4JRPA

Structure of e. coli exonuclease i in complex with a 5cy-dt13 oligonucleotide
Total Genus 159
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
159
sequence length
469
structure length
460
Chain Sequence
QQSTFLFHDYETFGTHPALDRPAQFAAIRTDSEFNVIGEPEVFYCKPADDYLPQPGAVLITGITPQEARAKGENEAAFAARIHSLFTVPKTCILGYNNVRFDDEVTRNIFYRNFYDPYAWSWQHDNSRWDLLDVMRACYALRPEGINWPENDDGLPSFRLEHLTKANGIEHDAMADVYATIAMAKLVKTRQPRLFDYLFTHRNKHKLMALIDVPQMKPLVHVSGMFGAWRGNTSWVAPLAWHPENRNAVIMVDLAGDISPLLELDSDTLRERLYTAKTDLGDNAAVPVKLVHINKCPVLAQANTLRPEDADRLGINRQHCLDNLKILRENPQVREKVVAIFAEASDNVDAQLYNGFFSDADRAAMKIVLETEPRNLPALDITFVDKRIEKLLFNYRARNFPGTLDYAEQQRWLEHRRQVFTPEFLQGYADELQMLVQQYADDKEKVALLKALWQYAEEIV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/dna
molecule keywords 5cy-dT13
publication title Crystal structures of Escherichia coli exonuclease I in complex with single-stranded DNA provide insights into the mechanism of processive digestion.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 159
structure length 460
sequence length 469
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.1.11.1: Exodeoxyribonuclease I.
pdb deposition date 2013-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00929 RNase_T Exonuclease
A PF08411 Exonuc_X-T_C Exonuclease C-terminal
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.1280.70 Mainly Alpha Up-down Bundle Monooxygenase Monooxygenase 4jrpA03
2.30.30.450 Mainly Beta Roll SH3 type barrels. SH3 type barrels. 4jrpA02
3.30.420.10 Alpha Beta 2-Layer Sandwich Nucleotidyltransferase; domain 5 Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H 4jrpA01
