The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
29
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sequence length |
104
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structure length |
99
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Chain Sequence |
SQFTLYKNKDKSSAKTYPYFVDVQSDLLDNLNTRLVIPLTPIELLDHLCPTIHIDEGDFIMLTQQMTSVPVKILSEPVNELSTFRNEIIAAIDFLITGI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Toxin
|
| molecule keywords |
CcdB
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| publication title |
Structural and thermodynamic characterization of vibrio fischeri CCDB
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Vibrio fischeri
|
| total genus |
29
|
| structure length |
99
|
| sequence length |
104
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-09-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01845 | CcdB | CcdB protein |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3HPW A; 2VUB A; 5CK9 A; 5CR2 A; 3TCJ A; 3G7Z A; 4ME7 A; 5CKE A; 3VUB A; 5CKD A; 4MDX A; 4ELZ C; 4HKE A; 3JRZ A; 4MZT A; 3NFC A; 4VUB A; 2MF2 A; 5CQX A; 1UB4 A; 4MZP A; 1NE8 A; 5CQY A; 1M1F A; 3JSC A; 5HK3 A; 4OF1 A; 1X75 C; 4MZM A; 5CKB A; 5CCA A; 5CO7 A; 5HK0 A; 5DLO A; 1VUB A; 4ELY C; 5CKF A; 5CKH A; 5HKC A; 2KMT A; 2C06 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4BDZ A; 3FJP A; 1K76 A; 1K73 C; 1NM7 A; 2QQA A; 3JCM g; 4BDY A; 3PIP A; 4M7A C; 1GCP A; 1RAD B; 4ESR A; 3CC4 A; 2ROT A; 2X9H A; 3PE0 A; 3M59 A; 3AHU A; 4OML A; 5CKH A; 5HKC A; 2KGT A; 1X6B A; 4J8O A; 4LUE A; 1YP5 A; 5I2S A; 2A36 A; 4O5V A; 4GLM A; 5CKE A; 3M0S A; 5GMK e; 3CCU Q; 3EGU A; 3CCS Q; 3JCM X; 3OMC A; 4DQ2 A; 2QAZ A; 2DXB A; 3RES A; 4OGE A; 2L8D A; 2RF0 A; 2GFA A; 4C92 G; 1Y96 B; 3EG3 A; 3THK A; 2HKN A; 2K5F A; 3RKY A; 2M16 A; 4PFO A; 2J6F A; 3PIO A; 2ZCF B; 2DER A; 4J9F A; 4CRI A; 4JJB A; 4HT9 A; 4MMK A; 1Q82 U; 4HT8 A; 2DRM A; 2QGF B; 4KGZ B; 4BUG A; 4M75 C; 2EYY A; 1PCX A; 1I81 A; 1QP2 A; 6AT1 B; 3I56 T; 2QK0 A; 1MUZ A; 1WXT A; 4IUQ A; 1K8A U; 3CMA T; 2XDD