The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
14
|
sequence length |
60
|
structure length |
60
|
Chain Sequence |
RRRVRAILPYTKVPDTDEISFLKGDMFIVHNELEDGWMWVTNLRTDEQGLIVEDLVEEVG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Signaling protein
|
| molecule keywords |
Ras GTPase-activating protein 1
|
| publication title |
Crystal structure of a RAS p21 protein activator (RASA1) from Homo sapiens at 2.25 A resolution
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
14
|
| structure length |
60
|
| sequence length |
60
|
| chains with identical sequence |
B, C
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2012-06-27 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00018 | SH3_1 | SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2DBM A; 2SRC A; 1W6X A; 3NGP A; 1NM7 A; 1E7O A; 2DL3 A; 1ARK A; 2C0O A; 2QDL A; 1UGV A; 4AG2 C; 1W1F A; 2DYB A; 1VYT A; 4RTY A; 2EGA A; 4GBQ A; 1U5S A; 2JM8 A; 2B86 A; 3VS1 A; 1JQQ A; 4J9F A; 1I07 A; 1K9A A; 1E6G A; 2F2W A; 1T0J A; 1GCQ C; 4J9H A; 2C0I A; 1NYF A; 1YCS B; 3UA6 A; 5IHI A; 1UFF A; 4HVV A; 1XOV A; 2EYZ A; 4CC4 B; 4LE9 A; 2EQI A; 3R6N A; 4AG1 C; 3I9Q A; 1K1Z A; 1MV0 B; 4CC2 A; 1SHG A; 2G6F X; 2JS0 A; 2ED0 A; 1NG2 A; 1M3B A; 1ABQ A; 2E5K A; 2YDL A; 1WYX A; 3EG1 A; 2I0N A; 1GBR A; 2RMO A; 1BBZ A; 1AZG B; 4AFZ C; 1AWW A; 1QKW A; 5IH2 A; 2ED1 A; 3EHR A; 4J9I A; 1AEY A; 2CSQ A; 1WLP B; 2BZ8 A; 2GTJ A; 2CT4 A; 1G83 A; 2HEQ A; 1FMK A; 1CKA A; 2XMF A; 1WXT A; 4AFQ C; 1UTI A; 1YN8 A; 2ENM A; 1AWX A; 1AWJ A; 3GBQ A; 5I22 A; 1H8K A; 4Z88 A; 2CDT A; 2AKK A; 2J6K A; 1M30 A; 1ABO A; 1MV3 A; 2CH4 W; 3TSW A; 4R0K A; 1UUE A; 1M8M A; 4HCK A; 1QWE A; 2DLP A; 1PRL C; 1M3C A; 2M0Y A; 4M4Z A; 2FRY A; 4JZ4 A; 2OAW A; 2JMA A; 2DNU A; 2AK5 A; 1PHT A; 3VS7 A; 4D8D A; 1SSH A; 2YSQ A; 2C0T A; 3O5Z A; 1MUZ A; 1WIE A; 1GRI A; 