The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
8
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sequence length |
53
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structure length |
53
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Chain Sequence |
ADPKPMVMWKDLLTGSWKGPDVLITAGRGYACVFPQDAESPIWVPDRFIRPFT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
| molecule tags |
Hydrolase
|
| molecule keywords |
Pr160
|
| publication title |
Cryo-EM reveals a novel octameric integrase structure for betaretroviral intasome function.
pubmed doi rcsb |
| source organism |
Mouse mammary tumor virus
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| total genus |
8
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| structure length |
53
|
| sequence length |
53
|
| chains with identical sequence |
B
|
| ec nomenclature |
ec
2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase. |
| pdb deposition date | 2015-08-14 |
| chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
|---|---|---|---|
| A | PF00552 | IN_DBD_C | Integrase DNA binding domain |
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
|---|---|---|---|---|---|
| Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 1QMC A; 1C0M A; 1C6V X; 1EX4 A; 4FW2 A; 1IHW A; 4FW1 A; 1IHV A; 5D7U A; 1C1A A; #chains in the Genus database with same CATH topology 2P4R A; 2VXF A; 4HT9 A; 4L59 A; 3HP9 A; 1KHC A; 5GMK h; 2YLC A; 5LJ5 g; 1MMN A; 5KYU A; 4IUP A; 5D6X A; 1VQN T; 1NYG A; 4M4Z A; 5DY9 A; 1LCK A; 1ZUU A; 2CSI A; 4V2S A; 1Y96 B; 4ZNX A; 4E6R A; 1BI3 A; 5IHI A; 5DLQ E; 1M3B A; 3JB9 D; 5GAN 7; 1NLP C; 3DKM A; 3BDL A; 5DM7 R; 2W10 A; 2KXD A; 1M9S A; 2QQS A; 3EG9 A; 3V8L A; 2RQV A; 1UDL A; 1G3T A; 4OVA A; 4QVD A; 4BI3 A; 3RER A; 4IUQ A; 2CT4 A; 2HCK A; 1AOJ A; 4B6M A; 2GFU A; 2DJQ A; 4AFZ C; 2L89 A; 2EWN A; 3CC7 T; 2ECZ A; 1X75 C; 3OMC A; 2PUO B; 3J81 E; 3EG2 A; 