The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
12
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sequence length |
84
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structure length |
84
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Chain Sequence |
MAGDPLPKYWSYPVGLAVEINNNARYGCPHHVGRKGKIIEHLHSATYDYAVSDETGDITYFKEHELTPLKGGLAYVLEHHHHHH
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Structural genomics, unknown function
|
| molecule keywords |
YorP protein
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| publication title |
NMR Structure of Bacillus subtilis protein YorP, Northeast Structural Genomics Target SR399.
rcsb |
| source organism |
Bacillus subtilis
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| total genus |
12
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| structure length |
84
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| sequence length |
84
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2006-06-21 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2ESW A; 5FWB A; 2EVR A; 1RI9 A; 1YWO A; 5L23 A; 1U5S A; 2YUQ A; 1SPK A; 1Z9Q A; 1ZUY A; 2HCK A; 5GJV B; 1OPK A; 1AOJ A; 2DBK A; 2J6F A; 2OJ2 A; 1V1C A; 2I0N A; 3H0H A; 2V1R A; 2FPE A; 2LNH B; 1OPL A; 1RLP C; 2KYM A; 1ZLM A; 2DLP A; 1NM7 A; 2E5K A; 2J6K A; 2OAW A; 1FMK A; 1QKW A; 4JPB W; 1TG0 A; 2H8H A; 1H3H A; 1EFN A; 1MV0 B; 2YSQ A; 2DF6 A; 1CKB A; 4J9H A; 1X2Q A; 1B07 A; 1QWE A; 2RMO A; 3REB B; 1MV3 A; 1UJY A; 2CUB A; 1SRM A; 3EHR A; 1G2B A; 2L0A A; 4Z8A A; 1PHT A; 4CC7 A; 2DL4 A; 4J9C A; 1BBZ A; 1UUE A; 1PRL C; 1IO6 A; 2A36 A; 3EG0 A; 1AWW A; 2LQW A; 4ORZ A; 4RTV A; 1UG1 A; 2KGT A; 4DEX A; 1M3B A; 2ABL A; 2AK5 A; 1I1J A; 3VS3 A; 1M30 A; 2EYZ A; 3U23 A; 2K7A A; 2JS0 A; 1X27 A; 4QT7 A; 3UF4 A; 1YN8 A; 1K4U S; 1Y57 A; 1J3T A; 2RQW A; 2DL8 A; 4M4Z A; 5I22 A; 1RLQ C; 2W0Z A; 4F17 A; 4X1V A; 4J9B A; 2K2M A; 2LJ1 A; 1JXM A; 4WCI A; 2DJQ A; 2CT3 A; 2L3S A; 2KXD A; 2O9V A; 3VS0 A; 1M3C A; 3VRY A; 1NEB A; 2F2W A; 2VWF A; 2LCS A; 4J9I A; 1XOV A; 3JV3 A; 1W70 A; 2EPD