The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
17
|
sequence length |
60
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structure length |
60
|
Chain Sequence |
SLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Chaperone/rna
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| molecule keywords |
Protein hfq
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| publication title |
Cooperation of Escherichia coli Hfq hexamers in DsrA binding.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
17
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| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2011-04-05 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3V7R A; 3SWN B; 3JB9 F; 4M77 A; 5GAM h; 3JCM J; 3M4G A; 2YLB A; 1B34 A; 4XTV A; 1KQ1 A; 1I81 A; 1WQ7 A; 4M78 C; 4QVD A; 4PJO F; 4M75 D; 4M7A C; 1JRI A; 2VXF A; 4XU1 A; 2DTI A; 5GAM f; 3V7C A; 2DKG A; 3V8K A; 5GMK e; 5GMK j; 4RCC A; 5GAN d; 4PJO C; 2VXE A; 5GAO m; 5GAM g; 5LJ3 h; 1BIB A; 2EJG A; 2EWN A; 3RKY A; 4C8Q C; 4V2S A; 1WQW A; 1Y96 B; 3PGG A; 4XTY A; 4XU3 A; 5GAN 6; 1MGQ A; 2DZ9 A; 2FYK A; 2RA2 A; 5GMK l; 2DEQ A; 2DTH A; 4J5Y A; 3GIB A; 1M5Q 1; 3L1A A; 2E41 A; 4Y91 A; 4EMG A; 4M7D E; 1N9S A; 3QHS A; 2RB6 A; 3EFS A; 4PNO A; 4DQ2 A; 5GAN 7; 3VU3 C; 4M77 C; 4A54 A; 2JN0 A; 4XU0 A; 5LJ3 f; 3RKX A; 4F7U F; 5GAN e; 4EMK B; 4J6Y A; 3V7S A; 5GAN j; 4NL3 A; 1HK9 A; 3V8L A; 4F7U E; 4JRI A; 3INZ A; 5I21 A; 5LJ3 g; 4JUV A; 3AHU A; 4M7A F; 1LNX A; 5GAN 2; 4M78 E; 3QSU A; 2DXU A; 2Y90 A; 4M7A E; 1YCY A; 1LOJ A; 4C92 B; 3JB9 H; 4M75 G; 1N9R A; 1WPY A; 3BDU A; 2QTX A; 3FIF A; 3HFN A; 3L2Z A; 1Y96 A; 3RUX A; 4C8Q F; 5GAN 5; 4M7D B; 5DY9 A; 4PJO E; 5LJ5 e; 5LJ5 j; 2EJF A; 4C8Q E; 1I5L A; 4M78 B; 3FB9 A; 5CAI A; 4M75 A; 3V8J A; 2ZGW A; 4OP0 A; 5GMK h; 1U1S A; 5GMK i; 2EAY A; 4M77 