The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
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sequence length |
93
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structure length |
93
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Chain Sequence |
GSSGSSGTNWASGEDDHVVARAEYDFVAVSDEEISFRAGDMLNLALKEQQPKVRGWLLASLDGQTTGLIPANYVKILGKRRGRKTIESGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein transport
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| molecule keywords |
peroxisomal biogenesis factor 13
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| publication title |
Solution structure of the SH3 domain of mouse peroxisomal biogenesis factor 13
rcsb |
| source organism |
Mus musculus
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| total genus |
7
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| structure length |
93
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| sequence length |
93
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-02-01 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2LNH B; 3H0F A; 1FYN A; 4F17 A; 1AWO A; 2K6D A; 3A98 A; 2KBT A; 3VS1 A; 3ULR B; 1K1Z A; 5GJW B; 1PRL C; 1ZSG A; 2PZ1 A; 3CQT A; 3PVQ A; 4OMP A; 1TG0 A; 1YP5 A; 1ZBJ A; 1M27 C; 1GFC A; 2W10 A; 3TSW A; 2JW4 A; 3RBB B; 2KEA A; 2ED0 A; 4RTW A; 2K79 A; 1YCS B; 1RI9 A; 2ROT A; 2F2V A; 2J6O A; 4RTX A; 4DEY A; 1UJY A; 2K9G A; 3H0I A; 2C0O A; 2EYX A; 2YUQ A; 1WA7 A; 3I35 A; 2VVK A; 1YWP A; 2DF6 A; 2VKN A; 1CKA A; 2O9S A; 1VYV A; 3M0S A; 1K4U S; 3C0C A; 3H41 A; 1SRM A; 2DL5 A; 4A63 B; 2PNI A; 4CC7 A; 3EHQ A; 1X2K A; 2M51 A; 1UG1 A; 1Z9Z A; 1G2B A; 1NM7 A; 2DJQ A; 4HXJ A; 1BU1 A; 2DNU A; 1K0X A; 2GNC A; 1A0N B; 1QKW A; 2HSP A; 1SSH A; 2DRK A; 3EGU A; 2LX7 A; 2O2O A; 3NPF A; 3QWY A; 1YN8 A; 1JU5 C; 1UHC A; 3GBQ A; 1OOT A; 4HVU A; 4LN2 A; 3REA B; 3M0R A; 3I5R A; 4LUD A; 1GBQ A; 2QDL A; 2GTJ A; 4RTY A; 1Y0M A; 1KJW A; 5IHN A; 3KFV A; 2DBK A; 1X27 A; 2FG0 A; 1PWT A; 2L0A A; 5EC7 A; 1ABO A; 4CC4 B; 1QLY A; 1W70 A; 1I0C A; 1PKS A; 1NEG A; 1OV3 A; 