1YJ9 Q; 2OTJ A; 2JM9 A; 2NUZ A; 3NHN A; 2B86 A; 2ZAE A; 3SWN B; 3CCQ T; 3T9N A; 4BD3 A; 4IUV A; 2Z0W A; 4FW1 A; 2QEX A; 4GLM A; 5A0D A; 1JB0 E; 3E1S A; 2JTE A; 3VU3 C; 2NUP B; 1ZBJ A; 2MWP A; 2ATC B; 4BE1 A; 2RHI A; 1K9M U; 2LCS A; 2MI6 A; 4J6X A; 1VQ9 A; 1VQL Q; 2GF7 A; 4E47 A; 1WHJ A; 1K1Z A; 5HCK A; 2EYW A; 2LQ8 A; 2FZK B; 3HRT A; 2VUB A; 5AT1 B; 3MO8 A; 4JRK A; 1D1C A; 2DEQ A; 2C0T A; 4EMK B; 1YJW A; 4XTY A; 4BE0 A; 1E6G A; 3C12 A; 2ENM A; 1LVK A; 4M78 A; 4RG8 A; 1TU0 B; 2RMO A; 5IAY A; 1YWP A; 1YWO A; 2M16 A; 4PJL A; 3FRN A; 3JCM h; 2DD4 A; 2E3H A; 2MCN A; 3RKW A; 3RUX A; 4PJJ A; 4EIK A; 2H3J A; 3VKI A; 1MNE A; 3OS1 A; 1NLO C; 2ROL A; 4Z89 A; 2XIC A; 5GAM h; 1Q86 C; 4PJN A; 4J6Y A; 2EYX A; 4PL6 A; 2XHC A; 1RI9 A; 2VB6 A; 5FU6 C; 4DBR A; 5CKH A; 4FM4 B; 2RJE A; 5LJ3 e; 3QYH B; 1N5Z A; 4JUV A; 2QEX T; 4OMM A; 2D8H A; 2K7A A; 4BI4 A; 4LDX A; 1SSF A; 3A8M B; 3M0Q A; 5IXF A; 2SEM A; 1VQ8 T; 4LDU A; 5KCO A; 2L0A A; 3UF4 A; 4AG1 C; 1BB9 A; 2ZPH B; 2KDS A; 3PIO A; 4J9D A; 2QA4 T; 1VQM Q; 1VA7 A; 4BAC A; 2JS0 A; 1E6H A; 2XID A; 2RQR A; 4CRI A; 1NEG A; 1CKB A; 1M4Z A; 3QWY A; 1RAE B; 1VQP T; 2Y90 A; 1XOV A; 5KYY B; 2QQ9 A; 2C0I A; 4N0A A; 2COW A; 2XDB A; 1M3C A; 2EFI A; 2FPE A; 1OPL A; 1T0J A; 5GAO p; 1QVF S; 2Y4Y A; 1KQS S; 3CME T; 4KGZ B; 2RPN A; 3CCS A; 5GAO n; 3CC2 A; 2EPD A; 4FIB A; 1FMW A; 1QWF A; 2R5A A; 4C0D B; 4IIO A; 2KRN A; 3GBQ A; 3OYY A; 4XU0 A; 4FU6 A; 1YI2 A; 5FLX E; 4J6W A; 1YCY A; 2E12 A; 1UFF A; 3OYG A; 2BTT A; 3KBG A; 1Q82 U; 2A0F B; 1NJI R; 1PKS A; 2MOX A; 2PVD B; 1TS9 A; 3UWN A; 2L5Q A; 2ZZD A; 1BKB A; 3L42 A; 4HVW A; 3L2R A; 1MHN A; 2L2P A; 5KYU B; 1LNX A; 1N8R R; 2DK3 A; 2EIF A; 1QVP A; 1QKX A; 1VQ6 Q; 1WGS A; 1YJ9 T; 2OTL Q; 2RHY A; 2KMT A; 3CC2 T; 1JU5 C; 2MK5 A; 4KUD K; 4XTX A; 1K76 A; 1SKU B; 5GAN 6; 4OP0 A; 1QVF A; 3EG9 B; 1KQS A; 1Q7Y U; 1KG1 A; 2ABL A; 2DF6 A; 2DX1 A; 2IG0 A; 2SRC A; 3V7R A; 1KK7 A; 2CZ0 B; 5HKC