The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
24
|
sequence length |
109
|
structure length |
109
|
Chain Sequence |
LSQLTPRRPYLLRAFYEWLLDNQLTPHLVVDVTLPGVQVPMEYARDGQIVLNIAPRAVGNLELANDEVRFNARFGGIPRQVSVPLAAVLAIYARENGAGTMFEPEAAYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Protein binding
|
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B
|
| publication title |
Versatile modes of peptide recognition by the AAA+ adaptor protein SspB
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
|
| total genus |
24
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| structure length |
109
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| sequence length |
109
|
| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-01-03 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OU9 A; 1OUL A; 1ZSZ C; 1YFN A; 1OU8 A; 1ZSZ B; 2QAS A; 2QAZ A; 2NYS A; 1OX9 A; 1OX8 A; 1ZSZ A; 1TWB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5GAO l; 3CCS T; 4M75 G; 1YJ9 Q; 2LJ0 A; 2O31 A; 3OYC A; 1VQO Q; 4AFZ C; 1T0H A; 3ER0 A; 1X01 A; 5IH2 A; 2XG8 D; 3P8B B; 3I5S A; 2KRO A; 3AHU A; 3L42 A; 4IKF A; 4N4I A; 3G1J A; 4BI3 A; 2K2M A; 2R57 A; 4L5G A; 4LUE A; 3C0C A; 3QDF A; 2LCL A; 5GAO r; 2F69 A; 1W2B A; 2DBK A; 1XTD A; 1M90 U; 1H3Z A; 3X20 B; 3OYK A; 1TU0 B; 1ZX6 A; 3MEA A; 3RBB B; 2FPD A; 4M7D G; 1Q81 R; 2PUO B; 1A0N B; 4M77 E; 2AHJ B; 2O4X B; 1Y07 A; 4PJO F; 1QWF A; 1RAC B; 4HCK A; 1BBZ A; 2FRW A; 4ELZ C; 3E9F A; 4MDX A; 4BE2 A; 2BE7 D; 2V26 A; 4OP0 A; 4O6J A; 5CIU A; 1SEM A; 1U06 A; 1Q86 U; 1ZBJ A; 2BKD N; 3PIO A; 1E6H A; 2RH2 A; 3UA6 A; 1VQ6 Q; 2LJ3 A; 1VQ7 A; 1Y96 A; 1X27 A; 5CKF A; 2DXT A; 4OMN A; 1C0M A; 2EAY A; 4M4Z A; 2P0P A; 3PE0 A; 4E7I A; 1WHK A; 2HKN A; 5GAN 5; 3O5Z A; 2WSC E; 2A3L A; 2K79 A; 3EH2 A; 4E2F B; 1VQ8 A; 2RB6 A; 2RI5 A; 4KUD K; 3SHW A; 2QEX Q; 5LJ5 