The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
7
|
sequence length |
97
|
structure length |
97
|
Chain Sequence |
GSSGSSGTDPGAEELPARIFVALFDYDPLTMSPNPDAAEEELPFKEGQIIKVYGDKDADGFYRGETCARLGLIPCNMVSEIQADDEEMMDQSGPSSG
|
The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Endocytosis/exocytosis
|
| molecule keywords |
RIM binding protein 2
|
| publication title |
Solution structure of the second SH3 domain of human RIM-binding protein 2
rcsb |
| source organism |
Homo sapiens
|
| total genus |
7
|
| structure length |
97
|
| sequence length |
97
|
| ec nomenclature | |
| pdb deposition date | 2005-05-22 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF07653 | SH3_2 | Variant SH3 domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 Domains |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1YP5 A; 3M0R A; 2FPF A; 4HVW A; 1I1J A; 1G2B A; 2F2W A; 2V1Q A; 3RBB B; 2DMO A; 4DEY A; 1Z9Q A; 4E6R A; 2HBW A; 2RNA A; 1ABQ A; 1UE9 A; 2C0O A; 3PVQ A; 2ABL A; 2EKH A; 2X3W D; 4JJD A; 2CSQ A; 1YN8 A; 4JZ4 A; 3U23 A; 2M51 A; 4AFZ C; 4WCI A; 2HEQ A; 2RQV A; 1QLY A; 1WXB A; 1X6G A; 3THK A; 1RLP C; 2VWF A; 2BTT A; 3O5Z A; 1NEB A; 1X27 A; 3PVL A; 4GLM A; 5I22 A; 1AEY A; 1WXU A; 1ZX6 A; 1AD5 A; 2J7I A; 2JMC A; 4AFU C; 1PWT A; 2DL3 A; 4HVU A; 4HVV A; 2O88 A; 4KRT A; 4IIO A; 2KT1 A; 4LN2 A; 2KRN A; 4HCK A; 1Z9Z A; 2O31 A; 1GCP A; 2AZS A; 3RNJ A; 2L3S A; 1UGV A; 1VYU A; 4DEX A; 1ZUY A; 4J9I A; 4J9C A; 1TUC A; 1NLP C; 2CDT A; 2EGC A; 2I0N A; 2K6D A; 3SEM A; 2C0I A; 2OAW A; 3I5S A; 4A63 B; 2A28 A; 3VS3 A; 2GQI A; 2L3P A; 2DE0 X; 1BK2 A; 3REB B; 3EG3 A; 1G83 A; 2FO0 A; 1KIK A; 2DRM A; 1GFC A; 3EG2 A; 4AG2 C; 3VS1 A; 1M30 A; 2D1X A; 1JEG A; 1SPK A; 5EC7 A; 2CT3 A; 2XMF A; 2SEM A; 2B86 A; 4D8D A; 1RUW A; 1A0N B; 4LNP A; 3VS7 A; 1UHC A; 1K76 A; 1PRL C; 4IIM A; 3UAT A; 2LJ0 A; 1PHT A; 2J6O A; 1MV3 A; 4RTV A; 4AFQ C; 4Z88 A; 3NHN A; 2BZX A; 2K9G A; 4J9G A; 2YT6 A; 2EBP A; 2JM8 A; 4Z8A A; 3EGU A; 1UG1 A; 4JJB A; 4JPB W; 1GBQ A; 2H8H A; 1HD3 A; 3A98 A; 1JXM