The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
19
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sequence length |
95
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structure length |
95
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Chain Sequence |
PSSNGPLEGTRGKLKNKPRDRGTSPPQRAVEEFDDGEKVHLKIDPSVPNGRFHPRFDGQTGTVEGKQGDAYKVDIVDGGKEKTIIVTAAHLRRQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Ribosome
|
| molecule keywords |
23S ribosomal RNA
|
| publication title |
U2504 determines the species specificity of the A-site cleft antibiotics: the structures of tiamulin, homoharringtonine, and bruceantin bound to the ribosome.
pubmed doi rcsb |
| total genus |
19
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| structure length |
95
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| sequence length |
95
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2009-02-09 |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Ribosomal protein L21 |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 3CCL Q; 3CCJ Q; 1VQ7 Q; 1VQN Q; 1VQK Q; 1YJ9 Q; 1QVG P; 1S72 Q; 3CCV Q; 1KD1 R; 3G6E Q; 1M1K R; 1VQ8 Q; 3I55 Q; 1JJ2 P; 1VQ9 Q; 2QEX Q; 3OW2 P; 3CCS Q; 1VQO Q; 2OTL Q; 2OTJ Q; 1KQS P; 3CCM Q; 3CCR Q; 1Q7Y R; 1K73 R; 1QVF P; 3CCU Q; 3G4S Q; 1YJN Q; 3I56 Q; 1K9M R; 1N8R R; 3CCQ Q; 2QA4 Q; 1YIT Q; 3CME Q; 3CC7 Q; 1VQL Q; 1Q81 R; 1VQP Q; 1YIJ Q; 1YI2 Q; 3CXC P; 1M90 R; 3CC4 Q; 1Q82 R; 3CMA Q; 1VQ6 Q; 1KC8 R; 1VQ5 Q; 1K8A R; 3G71 Q; 3CPW P; 1VQM Q; 1W2B P; 1VQ4 Q; 1YHQ Q; 1Q86 R; 3CD6 Q; 3CC2 Q; 1YJW Q; 1NJI R; 3CCE Q; #chains in the Genus database with same CATH topology 1WA7 A; 3J80 E; 3VS0 A; 1ACM B; 2JNG A; 2BZ8 A; 2P4R A; 2KRS A; 2LP5 A; 1G8X A; 3M5A A; 1X6O A; 2LDM A; 5KYY B; 3CC7 T; 3CC4 A; 4RTU A; 4C8Q C; 1YCS B; 2M02 A; 4FCY A; 5C0M A; 5GAM h; 2CDT A; 5LJ5 h; 4HCZ A; 1Z9Z A; 1K9A A; 3CBM A; 3CCS Q; 2HDA A; 5IN1 A; 5CKH A; 4GBQ A; 1TG0 A; 3RBB B; 3M53 A; 5IHK A; 2D0N A; 2EVR A; 5GJV B; 3V7S A; 1QCN A; 4OMN A; 1W2B P; 1PWT A; 3NTK A; 3M0P A; 5FW9 A; 2ZAE A; 