4FW1A

Crystal structure of two-domain rsv integrase covalently linked with dna
Total Genus 71
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
71
sequence length
218
structure length
210
Chain Sequence
PRGLGPLQIWQTDFTLEPRMAPRSWLAVTVDTASSAIVVTQHGRVTSVAVQHHWATAIAVLGRPKAIKTDNGDAFTSKSTREWLARWGIAHTTGAMVCRANRLLKDKIRVLAEGDGFMKRIPTSKQGELLAKAMYALNHKERGENTKTPIQKHWRPTVLTEGPPVKIRIETGEWEKGWNVLVWGRGYAAVKNRDTDKVIWVPSRKVKPDI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Integrase
publication title A possible role for the asymmetric C-terminal domain dimer of Rous sarcoma virus integrase in viral DNA binding.
pubmed doi rcsb
source organism Rous sarcoma virus
total genus 71
structure length 210
sequence length 218
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2012-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00552 IN_DBD_C Integrase DNA binding domain
A PF00665 rve Integrase core domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.30.30.10 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral 4fw1A02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4fw1A01
4ICLA 1NJZA 4RW8A 2VWJA 5HRRA 4ELTA 3ZSYA 4JS4A 4R5PA 1QTMA 4FCYA 4FLZA 3UIQA 3OYBA 3HM9A 3MAQA 1QSLA 4KKOA 3VQCA 2E6LA 3OYLA 2A1RA 2FBVA 3C95A 1SV5A 4CFDA 4CHNA 4ZTFA 4KTQA 5D3GA 4JRQA 1JKHA 5FRMA 2A1SA 3AV9A 4CGGA 3NH1A 3SNNA 3U3GA 2DFHA 4CJ3A 4Q0BA 1D9FA 1RTHA 1C1AA 4DFKA 4PY5A 2KTQA 4XIUA 2KZZA 3AVHA 2X74A 1QQCA 3AO1A 4MFBA 2PYLA 2AJQA 1RDCA 3AVBA 4CK1A 3OJSA 3AVMA 5CYMA 1SKRA 3PX6A 4FJXA 2XRIA 4AHVA 3KLEA 3SQ2A 2ZQBA 1JXEA 4CEAA 1RCHA 1BI4B 3V9ZA 3SUNA 3DRSA 4CF0A 1CLQA 2VWKA 3LWLA 1KFDA 1RT3A 3V9WA 1EETA 3SUQA 3PX4A 1UA0A 1RDAA 4E0DA 3VN5A 2KW4A 3ZT3A 4C8KA 1TAUA 3VQ5A 1EKEA 3DRRA 3RMAA 1UWBA 2ATQA 4CFBA 1I39A 1ASWA 4HUEA 3G10A 4DQSA 2YKMA 1D9DA 4CEFA 3SYZA 1KRPA 3PO4A 4F3TA 3K5MA 3VQAA 5K14A 3DOLA 3MXJA 3OYDA 4HVJA 3NFAA 3HXMA 3DLKA 3MEEA 3NH0A 2FC0A 4DWIA 2ZD1A 1CZ9A 2QXFA 3AVAA 3QEWA 1BIZA 3ZT0A 3TWHA 4CESA 4B9MA 2E6MA 4OKJA 3QIPA 4FLXA 3RTVA 3V1OA 3F73A 3NAEA 3ZSOA 