The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
13
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sequence length |
66
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structure length |
66
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Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPSRPVSH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein
|
| molecule keywords |
RNA-binding protein Hfq
|
| publication title |
Limited proteolysis improves E.coli Hfq crystal structure resolution
doi rcsb |
| total genus |
13
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| structure length |
66
|
| sequence length |
66
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2014-09-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF17209 | Hfq | Hfq protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3INZ A; 5GAN 8; 4PJO D; 4RCB A; 3SWN B; 5LJ3 d; 3BFM A; 3JCM c; 4M77 A; 5LJ5 d; 1BIA A; 3RKW A; 1N9S A; 4M7A B; 4C8Q A; 1LNX A; 4EMH A; 4M78 E; 5CAI A; 3JB9 G; 5GAO q; 5GAN d; 2K57 A; 3RKY A; 3V7C A; 4F7U A; 3M4G A; 1WQ7 A; 2CGH A; 5GAO r; 4PJO A; 4M78 C; 4QVC A; 4C92 G; 5GAO l; 2DZC A; 1TH7 A; 4EMK B; 5LJ3 g; 1KQ2 A; 3JCM b; 2E64 A; 2VXE A; 1JBM A; 4M78 D; 3QHS A; 5LJ3 f; 4M7A E; 3PGG A; 3RUX A; 3SWN C; 5GMK h; 3VU3 C; 4C92 B; 1M5Q 1; 1BIB A; 2E41 A; 4N0A C; 5GAM d; 4M7A C; 3RKX A; 4XQ3 A; 4XU2 A; 1M8V A; 2EJG A; 4PJO F; 3JB9 H; 1Y96 B; 2JN0 A; 5GMK i; 5GAO p; 1WQW A; 4M7D G; 4M7A D; 4J5Y A; 3RER A; 4XU0 A; 4JLI A; 1D3B B; 4EMK C; 4M75 F; 2FYK A; 2DZ9 A; 4M7D F; 4C92 E; 3HSB A; 5GAM g; 3JCM h; 4N0A A; 4JRK A; 4XTW A; 3V7R A; 5GMK m; 1WPY A; 5GAN 4; 2RB6 A; 4JRI A; 3JB9 D; 4C92 C; 2I2L A; 5GAO n; 4WF2 A; 3EFS A; 4C8Q G; 5GMK j; 4C92 D; 2QTX A; 2DXT A; 5LJ5 g; 4HT9 A; 4EMK A; 3QO3 A; 2ZGW A; 3BY7 A; 4M77 F; 4PJO G; 4F7U G; 3JB9 J; 4X9C A; 5LJ5 f; 4C8Q F; 1YCY A; 1N9R A; 3JCM X; 4NL3 A; 4M7D E; 5GAN g; 3RES A; 2VC8 A; 3JCM P; 3JCM J; 1JRI A; 3JCM e; 3FJP A; 4F7U F; 4M78 A; 5GAN f; 4V2S A; 2DVE A; 4M75 G; 1B34 B; 2VXF A; 