A; 2ENM A; 2JMC A; 1UTI A; 4CC4 B; 1WXT A; 1ARK A; 3RBB B; 2IIM A; 3NMZ C; 2V1Q A; 2JW4 A; 2D1X A; 1YCS B; 5IHN A; 2EYY A; 3M0U A; 3CQT A; 3VS7 A; 2L2P A; 2BZ8 A; 5GJW B; 3I5R A; 2JM9 A; 1S1N A; 3QWX X; 1VYT A; 1CSK A; 4OMN A; 2K6D A; 2GBQ A; 4FSS A; 1M27 C; 2K3B A; 1JXO A; 2DX1 A; 4LUD A; 3VRZ A; 1GBR A; 2EQI A; 1WDX A; 1BB9 A; 4JJB A; 1HSQ A; 2O2O A; 2RF0 A; 1Z9Z A; 2RN8 A; 3UA7 A; 1UHF A; 4K11 A; 1PRM C; 2L3Q A; 1UFF A; 5IXB A; 2PNI A; 1UHC A; 3LH5 A; 4J9D A; 2CRE A; 4JJC A; 2D8H A; 2GNC A; 2J7I A; 4F14 A; 4AG2 C; 2HBW A; 1OV3 A; 1WX6 A; 1G83 A; 2KT1 A; 2KR3 A; 3EG1 A; 2HSP A; 1NYF A; 2JT4 A; 2OI3 A; 1ZSG A; 2DNU A; 2EGE A; 1SEM A; 2D0N A; 4Y92 A; 3TVT A; 3UAT A; 1OEB A; 4GBQ A; 1T3S A; 2W10 A; 5I11 A; 3O5Z A; 2XMF A; 3EGU A; 1E6G A; 2DE0 X; 3TSW A; 2F2X A; 2FEI A; 3SHW A; 1ZUU A; 1YNZ A; 3H0I A; 2GTJ A; 2CDT A; 1OOT A; 4D8K A; 4AG1 C; 2BZX A; 3UA6 A; 1SSH A; 1TUD A; 1E7O A; 1HD3 A; 1WI7 A; 1YWP A; 1H8K A; 4JJD A; 2PTK A; 4LE9 A; 4R0K A; 1NYG A; 1H92 A; 1GFC A; 3GBQ A; 2BZY A; 2DYB A; 1I0C A; 1GCQ A; 2LJ0 A; 1NEG A; 1ZUK A; 3PVQ A; 2X3W D; 1K9A A; 4Z89 A; 1UE9 A; 2EBP A; 1KFZ A; 1KJW A; 1AZG B; 2RQV A; 1GCQ C; 1AWO A; 2DMO A; 2KRO A; 1KSW A; 2EKH A; 2FRY A; 4RTW A; 2O31 A; 4ZNX A; 2AZV A; 2J6O A; 2K79 A; 2O88 A; 4HVU A; 2K9G A; 1I07 A; 4LNP A; 2J06 A; 3IQL A; 1T0J A; 3EG3 A; 1B3Q A; 1GL5 A; 2MCN A; 2NWM A; 2J05 A; 1A0N B; 5FWC A; 4CC3 A; 4RTZ A; 4A63 B; 1NLP C; 5FW9 A; 4RUG A; 2KEA A; 2ROL A; 1UDL A; 5IHI A; 1N5Z A; 2GTO A; 2JMA A; 2MOX A; 2YUO A; 2QDL A; 2KNB B; 3NGP A; 2LQN A; 2A28 A; 1AWJ A; 3THK A; 1X43 A; 3QWY A; 2FPD A; 1NLO C; 2DRM A; 1M8M A; 5EC7 A; 1WA7 A; 2JS2 A; 3EG2 A; 4JZ4 A; 2ED0 A; 1AEY A; 4J9G A; 1SRL A; 2FG0 A; 1WLP B; 4RTU A; 2EYX A; 2ED1 A; 2LJ3 A; 4J9E A; 3REA B; 2YUN A; 2RQR A; 2CUD A; 1K0S A; 2GQI A; 2KE9 A; 2DL7 A; 2DVJ A; 1U3O A; 4OMP A; 2EGA A; 2F2V A; 4IIM A; 2FO0 A; 3H41 A; 3TSZ A; 1TUC A; 1T0H A; 3H0F A; 2EYW A; 3M0T A; 2EGC A; 2KRN A; 3M0S A; 4KRT A; 2YUP A; 1K76 A; 4EIK A; 4LN2 A; 2GGR A; 3VS6 A; 1K1Z A; 1QCF A; 3M0P A; 4F16 A; 1QLY A; 1BU1 A; 2AKL A; 