The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
15
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sequence length |
61
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structure length |
61
|
Chain Sequence |
QSLQDPFLNALRRERVPVSIYLVNGIKLQGQIESFDQFVILLKNTVSQMVYKHAISTVVPS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
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| molecule keywords |
Protein hfq
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| publication title |
Hfq-bridged ternary complex is important for translation activation of rpoS by DsrA.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Escherichia coli
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| total genus |
15
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| structure length |
61
|
| sequence length |
61
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| chains with identical sequence |
B, C, D, E, F
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-11-01 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DTI A; 4M78 A; 2EJF A; 2QTX A; 4EMH A; 5GMK m; 5LJ3 g; 3INZ A; 4F7U F; 4NL3 A; 3JB9 D; 3RKX A; 1I5L A; 4J5Y A; 4X9D A; 3V8L A; 4M7A A; 1JRI A; 4PJO D; 1Y96 B; 3V7C A; 4C8Q G; 4M75 A; 4C8Q B; 4M7A C; 5LJ5 f; 3QHS A; 4M78 E; 4M75 C; 4X9C A; 1LOJ A; 4XU1 A; 3JCM e; 1HK9 A; 5LJ5 h; 4XQ3 A; 5GAN 6; 5GAM f; 4M7A E; 1I81 A; 4NL2 A; 3BW1 A; 2VXE A; 4JLI A; 4M75 E; 4EMK B; 4M78 D; 4F7U A; 3BFM A; 3QO3 A; 5GAM h; 5LJ3 e; 3JB9 G; 5GAN 2; 1B34 B; 4PJO G; 2E1H A; 4JRK A; 5GAN 3; 4PJO B; 2JN0 A; 4JRI A; 3V8J A; 5LJ5 d; 2RD1 A; 3RER A; 4XU3 A; 4M75 F; 5GAN 5; 5GAN j; 4HA8 A; 4WF2 A; 3RKW A; 4M7D A; 5GAM d; 1N9R A; 4EMG A; 3L2Z A; 3VU3 C; 4M78 G; 5GAN f; 4M7D C; 5I21 A; 4M78 B; 1KQ2 A; 2EAY A; 2K57 A; 5GAN h; 5LJ5 j; 1BIB A; 3BY7 A; 4M7A B; 4QVC A; 4M7D E; 4J6Y A; 4XTX A; 2E41 A; 3SWN A; 5GAM j; 