A; 2J06 A; 4BUG A; 1CKA A; 1VQL T; 1OI1 A; 2GNC A; 2DXT A; 3F70 A; 1U8R A; 4OB1 B; 2RD1 A; 2HL5 C; 3QDF A; 2QQB A; 2YRD A; 1VQ5 A; 1K9M C; 2LC4 A; 3G4S T; 2HAX A; 3URG A; 2OJ2 A; 3OYH A; 4M77 E; 1TUG B; 1YJN Q; 4F7U G; 1VQO Q; 1ZQ1 A; 1JBM A; 2O9V A; 2K79 A; 4C0G A; 3MJX A; 2KI7 A; 1WHL A; 1S72 Q; 2JTF A; 4M77 F; 5CKE A; 3VS4 A; 2QTV A; 2KBT A; 1NG2 A; 3MEA A; 3QO3 A; 3THK A; 3OSS C; 1KC8 U; 1X6O A; 5FW9 A; 2Y4X A; 3PNW C; 3JB9 G; 3X20 B; 3LX7 A; 2X51 A; 4X9D A; 2KYB A; 3ER0 A; 2DTO A; 3VS7 A; 3GOX A; 1V29 B; 1OQK A; 1M90 R; 4M78 B; 4RTU A; 3CCE Q; 1I81 A; 2CUB A; 4EDU A; 3OW2 P; 3QJY A; 3ZBD A; 1JJ2 A; 4IKF A; 3LH5 A; 3N5B B; 1YIJ Q; 2A08 A; 4WTO B; 1X27 A; 3CPW S; 3TSZ A; 2OAW A; 2IPO B; 1QMC A; 2ZCF B; 3VS3 A; 2FZG B; 5CKF A; 3TCJ A; 1G5V A; 3L2W A; 1AT1 B; 3J80 E; 1W2B P; 2DEU A; 1YIT Q; 4EMH A; 1QVG A; 4PJO C; 1ZSZ C; 3M9Q A; 5GMK l; 3L2Q A; 2DRM A; 1M1K C; 2EKO A; 5HK3 A; 3OMG A; 4PLL A; 3JCM Q; 3ULR B; 3G7Z A; 1AZG B; 3MP1 A; 1SHG A; 2HD0 A; 4J9E A; 3OYA A; 1UE9 A; 2CZ1 B; 3JCM b; 2HSP A; 1VYT A; 1SG5 A; 3OYK A; 4DA4 A; 2H3E B; 3V7C A; 1OX9 A; 1T3L A; 2JVV A; 3PTA A; 5GJV B; 9ATC B; 4MML A; 5GMK e; 2F2V A; 4L5G A; 3RNJ A; 3PT9 A; 3CQT A; 1WJS A; 2XMF A; 5GAO q; 1VQ4 Q; 1H8K A; 2FEI A; 1X6B A; 1SF9 A; 4A4H A; 2CYZ B; 3CPW A; 3CBM A; 1HK9 A; 1QWE A; 4IUU A; 3CCJ A; 4FYY B; 4M77 D; 5GAN g; 2VKN A; 4QVC A; 1G3Y A; 1MV0 B; 5LJ5 e; 1K8A U; 1UUE A; 1KD1 U; 2A7Y A; 3OYL A; 2X9H A; 2WSC E; 4M78 E; 2OTL T; 5DLO A; 4Z88 A; 2RQU A; 4RTT A; 3QJ6 A; 2GQI A; 4JJN K; 2JMC A; 2BUD A; 2KNB B; 4OMN A; 2DVE A; 2AT1 B; 1GL5 A; 3I56 Q; 3EHQ A; 3J7A F; 2LCL A; 2GCX A; 1QQJ A; 4DEY A; 2K3Y A; 2FHD A; 2KXC A; 2WAC A; 1NEB A; 1WA7 A; 4M7A C; 5GAN 2; 2LQW A; 2AZV A; 1Q7Y C; 2DE0 X; 5CAI A; 2FRW A; 3ME9 A; 2XKO C; 2DZC A; 2EYQ A; 3SHW A; 3M0P A; 2OAU A; 1XJW B; 3CCJ T; 4CC4 B; 1G8X A; 1WYX A; 3EHR A; 4II1 A; 4KGX B; 4NL2 A; 3AHU A; 4JPB W; 1QCN A; 4CC2 A; 2O88 