5HCK A; 5IH2 A; 2DL5 A; 3VS2 A; 2D8J A; 1YP5 A; 1ZX6 A; 2SEM A; 2B86 A; 3M0Q A; 2CSI A; 3I35 A; 2JM8 A; 3NPF A; 2X3X D; 1UGV A; 2CH4 A; 1WXU A; 1VA7 A; 1Y0M A; 3RNJ A; 1LCK A; 1U06 A; 4GLM A; 5ECA A; 2LX7 A; 2MIO A; 2DL3 A; 3A98 A; 3I9Q A; 2KBT A; 1GFD A; 2DRK A; 4AFZ C; 2KXC A; 1WXB A; 2CSQ A; 3M0R A; 1CKA A; 4OMQ A; 1SHF A; 3KFV A; 4AFQ C; 1QKX A; 2YDL A; 4IIO A; 3I5S A; 2NUZ A; 1ABO A; 3VS1 A; 2JXB A; 3NHN A; 4OMM A; 1W6X A; 2G6F X; 1X6B A; 2LP5 A; 4JZ3 A; 2EW3 A; 2VKN A; 3ULR B; 1FYN A; 1RUW A; 3FJ5 A; 4J9F A; 3R6N A; 2AZS A; 2PZ1 A; 2DIL A; 3VS5 A; 2AKK A; 1X6G A; 2RNA A; 4AFS C; 1AWX A; 4HXJ A; 1VYU A; 4RTT A; 4DEY A; 3EHQ A; 2LZ6 B; 1PWT A; 4OML A; 1BK2 A; 1PKT A; 2KT8 A; 4CC2 A; 4ESR A; 2M0Y A; 2CT4 A; 1AD5 A; 1NG2 A; 2LMJ A; 1X2K A; 2L3P A; 1HJD A; 1T3L A; 1SHG A; 4RTY A; 1KIK A; 2BTT A; 2ECZ A; 1AZE A; 1GRI A; 1MUZ A; 4HCK A; 1PNJ A; 1ABQ A; 2RQT A; 5IXF A; 1UJ0 A; 1WFW A; 4AFU C; 1M3A A; 1WIE A; 2JTE A; 1JU5 C; 3VS4 A; 2RQU A; 1PKS A; 1X69 A; 3ZL7 C; 3PVL A; 3SEM A; 4Z88 A; 1GCP A; 1W1F A; 2ROT A; 2C0T A; 1UEC A; 3C0C A; 2HEQ A; 2SRC A; 2C0I A; 2A37 A; 1ZBJ A; 2A08 A; 4HVW A; 2RPN A; 2DM1 A; 1QWF A; 4RTX A; 2P4R A; 2VVK A; 4E6R A; 5IHK A; 2YT6 A; 2KRM A; 1VYV A; 2O9S A; 1K0X A; 4OMO A; 1JQQ A; 3PE0 A; 1E6H A; 2C0O A; 2M51 A; 2FRW A; 1JEG A; 4LUE A; 2KRS A; 1GBQ A; 2HDA A; 4HVV A; 2DA9 A; 2CH4 W; 1AVZ C; 4D8D A; 2FPF A; 2DBM A; 2KYB A; 1WYX A; 1JO8 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4EDU A; 4M75 B; 4M7D D; 5KYW A; 1OUL A; 4N4G A; 1M4Z A; 2QDY B; 1PSF A; 1VQ5 Q; 3QO3 A; 5GAN 2; 2K5L A; 3OS5 A; 2BIV A; 2YUQ A; 1OPK A; 1PM3 A; 2J6F A; 2XU8 A; 5GAM d; 4PJO C; 1OZ2 A; 3RES A; 3H0H A; 4XTY A; 2QYZ A; 1VQ8 T; 1OPL A; 4M75 D; 3EGX B; 1RLP C; 2ZPH B; 4BDY A; 2VGN A; 2ZGW A; 3V8J A; 4GY5 A; 4C92 A; 4MZT A; 2KQW A; 5CKD A; 1EFN A; 5D6W A; 2KSS A; 1VIF A; 3FEO A; 4M7D A; 2QG9 B; 3G4S Q; 3HHT B; 2RMO A; 2FHD A; 3REB B; 1UJY A; 1Q81 C; 2YHT A; 1N6A A; 1QP3 A; 3EHR A; 1PHT A; 4J9C A; 5FU7 C; 5KYX A; 2DEU A; 1BBZ A; 3JB9 H; 1UUE A; 1PRL C; 2A36 A; 4JS5 A; 1AWW A; 3KUF A; 