The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
68
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sequence length |
265
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structure length |
252
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Chain Sequence |
SMRLGRIASPDGVAFASIEGELDNPGAMTAREIAEHPFGTPNFTGRSWPLADVRLLAPILASKVVCVGKNYTPADPVIFLKPNTAIVGPNVPIRLPANASPVHFEGELAIVIGRPCKDVSAAQAVDNILGYTIGNDVSARDQQKSDGQWTRAKGHDTFCPVGPWIVTDVDPADLELRTEVNGAVKQHARTSLMIHDVGAIVEWISAVMTLLPGDLILTGTPAGVGPIEDGDTVSITIEGIGTLTNPVVRKGK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Isomerase
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| molecule keywords |
2-hydroxyhepta-2,4-diene-1,7-dioate isomerase
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| publication title |
Increasing the structural coverage of tuberculosis drug targets.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mycobacterium marinum
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| total genus |
68
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| structure length |
252
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| sequence length |
265
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| ec nomenclature |
ec
5.3.3.10: 5-carboxymethyl-2-hydroxymuconate Delta-isomerase. |
| pdb deposition date | 2011-01-18 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF01557 | FAA_hydrolase | Fumarylacetoacetate (FAA) hydrolase family |
| A | PF10370 | DUF2437 | Domain of unknown function (DUF2437) |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | FAH | ||
| Alpha Beta | Alpha-Beta Complex | Fumarylacetoacetate hydrolase; domain 2 | Fumarylacetoacetase-like, C-terminal domain |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 4QKU A; 5D2G A; 3RR6 A; 2EB6 A; 2EB4 A; 1I7O A; 3R6O A; 3V77 A; 5D2F A; 2Q1A X; 5D2I A; 3LZK A; 2Q19 X; 3BQB A; 1NR9 A; 2DFU A; 4MAQ A; 1QCO A; 4DBH A; 1NKQ A; 2WQT A; 1WZO A; 1SV6 A; 1QQJ A; 1HYO A; 2Q18 