The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
26
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sequence length |
106
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structure length |
106
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Chain Sequence |
SSPKRPYLLRAYYDWLVDNSFTPYLVVDATYLGVNVPVECVKDGQIVLNLSASATGNLQLTNDFIQFNARFKGVSRELYIPMGAALAIYARENGDGVMFEPEEIYD
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Stringent starvation protein B homolog
|
| publication title |
Nucleotide-Dependent Substrate Handoff from the SspB Adaptor to the AAA+ ClpXP Protease.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Haemophilus influenzae
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| total genus |
26
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| structure length |
106
|
| sequence length |
106
|
| chains with identical sequence |
B
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2004-06-30 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1TWB A; 1OU8 A; 1YFN A; 1ZSZ C; 1OX8 A; 1ZSZ B; 1OX9 A; 2QAS A; 2NYS A; 2QAZ A; 1OU9 A; 1ZSZ A; 1OUL A; #chains in the Genus database with same CATH topology 3RR6 A; 3UA7 A; 2GTJ A; 2RHU A; 1UFF A; 3H0F A; 1QP2 A; 1RLQ C; 4JRQ A; 2M02 A; 3E2U A; 3AHU A; 2LNH B; 2JJ9 A; 3MP6 A; 4L59 A; 3SWN A; 1FWZ A; 4KT0 E; 2FRW A; 1VQN Q; 2RHI A; 1GBR A; 2MMP A; 1U1T A; 1GCQ A; 2MWP A; 4M77 E; 1XQH A; 3GOX A; 7AT1 B; 2EQJ A; 1BI3 A; 1JO8 A; 1U5S A; 2LQN A; 2ZPB B; 2EJG A; 4E7H A; 2VGM A; 1YJN Q; 2RJF A; 1U3O A; 1WI7 A; 5KYY B; 4FCY A; 3CC7 Q; 2F1L A; 4LD6 A; 1VQ6 A; 3GNF B; 1K76 A; 2HSE B; 1UG1 A; 1JXO A; 3DKM A; 2COW A; 4IKF A; 1W2B P; 4N0A C; 3PVQ A; 5HKC A; 3WVE B; 3RBB B; 1TUD A; 3LLR A; 4JDS A; 4Y28 E; 3CMA A; 4J9C A; 1TUG B; 1Q82 U; 2E65 A; 5IXB A; 2LNV A; 1UTI A; 2KRN A; 4KGX B; 2GCX A; 4M78 F; 4C0F A; 2B8A A; 2KNB B; 4KH0 B; 2D0Q