A; 4BI8 B; 3EG9 A; 3LGL A; 2LJ0 A; 3R6N A; 4C92 A; 3M57 A; 3G71 Q; 1K73 U; 1I07 A; 2DL4 A; 1PSE A; 3NPF A; 4BAC A; 4J9I A; 5DY9 A; 1SRL A; 5FU7 C; 4ZGD B; 4M4Z A; 1RAH B; 2VVK A; 4KUI A; 4HA8 A; 1E6G A; 4C8Q D; 3JB9 F; 4IUR A; 3TSZ A; 2VGM A; 4MZM A; 5CCA A; 2RJC A; 4OMQ A; 2YRD A; 4LDU A; 4HCZ A; 1OZ2 A; 2V26 A; 1MMA A; 2MOX A; 2LQN A; 2YHT A; 4OMF B; 5GAN 4; 4PLL A; 4PJO E; 4WCI A; 4E7L A; 1E7O A; 4LDY A; 5KYW A; 2FVU A; 1JQQ A; 1OX8 A; 2LCL A; 2MCN A; 4C0Z A; 3OYG A; 1X43 A; 4AFQ C; 2HSP A; 2X51 A; 2QQR A; 1MMN A; 1ZSZ A; 2C0O A; 1NEG A; 4Y28 E; 4XTV A; 3MP1 A; 2E1H A; 3OYA A; 5J3B A; 3QJ6 A; 2JZ2 A; 3ZBD A; 4HXJ A; 5CKD A; 4FT2 A; 2BTT A; 4ZGJ B; 2KBT A; 4RTW A; 2MF2 A; 2HQH A; 3ZL7 C; 3HRS A; 1NE8 A; 1ZQ1 A; 3VV0 A; 4PJL A; 4Z89 A; 2RHU A; 3EG2 A; 3LWH A; 2FPE A; 3OW2 A; 2RJE A; 1KD1 C; 2B86 A; 4O6J A; 1MNE A; 4C92 B; 1NYF A; 1K0S A; 4OVA A; 3URG A; 3PNW C; 2RM4 A; 3CCL A; 1UG1 A; 2LCC A; 3Q1J A; 3MJX A; 2RD1 A; 3M9Q A; 2PNI A; 4A53 A; 3J81 E; 3CC7 T; 4II1 A; 1ZUU A; 3VYG A; 1X75 C; 1Q7Y R; 3FLG A; 1WGS A; 3C12 A; 4ELY C; 2CKK A; 4KBM B; 3LWI A; 3H8Z A; 3HPW A; 4X9C A; 4M7D C; 2LQK A; 1EZZ B; 2SEM A; 4NS5 A; 4PFZ A; 3H0F A; 2J6O A; 1QQJ A; 3C95 A; 2OAU A; 5KYY A; 3JCM d; 3OYI A; 5KYW B; 3JCM Q; 1IZ6 A; 4KRT A; 1CSK A; 3GLX A; 4WTO B; 1VUB A; 3QZ5 B; 1LCK A; 2RQU A; 1FWZ A; 2NYS A; 1JJ2 P; 3H9N A; 2PU9 B; 2CP7 A; 1GXI E; 2QA4 A; 2JXB A; 4J9E A; 2CH4 A; 4KGV B; 1U5S A; 2ZPI B; 3UA6 A; 4RG8 A; 2GF7 A; 4M78 E; 1GBR A; 5D6Y A; 5AYF A; 1KD1 U; 3M4Y A; 3CXC A; 2KRM A; 4DEX A; 2ZZD A; 3GF5 A; 1H3H A; 3OB9 A; 3UT1 A; 1YIT A; 2L2P A; 4E7J A; 2DYI A; 3QWY A; 1T0J A; 2MK5 A; 4JRQ A; 1SF9 A; 3QII A; 1WDX A; 3E2U A; 1M1K U; 1PSF A; 4QW2 A; 2F69 A; 2MAM A; 2QQB A; 3M55 A; 2FPD A; 4EPC A; 3OY9 A; 2QA4 Q; 2PQW A; 3RBB B; 4HCK A; 1RAE B; 2X3W D; 4B9X A; 1H3Z A; 3OYB A; 1XNI A; 5A0D A; 2KK4 A; 1I8F A; 1TWB A; 1B7T A; 1X01 A; 1IXD A; 4C92 D; 3L2U A; 2PTK A; 3QPH A; 3CPW A; 1WQ7 A; 3VUZ A; 2DK3 A; 5KYY B; 2CZ6 B; 3LLR A; 4J9B A; 1YIT Q; 3EGX A; 3VRZ A; 2CP6 A; 1OPL A; 3MEV A; 5CKF