X; 2Q1C X; 1QCN A; 2Q1D X; 2HZY A; 1SAW A; 3S52 A; 5D2K A; 4DBF A; 5D2H A; 4PFZ A; 5D2J A; 3QDF A; 1GTT A; 2EB5 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 1I4K 1; 4C8Q D; 1TUC A; 3PE0 A; 2CP7 A; 5I2M A; 3OYE A; 2BZY A; 4BI8 B; 3UT1 A; 2CH4 A; 2D9T A; 4E7K A; 1NEB A; 5GAN 3; 2BZ8 A; 2E6Z A; 3MCA B; 2EYX A; 4HCZ A; 1NJI R; 3J80 E; 2RB6 A; 3JCM X; 5GAM g; 3U23 A; 3OW2 P; 3M58 A; 3L2Q A; 3I5S A; 5HCK A; 3CCS Q; 4M7D G; 5LL6 S; 1D1A A; 3OSV A; 3HHT B; 1VQ8 Q; 2ZPE B; 1VQ7 Q; 4PLL A; 1BCM A; 3QJ6 A; 1M3C A; 3OY9 A; 1D3B A; 1R77 A; 2EW3 A; 2M0O A; 2NUZ A; 3S52 A; 2JNG A; 4JLG A; 4OGC A; 2BIV A; 3EG0 A; 3CCQ T; 5GMK j; 2BZX A; 1WNL A; 2KXD A; 1AZG B; 3HP9 A; 1PNJ A; 2CP2 A; 7AT1 B; 5KYY A; 1K0X A; 4FSX A; 4HT9 A; 4AFQ C; 3RMS A; 3REB B; 3BW1 A; 2C06 A; 3OYH A; 1VQP A; 1VQ6 T; 2I2L A; 1YJW A; 3RNJ A; 3VYG A; 5GAN h; 4Y28 E; 2GFU A; 3EGX B; 8ATC B; 3FJ5 A; 4C0D C; 1JO8 A; 3RR6 A; 5KCO A; 1VQK A; 3MKD A; 4JRQ A; 2VYT A; 4M78 D; 3RER A; 1OU8 A; 3LZK A; 2KYM A; 4JZ3 A; 2QEX Q; 1UJY A; 3E9F A; 3VS1 A; 2XHC A; 4DBQ A; 2MK5 A; 5DLO A; 3CME T; 3MET A; 3G7Z A; 4J8O A; 4X9D A; 5D6X A; 2MWP A; 4M75 B; 2LQK A; 3VUZ A; 5LJ5 g; 1KQ2 A; 1LPL A; 1BYM A; 2R5M A; 1XJW B; 1WHG A; 3L2W A; 1VQM T; 2AHJ B; 1I7O A; 2VAS A; 2HQE A; 4IKF A; 2A36 A; 2FPF A; 3EG3 A; 2GTJ A; 1RAB B; 1R8O B; 2DFU A; 1JJ2 S; 3JV3 A; 1QVP A; 3GIB A; 4GBQ A; 4BD3 A; 4F7U F; 1UG1 A; 3SWN B; 4RG8 A; 3P8B B; 4HA8 A; 2L0A A; 1BBZ A; 4ZGD B; 4C0F A; 3PT9 A; 1SF9 A; 2JS0 A; 3INZ A; 3JB9 G; 4PJO C; 5D6W A; 5KH6 A; 4JZ4 A; 1D0X A; 1TS9 A; 1AT1 B; 2FZK B; 2O9S A; 2CS7 A; 2X3W D; 2W10 A; 3ME9 A; 2P0Q A; 1JJ2 A; 3R6N A; 1RLP C; 3OYK A; 2LVM A; 1V76 A; 3GF5 A; 3VS6 A; 2DKG A; 2KR3 A; 1MV3 A; 1OQK A; 3CCU Q; 2KNB B; 2JM9 A; 2FRW A; 4IUR A; 4DA4 A; 1H64 1; 1YBY A; 2MAM A; 1Q82 U; 2AIR B; 2WSC E; 2RF0 A; 4F17 A; 3M5A A; 4E7Z A; 1NG2 A; 1PHT A; 2M1H A; 5CIU A; 1U8R A; 3A8O B; 3UPU A; 2HSP A; 3CCQ A; 1PD0 A; 1JU5 C; 4KH1 B; 1Q82 C; 4C5E A; 4N0A A; 4IUT A; 4XAX B; 1CSK A; 1LJO A; 1H3H A; 