2X3W D; 2I0N A; 3UA6 A; 1NEB A; 1HJD A; 2RQW A; 2V1R A; 1KIK A; 1M30 A; 2IIM A; 1T0J A; 2JMC A; 2M0Y A; 2AKK A; 1I07 A; 2A08 A; 1NLP C; 1WXU A; 2EGC A; 2KYM A; 4JPB W; 4F14 A; 4ZNX A; 3VS2 A; 4J9G A; 2F2X A; 2KGT A; 1B07 A; 1WX6 A; 2FPD A; 2J6K A; 1U3O A; 4J9I A; 2DL8 A; 1H8K A; 1GRI A; 2CSQ A; 2BZ8 A; 1XOV A; 2DL7 A; 4IIO A; 4AFU C; 2LMJ A; 2DA9 A; 2A37 A; 2DYB A; 1OEB A; 1MV0 B; 1RLP C; 2LQN A; 2BZY A; 2DL4 A; 2C0T A; 5FWC A; 1W6X A; 2KR3 A; 3THK A; 2EGE A; 1UUE A; 2AKL A; 4J9D A; 1MUZ A; 1AD5 A; 1WYX A; 3M0T A; 1X69 A; 1TUC A; 2RQT A; 4OMO A; 4J9F A; 1YWO A; 4LUE A; 4OML A; 1AEY A; 1FMK A; 2OAW A; 1AWJ A; 2KRO A; 2D1X A; 3NGP A; 4Z88 A; 2KT1 A; 2DE0 X; 2OI3 A; 3VS6 A; 1UDL A; 3PVL A; 3RNJ A; 2ABL A; 3VS7 A; 2YSQ A; 1LCK A; 2EYZ A; 4E6R A; 2CUD A; 4LE9 A; 2P4R A; 1ARK A; 2HDA A; 2V1Q A; 3JV3 A; 2KNB B; 1T0H A; 1UJ0 A; 2DBM A; 4J9E A; 2OJ2 A; 2KT8 A; 1WIE A; 2XMF A; 3PE0 A; 4J9H A; 4D8K A; 2L2P A; 3NMZ C; 2SRC A; 3SEM A; 1GCQ C; 1CSK A; 2DL3 A; 1GL5 A; 3UAT A; 2J05 A; 5FW9 A; 2B86 A; 1M3A A; 2A36 A; 2CH4 A; 2RQV A; 3EG1 A; 4DEX A; 1AWX A; 1BB9 A; 3M0U A; 4J9B A; 2VWF A; 1QWF A; 1UGV A; 2FEI A; 2DVJ A; 1PHT A; 4X1V A; 5HCK A; 4R0K A; 1AZG B; 4AFS C; 2HBW A; 2K7A A; 3UF4 A; 2KXD A; 2HEQ A; 1NG2 A; 2GGR A; 1Z9Q A; 1PKT A; 3QWX X; 2DMO A; 2F2W A; 2LQW A; 2HCK A; 3NHN A; 2BTT A; 4HVV A; 4IIM A; 2BZX A; 2J7I A; 2JTE A; 4CC3 A; 2DM1 A; 2JT4 A; 2KRS A; 3M0P A; 1PNJ A; 2CH4 W; 3M0Q A; 5IXB A; 2EGA A; 1QCF A; 2GTO A; 2ECZ A; 1UTI A; 2CRE A; 2H8H A; 1WLP B; 2RN8 A; 2CT4 A; 3REB B; 4EIK A; 3I5S A; 4AFQ C; 2LP5 A; 4M4Z A; 3VS3 A; 1GFD A; 2EKH A; 1JO8 A; 2DLP A; 4KRT A; 2RNA A; 2E5K A; 2ED1 A; 2RF0 A; 2NUZ A; 3EG2 A; 2NWM A; 1WXB A; 1AOJ A; 2EQI A; 3VRY A; 1U5S A; 2KRN A; 1PRM C; 2EPD A; 1J3T A; 2DIL A; 4RTV A; 1G83 A; 2C0I A; 2EYY A; 5FWB A; 2G6F X; 4J9C A; 4ORZ A; 2GQI A; 2MOX A; 3R6N A; 1VYU A; 1JQQ A; 1X43 A; 4JJC A; 2KXC A; 2JMA A; 1UHF A; 2YUN A; 1K76 A; 1K0S A; 3SHW A; 2LJ0 A; 2A28 A; 3LH5 A; 2AZV A; 3VRZ A; 4CC2 A; 1SEM A; 4GLM A; 2CSI A; 1VYT A; 4JJD A; 4K11 A; 2L3S A; 5IXF A; 1KSW