1RBVA 1WLJA 3HPHA 3SJJA 4FK4A 3LDSA 4DTOA 1S6PA 4CJUA 3DOKA 2YHBA 3QIOA 1J54A 3WNGA 3SPZA 3O4QA 4CIGA 4FK2A 4JLHA 4FJ8A 3VQ7A 3C6UA 4CHZA 3QEIA 1CXQA 1T7PA 3OYIA 4CJ5A 3NHGA 3C6TA 3DLHA 4FJMA 4DSLA 5HBMA 4ZTJA 4PWDA 1KVCA 3RWUA 2OPPA 3HYFA 1NJWA 2FBXA 3IG1A 2X6SA 5KI6A 4M3XA 2HHVA 1HQEA 3OYGA 3CQ8A 4Z4FA 2HB5A 4DU3A 2YNFA 1C0UA 3DYAA 5HRPA 1TGOA 2HHUA 4N56A 1BCOA 4DFPA 3HJFA 3LP1A 2IS3A 3JYTA 3WNHA 3OJUA 3KKRA 4CEDA 4LH5A 1JLAA 5C24A 4DSFA 3P5JA 2OZSA 4HHTA 2FBTA 3OVNA 1LW0A 4NYFA 5KRTA 5KRSA 4FM2A 4BWMA 1ZBHA 1D8YA 4H4MA 1ASUA 3CG7A 4E7HA 4CF9A 3TANA 5I3UA 1ZBLA 3NE6A 1KLMA 1WAFA 2XHBA 1L3VA 4DTSA 1WSEA 3K5OA 4KO0A 4NCAA 2KFNA 4DG1A 4CF8A 4DLEA 1RTDA 4C8OA 2Y1IA 3NF8A 4HUGA 4DS4A 3KLGA 3K57A 1B92A 2YKNA 3KK1A 4FLWA 3AVKA 3IAYA 1RBUA 4LSNA 4OVLA 4CJ4A 1RDDA 4CK3A 4EZ6A 3HP9A 3F9KA 4QOZB 1A5VA 4IG3A 1BL3A 1VSKA 4LH4A 3VQBA 3B6PA 3LWMA 2VG6A 1VSMA 3HT3A 3BDPA 4C8LA 4ELUA 4M3ZA 4OLBA 2KFZA 4GMJB 1QSSA 1WSIA 2ZE2A 4LSLA 3M8QA 3OY9A 2HHQA 4BDPA 3M8RA 5HP1A 4KTZA 1NKBA 4KHQA 1RT4A 4CECA 3QNNA 3S3MA 4DSEA 4UQGA 3NDKA 4AILC 4CGIA 4DTUA 3SQ1A 2PY5A 3CM6A 1TV6A 4CK2A 4DFMA 1EX4A 4E89A 4B8CA 3O3FA 2GBZA 4FM0A 4BE0A 1CXUA 4DSIA 1NK9A 3SI6A 3AO4A 3MXIA 3DLEA 3AVLA 3SQ0A 1QSYA 2VG7A 2P1JA 1Q9XA 3TAGA 2D0AA 4N76A 3MECA 3ISNC 1VRTA 2XO7A 3OYHA 2OYQA 4J2AA 3AA3A 4W5OA 4M3WA 3OS1A 1FK9A 1TK0A 4B9NA 2HNDA 4O55A 4M41A 2EX3A 4OKKA 1J53A 1S1WA 4CGFA 4N5SA 4FJ5A 1C0MA 5EU7A 3LZJA 3QEXA 2BGGA 1WAJA 4CHYA 1NK7A 1IO2A 2F8TA 4CF2A 1REVA 3VQ8A 5J2MA 4N47A 4BE1A 1SL0A 4KHUA 3LP2A 4Z4CA 3LZIA 3ZSVA 1TKXA 4DS5A 1R0AA 3CFPA 5HLFA 3DI6A 4BWJA 1T03A 2OA8A 3HK2A 2X6NA 3DM2A 2WOMA 4DTJA 4RW9A 1WN7A 2DFEA 5J2PA 4M3YA 3T19A 2G8IA 4KI4A 3OYKA 1LAVA 4E7KA 3TAEA 1TL3A 2X78A 3AVIA 1S1UA 1SKSA 1NK8A 1F21A 4DTMA 5T7BA 3LANA 3DLBA 2RF2A 3VQ9A 3U3YA 4B9TA 3ULDA 2B5JA 1LV5A 3TI0A 3HP6A 3ITHA 4FLTA 3D45A 4I2QA 2HHTA 1JLFA 5HRSA 3RMCA 1TK8A 2D5RA 1JL1A 1LW2A 1D5AA 1GOAA 4KV8A 4CIFA 3MEGA 1JLBA 2IOCA 4FZXC 4ZHRA 2PYJA 4DQQA 1ZBFA 2P51A 4CF1A 1LWEA 3L2QA 1ZYQA 3LPTA 5HRNA 2XY7A 1NJXA 3KLHA 1S1XA 