2FO0 A; 2H3E B; 4PJL A; 1KIK A; 1X43 A; 1NPP A; 3QYH B; 4L5G A; 4M75 C; 1QWE A; 5FWB A; 3CCM Q; 3M59 A; 2EGA A; 3X26 B; 1K8A U; 2Q1A X; 5GAM d; 3I35 A; 3CBP A; 1OU9 A; 4C8Q F; 2EQM A; 3OYM A; 1XOV A; 2K79 A; 3MEA A; 3RMQ A; 3CCE Q; 2ATC B; 2NUP A; 5GAM h; 3SD4 A; 3SWN C; 3D7S B; 3L42 A; 3KXT A; 1KHI A; 4O5V A; 1B34 A; 3CME A; 4JRI A; 5M9O A; 1X2Q A; 4QQG A; 3CC7 Q; 1WJR A; 2Z0W A; 5LJ3 d; 1WXB A; 1QCO A; 4XQ3 A; 1W4S A; 1X01 A; 2KXC A; 3S3M A; 1OPK A; 1RAD B; 2B8A A; 1VQM A; 3NPF A; 2HBP A; 5IXF A; 1N9R A; 4ELY C; 3KUF A; 1QVF P; 4Q5W A; 3CC4 Q; 1G8X A; 2V8K A; 3A8G B; 4C0Z A; 3CD6 T; 2KEA A; 2GQI A; 4CC3 A; 3WVE B; 5D2G A; 3QJY A; 2EB4 A; 1OUL A; 1YJN T; 3UAT A; 2VB6 A; 1PRM C; 5FU7 B; 3OYL A; 2KMT A; 2EQI A; 4HCK A; 4EMK A; 1UGR B; 1PCX A; 1SAW A; 3SB2 A; 4F7U E; 5KE2 A; 2CP6 A; 3M55 A; 4BE1 A; 1WXT A; 1GCQ C; 1WJQ A; 1G3T A; 2COY A; 2ZGW A; 2GNC A; 5KYW A; 5GMK i; 2D8J A; 5LJ5 d; 2QYZ A; 4GLM A; 1UGP B; 1VQ5 T; 1Y96 A; 3EG2 A; 1M30 A; 4PFP A; 4M78 F; 1WXU A; 2G3R A; 4FL6 A; 2PU9 B; 4BAC A; 4DBF A; 2XG8 D; 2DL4 A; 1MMG A; 4F04 B; 2MPX C; 4E7L A; 5LJ5 h; 3MPU B; 1W70 A; 2QQR A; 5KYN A; 3PMT A; 2F69 A; 3I56 Q; 3HTR A; 4QT7 A; 2RNA A; 1Q7Y U; 1YNZ A; 5CK9 A; 2F1L A; 1KG1 A; 3CXC S; 3LH0 A; 1Q81 R; 1VQ8 A; 3G6E T; 4NL3 A; 1RAF B; 2DYB A; 2DO3 A; 2DIG A; 5KYY B; 4M77 E; 1GTT A; 1GBQ A; 2IVW A; 1Q7Y C; 1G83 A; 4LD9 K; 3ZFJ A; 3A5Z B; 5I21 A; 1D0Z A; 2X9H A; 4E6R A; 3CCR T; 4WF2 A; 1VQN T; 1X75 C; 5ECA A; 1MUZ A; 4WCI A; 4QVC A; 3GBQ A; 1YI2 A; 1MNE A; 1WX6 A; 3ZL7 C; 5AT1 B; 1YWP A; 2ECZ A; 1JBM A; 5FU7 C; 2KK4 A; 1IGU A; 2CZ1 B; 2RI5 A; 1WHM A; 4C8Q E; 2AKK A; 3CXC A; 2WAC A; 3TVT A; 3EHQ A; 1VQP Q; 4PKC C; 1YJW Q; 1NYF A; 2HKN A; 2LQW A; 4ZTF A; 3C4S A; 3V8K A; 3LYI A; 2ROT A; 1N6A A; 1VQK Q; 5CQY A; 1E6H A; 1VIE A; 4F7U G; 3CD6 A; 4ELZ C; 3LX7 A; 4X9C A; 1YJN A; 3I5R A; 5FU6 C; 2JT4 A; 1KC8 U; 3MHX A; 2H8H A; 1VA7 A; 3NHN A; 4F7U A; 2PUK B; 1PSE A; 2HQX A; 2YLC A; 2YT6 A; 4KRT A; 2RO0 A; 1KC8 C; 1N8R U; 2MWO A; 2VV5 A; 2EJG A; 1KSW