F; 2RD1 A; 2E65 A; 4JRK A; 4EMK A; 4N0A A; 1JBM A; 4M77 E; 4C92 D; 4PJO B; 2YLC A; 4JLI A; 3SWN A; 3JCM d; 1D3B B; 4M7D D; 4M7D G; 4NL2 A; 3BY7 A; 3EFR A; 1TH7 A; 4WF2 A; 2DJZ A; 5LJ5 f; 2RM4 A; 1M8V A; 2E1H A; 4C92 A; 5LJ5 g; 3JB9 D; 3JB9 G; 5GAN h; 4EMH A; 4X9C A; 4HT8 A; 3BW1 A; 5GAO n; 4M7D A; 4M75 F; 1HXD A; 2YHT A; 3RIR A; 3JCM e; 4PJO D; 1I4K 1; 5GMK m; 5GAM d; 3HFO A; 4M75 C; 5GAN 8; 5GAN f; 4XTW A; 3JCM c; 4F7U B; 2VC8 A; 5GAO p; 3RER A; 5GAN 3; 1X01 A; 3JCM b; 3JCM P; 1U1T A; 4N0A C; 5LJ5 h; 2E64 A; 1BIA A; 4M7A B; 5GAN g; 3HSB A; 1D3B A; 3SWN C; 3JCM g; 4XTX A; 3BFM A; 5GAO l; 4C92 G; 2DVE A; 2EJ9 A; 5GAM e; 5GAM j; 5GAO q; 5GAO r; 3FJP A; 4XQ3 A; 2E10 A; 5LJ3 d; 4C8Q B; 4X9D A; 4XTU A; 4F7U G; 4A53 A; 4M7D C; 3SB2 A; 4M78 D; 4M78 G; 3JB9 J; 4M7A D; 3QO3 A; 4M7A G; 2FB7 A; 2DTO A; 2HNI A; 2I2L A; 4M77 B; 3JCM W; 3JCM Q; 4NOY A; 4F7U A; 1B34 B; 4M75 E; 2K57 A; 4M78 A; 3QUI A; 4PJO G; 4QVC A; 5LJ3 e; 5LJ3 j; 2CGH A; 3RKW A; 1KQ2 A; 4M7A A; 3JCM h; 1I8F A; 2DZC A; 4C8Q D; 4C8Q G; 4XTZ A; 4J6W A; 5GAN 4; 4HT9 A; 1WNL A; 4RCB A; 2DXT A; 4EMK C; 3JB9 I; 4PJO A; 3JCM V; 4C92 F; 4C8Q A; 4M77 D; 4M75 B; 1H64 1; 4M77 G; 4MML A; 4XU2 A; 3JCM f; 4C92 E; 3JCM X; 1LJO A; 4M7D F; 4J6X A; 4MMK A; 4HA8 A; 5LJ5 d; 3RES A; 4M78 F; 4C92 C; #chains in the Genus database with same CATH topology 4OB3 B; 4M77 A; 4RTV A; 2HAX A; 3M0S A; 4FU6 A; 1ARK A; 2PUK B; 1D0X A; 2ECZ A; 2Y4Y A; 1UG1 A; 2CT4 A; 1IZ6 A; 3I56 Q; 4HCB A; 3V7C A; 3CME A; 2D0Q B; 3C4S A; 3E1S A; 2DER A; 1Y96 B; 1K9M C; 3MCA B; 3H0H A; 4X34 A; 2IIM A; 3T9N A; 2YDL A; 3I35 A; 1QWE A; 3EGU A; 1VQ9 A; 2MWP A; 4M78 E; 4IUQ A; 4M7A E; 1Y07 A; 2FPD A; 4J9H A; 2YXY A; 2D8H A; 4PJJ A; 2RNA A; 2AZV A; 2GQI A; 4M4Z A; 1ZSZ B; 1X6B A; 1BBZ A; 1YIT A; 1OYX A; 4M75 A; 2JS2 A; 3RBB B; 1Q7Y U; 1OZ2 A; 2ENM A; 2HQX A; 