The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
76
|
structure length |
76
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Chain Sequence |
GSSGSSGRRMVALYDYDPRESSPNVDVEAELTFCTGDIITVFGEIDEDGFYYGELNGQKGLVPSNFLEEVSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| publication title |
Solution structure of the third SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
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| total genus |
8
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| structure length |
76
|
| sequence length |
76
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| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-21 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF14604 | SH3_9 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 5EC7 A; 2YDL A; 4R0K A; 5IXF A; 2DL8 A; 2DL7 A; 4WCI A; 2MIO A; 1HD3 A; 1RLQ C; 1AWJ A; 4HCK A; 1B3Q A; 3PVQ A; 1T3L A; 1U5S A; 2YT6 A; 3A98 A; 1RLP C; 4DEY A; 1N5Z A; 3TSW A; 2DE0 X; 2RQV A; 3ULR B; 2RPN A; 3TSZ A; 2EVR A; 2DMO A; 4RTV A; 3ZL7 C; 1CKA A; 2LZ6 B; 2FPD A; 1JEG A; 1CSK A; 1T0J A; 2RN8 A; 4J9B A; 4AFS C; 1TG0 A; 1PRL C; 1X43 A; 1AD5 A; 2JTE A; 2KYB A; 1UG1 A; 4LN2 A; 1G83 A; 3M0U A; 2KNB B; 1T3S A; 2EYY A; 4LUE A; 1OV3 A; 4HVU A; 2EPD A; 2JW4 A; 1B07 A; 4GBQ A; 2L0A A; 3UA6 A; 1E6H A; 2J06 A; 2LJ3 A; 4HXJ A; 1K4U S; 4JZ3 A; 1JXM A; 4X1V A; 2GTJ A; 3FJ5 A; 2LP5 A; 3I5R A; 4ESR A; 3UAT A; 2DM1 A; 2PNI A; 4JJC A; 1ZUU A; 2FRY A; 1GRI A; 1PKT A; 1UHC A; 1WXT A; 3SHW A; 5HCK A; 3EG2 A; 2JMC A; 4IIM A; 2IIM A; 2DJQ A; 4OMO A; 3M0P A; 1J3T A; 4M4Z A; 1X6G A; 2J6F A; 4GLM A; 1UFF A; 2L3Q A; 4RTZ A; 3I35 A; 3TVT A; 2KGT A; 2I0N A; 2K9G A; 2JXB A; 4D8D A; 2LQN A; 2YSQ A; 5FW9 A; 2C0T A; 1XOV A; 4J9H A; 3PE0 A; 3RBB B; 2A08 A; 2A37 A; 3C0C A; 4RUG A; 1UHF A; 1ZLM A; 2ECZ A; 4IIO A; 1SRM A; 2ENM A; 2LMJ A; 1PRM C; 4ZNX A; 2K3B A; 3O5Z A; 1QWE A; 1WA7 A; 2BZ8 A; 2FPE A; 1JXO A; 2QDL A; 2EQI A; 1WXU A; 2YUQ A; 4Y92 A; 2M51 A; 1WIE A; 1V1C A; 2RF0 A; 1X6B A; 