The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
76
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structure length |
70
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Chain Sequence |
MVSTPELKKYMDKKILLNINGSRKVAGILRGYDIFLNVVLDDAMEINANNHQLGTVIRGNSIISLEALDA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor 8
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| publication title |
The 3.8 angstrom structure of the U4/U6.U5 tri-snRNP: Insights into spliceosome assembly and catalysis
pubmed doi rcsb |
| total genus |
7
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| structure length |
70
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| sequence length |
76
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| chains with identical sequence |
a
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-23 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| X | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4C8Q A; 4JUV A; 5GAO r; 3V8K A; 3JB9 J; 1WQ7 A; 2DTO A; 1TH7 A; 2YLB A; 4M75 F; 4M77 A; 4RCB A; 2E41 A; 3RUX A; 5LJ3 j; 2EAY A; 5GMK l; 1N9R A; 2E65 A; 1X01 A; 5GAM j; 5GAO n; 4M78 A; 4OP0 A; 5LJ5 e; 3V7C A; 3PGG A; 2E64 A; 2VC8 A; 4M75 A; 5LJ3 g; 4V2S A; 3SB2 A; 4XU1 A; 2RA2 A; 4JRI A; 1Y96 A; 2DZC A; 4F7U G; 5LJ3 f; 4C92 B; 4C92 D; 5GAM f; 1KQ2 A; 2RD1 A; 1M5Q 1; 3QUI A; 3V8L A; 4PJO B; 4XTY A; 5GAN 2; 4NL2 A; 3JCM P; 1BIB A; 4J5Y A; 4NOY A; 3RKX A; 5GAN e; 4HT9 A; 4C8Q C; 3GIB A; 1KQ1 A; 4M7D C; 3FIF A; 3JCM e; 4M7D F; 4M77 C; 1LJO A; 4XU0 A; 4PNO A; 2YHT A; 3VU3 C; 4C92 F; 2DTI A; 2YLC A; 1D3B A; 4M78 C; 3FB9 A; 4XTZ A; 4F7U B; 2DZ9 A; 2VXE A; 4N0A A; 4PJO G; 4M75 C; 4M7A B; 4M7D A; 3INZ A; 4C92 A; 4C8Q E; 5GAO p; 1B34 A; 2EJF A; 2I2L A; 4M7D E; 3L1A A; 4XQ3 A; 4M77 E; 3JCM X; 5LJ5 d; 3JCM Q; 2VXF A; 2EWN A; 5GMK i; 5GAN 7; 4J6Y A; 4EMK B; 3JB9 I; 2Y90 A; 2FYK A; 4M78 E; 4MMK A; 5GAN 4; 3RKW A; 4M7A D; 1I8F A; 3EFS A; 5GAM e; 5LJ3 e; 3RER A; 3JCM b; 3JCM J; 4M75 E; 5GMK m; 3V7R A; 2QTX A; 3SWN A; 4M7A G; 5GAO l; 