3NF8A 4EZ6A 3TARA 4J2EA 3KLHA 2EX3A 3OY9A 3RR7A 4NYFA 4B3OA 3DLKA 1RT6A 1ASUA 4FK0A 1FKPA 2DFHA 4FZYA 1ZBFA 1RBVA 1ZBIA 3ZCMA 4LSNA 3VA3A 1GOBA 2D0BA 3VQQA 5KTQA 1WAJA 5I42A 3LP3A 2IGIA 4FLZA 1X9SA 1S1UA 1W0HA 2XY7A 4OGCA 4CJUA 4FJXA 1NK4A 3AA2A 4FYDA 4CHQA 1X9MA 1HYVA 4F2RA 3AVCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1JXEA 1NPPA 4RTFD 4B1YB 3ZEUA 1AEYA 3CCRT 3PX0A 4KHUA 3OBWA 3M5RA 1IKYA 2P9SB 4RTVA 2ZAEA 1VQPT 4N4HA 1KQSS 4K0KK 4A4GA 2FEIA 4PJOA 3RKYA 3FFKB 1HD3A 4CRIA 4QVCA 3HVTA 4IDHA 2DZCA 5FU7B 3SI6A 1JXMA 3AVAA 3KTQA 3ZX2A 1MNEA 2M0YA 5GJVB 2MI6A 4QT7A 3T7ZA 2V52B 4BRPA 2BUPA 4DBQA 1RAEB 4B9VA 3DLHA 2QTDA 3G71Q 1KD1C 3SZ2A 5CKEA 2HHQA 2X4JA 5CZ1A 4CECA 2QI2A 3P5JA 1Y96B 2AKLA 5FWCA 1YIJQ 1QCFA 3OYFA 3SV3A 4BB7A 4LF9K 1IZ6A 2OCEA 4QS8A 2DIQA 4C5HA 1T3SA 1N8RC 2SRCA 2ZF5O 4LXCA 3I56Q 4B1XB 1U8RA 4A2BA 1KJWA 3LAKA 3TR8A 3VEYA 2Y1JA 3C6NB 4IKFA 1C0UA 2A42A 4B9XA 3LDSA 3SUQA 5IT9E 3J27A 4JRIA 1S9EA 3OYNA 1FZ6E 3I35A 4OKKA 1CKAA 1RAHB 1MMOG 4ZNXA 1E4FT 1LWEA 1JXBA 4HCCA 3ZSQA 1UJ0A 2QA4N 3QWYA 3O9UA 4LFAK 3SJHA 1YI2A 4C8QF 3LDBA 2NUPA 5A0GA 3CJ9A 2QKKA 2MWPA 1YITA 2VKNA 3EG3A 4DFKA 2A5XA 1VQ4N 4A4KA 4PK4A 2GF7A 2XY6A 2DRKA 4CIEA 3AO2A 5LJ3j 2DTUA 4MMKA 3CBOA 1SAZA 2IIRA 4DS4A 1LWCA 1S1NA 2CDTA 1WHJA 3J7YP 4M3ZA 1SKSA 3ZETA 1XMGE 4M7AA 3I5RA 3CCQA 2RHKA 1M1KO 2FB7A 3DXMB 1OZ2A 5KYWB 1BI4B 1QQNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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