The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
25
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sequence length |
116
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structure length |
116
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Chain Sequence |
EDLMQYEAMAQDALRGVVKAALKKAAAPGGLPEPHHLYITFKTKAAGVSGPQDLLSKYPDEMTIVLQHQYWDLAPGETFFSVTLKFGGQPKRLSVPYAALTRFYDPSVQFALQFSA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase activator
|
| molecule keywords |
SspB Protein
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| publication title |
Structure of C. crescentus SspB ortholog
rcsb |
| source organism |
Caulobacter vibrioides
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| total genus |
25
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| structure length |
116
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| sequence length |
116
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| chains with identical sequence |
B, C, D
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2007-06-15 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SspB-like |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1OUL A; 2NYS A; 1ZSZ C; 1OU9 A; 2QAS A; 1YFN A; 1OU8 A; 1ZSZ A; 1OX9 A; 2QAZ A; 1ZSZ B; 1OX8 A; 1TWB A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2ROL A; 1G8X A; 4EMK A; 1M2O A; 3OYA A; 4XTU A; 2DD5 A; 2LZ6 B; 4F7U E; 2F5T X; 4OGC A; 4RUG A; 5LJ3 j; 3V7S A; 3QJ6 A; 3M55 A; 4J8O A; 3RKX A; 3LH5 A; 2LT4 A; 2DYI A; 3CCR Q; 3EHQ A; 1I81 A; 2LP5 A; 3I5S A; 2Y4X A; 2NUZ A; 4BDZ A; 4IUV A; 1ZSZ C; 3MP8 A; 2RQW A; 3HFN A; 1ZUU A; 1WQ7 A; 1D1C A; 2LQW A; 1VYT A; 2YUO A; 4AMC A; 3QHS A; 5GAN 4; 1YBY A; 3OSV A; 1ARK A; 5IT9 E; 2CZ6 B; 1TOV A; 2AK5 A; 2HL5 C; 5KCO A; 3CQT A; 4M7A D; 3H9N A; 4QVZ A; 1VQM A; 1VQK T; 3UT1 A; 2CRE A; 3QO3 A; 1GCQ C; 2QXF A; 4FT2 A; 4JDS A; 2P4T A; 2IG0 A; 2JJ9 A; 2VWF A; 3QII A; 2EGA A; 2KSS A; 1YJ9 T; 2K3X A; 1VQN A; 4LDU A; 2L89 A; 1K4U S; 1ABQ A; 1FXX A; 2EKO A; 1WGS A; 2KY9 A; 1UJ0 A; 2KR3 A; 3I55 A; 1U1S A; 2E41 A; 2AT1 B; 3QUI A; 