3NCIA 3K57A 2FBXA 2OPSA 4DG1A 1IH7A 2ITGA 1RT6A 3OVNA 4MQ3A 4C8NA 3AVHA 5CZ1A 4FJHA 1I39A 4CGHA 5J1EA 4BACA 1BHLA 1RBUA 1WNSA 2IAJA 4IDKA 1NJXA 4CHQA 2RF2A 2Z1GA 1NOYA 3ISNC 3KLHA 4CGFA 2DTUA 4OVLA 5C24A 3SPZA 3O4QA 3DLKA 2E4LA 3DMJA 4KHNA 3AO2A 4FLVA 3ZT2A 1NJYA 4FJNA 1SL0A 3U3GA 5HROA 2G8HA 3PY8A 4DS5A 4B9VA 3AA2A 4HVJA 1NKBA 2OZMA 1WSIA 4NYNA 1JLEA 4DTSA 1ZBLA 3AVLA 3V81A 1TK8A 1B9DA 1ITGA 1FXXA 4O0IA 3OYHA 1QSSA 3NBPA 4B8AB 4CJQA 3KLGA 3HK2A 2HHTA 3OYJA 2OPQA 3ASMA 3T1AA 5E41A 2YKNA 1J5OA 1I3AA 2B5JA 3NH1A 3OYKA 3KKRA 1L3VA 1EKEA 1RT3A 5CZ2A 4CFCA 1UA0A 2F8SA 4CJRA 2KZMA 3O4NA 4O4GA 3VQ7A 4CJSA 4CIEA 1U04A 3WNEA 3K5NA 1KSPA 2KFZA 3AO4A 4DSLA 1S1WA 4FJLA 2R7YA 2AJQA 2JGUA 3AA5X 1HJRA 3NF7A 4CHPA 1B92A 5CYQA 3TARA 4DMNA 1C0UA 3KIOA 1TK0A 4B9UA 3U6FA 3QIOA 3S3NA 3P1GA 4Z4FA 4F2RA 3AA4A 3AO3A 1BI4B 1X9WA 3NGIA 3KLEA 4N76A 3TAQA 4CHYA 4HUEA 1IKYA 5HRNA 3OYAA 4FM2A 2B6AA 3B6OA 1LW0A 3T19A 4RW7A 3DLHA 4FJ5A 4FK4A 3SUQA 1HPZA 4EP5A 2IC3A 4CK2A 5EU7A 4BWJA 5KRSA 1RT1A 3SQ0A 1HYZA 1Z25A 3L2QA 1RTDA 2HHXA 3AO1A 3L2RA 3QLHA 4MFBA 1Q9YA 1EX4A 4H4MA 4CF0A 3HVTA 3TWHA 1Z26A 4CECA 3VQ5A 4DTXA 3DI6A 3OS1A 3VQCA 2D5RA 3K5MA 2QKBA 3S3MA 2DFHA 3LDSA 4CJEA 3LZJA 3ZT0A 2G8FA 1O1WA 4DSKA 3M8QA 4C8KA 1IO2A 1RTJA 3G0ZA 1IKWA 1FK9A 5JS1A 3AVNA 1TL1A 1VK0A 1D8YA 4FJMA 4FJIA 3K5OA 4CIFA 4DLEA 3T3FA 1J53A 4B3OA 3F73A 1S1XA 1TKDA 4CEQA 3AV9A 2P5OA 2BANA 3HSTB 2E6MA 3AVGA 4CIGA 1SKWA 1Y97A 4J2BA 1QTMA 3VQDA 3M8PA 3LZIA 3QEXA 4CJVA 1LV5A 2KZZA 3KJVA 4C8LA 2OZSA 1U4BA 1NK9A 4DLGA 1R0AA 3V9ZA 1S6QA 4CF2A 3SPYA 1TV6A 1EP4A 5HBMA 5KGWA 3KD5E 2HVHA 3ALYA 1LWEA 4FK2A 3AVJA 1HYVA 3NH0A 1S1VA 2DFEA 1WSFA 3PX6A 1DTQA 4E7IA 4DQRA 4CGJA 5KI6A 4CEZA 4KFBA 4HCCA 4Q5VA 2Y1IA 1JL2A 4BE1A 4O0JA 3DYAA 3TR8A 1UOCA 3RTVA 4ELVA 1CXUA 4FJ7A 2GV9A 3OYGA 4QOZB 1C0TA 1A5WA 1JLAA 3MXJA 4W5QA 3MXIA 2X6NA 2A1RA 4DTJA 4CF9A 3IG1A 4IG0A 2Y1JA 4KHSA 4OLBA 3ZSQA 4FJJA 3VQ4A 1T8EA 1XWLA 1X9SA 