1KQ1 A; 3SWN C; 4OP0 A; 4XTY A; 3JCM X; 2YLC A; 2RA2 A; 4M7D D; 2VXF A; 4C92 A; 4F7U G; 1U1S A; 5GAN d; 3JCM V; 4F7U B; 4N0A A; 4C92 C; 4N0A C; 2DKG A; 5LJ5 g; 4XTZ A; 4M7A D; 3EFR A; 3V7R A; 4XU2 A; 3RKY A; 5GAO l; 4RCB A; 4M75 D; 3RES A; 1D3B B; 4C92 E; 4RCC A; 1N9S A; 4M77 C; 1H64 1; 4NOY A; 5DY9 A; 5GAN e; 4M7D G; 3JCM c; 2DXT A; 3JB9 J; 4M7D B; 1X01 A; 3HFO A; 4J6W A; 3JB9 H; 4M77 E; 1JBM A; 5GAN 4; 2RM4 A; 4A54 A; 2DJZ A; 4XU0 A; 4C8Q A; 4C92 F; 5GAO r; 5GAO m; 4C8Q C; 5LJ5 e; 4M7A G; 5GMK j; 4HT9 A; 4M75 G; 3JCM P; 4M75 B; 3JCM f; 5GMK l; 4JUV A; 3SWN B; 2YLB A; 1HXD A; 3V7S A; 5GAM e; 4C8Q E; 2VC8 A; 4M77 F; 5GMK i; 3JCM h; 5GAN g; 3QSU A; 1LNX A; 3JCM b; 5GMK h; 5GAO p; 4V2S A; 2EJ9 A; 3FB9 A; 5LJ3 f; 4QVD A; 4MMK A; 2DXU A; 1WNL A; 2E64 A; 4XTW A; 1TH7 A; 5LJ3 h; 2E65 A; 2FYK A; 2FB7 A; 4C8Q F; 2YHT A; 1I8F A; 3PGG A; 4MML A; 4Y91 A; 3JCM d; 3JCM J; 4M77 A; 1U1T A; 1M8V A; 5GAM g; 1WQW A; 3HFN A; 4M7D F; 4M78 C; 2DVE A; 2EWN A; 4J6X A; 4A53 A; 4C92 D; 5LJ3 d; 5GAN 8; 4HT8 A; 1YCY A; 1Y96 A; 3JB9 F; 1WPY A; 3BDU A; 1MGQ A; 4PJO F; 2HNI A; 3HSB A; 5CAI A; 3GIB A; 2E10 A; 2I2L A; 5GAO q; 1WQ7 A; 5GMK e; 4M77 D; 2Y90 A; 1LJO A; 3RUX A; 3V8K A; 2EJG A; 4DQ2 A; 4EMK A; 1M5Q 1; 4PNO A; 5LJ3 j; 5GAN 7; 3SB2 A; 4EMK C; 4M78 F; 2DTO A; 1B34 A; 2DTH A; 4C92 G; 4XTU A; 4C92 B; 4PJO A; 3L1A A; 3JB9 I; 3FJP A; 2DZ9 A; 2DEQ A; 1D3B A; 4C8Q D; 3JCM W; 4M7A F; 4F7U E; 4PJO C; 4XTV A; 3QUI A; 5GAO n; 3JCM g; 3EFS A; 3M4G A; 3RIR A; 3FIF A; 3JCM Q; 2ZGW A; 4M77 G; 2CGH A; 4M77 B; 4PJO E; 1I4K 1; 1BIA A; 2RB6 A; 2DZC A; 3AHU A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3EGD A; 1K0X A; 3HRS A; 2DIQ A; 3PIO A; 1JXM A; 2RI2 A; 2NWM A; 4XU1 A; 4A4K A; 5KE2 A; 1NBE B; 4J9C A; 2COZ A; 5FU6 C; 2QQR A; 5IHK A; 4M75 F; 5GAN 5; 2K79 A; 5GAN j; 4ZTJ A; 2CP2 A; 4EMG A; 2EQK A; 3CCJ Q; 1NYF A; 1W2B S; 3J80 E; 5LJ5 j; 2HBP A; 