4PJO D; 1HK9 A; 2E10 A; 4Y91 A; 1HXD A; 5GAN d; 3JCM W; 4M7A E; 5LJ5 h; 1LOJ A; 4N0A C; 3JCM d; 2CGH A; 1I4K 1; 2JN0 A; 4C92 C; 3BY7 A; 3JCM V; 5GMK e; 5LJ5 j; 5I21 A; 3HFO A; 2RB6 A; 4PJO F; 1I5L A; 5LJ5 g; 2EJG A; 2DTH A; 4QVD A; 5GAN h; 5GAN 3; 3RES A; 4HT8 A; 5LJ5 f; 4PJO A; 1M8V A; 1U1S A; 4C8Q B; 1YCY A; 3SWN C; 2DKG A; 4WF2 A; 3JCM h; 4C92 E; 5GAN 6; 1JBM A; 4M77 B; 2DJZ A; 3BFM A; 3V7S A; 4F7U F; 4M7A F; 5LJ3 d; 5GAM d; 2ZGW A; 2DXT A; 2EJ9 A; 3HFN A; 3JCM c; 4A54 A; 4M78 B; 2HNI A; 2FB7 A; 5GAN g; 4XU2 A; 3JCM g; 4M78 F; 2RM4 A; 4J6X A; 4F7U A; 5GAN f; 4XTW A; 3JB9 G; 4M7A A; 4RCC A; 3JCM f; 4C8Q G; 4M7D G; 3FJP A; 1BIA A; 4JLI A; 5GAO q; 3BW1 A; 4M77 G; 2DVE A; 5GAO m; 4XTU A; 5LJ3 h; 4X9C A; 4EMK A; 4EMG A; 5GAM h; 4PJO C; 4M78 G; 3V8J A; 1LNX A; 3M4G A; 2DEQ A; 3EFR A; 1H64 1; 4M75 G; 3QHS A; 1D3B B; 5CAI A; 1I81 A; 3JB9 D; 3L2Z A; 4XTV A; 4XTX A; 5DY9 A; 4QVC A; 1WNL A; 5GAM g; 4C8Q D; 1WQW A; 3BDU A; 5GAN j; 5GMK h; 2E1H A; 4M7D D; 4M7D B; 4PJO E; 3QSU A; 2K57 A; 4NL3 A; 1B34 B; 4M77 D; 4M7A C; 5GMK j; 4DQ2 A; 1N9S A; 2DXU A; 4JRK A; 1MGQ A; 1U1T A; 4M78 D; 4X9D A; 4XU3 A; 3RIR A; 5GAN 8; 3JB9 F; 3HSB A; 4HA8 A; 4C8Q F; 4M75 B; 4M75 D; 3QO3 A; 3RKY A; 4EMK C; 4A53 A; 4EMH A; 4M77 F; 1Y96 B; 5GAN 5; 4MML A; 1JRI A; 3SWN B; 4F7U E; 3AHU A; 1WPY A; 3JB9 H; 4J6W A; 4C92 G; #chains in the Genus database with same CATH topology 4IUP A; 3DLL A; 2DTO A; 3OB9 A; 1TU0 B; 4RCB A; 5LJ3 j; 2EAY A; 2KDS A; 2RHU A; 2RQV A; 2P4R A; 4M78 A; 5LJ5 e; 2LJ0 A; 2P84 A; 2E64 A; 1BI2 A; 2ATC B; 2ECZ A; 1WHL A; 2O4X B; 4F7U G; 5C6S A; 3G71 Q; 3JRZ A; 5KYN A; 1VQO A; 2NWM A; 2CSI A; 2DJQ A; 2L3Q A; 2CP0 A; 4F7U B; 2ENM A; 2DRK A; 3INZ A; 4C8Q E; 4QW2 A; 4C92 A; 2EJF A; 3CPW A; 3JCM Q; 2QYZ A; 1ZBJ A; 3OS2 A; 1KHC A; 3CC7 A; 1K73 C; 2OTJ A; 2CP3 A; 4O6J A; 4PJL A; 4ZGE B; 1HXD A; 4DOV A; 2J06 A; 1RL2 A; 2CZ6 B; 1VQM T; 1UDL A; 1VQ7 A; 3HRS A; 1JXO A; 1PRL C; 5GAN h; 5IXF A; 1G3W A; 3JCM h; 4HKE A; 5FRM A; 1X27 A; 1VOM A; 4D8D A; 2X35 A; 2HKN A; 4M7A F; 1H8K A; 2DIQ A; 2KK4 