g; 4JPB W; 2KAF A; 4FW1 A; 2ROT A; 1RI0 A; 5LJ3 f; 4PJM A; 1MV0 B; 3SD4 A; 2F2V A; 2BUD A; 3BY7 A; 2LTO A; 4F16 A; 1PCX A; 4PJO C; 1M8V A; 1RAH B; 2E6N A; 2K2V A; 3EGU A; 1VIE A; 4JJC A; 2QQS A; 3HSB A; 2VWF A; 5FW9 A; 2PUK B; 1YJW T; 3KFV A; 4KUI A; 4EMK C; 3OYJ A; 4JJD A; 4PFO A; 4WF2 A; 2RK2 A; 2H3J A; 2DL3 A; 3QO3 A; 5FU7 C; 1NJI U; 2A28 A; 1X2Q A; 4TVR A; 4J5Y A; 3JCM e; 5GAO q; 5DM7 R; 4NL2 A; 4QQG A; 4E7H A; 3I5R A; 1F1B B; 2NUZ A; 1K8A R; 1R8O B; 3AT1 B; 5DLQ E; 3OYB A; 2EQU A; 4M77 B; 4DA4 A; 2CYZ B; 1J3T A; 1S1N A; 3A8L B; 3EFS A; 4QQD A; 1YJ9 A; 4CRI A; 2PQW A; 3CCQ Q; 3MPU B; 1KD1 C; 5GMK h; 1JEG A; 2EBP A; 1VOM A; 4LN2 A; 2YUQ A; 3CME Q; 1VQ5 T; 3R6N A; 1Q7Y U; 1VQP A; 3LX7 A; 3JSC A; 1XQH A; 3J80 E; 4J9G A; 4AFQ C; 1G3W A; 2AZV A; 3M4Y A; 1VQK A; 4EDU A; 4B6M A; 5KYN A; 4C8Q A; 2LQK A; 2X3W D; 2LNV A; 1S72 Q; 1YWO A; 2DBM A; 2EQJ A; 1RAI B; 2W0Z A; 4ANJ A; 4AG1 C; 3S3M A; 3QJ6 A; 1MMA A; 2K57 A; 4QT7 A; 3LH0 A; 2OI3 A; 4QVC A; 3CXC P; 3H8Z A; 3P8D A; 2J06 A; 4DEY A; 4LDV A; 3IQL A; 1KD1 U; 4F7U E; 1RLP C; 1KJW A; 3G71 A; 1YHQ Q; 1TG0 A; 2X4Y A; 2KRM A; 1M90 R; 1OUL A; 5GAM d; 3LH5 A; 5KYX A; 5LJ3 d; 2C0O A; 2CSQ A; 2J7I A; 1UB4 A; 4EPC A; 2KY9 A; 1SPK A; 2ZAE A; 3H41 A; 2RF0 A; 4FYV B; 2EGA A; 3FRN A; 1PG5 B; 2JS2 A; 3VJP A; 3OA6 A; 1JRI A; 1NEB A; 1NEG A; 3JRZ A; 1DJ7 B; 1WQ7 A; 4HA8 A; 1VQN T; 3RKY A; 3E19 A; 2DL8 A; 3CPW P; 1SHG A; 2O2O A; 1YIT Q; 5CKE A; 1YIJ Q; 1VQM A; 4M75 A; 1WQW A; 4AG2 C; 1Q86 R; 2C06 A; 1UJY A; 4RTU A; 4OMQ A; 2ED1 A; 2W10 A; 1X6G A; 2ZGW A; 2RHX A; 6AT1 B; 1QCO A; 3MP1 A; 3H6Z A; 4Z88 A; 2NUP B; 5CAI A; 1VQ7 T; 2KBT A; 1T3L A; 1QCF A; 2MOX A; 1OPK A; 3TSW A; 4AFU C; 1QKX A; 5CCA A; 4BDY A; 2OTJ Q; 1VYU A; 1XJW B; 2QK0 A; 1QLY A; 4DBH A; 2YXY A; 3S6W A; 3CCJ T; 5KYU B; 1AEY A; 4M77 D; 3REA B; 1AWX A; 5IHK A; 1T3S A; 5IT9 E; 2KE9 