The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
10
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sequence length |
90
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structure length |
74
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Chain Sequence |
MLPLYLLTNAKGQQMQIELKNGEIIQGILTNVDNWMNLTLSNVTEYSVKLNEIYIRGTFIKFIKLQDNIIDKVK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Transcription
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| molecule keywords |
U4 snRNA
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| publication title |
Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 angstrom resolution.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
10
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| structure length |
74
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| sequence length |
90
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-12-15 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| 4 | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4PJO E; 4PJO G; 4M77 E; 3RES A; 5GMK e; 1Y96 A; 3JCM g; 4C92 E; 1M5Q 1; 4XTW A; 4JRI A; 5GAN 2; 2K57 A; 4EMK A; 3EFS A; 3QO3 A; 4M75 B; 4C8Q C; 5GMK h; 5LJ3 e; 3JB9 F; 3L1A A; 4N0A C; 2E10 A; 2Y90 A; 3RUX A; 1KQ2 A; 3BW1 A; 2VXE A; 4C8Q D; 5LJ3 h; 3JCM X; 4PJO B; 2EJG A; 4F7U G; 5GAN 4; 1D3B A; 2E1H A; 4M77 B; 3M4G A; 3FJP A; 5GMK i; 4MML A; 3SWN B; 4C92 B; 2CGH A; 2QTX A; 2RM4 A; 4M75 F; 2YHT A; 4XTX A; 3JCM V; 4WF2 A; 3V7C A; 5GAN 8; 4M78 E; 2I2L A; 4A54 A; 4C8Q A; 5I21 A; 3JCM d; 4N0A A; 4M78 G; 3JB9 H; 4M7D A; 1M8V A; 4M77 D; 2FB7 A; 3V7R A; 4DQ2 A; 4EMG A; 4PJO F; 2EJ9 A; 5GAN e; 1N9R A; 3V8J A; 1BIB A; 4C92 D; 5CAI A; 5GAO p; 1I5L A; 3HSB A; 5GAN h; 4HT9 A; 2DKG A; 4M7A A; 2RD1 A; 2DEQ A; 3RKX A; 2EAY A; 2E64 A; 5GAM g; 1JBM A; 2DZ9 A; 5LJ5 g; 3JB9 D; 5GAN 3; 1WPY A; 3HFN A; 1TH7 A; 2DTH A; 4RCC A; 3JCM Q; 4M75 C; 4RCB A; 1JRI A; 3SB2 A; 4F7U E; 3BY7 A; 4PNO A; 4M75 D; 4M78 F; 3JCM c; 1B34 A; 4C8Q G; 4M7D G; 4OP0 A; 4PJO C; 2DVE A; 5GAM f; 3FIF A; 4XTU A; 4M77 C; 