4XTY A; 3V7S A; 2YHT A; 2DJZ A; 4J6W A; 1Y96 A; 2E10 A; 1X01 A; 5GAN 3; 5LJ3 j; 4MMK A; 4QVD A; 4A54 A; 3SWN A; 5LJ5 j; 5LJ3 h; 3JCM Q; 1U1S A; 4J6Y A; 1D3B A; 2HNI A; 2YLC A; 5GMK e; 1H64 1; 4M75 B; 4C8Q E; 5LJ5 h; 1I5L A; 4M7A A; 3BW1 A; 5GAN j; 4M7D B; 4EMG A; 5GAM f; 1KQ1 A; 2FB7 A; 2DTI A; 4M77 G; 4M78 F; 4PJO E; 4F7U E; 3V8J A; 5GAN h; 2Y90 A; 1MGQ A; 1LJO A; 3V8K A; 2DTH A; 4JUV A; 2DXU A; 3EFR A; 3QSU A; 2EJF A; 4M75 E; 4NL2 A; 4M77 B; 2YLB A; 5LJ3 e; 4DQ2 A; 5GAM j; 1I8F A; 4MML A; 4C8Q B; 5GAO m; 4M7A F; 4Y91 A; 5GAN 6; 4C92 A; 4J6X A; 3HFO A; 4PNO A; 5LJ5 e; 2RM4 A; 3JCM d; 3FIF A; 4M75 C; 3L2Z A; 5I21 A; 1LOJ A; 5GAM h; 4M7D C; 4F7U B; 4PJO B; 4XTZ A; 3JCM W; 4NOY A; 5GAN e; 1B34 A; 1WNL A; 4M75 D; 4RCC A; 2DKG A; 3L1A A; 4XTV A; 5DY9 A; 2EWN A; 4M7D D; 1HXD A; 4M78 G; 5GAN 5; 4M77 E; 1I81 A; 2RA2 A; 5GAN 2; 4HA8 A; 3JB9 I; 4XTU A; 3JB9 F; 3JCM V; 3AHU A; 3RIR A; 3JCM g; 2DTO A; 3BDU A; 4M77 C; 2E65 A; 4M75 A; 4C92 F; 4M7D A; 4HT8 A; 2EAY A; 1I4K 1; 2RD1 A; 3FB9 A; 3JCM f; 4A53 A; 4C8Q C; 3HFN A; 4XTX A; 4M78 B; 4XU3 A; 5GAM e; 5GAN 7; 4M77 D; 4X9D A; 3GIB A; 4OP0 A; 5GMK l; 4M7A G; 4PJO C; 1U1T A; 2DEQ A; 3SB2 A; 4XU1 A; 3V8L A; 4C8Q D; 1HK9 A; 2E1H A; 2EJ9 A; 3QUI A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1NPP A; 1AEY A; 3CCR T; 3OBW A; 4RTV A; 2ZAE A; 1VQP T; 4N4H A; 1KQS S; 4A4G A; 2FEI A; 4PJO A; 3RKY A; 1HD3 A; 4CRI A; 4QVC A; 2DZC A; 5FU7 B; 1JXM A; 1MNE A; 2M0Y A; 5GJV B; 2MI6 A; 4QT7 A; 4DBQ A; 1RAE B; 3G71 Q; 1KD1 C; 5CKE A; 2X4J A; 2QI2 A; 1Y96 B; 2AKL A; 5FWC A; 1YIJ Q; 1QCF A; 3OYF A; 4BB7 A; 1IZ6 A; 2DIQ A; 4C5H A; 1T3S A; 1N8R C; 2SRC A; 4LXC A; 3I56 Q; 1U8R A; 1KJW A; 4IKF A; 4B9X A; 5IT9 E; 4JRI A; 3OYN A; 3I35 A; 1CKA A; 1RAH B; 4ZNX A; 4HCC A; 1UJ0 A; 3QWY A; 1YI2 A; 4C8Q F; 2NUP A; 5A0G A; 2MWP A; 1YIT A; 2VKN A; 3EG3 A; 4A4K A; 4PK4 A; 2GF7 A; 2DRK A; 5LJ3 j; 4MMK A; 3CBO A; 1S1N A; 2CDT A; 1WHJ A; 4M7A A; 3I5R A; 3CCQ A; 2FB7 A; 1OZ2 A; 5KYW B; 3VS3 A; 2NUZ A; 2E6Z A; 2AK5 A; 2C0O A; 2DK3 A; 2DXU A; 