A; 3HRT A; 4M78 B; 3VKI A; 4J83 A; 4M7D A; 5J26 A; 4PJO G; 1NYG A; 4F7U B; 3A5Z B; 1FYN A; 3CBO A; 3M0U A; 4V2S A; 2FHD A; 2KR3 A; 2LQW A; 3EHQ A; 4FW2 A; 4WCI A; 2YLB A; 3CCE A; 2E5K A; 1NJI R; 2BZY A; 2HCK A; 4MML A; 3C4S A; 1WXU A; 1I5L A; 1RAF B; 3KBG A; 1AT1 B; 3ZFJ A; 1VQ4 A; 2DET A; 4RTZ A; 4Q5W A; 1ZSZ B; 1MUZ A; 5HK3 A; 2AKK A; 4IUP A; 1YI2 T; 3VV0 A; 3CXC A; 1M3B A; 2LZ6 B; 3M5A A; 3JCM f; 1ABO A; 3EG3 A; 4NOY A; 1YJ9 T; 1KC8 C; 2HQH A; 1G3T A; 4FSS A; 1ZA1 B; 3QJY A; 1VQO T; 1Q7Y R; 1AHJ B; 5J3B A; 2VB6 A; 2EQM A; 1PC0 A; 3EGD A; 1QVF S; 1LVK A; 2EIF A; 5KYW A; 3G4S Q; 1SG5 A; 1WGS A; 1YP5 A; 3ME9 A; 2D8H A; 1YHQ A; 3PT9 A; 2L8D A; 2ZZD A; 2D6F A; 1JJ2 P; 2IIM A; 3BW1 A; 3VYH B; 1XOV A; 2PVD B; 3FC3 A; 1QCN A; 2I0N A; 1JBM A; 4C8Q C; 8AT1 B; 3MEW A; 3CPW A; 3CD6 A; 4OMF B; 4JRI A; 4C0D B; 4CC3 A; 4KH1 B; 1W4S A; 3G71 T; 2LP5 A; 4E7K A; 4J9F A; 3G7Z A; 2RI2 A; 4JRQ A; 2CSI A; 2E10 A; 2DXU A; 2HBP A; 2VGM A; 3CC7 A; 4RG8 A; 5GMK m; 2AT1 B; 2F2X A; 4XTZ A; 2DIG A; 1QQJ A; 1ZBX A; 1N9R A; 3E1S A; 1YIT A; 2QTX A; 1TUG B; 4AMC A; 4HXJ A; 1PSE A; 2YDL A; 2GGR A; 3CMA A; 1YJW Q; 4E7L A; 5KYY B; 3M57 A; 2NUT B; 2F5T X; 3FDR A; 3PMT A; 2A08 A; 4BAC A; 5GAN e; 3M53 A; 3N5B B; 2JW4 A; 2DE0 X; 1VQ6 T; 2VKN A; 5GAO n; 2M02 A; 2QA4 A; 3NHN A; 2OAW A; 4OMM A; 4M7A B; 2DTO A; 3RNJ A; 1Y57 A; 1TS9 A; 2RI3 A; 2DJZ A; 2EYZ A; 2HMA A; 5GAN j; 1I0C A; 2FEI A; 1BCM A; 1OI1 A; 3MO8 A; 4XU1 A; 4M77 F; 1G2B A; 1N5Z A; 2DEQ A; 3JCM d; 2DTI A; 2A37 A; 3GOX A; 2QQR A; 1QVG P; 3OYI A; 2YSQ A; 2KVQ G; 3I55 Q; 5KCH A; 1VQ5 Q; 2HD0 A; 5FLX E; 5DY9 A; 3THK A; 2DZC A; 3HPW A; 1X6O A; 4GY5 A; 1K1Z A; 1RL2 A; 3UA7 A; 3J7A F; 3M55 A; 3RMS A; 1BI1 A; 3VUB A; 2QG9 B; 1X6B A; 2FG0 A; 1AWW A; 2ECZ A; 4EIK A; 1OU9 A; 1D3B B; 4CI0 C; 1GL5 A; 1UGQ B; 3VRY A; 2JZ2 A; 2QAZ A; 1N8R U; 2MYS A; 3DKM A; 5KCO