A; 2QAS A; 5LJ3 d; 2KI7 A; 2D6F A; 2RK2 A; 3CC7 Q; 2OTJ Q; 3UPU A; 2J6K A; 1XOV A; 3CCJ A; 1N8R R; 4C5H A; 1YHQ A; 3E9F A; 2ZPI B; 4EMG A; 4F14 A; 4FL6 A; 1ZSZ C; 3MPU B; 1VQ7 Q; 3L2Q A; 1VYV A; 4N4I A; 2ZPF B; 3QHS A; 3S6W A; 1PCX A; 2EQM A; 1K73 U; 5KYU B; 1Y07 A; 1VQM A; 1B34 B; 4AFQ C; 3U23 A; 3MKD A; 3CBO A; 3CCR T; 3C95 A; 3CCL A; 3CCJ Q; 1ZHI A; 3MO8 A; 1N6A A; 2RJE A; 3AHU A; 4M7A E; 1O9S A; 3O8V A; 2OJ2 A; 3CXC S; 2RHX A; 2XU8 A; 3EGD A; 3S3M A; 2J05 A; 1Q82 R; 3GLX A; 2HD0 A; 3CD6 A; 3PGG A; 4M75 A; 2HMA A; 2RI2 A; 2H8H A; 1FXX A; 3RDV A; 1TTH B; 1ZQ1 A; 3VS5 A; 5I11 A; 5GAN 2; 4K11 A; 4HT9 A; 2R5A A; 2WSC E; 4PJM A; 4KBM B; 3J7A F; 2LJ1 A; 3EGX B; 3CCL Q; 1KQS S; 2LMJ A; 2AKL A; 4J9G A; 1YJ9 T; 2EYQ A; 4FT2 A; 1YJN T; 5C0M A; 2R5M A; 1OZ3 A; 2IIM A; 4IUQ A; 1QCN A; 4IKF A; 1OX8 A; 1U5S A; 3CCQ Q; 5EC7 A; 4BDZ A; 1EZZ B; 5KYY A; 3BDL A; 2DET A; 1Q7Y R; 4AFS C; 2BE9 B; 2XKO C; 3VS3 A; 1SKU B; 4RTZ A; 1V1C A; 2HCK A; 4EIK A; 4CI0 C; 1OOT A; 4C8Q B; 3OYM A; 3NGP A; 5CO7 A; 1RAF B; 2O88 A; 3MP6 A; 3JAM E; 2DXC A; 2A28 A; 2PNI A; 1RLQ C; 2KRN A; 2QDY B; 1K8A R; 1IRX A; 3H0I A; 1NEB A; 2PVO B; 1FX7 A; 3HPW A; 4ORZ A; 4DA4 A; 3PFS A; 3CC2 A; 2EKO A; 2RN8 A; 3I56 T; 3BDU A; 2GTO A; 1OU9 A; 3A8L B; 1VQK A; 1SF9 A; 3CQT A; 1GCQ C; 2V1R A; 5GAN 8; 4MDX A; 1PRM C; 4KH0 B; 1WYX A; 3SD4 A; 1M1K R; 3SWN B; 2L5Q A; 4C0D C; 3I5S A; 2NUT B; 1RUW A; 2CP5 A; 4M77 A; 1BCO A; 3IQL A; 2EVR A; 1N9R A; 4FYW B; 2X9H A; 3EG0 A; 3CCV Q; 2RJD A; 4ATO A; 2M16 A; 1Q81 R; 3GIB A; 3PIO A; 4KGV B; 4PKC C; 4KGZ B; 3OS1 A; 1BI3 A; 4M7A B; 4ESR A; 2L89 A; 1ABO A; 1M3B A; 1YI2 A; 2F5T X; 5IXB A; 2DIL A; 2Y90 A; 1I8F A; 2FO0 A; 1E6G A; 1RAB B; 3V7R A; 1MUZ A; 2QQS A; 4Y91 A; 1CKA A; 4E7S A; 4ANJ A; 2LRQ A; 2JTF A; 3FRN A; 4PJO F; 4OGC A; 2HBP A; 4M4Z A; 2EYY A; 3LX7 A; 3LW5 E; 3TSW A; 4BI3 A; 3I55 A; 1YI2 Q; 1E6H A; 1X6G A; 3DB4 A; 4WF2 A; 8ATC B; 1VQ9 T; 1VQ5 A; 3G4S T; 2MYS A; 4GLM A; 4QKU A; 1Q86 R; 2EKH A; 3GPL A; 4C0D B; 1J3T A; 4XU2 A; 1ZUK A; 2JZ2 A; 1GRI A; 4WTO B; 2V1Q A; 2A3L