4Z89 A; 2DMO A; 2KYB A; 1FYN A; 2EYY A; 2LQN A; 2L2P A; 3M0R A; 2EYW A; 2A37 A; 2KXC A; 2YUQ A; 5IHK A; 3C0C A; 2EBP A; 1X27 A; 2FPE A; 2K79 A; 2KRS A; 2EKH A; 1OOT A; 2J6O A; 1J3T A; 2LX7 A; 4DEY A; 2EVR A; 2D0N A; 2MIO A; 2RQU A; 4CC3 A; 2DRM A; 1KIK A; 1AWO A; 1GBQ A; 4A63 B; 4HXJ A; 2LJ1 A; 2KT1 A; 1CKB A; 2KXD A; 1ZUK A; 2FG0 A; 2L0A A; 4ZNX A; 1K0S A; 4J9C A; 3TVT A; 3VS5 A; 1T3S A; 2LJ3 A; 2X3X D; 1WX6 A; 2YUN A; 2IIM A; 1AZE A; 2JMC A; 3U23 A; 4K11 A; 1UHF A; 2O2O A; 3VS0 A; 3VRZ A; 1Z9Q A; 2V1Q A; 2J05 A; 1VYV A; 2J7I A; 1YWO A; 2HBW A; 1X69 A; 2DE0 X; 1T3L A; 4CC7 A; 2LP5 A; 1ZSG A; 1I0C A; 5HCK A; 1SRL A; 2V1R A; 2KR3 A; 1M27 C; 2H8H A; 5I11 A; 4J9B A; 2GBQ A; 3I35 A; 1HD3 A; 3SHW A; 4E6R A; 4RTX A; 3VS4 A; 2AZS A; 2KYM A; 2RQT A; 2A36 A; 3H41 A; 1N5Z A; 3PVL A; 2MCN A; 3VS2 A; 1YP5 A; 4J9E A; 3ULR B; 2NUZ A; 3M0P A; 3NMZ C; 5ECA A; 2K7A A; 2J06 A; 1WDX A; 2LNH B; 1TG0 A; 4Y92 A; 1A0N B; 1VA7 A; 4J9D A; 1PRM C; 2GGR A; 3M0S A; 4LUE A; 2W10 A; 1V1C A; 2O9V A; 2W0Z A; 4LNP A; 1CSK A; 4ESR A; 2X3W D; 2KT8 A; 3UA7 A; 4HVW A; 2VVK A; 1QLY A; 2RQR A; 2DA9 A; 4DEX A; 2RQV A; 3VS6 A; 1OPL A; 1WA7 A; 4RUG A; 4F14 A; 2LZ6 B; 1VYU A; 2F2V A; 1JXO A; 3TSZ A; 1NLO C; 1KFZ A; 2ESW A; 2AKL A; 2GQI A; 3UF4 A; 1RLQ C; 2L3S A; 4IIM A; 2SEM A; 4JPB W; 2O88 A; 2DL7 A; 1JU5 C; 2ABL A; 4ORZ A; 2CUD A; 3M0U A; 2EGC A; 1PNJ A; 2O31 A; 4J9G A; 1X2K A; 1WXU A; 3EHQ A; 1UG1 A; 2DX1 A; 1Y57 A; 1YWP A; 1KSW A; 2BZX A; 2FEI A; 2P4R A; 2K3B A; 2KGT A; 2PTK A; 4OMQ A; 1B3Q A; 4OMM A; 1GCP A; 2LMJ A; 2DRK A; 3H0H A; 1PWT A; 1ZUU A; 2K2M A; 4X1V A; 2D1X A; 2HCK A; 2CSI A; 3H0F A; 1JXM A; 3PVQ A; 1YNZ A; 1SEM A; 3SEM A; 3EG2 A; 1GL5 A; 2KEA A; 2PNI A; 1OPK A; 1U3O A; 3JV3 A; 3QWX X; 2RNA A; 2GNC A; 1GCQ A; 2KNB B; 4OMP A; 2ECZ A; 3I5R A; 2CRE A; 3ZL7 C; 1ZBJ A; 5IXF A; 4RTZ A; 1M3A A; 2JT4 