4YNQA 3NGYA 4CGJA 4TSXA 1JLCA 2JLEA 3M8SA 2RKIA 4Z4EA 3ZSZA 4CEBA 1SKWA 1K6YA 1DLOA 1IHVA 1HRHA 4L8RB 1FKPA 4IBNA 2G8VA 1LAWA 3L2UA 3CM5A 1NOYA 3CYMA 4FVMA 1A5WA 1EXQA 3HPGA 2YNGA 4G1QA 4C8MA 3QINA 4FM1A 3V81A 2ETJA 5SZTA 3NGZA 3OYCA 1GOCA 1XHXA 1ZBUA 4EP4A 4W5QA 3NBPA 1ASVA 5J1EA 4JRPA 1NK5A 1T05A 2GV9A 1J5OA 4WE1A 4B9UA 2RPIA 1S9EA 1UAXA 1KCFA 1VSIA 2IAJA 5KGWA 3MXMA 2G8HA 2HVHA 3I0RA 1KVBA 1JXBA 3DLRA 4KHWA 4KTWA 2B6AA 4B08A 4FJKA 2QKBA 1RTJA 5J2QA 3U6FA 2HMIA 2Z1JA 2I5JA 3M8PA 5FDLA 2RN2A 3VQ4A 4CFCA 1TK5A 3PO5A 3V9UA 4B9LA 3EY1A 3AVJA 4I9LA 1B9DA 1T8EA 4ELVA 3P83D 4CJTA 3CFRA 3RR7A 1QE1A 3AVGA 3S9HA 1X9MA 2W42A 1WSHA 3KD1E 3QO9A 4KPYA 4M3TA 5CZ1A 4FLVA 1TVRA 3I8DA 3QERA 3NCIA 4CEZA 3AVFA 4DF4A 1TKDA 2DY4A 2ITGA 4LY7A 1HNIA 2DTUA 4FK0A 3KTQA 4M3UA 1IHWA 3L2WA 1BIUA 4HCCA 4C8NA 2LSNA 4KAZA 1HYZA 2HHSA 1RT1A 1EP4A 2IC3A 4B8AB 4FLUA 4KHYA 4B9VA 1C1CA 1RBRA 3ZSQA 3OS2A 3OYAA 3BGRA 4IFVA 1IG9A 3ZCMA 1MU2A 3THVA 4CGHA 3HSTB 2BE2A 3AO5A 4EP5A 1IKXA 2Q3SA 1HYVA 1RT5A 1TKTA 4E7LA 3QEPA 2BDPA 3VQEA 2OPRA 3L3VA 3NF9A 4BDZA 3O3HA 3NH2A 3TAQA 3SUOA 3TAFA 3PY8A 3L8BA 1G15A 4FYDA 3SV3A 3KLIA 4H8KA 3SQ4A 2HHWA 3VA0A 4E19A 3QESA 3TAPA 4I2PA 1KTQA 5JS2A 3I0SA 4F8RA 2P5OA 1W9HA 3HVTA 1RILA 4F2SA 1U48A 5JS1A 3SUPA 1BI4A 1LWCA 4IDKA 4Z4GA 4W5NA 2PZSA 1NKEA 4F3OA 3AA5X 3VQPA 4Z0UA 4CHQA 4FJGA 3ZSWA 3O3GA 1X9SA 2G8KA 4KREA 2HVIA 2OPQA 3L2VA 4YFUA 4E3SA 1C6VA 4CHPA 2B4JA 4MQ3A 1JLEA 4CJVA 4CJFA 3QNOA 4DFJA 3OYNA 3OYJA 2HW3A 1B9FA 3V4IA 4OGCA 1ITGA 1S1VA 4O0JA 4RW4A 5KGXA 1HMVA 1CZBA 4HCBA 1YTUA 1W0HA 1BGXT 4LD0A 4HUFA 4KB0A 1RBTA 1C0TA 4W5RA 1TAQA 3RRGA 2Z1GA 2YNHA 3CFOA 3JSMA 3LP3A 1L3TA 4KHNA 3KLFA 1HQUA 1ZBIA 1RT6A 4DMNA 5KTQA 3AVCA 4O5BA 4RW7A 3T3FA 4KI6A 1KLNA 2WONA 4OJRA 3OYEA 1L3SA 2XY8A 1WNSA 2G8FA 3PUFA 4EZ9A 4PQUA 4CEOA 2O4IA 3RRHA 1KVAA 2O4GA 1FKOA 1VK0A 3ASMA 3LALA 3LP0A 3V1QA 1QMCA 2IGIA 5SWMA 3SZ2A 3V9SA 4PA1A 3VQQA 1RT7A 5FROA 1NOZA 5CZ2A 1NK6A 4DQPA 4PUOA 4IFYA 4CERA 1NJYA 3E01A 1DTTA 4Z4IA 4O44A 5C42A 3L3UA 5I42A 1C1BA 3AO3A 1L3UA 4FW2A 3KK3A 4AHCA 