5GAO n; 3JCM f; 5GAM d; 5LJ5 f; 4V2S A; 3SWN C; 1D3B B; 2EWN A; 4C92 C; 5GAN 6; 4PJO D; 5LJ5 d; 5GAM j; 3GIB A; 4M7A E; 4NL2 A; 4JUV A; 4MMK A; 5LJ5 j; 2DZC A; 4M7A G; 5LJ3 g; 1HXD A; 4F7U B; 1WQW A; 4J6X A; 2VXF A; 1WQ7 A; 5GAN 5; 1WNL A; 3QUI A; 3JCM b; 3QSU A; 4QVD A; 3V8L A; 2YLB A; 4M77 A; 4X9D A; 3V7S A; 4M78 B; 4EMH A; 3QHS A; 3SWN A; 4C92 A; 2DTO A; 3JB9 J; 4HT8 A; 4M7A B; 3RKW A; 4F7U F; 4M78 C; 3JCM J; 4M7D F; 2RB6 A; 1Y96 B; 4XU0 A; 3JCM e; 1X01 A; 4NOY A; 5GMK j; 1I81 A; 2RA2 A; 4XTV A; 5LJ3 f; 2E41 A; 4M78 D; 4EMK B; 5GAN g; 5GAO q; 2DXU A; 5LJ3 d; 2DXT A; 3V8K A; 4C8Q E; 3JCM h; 3JB9 I; 3JCM W; 4M7D E; 4JLI A; 2HNI A; 5LJ3 j; 5GMK m; 4M7A F; 2EJF A; 4XU3 A; 4XU1 A; 4HA8 A; 1LJO A; 4QVC A; 4J5Y A; 3VU3 C; 4X9C A; 2JN0 A; 3L2Z A; 4XTY A; 1BIA A; 1N9S A; 3BDU A; 3HFO A; 3FB9 A; 4M75 A; 3PGG A; 5DY9 A; 1MGQ A; 4A53 A; 4M77 G; 4C8Q B; 5GAN f; 2DJZ A; 4XQ3 A; 4M7D B; 1LOJ A; 3BFM A; 4C92 G; 5GAN d; 5GAO m; 4PJO A; 3RKY A; 4M7D C; 5GAN j; 3INZ A; 4J6W A; 4J6Y A; 4NL3 A; 1HK9 A; 5GMK l; 4M7D D; 1KQ1 A; 2DTI A; 5GAM e; 1YCY A; 5GAN 7; 4C8Q F; 3JB9 G; 4M7A C; 5LJ5 e; 1I4K 1; 1U1T A; 3AHU A; 1U1S A; 2VC8 A; 3RIR A; 5GAM h; 3EFR A; 4Y91 A; 1H64 1; 4F7U A; 1LNX A; 4M7A D; 4XTZ A; 5LJ5 h; 4EMK C; 1I8F A; 4JRK A; 2ZGW A; 4XU2 A; 4M75 E; 5GAO r; 4M75 G; 5GAO l; 4M77 F; 2YLC A; 2FYK A; 3JCM P; 4M78 A; 4C92 F; 1B34 B; 2E65 A; 3RER A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1TSF A; 3I35 A; 2HMA A; 2CZ1 B; 1D1A A; 1NEG A; 2K57 A; 2K9G A; 4E47 A; 1KQ2 A; 5IHI A; 4C8Q D; 3VUB A; 2KQW A; 1VIF A; 4F7U G; 1VQ5 A; 3HL8 A; 1ZUY A; 3ZEH A; 4WF2 A; 2GBQ A; 4A54 A; 2LCC A; 3JCM b; 2H8H A; 1H3Z A; 4IUT A; 5GAO p; 2DL5 A; 3HHT B; 2VVK A; 3OYD A; 2RD1 A; 2EAY A; 1YJN Q; 1NLP C; 3EFO A; 4KGX B; 3J81 E; 2HL5 C; 2WSC E; 2EW3 A; 5KYY A; 2QEX T; 2L3Q A; 3JCM c; 1VQN Q; 3JAM E; 1VQ6 Q; 2DXC A; 1OQK A; 4FCY A; 1BCM A; 1QWE A; 4M7A G; 1KHC A; 3TSW A; 1YWP A; 3CC4 A; 1K1Z A; 3QZ5 B; 1W2B A; 1H92 A; 3QXE B; 1YI2 A; 2XKO C; 3I56 T; 2DTO A; 4F7U F; 1QP2 A; 2KRM A; 2LX9 A; 2XHC A; 1GXI E; 3RDV A; 3L42 