A; 1NEG A; 1T0H A; 2VKN A; 5L23 A; 1H3H A; 2EPD A; 2VWF A; 3IQL A; 2FRW A; 1KJW A; 3H0I A; 4RTV A; 3NHN A; 2L3Q A; 1BU1 A; 2DM1 A; 5FWB A; 4RTT A; 2EGE A; 5FW9 A; 1X6B A; 2EYX A; 2YUP A; 4LUD A; 1Y0M A; 2JTE A; 4FSS A; 2K9G A; 1UEC A; 3QWY A; 1UJ0 A; 3REB B; 4LN2 A; 1K0X A; 4QT7 A; 2LQW A; 3PE0 A; 4WCI A; 1RUW A; 1I1J A; 5IHN A; 2RN8 A; 1W70 A; 1AVZ C; 2EW3 A; 1GFD A; 2DF6 A; 4EIK A; 1SPK A; 1JO8 A; 1PKT A; 1HSQ A; 1G2B A; 2KE9 A; 4JJC A; 2LCS A; 2MOX A; 1WXB A; 5GJW B; 2BTT A; 3VRY A; 2A08 A; 3FJ5 A; 2KRM A; 2JXB A; 1H92 A; 2OJ2 A; 1UJY A; 1WFW A; 2A28 A; 4JJD A; 2M51 A; 4OMN A; 4KRT A; 3RBB B; 3EGU A; 2L3P A; 2JW4 A; 2CT3 A; 2DL8 A; 2LJ0 A; 4GLM A; 5EC7 A; 2OI3 A; 4F17 A; 2F2X A; 2D8J A; 2JS2 A; 2HDA A; 3CQT A; 1UDL A; 1ZLM A; 1JEG A; 4RTU A; 2AZV A; 3REA B; 3THK A; 2GTO A; 3A98 A; 2JM9 A; 2RF0 A; 1K76 A; 4AFS C; 1QKX A; 2FPD A; 1NYG A; 1S1N A; 2K6D A; 1Z9Z A; 1NLP C; 2BZY A; 1ZUY A; 2KBT A; 4JJB A; 2DL5 A; 2KRN A; 1X2Q A; 1NEB A; 3M0Q A; 2DJQ A; 1GFC A; 1AD5 A; 4IIO A; 4OML A; 2ROL A; 3UAT A; 3KFV A; 2CUB A; 5IXB A; 1HJD A; 1TUD A; 2DIL A; 2NWM A; 3M0T A; 1SHF A; 1PKS A; 1OV3 A; 4JZ3 A; 1BB9 A; 4RTW A; 1SRM A; 2J6F A; 2FO0 A; 5FWC A; 1B07 A; 1LCK A; 1X6G A; 1EFN A; 1AOJ A; 2O9S A; 3EG3 A; 1RI9 A; 4Z8A A; 4AFU C; 1X43 A; 2DBK A; 2DVJ A; 3EG0 A; 2DL4 A; 1QWF A; 5GJV B; 1RLP C; 1OEB A; 4D8K A; 1UE9 A; 1BK2 A; 1E6H A; 1IO6 A; 1TUC A; 2D8H A; 4F16 A; 2RPN A; 2KRO A; 2RQW A; 3VS3 A; 4HVU A; 1UHC A; 2ROT A; 2YUO A; 3RNJ A; 3I5S A; 2YT6 A; 2PZ1 A; 2FPF A; 3NPF A; 2HSP A; 1WI7 A; 1K4U S; 1QCF A; 4OMO A; 1ZX6 A; 3LH5 A; 2CH4 A; 1U06 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2SRC A; 2DZ9 A; 3QYH B; 4M7D G; 2FHD A; 2QQA A; 1E7O A; 2DL3 A; 3HRU A; 5GAN 8; 1ARK A; 2QDL A; 5KYW A; 2DTI A; 3S3N A; 3CCR T; 3CCS Q; 2JM8 A; 2B86 A; 1JQQ A; 2V8J A; 4J9F A; 2HMA A; 2VUB A; 1K9A A; 2F2W A; 3MEW A; 5I2M A; 1T0J A; 2RO0 A; 3OS5 A; 3RDV A; 3MP8 A; 3JCM V; 1LOJ A; 2CP6 A; 3UA6 A; 2C06 A; 5IHI A; 1UFF A; 1YIT A; 1BIA A; 4Z02 A; 2YHT A; 3R6N A; 2VAS A; 2DEQ A; 4CC2 A; 4F04 B; 1HYO A; 4PJO F; 2DXU A; 5IT9 E; 2ED0 A; 2CP0 A; 3OYN A; 5KCO A; 1VQM A; 1VQ5 Q; 2E5K A; 3S3M A; 1WYX A; 1GBR A; 2QK0 A; 1AZG B; 4AFZ C; 4FYW B; 2ZZD A; 3CXC S; 2YLC A; 1KC8 R; 3CBO A; 1Q82 C; 1AEY A; 2XDB A; 5CKB A; 3URG A; 3A5Z B; 5GAN g; 4M7A C; 1AHJ B; 5GAM d; 2CT4 A; 3ASK A; 3TQ7 P; 3CMA A; 1WXT A; 3CXC A; 5EG2 A; 5DLO A; 2HL3 A; 3JCM W; 1PC0 A; 3P8D A; 3FB9 A; 2QA4 Q; 1H8K A; 1IRX A; 3QYG B; 4Z88 A; 3WVD B; 2DD4 A; 8ATC B; 3JCM e; 3OBW A; 5FU6 C; 4BI3 A; 3CCR A; 3OW2 S; 1N8R C; 4HT8 A; 1ZQ1 A; 1M8M A; 4HCK A; 3LWI A; 1QW1 A; 2DLP A; 5CQX A; 2M0Y A; 2BE9 B; 3JCM h; 4M4Z A; 2FRY A; 2OAW A; 2LVM A; 3CC7 Q; 3RIR A; 3L2V A; 2YRV A; 3OW2 A; 2EJG A; 1VQO Q; 1WHL A; 4B9X A; 4PJO C; 2NUP B; 1MUZ A; 3GOX A; 4Z89 A; 4JUV A; 1FYN A; 1AT1 B; 3M4G A; 2LQN A; 5CCA A; 3S3O A; 2EYW A; 3MEU A; 4M75 F; 2EFI A; 4O5V A; 1FWZ A; 1N6A A; 3C0C A; 2VGN A; 4M7A D; 2FPE A; 2FYK A; 2L3R A; 2LX7 A; 2QDY B; 4N4I A; 3LGL A; 2DXC A; 3X26 B; 3RER A; 3JB9 F; 1AWO A; 1MGQ A; 2XG8 D; 5HKC A; 3I55 T; 2RK2 A; 1YHQ Q; 4M7D D; 1JJ2 P; 1K0S A; 3MCA B; 4XTW A; 2LJ3 A; 2X3X D; 1W2B P; 2DK3 A; 2ZPH B; 4PJO D; 4K11 A; 2O2O A; 3VS0 A; 1YWO A; 4M78 E; 1M2O A; 2DVE A; 2H8H A; 4XU0 A; 4FW1 A; 5LJ5 e; 4J9B A; 4FL6 A; 4M75 C; 3E9G A; 3SHW A; 2DAQ A; 2KYM A; 2OTJ Q; 1N5Z A; 4J7I A; 5LJ5 h; 3QZ9 B; 2LDM A; 4C92 B; 2DEU A; 2K7A A; 3EH1 A; 2EQK A; 3CPF A; 2ATC B; 2LNH B; 4Y91 A; 1TG0 A; 2E64 A; 1IRE B; 4J5Y A; 1A0N B; 3CEY A; 1RI0 A; 3NTK A; 5FU6 B; 2O9V A; 2W0Z A; 2X3W D; 2JOY A; 3UA7 A; 3OYA A; 4HVW A; 2VVK A; 2DET A; 3JCM b; 2FL7 A; 4IUV A; 2RQV A; 3VS6 A; 2QTV A; 3CCV A; 3CCU Q; 4BDY A; 1WA7 A; 2K57 A; 2LZ6 B; 