A; 1XNI A; 1N27 A; 1S72 T; 4MDX A; 2QAZ A; 1K73 U; 1S1N A; 4M77 A; 4FCY A; 4TVR A; 2F5K A; 1Q86 R; 3SEM A; 3GPL A; 2YHT A; 2J7I A; 2D0Q B; 5GAM e; 5GAN 5; 3GP8 A; 3UAT A; 4JZ4 A; 5D7U A; 3S3N A; 2GQV A; 5GAN f; 1FWZ A; 5C6S A; 3P8B B; 1DJ7 B; 2LMJ A; 1KC8 C; 1BI2 A; 2DXB A; 3GLX A; 3DB4 A; 1J3T A; 3DB3 A; 2RNA A; 4Y28 E; 7AT1 B; 1U06 A; 3HKS A; 3QUI A; 3CCL Q; 4QVZ A; 1E7O A; 2DRK A; 4AFQ C; 2RA2 A; 5KYW A; 1N9R A; 3H9N A; 1B07 A; 2J05 A; 1JRI A; 3M54 A; 4J9I A; 3CC7 A; 3FJP A; 1WQ7 A; 1M3A A; 2QQR A; 2AKK A; 1WNL A; 4JLG A; 1U3O A; 1WXU A; 4MZT A; 3CCQ A; 2YDL A; 4B9X A; 3M4G A; 1JXM A; 3RES A; 3E9G A; 1JO8 A; 1LPL A; 1KHI A; 2VYT A; 2X4J A; 1PRL C; 1PSE A; 3WVD B; 5CK9 A; 4DBF A; 4M75 C; 1X43 A; 4FYW B; 3FLG A; 1PHT A; 3M4Y A; 2HQX A; 2JT4 A; 3WVE B; 4M78 D; 1BK2 A; 4KRT A; 3OYD A; 1ZUK A; 1M1G A; 4Q5W A; 4A4G A; 3M0U A; 3QZ9 B; 3RBB B; 3OBW A; 3EG3 A; 5LJ5 h; 4F04 B; 3JCM X; 4KH0 B; 1ZHI A; 1I5O B; 1UTI A; 2O31 A; 2HL3 A; 4JRQ A; 3GIB A; 5LL6 S; 4C0F A; 4NL3 A; 2QI2 A; 5IXB A; 2HBP A; 2E5K A; 1I5L A; 2CSQ A; 4JS4 A; 5FU7 C; 2HSE B; 2RK2 A; 2NUT A; 1FYN A; 1RAA B; 2RJF A; 2LJ1 A; 2COZ A; 2KT1 A; 1PWT A; 4O5V A; 2F69 A; 2EBP A; 1YP5 A; 1VQ4 T; 1NPR A; 3INZ A; 3PFS A; 4Z02 A; 4C0Z A; 4OMP A; 4QKU A; 3CCU Q; 1ABO A; 5GMK j; 1AVZ C; 4JJB A; 4RMO A; 1Q81 C; 4ZN3 A; 3HHT B; 1WJQ A; 3CCV Q; 1I1J A; 4OGE A; 3A8O B; 3EG1 A; 3A1P A; 1VQ8 A; 4C92 E; 3C95 A; 2L8D A; 3WXM B; 1KQS P; 4C8Q E; 3QYG B; 1A0N B; 3HSB A; 4HXJ A; 2HQH A; 2JJ9 A; 1VQ7 Q; 4C92 F; 2QA4 A; 3QWX X; 4PK4 A; 1AWW A; 1MGQ A; 3EGX A; 1UGS B; 2XI9 A; 4C8Q F; 2J6K A; 4F16 A; 3CMA Q; 4M7D E; 2LT1 A; 1HD3 A; 1FMV A; 3CCR Q; 2QYZ A; 1VQP A; 4M7D F; 2VWF A; 3JB9 J; 1GCP A; 1WPY A; 3P8H A; 4LDW A; 3GF5 A; 3A8G B; 3HRS A; 3CME A; 2EW3 A; 1PD1 A; 2M51 A; 2V8J A; 4XQ3 A; 2DL5 A; 4BDZ A; 1IGU A; 4J7F A; 5IH2 A; 3TEE A; 3OBY A; 2EKH A; 2MPX C; 3EFO A; 2K5L A; 1UJ0 A; 2JS2 A; 1YCS B; 3L1A A; 3P8D