B; 4DA4 A; 4PLL A; 5AYF A; 2E5K A; 3M4Y A; 4PFO A; 4RTX A; 2EJF A; 2CSI A; 2ZPH B; 1OU9 A; 2F2W A; 4RTZ A; 4M78 C; 2QK0 A; 1M8V A; 3X28 B; 1UJY A; 2QTX A; 2AZV A; 4JRI A; 1WYX A; 1WXB A; 5C6S A; 1AWJ A; 1BBZ A; 2HBW A; 4FYV B; 3FEO A; 3LH5 A; 3MO8 A; 4KUI A; 4JJC A; 1JBM A; 3EGD B; 1NBE B; 2DJQ A; 4LUD A; 2LCC A; 1NLP C; 2XDP A; 4EPC A; 1X43 A; 4JJD A; 2JMA A; 1I0C A; 1YBY A; 3LW5 E; 2JNG A; 1ZSZ B; 3EG3 A; 5GMK m; 5IHK A; 3PNW C; 1Z9Z A; 4NL2 A; 2FO0 A; 1TTH B; 2GBQ A; 3E9F A; 3LWI A; 1U06 A; 3C94 A; 1KD1 U; 3OYF A; 5CKD A; 2YLB A; 3A8O B; 1D1C A; 3URG A; 1YJW T; 5HK0 A; 2LRQ A; 2RHZ A; 3JB9 G; 1N8R R; 1NG2 A; 2MPX C; 5J26 A; 1YJ9 A; 2RQU A; 5CVI A; 2DMO A; 3MPU B; 3JB9 D; 3TSW A; 1QKW A; 1Z9Q A; 2KE9 A; 2KYB A; 2K6D A; 2P0Q A; 2RQW A; 1V1C A; 4KGZ B; 3VV0 A; 3HRT A; 1YHQ A; 2NWM A; 4NL3 A; 3EG1 A; 4M75 F; 1WIE A; 2OX7 A; 1D3B A; 2RI2 A; 2KMT A; 4C5H A; 2F69 A; 1M90 R; 2EYQ A; 2Y4X A; 2AZS A; 1KIK A; 5FU6 C; 4M75 C; 2FL7 A; 1FMV A; 2LTO A; 1KC8 U; 2DK3 A; 4II1 A; 5GAN 5; 4D8K A; 5FRM A; 3I5S A; 1KSW A; 1VIF A; 2E6N A; 3ZEH A; 3VJP A; 3GIB A; 4OMN A; 4AFQ C; 2QYZ A; 2DVE A; 1Q86 U; 4J9E A; 5FRO A; 1RAI B; 1QWF A; 2D1X A; 1WHH A; 3M55 A; 2KR3 A; 5GAN 4; 2O9V A; 2NUT A; 1S1N A; 4E47 A; 5CQY A; 4DBF A; 4HCC A; 2M0Y A; 4OP0 A; 3OBY A; 3CCU A; 4M7A D; 5A0D A; 4R55 A; 2DIQ A; 1QCN A; 3CPF A; 4O5V A; 4PJO B; 3OA6 A; 2OTL T; 1MV3 A; 2E64 A; 3KUF A; 4FSX A; 4BY6 B; 2DL7 A; 3JSC A; 3M0S A; 3I56 A; 1YJW Q; 3PMT A; 2PU9 B; 1PHT A; 3EAE A; 3A8H B; 3NPF A; 3EHR A; 3RNJ A; 2KRM A; 2ZPF B; 5GAO r; 1JJ2 A; 2EFI A; 2C0O A; 2EKO A; 1YP5 A; 2DA9 A; 3RKX A; 5GAN h; 4MML A; 2RJE A; 4C92 D; 4ESR A; 2RNA A; 1ZUK A; 4R56 A; 1I8F A; 4RCB A; 1RAH B; 5GAM h; 2XK0 A; 2YHT A; 3CC2 T; 2L5Q A; 3MJX A; 1NYF A; 2HDA A; 5KYW B; 4C8Q A; 3CCE T; 4KUD K; 2LMJ A; 1S72 A; 1XOV A; 1M3A A; 4B6M A; 1AWX A; 1D0X A; 2Y4Y A; 2FG0 A; 1OQK A; 5GJV