A; 2ZPB B; 4D6W A; 2D0N A; 4ZGD B; 1KHI A; 2DD4 A; 4Z02 A; 2ZAE A; 3EHR A; 1TXQ A; 1IRE B; 3V8J A; 3GP8 A; 4X1V A; 5I22 A; 2JTM A; 1VQL Q; 1MMD A; 4PLI A; 1ZSG A; 5CAI A; 1QVP A; 3JB9 D; 3I55 Q; 4QVC A; 1XNI A; 2MWP A; 1VQ5 Q; 4PJO E; 4J83 A; 5CKF A; 1YJW A; 2XDB A; 4AT1 B; 1VQN T; 4JJC A; 3RIR A; 2OI3 A; 4EMK C; 3QO3 A; 1JB0 E; 4L5G A; 4MML A; 1IZ6 A; 3EG1 A; 2M0Y A; 3G4S A; 2ABL A; 4KUD K; 3UAT A; 1TH7 A; 1T3S A; 2JUF A; 1KJW A; 3N5B B; 2YUN A; 4DOW A; 1IGQ A; 1OUL A; 3OYL A; 1R0B G; 2RD1 A; 4AG2 C; 5GJW B; 3OSV A; 4PK4 A; 4XTY A; 2VYT A; 3THK A; 3TVT A; 3HKS A; 4F16 A; 3GNF B; 3MET A; 4PJJ A; 5HKC A; 1LJO A; 4XU0 A; 3A8H B; 2D8H A; 1YIJ T; 1OPL A; 1SG5 A; 2GGR A; 1M2O A; 1YN8 A; 5CR2 A; 3L42 A; 2MWO A; 1WDX A; 3EFS A; 2RK1 A; 5GAM e; 5A0L A; 3CME T; 3JCM J; 5IHI A; 2QTX A; 2CP6 A; 1S1N A; 1UGQ B; 2QGF B; 4JJN K; 2EQU A; 1MNE A; 1D1A A; 2DL5 A; 1VYT A; 5D6Y A; 2A08 A; 4KH1 B; 3VYG A; 2DF6 A; 1SPK A; 1M30 A; 2RMO A; 2BZX A; 1KSW A; 1UGR B; 1IXD A; 1WHH A; 3HRU A; 1X2K A; 1VQ4 A; 1WHK A; 2YT6 A; 3MEW A; 3OBW A; 2NUZ A; 3M54 A; 4JZ4 A; 1D09 B; 5CKB A; 3CCU Q; 1ZA1 B; 3HTR A; 1PSE A; 5GAO q; 3M56 A; 3H9N A; 4ZN3 A; 4B6M A; 2RQT A; 1KD1 R; 3L2Z A; 4JPB W; 4OF1 A; 4C8Q D; 5GAN j; 2W10 A; 1VQ4 Q; 1M27 C; 3OYJ A; 2AK5 A; 4JRK A; 1RAD B; 1T0J A; 3NTK A; 2RO0 A; 3S3N A; 2L3P A; 5KYU A; 3UT1 A; 4II1 A; 4DEY A; 1X01 A; 2GFU A; 2QXF A; 1TUG B; 3CCM T; 2QA4 A; 3M53 A; 1W1F A; 2H3J A; 2GBQ A; 4XU1 A; 4B9W A; 4UC4 A; 3J81 E; 1OEB A; 2HBW A; 5FRN A; 4PJO B; 3JCM P; 2YRD A; 2X4W A; 3CXC P; 4HXJ A; 4JJD A; 2LT4 A; 2B86 A; 3CCE T; 1YNZ A; 2VXE A; 4M7D A; 2OTL T; 3QYH B; 2KRM A; 3LGL A; 1I07 A; 2GFA A; 2VXF A; 3GF5 A; 2CH4 A; 3RMQ A; 1VQ6 Q; 3OW2 S; 2ED1 A; 3EGX A; 3LYI A; 5LJ3 e; 3G6E Q; 1K9A A; 1H3H A; 1O75 A; 3M0R A; 1YIT A; 5GAN d; 1LOJ A; 3CCM A; 3JCM d; 2BKD N; 1NJI C; 4FSS A; 3AT1 B; 2QAZ A; 1K9M R; 1S72 T; 3LGF A; 1AEY A; 5D7U A; 2EJG A; 2L3R A; 5GAN 3; 4JZ3 A; 2WAC A; 4ZTJ A; 1WXU A; 4CC7 A; 1ZSZ A; 2EJ9 A; 5DLO A; 5GAN g; 2DLP A; 3ULR B; 2X3W D; 3JCM g; 3OQ5 A; 1YIT Q; 3HL8 A; 2YDL A; 4OB1 B; 1KFZ A; 3CBP A; 2IVW A; 5AYF A; 4ZTF A; 1FWZ A; 3X28 B; 3G71 T; 2A37 A; 5FU7 B; 1MV0 B; 2P4T A; 3ZBD A; 3VRZ A; 2LCL A; 1SHF A; 3T9N A; 2Y4Y A; 1NBE B; 4LDW A; 1S72 A; 1KIK A; 4DQ2 A; 2O9V A; 1N9S A; 2KSS A; 4HA8 A; 1IHW A; 1K1Z A; 4HVU A; 2LNV A; 4EDU A; 2F2V A; 3RR6 A; 2GNC A; 1TOV A; 4C0F A; 2O01 E; 1MND A; 2E41 A; 5GMK l; 1WIE A; 4OP0 A; 1VQO T; 3E9G A; 5L23 A; 2FEI A; 2LCC A; 1LCK A; 2CZ0 B; 4FYX B; 2XIC A; 4FW2 A; 2LVM A; 1QP3 A; 4KT0 E; 1HSQ A; 1N8R C; 1RI9 A; 3P8B B; 2ROL A; 2FZK B; 1W6X A; 2DZ9 A; 3CC7 T; 2OTJ T; 1LPL A; 4RTV A; 4M7D E; 1W4S A; 5CK9 A; 1ARK A; 1XQH A; 1JO8 A; 1G2B A; 3CXC A; 4IUT A; 1NYF A; 2DRM A; 4IIO A; 3KBG A; 4P5N A; 1VQ7 T; 5GAO l; 1QCF A; 2BZ8 A; 4PFP A; 2VKN A; 3L2U A; 3PVQ A; 2JMC A; 3EG9 B; 1C6V X; 2FPF A; 5IH2 A; 2DL3 A; 2RPN A; 3EFO B; 3CCS Q; 3CCJ T; 2FPE A; 4J9B A; 4AMC A; 2FVU A; 1YHQ T; 2CUB A; 1GL5 A; 1JXM A; 2MMP A; 5KYW A; 3OA6 A; 1N8R U; 3JB9 G; 2AZS A; 4JDS A; 1KC8 R; 1GCQ A; 2X3X D; 3FJP A; 4OB2 B; 1M4Z A; 1YFN A; 2DVE A; 1UHF A; 2E5K A; 5I2M A; 1LNX A; 3OYE A; 1P92 A; 1H64 1; 1D3B B; 1M2V B; 3CEY A; 3CCL T; 1VQP A; 3QKJ A; 3OYH A; 1G83 A; 4Y28 E; 1ACM B; 2V8J A; 3REB B; 2NLU A; 3CD6 T; 3OYB A; 2PVD B; 1JRI A; 5GJV B; 4M78 F; 1SSF A; 5GAO r; 2ROT A; 3A8M B; 4LD9 K; 2YLB A; 1Q82 U; 2CRE A; 2PQW A; 2DVJ A; 4ELZ C; 4OMN A; 2V8K A; 1RAG B; 4RKU E; 4C0G A; 5IAY A; 5LJ3 g; 3NPF A; 2ZPG B; 1VQP Q; 4CC4 B; 4KUL A; 4ZNX A; 2JT4 A; 3EG3 A; 4L6V 5; 4DBH A; 4RTY A; 1Q95 G; 4C8Q C; 3L2R A; 1T3L A; 3UF4 A; 3VU3 C; 4C92 F; 1R77 A; 1BB9 A; 1WXB A; 2GQI A; 2BTT A; 1JJ2 S; 4KUI A; 2GQV A; 3E2U A; 1PC0 A; 4LDY A; 3JB9 I; 2MI6 A; 3X25 B; 2WSE E; 4M78 E; 3RKW A; 4FIB A; 3OYN A; 3S3O A; 3H6Z A; 1UGS B; 4N4H A; 4R56 A; 3ME9 A; 4PJO D; 1PHT A; 4Z88 A; 3CCQ A; 3QYG B; 2YXY A; 2FPD A; 5LJ5 j; 1Q7Y U; 3SDZ A; 2DO3 A; 2RF0 A; 2K6D A; 2MK5 A; 2JM8 A; 4FSX A; 4CC2 A; 4C92 E; 3SWN C; 2AHJ B; 1NPP A; 3EHQ A; 4MZM A; 1ZBX A; 4E7H A; 1NLO C; 2VAS A; 2G6F X; 2D8J A; 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