A; 2KXC A; 2JTE A; 1ZUK A; 3LH5 A; 5I11 A; 1QWE A; 2C0T A; 1QWF A; 2KEA A; 1OEB A; 2RQT A; 1GRI A; 1KSW A; 1AOJ A; 3GBQ A; 1NYG A; 4LE9 A; 2RMO A; 2W10 A; 4Z89 A; 4JJC A; 5IHN A; 2O2O A; 1X2K A; 1QKW A; 2VKN A; 2LQW A; 2PTK A; 2FG0 A; 2A08 A; 2LJ3 A; 3NMZ C; 1WDX A; 3H0F A; 2EYY A; 3H0I A; 1GFD A; 2GTJ A; 1RLQ C; 3M0T A; 4F14 A; 2J6K A; 1WIE A; 2CUD A; 4HXJ A; 2G6F X; 1GBR A; 2OJ2 A; 1I0C A; 1V1C A; 2SRC A; 3NPF A; 2ED1 A; 1CSK A; 5IHI A; 3TSZ A; 2MIO A; 2HDA A; 2JS0 A; 1VYV A; 4AG1 C; 2LNH B; 1PRM C; 1OOT A; 2AK5 A; 3EG0 A; 2DX1 A; 4JZ3 A; 2YSQ A; 3TSW A; 2GTO A; 1JO8 A; 1E6H A; 1I07 A; 2NWM A; 2AKL A; 1X2Q A; 2JW4 A; 2JT4 A; 2DM1 A; 1YWP A; 4ZNX A; 4CC3 A; 2YUO A; 1WFW A; 4OMO A; 1BBZ A; 5GJW B; 3FJ5 A; 2KNB B; 1K0S A; 1JU5 C; 1HSQ A; 4Y92 A; 1K0X A; 4RUG A; 3H0H A; 4X1V A; 1M3C A; 1UJ0 A; 2CUB A; 2EYZ A; 2V1R A; 3NGP A; 1ZSG A; 2LZ6 B; 1U5S A; 3I35 A; 4OMP A; 1KJW A; 1T3L A; 2LMJ A; 2EPD A; 3I5R A; 5GJV B; 2QDL A; 2LCS A; 3H41 A; 3ULR B; 2JMA A; 3EHR A; 2DF6 A; 1T3S A; 5IH2 A; 1ZBJ A; 2DRK A; 2EW3 A; 5FWB A; 1K4U S; 2K3B A; 3IQL A; 1UEC A; 3ZL7 C; 1WI7 A; 5ECA A; 3SHW A; 1AWW A; 1JXO A; 1E6G A; 5IXF A; 4J9E A; 1UDL A; 2AKK A; 2GBQ A; 3UA6 A; 2J05 A; 4OMQ A; 2RPN A; 2LP5 A; 1WXT A; 1Y0M A; 1PKS A; 2PNI A; 1SHF A; 2YUQ A; 2FRW A; 1MUZ A; 1GCQ C; 1ABO A; 1PKT A; 1UJY A; 1U06 A; 2D0N A; 2EYX A; 1FMK A; 1MV0 B; 2A36 A; 2JS2 A; 2CT4 A; 5HCK A; 2KR3 A; 1SEM A; 2K2M A; 1H8K A; 2J6F A; 4RTZ A; 1YNZ A; 2LJ1 A; 2O9V A; 4RTY A; 2DJQ A; 4F16 A; 1S1N A; 4K11 A; 2ESW A; 1J3T A; 1FYN A; 1X43 A; 1ZUU A; 2DNU A; 2DBK A; 3I9Q A; 3PE0 A; 2EGE A; 2L3Q A; 1YWO A; 2KYM A; 1AVZ C; 1NEG A; 1IO6 A; 1W1F A; 2L0A A; 1AWJ A; 1CKA A; 1ZLM A; 2FPD A; 2PZ1 A; 1AZE A; 2J06 A; 1HJD A; 2K7A A; 1LCK A; 4RTT A; 1PNJ A; 2IIM A; 2ROT A; 2EVR A; 4J9B A; 1W6X A; 1UHF A; 1H3H A; 4M4Z A; 1U3O A; 2ECZ A; 2CH4 W; 4CC2 A; 1K1Z A; 2JXB A; 1OPL A; 4GBQ A; 4D8K A; 1SHG A; 1NG2 A; 2F2X A; 2LX7 A; 1WLP B; 1OV3 A; 2KE9 A; 3VS5 A; 3KFV A; 1M3A A; 4F17 A; 2ED0 A; 2D8H A; 2DA9 A; 2KRO A; 