The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
9
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sequence length |
73
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structure length |
73
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Chain Sequence |
KAGAPDLKKYLDRQVFVQLNGSRKVYGVLRGYDIFLNIVLEDSIEEKVDGEKVKIGSVAIRGNSVIMIETLDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Rna binding protein/rna
|
| molecule keywords |
Pre-mRNA-splicing factor spp42
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| publication title |
Structure of a yeast spliceosome at 3.6-angstrom resolution
pubmed doi rcsb |
| total genus |
9
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| structure length |
73
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| sequence length |
73
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| chains with identical sequence |
o
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2015-08-09 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| J | PF01423 | LSM | LSM domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1WPY A; 4A54 A; 3JCM d; 2DXT A; 4C8Q D; 5LJ5 f; 3FB9 A; 2DXU A; 5GMK m; 2DKG A; 4J6X A; 2EAY A; 4XTZ A; 3RKX A; 2E1H A; 4C92 D; 5GAN f; 3RER A; 1M5Q 1; 3JCM b; 4HA8 A; 1BIA A; 4XTU A; 4NL2 A; 3L2Z A; 3JCM c; 3JCM Q; 5GAO m; 3VU3 C; 4F7U G; 2DTH A; 2DTO A; 2EJF A; 4M77 D; 5LJ5 e; 1B34 B; 2CGH A; 2YLB A; 3FJP A; 1KQ1 A; 5LJ5 j; 1N9R A; 5GAN h; 5GAN 4; 5GAO n; 3JB9 J; 3SB2 A; 2FYK A; 4F7U B; 4QVC A; 5LJ3 e; 3JCM e; 5GAN 2; 4XTY A; 3GIB A; 2JN0 A; 4RCC A; 5GAM g; 5LJ3 j; 1KQ2 A; 4M7D G; 4F7U F; 1I4K 1; 1B34 A; 1I8F A; 2EJ9 A; 2VXF A; 4M75 G; 4PJO G; 5GAM d; 3JB9 I; 5GAO r; 3SWN B; 4M75 C; 1MGQ A; 2VC8 A; 2RD1 A; 3QHS A; 1D3B B; 5DY9 A; 3JCM W; 3EFS A; 4XQ3 A; 4F7U A; 2I2L A; 5GAN 8; 4WF2 A; 4OP0 A; 4RCB A; 4M78 G; 5LJ3 f; 3JCM f; 5CAI A; 2YLC A; 4M78 C; 4XU1 A; 3JB9 G; 4M7D B; 2VXE A; 4M75 B; 5I21 A; 5GAN 5; 4PJO B; 4EMH A; 1I81 A; 1LOJ A; 4V2S A; 3BW1 A; 4XU2 A; 2RB6 A; 5LJ5 h; 4M7A G; 4XU3 A; 3V8J A; 4MML A; 4XTX