A; 2MIO A; 2GBQ A; 1GCP A; 3VS5 A; 3H0H A; 1T3L A; 2JM9 A; 1ZUU A; 4D8D A; 1WXT A; 3TVT A; 1ZUY A; 4JJB A; 3VS0 A; 2FRY A; 2DX1 A; 2J06 A; 2YDL A; 3EG3 A; 1JXO A; 4AG1 C; 4HVW A; 1X2Q A; 2J6F A; 1UFF A; 5GJV B; 2FPF A; 2KRM A; 1JXM A; 3EG0 A; 3UA7 A; 3I9Q A; 1HD3 A; 5IH2 A; 3VS4 A; 2W0Z A; 1IO6 A; 1I1J A; 2LCS A; 1K9A A; 1NYG A; 4OMN A; 1E6H A; 2YUP A; 4Y92 A; 2CT3 A; 2LJ3 A; 4RTZ A; 1AWW A; 4LNP A; 4ESR A; 1M3C A; 2JM8 A; 5L23 A; 2RQR A; 1YNZ A; 1EFN A; 5IHI A; 2O31 A; 5IHK A; 1TUD A; 2YT6 A; 1KFZ A; 2ESW A; 1GCQ A; 3IQL A; 2YUO A; 1OPL A; 2FPE A; 1E7O A; 2PTK A; 2O88 A; 1BBZ A; 4F16 A; 2RQU A; 1NYF A; 4HCK A; 4Z89 A; 1T3S A; 2EYW A; 2DRM A; 2SEM A; 1JEG A; 1H3H A; 2RMO A; 4RUG A; 1M8M A; 1WI7 A; 1MV3 A; 1N5Z A; 2FRW A; 1ABQ A; 1W1F A; 1NLO C; 2X3X D; 3ZL7 C; 2KYB A; 4WCI A; 1RLQ C; 1S1N A; 1OPK A; 2JXB A; 2ROL A; 2AZS A; 2D8J A; 4AFZ C; 1GBR A; 2CDT A; 2D0N A; 2AK5 A; 1H92 A; 1UEC A; 1X6B A; 1ZLM A; 3EHR A; 2O9V A; 4AG2 C; 1E6G A; 2L3Q A; 2KE9 A; 2EW3 A; 4JZ4 A; 1Y57 A; 1B3Q A; 2K2M A; 1V1C A; 1U06 A; 4RTU A; 4GBQ A; 4QT7 A; 1SHF A; 4JZ3 A; 2RPN A; 5ECA A; 1QKX A; 4OMM A; 1BK2 A; 5I11 A; 2EBP A; 1WFW A; 1CKB A; 1X6G A; 2MCN A; 1RUW A; 1WDX A; 3U23 A; 4Z8A A; 1UE9 A; 1SHG A; 1ZUK A; 2K3B A; 1SRL A; 1QWE A; 2CUB A; 1HSQ A; 3FJ5 A; 2D8H A; 1M3B A; 2LZ6 B; 1SPK A; 2ENM A; 2FO0 A; 2L3P A; 4OMQ A; 2JS2 A; 1VA7 A; 4FSS A; 1ZX6 A; 2LJ1 A; 2JS0 A; 2EVR A; 3TSZ A; 3O5Z A; 5I22 A; 1AVZ C; 1AZE A; 4RTT A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2LNH B; 4PJL A; 1AWO A; 2LNV A; 2K6D A; 3JCM Q; 2R5A A; 2P0Q A; 3QYG B; 2CGH A; 3EH2 A; 1ZSG A; 1MMG A; 1S72 T; 3OYJ A; 4XTX A; 1B34 B; 1R0C B; 4BI4 A; 2KEA A; 4HA8 A; 4TVR A; 2DEU A; 4AT1 B; 2ED0 A; 4DBQ A; 5FU7 B; 3EG9 B; 1RI9 A; 5LJ5 e; 5KYW A; 1UJY A; 2BUD A; 4IUT A; 3CCJ Q; 1M9S A; 1NBE B; 4HCC A; 3H0I A; 1WHK A; 4FW1 A; 4C5G A; 1WA7 A; 2D6F A; 1YWP A; 1YIT T; 5KYU A; 1C0M A; 2O9S A; 1K73 C; 4PJM A; 1M1F A; 5D6Y A; 4OB1 B; 3G6E Q; 1VQ7 T; 4M7D G; 3OS5 A; 4XU3 A; 1K8A C; 3OB9 A; 2COY A; 3HFN A; 3CPW P; 2A7Y A; 4FT4 A; 3UT1 A; 1QCO A; 