2RO0 A; 1BCM A; 3CC7 Q; 5CK9 A; 2XKO C; 2P84 A; 4JDS A; 1AWX A; 1VOM A; 3O8V A; 2QA4 Q; 1Y57 A; 3DLL A; 3PT9 A; 1BKB A; 2WSC E; 3LX7 A; 5KYY B; 1X01 A; 3JCM b; 4L6V 5; 3L2W A; 5FRM A; 4ATO A; 2RQW A; 2NUZ A; 1D0Z A; 3ASK A; 3BDL A; 2QDL A; 2KT1 A; 2EW3 A; 4KGV B; 4XQ3 A; 4C8Q B; 3LGF A; 3SB2 A; 1G2B A; 2FZK B; 3L2R A; 2FB7 A; 2V8J A; 2DTO A; 2VB6 A; 4BD3 A; 1UFF A; 2DIL A; 1KQ2 A; 2CGH A; 2EGA A; 1PD0 A; 5GAN 4; 3VS6 A; 5C0M A; 5CKH A; 5KYU A; 3EHQ A; 3JCM f; 3TQ7 P; 1YHQ Q; 1VQ7 A; 2HEQ A; 4PJM A; 4J6X A; 4HA8 A; 2DXB A; 2OJ2 A; 2DA9 A; 3JRZ A; 2KVQ G; 1OX9 A; 1WJQ A; 1I81 A; 2A36 A; 2M0Y A; 1G5V A; 2LNH B; 2NUT B; 3CME Q; 1JB0 E; 1KD1 U; 2GFU A; 4RTU A; 3GP8 A; 1SRM A; 3UPU A; 3OYM A; 1BI3 A; 3QBY A; 4A63 B; 2JW4 A; 4Z02 A; 4AG1 C; 3RKX A; 2XU8 A; 5DLQ E; 1NLO C; 4YTL A; 5IXF A; 1VQ9 Q; 1PRL C; 1NEG A; 4BB7 A; 4IUP A; 2DO3 A; 1SG5 A; 2DL3 A; 1M4Z A; 3L2Z A; 3TSZ A; 1SHG A; 3BDU A; 1UEC A; 2O4X A; 2X4X A; 3J81 E; 2QQR A; 4FSX A; 4AT1 B; 1PRM C; 1VQ5 A; 1WA7 A; 1BCO A; 2EAY A; 3ULR B; 5HKC A; 2K2V A; 2E3H A; 4O5V A; 4JLI A; 2EYQ A; 4J7I A; 4M7D D; 4FSS A; 2DJZ A; 4RTT A; 1M1K U; 1RAI B; 3PVL A; 5LJ5 g; 2EGC A; 4M7D A; 2QG9 B; 3VS0 A; 3VRZ A; 5FRO A; 2A3L A; 3JCM P; 3NTK A; 3HTR A; 3HSB A; 1D3B A; 2I0N A; 2LQK A; 1AWW A; 2EQI A; 1I5O B; 4AFS C; 2E5Q A; 4F7U G; 2DXC A; 1QP2 A; 2XIC A; 3GNF B; 2JZ2 A; 1N27 A; 1NZ9 A; 3OYI A; 1RAF B; 4OML A; 4PK4 A; 2KDS A; 4D8D A; 1W70 A; 5CKE A; 1U8R A; 4HT9 A; 1TU0 B; 1OPK A; 1YBY A; 2FPE A; 1ZX6 A; 4BAC A; 4AMC A; 1H64 1; 3X28 B; 1KQS P; 1VQ7 Q; 2QQ9 A; 4XTV A; 5M9O A; 3I5R A; 4GLK A; 3JB9 F; 2VUB A; 2NUP B; 2XDD A; 3I55 T; 2ED1 A; 1JXM A; 2FO0 A; 2E6Z A; 3QYG B; 2EFI A; 5GAM f; 1D1C A; 2L8D A; 5A0G A; 3NTI A; 2KT8 A; 2EWN A; 2EJG A; 4XU3 A; 3PGG A; 1M27 C; 2FYK A; 1TUC A; 3QWX X; 1KD1 C; 3M58 A; 3VV0 A; 3EFS A; 1S1N A; 