2DK3 A; 1IGU A; 5GAM f; 2RQU A; 2GNC A; 1Q7Y C; 1YBY A; 5IXF A; 2FZG B; 1W1F A; 3KUF A; 1M8M A; 3TVT A; 2O9V A; 1N8R U; 1VQO T; 3SEM A; 2Y90 A; 4IUQ A; 3OYG A; 4XU1 A; 3C94 A; 1JO8 A; 1UUE A; 2CP7 A; 3O5Z A; 2E6N A; 2V1R A; 1VQ7 Q; 2K6D A; 3VS4 A; 4FYX B; 4FT4 A; 2AIR B; 2FYK A; 4KUI A; 2QEX A; 1D1C A; 5KCO A; 4QQ6 A; 4N0A C; 4TVR A; 4BE0 A; 2P4T A; 4BI3 A; 3JCM d; 4R56 A; 1UJ0 A; 3CCR T; 1OEB A; 2ZPH B; 5AT1 B; 1IHV A; 3PE0 A; 2YUP A; 1M3B A; 1YN8 A; 1QCO A; 4LN2 A; 1IO6 A; 1K9M C; 3E2U A; 1D1A A; 3CXC A; 2FB7 A; 3CCV A; 2L89 A; 4M7D F; 2YWW A; 5J26 A; 1WHJ A; 4C92 A; 1WHL A; 5IHI A; 1UDL A; 4OP0 A; 3EGX A; 1ARK A; 3JCM g; 2NLU A; 2ATC B; 1M2V B; 2FPD A; 1TH7 A; 3MJX A; 1K0S A; 1VYV A; 2XDP A; 3CBP A; 3SWN A; 2M9U A; 2QAS A; 3I9Q A; 2XU8 A; 1QWF A; 4A53 A; 3RES A; 1A0N B; 2VXF A; 2MAM A; 2OTL A; 1V1C A; 1W2B A; 4C8Q F; 1WQW A; 2RI5 A; 2BZX A; 1OQK A; 1H3H A; 4XTU A; 2ECZ A; 1BK2 A; 4M77 A; 1YJN T; 2RN8 A; 1B7T A; 3PMI A; 3IQL A; 4PFP A; 2E5K A; 1Q86 U; 3CCE Q; 3E1S A; 1VQ4 T; 3OYC A; 2K2M A; 2LZ6 B; 2E41 A; 1CKA A; 4NS5 A; 1F1B B; 1Y0M A; 2ZZD A; 1YJ9 A; 2JM9 A; 1Q81 C; 4J83 A; 5J39 A; 3QUI A; 3OSS C; 4KGZ B; 4OMP A; 4ELZ C; 5M9O A; 2EJ9 A; 3V8J A; 4M4Z A; 4QVZ A; 4M7D E; 1UEC A; 3O8V A; 5I11 A; 1I5O B; 5I21 A; 4ZNX A; 4M78 A; 1M90 U; 5CKD A; 1KC8 U; 1M27 C; 2A3L A; 2BIV A; 3REB B; 3Q1J A; 4AFQ C; 3FDR A; 4Y92 A; 5IXB A; 2A36 A; 3I5S A; 3MPU B; 4OB1 B; 4JJN K; 4FW1 A; 2FZK B; 2RK1 A; 4K11 A; 2DMO A; 4C0Z A; 3M4Y A; 3EFO B; 4IUU A; 2DM1 A; 2RQW A; 1YCY A; 2DXB A; 4JRK A; 3X28 B; 3NPF A; 5ECA A; 3CC7 A; 4C8Q E; 2ENM A; 4C0F A; 2QTX A; 4RG2 A; 2VVK A; 2EYQ A; 4J8O A; 1JB0 E; 5L8R E; 5GAM j; 3GF5 A; 4C92 G; 5LJ5 j; 1UGP B; 2AZV A; 1WNL A; 3UDC A; 1K73 R; 3JB9 I; 1Y96 A; 3I56 Q; 3H0I A; 1WI7 A; 1QWE A; 4PNO A; 1QCF A; 3QII A; 2FPE A; 3CCQ T; 4DBF A; 2L3Q A; 3G71 Q; 5I22 A; 3HHT B; 1FX7 A; 1X6G A; 1SRM A; 4CC4 B; 4KBM B; 5D7U A; 4M77 G; 2J06 A; 5CQX A; 2EFI A; 3J81 E; 1YNZ A; 4A4K A; 3I55 T; 4GY5 A; 4CRI A; 4M75 G; 3MEV A; 2FPF A; 4LDX A; 1IHW A; 4F04 B; 4C0D B; 1VQP A; 1N5Z A; 1X43 A; 4JRI