2RI3 A; 2SEM A; 2OAW A; 5IXF A; 1I8F A; 4MML A; 5LJ5 e; 1WZO A; 4RTW A; 4M75 C; 4N4I A; 4PJO B; 4NOY A; 1V1C A; 4FYY B; 4D8K A; 2EKH A; 1YJ9 T; 4B9W A; 1Q86 C; 3LW5 E; 3RNJ A; 1GXI E; 3OQ5 A; 2LCC A; 4M77 D; 1IGU A; 4LDU A; 2FZK B; 2PNI A; 4R56 A; 3SB2 A; 3JAM E; 1HK9 A; 2VVK A; 3M56 A; 2RNA A; 4YTL A; 3OBY A; 1YHQ T; 1Q82 C; 4RCB A; 4LUD A; 1VQO T; 1K76 A; 5I2M A; 4QQG A; 3H6Z A; 1V29 B; 1VQ6 Q; 1UG1 A; 2NUT A; 4C92 G; 1BBZ A; 1WFW A; 4KUI A; 2X3X D; 3L2U A; 1FMK A; 4CC7 A; 3TCJ A; 1TUG B; 1QVG A; 2EW3 A; 3C95 A; 2O01 E; 2EQJ A; 1SPK A; 1ZHI A; 5KYX A; 3NFC A; 2QQB A; 2JN0 A; 2RF0 A; 5KCO A; 1EFN A; 2FYK A; 1WXU A; 1PKT A; 1VQL A; 1JU5 C; 1SSH A; 4J9F A; 1CKB A; 3JRZ A; 1YWP A; 2G3R A; 1ABQ A; 2JZ2 A; 3QYH B; 4X9C A; 4PJM A; 4OMO A; 4PJL A; 2F1L A; 1VQ5 A; 3CPF A; 2KR3 A; 5DM7 R; 3CCR Q; 2JUF A; 1K8A U; 2KAF A; 1VQP Q; 4BE2 A; 2YWW A; 1K1Z A; 2BTT A; 3V8J A; 2FRW A; 1QVF A; 1VQ7 A; 1K9M U; 1UB4 A; 1E6H A; 2FHD A; 4M75 E; 5LJ3 e; 1IHW A; 2BIV A; 2OX7 A; 5GAM j; 3L2W A; 4C92 A; 1I0C A; 3CCM T; 3EG0 A; 3OYK A; 3UWN A; 2ESW A; 4OMF B; 1MMG A; 4IUU A; 1I81 A; 5J39 A; 3S6W A; 3GNF B; 3FLG A; 4QW2 A; 3RIR A; 2YUO A; 1QVG P; 1IB8 A; 1WI7 A; 2HZY A; 2F2W A; 3JCM f; 5KYX B; 4M78 B; 4OMN A; 2FL7 A; 2DD4 A; 2PVG B; 3MET A; 1OZ3 A; 3TEE A; 2O9V A; 2L3R A; 1GRI A; 5CKF A; 4FM4 B; 2D8H A; 1QVP A; 2DIG A; 2HL3 A; 1M2O A; 4EMH A; 3OYI A; 2K3B A; 1LNX A; 1Q7Y R; 3M54 A; 2HCK A; 3CC4 T; 2BUD A; 2DYB A; 3G71 A; 2DIL A; 5D6Y A; 5GJW B; 1QP3 A; 1YIJ A; 4F17 A; 2NLU A; 1KQS A; 1PD1 A; 1BIB A; 3PIO A; 4JS5 A; 4XQ3 A; 2EJG A; 1LVK A; 4L5G A; 1VQK T; 4X34 A; 4M7A D; 2J6F A; 3VS4 A; 3H0F A; 1D0Y A; 1KK7 A; 4N0A A; 2EQU A; 5HKC A; 2CKK A; 1R77 A; 1YJ9 Q; 1G5V A; 2JJ9 A; 4V2S A; 3V7S A; 4XAX B; 4XTY A; 1M1K R; 4HVW A; 2DL5 A; 1VQO Q; 3SWN A; 1KG1 A; 2RHZ A; 1PHT A; 1H64 1; 1SF9 A; 2DPP B; 5GAN j; 1RLQ C; 2YRV A; 1KQ1 A; 3M0S A; 4M78 F; 2XDB A; 3BE3 A; 3LH5 A; 2EFI A; 1TSF A; 1NBE B; 3L2V A; 2JT4 A; 4RTY A; 1YWO A; 2L89 A; 2RJE A; 2RJF A; 3G7Z A; 4AT1 B; 2A0F B; 3QDR B; 1VIF