1TOV A; 2D9T A; 4F7U E; 2MMP A; 4LD6 A; 1M1G A; 1K73 U; 1VQ4 A; 1SKU B; 2LMJ A; 3CD6 T; 2FPF A; 3HL8 A; 2JOY A; 5FU6 B; 2KR3 A; 1VQP A; 1OZ3 A; 1OV3 A; 3EGX A; 5KYW A; 2KGT A; 5FWC A; 3MKD A; 3FJ5 A; 4PJO B; 1R0C B; 1E7O A; 2CP3 A; 2LQW A; 3CPW A; 4P5N A; 2HZY A; 4WF2 A; 2KY9 A; 1RLP C; 1D09 B; 1M8V A; 1WHJ A; 4HT8 A; 2KI7 A; 1YJW T; 1M1K C; 4RTX A; 2EGE A; 2C0T A; 2PTK A; 3CD6 Q; 2QDY B; 4FYW B; 1I4K 1; 1M30 A; 2K5I A; 3SEM A; 1NJI R; 1YIJ T; 4HKE A; 3HKS A; 4AFQ C; 4HVW A; 5GAN g; 2ZCF B; 4JZ3 A; 3OYA A; 5GAO q; 1VQK A; 1V1C A; 1AT1 B; 1SF9 A; 4LDW A; 1CSK A; 3OYH A; 1ZSZ C; 2J6K A; 1YJW Q; 1ABO A; 2B86 A; 2PVG B; 2ZZD A; 3TU4 K; 1B3Q A; 3CCQ A; 4PJO G; 1YJ9 A; 1I8F A; 4A4K A; 2ZAE A; 2K5L A; 1QVP A; 1NG2 A; 1YIJ Q; 3RMS A; 2LZ6 B; 3JB9 I; 1E6G A; 3L42 A; 1ZBX A; 4E7L A; 3CC2 T; 1X43 A; 2K9G A; 3OW2 S; 4FL6 A; 3A8L B; 1UGR B; 2LT1 A; 1B34 A; 1YI2 T; 2KYM A; 5FU7 C; 2KQW A; 2XDB A; 1M3B A; 1GXI E; 3QII A; 4C8Q C; 2JMC A; 4LNP A; 3VS5 A; 2J06 A; 2KRS A; 4PLL A; 4Y91 A; 3SDZ A; 3FLG A; 4J9B A; 3CC2 Q; 5GAN e; 1IGQ A; 3GNG A; 4JRI A; 4JUV A; 1QVF A; 1KK7 A; 5IHK A; 3QKJ A; 1VQ4 Q; 2GTO A; 2K7A A; 1JJ2 A; 1IHW A; 1YCY A; 2MOX A; 3EFO A; 5IH2 A; 1YI2 Q; 1K73 C; 4PJO E; 4FYX B; 1QKX A; 1S72 T; 1VQP Q; 4M77 F; 1UGV A; 1RLQ C; 2YLC A; 1W2B S; 4ZTF A; 4PJN A; 4EIK A; 3L2Q A; 1AVZ C; 3SD4 A; 5KH6 A; 1AHJ B; 2ZPB B; 4BDZ A; 3OMG A; 1HSQ A; 2JVV A; 5GAN 3; 5KYX B; 4ELY C; 1Q81 U; 1S72 Q; 1WFW A; 1FMV A; 5GAO l; 3G71 T; 1NYF A; 2EJ9 A; 2DM1 A; 2M1H A; 1VQK Q; 4KGZ B; 1ZHI A; 1SSH A; 2ROT A; 1I0C A; 3VYH B; 2OTJ A; 3JB9 J; 1O75 A; 3PVQ A; 4LN2 A; 2BZY A; 4CC7 A; 1IRX A; 2V1Q A; 2CZ7 B; 2L2P A; 2RJC A; 1OOT A; 3TRE A; 3CCQ Q; 2F5K A; 1YJ9 Q; 2ESW A; 2L3P A; 4J6W A; 3VYG A; 4OMO A; 2FG0 A; 1WHM A; 3CCR T; 2HQH A; 4FYV B; 2HMA A; 2LNV A; 4XU2 A; 1KC8 R; 2MWO A; 2EQM