3V9XA 4CJKA 5K14A 1DLOA 5HLFA 2G8IA 4HTUA 4PA1A 1CLQA 3KK1A 3OYLA 3DLBA 4M3XA 3O3FA 1EETA 1QQCA 2HNZA 4BDZA 3C94A 4E7HA 2FBYA 3SQ2A 4KRFA 5J2NA 2X74A 4GMJB 5CYMA 3HVRA 3CYMA 1TVRA 2VWKA 4LH5A 5DMRA 2E6LA 4W5TA 4FLZA 3AVFA 4IBNA 1UA1A 1L3SA 4M3WA 4RW9A 2EX3A 4DTPA 1D9DA 4LSLA 2ETJA 3LP0A 3DRPA 1KVAA 2HHWA 1S5JA 4OJRA 4ELUA 2RKIA 4AHRA 3P5JA 4CJPA 3SCXA 4EP4A 4AHVA 3OYNA 3KKSA 3OYEA 4KI6A 3QO9A 3CFRA 1LWFA 4FJ9A 4PUOA 1KLMA 3OYCA 2VG7A 2HW3A 5DK5A 1L3UA 2HVIA 4CK3A 3VQ9A 3KLFA 3VQAA 4OGEA 1WAFA 2JLEA 2YNFA 4NCBA 4M45A 2ZQBA 4CJ5A 1Q9XA 3NF9A 3SQ4A 4PWDA 4KREA 4PY5A 2HHQA 3TI0A 1GOAA 3QEVA 3M8RA 4K8XA 3AVBA 4CJTA 2LSNA 2KQ2A 3ZSRA 4CJUA 3NFAA 1SV5A 3NF6A 4DTMA 4M3ZA 1GOBA 1WLJA 4DTNA 1RT5A 3M8SA 4L8RB 3LP2A 3PUFA 1VSJA 3AVIA 3BGRA 1ZBHA 1XI1A 1ASWA 4B9TA 3HO1A 1QS4A 3TAFA 4CFDA 3DLGA 3OYIA 3BDPA 1C1BA 4BWMA 3L2UA 3FFIA 3EYZA 4OPJA 4TSXA 3NDKA 3CM6A 4KO0A 3HT3A 1IG9A 4EZ6A 2ATQA 3DM2A 5JS2A 2XO7A 2YHAA 3LPTA 1ASVA 2D0BA 1BQNA 2DFFA 2YHBA 5FROA 1GOCA 1RBRA 2ZD1A 1WSHA 1SL2A 5C42A 4FLWA 4NCGA 4EZ9A 1K6YA 2Z1JA 4KHWA 3MECA 4IKFA 4RW4A 3TAMA 1KVCA 3SI6A 3SJJA 2PYLA 1JXEA 4N41A 1VSMA 4RW8A 4CGDA 3V1RA 4R5PA 3SQ1A 3OJSA 4HUGA 1XHXA 4CJ4A 2D0CA 4E19A 4CF8A 1FKPA 4DSFA 1NOZA 1BIUA 3DOKA 3NH2A 2QK9A 2WONA 1JL1A 3ZSVA 2XY7A 1XHZA 1A5XA 3RR8A 3OYDA 4FLUA 4JS5A 1EXQA 4FCYA 1F21A 4Y1CA 4CFAA 1BISA 4W5NA 3VN5A 3OJUA 2YV0X 4BDPA 4IFYA 4BDYA 4KHUA 3RRHA 1BCMA 4KKOA 1JXBA 2Q3SA 3LPUA 3PV8A 3V1QA 4LH4A 4JRQA 3HP9A 3HL8A 1RDDA 4E89A 4F3OA 4I9QA 4JLHA 1RDBA 3C95A 2GUIA 1WSJA 4CK1A 2XRIA 3K59A 3SV4A 2P5GA 4DFMA 2Z1HA 4HUFA 1D9FA 3VQ6A 2KW4A 1SL1A 1L5UA 1YVUA 1CXQA 4ID5A 4H8KA 3NE6A 2HNYA 4H4OA 3V9SA 4J2EA 3P83D 1D5AA 3KD1E 4E1MA 3HYFA 4OLAA 3QINA 2B4JA 3S3OA 1BQMA 5T7BA 4BE0A 4BE2A 4B9LA 4M3RA 3O3GA 3I0RA 3PO5A 4IFVA 1NJZA 