A; 4M7D F; 3V7R A; 2ZGW A; 4M7A C; 4C8Q G; 4PJO F; 4M75 F; 1HK9 A; 4M78 B; 4F7U E; 3JB9 H; 2DZC A; 4HT9 A; 5GMK i; 4C92 G; 4J6W A; 3SWN C; 4J6Y A; 4NOY A; 4X9D A; 1Y96 B; 5GMK l; 4M75 A; 5LJ3 h; 3JCM h; 4PNO A; 4X9C A; 5GAM e; 3HFN A; 4M78 F; 4M7A B; 3JCM P; 2FB7 A; 1JBM A; 1I5L A; 2E65 A; 1WQ7 A; 4C8Q B; 3JB9 F; 4M7D C; 1TH7 A; 4EMK B; 4PJO C; 5GAM j; 1JRI A; 5GAO l; 4C92 B; 1WQW A; 4M77 G; 3EFR A; 3RUX A; 1BIB A; 4M78 A; 1U1S A; 3HFO A; 4M77 C; 5GAN 6; 2DJZ A; 4JRK A; 4XTV A; 3JCM V; 4NL3 A; 4M7A F; 4A53 A; 4M7D E; 4C8Q F; 1U1T A; 1Y96 A; 4M75 E; 4PJO E; 5GAN g; 2Y90 A; 5LJ5 d; 4C92 F; 5GAM f; 4M7A A; 4N0A C; 5GAN d; 4PJO D; 3RKY A; 4M77 B; 3BY7 A; 3SWN A; 3RES A; 1LNX A; 1D3B A; 4M78 E; 2DZ9 A; 2RM4 A; 3INZ A; 4MMK A; 4EMG A; 3L1A A; 4JUV A; 4C8Q C; 4QVD A; 2YHT A; 2DTI A; 4EMK C; 2RA2 A; 4M77 F; 3V7S A; 5GAN 3; 4C92 C; 2E64 A; 2DVE A; 3QO3 A; 4M7D A; 4M7A E; 4J5Y A; 4XU0 A; 4PJO A; 3JCM X; 2HNI A; 4JRI A; 4C8Q E; 1M8V A; 1WNL A; 4M77 A; 3QUI A; 3V8K A; 1X01 A; 5GAM h; 4Y91 A; 5GAO p; 4C92 E; 2EWN A; 4M7D D; 2E41 A; 3V7C A; 4M75 D; 3BDU A; 1YCY A; 3FIF A; 5GAN 7; 4XTW A; 2K57 A; 3V8L A; 2E10 A; 3AHU A; 3RKW A; 4N0A A; 2EJG A; 5LJ5 g; 1LJO A; 5GAN e; 5GAO q; 3PGG A; 4M78 D; 5GMK e; 4M77 E; 1HXD A; 1N9S A; 3M4G A; 3JB9 D; 3HSB A; 5GMK h; 5GAN j; 1H64 1; 4C8Q A; 4HT8 A; 3RIR A; 4EMK A; 2QTX A; 5GMK j; 3BFM A; 3JCM J; 3QSU A; 2DEQ A; 4C92 A; 5LJ3 g; 3JCM g; 4DQ2 A; 4JLI A; 4M7A D; 5LJ3 d; #chains in the Genus database with same CATH topology 2Y4Y A; 4J83 A; 4DA4 A; 3EG3 A; 1WIE A; 4EIK A; 1X2Q A; 2F2V A; 1UHC A; 2OTL Q; 2H3E B; 5EG2 A; 4J9H A; 2VGM A; 2DMO A; 2P0P A; 3OYK A; 3F70 A; 1VQ4 Q; 1AOJ A; 2HL3 A; 5IXF A; 4Y28 E; 4OGE A; 1S72 T; 2LNV A; 4HCC A; 1W4S A; 3QYH B; 4FT4 A; 1N9R A; 5KCO A; 2KSS A; 1K73 R; 5CKD A; 2O88 A; 5LJ3 j; 2VXF A; 3TSW A; 4FIB A; 2R5A A; 1QVF A; 1K4U S; 4J9G A; 1VQ5 A; 4M78 C; 2AZV A; 2RHY A; 3H41 A; 1UGP B; 2K6D A; 2Y4X A; 2FHD A; 4C8Q G; 3NGP A; 1B07 A; 2E3H A; 2KT1 A; 4FW1 A; 3JCM h; 1YWP A; 1UJ0 A; 2G6F X; 1ZUY A; 3M9Q A; 4GBQ A; 4F17 A; 3ZEH A; 1U1S A; 