4KBM B; 5J3B A; 2O4X A; 3L2V A; 1U06 A; 4CRI A; 1NYF A; 4C5G A; 5GAO l; 3JCM Q; 2A0F B; 1G3T A; 5FW9 A; 5CAI A; 4PJM A; 3I56 A; 4RTU A; 1HJD A; 3OYG A; 9ATC B; 3PIO A; 5D7U A; 1KC8 R; 3GNF B; 3CD6 A; 2DVE A; 2FPD A; 4BI8 B; 3T9N A; 4A54 A; 3EG1 A; 3VRZ A; 1M1K R; 1K9M C; 2E4H A; 4J83 A; 1VQ4 A; 4C92 B; 3OMG A; 4M7D C; 3CCV Q; 3DLL A; 2L2P A; 5A2Q E; 1WXB A; 4B6M A; 1RAF B; 2LT1 A; 1Q7Y C; 2M0Y A; 4BD3 A; 3I55 Q; 2XD0 A; 3TEE A; 3ZL7 C; 4B9W A; 3G6E Q; 3TVT A; 3QWY A; 1JRI A; 1WX6 A; 4J7F A; 3VS1 A; 4A53 A; 1LJO A; 5I21 A; 1AVZ C; 1IO6 A; 4J6X A; 2EGE A; 5LJ5 j; 1YI2 A; 2EQJ A; 1MHN A; 4PL6 A; 5GAO p; 3MJX A; 2D0N A; 3I56 Q; 1VQO Q; 1SSF A; 4DBQ A; 3QDR B; 3CPW S; 4BI4 A; 2ZGW A; 2EQI A; 1WDX A; 1YJN A; 1W6X A; 3VKI A; 1NPR A; 2LQ8 A; 3H8Z A; 5LJ3 d; 3QBY A; 1MMN A; 4C0Z A; 2YXY A; 3CME T; 5GAN d; 3KFV A; 4FSS A; 3BY7 A; 4M75 C; 4ORZ A; 2B86 A; 3LW5 E; 3V8K A; 2X4W A; 3HRS A; 3RBB B; 4JUV A; 5I2S A; 2MIO A; 1SF9 A; 2KT1 A; 4MML A; 3ULR B; 3QZ5 B; 4MZM A; 2EQM A; 1YHQ T; 4IUR A; 4AG2 C; 5CKD A; 4M7D F; 3E9F A; 2DLP A; 3JCM h; 2EW3 A; 4ZTF A; 2VUB A; 1YI2 Q; 5GMK l; 2CP7 A; 3L1A A; 1M3B A; 1VIE A; 1VQ6 A; 2QTX A; 2DTH A; 1NEG A; 2ESW A; 1TH7 A; 2XU8 A; 1A0N B; 2DBM A; 3JCM X; 3SB2 A; 2M02 A; 5FRO A; 3CCS A; 2EPD A; 3M0R A; 1H8K A; 1U5S A; 1S72 Q; 4P5N A; 3LGL A; 1FWZ A; 5KH6 A; 2WSF E; 1UGP B; 2NUP A; 4QQG A; 4BB7 A; 1T3L A; 2C0T A; 3M0U A; 1W2B P; 3RER A; 3H0H A; 1SRM A; 4RKU E; 3NFC A; 4X1V A; 2ZAE A; 1D0X A; 3JCM J; 4BE0 A; 1KC8 U; 4M75 F; 1M27 C; 1KD1 R; 2QK0 A; 1KQS S; 3OYN A; 4BDY A; 1RAA B; 3A8M B; 1M1K U; 2DNU A; 4M7A B; 2KK4 A; 1T3S A; 4FW1 A; 4AFS C; 3CC7 A; 3H41 A; 3RMS A; 1B07 A; 1VIF A; 1VQ6 Q; 4ZTJ A; 2HMA A; 2BIV A; 1I4K 1; 4RTT A; 2AKK A; 4IUQ A; 3CCS Q; 2KE9 A; 2D6F A; 1QLY A; 1KFZ A; 5IXF A; 3PGG A; 1NE8 A; 1SSH A; 4AFU C; 1I07 A; 4RG8 A; 3BE3 A; 5J39 A; 1ZLM A; 3NGP A; 4TVR A; 5FLX E; 1IXD A; 1PD0 A; 3VU3 C; 1YIT A; 2FEI A; 2XMF A; 3VS2 A; 4MZT A; 4FT4 A; 3JCM b; 3CBM A; 3N5B B; 5GAN 3; 3JB9 D; 3M59 A; 2P84 A; 4RCC A; 2DRK A; 3OYC A; 2O88 A; 4FYY B; 3DKM A; 2RF0 A; 2PTK A; 5L23 A; 2CP0 A; 2OTJ Q; 2K3B A; 3I35 A; 4E7I A; 3OYL A; 5LJ5 d; 1ZX6 A; 2DK3 A; 3THK A; 2KEA A; 4J9E A; 2HSP A; 1G2B A; 3JCM c; 1UE9 A; 4M78 D; 2QA4 A; 2A28 A; 1FMW A; 2ABL A; 2EWN A; 4ESR A; 1QVG S; 3OMC A; 3CC7 Q; 5DLQ E; 4BY6 B; 1ACM B; 4MZP A; 4IUU A; 4FIB A; 2HEQ A; 4J6W A; 4E7Z A; 5CCA A; 4CI0 C; 3EFO B; 2OI3 A; 4NS5 A; 3OSS C; 5GAM d; 4KGZ B; 2XI9 A; 1N27 A; 1Y71 A; 1YIT Q; 4E7S A; 1VQM T; 1SEM A; 4HVV A; 3HL8 A; 4PJJ A; 2DX1 A; 4D6W A; 2HSE B; 4Y28 E; 4KH1 B; 3PNW C; 1XQH A; 2KRS A; 2P0K A; 2KNB B; 3JB9 H; 2O01 E; 8ATC B; 1GBQ A; 1UGV A; 2RQT A; 1G5V A; 4DQ2 A; 1VQN T; 2HZY A; 3M5A A; 1QCO A; 4XTY A; 2K5L A; 2QA4 Q; 1VYU A; 3V8L A; 1M2V B; 2QQA A; 4XU0 A; 3CXC S; 1T0H A; 1HK9 A; 2QDL A; 3X28 B; 1N8R R; 2K7A A; 4LUE A; 5GJW B; 1QKX A; 1QP3 A; 1OEB A; 4K11 A; 5FU6 C; 2DVJ A; 1Q86 C; 7AT1 B; 3MEW A; 5GAN 8; 2QEX Q; 2J6F A; 1KD1 U; 2M9U A; 1PSE A; 3M9Q A; 2RM4 A; 3JCM P; 3MPU B; 3WXM B; 1RAI B; 3CCU A; 1MMG A; 4LN2 A; 2DD4 A; 3CD6 T; 4XU1 A; 2IVW A; 1VQP T; 2BZX A; 1JJ2 A; 2QAS A; 1NLO C; 4OB0 B; 5KYU B; 1QCF A; 1VQ4 T; 4C92 G; 3CCL A; 3WVE B; 1J3T A; 4OMM A; 4LD6 A; 2A36 A; 2MWP A; 1Z9Z A; 4XTX A; 4RTV A; 1PCX A; 2ZCF B; 4OML A; 3JV3 A; 1AZE A; 2EGC A; 2DMO A; 3M56 A; 2CP5 A; 1GFD A; 4N4H A; 2IPO B; 4DOW A; 2CT4 A; 1VQ9 Q; 2JMA A; 3EGD B; 4C92 A; 4Y92 A; 1M1F A; 2BTT A; 3M4Y A; 1GRI A; 1LPL A; 5KCH A; 1R8O B; 3OYI A; 1W2B A; 1TWB A; 3GP8 A; 1BI2 A; 2LTO A; 2OAW A; 2GCX A; 1KQ2 A; 2O9S A; 3VS3 A; 1O9S A; 2LQK A; 2BZY A; 4PJO C; 4KUI A; 4NOY A; 2NYS A; 1D0Z A; 4C92 E; 1B3Q A; 2DE0 X; 5CR2 A; 1YFN A; 2DEU A; 3I9Q A; 1VQ7 Q; 3G4S Q; 2HQH A; 2ECZ A; 1Q81 C; 3VYH B; 1YJN T; 4DA4 A; 2DTI A; 3TSW A; 1GFC A; 5CVI A; 3G71 Q; 2E6Z A; 4IKF A; 2RN8 A; 5CKB A; 4BI3 A; 4HCC A; 2KQW A; 4E6R A; 3JCM f; 2HBW A; 1CSK A; 3X20 B; 1F1B B; 1WIE A; 3CMA A; 4JJN K; 2KVQ G; 1M8V A; 2YLB A; 3QSU A; 1BIA A; 1R0B G; 2DER A; 4E7K A; 2BZ8 A; 2FRW A; 4QQ6 A; 3ME9 A; 3CCE A; 4J9H A; 4KT0 E; 1PNJ A; 1G3W A; 3PMI A; 3QJY A; 2VV5 A; 3Q1J A; 2FHD A; 2JXB A; 3MEV A; 5IHN A; 1K8A R; 4ZGE B; 3CC4 Q; 1I5O B; 3PVL A; 2DKG A; 4F04 B; 4HCB A; 2RQR A; 3S3O A; 4UC4 A; 