4F4KA 4KHSA 4FJJA 1VRUA 4DQIA 3C94A 3K5NA 3SV4A 4KB1A 1RNHA 1U49A 5C25A 4CFAA 1YTAA 4CJRA 1DTQA 3DLGA 1Z26A 1JLQA 1NK0A 3TABA 4DTPA 3O4NA 3D0PA 1SL1A 2KZMA 4B3OA 4FLYA 3S3NA 4CIEA 4M3RA 2NUBA 4CHOA 3T1AA 1YVUA 1BQMA 2IDOA 4HTUA 4DQRA 4B9SA 1N5YA 3FFIA 4BACA 4FJHA 4M45A 2GUIA 3WNEA 3NF6A 5DK5A 5FRNA 1BQNA 4KRFA 1VSFA 4Y1CA 2G8UA 1FXXA 3OS0A 2Y1JA 4OKEA 3K58A 3SPYA 5CY4A 1WSJA 2HNYA 4AH9A 3WNFA 1L5UA 3EZ5A 1Z25A 4FZYA 4CJLA 2YHAA 3TAMA 4CEQA 1VSLA 1BCMA 4FJNA 3VA3A 1IKYA 4DTRA 2P5GA 5D7UA 3PV8A 1BISA 3RR8A 2G8WA 2QKKA 1QHTA 3LPUA 3ZT1A 4OPJA 1Q8IA 1N6QA 3P1GA 1JL2A 1Y97A 1NK4A 4ID1A 4J2DA 4W5TA 5E41A 2OPSA 3IRXA 4FW1A 4Q5VA 2R7YA 4I7FA 2XY6A 3DRPA 4KFBA 3ZT2A 3RMDA 4CJEA 3S3OA 2EHGA 4DTXA 4K8XA 3AO2A 3IS9A 1HJRA 4FXDA 2VG5A 1X9WA 1A5XA 4AHRA 3V6DA 1U04A 4J2EA 4E7IA 1TL1A 4CE9A 2YNIA 1I3AA 3A2FA 4AHUA 1S1TA 5J2NA 3PX0A 1X1PA 4GW6A 3V1RA 3KJVA 3K2PA 3ZT4A 4BE2A 3AVNA 2HHXA 1XI1A 1XWLA 4DU1A 1C6VX 4DLGA 4NCGA 1HYSA 2E4LA 1TKZA 1UOCA 1O1WA 1RDBA 3KKSA 3OYMA 5HROA 1Q9YA 3ZSXA 3VQDA 3G0ZA 3H08A 4RW6A 4CGDA 4CJQA 2FBYA 3OYFA 1RBSA 4FJ7A 4QCLA 3TARA 3QETA 1WSFA 4AHSA 1VSHA 3B6OA 1KSPA 3AA2A 2D0BA 3AA4A 4OPKA 4NCBA 3EYZA 3LAKA 4FJLA 1RTIA 3ALYA 3V9XA 4N41A 4CCHA 4QAGA 3LAMA 1VSDA 3QEVA 1WSGA 1RT2A 1S6QA 2YV0X 2DFFA 4E1MA 3HL8A 4CJKA 4O0IA 1XHZA 4IG0A 2OZMA 4J2BA 1S5JA 1IKVA 4ID5A 1U47A 4FJ9A 3NF7A 4K8ZA 1IKWA 4CJWA 4DU4A 3HO1A 2KQ2A 4IKFA 4FZZA 5DMRA 3K59A 1YT3A 4GVMA 1U45A 3K5LA 4RG8A 4CJSA 5CYQA 1BHLA 4E1NA 3HVRA 2XY5A 1NKCA 4CJPA 4NYNA 1UA1A 2HNZA 3ZSRA 3HPOA 3L2RA 2Z1HA 4FJIA 4O4GA 4DF8A 3KK2A 4Y1DA 4AHTA 4DTNA 3QLHA 1IH7A 3DMJA 4JS5A 4OLAA 1VSEA 3SCXA 4DSJA 1VSJA 2JGUA 1GOBA 1SUQA 4M42A 2F8SA 2Z1IA 4E7JA 2BANA 3RMBA 4I9QA 1SL2A 3NGIA 1JLGA 4F2RA 1QS4A 1S9GA 4Z4HA 4DSKA 4CEEA 4BDYA 3TR8A 3MEDA 1LWFA 1XC9A 4H4OA 1HPZA 1U4BA 3KD5E 1HNVA 2F96A 1KFSA 3VQ6A 2D0CA 2QK9A 1J9AA 3KIOA 4OGEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2K3BA 2DRMA 2OJ2A 5KE3A 2DMOA 4FCYA 2HBLA 3MAQA 2XICA 1QSLA 1K8AR 3CI5A 2A1RA 2FBVA 3CC4Q 2EPDA 4H5WA 5GIOA 1Q82O 2P9PA 5D3GA 