4M7D E; 4C8Q F; 2A36 A; 2COW A; 2L8D A; 4Z8A A; 1OU8 A; 3LH0 A; 1T0J A; 1VQM A; 1YHQ T; 1S1N A; 2RM4 A; 1GCQ A; 2R57 A; 2LQN A; 3S3O A; 2W0Z A; 2E6N A; 2E64 A; 1IXD A; 4HVV A; 4C5G A; 4XU0 A; 1OOT A; 4IUU A; 4FSX A; 3M55 A; 1VQP T; 1WYX A; 3NFC A; 1K0X A; 4Z02 A; 5CIU A; 1PM3 A; 1Q82 R; 5A2Q E; 3M4G A; 1GCP A; 1NZ9 A; 3JAM E; 4AFZ C; 2NUP A; 2LC4 A; 1M30 A; 4A54 A; 3P8B B; 4C8Q D; 2YUN A; 2DKG A; 3A8O B; 3TQ7 P; 4FSS A; 1BIA A; 1SHF A; 4KUD K; 2YUP A; 1ZLM A; 1U06 A; 1UHF A; 1LPL A; 2X3X D; 3OYG A; 4J7F A; 1QVP A; 2E70 A; 3EGX A; 1YIJ T; 1I07 A; 1YWO A; 4PFZ A; 2XDP A; 1M3C A; 4FU6 A; 3PMT A; 5GAN 2; 3GIB A; 2JN0 A; 3PIO A; 1WFW A; 3ZBD A; 3X20 B; 4ZNX A; 2JTE A; 1PRM C; 2DAQ A; 2GBQ A; 3SWN B; 3P8D A; 4FM4 B; 4QKU A; 2EYX A; 1VQ5 Q; 1CSK A; 2NWM A; 2VYT A; 4KUI A; 3JB9 G; 1M3A A; 5GAN 5; 1RAI B; 2FZC B; 3CCQ A; 1KG1 A; 2CP7 A; 4C0F A; 4JPB W; 2RB6 A; 5A0L A; 3TCJ A; 1NJI C; 4MML A; 4XTX A; 2YRV A; 2ZGW A; 1MMA A; 2M0Y A; 1NLP C; 5C6S A; 3CCR T; 1R77 A; 4AG2 C; 4IKF A; 1UDL A; 1M4Z A; 2AIR B; 1VQ7 T; 3JB9 F; 4EMK B; 2XID A; 2BZY A; 3EG2 A; 3A8H B; 4M78 A; 2LVM A; 4PKC C; 2L5Q A; 4PJO E; 2CZ6 B; 2QAS A; 3HHT B; 2B8A A; 1FMK A; 5GAN d; 1IRX A; 5KE3 A; 3RR6 A; 1D1B A; 1JJ2 P; 1D3B A; 3CCU T; 2LQK A; 2FPD A; 1OYX A; 2DL5 A; 2DVE A; 5KYX B; 5CQX A; 4OMF B; 1QCN A; 2L3Q A; 1X01 A; 3A8L B; 2LRQ A; 2OAU A; 1PKT A; 3TEE A; 4CRI A; 3CME A; 3I5S A; 1KHC A; 5LJ5 g; 4C0G A; 4MZM A; 2A28 A; 3LWH A; 3ME9 A; 4M77 E; 3JB9 D; 2O31 A; 1H3H A; 1VQK A; 2SEM A; 2LNH B; 2FVU A; 4CC2 A; 5D6Y A; 5GAN f; 3JCM b; 3BE3 A; 1QWE A; 4NL2 A; 4RG8 A; 2DRK A; 1YIT Q; 1YCS B; 2XK0 A; 1AEY A; 2RJC A; 4IUR A; 4C0D B; 1JQQ A; 2ROT A; 3QZ9 B; 2DD5 A; 1R0B G; 5FWB A; 2F2W A; 1PD0 A; 3UWN A; 1JJ2 A; 1I8F A; 1PC0 A; 2LP5 A; 2QTV A; 2WSE E; 1JEG A; 3MP6 A; 1D1C A; 3L2R A; 3C95 A; 5GAN 8; 4RCB A; 4JJB A; 5KE2 A; 2DPP B; 2GQV A; 4PLL A; 2M0O A; 3CC4 Q; 4LN2 A; 2DZC A; 4C5E A; 2DJQ A; 5FWC A; 4TVR A; 2O9V A; 1Y57 A; 1F1B B; 1D0X A; 2OI3 A; 1WQ7 A; 2MOX A; 1X6G A; 2PQW A; 4ZGD B; 1VQN T; 3LGF A; 1VQ6 T; 4OB1 B; 1IHW A; 2K2M A; 4DBR