A; 2LTO A; 4A4F A; 3CCS Q; 5L23 A; 4QVC A; 2KNB B; 3NHN A; 2YDL A; 1XOV A; 2LRQ A; 4C8Q B; 1OUL A; 5GAO m; 2JM9 A; 3LWI A; 2MCN A; 1SKU B; 2M51 A; 4RTX A; 1M3B A; 1U8R A; 2VC8 A; 2ZPH B; 2FZC B; 3PVL A; 3ASK A; 2CH4 A; 4JRK A; 2ZGW A; 2OTJ T; 1SEM A; 4M75 G; 2YUN A; 1W4S A; 2YRV A; 1FX7 A; 2JVV A; 3H9N A; 6AT1 B; 1AWX A; 4PJO E; 4OML A; 1C0M A; 3MET A; 2L2P A; 1B07 A; 1RAG B; 4C8Q C; 3ER0 A; 3OY9 A; 2B8A A; 4HCB A; 5J3B A; 3MJX A; 1WZO A; 1P92 A; 5GMK i; 1Q86 R; 3CPW A; 5A2Q E; 2CSI A; 1G5V A; 3JCM d; 3OA6 A; 2DMO A; 2FEI A; 1AVZ C; 3TRE A; 3OQ5 A; 3HSB A; 3CBM A; 2E5Q A; 3NPF A; 2XIC A; 2PUK B; 2EYY A; 1YHQ Q; 2ZPG B; 1FWZ A; 2CZ6 B; 5EG2 A; 1ZLM A; 2JMA A; 5HK0 A; 1KD1 C; 4A4G A; 5FU6 B; 2DBM A; 2CUB A; 4FSS A; 4M7D G; 2WSF E; 3JSC A; 3O5Z A; 1YIT T; 3GIB A; 3M4Y A; 4NL2 A; 3C94 A; 1WQW A; 5KYU A; 2D8H A; 1WQ7 A; 2NYS A; 2AT1 B; 4QVD A; 3M55 A; 4M77 A; 1WGS A; 4M78 B; 3MP6 A; 4J7I A; 4AMC A; 4PL6 A; 4AG1 C; 2OTL T; 2SEM A; 4KGZ B; 3CCM A; 1UJY A; 5FU6 C; 3H41 A; 5IXF A; 1VQ7 A; 2RI5 A; 2HBW A; 2HSP A; 3CCJ Q; 3FB9 A; 2DAQ A; 3I9Q A; 1GBR A; 2KRN A; 2OJ2 A; 4PJO A; 2KMT A; 4J83 A; 1ZUK A; 2RQW A; 3INZ A; 3M0T A; 4RTT A; 1ABQ A; 4NL3 A; 1HK9 A; 2X35 A; 2FL7 A; 2EGC A; 2MIO A; 2QG9 B; 2K5I A; 1U1S A; 3CCU T; 4J8O A; 1KK7 A; 1BI1 A; 5AYF A; 1M1K R; 4F17 A; 1Q81 R; 1W1F A; 3BDL A; 4OB2 B; 3OMC A; 2EFI A; 4A4K A; 2WSE E; 3EGU A; 5GAN 2; 7AT1 B; 4ZTF A; 1WHM A; 2Y90 A; 4ZGJ B; 1VQO T; 1WHG A; 1Q7Y C; 5GAN 4; 3M0U A; 3VS6 A; 1FMW A; 3CCL T; 3A8M B; 1B3Q A; 2QAS A; 3C0C A; 2PNI A; 1X27 A; 4BD3 A; 3EGX A; 3PFS A; 1BBZ A; 3PNW C; 4EMG A; 4KUD K; 1T0H A; 2DLP A; 2AKK A; 5CAI A; 2KSS A; 4J9D A; 1RAB B; 2DKG A; 2KYB A; 4HT9 A; 2CP5 A; 4KUL A; 1M2V A; 4F04 B; 3MEV A; 4B6M A; 5LJ5 g; 2DL8 A; 4OF1 A; 4KH1 B; 1YJW A; 3CPF A; 3EG2 A; 1VQK A; 1QVF P; 1R77 A; 4P5N A; 1NG2 A; 3J7A F; 2J6K A; 1RAC B; 1HXD A; 4F7U B; 4FYW B; 3MEU A; 2LQN A; 5GAN 5; 3OYI A; 3G4S T; 3GP8 A; 4LDY A; 1X2Q A; 5M9O A; 1JB0 E; 1JU5 C; 3FJ5 A; 1X6B A; 2C0O A; 2L3S A; 3CC2 Q; 5FRO A; 4XTV A; 3JCM W; 2JM8 A; 3HTR A; 1IHW A; 1K9M R; 