3CCE Q; 4KGV B; 3KXT A; 1VQ6 Q; 2VUB A; 5GAM j; 2OJ2 A; 2BIV A; 2SEM A; 4XTY A; 3CC2 Q; 1W2B P; 1WJS A; 3CCL A; 4FL6 A; 2DBK A; 2WSF E; 1BB9 A; 1UEB A; 1WZO A; 2KT8 A; 3CPW A; 3V7R A; 3NPF A; 3QYG B; 2FL7 A; 2D6F A; 2LCC A; 4LDV A; 3VS0 A; 4HVU A; 4JS5 A; 1ZHI A; 4C92 F; 1UUE A; 4C8Q C; 5GAO m; 2ED0 A; 5C0M A; 1UHF A; 2JUF A; 1KIK A; 5GMK l; 4JUV A; 2YLB A; 4QVZ A; 2DF6 A; 1UGS B; 1NLP C; 3AT1 B; 5LJ3 h; 1NEB A; 3H0H A; 4BD3 A; 1YWP A; 2NLU A; 1SRM A; 1YJN Q; 5FLX E; 1WHL A; 3GP8 A; 4M78 C; 4J6X A; 1SEM A; 1GCP A; 2DET A; 2EFI A; 4A4E A; 2HL3 A; 3OB9 A; 3WVE B; 3OS2 A; 4M77 D; 1VQK Q; 2Y90 A; 1Q86 C; 1VQ9 T; 3E2U A; 3PVQ A; 2DTO A; 1VQ5 A; 2LCL A; 5J39 A; 1F1B B; 3FIF A; 2CGH A; 2COY A; 1Q81 U; 2RF0 A; 1VQM Q; 4M78 A; 4PFZ A; 3EGX A; 4ZGE B; 3OYY A; 4ELZ C; 4PJO D; 1VQ7 Q; 4M75 A; 1G2B A; 5CCA A; 4M7A C; 4X9C A; 1PRM C; 1HK9 A; 3H0I A; 2L3R A; 2LT1 A; 2HCK A; 4EMK B; 2F69 A; 1B34 B; 1MMG A; 1QWF A; 4B9X A; 3ASK A; 1N6A A; 1MMA A; 3N5B B; 1N9R A; 2DYB A; 2ESW A; 2O2O A; 5CKD A; 1YI2 T; 2PTK A; 1KQ2 A; 1GFC A; 1RL2 A; 2J06 A; 2KRN A; 4JPB W; 4CC3 A; 2CZ6 B; 2GTJ A; 4J6Y A; 5IAY A; 2ECZ A; 2JM8 A; 2CYZ B; 1VYU A; 1UGP B; 3SWN C; 1G5V A; 3CCM T; 3EG3 A; 4Y28 E; 4C92 A; 4CI0 C; 3CME A; 2X4W A; 1K73 C; 1VYV A; 2LQW A; 3M59 A; 2JJ9 A; 3RES A; 1VIE A; 1ZQ1 A; 2GNC A; 3HL8 A; 4M7D G; 1HD3 A; 1V76 A; 1VIF A; 4GBQ A; 3CCS A; 3QII A; 1ZSZ A; 2GQV A; 3C94 A; 1YHQ T; 1FMK A; 1OPL A; 1NJI R; 1CKB A; 1K9A A; 2MAM A; 4QW2 A; 1HXD A; 4C5E A; 2OTJ T; 4XAX B; 1QMC A; 5IHN A; 1GXI E; 1FMW A; 2BZ8 A; 2E64 A; 3CC7 A; 4JRP A; 4C5G A; 3EHR A; 1MMD A; 4Y91 A; 2PVG B; 1S1N A; 2HMA A; 3QPH A; 1WI7 A; 2M51 A; 3PT9 A; 2P0K A; 3L2Q A; 1QLY A; 4E47 A; 2QEX Q; 2A0F B; 4BY6 B; 2FHD A; 5GAO q; 2KSS A; 3KUF A; 3R6O A; 1G8X A; 4FU6 A; 5C6S A; 4YTL A; 5LJ3 j; 3QBY A; 2KBT A; 4DA4 A; 2CZ1 B; 1S72 Q; 1K9M R; 1H92 A; 1UJY A; 2AHJ B; 3G4S Q; 1GCQ C; 