A; 3PFS A; 3BE3 A; 3I9Q A; 3OQ5 A; 4HCC A; 3M4G A; 1T0J A; 2MPX C; 3MEA A; 3AT1 B; 3M59 A; 1H3H A; 4RCC A; 5GAO m; 4KT0 E; 2RMO A; 5GAN 6; 3CCM T; 1MMN A; 2DVJ A; 4B6M A; 3CCL A; 4A4E A; 4FIB A; 2M51 A; 1Q95 G; 3HRS A; 3NTH A; 1X2K A; 4C92 B; 1Y96 A; 3KFV A; 3M54 A; 2E65 A; 2ZPI B; 5I11 A; 2RPN A; 3EGD B; 2LQ8 A; 4L5G A; 5LL6 S; 1QVG A; 4X9C A; 1D0Y A; 4JLG A; 1UGQ B; 2EVR A; 1ZSZ A; 3CCE A; 1NJI C; 3FRN A; 2DD5 A; 4OMF B; 4PFO A; 4RTY A; 1WXT A; 4M7A B; 5FLX E; 1QCO A; 2LX9 A; 2VVK A; 2X4W A; 2P0K A; 3OYK A; 4C92 G; 1MV0 B; 1EFN A; 2CYZ B; 2CP2 A; 2OTJ Q; 5FU6 C; 1RI9 A; 5DM7 R; 2KXC A; 3PNW C; 2R57 A; 4C8Q D; 3GOX A; 1TUG B; 4BE2 A; 4C8Q A; 4J9E A; 4M7D F; 2AIR B; 4CC4 B; 2GNC A; 2YUO A; 1AOJ A; 3SWN B; 3MHX A; 3VRY A; 1VYV A; 1K0X A; 4QVD A; 1QW1 A; 2COY A; 2LX7 A; 1T3L A; 4E7J A; 5EG2 A; 1MGQ A; 4PLI A; 1M5Q 1; 5FRN A; 5GAN 7; 4JJB A; 3MPU B; 4OB1 B; 4C0D C; 1H3Z A; 3CCL Q; 5GAN j; 5LJ3 g; 4OMM A; 2YT6 A; 2VAS A; 4NS5 A; 2DD4 A; 2NUT A; 1RAH B; 2QGF B; 1T0H A; 1H92 A; 3HFN A; 2SEM A; 4E2F B; 2EKH A; 3M55 A; 2LJ0 A; 2W0Z A; 2YUQ A; 3EG9 B; 2XID A; 2LC4 A; 2JUF A; 1G8X A; 4B9W A; 3CC7 T; 4NL2 A; 3MJX A; 2M0O A; 1WXU A; 2RM4 A; 3WXM B; 2R58 A; 3J80 E; 3JB9 G; 5EC7 A; 1M9S A; 1K1Z A; 5GAO n; 2QA4 T; 1VIE A; 3IQL A; 2RJD A; 2K3B A; 2BE9 B; 3CCE Q; 1Z9Z A; 4J9I A; 5GAO p; 1QVG P; 1WHH A; 4L59 A; 2JNG A; 3LGL A; 1MNE A; 2DL4 A; 4Z88 A; 1QCN A; 5L8R E; 2O31 A; 1NPR A; 2EQU A; 4OF1 A; 4UC4 A; 3FJP A; 3ER0 A; 1YFN A; 2KRO A; 3DB3 A; 3E2U A; 3JCM W; 1UJ0 A; 4IIM A; 1AZE A; 7AT1 B; 1KIK A; 4BY6 B; 1AWJ A; 1GFC A; 4ZGD B; 5LJ3 e; 1QMC A; 2DIQ A; 1IB8 A; 5IHN A; 3DB4 A; 8AT1 B; 1X6G A; 4KUL A; 4MML A; 3S6W A; 1YHQ T; 4LDY A; 4X1V A; 4CI0 C; 1HD3 A; 4AG2 C; 3MO8 A; 1ZA2 B; 5IN1 A; 4MZP A; 1U3O A; 3A8G B; 4QKU A; 3CME T; 1KQS A; 2CRE A; 2QAS A; 4J7F A; 3CPW S; 1KJW