B; 5EG2 A; 3I35 A; 2A7Y A; 2RD1 A; 3J7A F; 4F16 A; 1WHK A; 2CH4 A; 4E7S A; 3EG0 A; 2L3S A; 2YSQ A; 3MP1 A; 3ME9 A; 3A8L B; 4C0G A; 3L42 A; 4KH1 B; 4XTX A; 1I5L A; 4J6W A; 3H41 A; 1OOT A; 2NUP B; 1AVZ C; 4HCB A; 5KCO A; 1YNZ A; 1OEB A; 5I22 A; 1QVF P; 3M59 A; 4Y92 A; 4M77 F; 3BY7 A; 3D7S B; 4MDX A; 5GAO n; 4J9D A; 4QQD A; 1NLO C; 2XIC A; 4ZGJ B; 1PSE A; 2QAS A; 3EH1 A; 1NPP A; 2JUF A; 3X20 B; 2EKH A; 2EW3 A; 1UB4 A; 2VV5 A; 2OTL Q; 3WVD B; 6AT1 B; 4M77 C; 5GAN g; 1T3L A; 1JJ2 S; 1G3W A; 2DTH A; 3RIR A; 4C8Q G; 4IUU A; 4J8O A; 1PKT A; 2D8H A; 2DAQ A; 4M7D A; 2CDT A; 4FT4 A; 5FWC A; 1YCS B; 4Z88 A; 2XI9 A; 2X35 A; 3CD6 A; 1SF9 A; 1CKB A; 1RAE B; 1W4S A; 1WQ7 A; 2EYY A; 3S3N A; 2E41 A; 3HP9 A; 3CCM T; 3JB9 H; 1M1K C; 1OX8 A; 2QEX A; 4JS5 A; 3M0T A; 1TSF A; 4BE1 A; 3HFN A; 2MWO A; 1QMC A; 1R8O B; 2A08 A; 2DNU A; 3CC2 Q; 4C8Q E; 2P4R A; 3QDF A; 4A63 B; 4C92 B; 3VS4 A; 3CCE Q; 2P4T A; 4X9D A; 4EMG A; 2CP0 A; 1LNX A; 1UGQ B; 4F7U B; 1G3T A; 4R0K A; 2FZK B; 1UGS B; 3OYH A; 2DXT A; 2E10 A; 1M30 A; 3CCL A; 1KHC A; 4J9G A; 3QG1 A; 2D0N A; 2OI3 A; 1OI1 A; 1OZ3 A; 1ZHI A; 1NYG A; 2DL5 A; 3S6W A; 1K73 C; 4DBR A; 2DER A; 2V1Q A; 4OMP A; 3A1P A; 2RO0 A; 2XU8 A; 3JCM h; 1RI0 A; 1YIJ T; 2H3J A; 4JS4 A; 4M4Z A; 1E6G A; 4M7D G; 3QKJ A; 4BI3 A; 1M1K R; 4PKC C; 3CC4 A; 3M56 A; 3SWN C; 3M58 A; 3BDU A; 4M7D D; 4WCI A; 5GAN 6; 4GLM A; 3CXC A; 3L2R A; 2CRE A; 1G83 A; 1K9M C; 1GCQ C; 1MMG A; 3MEV A; 1VQ7 T; 3SHW A; 3QII A; 1VQP T; 3JCM P; 1SG5 A; 3Q1J A; 1MGQ A; 3CCJ T; 5L8R E; 3RES A; 1QCF A; 1ZBJ A; 5DLO A; 1VQM A; 1B7T A; 4M78 B; 4XK8 E; 2VYT A; 5GAO l; 3MKD A; 3CCM Q; 3C12 A; 1PRM C; 2JM8 A; 2M51 A; 2DYI A; 4JRP A; 1K73 R; 3VS2 A; 2DPP B; 1EFN A; 2JOY A; 1BCM A; 3A8M B; 3OBW A; 2HAX A; 5KYX A; 1SRM A; 1VQK T; 1UGR B; 3G7Z A; 2ZCF B; 3EG9 A; 1YFN A; 2L0A A; 4N4G A; 2KY9 A; 1U1S A; 5FWB A; 1AHJ B; 2E12 A; 1NZ9 A; 2DM1 A; 1QP3 A; 