1GCQ C; 2SRC A; 4CC7 A; 3PVL A; 1ZBJ A; 3I9Q A; 3EHQ A; 2HDA A; 1W1F A; 3REB B; 1SPK A; 2JT4 A; 4CC4 B; 1Z9Q A; 2BTT A; 2CSQ A; 2X3W D; 1YP5 A; 4OMN A; 2CRE A; 1MV0 B; 2C0I A; 1W70 A; 1ZSG A; 2O2O A; 3CQT A; 2EBP A; 2JM9 A; 4AG2 C; 2ED0 A; 2LJ1 A; 2D8J A; 2RMO A; 2X3X D; 3IQL A; 3EGU A; 5GJV B; 1TUC A; 4LUD A; 4OML A; 5FWB A; 1UEC A; 2FPF A; 2CH4 W; 3NHN A; 2KYM A; 4J9E A; 1G2B A; 3EHR A; 3JV3 A; 4F17 A; 1GCP A; 1OEB A; 2KRS A; 2L3S A; 2XMF A; 2DVJ A; 4ORZ A; 1EFN A; 1KIK A; 2D0N A; 1SSH A; 2K2M A; 1FYN A; 1HSQ A; 2FO0 A; 2JM8 A; 2V1R A; 2KXC A; 2DNU A; 2DYB A; 1Y57 A; 2RQU A; 3GBQ A; 1U06 A; 1GL5 A; 4F14 A; 3I5S A; 3LH5 A; 2D8H A; 1GCQ A; 2DA9 A; 1Y0M A; 2V1Q A; 1PHT A; 2ROT A; 2DL4 A; 3VS1 A; 2F2V A; 2E5K A; 2FG0 A; 1M3C A; 1BU1 A; 2KE9 A; 1AZG B; 4LE9 A; 2DBK A; 1TUD A; 2KRO A; 4E6R A; 2DX1 A; 1U3O A; 3M0R A; 4Z89 A; 2GNC A; 3THK A; 1QKW A; 1JO8 A; 2DF6 A; 2VWF A; 1K0X A; 1SEM A; 1A0N B; 4JPB W; 1K9A A; 2L2P A; 2LJ0 A; 4OMP A; 3NMZ C; 1M27 C; 5I22 A; 2LX7 A; 2CH4 A; 3RNJ A; 1WFW A; 4D8K A; 3VRZ A; 2EYW A; 4AFU C; 1OPL A; 2YUN A; 2DLP A; 1H8K A; 1PWT A; 1NM7 A; 1JQQ A; 2KT8 A; 1KSW A; 4J9D A; 5I11 A; 5ECA A; 2K7A A; 3UF4 A; 1BB9 A; 1UJY A; 2MCN A; 1X2Q A; 2DIL A; 2HEQ A; 2MOX A; 3VS5 A; 1AWX A; 2RQW A; 5IHI A; 1WDX A; 2EYZ A; 1GBR A; 2RQR A; 2DRK A; 1QCF A; 2GQI A; 1UTI A; 2AKL A; 1VYV A; 1YWO A; 2P4R A; 2EYX A; 4QT7 A; 2NUZ A; 1M3B A; 2FRW A; 3VS0 A; 1VYT A; 1YCS B; 2CT4 A; 1ZUY A; 2K79 A; 1NEG A; 3EG1 A; 4JZ4 A; 2GTO A; 5GJW B; 1M3A A; 1UJ0 A; 2KXD A; 3R6N A; 3VS2 A; 2VVK A; 1AVZ C; 1K76 A; 1YNZ A; 2AZS A; 1QWF A; 3VS4 A; 2EKH A; 5IXB A; 1YN8 A; 3VS7 A; 1GBQ A; 2DBM A; 4CC2 A; 3NPF A; 2W0Z A; 3VS3 A; 4K11 A; 1UE9 A; 1E7O A; 2HCK A; 2O88 A; 1SHG A; 2CUD A; 4DEX A; 2J6K A; 2EGC A; 2RQT A; 3REA B; 1OPK A; 4JJD A; 3UA7 A; 2W10 A; 1AEY A; 2LNH B; 2BZX A; 1KJW A; 1IO6 A; 4Z88 A; 4CC3 A; 1WXB A; 2JMA A; 3KFV A; 1PKS A; 4EIK A; 1UDL A; 4KRT A; 1K1Z A; 1AZE A; 1X27 A; 1HJD A; 1SRL A; 2GBQ A; 2PTK A; 1GFC A; 4AFZ C; 2LQW A; 2O9V A; 2ROL A; 1M8M