4LY7A 1B9FA 1S9EA 1TL3A 3AVAA 1S9GA 4ICLA 3U3YA 4CESA 4B9MA 3UIQA 1TAQA 2P1JA 3L8BA 4FLTA 2O4IA 1T03A 4GW6A 3OS0A 3RMDA 5HRPA 1LAWA 3HPOA 1NJWA 1C6VA 3JYTA 1UWBA 4UQGA 3L2WA 1QSYA 3PO4A 1RDCA 3IS9A 1S1TA 3ZSWA 1WAJA 3ZT3A 1WSEA 1JLGA 2OPRA 1S1UA 4CGIA 1C0MA 4E1NA 2X78A 2YNHA 4FW2A 3SV3A 3QERA 1N6QA 2PY5A 4KI4A 5HRSA 4E3SA 4CHZA 3RMAA 4E7JA 3TAGA 3TAPA 4CHOA 1YT3A 4Q0BA 3QNNA 2FC0A 4M3UA 3QIPA 5I3UA 5KRTA 2HB5A 3H08A 2OYQA 4KTQA 1NK4A 1L3TA 3LP3A 3CFOA 3DLEA 3NF8A 4QCLA 1ASUA 3VQPA 4OKKA 1REVA 2W42A 1CZBA 4O44A 4DF8A 5CY4A 2IS3A 4DFPA 4F8RA 5C25A 4FJXA 2VWJA 3LAKA 3HJFA 2Z1IA 2NUBA 1VRTA 4CFBA 1RBSA 5I42A 1U47A 2IOCA 4CJFA 1T05A 3MEEA 4FZYA 2VG6A 1WSGA 3ITHA 3ZT1A 4CEEA 2XY6A 2FBTA 4CJWA 4DTUA 3OS2A 3EY1A 4K8ZA 3A2FA 3K5LA 2XHBA 4CF1A 3SYZA 1MU2A 4DTRA 4YNQA 3F9KA 2HNDA 1HRHA 4FJ8A 1RTIA 2YNGA 4CCHA 4AHTA 5D3GA 1YTUA 1NK8A 4FZXC 2A1SA 1S6PA 4AILC 1RT2A 3CQ8A 2HHSA 3LP1A 1LAVA 3EZ5A 1JLCA 1T7PA 2PZSA 3WNFA 4LSNA 4M3YA 4Z4IA 1W0HA 2RN2A 4C8MA 3ZT4A 4DF4A 3NGYA 2GBZA 1HYSA 4IG3A 4DQIA 4CEFA 1UAXA 3JSMA 1VSLA 5J2PA 1JLQA 4FVMA 4F4KA 3VQQA 4Z4EA 1SUQA 1CZ9A 1QE1A 4CERA 3NGZA 4DSJA 3VQBA 2XY5A 3RR7A 1VSEA 3C6TA 1X1PA 3S9HA 4M42A 1TAUA 2X6SA 4YFUA 1RNHA 5KTQA 3OY9A 1NK5A 4CGGA 1LW2A 3ZSZA 3QESA 3MXMA 3D0PA 4C8OA 3D45A 2KTQA 2RPIA 3AA3A 4N56A 3B6PA 3LALA 3AVKA 4RG8A 1U49A 4KV8A 2HHUA 3DRSA 4E7LA 2BDPA 4OKJA 1JLFA 4ZHRA 3WNGA 1J54A 3CFPA 3KTQA 4DWIA 2F8TA 2YNIA 4B9SA 1TKXA 2QXFA 2I5JA 3TABA 4Y1DA 3OYFA 1XC9A 4FYDA 4DFJA 1KVBA 2G8VA 3LWMA 4F2SA 3SUOA 4F3TA 3VA3A 5J2QA 4KTWA 4QAGA 4I9LA 4Z4HA 5FRMA 1BIZA 1JLBA 1HQUA 3AO5A 3AVCA 1RTHA 3LAMA 3MEGA 1ZBFA 3V1OA 3KK2A 1U45A 4Z0UA 4W5RA 4CEDA 4NCAA 2BGGA 3NHGA 1C1CA 1HNVA 1BI4A 2ZE2A 1RT7A 4Z4CA 2IGIA 2EHGA 1RDAA 3VQEA 1IKVA 3TAEA 4ZTFA 4ELTA 1WN7A 1HNIA 1LWCA 4RW6A 