1WA7 A; 2MOX A; 4CC4 B; 2LQN A; 4J9F A; 4FSS A; 4ORZ A; 4OMN A; 2KRM A; 2DYB A; 1XOV A; 1SSH A; 3VRY A; 2RN8 A; 1AWX A; 2ROL A; 1WX6 A; 4R0K A; 2KT8 A; 3REA B; 1KFZ A; 2RQU A; 2CSI A; 1QKX A; 2EYW A; 2DLP A; 1YCS B; 3JV3 A; 2KGT A; 1JQQ A; 2A37 A; 1BU1 A; 1X6B A; 2RQR A; 2KBT A; 2NUZ A; 2X3X D; 2DL8 A; 3CQT A; 5FW9 A; 2F2V A; 1BB9 A; 4CC7 A; 1SRM A; 3EG1 A; 2L2P A; 1QCF A; 2ENM A; 1M27 C; 4LUD A; 3UF4 A; 2P4R A; 3VS4 A; 2YUN A; 5IHK A; 1GCQ A; 2YUP A; 1ARK A; 2E5K A; 2FEI A; 4EIK A; 1E7O A; 2RQW A; 1M3B A; 3VS2 A; 1UUE A; 1GL5 A; 2EQI A; 2VVK A; 2DL5 A; 2K79 A; 1H92 A; 2DL7 A; 2FPE A; 3R6N A; 4J9H A; 1CKB A; 4OMM A; 4ESR A; 4AFS C; 4RTX A; 1NLO C; 1AZG B; 1NM7 A; 4LUE A; 3M0U A; 1UFF A; 2MCN A; 1SRL A; 2DVJ A; 3TVT A; 1OPK A; 1AWO A; 1NYF A; 1B3Q A; 1M8M A; 2HCK A; 2KXD A; 1TG0 A; 2O9S A; 5IXB A; 2GNC A; 2W0Z A; 2AZV A; 2DBM A; 2M0Y A; 3C0C A; 2D8J A; 1W70 A; 4J9D A; 3QWX X; 2KYB A; 1X69 A; 1WYX A; 2KRS A; 2EGA A; 3QWY A; 5L23 A; 2FRY A; 3M0Q A; 2RF0 A; 4QT7 A; 1VYT A; 1B07 A; 2DIL A; 2OI3 A; 2BZY A; 3VRZ A; 3EHQ A; 3UA7 A; 2GGR A; 1TUD A; 5FWC A; 1VA7 A; 1K9A A; 3M0P A; 2BZ8 A; 2CH4 A; 1UTI A; 1T0J A; 2DL4 A; 2JM9 A; 4RTW A; 1Y57 A; 4OML A; 2YDL A; 1EFN A; 1T0H A; 3VS0 A; 3VS6 A; 4RTU A; 1N5Z A; 2CRE A; 2HSP A; 1RI9 A; 3M0S A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4M7D F; 1OYX A; 4XU1 A; 4PL6 A; 1NBE B; 2M9U A; 3A5Z B; 1I1J A; 3CCM Q; 5FU6 B; 4E2F B; 3HFO A; 3RBB B; 1QP2 A; 4OGC A; 2HNI A; 1D0Z A; 1SF9 A; 1ABQ A; 1UE9 A; 1HYO A; 6AT1 B; 4EMG A; 2ABL A; 2X3W D; 1MMN A; 4JZ4 A; 3PIO A; 3P8B B; 3CXC A; 2HEQ A; 1BI3 A; 1QLY A; 2JOY A; 1WHK A; 4LDU A; 5KYY B; 2H3J A; 4M78 C; 3THK A; 2RJF A; 2VWF A; 3ASK A; 2FZC B; 3X24 B; 3E9G A; 4NL3 A; 2XHC A; 3PVL A; 1IB8 A; 8ATC B; 2LCL A; 1WXU A; 2MK5 A; 3LX7 A; 5LJ3 j; 2DXB A; 2JMC A; 5CKB A; 4N0A A; 2A0F B; 4KRT A; 4C92 C; 2RHU A; 1U1T A; 4JS5 A; 4DBH A; 4J5Y A; 1N27 A; 2AZS A; 3RNJ A; 7AT1 B; 5DLQ E; 1VYU A; 4DEX A; 2LDM A; 1Q82 U; 4EMH A; 1RAB B; 1OI1 A; 4WF2 A; 3CCS T; 1NLP C; 4E7H A; 2DJZ A; 4E7S A; 2OAW A; 1YIT Q; 2HZY A; 3I5S A; 5GAM e; 3CCS A; 4X9C A; 2DEQ A; 5KE3 A; 2DKG A; 1B7T A; 3REB B; 4IUV A; 4XK8 E; 5GMK m; 2DRM A; 1KIK A; 3VS1 A; 1M30 A; 1UGR B; 2D1X A; 3QDF A; 5GAM j; 5DLO A; 2SEM A; 4L6V 5; 2LNV A; 3VS7 A; 5FU7 C; 2CZ0 B; 2YRV A; 2ZPG B; 4IIM A; 3HSB A; 2LJ0 A; 3QZ5 B; 1MV3 A; 4RTV A; 4AFQ C; 2CZ1 B; 4Z88 A; 3FDR A; 2BZX A; 2K9G A; 4C0D B; 1TU0 B; 1QVP A; 1QW1 A; 2YT6 A; 2JM8 A; 4E7L A; 2IG0 A; 4Z8A A; 3EGU A; 4TVR A; 1GBQ A; 2H8H A; 3CCE T; 2JTE A; 2R58 A; 1AHJ B; 1ZUK A; 1K73 U; 2FYK A; 3LH5 A; 3TCJ A; 3CCE A; 1QWE A; 2C0T A; 4M7D G; 4A4F A; 2NUP A; 3WVD B; 2DAQ A; 2XKO C; 3QYH B; 1OEB A; 2E1H A; 4M7A B; 1GRI A; 3L1A A; 3FJP A; 1YHQ Q; 3C4S A; 2W10 A; 3GNG A; 3MEW A; 3LGL A; 4ELY C; 2LQW A; 2A08 A; 3GPL A; 5LL6 S; 2EYY A; 3L2W A; 4OF1 A; 2HQX A; 4QVZ A; 3CCV T; 3NTI A; 1JJ2 A; 4NL2 A; 2DZ9 A; 4P5N A; 3CCV A; 2G6F X; 1GBR A; 2XIC A; 5KE2 A; 2MWP A; 3OY9 A; 1VQ6 Q; 3OW2 P; 2E3I A; 3JB9 H; 5CQY A; 1RI0 A; 3BDU A; 3MET A; 1D0Y A; 2HDA A; 2JS0 A; 2LNH B; 3EG0 A; 2DX1 A; 3OYL A; 2HKQ B; 4CI0 C; 3UDC A; 2GTO A; 2RI3 A; 1JO8 A; 2AKL A; 2JW4 A; 1Q81 U; 1M1K C; 2H3E B; 4ZN3 A; 4KGZ B; 1XQH A; 2QTV A; 2COW A; 1VQN T; 1K0S A; 1M1F A; 1VQN A; 3PTA A; 4MZM A; 4X1V A; 1M3C A; 4M78 F; 3TQ7 P; 2BIV A; 2V1R A; 3NGP A; 3E19 A; 1EX4 A; 1U5S A; 1BI1 A; 2LMJ A; 5GJV B; 2QTX A; 2QEX A; 2DIG A; 1G3S A; 3CCU T; 3OYB A; 4M7A C; 4C92 F; 3CCU A; 3A8M B; 5IH2 A; 3RIR A; 4XTU A; 5KH6 A; 2EW3 A; 5FWB A; 2JZ2 A; 3LH0 A; 2V26 A; 1QQJ A; 2VV5 A; 1WI7 A; 5ECA A; 1FMV A; 1R8O B; 1JXO A; 5IXF A; 2GBQ A; 2ZPE B; 1I8F A; 2J05 A; 3M9Q A; 4FYY B; 2E70 A; 3QDR B; 1PKS A; 2PNI A; 2K5I A; 1M1K R; 4AMC A; 5HK0 A; 2EKO A; 2XD0 A; 3CMA T; 3G6E T; 1XJW B; 2K4Y A; 5KCH A; 4ELZ C; 3CMA A; 3G6E A; 1G3Y A; 2JS2 A; 3CC4 T; 2E65 A; 4VUB A; 4RG2 A; 3CC4 A; 4M7D A; 1IZ6 A; 4DBQ A; 1TH7 A; 4RTY A; 1MMD A; 2DJQ A; 2RJC A; 2HQH A; 3FB9 A; 2RI5 A; 1V76 A; 1FYN A; 1WPY A; 3CCQ T; 2EGE A; 2GCX A; 2KYM A; 4PFZ A; 3CCQ A; 2K57 A; 1RL2 A; 1QP3 A; 2PZ1 A; 1AZE A; 1RAG B; 3MPU