A; 5CKH A; 3CCE T; 2MK5 A; 1JJ2 A; 1BI0 A; 1JXM A; 3CCQ T; 2B86 A; 3UWN A; 3OS1 A; 3VS5 A; 3NTH A; 3CME T; 2V8J A; 1M2O A; 3QBY A; 1HSQ A; 2ZPF B; 2YRC A; 3G4S A; 3L2W A; 5KH6 A; 2CUD A; 5GMK i; 4HVU A; 3A8M B; 3GNG A; 1H64 1; 1PD1 A; 2ABL A; 1QP2 A; 1KQS A; 5I21 A; 1H3H A; 1T0J A; 3NMZ C; 4MZP A; 1IGU A; 1WHL A; 1IZ6 A; 4C0G A; 1PRM C; 3V8J A; 3UAT A; 4CC4 B; 3JB9 J; 4XTV A; 1YHQ T; 5J39 A; 1WFW A; 3OBW A; 1VQ7 Q; 2LRQ A; 4R55 A; 3EAE A; 4RKU E; 4PJO A; 4ORZ A; 1ZLM A; 1VQL A; 2KGT A; 2XDB A; 1YJN A; 4IUR A; 3VS7 A; 3M0T A; 4VUB A; 4EMK A; 1VQ8 Q; 2KNB B; 3JCM b; 4E47 A; 3SDZ A; 1UGS B; 1QVG A; 4E7S A; 2DIQ A; 1Y96 B; 2LNH B; 2EQI A; 1OOT A; 3NFC A; 3CCR A; 1CSK A; 2KRN A; 4YTL A; 5IAY A; 2FPF A; 3NGP A; 1B07 A; 1YBY A; 3OSV A; 2L3S A; 1YIT T; 1M9S A; 3CMA T; 1YIJ T; 2EYY A; 3MP8 A; 1PKT A; 2D1X A; 2FB7 A; 1G83 A; 1D0Z A; 1RUW A; 2HQE A; 5FRM A; 3HFO A; 2O01 E; 1Z9Z A; 2E3I A; 5LJ5 e; 2QA4 T; 2DPP B; 4Z89 A; 1RAG B; 2V8K A; 2LQ8 A; 1PKS A; 1NYF A; 2R5M A; 2VYT A; 3BFM A; 2WSF E; 2PZ1 A; 2JM8 A; 1U8R A; 1BKB A; 3FEO A; 2RQW A; 3QII A; 5LJ5 j; 2FRY A; 4N4G A; 2P4T A; 2RHU A; 3DLM A; 4OB2 B; 3REB B; 4ZN1 A; 2YLC A; 3KUF A; 1VIF A; 5LL6 S; 3V7S A; 3VS0 A; 1R77 A; 2CZ0 B; 2ATC B; 3R6O A; 5FU6 C; 2DL4 A; 2X51 A; 5CO7 A; 3OYG A; 1VQP Q; 5ECA A; 4J9H A; 4Y92 A; 2RQR A; 2JMC A; 1D09 B; 4DOV A; 1SKU B; 1VQK Q; 1KSW A; 1WYX A; 4M75 E; 4NL3 A; 2L0A A; 4ZTJ A; 4A54 A; 2E64 A; 3ZBD A; 2HAX A; 5FRN A; 3E2U A; 2CP5 A; 2FVU A; 4HVW A; 4J9B A; 3BDL A; 1AD5 A; 3G71 Q; 2DKG A; 3M0Q A; 1N8R R; 1UTI A; 5CKB A; 3GBQ A; 2GCX A; 4B9W A; 4LDX A; 3OYN A; 2RMO A; 4C8Q B; 1GCQ C; 2NYS A; 4M77 G; 3OYY A; 1MMG A; 2VGN A; 3QG1 A; 4RCB A; 1WI7 A; 4ZN3 A; 3HRS A; 5HKC A; 4PFZ A; 1X75 C; 1Q95 G; 3JB9 F; 3ZEH A; 5GAM g; 3C95 A; 4C92 F; 4M7D E; 1R0B G; 3OYM A; 1K0X A; 4II1 A; 3QXE B; 5AYF A; 3G4S T; 4PNO