A; 4N4I A; 1C1A A; 4Z89 A; 2KNB B; 2EQM A; 2VAS A; 3OYA A; 3SB2 A; 2JS0 A; 3GNG A; 1G3T A; 2YRV A; 1FWZ A; 4J9F A; 1VQK A; 3HFO A; 4PFO A; 3S3O A; 1M1K U; 3OYB A; 3X24 B; 4O5V A; 1M3C A; 3CCU A; 2D9T A; 2MYS A; 1CKB A; 1AEY A; 2KYM A; 3JB9 D; 2LJ3 A; 4JJD A; 1UGQ B; 3CD6 A; 2GTO A; 1BCO A; 3C95 A; 4LNP A; 1TXQ A; 2OI3 A; 3LWH A; 4JRQ A; 1D0X A; 1MMA A; 2JT4 A; 1S72 Q; 3THK A; 2R5A A; 2DZC A; 5I2S A; 1YFN A; 2MIO A; 2K7A A; 5FU7 C; 1OOT A; 3EGD A; 1TTH B; 1N6A A; 1YIJ A; 4PJO D; 3CME T; 3AT1 B; 1VQ6 Q; 1VQ5 Q; 1PSE A; 3H0F A; 2FEI A; 3CC2 Q; 1RAA B; 5CQY A; 3RKY A; 2CT4 A; 2EYW A; 3ASK A; 1QVG S; 2HEQ A; 3TSZ A; 4GLM A; 4F14 A; 5L23 A; 3ER0 A; 3VUB A; 1VQO Q; 1EFN A; 1Q7Y U; 3OYY A; 2MI6 A; 3S6W A; 1YIT T; 2EW3 A; 3CPW S; 1VYT A; 2KR3 A; 3JCM V; 1WHH A; 1N27 A; 3OY9 A; 2ZCF B; 1K8A U; 1PKS A; 2LNV A; 2KK4 A; 4E7S A; 1NZ9 A; 5A0L A; 3HSB A; 2YSQ A; 1MHN A; 3R6O A; 4GLK A; 3ZEH A; 3LW5 E; 1X69 A; 5GAM d; 3CCR Q; 2H3J A; 5LJ5 d; 2IPO B; 3GOX A; 3ME9 A; 1RAG B; 4DBR A; 4B9X A; 1I1J A; 2QA4 T; 4DOW A; 3QYG B; 4AT1 B; 1C0M A; 2RHU A; 3OBW A; 1ZUK A; 2G6F X; 2KBT A; 1V76 A; 5LJ3 h; 2G3R A; 2JTF A; 4BE1 A; 1QVF S; 3J7A F; 1JRI A; 4J9D A; 1LPL A; 3QDR B; 5KYX A; 3RKW A; 3G4S A; 2FG0 A; 5GAM g; 1K9M U; 2HBP A; 2R5M A; 3EHQ A; 5LJ5 g; 1M4Z A; 2D6F A; 3M0U A; 1KQ2 A; 4QVC A; 1GCP A; 3JCM e; 3PIP A; 1H8K A; 1NYG A; 2DL7 A; 1VQM A; 2GTJ A; 3CC4 T; 2KAF A; 4PJO C; 3OB9 A; 4QT7 A; 4R0K A; 3PFS A; 1ZSZ C; 2VXE A; 3N5B B; 1MGQ A; 3MCA B; 1VQ9 A; 3VS1 A; 2CH4 A; 2OTJ A; 1BKB A; 2FRY A; 3QJY A; 1VQL Q; 2QAZ A; 1T0H A; 4XU2 A; 1G3S A; 4RTV A; 3RMS A; 1VQ4 Q; 1M8V A; 3OW2 A; 2HKQ B; 1BI0 A; 4HCB A; 4HKE A; 4CI0 C; 4FU6 A; 2LRQ A; 2QGF B; 2PTK A; 2AT1 B; 2M0O A; 1JQQ A; 1AZG B; 2KY9 A; 2MPX C; 4OGE A; 1TU0 B; 1H3Z A; 1RAC B; 2IG0 A; 2EYZ A; 1T3S A; 1OPL A; 3HRU A; 3EG0 A; 2LQW A; 1XNI A; 1W4S A; 2O9S A; 1WDX A; 2QDL A; 2V26 A; 3PT9 A; 1KJW A; 3OSV A; 5KYY A; 5DM7 R; 3FJ5 A; 1RI0 A; 2E6Z A; 2HZY A; 1G3W A; 2QEX T; 3LGL A; 3A98 A; 1GFD A; 1FXX A; 2C0I A; 1WZO A; 1WX6 A; 4JDS A; 2XMF A; 1BU1 A; 1GRI A; 2AKK A; 