3ZEH A; 4JRK A; 3I55 A; 3CCM Q; 2AKL A; 3UF4 A; 4BI4 A; 2FB7 A; 2LCC A; 2SEM A; 3L42 A; 2O88 A; 4M75 D; 4MDX A; 4L59 A; 3M0U A; 4NL2 A; 1VQP T; 3OYE A; 2EGC A; 3X25 B; 4B6M A; 2DER A; 1Y57 A; 2BZX A; 1KSW A; 3RKY A; 2NUP A; 1Y07 A; 2DTO A; 2LTO A; 3JB9 D; 1GCP A; 1LNX A; 2BKD N; 3H0H A; 1ZUU A; 2IVW A; 2K2M A; 3H6Z A; 2D1X A; 4C8Q F; 3M54 A; 3CCJ Q; 2KVQ G; 1WHG A; 3JAM E; 3SDZ A; 3PVQ A; 1YI2 T; 4ELY C; 4OB1 B; 2HQE A; 2P0Q A; 1OPK A; 2L8D A; 2CP2 A; 5KYN A; 1I81 A; 1VOM A; 4E7J A; 3JV3 A; 9ATC B; 3UWN A; 3HFO A; 2A7Y A; 3QWX X; 2GNC A; 4RCC A; 1LPL A; 1K73 R; 1KC8 C; 4QVC A; 2CRE A; 1D09 B; 1ZBJ A; 5IXF A; 3V7C A; 2KK4 A; 4QW2 A; 2VXF A; 4C0D C; 2DJZ A; 4E47 A; 2M02 A; 3JCM f; 1T0H A; 2HSE B; 1H3H A; 2EPD A; 5LJ3 f; 2PQW A; 3JCM J; 2GFU A; 2YLB A; 4JLI A; 1Q95 G; 1QP2 A; 1D0Y A; 3CME T; 4RTT A; 2YRD A; 4XTX A; 1B34 A; 2DIG A; 2JTE A; 2ZPB B; 3BY7 A; 4KH0 B; 1UEC A; 1K9M R; 1UJ0 A; 4LN2 A; 3OYL A; 4ELZ C; 4DBR A; 1Y71 A; 5IHN A; 3A8L B; 4N0A A; 1AVZ C; 2EW3 A; 4C8Q C; 1VIE A; 2Y4X A; 2DF6 A; 4Y28 E; 3VU3 C; 1SPK A; 1VQ7 Q; 1HSQ A; 1G2B A; 2HKN A; 3HRT A; 5AYF A; 2MWP A; 3OSS C; 1Q81 R; 1WFW A; 4KRT A; 3EGU A; 1TWB A; 1KK7 A; 5GAO l; 2L3P A; 1RAE B; 4EPC A; 4ATO A; 2DL8 A; 3JCM X; 5FRO A; 1MMD A; 3A8O B; 1IGQ A; 4F17 A; 2JS2 A; 1VQ4 T; 1IHW A; 1VQK T; 2R58 A; 3TCJ A; 3REA B; 3JB9 H; 2CKK A; 3A98 A; 4XU2 A; 2JM9 A; 4JS5 A; 3GPL A; 2GF7 A; 1NYG A; 5I2S A; 1Z9Z A; 3L2W A; 4M78 F; 4PJL A; 1NLP C; 4PJO A; 4C0G A; 1ZUY A; 4KT0 E; 1KD1 U; 4QVZ A; 3M0Q A; 3QII A; 3HSB A; 1XJW B; 2OX7 A; 4MZM A; 3OS1 A; 3V8L A; 2P0P A; 5DY9 A; 3KFV A; 3RMQ A; 2NWM A; 1QVG S; 3M0T A; 1H64 1; 3CME A; 2EQJ A; 4RTW A; 5LJ5 f; 2COZ A; 1HK9 A; 5KYX A; 4FIB A; 2R5A A; 3DLL A; 4XTU A; 2F1L A; 1QVG A; 3FRN A; 4AFU C; 4CI0 C; 1M2V B; 1ZA1 B; 5CO7 A; 2DL4 A; 5GJV B; 4JRI A; 3P8B B; 1UE9 A; 4IUP A; 