4ORZ A; 4HKE A; 1UG1 A; 3CBM A; 3EFS A; 4RCB A; 2LTO A; 4BY6 B; 4KGZ B; 3U23 A; 4M78 C; 4JRQ A; 3JCM f; 1K4U S; 2HSE B; 5GAN 6; 5GAM h; 3SB2 A; 1NPP A; 3BFM A; 5KE2 A; 4B6M A; 1MGQ A; 4M4Z A; 5I22 A; 4F17 A; 4X1V A; 3JCM W; 1PC0 A; 5GAO l; 4ZTF A; 2LJ1 A; 3CCJ A; 1QCO A; 2O9V A; 3RIR A; 5LJ5 g; 1K9M C; 1BYM A; 2F2W A; 2BE9 B; 1W70 A; 2QQR A; 2VV5 A; 2JMC A; 3L2W A; 1WXT A; 5KYY A; 2V1Q A; 1YCS B; 5LL6 S; 3M0U A; 3D7S B; 4E7Z A; 1VQ7 Q; 4J7F A; 2ZZD A; 4PJO G; 1S1N A; 3QWX X; 1VYT A; 3CMA Q; 4KUI A; 3L2Q A; 1C1A A; 2K6D A; 2RD1 A; 2QEX T; 1EZZ B; 1VQO A; 2DX1 A; 3CCR A; 3E9F A; 3VRZ A; 1UGR B; 3M9Q A; 3I55 A; 4JRP A; 1UHF A; 3F70 A; 2YLC A; 4K11 A; 3V7C A; 1PRM C; 2AHJ B; 1NJI C; 2PNI A; 1ZA2 B; 4JJC A; 2CRE A; 2GNC A; 3S3O A; 1WX6 A; 1UGQ B; 1B34 B; 3V8K A; 5LJ3 j; 1RI0 A; 4C5E A; 1YJN A; 2KT1 A; 1Y71 A; 1QW1 A; 5DY9 A; 1D3B A; 1MMG A; 2DNU A; 2HQX A; 2EGE A; 1SEM A; 2D0N A; 4C8Q G; 4M78 G; 4MDX A; 1OEB A; 1YIJ Q; 1T3S A; 3X20 B; 1VQ9 T; 2P4T A; 2VAS A; 2W10 A; 3TRE A; 4LDV A; 3HSB A; 2FEI A; 3PGG A; 3SHW A; 1KD1 C; 2E3H A; 4KGV B; 4IUQ A; 2CDT A; 3OYN A; 1OOT A; 3CCU T; 2BZX A; 1SSH A; 3L42 A; 1PD0 A; 1RAH B; 1E7O A; 1HD3 A; 1VQL Q; 4VUB A; 5FRM A; 4R0K A; 4ELZ C; 1GFC A; 3CCM Q; 2CS7 A; 2DYB A; 1BKB A; 4M7D C; 1ZUK A; 4Z89 A; 1M8V A; 2DXC A; 4E2F B; 3GIB A; 3M53 A; 2HQH A; 2K3Y A; 4DQ2 A; 3OYY A; 1FX7 A; 4E7I A; 2FRY A; 4C0Z A; 2O31 A; 3FIF A; 4ZNX A; 1U1S A; 1TSF A; 2O88 A; 3JCM g; 1VQK T; 4NOY A; 1V29 B; 4M75 C; 1D0Z A; 3IQL A; 1T0J A; 3EG3 A; 3QZ9 B; 4RTZ A; 2X35 A; 4CRI A; 1NLP C; 4DOW A; 3A8O B; 3LWH A; 1UDL A; 5IHI A; 1K9M R; 2CP0 A; 4Y28 E; 1U1T A; 2JMA A; 2JVV A; 3GLX A; 1TWB A; 2LQN A; 4HT8 A; 4M7A F; 1AWJ A; 1X43 A; 2X4W A; 3QG1 A; 3P8B B; 1M90 U; 3E19 A; 1VUB A; 4PNO A; 4ZN1 A; 3G4S T; 1IHV A; 3URG A; 3CCV Q; 2JS2 A; 3HRT A; 4PJJ A; 2RH2 A; 1K0S A; 2KE9 A; 2DVJ A; 1U3O A; 4FCY A; 1OU9 A; 2A3L A; 2EGA A; 2RHU A; 1NJI R; 4M7D G; 2FO0 A; 3H41 A; 2RJC A; 3G6E Q; 4L6V 5; 3M0T A; 2KRN A; 4XU3 A; 1UGP B; 1K76 A; 4EIK A; 2EJ9 A; 3G71 Q; 1H3Z A; 4II1 A; 3OS2 A; 3M54 A; 5HCK A; 2D8J