A; 4DOW A; 3V7C A; 3PTA A; 5KYX B; 4A4H A; 3OQ5 A; 3TCJ A; 1PM3 A; 3VUZ A; 1XNI A; 2PNI A; 1OZ2 A; 2E3H A; 1VQM Q; 5GAN d; 3FJ5 A; 1IRE B; 4X34 A; 2GTO A; 1O75 A; 1TXQ A; 1FXX A; 4RTW A; 1RI9 A; 4HCB A; 2DLP A; 1TTH B; 1W1F A; 3QWY A; 5I11 A; 2PVO B; 2JM9 A; 1LNX A; 3RKX A; 4M75 B; 1YJN T; 3BE3 A; 1B7T A; 2OX7 A; 1UGP B; 5D7U A; 1UHF A; 3V7R A; 1PHT A; 2K7A A; 3HP9 A; 4C92 C; 5IHI A; 4FM4 B; 1BCO A; 1ZHI A; 3T9N A; 1JJ2 S; 5IN1 A; 4HT9 A; 4Z02 A; 1CKA A; 2QDL A; 2LCS A; 2M16 A; 2MAM A; 3EG1 A; 1UGR B; 2R58 A; 3A8H B; 4OGC A; 3GPL A; 4C5E A; 3GIB A; 1G3S A; 1WX6 A; 3CCE Q; 1VYV A; 2MWP A; 2D8J A; 2RN8 A; 3EH1 A; 2F5K A; 1KQS S; 1I07 A; 1M2V A; 2YT6 A; 3I55 T; 4FL6 A; 1VQ4 Q; 3CPF A; 1TUC A; 3M9Q A; 2ROL A; 4M7D B; 2JTM A; 3SWN C; 2RO0 A; 4L6V 5; 1CKB A; 5LJ5 f; 2DRM A; 1NM7 A; 2J6O A; 5A0D A; 1NE8 A; 2L3P A; 2JJ9 A; 4BY6 B; 5KE2 A; 1OV3 A; 2FYK A; 2QQA A; 4M78 E; 2XDP A; 2HL5 C; 4PK4 A; 3OS2 A; 1R0C B; 3CCL Q; 4OML A; 1KIK A; 4DBQ A; 2XI9 A; 1BIA A; 3UF4 A; 1JXO A; 1I8F A; 2CT4 A; 4DBR A; 1MNE A; 1GBQ A; 2DD5 A; 1D1C A; 3CD6 Q; 4ME7 A; 5GMK e; 2E65 A; 3EGD B; 2D0Q B; 2KRS A; 5KYW B; 4RMO A; 4E7Z A; 2VAS A; 4DQ2 A; 3C94 A; 1LPL A; 1UEC A; 5GAO p; 4FCY A; 3OMG A; 3G6E Q; 3CC7 Q; 5GMK j; 2JOY A; 1KHC A; 1QKW A; 2GQV A; 2M51 A; 5D6X A; 5CQX A; 4RUG A; 1M1K C; 2JXB A; 3CMA Q; 1KG1 A; 1OEB A; 3OSS C; 4FYW B; 4FT4 A; 2DA9 A; 1VYT A; 2JNG A; 4M75 D; 1BU1 A; 1M27 C; 5I2S A; 3VS2 A; 2RM4 A; 2Z0W A; 3MCA B; 2QA4 Q; 3M58 A; 1IB8 A; 3OS0 A; 4JLI A; 1MMD A; 2EYX A; 1M1G A; 2LT4 A; 2ZPG B; 2RJE A; 2DMO A; 4L59 A; 5LJ5 d; 1WHM A; 1VQ8 T; 4ESR A; 3QWX X; 1PRL C; 2JTE A; 1P92 A; 2DTH A; 2DEU A; 1W2B S; 2AKL A; 2DK3 A; 2LX9 A; 1FX7 A; 2KDS A; 2LCC A; 1AVZ C; 1AWO A; 1GBR A; 1OYX A; 1K9M C; 1FMV A; 3S3N A; 3JCM V; 3H9N A; 2E1H A; 3CQT A; 4AT1 B; 4M7D D; 2QGG A; 3JB9 G; 2MMP A; 4M77 A; 4C92 