A; 2JTM A; 2J6O A; 1UB4 A; 1VQK Q; 1TWB A; 4RKU E; 1JJ2 P; 3R6O A; 3O5Z A; 5CR2 A; 1IRX A; 1PM3 A; 3MET A; 2A3L A; 3OYM A; 1EIF A; 4M77 G; 2ZPF B; 2CUD A; 2YRV A; 1OYX A; 3VUZ A; 4OML A; 2DXC A; 4C5G A; 2DYI A; 2VC8 A; 2KRS A; 2QDY B; 2YT6 A; 4BDY A; 3CXC S; 3M55 A; 2EGE A; 5J39 A; 2AHJ B; 4M77 B; 1PC0 A; 3LYI A; 1UJY A; 3JCM f; 3KUF A; 1ZUY A; 1YHQ Q; 2DIQ A; 3JCM d; 1YJ9 A; 1QVG P; 2P0P A; 4DQ2 A; 3QKJ A; 5GAM d; 2E5Q A; 1WHM A; 4GY5 A; 3R6N A; 4RTX A; 5CQY A; 2CT3 A; 1NJI U; 2CZ6 B; 4WF2 A; 1D0X A; 2BZY A; 2DA9 A; 2MMP A; 1I4K 1; 1SPK A; 4LXC A; 1NPP A; 3E9F A; 1M1K R; 1RAD B; 3A8L B; 4C92 D; 3UPU A; 1VQL A; 2KQW A; 1N8R U; 4OGC A; 3H0H A; 3G6E Q; 4C8Q D; 4AG2 C; 1M1F A; 5KYW B; 4OMO A; 3OYN A; 4M75 E; 3RMS A; 3MKD A; 2LNV A; 2DET A; 3G4S A; 1TTH B; 3JSC A; 4OB0 B; 1HXD A; 2VV5 A; 4J8O A; 4M75 F; 4M7D D; 3EFR A; 4LD6 A; 4ATO A; 3CPW P; 2CP3 A; 2B8A A; 1AZE A; 2O01 E; 1R8O B; 4J9G A; 2K2M A; 4OF1 A; 4FT2 A; 3QXE B; 3TVT A; 3LGL A; 2V1Q A; 2M1H A; 2DBM A; 4ANJ A; 1GBQ A; 3CXC A; 1H3Z A; 1VIF A; 1QP3 A; 2DKG A; 4C5E A; 1VUB A; 2PZ1 A; 4X34 A; 2ZPB B; 4ZTF A; 1TUD A; 8ATC B; 1PKT A; 3CCV T; 4E7Z A; 1VYU A; 1RLQ C; 1PCX A; 2KEA A; 3PIP A; 1EFN A; 4ZGJ B; 4ZGE B; 2ZGW A; 2IVW A; 4HCZ A; 4E7H A; 2CGH A; 4PKC C; 1IGQ A; 1NE8 A; 1Y07 A; 3BW1 A; 2NUT B; 2MF2 A; 2HNI A; 4DOV A; 1VQ7 T; 1U1S A; 5CIU A; 4C92 A; 1ARK A; 1VQM A; 4JJC A; 1JXO A; 2G6F X; 1VOM A; 4C8Q A; 3CMA T; 4HKE A; 4BI8 B; 2J6F A; 3CC4 Q; 3I55 Q; 1Y7X A; 1IXD A; 5GAO r; 4C5H A; 1M2V A; 5IN1 A; 3CCR T; 4PFZ A; 1M90 U; 1UGP B; 2LDM A; 3LW5 E; 4M7D A; 4XU2 A; 5ECA A; 3JB9 I; 4FYV B; 1GCQ A; 4QQ6 A; 4M78 G; 1OUL A; 2I0N A; 2RF0 A; 2D6F A; 5D6W A; 1QCF A; 5KYN A; 4CC7 A; 2RQT A; 3CBO A; 3Q1J A; 3MHX A; 3FIF A; 3EGX B; 1Z9Z A; 1Z9Q A; 1IZ6 A; 2FB7 A; 3CEY A; 2ZPE B; 3OYI A; 1C6V X; 1CSK A; 2XDP A; 3E19 A; 1WJR A; 4JRI A; 5LJ3 j; 2P4T A; 3HTR A; 3M58 A; 2CH4 A; 3ZFJ A; 5AYF A; 1KJW A; 2ZPI