A; 1K0S A; 1H92 A; 3QWX X; 4OMQ A; 2A36 A; 2NWM A; 3EG3 A; 1NLP C; 2EGE A; 3VRY A; 5IHK A; 3QWY A; 2J05 A; 2BZY A; 1NLO C; 2KEA A; 1MUZ A; 2YUP A; 2AK5 A; 2F2X A; 3VS6 A; 1ZUK A; 4RTX A; 4LNP A; 4RTU A; 4RTY A; 4AFQ C; 4J9C A; 1WI7 A; 5IHN A; 1OOT A; 1VYU A; 2LCS A; 2KRM A; 1WLP B; 2SEM A; 2CT3 A; 2OJ2 A; 2C0O A; 3EG0 A; 1LCK A; 1SHF A; 2KRN A; 1JU5 C; 2KT1 A; 4AG1 C; 4HVW A; 2O31 A; 3U23 A; 2J7I A; 1WX6 A; 2YUO A; 1AWW A; 3M0T A; 3NGP A; 2HBW A; 2ESW A; 1M30 A; 2GGR A; 2OI3 A; 2O9S A; 1S1N A; 2M0Y A; 1QLY A; 1ARK A; 1RI9 A; 4FSS A; 2KBT A; 4J9I A; 4J9F A; 1MV3 A; 1T0H A; 2HSP A; 3M0S A; 4A63 B; 2DRM A; 1NG2 A; 1GFD A; 2L3P A; 1AOJ A; 2ED1 A; 2OAW A; 1AWO A; 2EW3 A; 4J9G A; 3M0Q A; 4HVV A; 1RUW A; 1BBZ A; 2G6F X; 1QKX A; 1ABQ A; 2EGA A; 2PZ1 A; 2DL5 A; 1ZX6 A; 2A28 A; 1NYF A; 4JJB A; 4RTT A; 1UUE A; 1NEB A; 1CKB A; 2CSI A; 3H0F A; 1X69 A; 2B86 A; 5FWC A; 1X2K A; 1ABO A; 1I1J A; 2CUB A; 2RNA A; 2AKK A; 2JS0 A; 1VA7 A; 4RTW A; 1H3H A; 2KR3 A; 1KFZ A; 5IH2 A; 1I0C A; 3H0H A; 1YWP A; 1I07 A; 1UGV A; 1NYG A; 2VKN A; 2F2W A; 4F16 A; 1WYX A; 5L23 A; 1Z9Z A; 2H8H A; 3SEM A; 1E6G A; 2AZV A; 2K6D A; 2JS2 A; 4OMM A; 2D1X A; 1BK2 A; 1W6X A; 2FEI A; 2DL3 A; 4Z8A A; 3H0I A; 2CDT A; 1FMK A; 2ABL A; 2J6O A; 1PNJ A; 3H41 A; #chains in the Genus database with same CATH topology 5EC7 A; 1VQ4 T; 3CCS A; 2LDM A; 4ZTJ A; 5LJ3 j; 3FEO A; 5IXF A; 2CYZ B; 1WJR A; 5GAN g; 5FRM A; 4WCI A; 5CKE A; 1RI0 A; 3A8M B; 5KCH A; 2HQH A; 2K5F A; 2LCL A; 1QCN A; 3PVQ A; 4PJO F; 1T3L A; 4GY5 A; 2RJE A; 2DXT A; 4E47 A; 5LJ5 j; 3DLL A; 2YT6 A; 2K3Y A; 3A98 A; 1N5Z A; 6AT1 B; 2RQV A; 1UGR B; 2LNV A; 3ULR B; 3X26 B; 3H9N A; 3JB9 G; 3VUZ A; 2IG0 A; 5I21 A; 3CC2 T; 3L1A A; 5KYW A; 4MML A; 5GAN j; 4RMO A; 2NYS A; 3N5B B; 1ZA1 B; 1TH7 A; 2LCC A; 4J9B A; 3OS5 A; 3CCS Q; 4BI8 B; 1AD5 A; 3L2R A; 3KUF A; 2KNB B; 3CBM A; 4JLI A; 3CBO A; 2QA4 T; 2JJ9 A; 4KUL A; 4FT2 A; 1LNX A; 1T3S A; 3BE3 A; 3M57 A; 3NFC A; 4HT9 A; 4M78 B; 2HMA A; 1OV3 A; 4ANJ A; 4HVU A; 2EPD A; 1FMW A; 3JCM f; 1JB0 