A; 2DJQ A; 4M7A E; 1G3Y A; 1OEB A; 1I4K 1; 5GJV B; 2NWM A; 1YIJ Q; 2CP0 A; 2CSQ A; 4XTZ A; 2E64 A; 4Y91 A; 1RI9 A; 4EDU A; 4BY6 B; 3CBO A; 3I55 T; 4M75 F; 4MZT A; 4BB7 A; 1Y57 A; 4DBH A; 1G8X A; 5L23 A; 1MMG A; 1YCS B; 3E9F A; 4XU1 A; 2R58 A; 2DFU A; 3CD6 A; 3ME9 A; 4KH0 B; 4R0K A; 3OS1 A; 5KCO A; 3PVQ A; 2J7I A; 1VYT A; 2EBP A; 2OAW A; 1GFC A; 2CUB A; 1X2Q A; 4C92 F; 1M5Q 1; 3OYL A; 2PUK B; 1BI1 A; 1TSF A; 2B8A A; 1YWP A; 5A0L A; 5FW9 A; 3GIB A; 4E7Z A; 2E5K A; 1QVF S; 2DET A; 2DEU A; 3CC2 T; 1HSQ A; 1NLP C; 3VS2 A; 3BDU A; 4EMH A; 1KHI A; 4ZTF A; 3O5Z A; 4IUT A; 3T9N A; 3V7S A; 5LJ3 h; 2OTJ A; 1PC0 A; 3HTR A; 1RUW A; 4LN2 A; 3INZ A; 3CPF A; 2VXF A; 4F7U E; 2D8H A; 3NTH A; 3MKD A; 1VQN A; 2QYZ A; 4OB2 B; 2EQM A; 1OYX A; 2YUN A; 4C0D B; 1WHK A; 4FIB A; 3RNJ A; 2K79 A; 4F17 A; 3SFM A; 3H41 A; 1PKS A; 2RA2 A; 2AIR B; 3UDC A; 1N8R R; 8AT1 B; 1JU5 C; 2L89 A; 5LJ3 g; 2V1Q A; 2COZ A; 1A0N B; 1PHT A; 3IQL A; 1K4U S; 1HYO A; 1VQ5 Q; 1BI3 A; 3CME T; 1PWT A; 1WQW A; 4R55 A; 3EFS A; 3EH2 A; 1QWE A; 2K5L A; 2NUT A; 1UTI A; 4PJO C; 3RKW A; 3ZEH A; 4XTW A; 1NPR A; 4L59 A; 1IB8 A; 3JCM J; 1WHH A; 1S72 T; 4QKU A; 4N4G A; 3DB3 A; 1VQP Q; 4QT7 A; 2DE0 X; 4J7F A; 2QAS A; 4MDX A; 1B3Q A; 3NTI A; 3L42 A; 3CCR A; 3G4S T; 5GAO q; 2EVR A; 2RQW A; 4FL6 A; 3M56 A; 2A37 A; 5GAN h; 2OJ2 A; 1YI2 A; 1BB9 A; 3HL8 A; 4FYV B; 1K8A R; 2RNA A; 2J05 A; 4X9D A; 1YJW T; 4E2F B; 3SEM A; 1VIF A; 2IIM A; 2BZ8 A; 3G6E A; 1RAA B; 2RQV A; 2KAF A; 1VQO A; 1OU8 A; 4Z8A A; 2LMJ A; 5GMK i; 3CC4 T; 2EIF A; 2YUO A; 3BDL A; 2WSC E; 5CKB A; 1VQM T; 2K9G A; 2HBP A; 2JN0 A; 4AFU C; 5GAN g; 3QO3 A; 1YJN A; 3E1S A; 2VAS A; 4AFS C; 2GTJ A; 2R5M A; 2RJD A; 4V2S A; 4MML A; 2EGA A; 1YI2 Q; 1VQ9 Q; 2X4J A; 2EGE A; 3SWN A; 3JB9 H; 2QEX A; 2YUQ A; 1IGU A; 1M2V A; 2EYZ A; 1C0M A; 4IIM A; 1IRE B; 4A4K A; 5HK3 A; 4M78 G; 1OOT A; 4QQG A; 1BBZ A; 5FRO A; 1WYX A; 3RMS A; 3VS1 A; 4OP0 A; 1WA7 A; 2NUT B; 2M02 A; 2FEI A; 2COY A; 2GNC A; 1VQ7 Q; 5M9O A; 3PGG A; 4FYW B; 4M77 G; 1TUD A; 3JCM V; 2X3X D; 1VQK A; 2M51 A; 4XTU A; 1QVP A; 4C8Q