3QNOA 1SKRA 3I8DA 1QSLA 3MEDA 3OYMA 4KPYA 3HP6A 1VRUA 2WOMA 3PX0A 2HMIA 4OPKA 4J2AA 1X9MA 1VSHA 4WE1A 3CG7A 1RBTA 4DS4A 4DU3A 1KRPA 4G1QA 1NKCA 2G8WA 4CEBA 3VQ8A 1BL3A 2PYJA 1DTTA 4DSIA 1TKZA 1ZBIA 4JRPA 1RILA 4FLYA 3IAYA 3QEWA 1RCHA 1HQEA 1J9AA 1KCFA 2F96A 4FZZA 4AHSA 3OYBA 2XY8A 1VSIA 3K2PA 4ZTJA 4CJLA 3HPHA 3SNNA 3I0SA 3RWUA 3L2VA 4M3TA 5FRNA 3ZSYA 3AVMA 3DRRA 1KFDA 4J2DA 4HCBA 3DOLA 1NKEA 1VSFA 3ZSOA 4Z4GA 4DU1A 5SWMA 2YKMA 4KTZA 3QETA 4DFKA 4FJKA 4HHTA 3ZCMA 2DY4A 3THVA 2BE2A 1KFSA 4NYFA 1N5YA 4CJ3A 1HMVA 3KLIA 4B08A 5HRRA 3NAEA 2D0AA 4AHCA 4DQPA 1KTQA 4I7FA 1NK0A 1VSKA 3LWLA 2QKKA 3ZSXA 3ULDA 1C1AA 1FKOA 4OGCA 3KK3A 1NK6A 4FJGA 2VG5A 1QHTA 3SUNA 4DSEA 1BGXT 4CHNA 3RRGA 1TK5A 4B8CA 4DTOA 4XIUA 4OKEA 4B9NA 3K58A 5HP1A 4FM0A 1BCOA 1G15A 4N47A 1W9HA 4FW1A 4GVMA 3PX4A 1IKXA 1KLNA 1RT4A 1NK7A 2OA8A 4M41A 3O3HA 2P51A 3G10A 4W5OA 3CM5A 3V9UA 5KGXA 3QEIA 4ID1A 4CEAA 3RMBA 3V6DA 4JS4A 1SKSA 4KAZA 3DLRA 4N5SA 4AH9A 3LANA 2FBVA 2G8KA 3HXMA 5J2MA 4FK0A 4FXDA 1YTAA 4LD0A 1TGOA 3HPGA 3RMCA 1ZYQA 4CE9A 1U48A 2G8UA 4AHUA 2KFNA 2O4GA 4E7KA 5SZTA 4CEOA 3HM9A 4KHYA 4KB1A 3IRXA 2IDOA 4FM1A 1RBVA 1TKTA 4DQQA 1VSDA 4KB0A 4KHQA 3C6UA 4I2PA 3E01A 3V9WA 3QEPA 4O5BA 2HHVA 5FDLA 1A5VA 3SZ2A 4DU4A 4DQSA 3L3UA 3V4IA 3MAQA 4E0DA 3SUPA 4I2QA 4PQUA 3WNHA 1ZBUA 3TANA 1JKHA 4FLXA 4O55A 3VA0A 1Q8IA 3L3VA 2OPPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4E1JA 3K57A 4DG1A 2ITGA 2E12A 5CZ1A 2EYQA 1VIFA 1I39A 5J1EA 1BHLA 2UUBK 1WQWA 4GKKK 3HFNA 2YRDA 3UA6A 2Q2RA 1RDWX 2E41A 3JB9D 3O4QA 4KHNA 2JWKA 3DMJA 5AZIA 2XIDA 4FJNA 1AZGB 3ZT2A 1S72Q 3U3GA 2O8BA 3T1HK 4B9VA 4BRIA 1B3QA 4RL5A 1P8ZA 5AJ3K 4NYNA 3AVLA 5IH2A 1FXXA 2HF3A 1QSSA 1YITQ 4C1NI 4CJQA 4M7AE 3SBGA 1VQMN 4KULA 2RPNA 5C2DA 3HRSA 5E41A 1Y57A 2QA4A 3VTHA 4DUYK 1L3VA 3ULRB 