A; 3OSS C; 3CME T; 1AT1 B; 1M4Z A; 3AT1 B; 4J9I A; 4IUP A; 2KNB B; 1I4K 1; 2I0N A; 1KQS P; 2RMO A; 1EZZ B; 2EYZ A; 5GAM e; 3GIB A; 4LD6 A; 2EJ9 A; 4WTO B; 4PFZ A; 1VQ6 A; 2LCS A; 1H8K A; 3JB9 G; 2V1Q A; 1QWF A; 1K8A C; 1N5Z A; 3M59 A; 5LJ3 g; 1GCQ A; 3J81 E; 3QHS A; 4E7H A; 3A8L B; 3ME9 A; 4JDS A; 3CC7 A; 1K9M C; 5FRM A; 1W2B A; 1ZX6 A; 2D0N A; 4EMK C; 1Z9Z A; 2DZ9 A; 2JTF A; 3CCM Q; 2QDL A; 2WSE E; 4HKE A; 1WDX A; 4DEY A; 2IG0 A; 2KBT A; 3CXC A; 4F14 A; 4RTZ A; 5GAO n; 2RK1 A; 3OMC A; 4PFO A; 4C92 D; 4FL6 A; 2QTX A; 4XK8 E; 3BY7 A; 4F7U G; 2JS2 A; 3JB9 J; 1FX7 A; 1UGP B; 3NHN A; 5KE3 A; 3JCM X; 3CCR A; 2V8K A; 2WSF E; 1VQP A; 1JB0 E; 4MDW A; 4RG8 A; 2X35 A; 1M30 A; 2DBM A; 1X01 A; 2QGG A; 1AHJ B; 2HQX A; 1MMA A; 1U06 A; 3CC4 Q; 5LJ5 h; 1NEG A; 3CPW A; 2YUQ A; 3CQT A; 2DL7 A; 4J9E A; 1UGR B; 3MO8 A; 1M1G A; 1PM3 A; 3QYG B; 4PNO A; 4VUB A; 4M7D C; 1VQK Q; 2CZ7 B; 2QAS A; 4KT0 E; 4AG1 C; 1YNZ A; 5GAN e; 1OQK A; 5GAN 5; 2EYQ A; 3HKS A; 4LUE A; 2X4X A; 1IRE B; 5FU6 C; 1ZA2 B; 3MEU A; 1T0J A; 3UAT A; 4Z89 A; 4RTU A; 3P8D A; 2E1H A; 2MMP A; 1ZUU A; 3QUI A; 3KFV A; 2EYX A; 1IO6 A; 4R0K A; 3C94 A; 4OB3 B; 3VV0 A; 3D7S B; 3E9G A; 2OTL T; 4EDU A; 2K57 A; 4F7U A; 2O88 A; 2DL4 A; 3M4G A; 4EPC A; 1G3T A; 2DF6 A; 2EYY A; 2G6F X; 2J7I A; 4DBR A; 1KQ2 A; 1HSQ A; 2VWF A; 2CP7 A; 3VU3 C; 3OS0 A; 4CC2 A; 1BB9 A; 4JLI A; 1YJ9 A; 2Y4X A; 5KYU A; 3BDL A; 2VUB A; 5GAM g; 3WVD B; 2PTK A; 1YJW T; 3A8H B; 1RAB B; 5DLQ E; 1WHK A; 2BE7 D; 2DAQ A; 1N9R A; 1VQO A; 1KFZ A; 2CRE A; 4E7L A; 2E5K A; 1M90 R; 1H3H A; 1R0B G; 2KT8 A; 4FT2 A; 1K4U S; 3VS7 A; 1YP5 A; 3VS6 A; 3GPL A; 2EPD A; 5IHN A; 5LJ3 h; 4E6R A; 2YLC A; 1WHM A; 1NLO C; 1R8O B; 2KQW A; 3C12 A; 1UGQ B; 2XIC A; 4PLI A; 1K73 U; 2AIR B; 2XHC A; 3VYH B; 1UHC A; 3O5Z A; 2C06 A; 1M3B A; 1QKX A; 4NL2 A; 1M2V B; 2YRD A; 3THK A; 2YSQ A; 1XQH A; 4F7U B; 4Y92 A; 1QMC A; 2KE9 A; 4E7K A; 2DKG A; 1C1A A; 5GAN 2; 3Q1J A; 4J9C A; 1NPR A; 4M75 A; 1NYG A; 2HD0 A; 3A8G B; 4GY5 A; 3REB B; 3BFM A; 5KYU B; 1AWX A; 1N9S A; 4KH1 B; 3CEY A; 