1MGQ A; 1N8R U; 2ENM A; 3M0T A; 3CCR A; 4NL3 A; 2PVD B; 4M78 B; 4PJO F; 2WSC E; 1VUB A; 3VS0 A; 3OW2 S; 2VXE A; 4JZ3 A; 3OYF A; 3OQ5 A; 2PU9 B; 1QVF P; 4NL2 A; 2VGM A; 1GBR A; 4ZGD B; 1UG1 A; 2JUF A; 2EYW A; 1R0C B; 3E9G A; 1M90 R; 1MUZ A; 1KSW A; 5D6W A; 2QQS A; 4M7A G; 2RHZ A; 1RI0 A; 2MI6 A; 1IGU A; 1I1J A; 1X75 C; 2AZV A; 1KHC A; 3P8B B; 3EHR A; 4J9G A; 2LJ0 A; 3H0I A; 2MCN A; 1QWF A; 2CP6 A; 1WJR A; 4MDX A; 2VXF A; 4PFO A; 2E5Q A; 4M7A A; 1SG5 A; 1FX7 A; 1UJY A; 4PLI A; 1K1Z A; 3H0F A; 2K2V A; 3L2Z A; 4R56 A; 1EX4 A; 4L5G A; 2E64 A; 5GAO m; 1U3O A; 1UB4 A; 2ATC B; 1NLP C; 5J26 A; 1GXI E; 3P8H A; 4FSX A; 2K79 A; 4M7A E; 4C5I A; 1QQJ A; 2DFU A; 1WJQ A; 4A4G A; 3FC3 A; 3JCM d; 4M7D D; 5IHK A; 2EIF A; 2VB6 A; 3RNJ A; 1WHL A; 2X4J A; 3L2W A; 1Y57 A; 2JM8 A; 3GIB A; 2P0P A; 2RHY A; 2L5Q A; 4JJB A; 1LCK A; 1WHK A; 4LUD A; 2ZPI B; 2DTO A; 1OZ3 A; 4KRT A; 5HK0 A; 4N0A A; 2PVO B; 1YIJ T; 2FZC B; 3CC2 Q; 2NLU A; 1VQL T; 4X34 A; 4KH0 B; 5IAY A; 4EMH A; 5GAN 5; 3CCV A; 2ZPB B; 1HXD A; 2EYY A; 3HSB A; 2YWW A; 4GY5 A; 4OB3 B; 4PNO A; 4C8Q C; 1TTH B; 2DAQ A; 3MO8 A; 1RAB B; 3C94 A; 3G6E A; 1M5Q 1; 1UGQ B; 2M1H A; 2YUP A; 2HQE A; 5GAN g; 3JSC A; 3EFO A; 1VQ5 T; 1YWO A; 1IRE B; 2V26 A; 3QPH A; 4HT9 A; 4M75 D; 1TSF A; 3EH2 A; 1K8A U; 1AZG B; 3SHW A; 4M77 C; 1BKB A; 1VQO A; 3CCJ A; 1Q82 C; 3ZFJ A; 1MMD A; 2RMO A; 1VQ8 Q; 4Z89 A; 1YWP A; 1OV3 A; 2GBQ A; 2RA2 A; 4PKC C; 3CCM A; 5FU7 C; 5A0L A; 1JXO A; 2RQV A; 2F2V A; 1AD5 A; 3MP1 A; 2EJG A; 2VYT A; 3OB9 A; 1VYV A; 3L2R A; 2A37 A; 2P4R A; 4OF1 A; 4JRK A; 1ZBJ A; 1JQQ A; 3JCM W; 2E3H A; 1IHV A; 3OYJ A; 4OB1 B; 1HD3 A; 3MET A; 1M2V A; 5DM7 R; 1OOT A; 2JT4 A; 3PFS A; 4FW2 A; 1M90 U; 1K9M R; 1Y96 B; 2FVU A; 3M53 A; 4RTZ A; 3CCU T; 3CCQ T; 2HQX A; 2AHJ B; 2K3Y A; 4L6V 5; 1RAG B; 1ZUK A; 1Q7Y R; 3J7A F; 4EMK C; 4C8Q F; 3CCL T; 4E47 A; 4M7A C; 4E2F B; 1X27 A; 4C0D C; 1X6G A; 1ZSZ B; 3CCJ Q; 4KUL A; 1E6G A; 3CCM Q; 4R55 A; 2YLC A; 2JTF A; 1CKA A; 2G6F X; 1LNX A; 1S72 A; 5KYU A; 1MNE A; 2YHT A; 1WHM A; 4Y91 A; 4M77 F; 4DEX A; 1JJ2 S; 2A3L A; 2R58 A; 1AOJ A; 1QVF A; 2GGR A; 1UTI A; 3GNG