A; 3EFO A; 2RO0 A; 1BU1 A; 3M56 A; 2LZ6 B; 2DTI A; 2LJ3 A; 2YHT A; 4CC3 A; 1WJR A; 2J6F A; 5IAY A; 1Q7Y R; 3LLR A; 3CME Q; 1X2K A; 1AWW A; 2MAM A; 1BKB A; 1UE9 A; 1BBZ A; 5KYY A; 3QG1 A; 1M2O A; 5IH2 A; 4C0Z A; 3CD6 A; 3R6O A; 2VB6 A; 1I0C A; 2RHZ A; 5HK3 A; 1VQO T; 2C06 A; 2EKH A; 3ULR B; 2L3S A; 2E1H A; 3S3N A; 3QII A; 5DLO A; 2EQU A; 2ZPF B; 4F7U G; 1MV3 A; 3M4Y A; 1WJS A; 1M1K U; 1WGS A; 2H3J A; 3OMG A; 5M9O A; 1FWZ A; 3RMQ A; 1GRI A; 1GBR A; 1BI2 A; 2K3B A; 1OEB A; 1VQ8 T; 4FCY A; 4IIO A; 4F7U F; 1NEG A; 4A63 B; 5GAM d; 2DRM A; 5HCK A; 1YHQ Q; 2QA4 A; 1VQL T; 2VVK A; 4RUG A; 3HPW A; 1YJN A; 3OYF A; 5HK0 A; 3OYC A; 2E12 A; 1WZO A; 2NLU A; 1A0N B; 4XAX B; 5J26 A; 1VQP Q; 4J9E A; 2JM9 A; 2OTJ T; 5CKB A; 4FYY B; 1GFD A; 5GMK i; 3WVD B; 1ZUK A; 2M1H A; 2E6Z A; 1G5V A; 1JBM A; 4GLM A; 1WXB A; 4C92 B; 3I35 A; 1RI0 A; 5GAN g; 4K11 A; 5GAM f; 1SSH A; 2LJ1 A; 3RKY A; 2BTT A; 2XMF A; 3CCS A; 2RF0 A; 3C12 A; 2CZ7 B; 2JS0 A; 4LXC A; 5I22 A; 5KYN A; 1KC8 R; 1KK7 A; 1YIJ Q; 5CK9 A; 3M0P A; 4J5Y A; 4LDU A; 3QUI A; 1SRL A; 5D6X A; 3OW2 A; 3FIF A; 1SF9 A; 2V1R A; 3AHU A; 1BCM A; 2CS7 A; 3CC2 A; 3RDV A; 2KRM A; 3OS5 A; 1WHG A; 1N8R U; 4RG2 A; 4L5G A; 2EYZ A; 1J3T A; 4HKE A; 1NEB A; 3VS1 A; 1KQS S; 1WPY A; 2DXT A; 3RER A; 4J6X A; 4LDV A; 1M5Q 1; 1ZQ1 A; 1M90 R; 2ZPE B; 5LL6 S; 4Z89 A; 4AG1 C; 3CCR Q; 3ZL7 C; 4BUG A; 3G71 A; 1GFC A; 3MJX A; 2YLB A; 1VQ7 Q; 1WHL A; 1TUG B; 4KRT A; 4M4Z A; 4OMP A; 4ZGE B; 3VV0 A; 2HQH A; 5CKH A; 1YJW A; 1KD1 R; 2QA4 Q; 3QWY A; 2GFU A; 2AHJ B; 3OS1 A; 2JS2 A; 1AZE A; 3CC7 Q; 2EBP A; 5J3B A; 3EGD B; 4KH0 B; 3VS0 A; 1TS9 A; 4AT1 B; 2OTL A; 4M7D B; 4DOW A; 1VQ4 A; 1SKU B; 4M7A G; 1UB4 A; 1M8M A; 3OYN A; 3CCJ A; 4WTO B; 2ZPG B; 2P84 A; 5LJ3 h; 2RI5 A; 1RI9 A; 2I0N A; 4HCK A; 4C5H A; 1FYN A; 1Y07 A; 4Z88 A; 3CXC P; 2RJF A; 4M7A F; 4ATO A; 2ED0 A; 2EQK A; 2Y90 A; 3RNJ A; 1K8A U; 4N4I A; 4RTT A; 3CCS Q; 3LGL A; 3BY7 A; 4LUE A; 4KGZ B; 3OYM A; 3G4S T; 1PWT A; 2DLP A; 2E5K A; 3HKS A; 5IXB A; 3FDR A; 1JB0 E; 2EW3 A; 4C8Q E; 6AT1 B; 2HBP A; 2A0F B; 2CUD A; 1I5O B; 3EG9 B; 1YCY A; 