B; 4M7A E; 1PNJ A; 4F7U B; 2IVW A; 4KH0 B; 1M5Q 1; 2L3R A; 4FM4 B; 1FMW A; 1Q7Y C; 1OPL A; 4D8K A; 3G71 T; 3CCS Q; 3JRZ A; 4RCB A; 4C8Q C; 3RMS A; 1M3A A; 2ED0 A; 4DBR A; 2D8H A; 1KD1 U; 3X20 B; 4CC4 B; 1OZ2 A; 1Q86 U; 3VRY A; 1N8R U; 2YLC A; 2VAS A; 4BE1 A; 3JCM f; 2CP3 A; 2DER A; 1KHC A; 2CSI A; 3RKW A; 5I2S A; 3CC2 T; 3CC2 A; 1JQQ A; 2DEU A; 3RKX A; 1BU1 A; 1ZQ1 A; 4PJM A; 3CCM A; 2K5L A; 2DL8 A; 4FIB A; 2DTI A; 1BB9 A; 3L2U A; 1XTD A; 1QCF A; 2ENM A; 4Y91 A; 1M27 C; 4LUD A; 1KC8 U; 2RHX A; 4FYV B; 4IUU A; 4F04 B; 3M54 A; 1ARK A; 1U1S A; 3JCM g; 1YCY A; 3CCE Q; 4BUG A; 4MZP A; 4M7A F; 3JB9 G; 2VVK A; 3H8Z A; 3G4S T; 1H92 A; 4A4H A; 1B34 B; 2ZPI B; 3G4S A; 5GAN 5; 4RCC A; 4J9H A; 1IRE B; 4M75 A; 4AFS C; 3JCM d; 4BDY A; 1PSF A; 1SRL A; 4C8Q E; 3I56 T; 1NPR A; 1OPK A; 1WHJ A; 4A4E A; 3S3N A; 3I56 A; 1TSF A; 3CCV Q; 2HCK A; 1SSF A; 1VQM T; 4FYW B; 3QSU A; 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2L3S A; 4JLI A; 2KI7 A; 1ZUY A; 1N9R A; 1Q82 R; 1K73 C; 2K6D A; 2E10 A; 3CCQ Q; 4HCB A; 3SB2 A; 4XU0 A; 3JCM W; 3CCL T; 2A28 A; 2X35 A; 5GAM g; 1RAF B; 2GQI A; 3CCL A; 2CZ7 B; 1BK2 A; 3AHU A; 1DJ7 B; 1UGS B; 1YFN A; 3F70 A; 4KBM B; 5C0M A; 3V7C A; 5GAN 7; 2XK0 A; 1JEG A; 1WQW A; 2XMF A; 1UHC A; 1K76 A; 3M57 A; 4A4G A; 2K5F A; 3UAT A; 1PHT A; 2J6O A; 2PVO B; 2OAU A; 4PJO B; 3G71 Q; 3FEO A; 4X9D A; 5IN1 A; 1YJ9 T; 3WXM B; 3NHN A; 1NPP A; 1C6V X; 1N6A A; 4J9G A; 2EYQ A; 2MWO A; 4B6M A; 1LNX A; 1UG1 A; 1MNE A; 2KXC A; 1K73 R; 2M16 A; 1QWF A; 4XU3 A; 3JCM J; 3CC2 Q; 2KEA A; 3BFM A; 3JB9 J; 2DXT A; 1AOJ A; 3GBQ A; 3SFM A; 2LC4 A; 1RAC B; 4JDS A; 4JJC A; 2ZGW A; 2O2O A; 4O6J A; 2PTK A; 2FG0 A; 3OSV A; 3EFO A; 3NMZ C; 3QUI A; 3H0I A; 1RAI B; 4F14 A; 5GAN 3; 2A7Y A; 2V8K A; 4HXJ A; 3JB9 D; 4OP0 A; 2Y4X A; 2CP7 A; 1V1C A; 3DLM A; 1IGQ A; 4C8Q G; 5LJ3 e; 4BI4 A; 5IHI A; 2YWW A; 1VYV A; 2A3L A; 1BYM A; 1OOT A; 4JZ3 A; 1Y96 A; 1D3B B; 2YSQ A; 1I81 A; 2FL7 A; 4M77 C; 1NJI U; 3EGD B; 3QYG B; 4IUT A; 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