4C0Z A; 2KXC A; 3VU3 C; 2KQW A; 2EYW A; 2KVQ G; 3CCS A; 2LVM A; 1AZE A; 3BDL A; 4OMO A; 4QVZ A; 4E7Z A; 1VQO A; 3JCM g; 5IHI A; 4EMH A; 4LDV A; 3EGX A; 3E9G A; 4QVC A; 1JB0 E; 1JQQ A; 2DO3 A; 2F2X A; 3JCM c; 4QVD A; 2VVK A; 1IHV A; 3I9Q A; 3OYJ A; 1VQ9 T; 1KFZ A; 3CXC S; 5GAN f; 3MEA A; 3NFC A; 4X9C A; 2ABL A; 2E3H A; 3G1J A; 1Y71 A; 2EGA A; 3MCA B; 3M5A A; 3L2U A; 2D8J A; 4LN2 A; 4BB7 A; 3KBG A; 1VQ7 Q; 4F04 B; 1WFW A; 1VQP Q; 2CYZ B; 2K79 A; 2EQK A; 2O31 A; 2NLU A; 3C0C A; 1Q95 G; 5LJ3 e; 1JEG A; 3CCJ Q; 4HT9 A; 2L8D A; 3G71 T; 4M75 B; 1D1B A; 3V7C A; 1OX9 A; 3VS1 A; 3E1S A; 4RCC A; 4JRK A; 2AT1 B; 2FZG B; 1I81 A; 3DLM A; 1VQ5 T; 1BCO A; 3QBY A; 3QXE B; 1IRX A; 2H8H A; 4PJM A; 3VS0 A; 4HCZ A; 1B07 A; 3CCQ A; 4LDU A; 3CBM A; 2QQ9 A; 1B3Q A; 2RH2 A; 2D6F A; 2EQM A; 1YI2 A; 2CUD A; 2EIF A; 2OAW A; 2QQA A; 3V8J A; 4OGC A; 1H3Z A; 5LJ5 e; 2QQR A; 2E3I A; 1SEM A; 4AFZ C; 2ATC B; 2CSQ A; 1TXQ A; 1WGS A; 3HHT B; 4PJO A; 1W6X A; 2VUB A; 1TH7 A; 2MOX A; 4WTO B; 3VUZ A; 1GFC A; 2DIG A; 2GQV A; 2DRM A; 1XJW B; 2DBM A; 1H8K A; 4RG8 A; 3JV3 A; 2GGR A; 3MEW A; 2IPO B; 4A53 A; 5LL6 S; 2R5A A; 3HFO A; 3EFS A; 2PUO B; 5GMK l; 1VYT A; 4LUE A; 4ORZ A; 1YIT T; 2E4H A; 4ZTF A; 2RPN A; 5CIU A; 3FRN A; 4KGV B; 1IO6 A; 4JLI A; 2DJZ A; 2OTJ T; 1NJI C; 2CUB A; 2RI3 A; 3VRY A; 1VQN A; 1VQ9 Q; 2HL5 C; 3FC3 A; 1KHI A; 2O4X B; 4BE2 A; 1X2Q A; 5D6Y A; 2MI6 A; 4EMK B; 1RAA B; 3EFR A; 4ZNX A; 2QA4 T; 4GLK A; 4XU1 A; 4C5I A; 3QPH A; 3OW2 A; 4OMF B; 5KYW A; 3EGU A; 3RUX A; 2AKL A; 4FL6 A; 4DBH A; 1X6B A; 2RMO A; 3CEY A; 4FYX B; 1N8R C; 1YJN A; 3GPL A; 5GMK e; 2K5I A; 3CC7 A; 1PNJ A; 2L3R A; 4DBQ A; 4J9B A; 4XU3 A; 3REB B; 2P84 A; 2KYM A; 1VQ4 Q; 3RER A; 1FMW A; 4PJO G; 3G71 Q; 4PJL A; 3LWH A; 1ARK A; 2I2L A; 3OYN A; 1BKB A; 1CSK A; 1SHF A; 4J9H A; 4C8Q F; 4PJO D; 1VQ5 Q; 4MZP A; 1KQS A; 3H8Z A; 3OSV A; 3QYG B; 1N5Z A; 4PL6 A; 4CC7 A; 