3HKS A; 4J83 A; 1SF9 A; 4F16 A; 1YIJ A; 5KYY B; 3VS3 A; 4HVU A; 1WJQ A; 2FVU A; 2P4T A; 2KI7 A; 3QPH A; 3JCM g; 2YT6 A; 5LJ3 g; 3NPF A; 2DD5 A; 2DKG A; 3J80 E; 4V2S A; 3OW2 P; 3A8M B; 4M78 C; 2CP7 A; 1U06 A; 1K8A R; 1W6X A; 3FDR A; 1VQK A; 2QI2 A; 2HKQ B; 1NM7 A; 3CCQ T; 2C0O A; 4M75 A; 4AG2 C; 1IHV A; 4RTY A; 3A1P A; 4GBQ A; 4C8Q B; 1U5S A; 5CVI A; 4C5H A; 2X51 A; 2RM4 A; 2FZK B; 1I07 A; 1E6G A; 4BD3 A; 2E65 A; 4PK4 A; 3CMA Q; 1R8O B; 1NYF A; 1YCS B; 1IZ6 A; 1XOV A; 4OF1 A; 2EYZ A; 3G71 Q; 2M9U A; 1NZ9 A; 2EQI A; 2KAF A; 2RI2 A; 3I9Q A; 2BIV A; 4A53 A; 3CCR Q; 1SHG A; 2F5T X; 3CD6 T; 1NG2 A; 4M78 D; 1ABQ A; 1TS9 A; 2YDL A; 3MKD A; 2LNV A; 3EG1 A; 2I0N A; 2HD0 A; 4ZGJ B; 1VQL Q; 1QKW A; 2ED1 A; 5C0M A; 1KHC A; 2E70 A; 1N9R A; 3L1A A; 3JCM Q; 2LRQ A; 5GMK j; 2JZ2 A; 2MPX C; 1G83 A; 1K73 C; 1CKA A; 1MHN A; 1UTI A; 5LJ5 g; 1BKB A; 3A8G B; 3CCQ A; 2ENM A; 1AWX A; 4IUQ A; 4PLL A; 3GNF B; 5I22 A; 3QG1 A; 2E1H A; 4ZN1 A; 1QVF S; 5GAM e; 2CDT A; 4B9W A; 2J6K A; 2CH4 W; 3TSW A; 4R0K A; 1WPY A; 3M5A A; 4F7U F; 2ZCF B; 4JZ4 A; 2JMA A; 1K9M C; 2RHU A; 5GAM h; 1QVF A; 2DNU A; 1TU0 B; 4M77 E; 1PHT A; 3SWN C; 2CYZ B; 3PIO A; 2C0T A; 3CPW P; 3O5Z A; 1WIE A; 4HKE A; 2RJE A; 2YWW A; 3PTA A; 2D0Q B; 2EYY A; 2L2P A; 4BAC A; 3M0R A; 5IN1 A; 2KXC A; 1NE8 A; 2K3Y A; 5KYY A; 2XKO C; 2YUQ A; 1YJ9 T; 3CD6 A; 1ZSZ C; 5GMK m; 1X27 A; 4XK8 E; 3L2Z A; 3SB2 A; 1RL2 A; 2KRS A; 1NJI U; 1Q81 C; 1J3T A; 2WSF E; 2XIC A; 1KD1 C; 3GF5 A; 2D0N A; 3MHX A; 4CC3 A; 2K2V A; 2K3X A; 1N9S A; 2RHY A; 2QXF A; 4M7A F; 4C92 G; 2KT1 A; 1CKB A; 4PKC C; 5KE3 A; 1W4S A; 1ZUK A; 1QQJ A; 4C8Q A; 4J9C A; 3G4S Q; 1WX6 A; 1AZE A; 3BFM A; 3U23 A; 3QSU A; 1UHF A; 2P0K A; 2KQW A; 4C5E A; 1DJ7 B; 2J05 A; 4M7D F; 1WZO A; 3CCV Q; 2HBW A; 3QZ5 B; 2LQK A; 2EIF A; 4CC7 A; 2LP5 A; 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