A; 1YCY A; 2AKL A; 3H9N A; 3ASK A; 2DEQ A; 3HPW A; 4E7J A; 2AZV A; 2CUD A; 4QVZ A; 1VQ5 A; 1MND A; 1YIT T; 2FB7 A; 3NTH A; 1JXM A; 2EGC A; 2GTO A; 3EG9 A; 4XU3 A; 3PIP A; 2DL8 A; 1QP3 A; 3OS2 A; 3VS5 A; 1YJ9 T; 2LC4 A; 1RAC B; 2LJ3 A; 3UA6 A; 1E6G A; 2RJF A; 3JCM Q; 2OTL T; 3CPW S; 3RKY A; 5J39 A; 4FT4 A; 4J83 A; 4M78 E; 3HFO A; 2EBP A; 2HMA A; 4FYY B; 1ZSG A; 2EIF A; 1AVZ C; 3CCV T; 4ZN1 A; 3G6E A; 3UA7 A; 4RTT A; 5A0G A; 4C8Q G; 4J5Y A; 4A4E A; 5CKD A; 3E2U A; 2HL3 A; 5CKF A; 1ZSZ A; 1Y71 A; 2GCX A; 3CCR A; 4KUL A; 1I8F A; 3LLR A; 4CC7 A; 1U5S A; 2EQK A; 4LDV A; 3CCQ Q; 2FYK A; 1O75 A; 2RK2 A; 3CPW A; 2HKQ B; 3DLM A; 2K3Y A; 4HVU A; 4AFZ C; 3THK A; 1UUE A; 2EGE A; 2NUP B; 3QUI A; 3M4Y A; 2RD1 A; 2XK0 A; 2LDM A; 2XU8 A; 2CT3 A; 5GAO m; 1VQ6 Q; 1IZ6 A; 1B34 B; 1T3S A; 5GAN e; 2I0N A; 2YUP A; 4J6X A; 2YRV A; 2ZCF B; 5A0L A; 2DIQ A; 4PJO D; 3PFS A; 3MP6 A; 4J9C A; 5GMK l; 4RCC A; 1B07 A; 4A4H A; 1FWZ A; 1VYT A; 3CME Q; 1UDL A; 1M90 U; 1BK2 A; 2QA4 T; 4BY6 B; 4IUQ A; 1I81 A; 1QCF A; 4NL2 A; 5LJ3 f; 2DYI A; 1VQM Q; 2XDP A; 2LNV A; 1M90 C; 5IXB A; 2KAF A; 4EMK B; 2ABL A; 3FJP A; 1K9M U; 4OGE A; 2KQW A; 4N0A C; 5J26 A; 4B9X A; 1H8K A; 3A8H B; 3CC4 A; 1K76 A; 1YIT A; 1A0N B; 3V8J A; 3A8L B; 4HVV A; 3V7C A; 2EYZ A; 4DOW A; 1K9M C; 2CDT A; 5KYW B; 2X51 A; 2QQA A; 1OZ3 A; 1Y96 B; 4XTY A; 1YJ9 A; 4FW1 A; 3EHR A; 2OTL A; 4OMM A; 1WHH A; 1X6G A; 1OZ2 A; 3J81 E; 1I0C A; 2ED0 A; 1GFD A; 2J6F A; 1KD1 U; 4A63 B; 2CP3 A; 3CCV A; 4ZGJ B; 3M0P A; 5GJV B; 3CC2 T; 2VXE A; 2DBK A; 4KT0 E; 2QTV A; 4QQD A; 2L3R A; 4Z88 A; 2JVV A; 1WIE A; 3SEM A; 5LJ5 f; 1KD1 C; 3OYD A; 1WYX A; 1FYN A; 2K5L A; 5CKB A; 4ZTJ A; 1ZQ1 A; 5IN1 A; 1TWB A; 1AWW A; 2Y4Y A; 1BCO A; 1BU1 A; 3DKM A; 3M4G A; 3S3N A; 3QSU A; 3KBG A; 3M53 A; 3M0U A; 1UTI A; 2ZZD A; 1UGQ B; 1TG0 A; 3I56 A; 3JCM d; 2Y90 A; 3VKI A; 2EPD A; 1M9S A; 2DMO A; 1G3Y A; 2G6F X; 3O8V A; 2LCS A; 2E70 A; 2YWW A; 4BDZ A; 1U3O A; 2COZ A; 4EIK A; 4EMK C; 3OS1 A; 3EFS A; 4M7D A; 3CBM A; 2NYS A; 2L3Q A; 6AT1 B; 1YI2 Q; 