2NUP A; 1EIF A; 5KCH A; 4AT1 B; 2EPD A; 4C0D B; 1M90 C; 2RHY A; 5ECA A; 3I56 T; 1D0Z A; 4XTV A; 4NOY A; 1NJI R; 3TRE A; 4X1V A; 4C8Q C; 1WHL A; 4OF1 A; 4QQG A; 1ZSG A; 2O9S A; 3VYG A; 4ANJ A; 1BYM A; 2M9U A; 3JCM f; 3CCV T; 2HD0 A; 4PJO E; 4A4K A; 1IGQ A; 2EWN A; 1MHN A; 2X4J A; 2SEM A; 2BE7 D; 1G3S A; 2BZY A; 2K3X A; 4RMO A; 3NTI A; 1WJS A; 4ATO A; 3L2Q A; 2EQU A; 3TCJ A; 4M7A A; 1WZO A; 1M4Z A; 1OPL A; 4HT8 A; 2MCN A; 3QWY A; 3TSZ A; 4B9X A; 4F17 A; 3OYD A; 1YIT Q; 2KDS A; 3KXT A; 1WPY A; 3ER0 A; 4HVW A; 2VWF A; 3PIP A; 1C6V X; 1K8A U; 2WSC E; 4OML A; 1V29 B; 4DOW A; 2OTJ Q; 3VYH B; 3OW2 S; 4WF2 A; 3S3O A; 4J83 A; 1TS9 A; 2VAS A; 4OMQ A; 1WQW A; 1QVG A; 2LJ0 A; 4DQ2 A; 2DIL A; 1BI1 A; 3REA B; 2FPE A; 2QA4 Q; 3SDZ A; 1T3S A; 3CCR T; 4C92 A; 2NUZ A; 3OYC A; 1KG1 A; 2L2P A; 1DJ7 B; 4E7I A; 2YRD A; 4QT7 A; 4F7U A; 3L1A A; 4L6V 5; 3MHX A; 2ZPI B; 2LQK A; 1JXM A; 2C0I A; 2CT3 A; 2HBP A; 3EG2 A; 2X3X D; 4M7D C; 3L2Z A; 4V2S A; 4AMC A; 1KQS S; 3LGF A; 2LZ6 B; 2QI2 A; 2XDB A; 3JCM Q; 2BKD N; 1AWO A; 2CP5 A; 1IHW A; 1M3B A; 1Q7Y C; 4J5Y A; 3ZFJ A; 3O8V A; 3JAM E; 1G2B A; 4JLG A; 3M0Q A; 4M7A G; 3TVT A; 5KYU B; 4JZ4 A; 4LDX A; 3JB9 I; 1K9M U; 1O9S A; 2CP2 A; 2LT4 A; 2WSF E; 4QQ6 A; 1IGU A; 3CCV Q; 3FIF A; 5CR2 A; 1Q81 C; 3EHQ A; 2CZ1 B; 3QZ9 B; 1UE9 A; 3M0P A; 1V76 A; 5GMK i; 3PVL A; 3L2V A; 3ZL7 C; 2VKN A; 2AK5 A; 4M7A E; 2ROL A; 3G6E T; 2QDL A; 4C92 G; 4RTT A; 5CO7 A; 2L3Q A; 2K2V A; 1W1F A; 2RK2 A; 2HQE A; 2ZGW A; 3NTK A; 5GMK j; 4F7U G; 1HK9 A; 1QVG S; 2PVO B; 1Q7Y R; 2ZPE B; 4DEY A; 1LVK A; 5HY6 A; 2ESW A; 4C92 E; 1VYV A; 1PM3 A; 1X27 A; 3CCR Q; 4A4F A; 2J05 A; 3G4S T; 1YJW A; 4PK4 A; 3GNG A; 1Y96 B; 4RKU E; 2F2V A; 1Q81 R; 2LX7 A; 1KJW A; 5C0M A; 4JUV A; 2DET A; 1Q82 C; 1WLP B; 2HNI A; 4TVR A; 3CPW A; 3OSS C; 2JTE A; 2GQI A; 3SEM A; 4D8D A; 4EIK A; 2DTO A; 4A54 A; 2JZ2 A; 2QTV A; 1PRL C; 4PLI A; 3UAT A; 5KE2 