A; 1V29 B; 3A8H B; 3CCJ A; 5FWB A; 2V8K A; 1ABQ A; 2NUP A; 4PNO A; 1G3Y A; 2CT3 A; 1CKB A; 2EKO A; 3ME9 A; 3R6O A; 3QDF A; 1VQ9 T; 2LJ1 A; 5CQX A; 1IXD A; 5GAN 5; 3OS0 A; 1VQL A; 2C0O A; 4ORZ A; 2WSF E; 3CCU A; 1YIT T; 2XG8 D; 5CAI A; 1JEG A; 4PFP A; 1OPL A; 4C5E A; 1GBQ A; 1C6V X; 1VQ8 A; 2CDT A; 1DJ7 B; 3H0I A; 2EPD A; 2EYY A; 2J6O A; 5GAN h; 1FMW A; 1RAB B; 4J8O A; 2X4Y A; 3UF4 A; 4PJO D; 1MMG A; 4RTW A; 5AYF A; 1G3S A; 1WX6 A; 4F7U B; 2HBP A; 3QXE B; 1R8O B; 1BB9 A; 1YIT Q; 3QG1 A; 3D7S B; 2M9U A; 4OMQ A; 1QLY A; 1EIF A; 1I1J A; 5HCK A; 4FCY A; 2E5K A; 2L5Q A; 4IUU A; 4C5G A; 2YRC A; 2BKD N; 2HNI A; 4QQG A; 3JCM Q; 3MP1 A; 2QYZ A; 2HKN A; 4JS5 A; 2KNB B; 1WHG A; 2BIV A; 3P8H A; 1B07 A; 2IPO B; 1X2Q A; 4RCB A; 1VQ6 A; 3KUF A; 3QPH A; 4M75 B; 4M77 G; 1U06 A; 1QVF S; 1PNJ A; 1JJ2 S; 1KSW A; 1VQ7 T; 3MP6 A; 3JCM g; 3EG3 A; 4M78 F; 5LJ5 d; 2MCN A; 2YLB A; 3OYB A; 2FL7 A; 1Y7X A; 2QQB A; 4M78 C; 2KRN A; 4M7A C; 1JRI A; 3CMA A; 1NEB A; 4DBH A; 5GMK e; 1M2V B; 1IGU A; 1QKW A; 1K9A A; 2DZ9 A; 9ATC B; 2DEQ A; 4J5Y A; 4BE0 A; 1UGS B; 4CC2 A; 1VYT A; 3P8D A; 4A4G A; 2DET A; 4EMK B; 3ZFJ A; 1VQM A; 3AHU A; 2E3I A; 4R0K A; 2KXD A; 2GCX A; 2HSP A; 4M75 G; 3FIF A; 1VQL Q; 4QQ6 A; 4BE1 A; 4DBQ A; 5LJ5 e; 2EJF A; 1RAG B; 3E9F A; 4ZGE B; 3CCU Q; 1VQ5 T; 3NMZ C; 2ZGW A; 2LJ3 A; 2CUD A; 4M77 E; 1VQ8 Q; 2O2O A; 1VYU A; 4O6J A; 3R6N A; 2V8I A; 4XAX B; 5KYU B; 1VQO A; 1K8A R; 4IUT A; 2DRM A; 4EMH A; 1YJN A; 2YUP A; 3REA B; 3S3N A; 2X9H A; 3OYL A; 3JCM e; 2GBQ A; 1OI1 A; 1OX8 A; 1GL5 A; 5I2S A; 1FXX A; 3CXC P; 1VQ5 Q; 4HXJ A; 1ZLM A; 4AFZ C; 2DL7 A; 3MEV A; 4RKU E; 5GAO r; 4F14 A; 3MEU A; 4JZ4 A; 2G6F X; 1WYX A; 2CP7 A; 1XJW B; 4EPC A; 2XHC A; 2I2L A; 3UA6 A; 5KYX A; 1RAE B; 2K57 A; 4M75 E; 3QUI A; 5LJ3 j; 3RKW A; 2CUB A; 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