2KY9 A; 2Y4X A; 3P8D A; 5KYX B; 3SDZ A; 4OMQ A; 2NYS A; 3RKX A; 3FJ5 A; 1KC8 C; 4FM4 B; 4BB7 A; 5LJ5 f; 3HP9 A; 2XD0 A; 3QWX X; 5GAM f; 2P4T A; 4F7U A; 1VQN T; 1K8A R; 4WTO B; 3JB9 G; 1N8R R; 3VS4 A; 2MOX A; 2DYI A; 4CRI A; 2PVO B; 2DLP A; 3GBQ A; 4R0K A; 4Z02 A; 1WXU A; 5A2Q E; 4P5N A; 3CCQ T; 2XI9 A; 4AFS C; 1RAG B; 3E9G A; 3I56 A; 5I21 A; 2E6N A; 1X75 C; 2CUB A; 1U06 A; 2GGR A; 3L2W A; 2OAW A; 2X3X D; 2IIM A; 5LJ5 g; 3OYI A; 4XU2 A; 3RMS A; 4M77 C; 1AZE A; 1VQL T; 1X01 A; 3M0S A; 4OVA A; 4Z8A A; 3CME Q; 5HCK A; 5GAO r; 3IQL A; 5L8R E; 3OYF A; 4M75 B; 3CCU A; 1W1F A; 5GMK i; 3JCM h; 4ZTF A; 1VQ9 A; 3NFC A; 4KH0 B; 1UE9 A; 3WVD B; 5GMK h; 3OYJ A; 3CCJ T; 5FRM A; 2EKO A; 1M2V B; 3CCE T; 1P92 A; 2NUT B; 4M77 A; 2FZK B; 3CC2 T; 1D0Z A; 1IGU A; 5EG2 A; 3LYI A; 1MV3 A; 3A8H B; 4OML A; 2AZS A; 1WDX A; 2FEI A; 4J9D A; 1ZX6 A; 1G3S A; 2DX1 A; 9ATC B; 1OX8 A; 1Y0M A; 5GAN 7; 4QQG A; 4C92 B; 4PJO A; 2VGM A; 3ER0 A; 1BI3 A; 1Y7X A; 2E3H A; 3TEE A; 3HTR A; 2I0N A; 3G6E A; 4FT2 A; 3E1S A; 5GAN 6; 5KYW A; 2VKN A; 2VXE A; 1M8M A; 3CD6 T; 3CCV Q; 4J9H A; 2A28 A; 4AFZ C; 3QJY A; 4RTV A; 4C0G A; 5DLQ E; 2QK0 A; 2K4Y A; 4RTT A; 4C0D B; 2GFA A; 5HY6 A; 3UDC A; 4HXJ A; 1DJ7 B; 4PL6 A; 1VQ4 T; 5KYU A; 1R0C B; 3OYA A; 1MV0 B; 3A8G B; 3I56 Q; 1VQM T; 4FIB A; 3M53 A; 1VQ7 T; 4LNP A; 3QZ9 B; 4ZN1 A; 1YJ9 A; 1EFN A; 1FMV A; 2XID A; 1UGQ B; 3L2V A; 2LVM A; 3JCM P; 1WJQ A; 1T0H A; 3MEA A; 2KXC A; 2FG0 A; 4JDS A; 2FPE A; 1H3H A; 1VOM A; 1G3W A; 1NPR A; 5LJ3 f; 4OGC A; 4A4F A; 4LD6 A; 2E65 A; 2LMJ A; 3JCM J; 1QVF S; 3CCU Q; 3C4S A; 1T0J A; 1YIT Q; 2LDM A; 1YIJ Q; 2JVV A; 1EZZ B; 5CK9 A; 2NUP A; 4CC2 A; 5GAN 8; 2RI3 A; 3BDU A; 4OB0 B; 1ZA2 B; 2HNI A; 1QVF P; 2I2L A; 2XDD A; 3M58 A; 3MP6 A; 3GPL A; 1T3S A; 3RDV A; 1M1K C; 4IIM A; 3CCL T; 3JB9 I; 4E7S A; 2XMF A; 2D0N A; 4KUI A; 1Y07 A; 1KHI A; 2BTT A; 4CC4 B; 4HKE A; 4HCC A; 5LJ3 g; 2JT4 A; 2X35 