A; 1YP5 A; 4M75 G; 3JCM Q; 4F7U F; 2B86 A; 4FW2 A; 5C0M A; 1WXU A; 1VA7 A; 1G3T A; 1Y0M A; 2K2V A; 1KD1 R; 1TOV A; 2YRC A; 3A8L B; 1GFD A; 2KBT A; 2COW A; 2DRK A; 1VQ7 T; 1WXB A; 1CKA A; 3CMA T; 2QTX A; 4AFQ C; 2YDL A; 2DFU A; 5AT1 B; 3WVD B; 1M2O A; 2V8J A; 1VQ6 Q; 2H3J A; 1C0M A; 1FMW A; 2AIR B; 4J6X A; 1M1G A; 2OTL A; 3CCL A; 1WHH A; 1W6X A; 1X6B A; 2HL5 C; 2VKN A; 1D1A A; 2KK4 A; 3ULR B; 5J26 A; 4J9F A; 3R6N A; 3E1S A; 2AZS A; 2YRD A; 1I5O B; 1VYU A; 3QYH B; 1NZ9 A; 4M77 E; 4MMK A; 4B9X A; 3TCJ A; 3J81 E; 2KT8 A; 4J7I A; 1YIJ T; 2ZPI B; 2DD5 A; 4ESR A; 4PFZ A; 2CT4 A; 1VQM A; 2NLU A; 1T3L A; 5HY6 A; 5D6Y A; 1QQJ A; 2BTT A; 2ZPB B; 1AZE A; 1MUZ A; 4N0A A; 1KG1 A; 1M3A A; 4ANJ A; 3VS4 A; 5KCH A; 3HKS A; 2QTV A; 1GCP A; 1W1F A; 4RG2 A; 2RO0 A; 2ROT A; 4JLI A; 3VU3 C; 2K57 A; 3OSV A; 1VQL T; 2DEQ A; 2HEQ A; 2SRC A; 3CCM T; 2EQK A; 2A37 A; 5FLX E; 2A08 A; 1VQ5 A; 2RPN A; 3MEA A; 4BE1 A; 2XKO C; 2OTJ A; 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1XOV A; 2CP5 A; 3C94 A; 4N0A C; 1UTI A; 2R5A A; 1WHJ A; 2MWP A; 2JW4 A; 2HD0 A; 2EYY A; 2WAC A; 1IGQ A; 4C92 F; 3JB9 F; 2X4X A; 3VS7 A; 3I5R A; 4AT1 B; 2JM9 A; 3C95 A; 2LX9 A; 2GBQ A; 1M90 C; 2K3B A; 4E7J A; 1JXO A; 1YHQ A; 5GAN f; 4LUD A; 1GBR A; 2RHY A; 1BB9 A; 4JJB A; 5HK0 A; 2O2O A; 5LJ3 e; 1Z9Z A; 2RN8 A; 1UFF A; 3M5A A; 3KXT A; 4JRI A; 1PSE A; 1UHC A; 3UT1 A; 1LJO A; 1YI2 Q; 2Y4Y A; 2J7I A; 4F14 A; 4AG2 C; 1VQK Q; 3OYL A; 3GNF B; 4A4E A; 1IGU A; 2QGG A; 5GAO n; 1G83 A; 2DXU A; 5GMK j; 2EYQ A; 4KGX B; 5FU6 B; 2HSP A; 1NYF A; 2JT4 A; 3X26 B; 2OI3 A; 2ZCF B; 2PVO B; 3UAT A; 3CC4 A; 4C0G A; 2RHZ A; 1D09 B; 5I11 A; 2RA2 A; 3VJP A; 3EGU A; 2DE0 X; 1I5L A; 4ELY C; 1IRX A; 1TTH B; 1JJ2 A; 2GTJ A; 3L2U A; 3JCM e; 1MMN A; 1QVG A; 3UA6 A; 1BCM A; 5LJ3 h; 3CME Q; 1YWP A; 1H8K A; 5CO7 A; 1RAD B; 3SWN C; 1H92 A; 4FYX B; 2BZY A; 1I0C A; 2JZ2 A; 2X3W D; 1K9A A; 5FRO A; 1TH7 A; 3GOX A; 1VQP A; 5CKE A; 3I56 A; 2GFA A; 1HYO A; 3LGF A; 1AZG B; 4M75 A; 1GCQ C; 1AWO A; 2NUP B; 3S6W A; 5LJ5 j; 1KSW A; 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