C; 3P8D A; 5EC7 A; 5LJ5 g; 1RAI B; 4PKC C; 3BY7 A; 1YHQ A; 3ZFJ A; 2IVW A; 2RK1 A; 4XTY A; 3JCM b; 3UWN A; 4FW1 A; 1PNJ A; 2EJ9 A; 1KSW A; 1YJ9 A; 4BI4 A; 1AEY A; 4XU2 A; 2FHD A; 2EJG A; 3VYH B; 3C94 A; 3V7C A; 3CCQ Q; 2KR3 A; 2P84 A; 3OS5 A; 3WVE B; 3ULR B; 1BKB A; 2EYX A; 2O9S A; 5IT9 E; 1U06 A; 4ZN3 A; 3PT9 A; 2QDY B; 1IGQ A; 1VQ6 A; 2YWW A; 2AHJ B; 3J7A F; 2FB7 A; 4ORZ A; 5GMK m; 4E7K A; 1YHQ Q; 1M2O A; 1BU1 A; 1VYV A; 3PTA A; 1VQL Q; 2BIV A; 2DIL A; 1RAF B; 1BI2 A; 3CQT A; 5IHN A; 1M2V B; 1JJ2 S; 1YJ9 Q; 1X6O A; 3M5A A; 4Y92 A; 4JPB W; 3TU4 K; 3CCS A; 1WI7 A; 1GCQ A; 3I5S A; 1AOJ A; 5EG2 A; 4TVR A; 3EGD A; 1VYU A; 1OQK A; 3MPU B; 1T0H A; 5DM7 R; 2R5A A; 1ZX6 A; 3CXC P; 4LNP A; 2LX9 A; 3UA7 A; 2OTL Q; 1AWW A; 5GMK h; 5LJ3 d; 2KT1 A; 3A8G B; 2DVE A; 1V76 A; 2E4H A; 5GAM h; 2Y4X A; 3FRN A; 1S1N A; 1IO6 A; 4J6W A; 1VQ6 Q; 4E7I A; 4B9W A; 1U8R A; 3TRE A; 2KQW A; 1WHJ A; 3L2Q A; 4M75 G; 1UHF A; 2CZ7 B; 2KRS A; 2LJ1 A; 1HK9 A; 1X27 A; 1KD1 R; 4GBQ A; 3JCM e; 3OYK A; 1OPK A; 3CCL T; 5CR2 A; 2QTX A; 4AG2 C; 5GAO p; 2V8I A; 2FZC B; 4JUV A; 4M77 B; 3G71 A; 2RJF A; 3KBG A; 5J39 A; 1M27 C; 1BCO A; 1T3S A; 2A28 A; 1ZBX A; 1D0Y A; 5GAM g; 3JB9 D; 2LZ6 B; 5GAN 8; 1JO8 A; 5KE3 A; 1K9M C; 2MYS A; 1T3L A; 4M75 A; 3SB2 A; 1JBM A; 4ZNX A; 4J9C A; 1NJI R; 3L2R A; 5IXF A; 3CCM Q; 2RMO A; 3E19 A; 3FDR A; 2DX1 A; 3CCE A; 1ABQ A; 2M9U A; 2CS7 A; 2KSS A; 4RTU A; 3REA B; 5IN1 A; 1UUE A; 2JNG A; 4AT1 B; 2DYB A; 4N4H A; 2BZY A; 3CCJ A; 4IUV A; 3RUX A; 3CCV T; 4A4F A; 5GAN d; 2ZPH B; 3EGD B; 4C5H A; 3L1A A; 2CP3 A; 3JB9 J; 2KRO A; 5IAY A; 4ZN1 A; 4JLG A; 1O9S A; 2G3R A; 2COW A; 1UJ0 A; 2E6Z A; 1H64 1; 4A4H A; 4C5I A; 4C0G A; 1M8M A; 3SHW A; 3JB9 I; 1OU9 A; 2QXF A; 4L5G A; 4DOV A; 2D0Q B; 3CCE Q; 2DRK A; 2OX7 A; 1VQ8 T; 1NG2 A; 3JCM f; 1WJR A; 2NUP B; 4QVD A; 3REB B; 1AD5 A; 2LQ8 A; 3CCJ Q; 2EQJ A; 3NGP A; 5LJ5 d; 2DXC A; 4JS5 A; 2M0O A; 1K9M U; 2L3P A; 3I5R A; 4AFZ C; 1RLP C; 1M90 R; 1ZA1 B; 4F16 A; 4AMC A; 2VKN A; 3M0P A; 4M75 B; 1MV3 A; 3C4S A; 3S6W A; 4RCB A; 5LJ3 j; 3ER0 A; 1AZG B; 