A; 2P4R A; 3GOX A; 1EIF A; 1BCO A; 3DB4 A; 4M7D F; 3QO3 A; 4ESR A; 4L6V 5; 4MZP A; 4JRI A; 3G6E Q; 1NZ9 A; 1FYN A; 5FWB A; 1IXD A; 3CXC S; 3R6N A; 1ZUY A; 5CKE A; 3JSC A; 2MCN A; 3CMA A; 2K57 A; 2J6K A; 5GAN h; 2CRE A; 1D1B A; 1KD1 U; 3REB B; 2E6Z A; 1U5S A; 3VYG A; 2E41 A; 1PSF A; 1B7T A; 2RK1 A; 1QVF A; 5I11 A; 4PJL A; 2B8A A; 1WGS A; 1QKW A; 2VXF A; 4N0A A; 2HSP A; 2MPX C; 4XTZ A; 2DIG A; 3DB3 A; 3CCE A; 3I5R A; 4RCB A; 4HVW A; 2R57 A; 4M75 D; 4PKC C; 1VQ6 A; 5DY9 A; 3QZ5 B; 2A08 A; 4J8O A; 2DBM A; 2RJD A; 4FCY A; 3BDL A; 2XKO C; 4KUL A; 2HDA A; 3O8V A; 5D6W A; 4ELY C; 3NMZ C; 1Q7Y C; 2KQW A; 3H41 A; 2X9H A; 2ZPI B; 2LX9 A; 1W4S A; 1WHH A; 5J3B A; 2OX7 A; 1NLO C; 1PHT A; 2JTM A; 4C92 D; 1JJ2 S; 3JB9 F; 3LGL A; 1PC0 A; 5CAI A; 2ROT A; 5GMK e; 4HVV A; 4LXC A; 1M90 U; 1Q86 R; 2DNU A; 3BE3 A; 1YCS B; 4EMK A; 1VQO A; 4N4G A; 3CXC A; 1YJN A; 3SB2 A; 1JJ2 P; 1B34 A; 3MET A; 3VS7 A; 1X43 A; 4ME7 A; 4FYY B; 3CME T; 1JO8 A; 1WHM A; 1AOJ A; 3M4G A; 3OS1 A; 4LDU A; 1VQK A; 2LNV A; 2QQB A; 4J9E A; 2D8H A; 3FLG A; 3CCS T; 1M4Z A; 4MDW A; 1AWJ A; 3JRZ A; 3HRT A; 2DL3 A; 3D7S B; 2KRM A; 1CKA A; 2X4X A; 4DEY A; 3L2U A; 2PU9 B; 3BW1 A; 1R77 A; 3CPW P; 2L3S A; 1Q82 C; 3V8J A; 1SHG A; 4XU3 A; 4ANJ A; 4JRQ A; 1FXX A; 2RI5 A; 1X6B A; 2K5F A; 5HK0 A; 2FRY A; 3G71 Q; 2E4H A; 2NUP B; 2G6F X; 3LLR A; 4BY6 C; 1PD1 A; 4M7D E; 5KCO A; 3A8L B; 2JMC A; 3VUB A; 3CMA Q; 3I9Q A; 1K73 R; 1JJ2 A; 4DBH A; 1Z9Z A; 1LCK A; 4A4G A; 4ORZ A; 2K6D A; 4BUG A; 1OV3 A; 4LDX A; 3UF4 A; 2KYM A; 2RM4 A; 4XU0 A; 2CZ0 B; 3DKM A; 1GRI A; 3JCM f; 3CBP A; 1KQS S; 4EPC A; 5CQY A; 4BE0 A; 1BBZ A; 2ZPE B; 2QQ9 A; 3SD4 A; 3OYL A; 2PUK B; 3OSV A; 1QVG A; 2M1H A; 4E7J A; 5FU7 C; 2BE7 D; 1R0B G; 5KYX A; 1C6V X; 5CIU A; 4A53 A; 3I56 T; 2EYY A; 5DM7 R; 3VJP A; 3OMG A; 4FW2 A; 2QA4 A; 4J9F A; 4AFQ C; 2FO0 A; 2V26 A; 1QP3 A; 4IUU A; 4DQ2 A; 3PNW C; 1SRL A; 2K2M A; 2GQI