E; 3URG A; 3JAM E; 3QDR B; 4HXJ A; 4M75 E; 1K4U S; 1NPP A; 3FJ5 A; 2E5Q A; 2HBP A; 3M9Q A; 4PLL A; 2QQB A; 5KYX B; 2FRY A; 1GRI A; 1OU9 A; 2D9T A; 3BY7 A; 2JMC A; 2EJG A; 1K73 R; 2DEQ A; 1J3T A; 3DKM A; 1X6G A; 5KE3 A; 1N27 A; 2QGG A; 4MDX A; 2KGT A; 2LTO A; 5L8R E; 2LQN A; 1K8A C; 1XOV A; 4J9H A; 2E3H A; 3RBB B; 3C0C A; 4RUG A; 1VQM T; 1SSF A; 2OTL T; 4E2F B; 4PJO C; 3EFO A; 1SRM A; 1PRM C; 3E9F A; 5LJ3 e; 4ZNX A; 2PVD B; 3M54 A; 2O4X B; 1FWZ A; 2LQK A; 2C06 A; 4Y92 A; 5A0D A; 1WIE A; 5LJ5 e; 3EGD A; 2SRC A; 3DB4 A; 3I9Q A; 3PFS A; 3GF5 A; 4HA8 A; 3V7C A; 4C92 G; 5DLO A; 1Z9Q A; 4CRI A; 2X3W D; 3EH2 A; 4M77 B; 4OMN A; 2CRE A; 1MV0 B; 4IUQ A; 4C92 A; 2O2O A; 4WF2 A; 2EBP A; 2JM9 A; 3CCL T; 2JUF A; 2LJ1 A; 5GMK l; 2EQM A; 2RMO A; 4JS4 A; 2X3X D; 3IQL A; 3G71 A; 2CZ6 B; 1YIT T; 4PFO A; 1SF9 A; 1QP3 A; 5GJV B; 4LXC A; 1QVG P; 2EWN A; 1KQS P; 5GAN 5; 1BIB A; 3QZ5 B; 1YJN A; 3EHR A; 2LQ8 A; 2DIG A; 4PJO A; 2DAQ A; 2XMF A; 3V7R A; 4LD9 K; 1B34 A; 3OYH A; 1G3T A; 3OYY A; 4OB0 B; 3PGG A; 2DNU A; 1U06 A; 1RAH B; 3LH5 A; 2D8H A; 4O5V A; 2BE7 D; 1KD1 R; 2CP5 A; 2OTJ T; 2DL4 A; 2F2V A; 2E5K A; 3G71 Q; 1M3C A; 2KE9 A; 1YJ9 A; 1TUD A; 1U3O A; 3CXC S; 2EQU A; 1EZZ B; 2DJZ A; 2DO3 A; 2KVQ G; 1YJN Q; 1WHK A; 1HXD A; 2DK3 A; 2L2P A; 1FX7 A; 3NMZ C; 3OYN A; 3L2Q A; 2LX7 A; 5CO7 A; 2CH4 A; 3RNJ A; 4F04 B; 4KGV B; 2R57 A; 2PUK B; 3VJP A; 1PWT A; 4NOY A; 1NM7 A; 4LDX A; 4J9D A; 2L3R A; 1VQO A; 2MCN A; 2DIL A; 3CPW A; 2HL5 C; 1YJ9 Q; 1O9S A; 1PD1 A; 5IHI A; 1WDX A; 1RAI B; 4M78 E; 3LYI A; 1VOM A; 5J39 A; 3CBP A; 4J7I A; 1KC8 C; 4C0D C; 1W2B P; 2NUZ A; 1M3B A; 1G3S A; 1YCS B; 2ZPF B; 1QP2 A; 3EG1 A; 4M7D B; 3LLR A; 1IRE B; 5CKF A; 2NUT B; 1YNZ A; 3OYK A; 1QWF A; 3VS4 A; 3E1S A; 5A0L A; 1GBQ A; 1VQO Q; 2DBM A; 2JTF A; 1UE9 A; 1M2V B; 2VXE A; 2J6K A; 2RQT A; 1X01 A; 3D7S B; 3UA7 A; 3QII A; 3P8D A; 1AEY A; 3OS0 A; 3OYM A; 1Y96 A; 1WZO A; 1D0Z A; 4ZN3 A; 4JJN K; 1AZE A; 1Y71 A; 1HJD A; 1SRL A; 1GFC A; 2O9V A; 4J6W A; 2A36 A; 5GAN 3; 2BZY A; 1NLO C; 2RB6 A; 2LT4 A; 