4JLG A; 4OB3 B; 4KH0 B; 1YJ9 Q; 2QGG A; 4ZTJ A; 3L2Z A; 4KRT A; 1AZG B; 2ROT A; 4FL6 A; 2VYT A; 2XDD A; 3CCV A; 3RMS A; 4C92 G; 4L59 A; 5GAN j; 1AHJ B; 3G71 A; 2DL4 A; 1VQ8 A; 2PQW A; 3LLR A; 1WA7 A; 3OMG A; 2DX1 A; 2DL3 A; 1JJ2 P; 1S72 T; 4JZ3 A; 3SDZ A; 2LQK A; 1MMN A; 4DA4 A; 2YLC A; 2XK0 A; 1QQJ A; 1ABO A; 1UE9 A; 3Q1J A; 3EG9 B; 2RHZ A; 3M56 A; 1W2B P; 2L3R A; 4F14 A; 2A37 A; 3M0S A; 4AFS C; 3A8H B; 2E6N A; 3FJP A; 1KIK A; 4AFZ C; 5FW9 A; 2K3X A; 5HKC A; 2BTT A; 1RAA B; 4M78 E; 4QW2 A; 2I2L A; 4C8Q A; 4DQ2 A; 5GAN e; 2EPD A; 3DKM A; 1X6G A; 4BY6 B; 1D1B A; 3CCR Q; 1KFZ A; 2OX7 A; 1MNE A; 2DZ9 A; 4HXJ A; 2EYX A; 1AWW A; 1AT1 B; 3HFN A; 3F70 A; 3CME Q; 1VQ4 T; 4RCB A; 2V1Q A; 2XD0 A; 4UC4 A; 2LDM A; 1SRM A; 1VQP Q; 1NZ9 A; 2CP6 A; 1QKW A; 1VOM A; 3QWX X; 2V26 A; 4C5H A; 4JS5 A; 4BY6 C; 1I1J A; 4X9D A; 3V7S A; 4KGV B; 2J6F A; 2DL7 A; 2HCK A; 4HT8 A; 2NUP B; 2IPO B; 3UWN A; 2F69 A; 5GMK j; 2KK4 A; 2RA2 A; 3OYJ A; 4LE9 A; 3JCM h; 1I5O B; 3GOX A; 1Q86 C; 1LJO A; 3CCU Q; 2DNU A; 2YSQ A; 3MKD A; 3PT9 A; 3BDU A; 1YJN T; 2YUO A; 4M7D B; 4FYX B; 1TUG B; 4Z89 A; 1U5S A; 3LWH A; 2EQK A; 2GFA A; 2KAF A; 1QVG A; 1CSK A; 5DLQ E; 4Q5W A; 5GAN 7; 1JXM A; 1VQN T; 1VQ6 T; 5C6S A; 1K0X A; 1RAE B; 4XTZ A; 2QQS A; 3CCL Q; 4M78 A; 3QYH B; 2QEX A; 1PHT A; 5GMK e; 4R0K A; 4R55 A; 2F1L A; 4C0Z A; 2SRC A; 2E4H A; 3BW1 A; 2C0T A; 2EYZ A; 5CKB A; 3S3N A; 2R5M A; 3I5S A; 1BB9 A; 1G3Y A; 1Y57 A; 3CCS T; 1IZ6 A; 4LNP A; 3JCM V; 3CC4 Q; 3I56 A; 2C06 A; 3L2W A; 3CC7 Q; 2R57 A; 2KYM A; 8AT1 B; 1HYO A; 4E7K A; 4OMM A; 2O4X B; 1S1N A; 2VKN A; 4OGE A; 5HCK A; 1WFW A; 2JNG A; 3RKX A; 2Y4X A; 2RMO A; 3LH5 A; 4MDW A; 5KYW B; 3ZBD A; 2RJE A; 2KT8 A; 3G4S Q; 2KT1 A; 5CK9 A; 1GRI A; 4FSX A; 2MWP A; 2HZY A; 4K11 A; 4PNO A; 1X69 A; 2KE9 A; 4KBM B; 4E7J A; 1MMG A; 4XTU A; 4D6W A; 1Y0M A; 2GQI A; 2M02 A; 1G2B A; 4M7A E; 3GPL A; 3MCA B; 2DZC A; 2JXB A; 3EGD A; 1M1K C; 2FO0 A; 1JO8 A; 1JXO A; 1RAD B; 1VQL A; 3OYG A; 2FRY A; 3HKS A; 4C5E A; 2XG8 D; 2CP2 A; 1UHC A; 2RJF A; 3CD6 A; 1UGS B; 2GFU A; 5KYN A; 3RR6 A; 4ZGE B; 1ZSZ B; 