3CC2 Q; 3QXE B; 4XTW A; 3VS2 A; 2E3I A; 3DB3 A; 4D6W A; 2D0Q B; 5EC7 A; 2CP0 A; 2VUB A; 4F16 A; 1UGV A; 4RMO A; 4Y92 A; 1RAD B; 3MPU B; 2K3Y A; 2E5Q A; 4PJN A; 2RJE A; 4DQ2 A; 3P8H A; 4M7A D; 2GFA A; 4EDU A; 2V26 A; 2V8J A; 2DL8 A; 3OBY A; 1FMW A; 2J6O A; 2DM1 A; 1MV0 B; 3C0C A; 1M1K C; 1T0H A; 2KR3 A; 4O6J A; 3NMZ C; 5LJ5 e; 2QQR A; 2QG9 B; 3CXC A; 4E7J A; 3FJP A; 3OMC A; 2JT4 A; 3JB9 J; 1AWJ A; 2DBM A; 3L2W A; 2FYK A; 1E6G A; 1X6O A; 3VS4 A; 1JXO A; 1SG5 A; 5GAM g; 3GP8 A; 3PE0 A; 5CR2 A; 2HCK A; 4M75 G; 1TUD A; 1C0M A; 1Q82 U; 3QHS A; 4XQ3 A; 2K7A A; 3UT1 A; 3J7A F; 2DET A; 1D09 B; 3CCL A; 2YLC A; 2JNG A; 4PJO B; 5I21 A; 4RTY A; 1G83 A; 4X34 A; 2WSF E; 2O01 E; 2NUZ A; 3CCJ Q; 5FU6 C; 3UPU A; 4M75 F; 5CVI A; 3U23 A; 1KQS P; 3QBY A; 4PL6 A; 2ED1 A; 1M2V B; 1IGU A; 2L89 A; 4DBH A; 1C6V X; 5GAN 6; 3OS2 A; 3GLX A; 1U1T A; 1U5S A; 2KXD A; 4N0A C; 4M77 B; 4J7I A; 4BDZ A; 1AT1 B; 3LX7 A; 4KBM B; 2PNI A; 1BI1 A; 3UA7 A; 1QW1 A; 2LQW A; 2A37 A; 2M9U A; 1QVG S; 4M75 D; 2KRS A; 3BDU A; 4OVA A; 4E7Z A; 3SD4 A; 2F5T X; 1SRM A; 1Q95 G; 3HRS A; 5KYW B; 1N8R C; 1I1J A; 2QEX A; 3G6E T; 1WJQ A; 3E1S A; 3S6W A; 2KY9 A; 4JLI A; 4J9F A; 3JCM d; 5FLX E; 5A0D A; 2KDS A; 1RAC B; 1KQS A; 2P0Q A; 2ECZ A; 4BE2 A; 4UC4 A; 5FRN A; 5CCA A; 1VQ9 T; 3CCE T; 3REB B; 2CSI A; 1LVK A; 1VOM A; 2IVW A; 1VA7 A; 2HDA A; 4IUQ A; 1KQ1 A; 2KE9 A; 5LJ5 j; 5GAN 4; 3I56 T; 5HKC A; 3HTR A; 5CKE A; 4O5V A; 2DIL A; 4CI0 C; 1G3T A; 1G3S A; 4C5I A; 3L42 A; 2W10 A; 2RN8 A; 1YI2 A; 1VYT A; 1AHJ B; 1MGQ A; 2RD1 A; 2KEA A; 1Q86 U; 3EFS A; 2KGT A; 3UF4 A; 1SPK A; 3CCL Q; 1D1A A; 3JCM f; 3RBB B; 1YIT A; 4A4K A; 2LJ0 A; 3QZ5 B; 4AFU C; 4ME7 A; 3EGD A; 1UUE A; 4CC7 A; 4R0K A; 2BUD A; 1YBY A; 3HFN A; 3EH2 A; 2FB7 A; 3ZFJ A; 2YUQ A; 4ANJ A; 3X24 B; 3HFO A; 4M77 C; 1TOV A; 3TRE A; 4A53 A; 1TSF A; 2QYZ A; 4BE0 A; 4JJN K; 1K8A C; 1UGR B; 1IRE B; 2HD0 A; 2DA9 A; 4LD6 A; 2VWF A; 3NHN A; 3CC4 A; 2ROL A; 2DYI A; 3QO3 A; 3PT9 A; 5KCH A; 4L59 A; 3V8K A; 2CZ1 B; 2EWN A; 1WHM A; 1IZ6 A; 2JXB A; 4N0A A; 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