3EFO A; 4NS5 A; 5LJ3 g; 1AWX A; 1KQS P; 4TVR A; 3GP8 A; 3RBB B; 3E19 A; 2V1R A; 1WHK A; 3S6W A; 3HRS A; 2QA4 A; 3HFN A; 4JPB W; 2Q19 X; 2AT1 B; 1G3S A; 2DPP B; 3M9Q A; 1Q86 U; 2OX7 A; 3OYJ A; 2MI6 A; 1RUW A; 2YUQ A; 3ER0 A; 4F7U B; 2HZY A; 3HSB A; 4MMK A; 1RAE B; 3CD6 Q; 1D0Y A; 4LN2 A; 1Q86 C; 1NEG A; 2QQB A; 2JUF A; 1NE8 A; 1YJN Q; 1M1K U; 2JMC A; 2XMF A; 2JMA A; 2DTO A; 2R57 A; 1NJI U; 4K11 A; 3FIF A; 1TUD A; 1ARK A; 1M1K C; 2OTJ T; 2YHT A; 1HK9 A; 3QZ9 B; 1Q95 G; 1NJI C; 5GAO p; 2C0T A; 3CCL T; 2DZ9 A; 1YN8 A; 1PKT A; 2RHI A; 3EG9 B; 4Y91 A; 3NTI A; 1NZ9 A; 5GAN 2; 1KFZ A; 3H8Z A; 2EB6 A; 4ANJ A; 3VS2 A; 2KT1 A; 1RLQ C; 4OMQ A; 2X4Y A; 2PVD B; 2FEI A; 3CC2 A; 2PVG B; 2JW4 A; 5IAY A; 4AMC A; 1VQ5 Q; 4A4F A; 4M7A E; 4C0G A; 2CP5 A; 1EIF A; 4PJO F; 3G71 T; 2LRQ A; 5IHI A; 2JN0 A; 1XQH A; 2ZPH B; 3EAE A; 1YIJ T; 2DZC A; 1R0B G; 3RUX A; 4V2S A; 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3OYN A; 4KUD K; 4DOV A; 1YIJ A; 1YJ9 Q; 5FLX E; 2OTL Q; 1M8M A; 2EQU A; 2YSQ A; 4J9E A; 1VQO T; 2XDB A; 1NLO C; 1VQ9 T; 1HXD A; 2RMO A; 4RTY A; 4PJO E; 2YUO A; 3CEY A; 1ZA2 B; 3CCV Q; 4J9F A; 2RI2 A; 2DF6 A; 2QQS A; 2W0Z A; 1SSF A; 2DNU A; 5KE3 A; 1UFF A; 1LCK A; 1UB4 A; 3RKX A; 1RAG B; 1WJS A; 2RQU A; 2P4R A; 3JB9 H; 4LNP A; 3JCM J; 3QWX X; 1AD5 A; 1ZLM A; 1AEY A; 2P84 A; 5HK0 A; 1D3B B; 1MMA A; 2EB5 A; 2E4H A; 2DL3 A; 4M7D B; 3JB9 J; 1WQW A; 1OV3 A; 3MJX A; 4RUG A; 1K9A A; 3EFO B; 1QWF A; 3X24 B; 3C95 A; 1NKQ A; 2D8H A; 3JCM f; 2E3H A; 2RQW A; 4BDY A; 5KYU A; 4PFZ A; 3TSZ A; 3A98 A; 1EZZ B; 2L8D A; 3OW2 S; 3H41 A; 4RTW A; 4M75 E; 4EMG A; 1BI2 A; 1Y7X A; 3H6Z A; 4C92 C; 2X4W A; 2D0Q B; 1YWO A; 5FRN A; 2VKN A; 2IPO B; 2VGN A; 3JCM V; 2F5T X; 1K73 R; 1N8R R; 2QA4 Q; 1BI0 A; 2DE0 X; 1WDX A; 2HCK A; 4M7A D; 2PTK A; 3MP8 A; 1NM7 A; 1KQS S; 2RHZ A; 1ZUU A; 3M0S A; 1IXD A; 2J6O A; 2O2O A; 1BKB A; 1QLY A; 3X28 B; 3CCJ A; 1GXI E; 2KGT A; 1SRL A; 3NMZ C; 4PJO G; 3PVL A; 3CPF A; 3I9Q A; 3X20 B; 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