2YRC A; 1BB9 A; 2MOX A; 3E9G A; 2EYY A; 1RAB B; 4FSS A; 2K3Y A; 2QI2 A; 2AHJ B; 1DJ7 B; 1M30 A; 4X9D A; 3CCV T; 3CCM A; 3CCQ Q; 1OX8 A; 2SRC A; 4PL6 A; 4MML A; 4AG1 C; 2DZ9 A; 3JB9 F; 2DLP A; 4J9H A; 4M7A B; 4HXJ A; 1VIF A; 2LNH B; 2RHI A; 2JJ9 A; 3EG1 A; 3OBY A; 5GMK h; 1U1T A; 1LOJ A; 2JTM A; 4XAX B; 4F7U F; 3I55 Q; 2KYB A; 2W0Z A; 2CGH A; 2KVQ G; 1PKT A; 1UEB A; 4JS4 A; 1RAE B; 2OTL T; 2MK5 A; 3OMC A; 4X34 A; 4PJO F; 2KQW A; 4RCB A; 1G2B A; 4ZGE B; 4F7U B; 1XJW B; 4D6W A; 2DEU A; 4ZGD B; 2ZPF B; 2JS2 A; 1ZHI A; 2DKG A; 4EDU A; 1YJW Q; 4DOV A; 3QYH B; 3MET A; 1K4U S; 2XID A; 3M0S A; 4RKU E; 4DA4 A; 3M59 A; 5IHN A; 1TUG B; 1OPK A; 3OYF A; 1RAH B; 4BDY A; 1E7O A; 1YJ9 T; 4J6Y A; 5DLO A; 1MV0 B; 2J05 A; 3ZFJ A; 4RMO A; 2X3W D; 4KT0 E; 1AHJ B; 5HKC A; 4EMK B; 1ABO A; 2EKO A; 4J7I A; 2ZPI B; 1YHQ Q; 3A8G B; 1JXM A; 1M2V A; 1XOV A; 1YP5 A; 5CKE A; 5LJ3 j; 1FMK A; 5D6W A; 2YLB A; 1WPY A; 4X9C A; 4F7U E; 1B34 A; 2DAQ A; 3CME Q; 3CEY A; 3NTI A; 5GMK e; 3QG1 A; 3MKD A; 3CXC P; 1BCM A; 4BUG A; 3M0Q A; 3OYJ A; 2X51 A; 4RTZ A; 4PJO E; 1KD1 C; 3VU3 C; 2KE9 A; 2FRW A; 4BD3 A; 5GAO n; 1NE8 A; 1KK7 A; 1MMD A; 3FIF A; 3A8H B; 2RQT A; 1UE9 A; 2RF0 A; 3HL8 A; 4AMC A; 1HJD A; 1Q81 R; 3TRE A; 2CUB A; 2ZPE B; 3MP1 A; 3UPU A; 3A8O B; 3CMA A; 3JCM W; 2DTH A; 3LH5 A; 2HD0 A; 5GAN 4; 5LL6 S; 4MMK A; 2E3H A; 4FM4 B; 1I81 A; 5LJ5 f; 1NLP C; 1SPK A; 2MWP A; 4J9C A; 1NPR A; 2E10 A; 1NEG A; 1K73 U; 2QA4 Q; 2NUP B; 4FIB A; 3H41 A; 3KFV A; 3LLR A; 4J6X A; 1GBQ A; 3U23 A; 5HY6 A; 3EFO A; 2DD5 A; 1VQP T; 4M77 D; 3QXE B; 5GAO q; 5GMK i; 1NJI R; 2WSC E; 2V8I A; 2V8J A; 1HSQ A; 2P84 A; 1B07 A; 2A7Y A; 5KYN A; 2JW4 A; 2GFA A; 1VQK T; 2RMO A; 4IIM A; 4QKU A; 1WXB A; 3JCM Q; 2GFU A; 3EG2 A; 2HSP A; 5GAM e; 2GQV A; 2DIL A; 5LJ5 e; 1AD5 A; 3CCU T; 3PNW C; 3CC4 Q; 3G7Z A; 4OB3 B; 2J6F A; 4XTY A; 4BAC A; 4M78 D; 4BI8 B; 3RUX A; 3JRZ A; 2DIG A; 2WSE E; 2LQ8 A; 3HRS A; 3CD6 T; 2JZ2 A; 2P0P A; 1NG2 A; 3X26 B; 2DET A; 1X75 C; 3LH0 A; 2E12 A; 4J9I A; 5GAO r; 3H0H A; 3V8L A; 2B86 A; 2JMA A; 2DIQ A; 3VRY A; 2JOY A; 1UJY A; 2RA2 A; 1YIJ T; 4LDU A; 4HCK A; 2QTV A; 1TUC A; 4M7D B; 4C92 C; 3T9N A; 5IAY A; 3QSU A; 3S3N A; 4OMF B; 2RI3 A; 2D0Q B; 5GMK j; 4DBH A; 1WXU A; 3MP8 A; 3EG3 A; 2CSI A; 2KI7 A; 2Z0W A; 3GP8 A; 3C4S A; 3M0R A; 2DL5 A; 2VGM A; 4Y28 E; 1OUL A; 4IUR A; 4LUD A; 2CP2 A; 5LJ3 d; 2JVV A; 3SWN C; 4ELY C; 3RR6 A; 4JUV A; 1YI2 A; 2C0O A; 4AFU C; 1G83 A; 1SHF A; 1AOJ A; 4O6J A; 4C8Q B; 4M75 A; 3PGG A; 1V29 B; 3CPF A; 4M77 C; 4IUP A; 3VYG A; 4Z02 A; 2A37 A; 5GAN d; 2F2W A; 2QYZ A; 2KSS A; 1M9S A; 1KG1 A; 2BZY A; 1TS9 A; 5LJ3 g; 3QPH A; 3CCL Q; 5FLX E; 3KXT A; 1R8O B; 4AG2 C; 1PSF A; 3CCV Q; 3TU4 K; 4M78 C; 4KH0 B; 4JZ4 A; 2D8J A; 4FT2 A; 4FW2 A; 2RQR A; 3GPL A; 1RLQ C; 4ANJ A; 2DTI A; 2RI2 A; 3GNF B; 3G4S T; 1SG5 A; 2DXU A; 2K4Y A; 1NJI C; 2LX7 A; 5EC7 A; 4EPC A; 1CSK A; 4RTY A; 4OB2 B; 4KGV B; 1E6H A; 1FMW A; 1VQM T; 2COZ A; 2DBK A; 2RHZ A; 1IZ6 A; 4PJN A; 2DEQ A; 2F2V A; 2OTL Q; 3DKM A; 1M5Q 1; 3VS6 A; 1GCQ A; 1VQ9 T; 2E3I A; 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4M77 E; 4C5E A; 1VQK Q; 4XU0 A; 1KQS S; 3CCU Q; 1X2Q A; 1I4K 1; 1UHF A; 4L6V 5; 4AFS C; 2HBW A; 2O01 E; 1VQL A; 4RG8 A; 1ZSG A; 1O9S A; 4RTT A; 2QQA A; 1LVK A; 4PJL A; 2X4X A; 5A0G A; 1QVG A; 2QXF A; 4E2F B; 2BUD A; 3CD6 Q; 3C12 A; 2H3E B; 2R57 A; 2EGE A; 2MF2 A; 1XTD A; 3BY7 A; 4M78 E; 3QHS A; 1BBZ A; 4M7A A; 3OS1 A; 3BDU A; 4AFZ C; 3EG9 B; 2I0N A; 2JM8 A; 2KRM A; 3GLX A; 3CPW A; 3L2R A; 3V7R A; 3L2W A; 3GIB A; 1Q82 R; 2EPD A; 4NL3 A; 4ZTJ A; 4JZ3 A; 2DFU A; 2M16 A; 1G5V A; 5GAN h; 2Y4Y A; 3PVL A; 4BDZ A; 2EGC A; 4JJC A; 1VQ7 T; 2DYI A; 5LJ3 f; 1Y57 A; 3E19 A; 5CVI A; 3EFR A; 1YJN Q; 1U5S A; 2RHY A; 3RMQ A; 2PQW A; 4BY6 C; 2ZPB B; 2HQH A; 3QDF A; 1WHK A; 3CMA T; 4EMK A; 1QVF A; 5GAN f; 1LNX A; 1TOV A; 2COW A; 3VS7 A; 2O88 A; 2ABL A; 5FU6 C; 4QQG A; 5GMK l; 3GBQ A; 4IKF A; 5GJW B; 1ZLM A; 2CZ6 B; 2L3S A; 5FU7 B; 3P8B B; 3SD4 A; 1Q81 U; 2CH4 W; 2J7I A; 2ED0 A; 2K5I A; 1KHC A; 2L8D A; 5D6X A; 5LJ3 e; 3M0T A; 2XG8 D; 1SHG A; 3MEU A; 4OVA A; 3L42 A; 3HP9 A; 2PUO B; 1KD1 R; 1GFC A; 1AWW A; 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