2GQV A; 2JZ2 A; 4M77 E; 4FSX A; 3VS6 A; 1VQ5 A; 1N8R R; 1Q81 R; 1MGQ A; 4PFZ A; 3S3O A; 1PCX A; 2QK0 A; 3PIO A; 3HSB A; 4HCC A; 2SEM A; 1NJI U; 2OJ2 A; 2FZK B; 2YRD A; 2KRN A; 8ATC B; 3BFM A; 3OYE A; 2KAF A; 1Q7Y R; 2O31 A; 3CCQ A; 2J7I A; 4WTO B; 3CCU A; 4CI0 C; 3TQ7 P; 3TU4 K; 2FYK A; 2OI3 A; 3BDU A; 3G71 T; 1QLY A; 1N9S A; 2P0P A; 2KBT A; 1VQ5 Q; 3M0S A; 5A2Q E; 1NE8 A; 1NG2 A; 2QQA A; 2L3P A; 1YJN T; 2ED1 A; 4L6V 5; 4ZGE B; 2OAW A; 1AWO A; 4J9G A; 3M0Q A; 2G6F X; 1QKX A; 2EGA A; 1M90 R; 2HKN A; 2WSC E; 8AT1 B; 1NYF A; 3V7S A; 1NEB A; 2CSI A; 5GAO r; 3I55 A; 3H0F A; 2JN0 A; 3CCQ Q; 1X2K A; 2PQW A; 4QVC A; 4KGZ B; 4NS5 A; 1I1J A; 3CCU Q; 3ER0 A; 2KSS A; 2AKK A; 2Y4Y A; 2XI9 A; 3MEA A; 2KR3 A; 1YJ9 T; 3G7Z A; 3H0H A; 1YWP A; 1RAA B; 4M7A D; 3JCM J; 2F2W A; 1WYX A; 2I2L A; 3JCM g; 3WXM B; 1VQN T; 1WJQ A; 4EMH A; 2AZV A; 2K6D A; 1VQL A; 2MPX C; 2QTX A; 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5GMK m; 1M9S A; 1MND A; 3LW5 E; 2FVU A; 1QMC A; 2IVW A; 3CXC A; 1VQ5 T; 5GAO m; 1PC0 A; 3AHU A; 4E7S A; 4ZN1 A; 1VQK A; 2GCX A; 4IIO A; 2LC4 A; 2ENM A; 2LMJ A; 4QQD A; 2K3B A; 4B9W A; 5LJ3 g; 1WA7 A; 2BZ8 A; 2FPE A; 4BD3 A; 4C92 F; 4P5N A; 3QKJ A; 2QDL A; 4J7F A; 1V1C A; 1GCQ C; 4CC7 A; 5LJ5 g; 3PVL A; 2EIF A; 5C6S A; 1MNE A; 4IUP A; 1XTD A; 1SPK A; 3V8L A; 1YHQ A; 4AMC A; 3CCQ T; 4DQ2 A; 4BB7 A; 3OYB A; 1OX8 A; 2HKQ B; 4DA4 A; 3CCU T; 2P0Q A; 2FB7 A; 5CKB A; 4BUG A; 3CQT A; 3OBY A; 1K8A R; 4PJO B; 3QYH B; 2LX9 A; 1B34 B; 2ED0 A; 3GOX A; 2D8J A; 9ATC B; 1VQK Q; 1KD1 U; 1G8X A; 1BI3 A; 4C0Z A; 2RHI A; 1BI1 A; 4LUD A; 4N4G A; 4OML A; 3T9N A; 3JCM P; 2FPF A; 2RI5 A; 3NHN A; 3QUI A; 4OGC A; 4J9E A; 4E7H A; 1K9M R; 1GCP A; 3R6O A; 1YHQ Q; 1I81 A; 1W2B S; 4ORZ A; 1EFN A; 3QJY A; 2D0N A; 2HD0 A; 4XTX A; 1SSH A; 4GLK A; 1FYN A; 1KHI A; 2RQU A; 3LWI A; 2E6N A; 4F14 A; 3I5S A; 4IUR A; 2GFU A; 3VU3 C; 1GCQ A; 2DA9 A; 1Y0M A; 2V1Q A; 2RI2 A; 1U8R A; 2P0K A; 1D09 B; 3SWN C; 3VS1 A; 2P84 A; 1ACM B; 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