3JB9 I; 4RG8 A; 3M0R A; 3NTH A; 1M90 U; 2LT4 A; 4XK8 E; 2DBK A; 1YHQ T; 3NFC A; 4KT0 E; 3OS2 A; 1S72 Q; 4MZT A; 2FHD A; 1RAI B; 5GAN d; 1T0J A; 2DEU A; 3H0F A; 3CBO A; 4PK4 A; 2A3L A; 1PG5 B; 2V8I A; 1TWB A; 3PTA A; 5IAY A; 2DET A; 4E7L A; 3I55 A; 1H64 1; 4F7U A; 2ECZ A; 1VIE A; 1ZUU A; 1ZSZ C; 4M75 E; 3VS5 A; 1QVF S; 4C5I A; 4AT1 B; 2DFU A; 2E65 A; 2P4R A; 2JW4 A; 3M57 A; 4J9C A; 4BE1 A; 1YIT A; 3QO3 A; 5A0L A; 4BE2 A; 4PKC C; 1MMA A; 2VV5 A; 5CIU A; 3NTI A; 4PLI A; 4PJJ A; 3AT1 B; 3M59 A; 1RLQ C; 2E1H A; 3PIP A; 1K9A A; 4C92 B; 5A0D A; 1VQ4 Q; 3CCJ T; 5CKD A; 1ZBX A; 1M8V A; 1K9M C; 5FWC A; 3RMQ A; 2PU9 B; 4M7A A; 3S6W A; 5GAM g; 2L5Q A; 5GAN 3; 3CCM Q; 3CXC A; 3VYG A; 2LJ1 A; 1Q82 C; 1BI2 A; 1O75 A; 2ABL A; 1YCS B; 1BI0 A; 4C92 C; 3EG9 A; 3T9N A; 2JT4 A; 3IQL A; 5KE3 A; 5LJ5 j; 1ZBJ A; 5LJ3 g; 1PM3 A; 1PKT A; 4A4H A; 4OMN A; 1PC0 A; 2JMC A; 1Y7X A; 4EMH A; 2BZY A; 3OBW A; 2V1R A; 4JJC A; 2RB6 A; 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4CC2 A; 2O4X A; 2VB6 A; 3PMI A; 2HNI A; 1GBQ A; 1WJQ A; 4XU3 A; 3CCR T; 1D0X A; 1RUW A; 5EC7 A; 4X9C A; 1TG0 A; 4XTY A; 1N8R U; 2EQJ A; 1BIA A; 5IH2 A; 5KYW A; 3PGG A; 4B9W A; 3CME T; 1K8A R; 3QKJ A; 4J7F A; 2QYZ A; 4IUR A; 2ZZD A; 2F2V A; 1VQP T; 3RIR A; 3E2U A; 2O31 A; 3NGP A; 1Q7Y U; 1D0Y A; 3JCM P; 3RER A; 2RHI A; 3OB9 A; 1QKX A; 3EFS A; 1ZSZ A; 3JB9 F; 4GLK A; 1PKS A; 1ZX6 A; 2F5T X; 4C0F A; 2RI2 A; 2DA9 A; 2NUT B; 4PJL A; 2JS2 A; 2RM4 A; 1EIF A; 3MPU B; 4R56 A; 2LZ6 B; 2P84 A; 2FB7 A; 2EJ9 A; 1A0N B; 2LMJ A; 1N27 A; 5GAN h; 3OYB A; 1RL2 A; 3R6N A; 1KHI A; 2DER A; 2BZX A; 4LDV A; 1D09 B; 2CP3 A; 1YJN A; 3BE3 A; 1R0B G; 4PFZ A; 2DPP B; 3CMA Q; 3FC3 A; 3OW2 P; 3G6E A; 2QQB A; 1Z9Q A; 1QMC A; 1TTH B; 4DEY A; 5LJ5 d; 1VQN A; 3GNG A; 1VQ6 A; 1YBY A; 5IHN A; 1E6G A; 2MYS A; 2LC4 A; 2FZK B; 2BKD N; 2X9H A; 2Y4Y A; 2ZPB B; 3VRY A; 2R5A A; 4C92 A; 4IUV A; 4PJM A; 2CRE A; 2AZV A; 4OB0 B; 3CC4 T; 3CC7 T; 1T3L A; 4C8Q E; 2YWW A; 4XU1 A; 2LVM A; 3CCS A; 2CP0 A; 2E3H A; 3S3O A; 2AHJ B; 3BFM A; 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