A; 4MDX A; 3FJP A; 5AT1 B; 1BI0 A; 2QEX A; 3JCM W; 3J7A F; 4M7A F; 3JCM g; 2AKK A; 2C0T A; 3UPU A; 8ATC B; 1VQO Q; 1OEB A; 3KFV A; 1E6H A; 4RKU E; 1KC8 R; 3A8M B; 1TG0 A; 3J81 E; 1M30 A; 4M75 C; 1S72 A; 4E7K A; 4XQ3 A; 3CCU T; 1YFN A; 3G4S A; 3MJX A; 3OYN A; 1BI1 A; 1KJW A; 1YIJ T; 2CSQ A; 3VS2 A; 4Z88 A; 4JRK A; 2K3X A; 2JN0 A; 1AWO A; 2F2V A; 3THK A; 4D8D A; 3QKJ A; 1KQS A; 3L2Z A; 2L8D A; 2HBW A; 1X2K A; 2EAY A; 3GLX A; 3NHN A; 2EQM A; 3I55 A; 5A0L A; 2YLC A; 1YN8 A; 1I5O B; 3H8Z A; 4AMC A; 4R56 A; 2KE9 A; 4C92 C; 2KAF A; 2O4X B; 2ZCF B; 1M2V A; 1KHC A; 3C12 A; 1E7O A; 2NUT A; 5GAN e; 1QCN A; 1JU5 C; 1OX9 A; 4M7D B; 1Q81 C; 1RUW A; 4DBF A; 1ZSZ C; 3CCR Q; 5LJ5 e; 2CSI A; 3G6E T; 2X51 A; 5GAM e; 4C8Q E; 5KYY B; 2BUD A; 3O5Z A; 5GAO p; 2AK5 A; 2EJ9 A; 4ZN3 A; 3VV0 A; 1I8F A; 4OGE A; 4C0D C; 2FZC B; 2LRQ A; 2JXB A; 2O9S A; 3MHX A; 4LDW A; 4LDY A; 1TXQ A; 4HCB A; 1MND A; 4LD9 K; 1VQ8 Q; 2DAQ A; 3QJ6 A; 1NYG A; 4KT0 E; 2BZY A; 2DZ9 A; 1KK7 A; 2FRW A; 2RHI A; 2QA4 Q; 2MIO A; 2KRO A; 4OB3 B; 2P0P A; 3EG9 B; 4J83 A; 5L23 A; 4EMH A; 5GMK m; 1YJ9 T; 2QAZ A; 3V8L A; 4NS5 A; 3L42 A; 4LE9 A; 2W10 A; 4M7A E; 1YBY A; 1X27 A; 4K11 A; 1VYT A; 4JJC A; 4QT7 A; 2EYQ A; 1SF9 A; 2DO3 A; 2J6F A; 3EGU A; 1IHV A; 4HA8 A; 2NUZ A; 2WSC E; 4J7F A; 4X1V A; 3VU3 C; 5GAN f; 3CCV A; 3BY7 A; 1JEG A; 4N4H A; 2EPD A; 2SRC A; 2LNH B; 4D8K A; 5IT9 E; 1PG5 B; 5CO7 A; 1U1S A; 1RI0 A; 1HJD A; 1WIE A; 3C95 A; 4WCI A; 3LWH A; 1K1Z A; 4OB2 B; 4GLM A; 4LN2 A; 4RCC A; 5I2M A; 3URG A; 3I55 Q; 2BZX A; 1BI2 A; 2O88 A; 2FPD A; 4LUD A; 4A54 A; 5GAN g; 3G71 T; 1QW1 A; 2LZ6 B; 2ROL A; 2HQH A; 4DBR A; 4AFU C; 3FC3 A; 2FPF A; 2HAX A; 2CDT A; 5GAM g; 1ZBJ A; 4OMO A; 2CKK A; 1OU9 A; 1QCO A; 1ARK A; 1ABO A; 3CMA T; 4F17 A; 1U3O A; 1WQ7 A; 2O01 E; 1M1K R; 1YIT A; 1YIJ A; 2XU8 A; 4C5H A; 2K3B A; 2C0I A; 3VS6 A; 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