4L59 A; 4Z8A A; 5GAO q; 3MP6 A; 1WQ7 A; 1VQN T; 1VUB A; 2MK5 A; 1QCO A; 3HPW A; 5GAO l; 1HYO A; 3KUF A; 2FZG B; 4BUG A; 2BZX A; 1OU8 A; 1YFN A; 1NJI U; 2FPF A; 1BU1 A; 1NYF A; 2L5Q A; 5KYW A; 1D1A A; 3CCM A; 1SSF A; 5GMK i; 2CP5 A; 1E7O A; 1BI3 A; 2CSQ A; 1N27 A; 4QQ6 A; 2GQI A; 1Y07 A; 1IRX A; 4PKC C; 2RB6 A; 3VUB A; 2ROL A; 1FXX A; 3JB9 D; 2KT1 A; 3QJY A; 4J9B A; 3M5A A; 4HT9 A; 1C6V X; 3GOX A; 2EQK A; 3A8O B; 4E7Z A; 4DOW A; 1M1F A; 1UDL A; 4F7U F; 2GQV A; 1X69 A; 2KK4 A; 4HVU A; 2P4T A; 2QA4 T; 2L2P A; 3CC4 A; 1RAA B; 2VXF A; 2RJC A; 2GTJ A; 3WXM B; 2B86 A; 2E3I A; 2L3P A; 3TU4 K; 2OTL Q; 3LWI A; 4M75 B; 3C0C A; 1VQ4 T; 4FYW B; 3VS0 A; 5IXB A; 1QKW A; 3LLR A; 1VQK A; 1D0Z A; 2JM9 A; 1Q81 U; 3HFO A; 1PWT A; 3LGL A; 5I21 A; 5GAM h; 2DMO A; 1J3T A; 2GGR A; 2HEQ A; 1O75 A; 2D1X A; 5DY9 A; 3M55 A; 2HQE A; 2H3J A; 4M78 G; 3QWX X; 2P0P A; 1OX9 A; 2LNV A; 4RTX A; 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4HA8 A; 3JB9 I; 1ZSZ C; 1JQQ A; 1BKB A; 3I55 T; 2NYS A; 4E7I A; 3A1P A; 3TRE A; 2DET A; 1JJ2 A; 2K3X A; 2GTO A; 5FWB A; 3X26 B; 3INZ A; 2MIO A; 3X28 B; 4PJO D; 2VV5 A; 2DL8 A; 2QA4 Q; 2XKO C; 4C0G A; 4O6J A; 2CP0 A; 3MJX A; 3QZ5 B; 2DL3 A; 2VYT A; 1H92 A; 4HXJ A; 2E64 A; 5LJ3 f; 2XI9 A; 3CCU T; 2MWO A; 1A0N B; 3RMS A; 4M7A C; 2RQT A; 4XU2 A; 5D7U A; 1Q81 C; 2DXB A; 4M7D G; 4J5Y A; 5HCK A; 1ZBJ A; 4MDX A; 3M0P A; 4GBQ A; 3V7R A; 2LNH B; 2FPE A; 3U23 A; 3TSZ A; 3CMA T; 2LJ0 A; 2MF2 A; 5LJ5 g; 4EMK A; 1VYV A; 3QO3 A; 4LD9 K; 3VS5 A; 1X27 A; 1ZA1 B; 1VQ8 T; 2LJ3 A; 5HK3 A; 3RES A; 3JCM P; 3CC2 Q; 2LJ1 A; 3FJP A; 2OTL A; 1RAF B; 2B8A A; 1GFD A; 2LQ8 A; 3FRN A; 4JLG A; 2DJZ A; 1VA7 A; 4QVD A; 1UGV A; 2E6N A; 4QQD A; 7AT1 B; 2KI7 A; 1W4S A; 1M8V A; 2OTJ Q; 1QLY A; 2QXF A; 2RH2 A; 3BW1 A; 4C5I A; 5J26 A; 4ZN1 A; 2HKQ B; 2F2V A; 4PJO E; 1VYT A; 1QVF P; 4HCZ A; 1T0H A; 2DTH A; 4JUV A; 1P92 A; 3MPU B; 4GLK A; 2O9S A; 3SD4 A; 4PLL A; 1YBY A; 5GAN 6; 5CQX A; 3REA B; 1YHQ Q; 2DD5 A; 1YIT T; 2L0A A; 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