1Z9Z A; 1G2B A; 2C06 A; 3CD6 Q; 3CCE T; 4PJO E; 1M4Z A; 2XK0 A; 4DOW A; 2DNU A; 4ELY C; 3I56 Q; 5FU7 C; 5IAY A; 2QQS A; 1QKW A; 3QBY A; 1SSH A; 3EGU A; 2KAF A; 2LX7 A; 3QWY A; 3V7C A; 3CCM Q; 1YN8 A; 1UHC A; 1Y96 B; 3REA B; 4N0A A; 2I2L A; 2D9T A; 1QW1 A; 1WHJ A; 2AIR B; 1Y0M A; 1KJW A; 5GMK m; 3CXC A; 1K9M U; 3G71 T; 2DBK A; 3CC7 A; 4L6V 5; 2QDY B; 2RHZ A; 1W70 A; 2VV5 A; 3OYD A; 3UA6 A; 4JDS A; 2RQW A; 2V1R A; 1D3B A; 5CKB A; 2JMC A; 2A08 A; 4E7H A; 4F7U F; 1VQO A; 4M78 B; 4ZNX A; 3CCU A; 4M75 A; 2F2X A; 2XHC A; 1B7T A; 4J6X A; 1VQK A; 3HHT B; 1H8K A; 4PJO A; 1XOV A; 3GNG A; 2RJE A; 2XG8 D; 2A37 A; 1MV0 B; 3OS0 A; 1Q86 U; 2M0O A; 4PJO D; 3OYA A; 3THK A; 3D7S B; 2EGE A; 3CCS Q; 2KY9 A; 3EFO B; 1AD5 A; 2EAY A; 4RMO A; 2JTM A; 3M56 A; 1TUC A; 4OGC A; 2XU8 A; 1RAC B; 1VQ5 T; 1AWJ A; 2D1X A; 4X34 A; 3DKM A; 2E3H A; 1H64 1; 3INZ A; 2EYZ A; 1IGU A; 4HCB A; 2CP5 A; 5DY9 A; 3PMI A; 4ME7 A; 1WJQ A; 5KCH A; 3OQ5 A; 2V1Q A; 4J6Y A; 4XQ3 A; 2XMF A; 2XID A; 3FJP A; 2WSF E; 3QZ5 B; 2CZ1 B; 1GCQ C; 2DL3 A; 1RL2 A; 2ATC B; 4DOV A; 1GL5 A; 1X01 A; 2ZPE B; 3UAT A; 5GAN 6; 2J05 A; 3M55 A; 1K73 U; 1M3A A; 3O8V A; 2QQR A; 3EG1 A; 3A8H B; 3MPU B; 5CAI A; 2QA4 T; 1K8A U; 2VWF A; 4N4H A; 2L5Q A; 2DVJ A; 4M78 G; 3M58 A; 3VYG A; 1YJN Q; 1NG2 A; 3X25 B; 3C95 A; 1Z9Q A; 3QWX X; 4C8Q F; 1VQ9 Q; 4N4G A; 5GMK e; 4PFO A; 5GAN g; 3NHN A; 3SWN C; 4HVV A; 1VQ8 A; 3LYI A; 3CC4 Q; 4BDY A; 3MEV A; 3OYY A; 2JT4 A; 2KRS A; 1BCO A; 5KCO A; 3M0Q A; 2EGA A; 1KD1 R; 2RN8 A; 1N9R A; 3REB B; 1QVG P; 1PD0 A; 1N27 A; 4NS5 A; 5LJ3 e; 2EWN A; 2M1H A; 5CKH A; 2ED1 A; 3OYE A; 2CP2 A; 3EG2 A; 2NWM A; 3S6W A; 3UDC A; 3VRY A; 1J3T A; 5KYW B; 1WQW A; 1WHG A; 3FB9 A; 2XDP A; 5LJ5 d; 4M75 F; 3OYB A; 1RAH B; 2MOX A; 2RB6 A; 3R6N A; 3CPW S; 5HK3 A; 3V7S A; 5KYU B; 2KXC A; 1VQM A; 2EQM A; 2P4T A; 1N8R R; 4B9X A; 2CP3 A; 2LJ0 A; 1FX7 A; 3CCL Q; 1I5L A; 3RER A; 2AHJ B; 5AYF A; 3VRZ A; 3VUZ A; 1Q81 R; 5GMK h; 3QSU A; 5GAN 8; 2QAS A; 4JJD A; 5GAN 3; 4HCZ A; 2JZ2 A; 2KDS A; 1RAI B; 1T3L A; 1WXT A; 1LOJ A; 4JJB A; 1ZQ1 A; 3OA6 A; 1G8X A; 3JSC A; 