A; 3OS2 A; 1KK7 A; 4J6Y A; 4C5G A; 4IUT A; 3OYM A; 5DLQ E; 1G3Y A; 4M78 D; 4RTU A; 2JXB A; 4J6X A; 1VQL T; 2RHX A; 3L2W A; 1QKX A; 1AOJ A; 1VQ8 T; 3LX7 A; 3RMQ A; 5GAM e; 2DL4 A; 3R6O A; 4XAX B; 2EJ9 A; 1WHM A; 3QZ5 B; 1Y7X A; 1Q82 R; 3GLX A; 3CME T; 3TU4 K; 1KD1 C; 1GCP A; 3V8L A; 5IN1 A; 2YLC A; 3GBQ A; 2V1R A; 3I55 T; 5GAO q; 3UT1 A; 2KI7 A; 1P92 A; 3HL8 A; 1TUC A; 2OTL A; 2X4X A; 1VQO T; 1WJR A; 1LJO A; 3H0H A; 1H92 A; 1OUL A; 3G4S Q; 5CKF A; 5A0G A; 3E19 A; 3NGP A; 3CPW S; 5LJ3 d; 1D3B B; 3DLL A; 1YWP A; 5D6X A; 4YTL A; 5IAY A; 5KYY A; 5GAO p; 1NPR A; 3SD4 A; 1WHJ A; 3LYI A; 1W2B A; 4LE9 A; 5DM7 R; 3CC2 A; 1X6G A; 4ZTJ A; 1KD1 R; 3PE0 A; 3CCE A; 2E5Q A; 1NE8 A; 5LJ5 d; 2FYK A; 3PGG A; 1LCK A; 3DB4 A; 1HSQ A; 1WNL A; 3FLG A; 4EMK A; 3OS1 A; 3M4G A; 3RDV A; 1XNI A; 4M75 D; 1Q86 C; 1PG5 B; 4HKE A; 4PJO C; 2L3P A; 2AHJ B; 5IXF A; 1VQL Q; 4XQ3 A; 2YXY A; 4BDZ A; 2XHC A; 1VQ8 Q; 2QG9 B; 4BY6 C; 1M1G A; 3HSB A; 1Y0M A; 4M7D E; 2J7I A; 2EYX A; 4IUP A; 3QSU A; 3OMG A; 1EZZ B; 1UEC A; 1X2K A; 2RF0 A; 3VKI A; 3CME Q; 2HSP A; 2RN8 A; 2RM4 A; 3JB9 F; 4CC3 A; 1RAG B; 3ASK A; 3OB9 A; 4A4G A; 2KRO A; 3EGD A; 2O01 E; 5GJW B; 2QDY B; 1UGV A; 2A37 A; 3I55 Q; 1JJ2 P; 2BIV A; 1KC8 R; 2K7A A; 2RQR A; 3QDR B; 3NTH A; 3M0R A; 2ZAE A; 1ZSZ A; 1RAD B; 3T9N A; 5IT9 E; 2AKK A; 2MIO A; 1ZLM A; 1VQ6 T; 3X26 B; 2LQW A; 3J81 E; 2DFU A; 2EYZ A; 2WSE E; 2JS2 A; 1JU5 C; 1ABQ A; 4NS5 A; 2DZ9 A; 1RAB B; 1Q86 R; 2PVG B; 1VIE A; 2E6Z A; 2ED0 A; 4C8Q B; 3JCM W; 1MMN A; 4FYW B; 2LT1 A; 2RI5 A; 4MZM A; 3AT1 B; 3CMA T; 1HYO A; 1W2B S; 4DEX A; 4FT2 A; 2J6F A; 3CBP A; 3PTA A; 2B86 A; 2HCK A; 3CCM A; 1FXX A; 2DD5 A; 2XDD A; 1CKA A; 3OYY A; 1RAF B; 2FZC B; 3CBO A; 3V7S A; 1FX7 A; 1TG0 A; 1YIJ Q; 2RB6 A; 4Y91 A; 4UC4 A; 4VUB A; 5EC7 A; 5LJ5 h; 3UWN A; 4RG2 A; 5GAN 8; 4PNO A; 1NEG A; 2FHD A; 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