3KVGA 5FRMA 4GBQA 4MMKA 2AZSA 1RAEB 3U3GA 4Q0BA 2DTHA 4M7AC 3QBYA 5GAN6 3AVHA 4MFBA 1QQCA 3ZX3A 2OTJN 2CZ7B 3ENOA 4LUDA 2V1QA 4CK1A 1YBYA 2CSQA 3AVMA 2QQRA 1SKRA 3PX6A 2NRXA 2FO0A 1JQQA 2OCEA 4M7DF 3ZETB 5D6XA 5GMKj 4ILHA 3UKUA 3VEVA 4J9DA 1X3NA 3A0IX 3KLEA 2ZQBA 3ZX2A 4ESRA 2F69A 1BI4B 1Y96A 4RTYA 3SUNA 1VQKN 1OZ3A 1RT3A 5KPZA 3SUQA 1RAGB 3EHRA 1UA0A 1PD0A 3UKRA 1ABQA 3CCRN 4C8KA 1KD1R 3WXMB 4HVUA 4IO8A 4FWLA 3JCMh 2ATQA 1U3OA 2C0IA 4K11A 4M75G 1Q86C 3OYYA 4CZFA 3K0SA 2E41A 4HUEA 4DQSA 1KRPA 4NS5A 3K5MA 1G2BA 1WIEA 3I55Q 3OYDA 5AQUA 2F7TA 3M0PA 2DAQA 2PFUA 5TKWA 4HVJA 3DLKA 3MEEA 4CBWA 3HXMA 4OMLA 3CCJA 4DWIA 1AD5A 4CC7A 3AVAA 5F1XA 4E7ZA 3TWHA 5GAMh 3T69A 4CESA 1OH7A 3I5SA 3J80E 2E12A 3JCMQ 2C06A 3CCMQ 5AQHA 3NAEA 4BG9A 5KYXA 2FPEA 1B3QA 3QIOA 2HMAA 3DLLA 1OH6A 4FK2A 1E4GT 4M7AG 4M7DE 3VQ7A 3C0CA 2LCCA 1CXQA 2DEUA 1KC8O 3A5ZB 2IVPA 3LW5E 3UPUA 3U4LA 3FJ5A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3M0P A;  2DAQ A;  2PFU A;  5TKW A;  4HVJ A;  3DLK A;  3MEE A;  4CBW A;  3HXM A;  4OML A;  3CCJ A;  4DWI A;  1AD5 A;  4CC7 A;  3AVA A;  5F1X A;  4E7Z A;  3TWH A;  5GAM h;  3T69 A;  4CES A;  1OH7 A;  3I5S A;  3J80 E;  2E12 A;  3JCM Q;  2C06 A;  3CCM Q;  5AQH A;  3NAE A;  4BG9 A;  5KYX A;  2FPE A;  1B3Q A;  3QIO A;  2HMA A;  3DLL A;  1OH6 A;  4FK2 A;  1E4G T;  4M7A G;  4M7D E;  3VQ7 A;  3C0C A;  2LCC A;  1CXQ A;  2DEU A;  1KC8 O;  3A5Z B;  2IVP A;  3LW5 E;  3UPU A;  3U4L A;  3FJ5 A;  2L89 A;  5J26 A;  5DM6 L;  3ID6 A;  3IG1 A;  4LF9 K;  2MI6 A;  2HHV A;  1HQE A;  3CQ8 A;  1SG5 A;  2CZ1 B;  1C0U A;  1RGI A;  3SEM A;  3I35 A;  3HJF A;  4DFP A;  3U9Z A;  4A53 A;  1B34 A;  5GAO n;  2GUP A;  5BPM A;  3OJU A;  3JYT A;  3CPW S;  4BRO A;  3PFS A;  3C6H A;  2OZS A;  5GAE P;  5KRT A;  3OVN A;  1LW0 A;  3QZ5 B;  4QVZ A;  4YOW A;  1RAB B;  4Q5W A;  1VQN T;  2D0Q B;  4H4M A;  3E1S A;  3CG7 A;  2P9S A;  4CF9 A;  4C0Z A;  1E4F T;  5I3U A;  3TAN A;  2E6N A;  2QG9 B;  3CCU N;  1ZBL A;  5KYU A;  4KO0 A;  4NCA A; 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