5KYX B; 3HP9 A; 2GFU A; 1VQK T; 4BD3 A; 2DXC A; 1KQS A; 5GAN f; 2ZZD A; 1X2Q A; 1VQP A; 1LVK A; 5LJ3 h; 1KD1 C; 1KG1 A; 1W2B A; 2KRM A; 4J8O A; 3UA7 A; 3I9Q A; 1HD3 A; 1IO6 A; 1ZBX A; 2OX7 A; 1NJI R; 1NYG A; 2DEQ A; 4OMN A; 5A2Q E; 3CEY A; 2RI5 A; 2HQH A; 1E6H A; 4Y92 A; 3JCM e; 1TTH B; 4C8Q C; 4A54 A; 1YI2 Q; 1U8R A; 4XTV A; 2RQR A; 1EFN A; 1D3B B; 4OP0 A; 1KFZ A; 1BIB A; 3PFS A; 4KBM B; 2FPE A; 4M75 B; 1VQL Q; 5CKD A; 3OYL A; 2O01 E; 2RQU A; 5CQX A; 4HCK A; 3M4G A; 4PJO B; 2PUO B; 1QCN A; 2RMO A; 1C6V X; 1WI7 A; 1Q81 C; 1IB8 A; 2E3I A; 1TUG B; 2OTJ Q; 1W1F A; 1VQ7 Q; 9ATC B; 1XQH A; 2V8I A; 3CCV T; 1OPK A; 2E70 A; 2P84 A; 4NOY A; 1YJW A; 1GBR A; 3TU4 K; 4M75 C; 4YTL A; 2D0Q B; 2X4W A; 4UC4 A; 3CME A; 1E6G A; 2L3Q A; 4IUR A; 3CBP A; 4L5G A; 1LNX A; 2EW3 A; 4OF1 A; 4MMK A; 1Y57 A; 1ZHI A; 4VUB A; 3JCM h; 1S72 A; 3T9N A; 1M5Q 1; 1V1C A; 1NJI C; 3JAM E; 1U06 A; 1R8O B; 4V2S A; 4XTY A; 5GAO r; 3RR6 A; 1OU9 A; 2FB7 A; 2RI3 A; 2MCN A; 3U23 A; 1SHG A; 1VIF A; 3OYK A; 5GAM g; 5GMK l; 1VQ8 T; 1YIT A; 1ZA2 B; 1VUB A; 2F5T X; 1WNL A; 1F1B B; 2QAZ A; 4LDW A; 1VA7 A; 3KBG A; 2LJ1 A; 2JS0 A; 2EVR A; 5HKC A; 2LRQ A; 3CCQ T; 2MF2 A; 1M90 C; 3O5Z A; 1BCM A; 1QVF P; 3WVE B; 3FEO A; 3H0F A; 1I5O B; 4F17 A; 3A98 A; 5CKF A; 2M9U A; 3ULR B; 3WVD B; 3CCE A; 1PRL C; 4PJO G; 1O75 A; 1TG0 A; 3OW2 P; 2V8K A; 4QVC A; 4EDU A; 1BI3 A; 1KC8 C; 3LWI A; 1QVG S; 1YIJ Q; 2K79 A; 1YCS B; 2FZC B; 2RA2 A; 2J6O A; 1D0Y A; 1VQM T; 4F7U E; 3G71 A; 2JTF A; 4XAX B; 3HPW A; 2VVK A; 2NUT A; 3QJ6 A; 4BAC A; 2XIC A; 4QW2 A; 3V8L A; 1VYV A; 3C0C A; 4D6W A; 1SRM A; 2DL5 A; 3OYN A; 1BI0 A; 4XTU A; 4XU2 A; 4C5E A; 1TSF A; 2CZ7 B; 4BI3 A; 2DJQ A; 1K0X A; 1A0N B; 2HZY A; 2GNC A; 4FCY A; 5D7U A; 3MEU A; 1YHQ T; 3OBW A; 3NPF A; 3A1P A; 2MI6 A; 1JU5 C; 1NPP A; 3GBQ A; 2LQ8 A; 5GAM f; 4LN2 A; 2KK4 A; 4LUD A; 5A0G A; 3S3O A; 2CKK A; 2E10 A; 4EMH A; 2VAS A; 5FU6 C; 4ZN1 A; 3QII A; 5GAM d; 3KFV A; 3SWN A; 3C94 A; 3BDL A; 1KK7 A; 1PCX A; 4F7U A; 4CC4 B; 2DVE A; 2MWO A; 4QKU A; 1NPR A; 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