B; 2GFA A; 1Y57 A; 1VQM T; 4J9C A; 1TXQ A; 4PLI A; 1H64 1; 4J9H A; 4GLK A; 4M75 D; 4E2F B; 2DNU A; 2DLP A; 2HMA A; 1R0C B; 4ME7 A; 2AIR B; 5IHN A; 1HYO A; 5LJ3 f; 5LJ3 d; 5GAO m; 1B3Q A; 5GJW B; 3HFN A; 2DAQ A; 3TQ7 P; 5KH6 A; 3I9Q A; 4DEX A; 1ZSG A; 1GRI A; 4JRP A; 1UEC A; 2KYM A; 1RI0 A; 5I2M A; 3FDR A; 1R77 A; 3EFO B; 1VQ6 A; 2RK1 A; 2OTL A; 2KT8 A; 3PE0 A; 4XTZ A; 1OEB A; 1UG1 A; 5CO7 A; 4BE2 A; 1VQN Q; 5CVI A; 5FRN A; 4QW2 A; 1WXT A; 2P0Q A; 1WDX A; 2DM1 A; 3FC3 A; 1T0H A; 2MWO A; 3CD6 Q; 4PFO A; 1O75 A; 1TG0 A; 3BFM A; 5FWB A; 4E7J A; 2K9G A; 2PUK B; 3PMI A; 1K0X A; 3G71 Q; 2E4H A; 1AWX A; 3ASK A; 4AT1 B; 3H0F A; 2PTK A; 3G6E T; 3SD4 A; 2EQM A; 3JB9 H; 3REB B; 2LQN A; 3EGD A; 3CCM Q; 1AWO A; 4KBM B; 2LJ3 A; 3VYH B; 1PD0 A; 1FMK A; 1I07 A; 2CP5 A; 3QZ5 B; 1YBY A; 4A4K A; 1ACM B; 1QW1 A; 2NWM A; 4RTW A; 4JDS A; 4QQD A; 4A4F A; 1UGQ B; 4KH1 B; 4M75 A; 3UT1 A; 4XTW A; 2X4X A; 1N8R C; 1OZ3 A; 2HDA A; 2R58 A; 4JS5 A; 1N9S A; 1YJN A; 1VQO A; 1G83 A; 2ESW A; 1ZBX A; 2HQE A; 1Q82 C; 2CP7 A; 4JZ3 A; 2EJF A; 1S72 A; 3EGU A; 1OZ2 A; 1VQ6 T; 2CKK A; 3VYG A; 2JZ2 A; 1YFN A; 3LWH A; 1T3S A; 1Q81 R; 2IIM A; 2KSS A; 3OYJ A; 1WHG A; 2DFU A; 3EFS A; 1I8F A; 5GAN h; 4WCI A; 2DL4 A; 2CP6 A; 4F7U F; 8AT1 B; 3LH0 A; 1XTD A; 3OW2 S; 3NGP A; 3CCE A; 2VGM A; 2QDL A; 1TUC A; 1BYM A; 3M53 A; 3RKX A; 4K11 A; 1UHC A; 4LNP A; 2YUP A; 2X3W D; 1AD5 A; 1Q86 U; 1G2B A; 4LE9 A; 2AK5 A; 1WFW A; 3RDV A; 1I0C A; 1GFC A; 3OB9 A; 3I35 A; 1WQW A; 2K4Y A; 2KY9 A; 2DMO A; 1WLP B; 1WHK A; 3X24 B; 2V26 A; 4E7S A; 3CC4 T; 1NZ9 A; 4RTY A; 1W2B S; 1YJN T; 1VQO T; 3NPF A; 2OTJ Q; 2EJ9 A; 3TU4 K; 4ELZ C; 1QP2 A; 1YIT A; 2E6N A; 4C92 G; 2M9U A; 2QEX Q; 2DBK A; 4C8Q G; 2YUN A; 4BY6 B; 1ZA1 B; 4XK8 E; 1U5S A; 1UEB A; 1SRM A; 1LOJ A; 3U23 A; 3X25 B; 1IO6 A; 1BU1 A; 3REA B; 2MYS A; 1K9A A; 1U1T A; 1VQ9 Q; 1X2K A; 4C92 B; 3OS0 A; 2DVJ A; 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