G; 2OTL A; 4EMG A; 2HZY A; 2NLU A; 4XK8 E; 2DYB A; 3M59 A; 2RA2 A; 3CBM A; 1ZSG A; 1K73 C; 2Y4X A; 2KT8 A; 1NG2 A; 2K5F A; 3M56 A; 4MZM A; 2AIR B; 4M7A E; 2NWM A; 1V1C A; 1YN8 A; 4PJN A; 1GXI E; 7AT1 B; 1OZ3 A; 1IGQ A; 3OS5 A; 3JCM X; 4BE0 A; 4KGX B; 4D8K A; 1KQ2 A; 3L2R A; 2M0Y A; 2DF6 A; 4J9E A; 4XQ3 A; 2A36 A; 1EFN A; 3EGX A; 2XHC A; 1MMN A; 1WIE A; 4XTX A; 5FWB A; 2LDM A; 5FRO A; 2G6F X; 3OBY A; 4EMH A; 1IHV A; 3NTI A; 4OB0 B; 1VQP T; 2COZ A; 2P84 A; 2DXB A; 1VQK T; 3CCL A; 4J6X A; 1Q82 C; 1EZZ B; 3EG0 A; 4R0K A; 2RJF A; 1SSF A; 3JB9 I; 2O88 A; 3A8G B; 4LUD A; 1KC8 U; 2DRK A; 1KD1 R; 1AZG B; 2YRD A; 1OQK A; 2CZ7 B; 2C0I A; 1NLP C; 2CP7 A; 4D8D A; 2SRC A; 3FLG A; 1UUE A; 1ZA2 B; 1U5S A; 3G6E A; 1VQL Q; 1NZ9 A; 2QAS A; 1BIB A; 5CVI A; 1YJN Q; 3FB9 A; 1H92 A; 2CUB A; 4F14 A; 4BDZ A; 3LGL A; 3PGG A; 1FWZ A; 2JUF A; 2EWN A; 4J9C A; 4E7J A; 3L2Z A; 3CCR Q; 4PJO B; 2YUO A; 5GAN 8; 3PIP A; 1RAE B; 2E12 A; 3JB9 H; 4M78 D; 5D6W A; 2EVR A; 4QKU A; 4EMK B; 1C1A A; 1RAB B; 3BDU A; 1VQM T; 2QQB A; 4LD9 K; 2V8I A; 1QWE A; 5FU7 B; 2E41 A; 2LVM A; 2DFU A; 4QQ6 A; 3L1A A; 4C5H A; 1C6V X; 4FYX B; 5CQY A; 4OF1 A; 2RQT A; 1VA7 A; 2EGC A; 3QZ9 B; 3CCV Q; 1QVP A; 1M1F A; 1TWB A; 3VYG A; 4FYY B; 1QP3 A; 2CZ6 B; 2COY A; 4MZT A; 4BB7 A; 4C0F A; 2E6Z A; 3CCS A; 1SRL A; 3I56 Q; 2M1H A; 5D6Y A; 4A4G A; 1SHF A; 5GAO m; 1WXB A; 2DNU A; 3SEM A; 1SRM A; 2MCN A; 1Q81 C; 2QDY B; 1D1A A; 3EFO A; 3RES A; 2XU8 A; 2QTV A; 3PVQ A; 1ABQ A; 2MF2 A; 1GCQ A; 2H8H A; 1TUD A; 4JDS A; 2XDD A; 4Y28 E; 2DX1 A; 4LDW A; 3V8L A; 3MEV A; 2PU9 B; 1YNZ A; 4M77 C; 3MHX A; 4MDW A; 5L23 A; 4C0Z A; 2XKO C; 2X35 A; 5GAM h; 1VQ4 T; 1VUB A; 5LJ3 h; 1LOJ A; 4KT0 E; 2K5L A; 1LCK A; 3OYF A; 2RJD A; 1WDX A; 2EJG A; 4OGE A; 3UT1 A; 1YCS B; 3CCU Q; 4J7F A; 1WPY A; 4IUU A; 1X43 A; 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