A; 2EBP A; 3TSZ A; 1YP5 A; 5HK3 A; 3R6O A; 1NPP A; 1AT1 B; 3EGD A; 4FYW B; 3LLR A; 4XTZ A; 2EFI A; 4GBQ A; 2RHX A; 3A8H B; 1ZSG A; 1XOV A; 2EQU A; 3NPF A; 4N0A C; 3KXT A; 4JLG A; 3VS5 A; 4F7U F; 1M3C A; 2HNI A; 3G1J A; 3MHX A; 3M54 A; 3OYK A; 4O5V A; 2X9H A; 2IIM A; 2RI3 A; 2E5K A; 4BY6 C; 2DJZ A; 3CPW P; 1YN8 A; 3CMA T; 2W10 A; 2V1R A; 1E7O A; 4PFP A; 3REB B; 1RAD B; 3SDZ A; 2GQV A; 3VUZ A; 1ZA1 B; 4R0K A; 3CCE T; 5CKF A; 3A8G B; 3EH1 A; 2FZK B; 4OMF B; 3FJ5 A; 5LJ3 e; 1WFW A; 2KAF A; 3JB9 G; 1K0X A; 2DIG A; 3OYD A; 3GF5 A; 4EMG A; 5GAN e; 1BK2 A; 3S3M A; 2OTJ A; 2M16 A; 3AHU A; 4M7D B; 2RJC A; 5GAM g; 4E7H A; 2PUK B; 2HKQ B; 4M78 G; 2W0Z A; 3CCR T; 2K2M A; 1FMK A; 3EAE A; 5FRM A; 2EYX A; 1FYN A; 2KRO A; 5HY6 A; 3X26 B; 3URG A; 1K9M U; 3M58 A; 1BCM A; 3FJP A; 2OJ2 A; 4M78 A; 2PQW A; 1SKU B; 3VS7 A; 1V76 A; 2X4X A; 1YJW Q; 1Q7Y U; 2F5K A; 2KXC A; 6AT1 B; 1XTD A; 2Z0W A; 4JRP A; 2DPP B; 1W4S A; 2J6O A; 1WZO A; 3PE0 A; 4M78 E; 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3I56 T; 2RJD A; 3SWN B; 3HRT A; 1VQO T; 3O8V A; 1H3Z A; 1LVK A; 2DM1 A; 4JPB W; 1VQ7 A; 5DY9 A; 2GQI A; 2ZPH B; 3SD4 A; 3G4S A; 4OMO A; 1Q86 R; 1YJ9 Q; 2KRM A; 5GAM e; 5CQY A; 2ROT A; 1HSQ A; 1K73 C; 2MWO A; 2DJQ A; 5I11 A; 3G71 A; 3OYE A; 1NJI C; 1D09 B; 1OX8 A; 3CPW A; 1YCS B; 2LJ1 A; 3OS1 A; 1WYX A; 3GLX A; 2ZPF B; 1EZZ B; 1O75 A; 4D8K A; 2E70 A; 2QGG A; 4HKE A; 3REA B; 3CXC P; 3CEY A; 1BCO A; 2H3E B; 4RTW A; 2CZ0 B; 4C0G A; 4HVW A; 4WCI A; 1G3S A; 1YI2 T; 1PRL C; 1Y96 A; 2CKK A; 2CSQ A; 2V8J A; 2CUB A; 3HTR A; 4JJC A; 3QYG B; 3CC4 A; 3S6W A; 3HFO A; 3OY9 A; 1OU9 A; 3M57 A; 4ELZ C; 3RES A; 1S72 T; 5GMK h; 3SEM A; 3VJP A; 2K5F A; 4OGE A; 4VUB A; 1AWO A; 1ZSZ A; 3M0P A; 3RKY A; 1Q81 R; 3QWX X; 3NMZ C; 4AFQ C; 3M0Q A; 3PTA A; 1YCY A; 3X24 B; 1N9R A; 2CZ1 B; 1IHW A; 5CKE A; 2E12 A; 3OA6 A; 2GF7 A; 3VRY A; 1XNI A; 1GCQ A; 3EFS A; 2E10 A; 3ZEH A; 3M4G A; 2WSE E; 3A8L B; 3ER0 A; 1TUG B; 4MMK A; 2LX9 A; 2YDL A; 3A8O B; 1Y07 A; 1VQ6 T; 2FO0 A; 4OMP A; 3V8J A; 3PIP A; 3G7Z A; 2MK5 A; 1EFN A; 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