3I35 A; 2RHX A; 4M7D G; 4OMN A; 2AZV A; 1I1J A; 4M77 D; 1KC8 C; 3WVD B; 2ZPF B; 2HNI A; 1WJQ A; 3P8B B; 1VQ4 T; 1H8K A; 2RHY A; 1V1C A; 4IUU A; 5FU7 B; 1ZSZ C; 1UJY A; 1QP3 A; 4XU0 A; 4EMK C; 2AT1 B; 4JRK A; 1Z9Q A; 2CZ1 B; 3GNF B; 5CQX A; 2H3E B; 1M1K C; 3CD6 T; 5CO7 A; 3RR6 A; 1W2B A; 2GBQ A; 3OYH A; 3JAM E; 1OI1 A; 2D1X A; 1EFN A; 1W1F A; 2EPD A; 2GGR A; 4M78 F; 2SRC A; 2DTO A; 1KQS S; 1GBQ A; 4HKE A; 2ZPE B; 3VKI A; 3NFC A; 2EGC A; 1V29 B; 2DZC A; 4E6R A; 4M77 F; 2MIO A; 3V8L A; 5DLO A; 3NMZ C; 1MV0 B; 4BD3 A; 4C8Q E; 3QJY A; 5GAN j; 4Z88 A; 2OTJ T; 3SD4 A; 5IH2 A; 1VQN T; 2ABL A; 4D6W A; 2KVQ G; 1OZ3 A; 2JM8 A; 3X25 B; 4A4G A; 1NPP A; 1M1F A; 3GBQ A; 4F14 A; 1PD0 A; 5IXB A; 1AVZ C; 3QYH B; 1KC8 U; 1QVG A; 1D0X A; 2FZG B; 2LC4 A; 2D6F A; 3MP6 A; 5GAM d; 2RQT A; 2IG0 A; 2F2X A; 2FL7 A; 1TH7 A; 4J9G A; 1HD3 A; 2RPN A; 4LE9 A; 1WXB A; 1SHG A; 3OYE A; 4M7A F; 4M75 D; 1TG0 A; 4BE2 A; 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3MP8 A; 1SPK A; 5KYX A; 5GAM j; 2DLP A; 2E10 A; 3CBM A; 2E3I A; 4Z02 A; 3CC7 Q; 4DBQ A; 4M7D D; 3OYC A; 4ME7 A; 3SDZ A; 4PJO A; 5A2Q E; 1EIF A; 1Y0M A; 4C92 E; 1K0X A; 5I11 A; 5GMK l; 2XK0 A; 1F1B B; 5C0M A; 3OSS C; 5LJ3 e; 1W6X A; 4XK8 E; 1PM3 A; 3FB9 A; 3JCM W; 1Q7Y U; 2W10 A; 2D8J A; 2C0T A; 1PD1 A; 1LNX A; 1X2K A; 2D9T A; 2HCK A; 5HCK A; 1Q82 R; 2VYT A; 5HK0 A; 1HXD A; 2YSQ A; 3CCU T; 3O8V A; 3CCS T; 1VQ9 A; 4JDS A; 2KMT A; 1VA7 A; 2VUB A; 4M7D F; 3BE3 A; 3OYM A; 2LT4 A; 4OB0 B; 3FEO A; 4IKF A; 2DD4 A; 4DA4 A; 4PK4 A; 1K73 R; 3V8K A; 3EHQ A; 3EHR A; 1B07 A; 1QW1 A; 4FT4 A; 2KRN A; 1VQ7 A; 5GAO l; 4OF1 A; 2Y4Y A; 2ZAE A; 2MWO A; 2X4W A; 4D8K A; 1KK7 A; 2DZ9 A; 2M1H A; 5KYX B; 1G3W A; 2XDB A; 1J3T A; 5KE2 A; 1R0B G; 1M30 A; 2DJZ A; 4FSX A; 2XKO C; 4ELZ C; 2HAX A; 1UDL A; 2JOY A; 3G71 T; 1BYM A; 1JJ2 A; 2WAC A; 4PJO B; 2D0N A; 1UGR B; 2F5T X; 4PNO A; 5GAN e; 4OMO A; 1G83 A; 4P5N A; 2PVG B; 2CH4 W; 4XQ3 A; 3OS2 A; 3CCQ A; 5LJ3 f; 2F2V A; 2Z0W A; 2CGH A; 2HQX A; 3OW2 P; 3DLM A; 1JRI A; 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