3CMAT 2L3QA 2K5FA 1NG9A 2X4WA 4CJSA 1WI7A 3VQ7A 2JPNA 4PJNA 5IT9E 3FZMA 2NRVA 1WB9A 1ZQ1A 2KFZA 3JXUA 3V8KA 3EE9A 3VRZA 2QWPA 3CMAN 4FJLA 1S1WA 1VQ6T 8AT1B 5A2QO 4G9ZA 2AJQA 5GAMd 1XU5E 1SS6A 3EGDB 2JGUA 3AA5X 3H3OB 5FWCA 4JI4K 5IZ7A 4CHPA 4KHPK 1G3WA 4DMNA 2RHUA 2O9SA 1VQPQ 3QIOA 3U6FA 4Z4FA 1VQ6N 4C23A 2RNAA 3PIPA 3AO3A 2J6KA 4H5WA 4YOXA 1UB4A 2NLUA 3TAQA 3EFOB 1IKYA 2ZGZA 5J3BA 4FJ5A 4FK4A 1D1AA 1OULA 2ZWHA 5GAOp 5EU7A 5KRSA 3CMET 5GIOA 1RT1A 1Z25A 3ULEA 4PKHA 2HBJA 1S22A 1UHFA 2SEMA 2XICA 2ZPEB 3HM8A 3FR0A 1Q9YA 1EX4A 2A3LA 3W3DA 3TWHA 3CMEN 1OOTA 3BZCA 3KK7A 4NB4A 5IT9O 4IUUA 3X26B 5BREA 3T69A 1YIJA 3VQCA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 1VQ6 N;  4C23 A;  2RNA A;  3PIP A;  3AO3 A;  2J6K A;  4H5W A;  4YOX A;  1UB4 A;  2NLU A;  3TAQ A;  3EFO B;  1IKY A;  2ZGZ A;  5J3B A;  4FJ5 A;  4FK4 A;  1D1A A;  1OUL A;  2ZWH A;  5GAO p;  5EU7 A;  5KRS A;  3CME T;  5GIO A;  1RT1 A;  1Z25 A;  3ULE A;  4PKH A;  2HBJ A;  1S22 A;  1UHF A;  2SEM A;  2XIC A;  2ZPE B;  3HM8 A;  3FR0 A;  1Q9Y A;  1EX4 A;  2A3L A;  3W3D A;  3TWH A;  3CME N;  1OOT A;  3BZC A;  3KK7 A;  4NB4 A;  5IT9 O;  4IUU A;  3X26 B;  5BRE A;  3T69 A;  1YIJ A;  3VQC A;  3S3M A;  2AK5 A;  4JPB W;  3ZBD A;  1NGD A;  3DXM B;  2ATC B;  2P4R A;  4PJO B;  3M8Q A;  5KYW B;  1FK9 A;  4GLM A;  5JS1 A;  2EGA A;  4ISF A;  4FJI A;  4DLE A;  3T3F A;  2ECZ A;  2ROL A;  4P5N A;  3F73 A;  3FIF A;  5KYY A;  5GMK e;  4M7A C;  2KYM A;  2K4Y A;  1MHN A;  3HST B;  4X34 A;  3CCE A;  2E8A A;  4JN4 A;  5GAE P;  3RES A;  1T3L A;  4J2B A;  1VQ4 Q;  3DKM A;  3PGG A;  1ZC6 A;  3THY B;  1YI2 N;  2O8D B;  2QTD A;  4BG8 A;  4IUT A;  2EPD A;  3UKR A;  1NK9 A;  2ZPG B;  2FG0 A;  1JQQ A;  2LQW A;  3V9Z A;  3LWI A; 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